genome.fa.s8300.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008300.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110986_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  255346

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7804--7864	12	5.3	12	74	18	51	32	0	1	65	1.02
7849--7897	14	3.8	14	69	20	52	42	0	0	57	0.99
8435--8494	31	1.9	31	89	0	93	46	10	5	38	1.59
8792--8839	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
9871--9895	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
12683--12733	20	2.5	20	96	0	93	31	27	25	15	1.96
12722--12784	33	1.9	33	90	0	99	19	28	22	30	1.98
24563--24615	23	2.3	23	80	3	63	50	0	33	15	1.44
25099--25251	20	7.3	20	71	15	112	40	21	17	20	1.91
25099--25251	67	2.4	66	88	7	210	40	21	17	20	1.91
25381--25429	22	2.2	22	85	0	71	20	40	14	24	1.89
25642--25673	13	2.5	13	94	0	55	3	3	15	78	1.01
25702--25744	20	2.2	20	91	4	70	44	25	18	11	1.84
25741--25782	20	2.1	20	86	0	57	14	19	21	45	1.85
27437--27636	20	10.0	20	75	10	133	26	15	24	33	1.95
27445--27515	19	3.7	19	92	1	106	25	12	23	38	1.90
27529--27571	21	2.0	21	86	0	59	39	16	20	23	1.92
28052--28076	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
36756--36795	19	2.1	19	95	0	71	37	7	15	40	1.75
36940--36984	21	2.1	21	87	0	63	31	15	6	46	1.72
41137--41175	15	2.6	15	87	0	60	46	12	12	28	1.79
41570--41624	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41610--41708	33	3.0	33	91	1	155	45	14	7	33	1.71
41703--41742	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
44038--44069	12	2.7	12	95	0	55	15	18	18	46	1.84
52907--52937	14	2.2	14	94	0	53	58	6	16	19	1.59
52926--52966	20	2.0	20	90	0	64	58	17	9	14	1.62
63512--63573	3	20.7	3	100	0	124	67	0	0	32	0.91
65526--65566	17	2.4	17	100	0	82	60	7	4	26	1.43
67507--67543	6	6.5	6	93	3	51	18	0	8	72	1.08
72228--72271	12	3.7	12	84	0	61	52	34	6	6	1.55
72243--72277	18	1.9	18	94	0	61	54	34	8	2	1.46
72219--72277	6	9.8	6	81	0	55	49	33	11	5	1.62
73663--73709	5	9.4	5	90	9	78	78	0	21	0	0.75
79570--79595	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
80755--80872	15	7.5	15	81	13	139	45	0	2	51	1.14
80879--80919	22	1.9	22	95	5	75	34	0	14	51	1.43
80770--80984	69	3.2	67	77	11	210	40	0	7	52	1.31
80901--80981	32	2.5	31	94	5	144	34	0	11	54	1.36
80952--81025	22	3.2	23	76	14	71	29	0	16	54	1.43
80959--81026	26	2.9	23	82	10	84	29	0	17	52	1.45
81008--81155	31	5.0	31	86	12	215	35	0	10	53	1.36
80852--81155	54	5.4	56	77	21	307	34	0	11	53	1.36
87463--87553	44	2.1	44	100	0	182	39	10	4	45	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88284--88309	6	4.3	6	100	0	52	0	30	0	69	0.89
89828--89854	6	4.5	6	100	0	54	14	0	51	33	1.43
90883--90986	23	4.7	23	71	15	67	31	25	18	24	1.97
90856--90963	43	2.5	44	84	3	146	30	25	17	26	1.97
90984--91024	21	2.0	21	90	0	64	36	21	17	24	1.94
92566--92595	8	3.8	8	100	0	60	36	0	36	26	1.57
95233--95272	21	1.9	21	85	10	55	40	5	0	55	1.22
96053--96120	30	2.2	30	84	5	82	29	4	13	52	1.59
97381--97433	19	2.8	19	78	13	56	24	7	1	66	1.28
100747--100830	44	1.9	43	83	7	107	53	1	3	41	1.26
101960--101995	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
108286--108365	30	2.7	30	81	11	85	33	20	20	26	1.96
108417--108443	12	2.2	12	100	0	54	59	7	7	25	1.51
110750--110809	29	2.1	29	84	12	79	58	10	11	20	1.61
118791--118833	14	3.1	14	81	12	54	72	2	9	16	1.21
124950--125039	27	3.4	27	95	3	164	40	14	17	27	1.89
128281--128325	3	15.0	3	90	9	74	66	0	2	31	1.04
128487--128541	28	2.0	28	82	13	69	70	0	9	20	1.13
129889--129963	32	2.4	31	82	4	89	48	2	1	48	1.24
129936--130166	34	6.7	34	70	16	109	44	6	5	44	1.52
130058--130165	35	3.0	36	82	6	103	44	7	4	43	1.53
130226--130265	2	20.5	2	89	5	64	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137701--137734	6	5.3	6	86	13	50	79	0	0	20	0.73
163280--163356	29	2.5	31	85	14	113	51	12	0	35	1.40
164622--164667	18	2.8	16	86	6	65	28	30	4	36	1.76
188185--188800	259	2.4	254	83	8	748	40	19	12	27	1.88
190416--190456	18	2.2	20	86	8	59	36	4	0	58	1.20
190643--190781	21	6.8	20	72	8	82	36	25	17	20	1.94
190748--190940	20	9.6	20	83	4	228	35	25	20	18	1.95
191323--191393	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
191471--191547	21	3.8	21	77	6	95	48	16	22	12	1.80
191529--191593	14	4.3	14	73	17	58	46	21	23	9	1.80
191469--191604	33	3.8	33	80	12	137	46	20	22	11	1.82
191600--191697	19	5.7	19	71	22	99	10	23	21	44	1.82
191622--191711	14	5.7	14	72	23	72	8	24	22	44	1.81
191605--191719	33	3.5	33	100	0	230	9	23	20	46	1.79
193414--193789	93	4.0	93	96	3	709	22	12	19	46	1.83
193837--194035	19	10.4	19	96	0	353	46	23	19	10	1.80
194057--194102	19	2.4	19	88	0	65	8	17	28	45	1.78
196023--196058	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
196164--196270	19	6.4	19	75	23	107	44	18	22	14	1.85
196182--196288	30	3.4	32	93	6	191	42	19	24	13	1.86
196317--196494	19	10.4	19	72	24	164	14	20	19	46	1.83
196295--196494	52	3.9	51	76	15	200	14	21	19	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196336--196508	33	5.2	33	90	5	269	13	20	19	46	1.83
198782--198806	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
198981--199027	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
199707--199976	20	13.5	20	85	1	272	19	18	24	37	1.94
199707--199976	40	6.8	40	86	5	305	19	18	24	37	1.94
199963--200045	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
199943--200041	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
200835--200872	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
206243--206277	18	2.0	18	88	5	54	17	14	17	51	1.77
211472--211497	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
226188--226270	31	2.7	31	94	0	139	25	6	19	49	1.71
241485--241523	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
244201--244252	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
244211--244273	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
244597--244679	39	2.1	39	93	0	139	16	14	21	46	1.83
244942--244978	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
245227--245277	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
245556--245618	23	2.7	23	85	0	81	36	19	6	38	1.77
245975--246046	23	3.2	23	86	2	92	40	20	4	34	1.72
245312--247004	429	3.9	431	98	0	3229	39	12	8	39	1.72
246405--246456	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
246415--246477	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246834--246885	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
246844--246906	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
245312--247004	859	2.0	859	97	0	3223	39	12	8	39	1.72
249483--250009	184	2.9	184	95	0	914	33	16	14	35	1.89
251470--251562	3	31.0	3	78	0	96	24	34	5	35	1.79
251474--251574	12	8.4	12	84	0	94	22	34	6	35	1.81
253030--254115	196	5.5	199	96	2	2027	32	17	15	35	1.90
254261--254309	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43

Tables:   1

The End!