Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01008301.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110987_pilon, whole genome shotgun sequence
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File 11 of 18
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1964245 CTAGCTGGAA
* * * *
1964255 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCG-TGTGGCTTTTAACCA-CAAGTTCAGAGGTTC-AAGCCC-TCATT
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAG-GATGTGGCTGTTAA-CAGCAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCAGC-TT
* ** * * ** * *
1964316 CTAGC-ATTGTTTTAGCTCGGGTTGTCCATTTCTTATTGACTTTCAAAATAATACCAATTTATAC
63 -TAGCGA-TGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTAACTTTCAAAACAATACCAATTTATAC
* * ** * * * * * *
1964380 AATTATATAAA-AAAA-ATTCAATA-TTCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTTTCCAACTGATAAT
126 AGTTATATAAAGAAAATTTTCAA-AGGCCTATTA-CACAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAAT
* * * * * *
1964442 ACTGGTTGGAGCTTAAAGATCAAATTAGCTGGAATAGCTTATAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGT
189 ACTGGTTAGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTGGAATAGC-T-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTAT
* * * * * * ** * *
1964507 TAACCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCACTCCTTATAGAGTTATTTTAGCTCGGATTG-ACCATTTC
252 TAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGCA-CATTTC
** * * * *
1964571 CCATTTAGATTCAAAATAATT-CCACTTTATTCAGTTATATTAA-GAAAATTTTCAATTGCCTAT
316 CCATTTACTTTCAAAAT-ATTACAAATTTATACAGTTATA-TAATGAAAATTTTCAATGGCCTAT
* * * *
1964634 TAGCTCAATTGGTTAGAGGATTTGGCTTTTAACAGCAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTGCTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGGATGTGGCTGTTAACAGCAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCAGCTTTAG
* *
1964699 CGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTTATTTTCAAAACAATACCAATTTATACAGTTA
66 CGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTAACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAGTTA
* *
1964764 TATAAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
131 TATAAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTA-CACAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
* *
1964829 TTGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCACA
195 TAGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACA
*
1964893 AGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTATCGTTGTTTTAATTTGAATTGCACATTTCCCATTTACT
260 AGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGCACATTTCCCATTTACT
* * *
1964958 TTCAAAATATTACTAATTTAAACAGTTATATAATGAAAATTTTTAATGGCCTAT
325 TTCAAAATATTACAAATTTATACAGTTATATAATGAAAATTTTCAATGGCCTAT
* * * *
1965012 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCG-TGTGGCTGTTAGCCA-CAAGGTCGGAGGTT-TAAGCCCAGTTTT
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAG-GATGTGGCTGTTA-ACAGCAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCAG-CTT
* * * * * *
1965074 TAGTGTTTTGTTTTAA-TTTGAATTGTTCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATA
63 TAGCG--ATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCATTAACTTTCAAAACAATACCAATTTATA
* * * *
1965138 CGGTTATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATT-CACTGAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAA
125 CAGTTATATAAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTACAC--AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAA
* * * *
1965202 TACTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAATAACTCTGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTATT
188 TACTGGTTAGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATT
*
1965267 AACCACAAGGACAGAGGTTCAAG-CCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTC-CATTTCC
253 AACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTG-CACATTTCC
* * *
1965330 CATTAACTTTCAAAATATTACAAATTTATATAGTTATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTAT
317 CATTTACTTTCAAAATATTACAAATTTATACAGTTATATAATGAAAATTTTCAATGGCCTAT
1965392 TAGCTCAGTTGGT
1 TAGCTCAGTTGGT
1965405 AAAAGTGTCA
Statistics
Matches: 661, Mismatches: 89, Indels: 41
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
377 13 0.02
378 150 0.23
379 129 0.20
380 274 0.41
381 95 0.14
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (378 bp):
TAGCTCAGTTGGTTAGAGGATGTGGCTGTTAACAGCAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCAGCTTTAG
CGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTAACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAGTTA
TATAAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTACACAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTT
AGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAA
GGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGCACATTTCCCATTTACTT
TCAAAATATTACAAATTTATACAGTTATATAATGAAAATTTTCAATGGCCTAT
Found at i:1965408 original size:222 final size:222
Alignment explanation
Indices: 1965012--1966290 Score: 1376
Period size: 222 Copynumber: 5.8 Consensus size: 222
1965002 AATGGCCTAT
* * * * *** *
1965012 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCCCAGTTTTTAG
1 TAGCTCTGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1965077 TGTTTTGTTTTAATTTGAATTGTTCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACGGT
66 CG--TTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGT
* * * * *
1965142 TATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTCA-CTGAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACT
129 TATATAA-GAAAATTTTCAATGGCCTATT-AGCTCAGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACT
* *
1965206 GGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAA
192 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTGGAA
* * * *
1965237 TAACTCTGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGACAGAGGTTCAAG-CCTCCTTCTAG
1 TAGCTCTGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * *
1965301 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACAAATTTATATAGTTA
66 CGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
* * * * * *
1965366 TATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTTGT
131 TATAA-GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGGT
* *
1965431 TGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
195 TGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTGGAA
* * * * *
1965459 TAGCTCAT-TTGGTTAGACCGTGTGGCTATTAACCACTAGGTCAGAGGTTTAAGCCCTTCTTCTA
1 TAGCTC-TGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * * * * *
1965523 GTGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTT
65 GCGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTT
** * * ** *
1965588 ATATAA-AAAAAATTCAATAGACTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGT
130 ATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGGT
* * * *
1965652 TGAAGCTCAAAGGTCAAATTAGTTGGAA
195 TGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTGGAA
** *
1965680 TAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCTGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
1965745 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTAA-TTTAAAAATATTACCAATTTATACAATT
66 CGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCA-TTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTT
* * * **
1965809 ATATAAAGAAAATTTTTAATGGCCTACTAGCT-A-TTGGTAGAA-TTTCAAACTGATAATGTTGG
130 ATAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGG
* *
1965871 TTGGAGCTTAAAGGTTCAACTAGCTGGAA
194 TTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTGGAA
* * * *
1965900 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTTTTAACCACAAGTTCAGAGGTTCAAGCCCTCATTCTAG
1 TAGCTCTGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * ** * * *
1965965 CGTTGTCTTAGCTCGGATTGTCTATTTCTTATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
* *** * * *
1966030 TATAA-AAAA-ATTCAATATTCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTTTCCAACTGATAATACTGGTT
131 TATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGGTT
* *
1966093 GGAGCTTAAAGATCAAATTAGCTGGAA
196 GGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTGGAA
* * * * * **
1966120 TAGCTTATAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCACTCCTAAT
1 TAGC-TCT-GTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
* * * * * *
1966185 AGAGTTGTTTTAGCTCGGATT-TACCATTTCCCATTTAGTTTCAAAATAATT-CCACTTTATTCA
64 AGCGTTGTTTTAACTCGGATTGT-CCATTTCCCATTAACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACA
* *
1966248 GTTATATTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGT
127 GTTATA-TAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGT
1966291 TAGAGCATTT
Statistics
Matches: 884, Mismatches: 152, Indels: 36
0.82 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
217 13 0.01
218 4 0.00
219 13 0.01
220 201 0.23
221 188 0.21
222 294 0.33
223 93 0.11
224 12 0.01
225 66 0.07
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (222 bp):
TAGCTCTGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
CGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
TATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGATAATACTGGTT
GGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTGGAA
Found at i:1966796 original size:376 final size:374
Alignment explanation
Indices: 1965999--1967041 Score: 1178
Period size: 376 Copynumber: 2.8 Consensus size: 374
1965989 TTTCTTATTT
* * ** *
1965999 ACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAA-AAAA-ATTCAATA-TTCTATTAGCTC-T
1 ACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAGAAAATTTTCAA-AGGCCTATTAGCACAT
* * * * * * *
1966060 GTTGGTAAAATTTTCCAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGATCAAATTAGCTGGAATAGCT
65 -TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTAGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTGGAATAGC-
* * * * * * **
1966125 TATAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCACTCCTAATAG-AG
128 T-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCA-
** * * * * * * *
1966189 TTGTTTTAGCTCGGATTTACCATTTCCCATTTAGTTTCAAAATAATT-CCACTTTATTCAGTTAT
191 TTGTTTTAATTTGAATTGACCATTT--CA-TTACTTTCAAAAT-ATTACAAATTTATACAGTTAT
* * * *
1966253 ATTAA-GAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACAGCAAG
252 A-TAATGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTTAGAGCATGTGGCTGTTAACAGCAAG
* * *
1966317 GTCTGAGGTTCAAAGCCCTGCTTATTGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTT
316 GTCGGAGATTCAAAGCCCTGCTTATTGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTA
*
1966376 ACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACAT
1 ACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACAT
* * *
1966441 TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
65 TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTAGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTC
1966506 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGT
130 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGT
* * *
1966570 TTTAATTTGAATTGCCCATTT-ATTACTTTCAAAATATTACTAATTTAAACAGTTATATAATGAA
195 TTTAATTTGAATTGACCATTTCATTACTTTCAAAATATTACAAATTTATACAGTTATATAATGAA
* * *
1966634 AATTTTTAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAGCCA-CAAGGTCGGAGA
260 AATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTTAGAGCATGTGGCTGTTA-ACAGCAAGGTCGGAGA
* ** ** * *
1966698 TT-TAAGCCCAGTTTTTAGTGTTTTGTTTTAA-TTTGATTTGTTCATTTCCCATTA
324 TTCAAAGCCC--TGCTTA-T-TGATGTTTTAACTTTGA-TTATCCATTTCCCATTA
* * *
1966752 ACTTTCAAAATATTACCAATTTATACGGTTATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATT--CACTG
1 ACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAA-GAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC--
* * * *
1966815 AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAATAAC
63 ATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTAGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTGGAATAGC
* * * *
1966880 TCTGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCATGCCCTCCTTCTAGCGTT
128 TCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATT
* *
1966945 GTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACAAATTTATATAGTTATATA
193 GTTTTAATTTGAATTGACCATTT--CATT-ACTTTCAAAATATTACAAATTTATACAGTTATATA
*
1967010 ATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAGTT
255 ATGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTT
1967042 AGTAAAAGTG
Statistics
Matches: 572, Mismatches: 72, Indels: 40
0.84 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
372 12 0.02
373 83 0.15
374 10 0.02
375 8 0.01
376 152 0.27
377 145 0.25
378 22 0.04
379 6 0.01
380 71 0.12
381 63 0.11
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (374 bp):
ACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACATT
TGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTAGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTGGAATAGCTCA
GTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTT
TTAATTTGAATTGACCATTTCATTACTTTCAAAATATTACAAATTTATACAGTTATATAATGAAA
ATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTTAGAGCATGTGGCTGTTAACAGCAAGGTCGGAGATT
CAAAGCCCTGCTTATTGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTA
Found at i:1966821 original size:158 final size:151
Alignment explanation
Indices: 1966500--1966809 Score: 386
Period size: 158 Copynumber: 2.0 Consensus size: 151
1966490 CTAGCTGGAA
* *
1966500 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGC
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGTCAGAGATTCAAGCCCACCTTCTAGC
*
1966565 ATTGTTTTAATTTGAATTGCCCATTTATTACTTTCAAAATATTACTAATTTAAACAGTTATATAA
66 ATTGTTTTAATTTGAATTGCCCATTTATTACTTTCAAAATATTACCAATTTAAACAGTTATATAA
* *
1966630 TGAAAATTTTTAATGGCCTAT
131 TGAAAATTTTCAACGGCCTAT
* * * * ** *
1966651 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAGCCACAAGGTCGGAGATTTAAGCCCAGTTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCACAAGGTCAGAGATTCAAGCCCACCTTCTA-
** * ** * *
1966716 TGTTTTGTTTTAATTTGATTTGTTCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACGGT
64 -GCATTGTTTTAATTTGAATTGCCCATTT---ATT-ACTTTCAAAATATTACCAATTTAAACAGT
1966781 TATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTAT
124 TATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTAT
1966809 T
1 T
1966810 CACTGAGTTG
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 19, Indels: 7
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
151 26 0.20
152 28 0.21
154 23 0.17
157 3 0.02
158 53 0.40
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (151 bp):
TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGTCAGAGATTCAAGCCCACCTTCTAGC
ATTGTTTTAATTTGAATTGCCCATTTATTACTTTCAAAATATTACCAATTTAAACAGTTATATAA
TGAAAATTTTCAACGGCCTAT
Found at i:1967049 original size:223 final size:222
Alignment explanation
Indices: 1966651--1968579 Score: 2038
Period size: 223 Copynumber: 8.7 Consensus size: 222
1966641 AATGGCCTAT
* * * * * *** *
1966651 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAGCCACAAGGTCGGAGATTTAAGCCCAGTTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * *
1966716 TGTTTTGTTTTAATTTGATTTGTTCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACGGT
66 CG--TTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGT
* * *
1966781 TATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTCA-CTGAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACT
129 TATATAA-GAAAATTTTCAATGGCCTATT-AGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
* * *
1966845 GGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAA
192 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
1966876 TAACTCTGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCATGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
1966941 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACAAATTTATATAGTTA
66 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
* * * * *
1967006 TATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAGTTAGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTTGT
131 TATAA-GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
*
1967071 TGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
195 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * *
1967099 TAGCTCATTTGGTTAGACCGTGTGGCTATTAACCACTAGGTCAGATGTTTAAGCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* ** * * ** * * *
1967164 TGTTGTTTTAGCTCGGATTAACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACTAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
** * * * ** * * *
1967229 TATAA-AAAAAATTCAATAGACTATTATCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTT
131 TATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTT
* * * *
1967293 GAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
196 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* ** * *
1967320 TAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * *
1967385 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTAATTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
* * * * **
1967450 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTACTAGCT-A-TTGGTAGAA-TTTCAAACTGATAATGTTGGT
131 TAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
* *
1967512 TGGAGCTTAAAGGTTCAACTAGCTGGAT
195 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
1967540 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
** * * * * *
1967605 CGTTGTTTT-AGCTCAGATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCACTTTATTCAGT
66 CGTTGTTTTAATTTGA-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAGT
* * *
1967668 TATATTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAGTACTG
129 TATA-TAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
* * * *
1967733 GTTGGAGCTTGAATGTTCATCTAG-TAGGAA
193 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAA
* * * * * *** * *
1967763 TAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGTGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-T
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
* * * *
1967827 AGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAG
64 AGCGTTGTTTTAA-TTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAG
* * *
1967891 TTATATAAG-AAATTTTCAAAGGCCTATTA---CATTTGTTAAAAGTGTC-AACTGACAATACTG
128 TTATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
*
1967951 GTT-TAGCTTAAAGGTCC-A--A-CTGGAA
193 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* *
1967976 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGG-GATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
1968040 TGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTTCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
** * * *
1968105 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAAGAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
131 TAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
* *
1968170 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
195 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
1968198 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * ** * * * * * * *
1968262 GCATTGCTTT-AGCTCAGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTAAAAATTTTACCAATTTATATAAT
65 GCGTTGTTTTAATTTGA-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGT
* * * * * * * * *
1968326 TATATAA-AAAATTAT-AATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGG
129 TATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
1968389 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
194 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
1968418 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGTTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* ** * * * *
1968483 CGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAATT
66 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAGTT
* *
1968547 ATGTAAAGAAAAGTTTCAATGGCCTATTAGCTC
130 ATAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC
1968580 TTAACCCCAA
Statistics
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0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
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226 1 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (222 bp):
TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
TATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTT
GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
Found at i:1968424 original size:878 final size:884
Alignment explanation
Indices: 1966651--1968579 Score: 2398
Period size: 878 Copynumber: 2.2 Consensus size: 884
1966641 AATGGCCTAT
* * *
1966651 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAGCCACAAGGTCGGAGATTTAAGCCCAGTT-TT-T
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGATTCAAGCCC--TTCTTCT
* * ** **
1966714 AGTGTTTTGTTTTA-ATTTGATTTGTTCATTTCCCA-TTAACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTAT
64 AGCG--TTGTTTTAGCTCAGA-TTGACCATTTCCCATTTAA-TTTCAAAATAATT-CCAATTTAT
* * * *
1966776 ACGGTTATA-TAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTCA-CTGAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAAC
124 ACAGTTATATTAA-GAAAATTTTCAATGGCCTATT-AGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTAAC
** *
1966839 AATACTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAATAACTCTGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTA
187 AATACTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAATAACTCAATTGGTTAGAGCATGTAGCTA
* * * *
1966904 TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCATGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTC
252 TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAATTTGAATTATCCATTTC
* * * *
1966969 CCATTAACTTTCAAAATATTACAAATTTATATAGTTATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTA
317 CCATTAACTTTCAAAACAATACAAATTTATACAGTTATATAATGAAAATTTTCAAAGGCCTATTA
* *
1967034 GCTCAGTTAGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTTGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
382 -C-CAGTTAGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAAC-AGCTGGAA
* * * * *
1967099 TAGCTCATTTGGTTAGACCGTGTGGCTATTAACCACTAGGTCAGATGTTTAAGCCCTTCTTCTAG
444 TAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCGATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAG
* * * *
1967164 TGTTGTTTTAGCTCGGATTAACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACTAATTTATACAGTTA
509 TGTTGTTTTAACTCGAATTAACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTA
** * * *
1967229 TATAAAAAAAATTCAATAGACTATTATCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTG
574 TATAAAAAAAATTCAATAGACTAAGAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTG
* * * * *
1967294 AAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAATAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAG
639 AAGCTCAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGAATAGACCGTGTGCCTATTAACCACAAG
* * **
1967359 GTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTAATTT
704 GTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGCTTTAACTCAGATTGTCCATTTCCCATTTAATTT
* * * *
1967424 AAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTACTAGCTATTGGTAG
769 AAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTATCAATAGACTACTAGCTATTGGTAA
** * *
1967489 AATTTCAAACTGATAATGTTGGTTGGAGCTTAAAGGTTCAACTAGCTGGAT
834 AATTTCAAACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* *
1967540 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGATTCAAGCCCTTCTTCTAG
* *
1967605 CGTTGTTTTAGCTCAGATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATTCCACTTTATTCAGTTA
66 CGTTGTTTTAGCTCAGATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
* * *
1967670 TATTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAGTACTGGT
131 TATTAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACTGGT
* * * * * * *
1967735 TGGAGCTTGAATGTTC-ATCTAG-TAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACC
196 TAGAGCTTAAAAGTCCAAT-TAGCT-GGAATAACT-CAATTGGTTAGAGCATGTAGCTATTAACC
*** *
1967798 GTGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-TAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCAT
258 ACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAA-TTTGAATTATCCATTTCCCAT
* *
1967861 TTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAGTTATATAA-G-AAATTTTCAAAGGCCTATTA-CA-
321 TAACTTTCAAAACAATACAAATTTATACAGTTATATAATGAAAATTTTCAAAGGCCTATTACCAG
* * * *
1967922 TTTGTTAAAAGTGTC-AACTGACAATACTGGTT-TAGCTTAAAGGTCC-A-A-CTGGAATAGCTC
386 TTAG-TAAAAGTGTCAAACTAACAATACTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACAGCTGGAATAGCTC
*
1967982 AGTTGGTTAGAGCGTGTGG-GATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGT
450 AGTTGGTTAGACCGTGTGGCGATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGT
* * ** *
1968046 TTTAATTTGAATTGTCCATTT-TCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
515 TTTAACTCGAATTAACCATTTCT-CATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAA
* * * *
1968110 AGAAAATTTTCAATGGCCTAAGAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
579 A-AAAA-ATTCAATAGACTAAGAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGAAG
* * * * *
1968175 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTAACCACATGTTC
642 CTCAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGAATAGACCGTGTGCCTATTAACCACAAGGTC
* * * *
1968240 -GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGCTTTAGCTCAGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTAA
707 AG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGCTTTAACTCAGATTGTCCATTTCCCATTTAATTTAA
* * * * *
1968304 AAATTTTACCAATTTATATAATTATAT-AA-AAAATTAT-AATAGACTATTAACTCTGTTGGTAA
771 AAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTATCAATAGACTACT-A-GCTATTGGTAA
1968366 AATTTTCAAACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
834 AA-TTTCAAACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * *
1968418 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGTTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGATTCAAGCCCTTCTTCTAG
* * * *
1968483 CGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAGCTCAGATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
* * *
1968548 TGTAAAGAAAAGTTTCAATGGCCTATTAGCTC
131 TATTAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC
1968580 TTAACCCCAA
Statistics
Matches: 899, Mismatches: 121, Indels: 51
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
875 9 0.01
876 103 0.11
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878 375 0.42
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881 12 0.01
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888 111 0.12
889 68 0.08
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (884 bp):
TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGATTCAAGCCCTTCTTCTAG
CGTTGTTTTAGCTCAGATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
TATTAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACTGGT
TAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAATAACTCAATTGGTTAGAGCATGTAGCTATTAACCACA
AGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAATTTGAATTATCCATTTCCCATTAACT
TTCAAAACAATACAAATTTATACAGTTATATAATGAAAATTTTCAAAGGCCTATTACCAGTTAGT
AAAAGTGTCAAACTAACAATACTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACAGCTGGAATAGCTCAGTTGG
TTAGACCGTGTGGCGATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGTTTTAAC
TCGAATTAACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAAAT
TCAATAGACTAAGAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTCAAAGGT
CCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGAATAGACCGTGTGCCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCA
AGCCCTCCTTCTAGCATTGCTTTAACTCAGATTGTCCATTTCCCATTTAATTTAAAAATATTACC
AATTTATACAATTATATAAAGAAAATTATCAATAGACTACTAGCTATTGGTAAAATTTCAAACTG
ATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
Found at i:1968708 original size:134 final size:134
Alignment explanation
Indices: 1968465--1968713 Score: 367
Period size: 134 Copynumber: 1.9 Consensus size: 134
1968455 AGGTCTGAGT
*
1968465 TTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAA
1 TTCAAGACCTCCTTCTAGCGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAA
*
1968530 TTCCAATTTATACAATTATGTAAAGAAAAGTTTCAATGGCCTATTAGCTCTTAACCCCAAGGTCG
66 TTCCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAGTTTCAATGGCCTATTAGCTCTTAACCCCAAGGTCG
1968595 AAAG
131 AAAG
* * * *
1968599 TTCAAGACCT-CTTGCTAGTGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTTCTTTCAAAAT-
1 TTCAAGACCTCCTT-CTAGCGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA
* * * * *
1968662 ATTACCAATTTATACAATTATATAAATAAAATTTTTAATTGTCTATTAGCTC
65 ATT-CCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAGTTTCAATGGCCTATTAGCTC
1968714 AGCTGGTAAA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 11, Indels: 4
0.87 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
133 6 0.06
134 96 0.94
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (134 bp):
TTCAAGACCTCCTTCTAGCGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAA
TTCCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAGTTTCAATGGCCTATTAGCTCTTAACCCCAAGGTCG
AAAG
Found at i:1969010 original size:223 final size:224
Alignment explanation
Indices: 1968600--1969167 Score: 711
Period size: 223 Copynumber: 2.5 Consensus size: 224
1968590 GGTCGAAAGT
* * * * *
1968600 TCAAGACCT-CTTGCTAGTGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTTCTTTCAAAATAT
1 TCAAGCCCTCCTT-CTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
* * * *
1968664 TACCAATTTATACAATTATATAAATAAAATTTTTAATTGTCTATTAGCTCAGCTGGTAAAAGTGT
65 TACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGCTGGTAAAAGTGT
* * * * *
1968729 CAAACTGACAATACTGGTTGGTGCTTGAAGGTCCAACTAGTTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC
130 CAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACAAGCTGGAATAACTCAGTTGGTTAGAGC
*
1968794 GTTTGG-TTGTTAACCACATGGTC-GGAGGC
195 GTCTGGCTT-TTAACCACATGGTCTGGAGGC
*
1968823 TCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGACTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATT
1 TCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATT
* * * * * *
1968888 ACCAATTTATACAATTGTGTAAAGAAACA-TTTCAATGGCCTATTATCTCTA-TTGGTAAAATTT
66 ACCAATTTATACAATTATATAAAGAAA-ATTTTCAATGGCCTATTAGCTC-AGCTGGTAAAAGTG
* * *
1968951 TCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGT-CAGAGAAGCTGGAATAACTTAGTTGGTTAGA
129 TCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCA-ACAAGCTGGAATAACTCAGTTGGTTAGA
*
1969015 GCGTCTGGCTTTTAACCACATGGTCTGGAGGT
193 GCGTCTGGCTTTTAACCACATGGTCTGGAGGC
* * *
1969047 TCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGGCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA-T
1 TCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATT
* * * * *
1969111 AGCTAATTTAAACAGTTATATAATGAAAATTATT-AATGGCCTATTAGCTCAGTTGGT
66 A-CCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATT-TTCAATGGCCTATTAGCTCAGCTGGT
1969168 TAGAGCGTGT
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 37, Indels: 19
0.84 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
222 2 0.01
223 182 0.61
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225 2 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (224 bp):
TCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATT
ACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGCTGGTAAAAGTGTC
AAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACAAGCTGGAATAACTCAGTTGGTTAGAGCG
TCTGGCTTTTAACCACATGGTCTGGAGGC
Found at i:1969288 original size:155 final size:156
Alignment explanation
Indices: 1969004--1969310 Score: 392
Period size: 155 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
1968994 GGAATAACTT
* * *
1969004 AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTTTTAACCACATGGTCTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
1 AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTTTTAACCACAAGGTCTAGAGGTTCAAGCCCACCTTCTAGCGTTG
* *
1969069 TTTTAATTTGAATTGGCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATAGCTAATTTAAACAGTTATATAA
66 TTTTAATTTGAATTGG-CATTTCCCATTAACTTTCAAAATATAGCCAATTTAAACAGTTATATAA
1969134 TGAAAATTATT-AATGGCCTATTAGCTC
130 TGAAAATT-TTCAATGGCCTATTAGCTC
* * * * * *
1969161 AGTTGGTTAGAGCGTGTGG-TTGTTACCCACAAGGTC-AGAGGTTTAAGCCCACTTTTTAGTGTT
1 AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTT-TTAACCACAAGGTCTAGAGGTTCAAGCCCACCTTCTAGCG-T
* * *
1969224 TGCTTTTAATTTGAATT-G-TTTTCCCATTAACTTTCAAAATATTA-CCAATTTATACGGTTATA
64 TG-TTTTAATTTGAATTGGCATTTCCCATTAACTTTCAAAATA-TAGCCAATTTAAACAGTTATA
1969286 TAATGAAAATTTTCAATGGCCTATT
127 TAATGAAAATTTTCAATGGCCTATT
1969311 CATTGAGTTG
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 14, Indels: 12
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
154 2 0.02
155 58 0.44
156 23 0.18
157 34 0.26
158 14 0.11
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (156 bp):
AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTTTTAACCACAAGGTCTAGAGGTTCAAGCCCACCTTCTAGCGTTG
TTTTAATTTGAATTGGCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATAGCCAATTTAAACAGTTATATAAT
GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC
Found at i:1969549 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 1969155--1971089 Score: 2115
Period size: 221 Copynumber: 8.7 Consensus size: 223
1969145 AATGGCCTAT
* * * * * * *
1969155 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTACCCACAAGGTCAGAGGTTTAAGCCCACTTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * **
1969220 TGTTTGCTTTTAATTTGAATTGT---TTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACGGT
66 CG-TTG-TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAGT
* * * * *
1969282 TATATAATGAAAATTTTCAATGGCCTATTCA-TTGAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACT
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATT-AGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACT
* * *
1969346 GGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAA
193 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
1969377 TAACTCTGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
*
1969442 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACAAATTTATATAGTTA
66 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAGTTA
* * * *
1969507 TA-AAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAATAATATTTG
131 TATAAA-GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGG
* *
1969571 TTGGACCTTAAAAGTCCAACTAGCTGGAA
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * *
1969600 TAGCTCATTTGGTTAGACCGTGTGGCTATTAACCACTAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * * * * *
1969665 TGTTGTTTTAGTTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACAAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAGTTA
* * * ** * *
1969730 TATAAA-ATAAA--TTCAATAGACTAATAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGG
131 TATAAAGA-AAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGG
* * * *
1969792 TTGAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
** * * *
1969821 TAGCTCTA-TTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTA
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* * * * * *
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* * * * **
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* *
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* * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* *
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* *
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66 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAGTTA
* * * *
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* *
1970679 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
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* * * * *
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * ** * * * *
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65 GCGTTGTTTTAATTTGA-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAGT
* * * * * * * *
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129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTG
*
1970898 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
194 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* *
1970928 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* ** * * * *
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* *
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Statistics
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *
1970928 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
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*
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* * * *** * ****
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131 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTC-T-A---TTGGT-AAAAGTGTCAA-A-CTGACA
* * ** ** ** ** * *** *** * * * *** *
1971122 CTAGTGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCC-ATTTCCCA-TTTTCTTTCAAAAT-ATTACCAATTTAT
188 ATACTG--GTTGGAGCT-TAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTC-TATTGATTA-GAGCGTGT
* ** * * * ** * * * ** * * *
1971184 -ACAATTATA-TA-AA--TAAAATTTTTAATTG-TCTA-TTAGCTCAGC--TGGTAAAAGTGTCA
248 GGCTGTTA-ACCACAAGGTCAGAGGTTCAA--GCCCTACTT--CT-AGCGATGTTTTAACTTTGA
* * * * *** * * * * *
1971240 -AACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGTTGGAATAGCTCAGTTGGT-TAGAGC
307 TTA-T-CCATTTCCCATT-TA-CTTTAA-----AA--A--T--ATTA-C-CAATT--TATATA--
* * ** * ** ** * * * ** **
1971303 GTTTGGTTGTTAACCACATGGTCGGAGG-CTCA--AGCCCTCCTT-CT-AGCGTTGTTTTAACTT
351 G-TT--AT-ATAAGAAAATTTTCAAAGGCCT-ATTAGCACT-ATTGGTAAAAG-TG-TCAAAC-T
* * * *** ** * *** * * * **
1971363 G-GACTGTCCATT-TCCCATTTACTTTCAAAATA-TTACCAA
407 GATAATATTGGTTGGACC-TTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAA
*** * * * * * * ** * * ** *
1971402 TTTATACAATTGTGTAAAGAAACATTTCAATGGCCTATTATCTCTA-TTGGTAAAATTTTCAAAC
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** ** * ** * * * ** *
1971466 TGATAATACT-G-GTTGGAGCTTAAAGGTCAGAGAAGCTGGAATAACTTAGTTGGTTAGAGCGTC
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** * ** ** * * ** * ****** *
1971529 TGGCTTTTAACCACATGGTCTGGAGGTTCA-AGCCCCTTCTAGCGTTGTTTTAA-TTTGAATTGG
98 TTACTTTCAA--A-ATAAT-TCCA-ATTTATA--CAGTTATA---TAAAGAAAATTTTCAA-TGG
** * * * * * * * ** * * **
1971592 CC--ATTTC-CCATT--T---ACTTTCAAAAT-ATAGCTAAT--TTAAACAGTTATATAATG-AA
152 CCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACA-ATACTGGTT--GGAGCT-TA-AAGGTCC
* * * * * *
1971645 AATTA-TTAATGGCCTATTAGCTC-AGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTACCCACAAGGTCAGAG
212 AATTAGCT-A-GG---AATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAG
* * * * * * * * *
1971708 GTTTAAGCCC-ACTTTTTAGTGTTTGCTTTTAA-TTTGAATTGTTCATTTACCATTAACTTTCAA
271 GTTCAAGCCCTAC-TTCTAGCG-ATG-TTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCATTTACTTTAAA
** *
1971771 AATATTACCAATTTATACGGTTATATAATGAAAATTTTCAATGGCCTATT--CACTGAGTTGGTA
332 AATATTACCAATTTATATAGTTATATAA-GAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACT-A-TTGGTA
* * * * * * *
1971834 AAAGTGTCAAACTAACAATACTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAA
394 AAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
1971887 TAACTCTGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
** * * * * *
1971952 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACAAATTTATATAGTT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTT
* * * * * *
1972016 ATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTC-AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTT
130 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
* * * * * * *
1972080 GTTGGACCTTAAAAGTCCAACTAGCT-GGAATAGCTC-ATTTGGTTAGACCGTGTGGCTATTAAC
194 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
* * * * * * * * *
1972143 CACTAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGTTTT-AGTTCGGATTGA-CCATTTCTCA
258 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTT-TGATT-ATCCATTTCCCA
* * * * * *
1972206 TTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAA-AATAA-ATTCAATA-GACTAATAGC
321 TTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAA-AATTTTCAA-AGGCCTATTAGC
* * * * * * * * * *
1972268 TCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
384 ACTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
** * * *
1972331 TAGCTCTA-TTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTA
1 TAGCTC-AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * * *
1972395 GCGTTGTTTTAACTTGGATT-ATCCATTTCCCATTTACTTTAAAAAT-ATTACCAATTTATACAA
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* * * * * **
1972458 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTACTA--ACTATTGGTAGAA-TTTCAAACTGATAATGTT
128 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
* * * * *
1972520 GGTTGGACCTTAAAGGTTCAACTAGCT-GGAATAGCTC-AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
193 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
* * * * * * **
1972583 CCACAAGTTTAGAGGTTCAAGCCATCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCA
257 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCA
* * * * * *
1972647 TTTAATTTCAAACTAATT-CCACTTTAT-TCAG-T-TAT-AGAAAATTTTCAATTGTCC-ATTAG
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* * * * * * * * *
1972706 CTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAGTACTGGTTGGAGCTTGAAGGTTCATCTAG-TAGGAA
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* * * * * ** * * *
1972770 TAACTCTAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACTGCGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-T
1 TAGCTC-AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
* * ** * *
1972834 AGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAG
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* * * *
1972898 TTATATAAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC-ATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
128 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
* * * * *
1972962 TGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTA-GAATAGCTC-AGTTGGTTAGAGCGTGTGG--GATT
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* * * *
1973023 AACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGTTTTAA-TTTGAATTGT-CATTTCC
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* * * * *
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* * * * * * *
1973151 CTCT-GTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
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* * * * *
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1973278 GC------TTA-----GATTGTTCATTTCTCGTTTACTTTAAAAAT-ATTACCAA-TTATATATT
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1973330 TATATAAA-AAAATTAT-AATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATG
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
* * * * *
1973393 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAATAGCTC-AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAAC
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* * * * * **
1973456 CACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGGTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCAT
258 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCAT
* * * * * *
1973520 TTACTTT-CAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATGTAAAGAAAAGTTTCAATGGCCTATTAGCT
322 TTACTTTAAAAAT-ATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCA
** * ** ** * ** * ** *
1973583 CTTAACCCCAAGGTTGAAAGT-TCAAGACCTCTTGCTAGT-GTT-G---TTTTAGCTCGGA-TTG
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**
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441 CTGGAA
** * * ** ** ** * ** * * * ** * * ** * * *
1973645 TTTCCCATTTTCTTTCA-AATATACCAATTTATACAATTATAAATAAAATTTTTAATTG-TCT-A
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* *** * ** * * * *** * * * *
1973707 TTAGCTCAGC-TGGTAAAAGTGTCAAACTGA-CAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGT
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** *** * ** ** * * * * ***
1973770 TGGAATAGCT-CAGTTGGT-TAAAG---CGTTT-GGTTG--TTA-ACCAC-A-TGGTCGGAG-GC
114 TCCAATTTATACAGTT-ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTG-
* * ** * ** * * ** ***
1973823 TCAAGCCCT-CCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGACTGTCCATTTCCCATTTA-CTTTCAAATAT
177 TCAA--ACTGAC-AATA-C-TGGTTGGAGCTT-AAAGGTCCA------A-TTAGC-TAGGAATA-
* * * * ** * ** * * *
1973886 TAC-CAATTTA-TACA--AT-T-G-TG-TAAAGAAACATTTCA-ATGGCCTAT-TATCTCTA-TT
227 -ACTCTATTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACA-AGGTCAGA-GG--T-TCAAGCCCTACTT
* ** * * * ** * ** * *
1973940 GGTA-AAAT-TTTCAAAC--TGATAATAC-TGGTT-GGAGCTTAAAGGTCAAAGAAGCTGGAATA
286 -CTAGCGATGTTT-TAACTTTGATTATCCAT--TTCCCA--TT-TACTTTAAA-AA--T---ATT
* * * * * * ** * *
1973999 ACTTAGTTGGT-TAGAGCGTCTGGCTTTTAACCATAAGGTCGGGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTA
338 AC-CAATT--TATATA--GT-T---ATATAA-GA-AA-------ATTTTCAAAGGCCT--AT-TA
* * * * * ** ** * ** * ** * *
1974062 GCATTGTT-TTAATTTGAATTGCCCATTTCCCAT-TTACTTTCAAATTGCTAATTTAAACAGT-T
382 GCACTATTGGTAA----AAGTG-TCA-AACTGATAATA--TT--GGTTG-GACCTTAAA-GGTCC
* ***
1974124 ATAATA--AAAAA
435 A-ACTAGCTGGAA
** ** * * * *
1974135 TTTAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAA
1 --T-A-GCTCAGT---------TGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAA
*** * * ** * * ** *
1974200 GCCCAGTTTTTAGTGTTTTGTTTTAATTTGAATTGTTCATTTCCCATTAACTTTCAAAAT-ATTA
53 GCCCTCCTTCTAGCG--TTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-
* * * * *
1974264 CCAATTTATAC-GGT-TATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTCA-CT-GAGTTGGTAAAAGTGT
115 CCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAAT-AGCTCTA-TTGGTAAAAGTGT
* * * * *
1974325 CAAACTAACAATACTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCT-GGAATAACTCTGTTGGTTAGAG
178 CAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTATTGATTAGAG
* * * *
1974389 CGTGTAGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAG-CCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAA-TTTGAA
243 CGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-A
* * *
1974452 TTGTCCATTTCCC-TTTAACTTT-GAAATATTACAAATTTATATAGTTATATAATGAAAATTTTC
307 TTATCCATTTCCCATTT-ACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAA-GAAAATTTTC
* * * * * * *
1974515 AACGCCCTATTAGCTC-AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTTGTTGGACCTTAAAAGTC
370 AAAGGCCTATTAGCACTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTC
1974579 CAACTAGCTGGAA
434 CAACTAGCTGGAA
* * * * *
1974592 TAGCTCA-TTGGTTAGACCGTGTGGCTATTAACCACTAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * *
1974656 TGTTGCTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTAGTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
* * * * * * * *
1974721 TATAAA-AAAA--ATCAATAGACTATTAGCTCTTTTGCTAAAA-TTTCAAACTGATAATACTGGT
131 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
* * * * * * *
1974782 TGAAGCTCAAAGGTCCAATTAG-TTGGAATAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCAC
196 TGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTATTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCAC
* * *
1974846 AAGGTCAGAGGTTCAAGCCCT-CTTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTA
261 AAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTAC-TTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTTA
* * * *
1974910 CTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAA-TTTCAATGGCCTACTAG--CTAT
325 CTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACTAT
* * * * *
1974972 TTGTAAAA-TTTCAAACTGATAATGTTGGTTGGAGCTTAAAGGTTCAACTAGCTGGAA
389 TGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* *
1975029 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * *
1975094 CGTTGTTTTAGTTAGGATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CAACTTTATTCAGTT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAA-TTTATACAGTT
* * * * * * *
1975158 ATATTAAGAAAATTTTCAATTGCTTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAGTACTGG
130 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * * * * * *
1975223 TTGGAGCTTGAAGGTTC-ATCTAG-TAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAAC
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAAT-TAGCTAGGAATAACT-CTATTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
* * *
1975286 CGCGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-TAGCGAT-TTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCAT
258 CACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCAT
* * * * *
1975349 TTACTTTCAAAACAATACCAA-TTATACAGTTATATAAGAAAATTTTCAAATGCCTATTAGCAC-
322 TTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACT
* * * * * *
1975412 ATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAA
387 A-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* *
1975473 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGG-GATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* ** * * * * * *
1975537 TGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTCCCCATTTACTTTTAAAAT-ATTACCAATTTATACAATT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTT
* * *
1975601 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
130 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * *
1975666 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAGCTC-AGTTGATTAGA-CTGTGTGGCTGTTAAC
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGC-GTGTGGCTGTTAAC
* * * * ** * * *
1975728 CACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGC-ATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCA
258 CACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGA-TGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCA
* * * * * * *
1975791 TTTACTTT-AAAATATTACCAATTTATATAATTATATAA-TAAATTAT-AATA-GACTAATAACT
321 TTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAA-AGGCCTATTAGCA
* * * * * *
1975852 TTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
385 CTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* *
1975914 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * *
1975979 CGTTGGTTTAGCTGGGATTGACCATTTCCCATTTACATTCAAAATAATTCCATTTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
* * * * ** * ***
1976044 TGTAAAGAAAAGTTTCAATGTCCTATTAGCTCTTAACCCCAAGGTCGAAAGT-TCAAGACCTCTT
131 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTC-T-A----TTGGT-AAAAGTGTCAA-A-CTGAC
** * ** ** ** ** * *** *** * * * *** *
1976108 GTTAGTGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCC-ATTTCCCA-TTTTCTTTCAAAAT-ATTACCAATTTA
187 AATACTG--GTTGGAGCT-TAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTC-TATTGATTA-GAGCGTG
* ** * * * ** * ** * * ** * * *
1976170 T-ACAATTATA-TA-AA--TAAAATTTTTAATTGTCTATTAGTTC-AGC--TGGTAAAAGTGTCA
247 TGGCTGTTA-ACCACAAGGTCAGAGGTTCAA--G-C-CCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGA
* * * * *** * * *
1976227 -AACTGACAATACTGGTTGGAGC-TTAAAGGTCCAACTAGTTGGAATAGCTCAGTTGGT-TAGAG
307 TTA-T-CCATTTCCCATT-TA-CTTTAAA-----AA-TA--T----TA-C-CAATT--TATATA-
* * ** * ** ** * * * * ** ** *
1976289 CGTTTGGTTGTTAACCACATGGTCGGAGGCCCA--AGCCCTCCTT-CT-AGCGTTGTTTTAACTT
351 -G-TT--AT-ATAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACT-ATTGGTAAAAG-TG-TCAAACTG
* * * *** ** * ** * * * **
1976350 AGACTGTCCATT-TCCCATT-TACTTTCAAATA-TTACCAA
408 ATAATATTGGTTGGACC-TTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAA
*** * * * * * * ** * * **
1976388 TTTATACAATTGTGTAAAGAAACATTTCAATGGCCTATTATCTCTA-TTGGTAAAATTTTCAAAC
1 TAGCT-CAGTTG-GT-TAG-AGC--GT--GTGG-CTATTAAC-C-ACAAGGTCAGAGGTTC-AA-
*** * *** * * * ** *
1976452 TGATAATACTGGT-TGGAGC-TTAAAGGTCAAAGAAGCT-GGAATAACTTAGTTGGTTAGAGCGT
53 -G-CCCTCCT--TCT--AGCGTT----GT---TTTAGCTCGGATTGAC-CA--T--TT--CCCAT
** * * * * * * ** * ** *** *
1976514 CTGGCTTTTAACCATAAGGTCGGGAGGTTCA-AGCCCTCCT-TCTAGCG-TTGTTTT-AAT---T
98 -TTACTTTCAA-AATAA-TTC--CA-ATTTATA-CAGT--TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCC
* * *** ** * * * * * ** ** * * *
1976572 TGAATTGC-CCATTTCCCATTTACTTTCAAA---ATATTGCTAATTTAAACAGTTATATA-ATGA
154 T-AATAGCTCTA-TTGGTA-AAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC--TTA-A-AGGT-C
* ** * * * * * *
1976632 AAATT-TTTAATGGCCTATTAGCTC-AGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAGCCACAAGGTCTGA
211 CAATTAGCT-A-GG---AATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGA
* * * * * * * *
1976695 GGTTTAAG-CCTACTTTTTAGTGTTTGTTTTTAA-TTTGAATTGTTCATTTCCCATTAACTTTCA
270 GGTTCAAGCCCTAC-TTCTAGCG-ATG-TTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCATTTACTTTAA
** *
1976758 AAATATTACCAATTTATACGGTTATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATT--CACTGAGTTGGT
331 AAATATTACCAATTTATATAGTTATATAA-GAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACT-A-TTGGT
* * * * * * *
1976821 AAAAGTGTCAAACTAACAATACTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAA
393 AAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
1976875 TAACTCTGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
** * * * * * *
1976940 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAAT-ATTACAAATTTATATAGTT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTT
* * * * * * * *
1977004 ATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCAC-AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAATAATATTT
130 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
* * * * * * *
1977068 GTTGGACCTTAAAAGTCCAACTAGCT-GGAATAGCTC-ATTTGGTTAGACCGTGTGGCTATTAAC
194 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
* * * * * * * ** *
1977131 CACTAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCTCAT
258 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCAT
* * * ** * *
1977195 TTACTTTTAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAA-AAAACAATTCAATA-GACTATTAGCT
322 TTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAA-TTTTCAA-AGGCCTATTAGCA
* * * * * * * * *
1977258 CTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAATCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
385 CTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* ** * *
1977320 TAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1977385 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTAAAAAT-ATTACCAATTTATACAATT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTT
* * * * * * **
1977449 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCATACTA--ACTATTGGTAGAA-TTTCAAACTGATAATGTTGG
130 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * * * *
1977511 TTGGAGCTTAAAGGTTCAACTAGCT-GGAATAGCTC-AGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACC
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACC
* * * * **
1977574 ACAAGTTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCATT
259 ACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATT
* * * ** *
1977638 TAATTTCAAAATAATT-CCACTTTAT-TCAGTTATATTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCT
323 TACTTTAAAAAT-ATTACCAATTTATAT-AGTTATA-TAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCA
* * * * * * *
1977701 CAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAGTACTGGTTGGATCTTGAAA-GTTCATCTAG-TAGGAA
385 CTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTT-AAAGGTCCAACTAGCT-GGAA
* * * * * * * *
1977763 TAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAA-CAGCGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCA-CAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTC
* * ** * *
1977826 TAGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACA
63 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACA
* * * *
1977890 GTTATATAAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC-ATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATA
127 GTTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATA
* * * * * *
1977954 TTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACT-GGAATAGCTC-AGTTGGTTAGAGCGTGTGG--GAT
191 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTG-T
* * *
1978015 TAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTG-T-TCTTTAA-TTTGAATTGTCCATTT
254 TAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGT-TTTAACTTTG-ATTATCCATTT
* * *
1978077 CCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACTA--TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAA
317 CCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATA-TAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTAT
* * * * * * *
1978140 TAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAG
380 TAGCACTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGG
1978205 AA
445 AA
* * * * * *
1978207 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCATTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * ** * * *
1978271 GCATGGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATATAAT
65 GCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGT
* * * * * * * * * *
1978335 TATATAAA-AAAATTAT-AATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATG
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
* * * * *
1978398 GTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAATAGCTC-AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
194 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
* * * * **
1978461 CACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCT-CATTCTAGCGTTGGTTTATCTCGGATTGA-CCATTTCCCA
258 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTAC-TTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCA
* * *
1978524 -TTATCTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATAACGAAAAGTTTCAATA-GCCTATTA
321 TTTA-CTTTAAAAAT-ATTACCAATTTATATAGTTATATAA-GAAAATTTTCAA-AGGCCTATTA
* ** ** ** ** * ** * **
1978586 GCTCTTAACCCCAAGGTCGGAAGT-TCAAGACCTCTTGCTAGT-GTT-G---TTTTAGCTCGGA-
382 GCAC-T-A----TTGGT-AAAAGTGTCAA-A-CTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAAC
* ***
1978644 T--TTTCCA
438 TAGCTGGAA
** * * ** * *** ** * * * * * * **** **
1978651 TTTCCCATTTTCTTTCAAAATAT-TACCAATTTA-TACAA--TTATA---TAAATAAATTTTTC-
1 TAGCTCA-GTTGGTT-AGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
* ** * ** * * * *** *
1978708 A--GTTGTCTATTAGCTCAG-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATGGTTGGAGCTTGAAGGTCC
64 AGCGTTGT-T-TTAGCTCGGATT-G-ACCA-TTTCCCATTTAC--T--TT-CAAAAT-AA-TTCC
* *** * * * *
1978770 AACTAGTTGGAATAGCTCAGTTGGT-T--AG--AGCGTT---TGGTCGTTA-ACCAC-A-TGGT-
117 AA-T--TT---ATA---CAGTT-ATATAAAGAAAATTTTCAATGG-CCTAATAGCTCTATTGGTA
** * * * ** * ** * ** *
1978823 -CGGGGCTCAAGCCCT-CCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATGTCCATTTCCCATTTA-CTTTC
171 AAAGTG-TCAA--ACTGAC-AATA-C-TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCA------A-TTAGC--T-
* * * * * * ** * ** ** *
1978885 A-AAATATTAC-CAATTCA-TACA--AT-T--ATG-TAAAGAAACATTTCA-ATGGCCCATTATC
220 AGGAATA--ACTCTATTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACA-AGGTCAGA-GGTTCA--AGC
* * ** ** * *** * ** * **
1978940 TCTA-TTGGTA-AAAT-TGTCAAAC--TGATAAT--ATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCAAAGAAGC
279 CCTACTT-CTAGCGATGT-TTTAACTTTGATTATCCATT--TCCCA--TT-TACTTTAAA-AATA
* ** * * * ** ** ** *
1978998 TGGAATAACTTAGT-TGGTTAGAGCGTCTG--GCTTTTAACCACAAGGTCGGGAGGTTAAAGCCC
336 T-TACCAATTTA-TATAGTTATA---TAAGAAAATTTT---CA-AAGG-C-CTA--TT--AGCAC
* * ** * ** * ** * * ** *
1979060 TCCTT-CT-AGCGTTGTTTTAATTTGA-ATTGCCCATTTCCCATT-TACTTTCAAAATATTGCTA
386 T-ATTGGTAAAAG-TG--TCAAACTGATAAT----A-TT--GGTTGGACCTT--AAA-GGT-CCA
* * * *
1979121 ATTTAAACAGTTATA
436 A-CT-AGCTG-GA-A
* * *
1979136 TAATGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAGCCACAAGGT
1 T-A-G--------C--T---C-A-G-------TTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGT
* * * * * * ** * * ** *
1979201 CGGAGGTTTAAGCCCCCCTTTTAGTGTCGTTTTAATTTGAATTGTTCATTTCCCATTAACTTTCA
42 CAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCA
* * * * * *
1979266 AAAT-ATTACCAATTTATACGGTTATATAATGCAAATTTTCAACGGCCTATTCA-CT-GAGTTGG
107 AAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAAT-AGCTCTA-TTGG
* * * * *
1979328 TAAAAGTGTCAAACTAACAATACTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCT-GGAATAAATCTGT
169 TAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTAT
* * * *
1979392 TGGTTAGAGCGTG-GAGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTT
234 TGATTAGAGCGTGTG-GCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTT
* * * * *
1979456 TAA-TTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAACTTATACAGTTATATAATG
298 TAACTTTG-ATTATCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAA-G
* * * *
1979520 AAAATTTTCAACGGCCTATTAGCAC-AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTTGTTGGACC
361 AAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACC
*
1979584 TTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
425 TTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * * * *
1979606 TAGCTCATTTGGTTAGA-CTGTGTGGTTGTTAACCACTAGGTCGGAGATTTAAGCACTTCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGC-GTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* *
1979670 GCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATA-A--T
65 GCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTT
* * * * * * *
1979732 ATAT-AA-AAAA--TTCAATAGACTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAA-TGATAATACTGG
130 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * * * * * *
1979792 TTGAAGCTCAAAGGTCCAATTAG-TTGGAATAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCA
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTATTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCA
* * * *
1979856 CAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTA
260 CAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTTA
* * * **
1979921 CTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTACCAG--CTAT
325 CTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACTAT
* * * *
1979984 TGGTAAAA-TTTCAAACTGATAATGTTGGTTGGAGCTTAAAGGTTCAACTA--TGGAA
389 TGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
1980039 TTGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTCATAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* *** * *
1980103 CGTT-TTTTAGCTCGGATTGTCCA-TTCTTGTTTACTTTCAAAATAATTCCACTTTATTCAGTTA
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
* * * *
1980166 T-T-AAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAGTACTGGT
131 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
* * * * * * *
1980229 TGGATCTTGAAA-GTTC-ATCTAG-TAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAA-
196 TGGAGCTT-AAAGGTCCAAT-TAGCTAGGAATAACT-CTATTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
* *
1980290 CAGCGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-TAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCA
258 CA-CAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCA
* * * *
1980354 TTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCA
321 TTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCA
* * * * * *
1980419 C-ATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAA
385 CTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* *
1980481 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGG-GATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * ** * * *
1980545 TGTTCTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACTA-T
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATAC-AGT
* * * *
1980608 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCACTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTG
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
* * * *
1980673 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAGCTC-AGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAAC
194 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
* * * ** * * *
1980736 CACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCT-CATTCTAGC-ATGGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTC
258 CACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTAC-TTCTAGCGAT-GTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCC
* * * * *
1980798 ATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATAT-A-AAAATTAT--AA----TA-TAACT
320 ATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCA
* * * *
1980854 CTGTTGGT-AAATTTTCAAACTGATAATAATGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
385 CTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
1980915 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCATTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
*
1980980 CGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
* * * * ** ** ***
1981045 TATAACGAAAAGTTTCAATAGCCTATTAGCTCTTAACCCCAAGGTCGGAAGT-TCAAGACCTCTT
131 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTC-T-A----TTGGT-AAAAGTGTCAA-A-CTGAC
** * ** ** ** ** * *** *** * * * *** *
1981109 GCTAGTGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCC-ATTTCCCA-TTTTCTTTCAAAAT-ATTACCAATTTA
187 AATACTG--GTTGGAGCT-TAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTC-TATTGATTA-GAGCGTG
* ** * * ** *** * * ***
1981171 T-ACAATTATA-TA-AA--T-AAATTTTTC-AGTTGT-CTAT-TAGCTCA-GTTGGTAAAAGTG-
247 TGGCTGTTA-ACCACAAGGTCAGA-GGTTCAAGCCCTACT-TCTAGC-GATGTT-TTAACTTTGA
* * * * *** * * ** *** * * * *
1981225 TCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC-TTGAAGGTCCAACTAGTTGGAATAGCTCAGTTGGT-T-A
307 T--TA-T-CCATTTCCCATT-TA-CTTTAAAAATATTACCAATT--TATA--T-AGTT-ATATAA
*** * * * **** * ** **
1981287 G-AGCGTTT----GGTCGT-TAACCAC-A-TGGTCGGCG-GCTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTT-G
360 GAAAATTTTCAAAGG-CCTATTAGCACTATTGGTAAAAGTG-TCAA--ACTGATAATA---TTGG
** * * ** ** ** ** *
1981342 TTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTAC
418 TTGGACCTT-AAAGGTCCAACTAGC-TGGAA
* ** * * ** * * * *** ** * * **
1981373 T--TTCAAAAT-ATTACCA-ATTCAT-ACAATTATGTA-AA-GAAACA-TTTCAATGGCCCATTA
1 TAGCTC-AGTTGGTTA-GAGCGT-GTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAA--GCCC-TCC
**** ** * ** ** *
1981430 TCTCTATTG-GTAAAATT-G-TCAAACTGATAATATT--GGTTGGAGCTTAAAGGTCAAAAAGCT
60 T-TCTA--GCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCAT-TTCCCATT-TA-CTT-----TC-AAAA--T
* * * * * * ** * ** * *
1981490 GGAATAACTTAGTTGGT-TAGAGCGTCTGGCTTTTAACCACAA-GGTCGGGA-GG-TTAA-AGCC
111 --AAT-TC-CAATT--TATACA--GT-T---ATATAAAGAAAATTTTC--AATGGCCTAATAG--
* ** ** * * * * *** * ** *
1981550 CTCCTTCTAGCGTTGTTTTAA-T-TTGAATTGCCCATTTCCCATT-TA-CTTTCAAAATATTGCT
160 ---C-TCTA---TTGGTAAAAGTGTCAAACTG-ACAATACTGGTTGGAGC-TT--AAA-GGT-CC
* ** * * * * *
1981611 AATTTAAACAGTTATATAATGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGG
212 AA-TT----AGCTA-GGAAT---AA--CTCTATTG---ATTAG---AG--CG-T-GTG------G
* * * ** * * * *
1981676 CTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCCCCCCTTTTAGTG-TCGTTTTAA-TTTGAATTGTTC
250 CTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGAT-GTTTTAACTTTG-ATTATCC
* * ** * *
1981739 ATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACGGTTATATAATGCAAATTTTCAACGGCC
313 ATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAA-GAAAATTTTCAAAGGCC
* * * * * * *
1981804 TATT--CACTGAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTA
377 TATTAGCACT-A-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTA
1981867 GCTGGAA
440 GCTGGAA
** * *
1981874 TAAATCTGTTGGTTAGAGCGTG-GAGCTATTAACCACAGGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTG-GCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
** * * * * * *
1981938 GCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAAATTTCAAAAT-ATTACCAACTTATACAGT
65 GCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGT
* * * * * *
1982002 TATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCAC-AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATT
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
* * * * * *
1982066 TGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAATAGCTC-ATTTGGTTAGA-CTGTGTGGTTGTTA
193 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGC-GTGTGGCTGTTA
* * * * * * * * ** *
1982128 ACCACTAGGTCGGAGATTTAAGCACTTCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCTC
256 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCC
* * * * * *
1982192 ATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAA-AAAA-ATTCAATA-GACTATTAGC
320 ATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAA-AGGCCTATTAGC
* * * * * * * * * * *
1982254 TCTTTTGGTAAAATTTTCAAATTGATAATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
384 ACTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* ** * *
1982317 TAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * *
1982382 CGTTGTTTTAACTTGGATT-ATCCATTTCCCATTTACTTTAAAAAT-ATTACCAATTTATACAAT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGT
** * * **
1982445 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTACCAG--CTATTGGTAAAA-TTTCAAACTGATAATGTTG
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
* * * * *
1982507 GTTGGAGCTTAAAGGTTCAACT-GAT-GGAATAGCTC-AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
194 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
* * * * * * ** * ***
1982569 CACAA-GTCATAGATTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTATTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTTGTT
258 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATT
* * * * ** ** *
1982633 TACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAA-AAAAAATTCAATA-TTCTATTAGCTCT
323 TACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAA-AGGCCTATTAGCACT
* * * * * * * * *
1982696 GTTGGTAAAATTTTCCAACT-AGTAATACTGGTTGGAGCTTAAAGATCAAATTAGCTGGAA
387 ATTGGTAAAAGTGTCAAACTGA-TAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * *
1982756 TAGCTTATAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGGAGGTTTAAGCACTCC-T-T
1 TAGC-T-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
* * * * *
1982819 AGCGTTGTTTT-GCTCGAATTGACCATTTCCCATTTAATTTAAAAATAATTCCACTTTATTCAGT
64 AGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGT
* *
1982883 TATAT-AAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTC-ATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATA-TG
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
* * * * *
1982945 GTTGGAGCTTGAAGGTCC-ATCTAG-TAGG---AACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCT-TTAA
194 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAAT-TAGCTAGGAATAACT-CTATTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
* * *
1983004 CCTCAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-TAGTGATGTTTTAAC-TTGATTATCCATTTCCCA
257 CCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCA
* * *
1983067 TTTACTTTCAAAACA-TACCAATTTATACAGTTATATAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC
321 TTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC
* * * * * * * *
1983131 -ATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTTGAGCTTAAAGATACAACTAACTGGAA
386 TA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
1983192 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCATGTGGC-ATTAACCACAAGGTCATAGGTTCAATCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1983256 TGTTGTTTTA-ATTGAATTGTCCATTT-CCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTT
* * * *
1983318 ATATAAAGAAAA-TTTCAATGGCCTAATAGCT-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGG
130 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * *
1983381 TTGGAGCTT-AAGGTCCAA-TAGTTA-GAATAGCTC-AGTGATTAGA-CTGTGTGGC--TTAACC
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTATTGATTAGAGC-GTGTGGCTGTTAACC
* * * * * * ** * * *
1983439 ACATGTTC-GAATGTTCAAGCCCTCCTTCTAG-AATGTTTTAGCTCGGATTGTTCA-TTCTCATT
259 ACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATT
* * * *
1983501 TACTTTCAAAATATTAACAATTTATA-A-TTATA-AA-AAAATTAT-AATA-GAC-ATTA--ACT
323 TACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAA-AGGCCTATTAGCACT
* * * * *
1983557 CGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATA--AGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
387 -ATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
1983616 TAGCTCAGATGGTT--AGCGT-TGGC--TTAACCATAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1983676 -TTTG-TTTA-ATTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTT
* * *
1983737 ATATAAA-TAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAA-TGTCAAACTGATAATACTGG
130 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * *
1983800 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTT-GTTA-GAATAGCTC-AGTTGATTAGA-C-CGTGGCTGTTAAC
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAA-TTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
* * * * ** * * *
1983860 CACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGC-ATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCA
258 CACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGA-TGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCA
* * * * * *
1983923 -TTACTTT-CAAATATTACCAATTTATATAATTA-ATAA-AAAATTAT-AATA-GACTATTAACT
321 TTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAA-AGGCCTATTAGCA
* * * * *
1983982 CTGTTGGTAAAATTTTC-AACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
385 CTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
1984043 TATCTCAGATGGTTAGAGC--GTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTTAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
*
1984106 CGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
* * * * *
1984171 TATAAAGAAAAGTTT-AGTTGCCT-TTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
131 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
* * * * ** * * * *
1984234 TGGAGCTTGATGTTCCAACTAG-TAGGAATAGGTCCAATTTG-TTAGAGCATTTGGCTTTTAACC
196 TGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACT-CTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACC
** * * * * *
1984297 GTAAGGTTC-GAGGTTCAAATCCCTCCTTCTAGCGATGTTTTAACTCTGATTGTGCATTT-CCAT
259 ACAAGG-TCAGAGGTTC-AAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCAT
* * * *
1984360 TTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCAC
322 TTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC
* * * * * * **
1984425 -ATTTGTTAAAAGCGTTAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAAAA
386 TA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * *
1984486 TAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTCTGAC-ATTAACCACAAGGTCAGAGGTTTAAGCCATTCTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * * * *
1984550 TGTTATTTTTA-TTTGAATTGTCCATTTCCCA-TTACTTTCAAAAT-ATTCC-ATTTATAAAATT
66 CGTT-GTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTT
* * * * * * * * *
1984611 TTATGAAGCAAATTTTTAATGGCCTATTAGTTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
130 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * * * * * * * *
1984676 TTGGAGCCTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAGCT-TAGTGGTTAGAACTTGTGGCTATTAA-C-
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTATTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCA
* * * * * ** *
1984737 CAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTTCTTATAGTG-TGTTTTAGCTCAGATTGA-CCATTTCCCTTTT
260 CAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATTT
* * * * *
1984800 ACTTTCAAAAATA-T--CAATTTATA-A-TTATATAA-AAAA-ATTCAATGGGCTATTAGCTCTT
324 ACTTT-AAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACTA
* * * * ** * **
1984858 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGTTTAAAGGTCAAAGAAGCTGGAA
388 TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * ** *
1984917 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCCTGTGGCTGTTAACCACAAGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
** * * **** * * *
1984982 CGTT-TTTTATTTTGAATTGTTTGTTTCCCATTTGCTTTC-AAAT-ATTACCAATTTATGCAATT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTT
* * * ** **
1985044 GTAT-AATAAAA-TTTCAATGGCCTATTAGCTCTTAACCCCAAGGTCGGAAGT-TCAAGACCTCT
130 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTC-T-A----TTGGT-AAAAGTGTCAA-A---CT
* * ** ** ** * * *** *
1985106 G-C--TAGTGTTTTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCATTTCTTTCAAATATTACCAATTTATAC
184 GACAATACTG--GTTGGAGCT-TAAAGGTCCAATT--A--GC-TAGGAATA--A-C--TCTAT--
* * *** ** * *** * * **
1985168 AATTATATAAAAAAAT-TTTCAATTGTATAGCTCAGTTGGT-A-AAGTGTCAA--ACTGAC-AAT
234 --TGAT-T-AGAGCGTGTGGC---TGT-TAAC-CACAAGGTCAGAGGT-TCAAGCCCT-ACTTCT
* * ** ** * ** * *
1985227 A-C--TGGTTGAAGC-TTG---A---AGGT-CCAACTA-GTT-GGAATA--GCTCAGTTGGT-TA
288 AGCGATGTTTTAA-CTTTGATTATCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTAC-CAATT--TATA
* * * ** * ** ** * * * ** * *
1985276 GAGCGTTGGTTGTAACCACATGGTCGGAGG-CTCA--AGCCCTCCTT-CT-AGTGTGTTTTAACC
349 TA--GTT--ATATAAGAAAATTTTCAAAGGCCT-ATTAGCACT-ATTGGTAAAAGTG--TCAAAC
*** ** * *** * * * **
1985336 TGGAT--T-TCCATT-TCCCATTTACTTTCAAAATA-TTACCAA
406 T-GATAATATTGGTTGGACC-TTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAA
*** * * * *** * * ** * ** * **
1985375 TTTATCAATT-ATAAAGAAATTTCAATGGCCTATTATCTCTA-TTGGT-AAAATTGTCAAACTAT
1 TAGCTCAGTTGGT-TAG-AGCGT--GTGG-CTATTAAC-C-ACAAGGTCAGAGGT-TCAAGCCCT
** * ** * ** * ** * * ** ** **
1985437 AATACT-G-GTTGGAGCTTAAAGGTC--AAAGA--AGTT-GGAATAAC-TT--AGTTGGTTAGAG
58 CCTTCTAGCGTT---G-TTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCA-
** ** * * *** ** * * * * * *
1985492 CGTT-GGCTGTTA-ACCACAAGGTCGGGAGGTTCAA-GCCCTCAT-TCTAGTGTTGTTTTAATTT
118 ATTTATACAGTTATA-TA-AA-G--AAAATTTTCAATGGCCTAATAGCT-CTATTG--GTAA---
* * * ** ** * * **
1985553 GAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTGCTAATTTAAACTGTTATATA-ATGAAAATT
172 -AAGTGT-CA------A---AC--TGACAATA---CTGGTTGGAGC--TTA-A-AGGT-CCAATT
** * * * * * * * *
1985617 -TTTAATGGCCTATTAGCTC-GTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTA
216 AGCT-A-GG---AATAACTCTATTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCA
* * * * * ** *
1985680 AGCCCTCCTTTTAGTGTTGTTTTAA-TTTGAATTATTCATTTCCCATAAACTTTCAAAATATTA-
276 AGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTAC
* * *
1985743 CAATTTATA-CGGTATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATT--CACTAAGTTGGTAAAAGTGTC
340 CAATTTATATAGTTATATAA-GAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACT-A-TTGGTAAAAGTGTC
* * * * * * * *
1985805 AAAATAACAATACTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAA
402 AAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * *
1985850 TAACTCTGCTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
** * * * *
1985915 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAAT-A--CCAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
* * * * * * *
1985977 TCTAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTC-AGTTGGT-AAAGTGTCAAACT-A-ACTATTTG
131 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * * * *
1986038 TTGGA-CTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAATAGCTC-ATTTGGTTAGACCGTGTGGTTGTTAACC
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACC
* * ** * * * * ** *
1986100 ACTAGGTCGGAGGTTTTAGCCCTTCTTCTACCGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCTCATT
259 ACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATT
* * * * *
1986164 TACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATA-AA-AAAA--TTCAATA-GACTATTAGCTCT
323 TACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAA-AGGCCTATTAGCACT
* * * * * * * *
1986224 -TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
387 ATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* ** * *
1986283 TAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
1986348 CGTTGTTTTAACT--TATT-ATCC-TTTCCCATTTACTTT-AAAAT-ATTACCAATTTATACA-A
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGT
** * * **
1986406 T-TATAAAGAAAA-TTTCAATGGCCTACCAG--CTATTGGTAAAA-TTTCAAACTGATAATGTTG
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
* * * * *
1986466 GTTGGAGCTTAAAGGTTCAACT-GAT-GGAATAGCTC-AGTTG-GTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
194 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
* * * * * ** * ***
1986527 CACAA-GTCATAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTATTTTAGCTCGGATTGTCCA-TTCTTGTT
258 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATT
* * * * *
1986590 TACTTT-CAAA-ATT-CCACTTTAT-TCAGTTATATAAGAAAATTTTC-AATGCCTATTAGCTCA
323 TACTTTAAAAATATTACCAATTTATAT-AGTTATATAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACT
* * * * * *
1986650 ATTGGT-AAAGTGTCAAACTGACAGTACTGGTTAGATCTTGAAA-GT-CATCTAG-TAGGAA
387 ATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTT-AAAGGTCCAACTAGCT-GGAA
* * * * * * * *
1986708 TAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAA-CAGCGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCA-CAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTC
* * * *
1986771 TAGCGATGTTTTAACT----TTGATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACA
63 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACA
* * * * *
1986832 GTTATATTAAG-AAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC-ATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATA
127 GTTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATA
* * * * * * *
1986895 CTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACT-GGAATAGCTC-AGTTGGTTAGAGC--ATGGC-ATT
191 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTT
* * * *
1986955 AACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGTTTTAA-TTTGAATTGTCCATTTCC
255 AACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCC
* * * * *
1987019 CATTTACTTT--CAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAG
319 CATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAG
** * * * * *
1987082 CTTTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
383 CACTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * *
1987146 TAGCTCAGTTGATTGGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
** ** * * *
1987210 GAATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATATAAT
65 GCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGT
* * * * * ** * * * *
1987274 TATATAAA-AAAATTAT-AATAGACTATTAACTCCGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATG
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
* * * * * *
1987337 GTTGGAGCTTAAAGGTCTAACTAGCT-GGAATAGCT-TAGATGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAAC
194 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
* * * * * *
1987399 CATAAGGTCAGAGGTTCGAGCCCTTCTTCTAGTGTTGTTTTAA-TTTGATTGTCCATTTCCCATT
258 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATT
* * * * * * * *
1987463 TACTTTCAAAATATTACC-ATTTATACA-ATAT-TTA-AAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTG
323 TACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACTA
* * * * *
1987524 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
388 TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * *
1987583 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCAAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* ** *
1987648 CATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTC--AA-AA--CCAATTTATA-A-TTA
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
*** * * * * * *
1987706 TATAAA-AAAA---T-AATATACTATTA--ACTATGTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAAT-G
131 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTAT-TGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * * *
1987763 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAATAGCTC-AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACC
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACC
* * ** * **
1987826 ACAAGGTC-GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGGATTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCATT
259 ACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATT
* * * ** * *
1987889 TACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTTTTAGCTC
323 TACTTTAAAAAT-ATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC
* * * * * * *
1987953 AATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGATGTTCCAACTAG-TAGGAA
386 TATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAA
* * * * * ** *
1988014 TAG-TCCAATTTGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGTAAGGTTC-GAGGTTCAA-TCC-CCTTCT
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGG-TCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
* * ** ** ** *
1988075 AGCGATGTTTTAACTCTAATTGTGCATTTCGTATTTACTTTCAAAAT-ATACCAATTTATACAGT
64 AGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGT
* * * * * * *
1988139 TATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCAC-ATTTGTTAAAAGCGTTAAACTGAC-A-A-T
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
* * * * * * * *
1988200 GGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-AAATAGCT-TAGTTGGTTAGAGCGTCTGAC-ATTAA
193 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
* * * * * * * * *
1988262 CCACAAGGTCAGAGGTTTAAGCCATTCTTTTAGTGTTATTTTAA-TTTGAATTGTCC-CTTCCCA
257 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCA
* * * * * * *
1988325 TTTACTTTCAAAATATTACC-ATTTATAAAATTTTATAAAGAAAA-TTTGAATGGCCTATTAG-T
321 TTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCA
* * * * * *
1988387 TTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCC-T-AAGGTCCAACTAGTTAGAA
385 CTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGA-CCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * ** * ** * ** ***
1988448 TAGCTTAGTTGGTTAGAACTTGATAATACTGGTTGAAGTTTA-AAGGTCAAAGAAGCTGGAATAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTG-T--GGCT-ATT-AA--CCACAAGGTC--AG-AGGTTCAAGCC
* * * * * * * *** * *
1988512 CTCAATTGGTTAGCCTGTGGCTGTTAACCACAAGG-TTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTTTAGCGTT
56 CTC-CTT--CTAG-C-GTTG-T-TTTAGCTC--GGATT-GA----CCATTTC-CCATTTA-CTTT
**** * ** * * * * * * ** *** * *
1988576 -GTTTTATTTTGAATGTTTGTTTCCCA-TTGCTTTCAA-AATATTACCAAT-TTATAAATTG-TA
105 CAAAATAATTCCAA---TT-TAT-ACAGTT-ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCT-AATAGCTC
* * * * * * *** * *
1988636 TAAT-G-AAAATTTTC-AA-TGGCCTATTAGCT-CTT--A-CCCCAAGGTCGGAAGTT--C-AAG
163 TATTGGTAAAAGTGTCAAACT-GAC-AATA-CTGGTTGGAGCTTAAAGGTC-CAA-TTAGCTAGG
* * ** * *** ** ***
1988690 ACCT--CTTGCTAGTGTTGTTTTAGCTCG-GATTGTCCT-TT--CC-CATTTTCTTTCAAAAT-A
223 A-ATAAC-T-CTA---TTG-ATTAGAGCGTG--TG-GCTGTTAACCACAAGGTC--AGAGGTTCA
** * * * * * * *** * * ** *
1988747 ATACCAATTTATA-CAAT-TATATAAATAAAATTTTCAATTGT-ATATTAGCTCAGTTGGTAAAA
276 AGCCCTACTTCTAGCGATGT-TTTAACTTTGATTATCCATT-TCCCATT---T-ACTT--TAAAA
* * * * * * * ** *
1988809 GT-GT-CAAACTTACTACTGGTTGGAGCT-TGAAGGTCCAACTAGTTGGAATA-GCTCGTGGTTT
333 ATATTACCAATTTA-TA-TAGTT--A--TAT-AA-G---AA-AATTTTCAA-AGGC-C-T--ATT
* * ** ** * ** * ** **
1988870 AG-AGCGT-TTGGTTTAACAGGTCGGAGGCTCAAGCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAACTTGGATT
381 AGCA-C-TATTGG--TAA-AAGT-----G-TCAA-ACTGATAATA-T-TGGTTGGACCTTAAAGG
* **
1988933 TCC-ATTTCCT---A
432 TCCAACTAGCTGGAA
* * * * *** ** * * * ** * * ** * *
1988944 T---TTACTT--TCAAAATAT-TACCAATTTACAATTATGTAAAGAACATTCAATGGCCT-ATAT
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGT-CAG-AGGTTCAA-GCCCTCCT-T
* *** ** * * * * *** * ** *
1989002 CT--CTATTGGTAAAATG-TCAAACTGA-TAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCAAAGA-AGCTG
62 CTAGC-GTT-GTTTTA-GCTCGGATTGACCATTTCCCATT-TA-CTT-----TCAAA-ATAATTC
* * * **** ** *
1989062 GAA--TA-ACTTAGTTGGT-TAGAGCGTCTGGCTTTACCACATGGTCGGGAGGTTCAAGCCCTCC
116 CAATTTATAC--AGTT-ATATAAAGAAAAT---TTT--CA-ATGG-C-CTA--AT--AG-----C
* * * * ** ** *
1989123 TTCTAGTGCTGTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTACTTTCAAAATATGCTAATTTAAACTG
161 -TCTA-T--TG-GTAA----AAGTGT-CA------A--AC--TGACAATA--CTGGTTGGAGC--
* ** * * * * * *
1989188 TTATATA-ATGAAAATT--TTAATGGCCTATTAGCTC-AGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAGC
202 TTA-A-AGGT-CCAATTAGCT-A-GG---AATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
* * * * * * *
1989249 CACAAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTCCTTTTAGTGTTGTTTTAA-TTTGAATTATTCA-TT-CCA-
258 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCAT
* * ** * *
1989310 -AACTTTCAAAATATTACCAA-TTATACGGTTATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTAGT--CAC
322 TTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAA-GAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC
* * * * * * * *
1989371 TGAGTTGGTAAAAGTGTCAAAATAACAATACTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAA
386 T-A-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * *
1989434 AAACTCTGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTATT-ACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* ** * * *
1989498 CGTTATTTTAATTTGAATT-ATCCATTTCCCATTAACTTTC-AAAT-ATTACCAATTTATACAGT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGT
* * * * *
1989560 TATCTAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTC-AGTTGGTAAAAGTGTC-AACTAACAATA-T
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
** * * * * *
1989622 TTTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAATAGCTC-ATTTGGTTAGACCGTGTGG-TGTTAA
193 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
* ** ** * * * ** *
1989684 CCACTAGGTTGGAGGTTTTAGCCCTTCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTT-TCA
257 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCA
* * * * ** *
1989747 TTTACTTT-CAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAA-AAAA--ATCAATA-GTATATTAGCT
321 TTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAA-AGGCCTATTAGCA
* * * * * * * * * *
1989807 CTTTTCGTAAAATTTTC-AACTGATAATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
385 CTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * ** *
1989868 TAGCTCTGTTGGATAGAGCGTGTACCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1989933 CGTTGTTTTTAACT-GGATTGTCC-TTTGCCATTTACTTTAAAAAT-ATACCAATTTATACA-AT
66 CGTTG-TTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTT
* * * **
1989994 -TATAAAGAAAATTTTC-ATGGCCTACTAG--CTATTGGTAAAA-TTTCAAACTGATAATGTTGG
130 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * * * *
1990054 TTGGAGCTT-AAGGTTCAACTAGCT-GGAATAGCTC-AGTTGGTTAGAGTGTGTGGCTGTTAACC
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACC
* * * * ** * **
1990116 ACAAGTTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTTATTT
259 ACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTT
* * * * * ** ** * *
1990181 ACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAAAATTCAATA-TTCTATTAGCTCTG
324 ACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAA-AGGCCTATTAGCACTA
* * * * * * * *
1990245 TT-GTAATA-TTTCCAACTGATAATACTGGTTTGGAGCTTAAAGATCAAATTAGCTGGAA
388 TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGG-TTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * * *
1990303 T-GCTTATAGATGGTTATAGCGTGTGGCTGTTAACC-CAAGGTCGGAGGTTTAAGCACTCCTTAT
1 TAGC-T-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
* * *
1990366 AGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCA-TTAATTTCAAAATAATTCCACTTTATTCAG-
64 AGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGT
* * * * *
1990429 TATATTAAA-AAAA--ATCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAGTACT
129 TATA-TAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
* * * * * * *
1990491 GGTTGGAGCTTGAAGGT--TATCTAG-TAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTA
193 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAAT-TAGCTAGGAATAACT-CTATTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTA
* * *
1990553 ACCGCGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-TAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCC
256 ACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCC
* * * ** *
1990617 ATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACGGTTATATAAAGAAAATTTTCAAAGGCATATTAGC
320 ATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGC
* * * * * *
1990682 AC-ATTTGTTAAAGTGTCAAACTG---ATACTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACT-GAA
384 ACTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
*
1990740 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTG-GG--ATTAA-CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* ** * * * *
1990801 TGTTG-TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTT
* * *
1990864 -TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACT-G
130 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * * *
1990927 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAGCTC-AGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACC
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACC
* * * * ** * * *
1990990 AC-A-TTC-GAAGGTTCAAGCCCT-CCTCTAGC-ATTATTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCAT
259 ACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGA-TGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCAT
* * * * **
1991050 TTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAA-AAAA-TAT-AATA-GACTATTAACTT
322 TTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAA-AGGCCTATTAGCAC
* * * * *
1991111 TGTTGGTAAAATTTTCAAACTGAT-ATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
386 TATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
** ** *
1991171 TAGCTCAGAAGGTTAGAATGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
*
1991236 CGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATTCCAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
* * * ** *
1991300 TGTAAAGAAAAGTTTCAATGGCCTATTAGCTCTTAACCCAAGGTCGAAAGT-TCAAGACCT--C-
131 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTC-T-A---TTGGT-AAAAGTGTCAA-A-CTGACA
* * * ** ** ** ** * *** *** * * * *** *
1991361 TTGCTATGTTTTAGCTCGGATTGTCC-ATTTCCCA-TTTTCTTTCAAAAT-ATTACCAATTTAT-
188 ATACT-GGTTGGAGCT-TAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTC-TATTGATTA-GAGCGTGTG
* ** * * * ** * * * ** * * *
1991422 ACAATTATA-TA-AA--TAAAATTTTTAATTG-TCTA-TTAGCTCAG-G-TGGTAAAAGTGTCA-
249 GCTGTTA-ACCACAAGGTCAGAGGTTCAA--GCCCTACTT--CT-AGCGATGTTTTAACTTTGAT
* * * * *** * * * * *
1991478 AACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGTTGGAATAGCTCAGTTGGT-TAGAGCG
308 TA-T-CCATTTCCCATT-TA-CTTTAA-----AA--A--T--ATTA-C-CAATT--TATATA--G
* * * ** * ** * * * * * ** * **
1991542 TTTGGTTGTTACCACATGGTCAGAGG-C--TCAGCCCTCCTT-CTAGCATTGTTTAACTTGA-AT
352 -TT--ATATAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACT-ATTGGTAAAAGTGTCAAAC-TGATA-
* ** * * ** * ** **
1991602 GTCCATTTCCCATT-TACTTTCAAAATATTACCAATTTATAATGGCC
411 AT--A-TT--GGTTGGACCTT--AAA-GGT-CCAA-CTA-GCTGGAA
* ** * *** * * * * * *
1991648 TA--TTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAAG--CTCAC
1 TAGCTCAG-TTGGTTAGAGCG-T---GTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTC-C
* * * * * ** *
1991709 TTTTAGTGTTTGTTTTTTA-TTTGAATTGTTCATTTCCCATTAACTTTCAAAAT-ATTACCAATT
60 TTCTAGCG-TTG--TTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATT
* ** * *
1991772 TATAC-G-T-TATAATGAAAATTTTCAACAGCCTATTCA-CT-GAGTTGGT-AAAGTGTCAAACT
121 TATACAGTTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAAT-AGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACT
* * * * * * *
1991831 AACAATACTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCT-GGAATAA--CTGTTGGTTAAAGCGTGTA
184 GACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTATTGATTAGAGCGTGTG
* * *
1991893 GCTATTAACCACAAGGTCA-AGGTTCAAGCCCT-CTTTCTAGCGTTGTTTTAA-TTTGAATTGTC
249 GCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTAC-TTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATC
* * * *
1991955 CATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACAAATTTATATAGTTATATAATGAAAATTTTCAACGGC
312 CATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAA-GAAAATTTTCAAAGGC
* * * *
1992020 CTATTAGC-TTAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAATAATATTTGTTGGACCTTAAAAGTCCAACTA
376 CTATTAGCACTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTA
1992084 GCTGGAA
440 GCTGGAA
* * * * * *
1992091 TAGCTC-TTTGGTTAGACCGTGTGGCTATTAAACCACTAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTTCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATT-AACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * *
1992155 GTGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTT
65 GCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTT
* * * * * * * *
1992220 ATATAAA-AAACA-ATTCAATAGACTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTG
130 ATATAAAGAAA-ATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
* * * * * *
1992283 GTTGAAGC-TCAAGGTCCAATTAG-TTGGAATAGCTCTGTTG---AGAGCGTGTGCCTGTTAACC
194 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTATTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACC
* * * * * **
1992343 CCAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTACTAGCTATTGGTAGAATTTCAAAC--TGATAAT-GTTG
259 ACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGA-T-GT----TTT--AACTTTGATTATCCAT-
*** * * * ** * * * * * *
1992405 GTTGGAGATTAAAGGTTCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGT-TAGAGCGTGTGGTTGTTAACC
315 -TT-CCCATT-TA-CTTTAA--AAAT--ATTA-C-CAATT--TATATA--GT-T--AT-ATAA-G
* * * * * * * ** *** * * * *
1992469 ACAA-GTTCAGAGG--T-TCAAGCCCTCCTT-CT-AGCGTTGTTTTA--GCTCAGATTGACCATT
361 AAAATTTTCAAAGGCCTAT-TAGCACT-ATTGGTAAAAG-TGTCAAACTGATAATATTG---GTT
** * ** * * ** ** *
1992526 -TCCCATTTAATTTCAAAATAATTCCATTT
420 GGACC-TTAAAGGTCCAACTAGCTGGA--A
* ** * * * * * * *
1992555 TA-TTCAGTTATATTAAGAAAATTTTCAAT-TGCCTATTAGCTCA-ATTGGT-AAAAGTGTCAAA
1 TAGCTCAGTT-GGTT-AG---A---GC-GTGTGGCTATTAAC-CACA-AGGTCAGAGGT-TC-AA
** * * * * * * * **
1992616 CTGACAGTACTTGTTGGAGATTGAAGGTTCATCTAG-TAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCAT
53 --G-CCCTCCTT-CTAGCG-TT----GTT--T-TAGCTCGGATTGA--CC-A-T--TT--CCCAT
* * *** ** * * * * ** ** *
1992680 TTGGCTTTTAACCGCGAGGTCCGAGGTTCA-A-AGCCCTACTTTAGCG-ATGTTTT-AACTTTG-
98 TT-ACTTTCAA--AATAATTCC-A-ATTTATACAG--TTA-TATAAAGAAAATTTTCAA--TGGC
* * ** * * * ** *
1992740 ATTATCCATTTCCCATT--T---ACTTTCAAACAAT-ACCAAT--T--TATACAG-TTATATAAG
153 CTAAT--AGCT-CTATTGGTAAAAGTGTCAAAC--TGA-CAATACTGGT-TGGAGCTTA-A-AGG
** ** * * * * ** ** ** * * *
1992794 -AAAATTTTCAAAGGCCTATTA-TCACATTTG-TTA-AAAGTGTCAAACTGACAA-TAC-TGGTT
209 TCCAATTAGC-TAGG--AATAACTC-TA-TTGATTAGAGCGTGT--GGCTGTTAACCACAAGGTC
* * * ** * * *
1992853 TGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCTCA-GTTGGTTAGAGCATGTGGCATTAACCACAA
267 AGAGGTTCAA-G-CC--CT-ACT--TCTAGC-GATGTT--TTA-A-C-T-TTG-ATT-ATC-C-A
** ** * *** * * * * * * *** ** *
1992917 GGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTT-CTTTTAATTTGA-ATTGTCCATTTCCCATTTAC
314 TTTCCCA--TT-TA---CTT-TAAAAATATTAC---CAATTT-ATATAGT-TATATAAGA-AAAT
** * * * * * * * *
1992980 TTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAG-AAAATTTTC-AA-TGGCCTAATAGCTTT
366 TTTC--AA-A-GGCCTA-TTA-GC-ACTAT-T--GGTAAAAGTGTCAAACT-G-ATAATA--TTG
* * * *
1993042 GTTGG---TAAAATTGTCAAACT-GAT--AA
417 GTTGGACCTTAAA-GGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * * * *
1993067 TA-CT-GGTTGGAGCTTAAAG-GTCCAATTAGTTATAATAGCTC-AGTTGATTAGACCGTGTGGC
1 TAGCTCAGTT-G-G-TTAGAGCGT----GTGGCTATTA-ACCACAAG--G-TCAGA------GG-
* ** ** * * * *** ** **
1993128 TGTTAA-CCACATGTTTGAAG-GTTCAAGCCCTCCTT--CTAGAATTGTTTTAGCTCGGATTGTT
48 T-TCAAGCC-C-TCCTTCTAGCGTT---G---T-TTTAGCTCGGATTG-ACCATTTCCCA-T-TT
* * ** * * ** * * * * * *
1993189 CCTTTCTCATTTACTTTCAAAATATTGCCAACTTATATAATTATATAAAAAAATTAT-AATAGAC
100 ACTTTC-AAAATAATTCCAATTTA-T-AC-AGTTATA------TA-AAGAAAATTTTCAATGGCC
* * ** * * ** * * *
1993253 TATTAACTCCGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATGATAATAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGC
154 TAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGC
* * * * * *
1993318 T-GGAATAGCTC-AGATGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCATAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTT
219 TAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTA
* * * *
1993380 CTTCTAGTGTTGTTTTAA-TTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTA
283 CTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTA
* * * * * * * *
1993444 TACAATTATATAAATAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATA
347 TATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATA
* * * * *
1993509 ATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTTGTTAGAA
411 ATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * *
1993545 TAGCTTAGTTGATTAGA-CTGTGTGGCTGTTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGC-GTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCT
* ** * * *
1993608 AGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAAT-ATTGCCAATTTATATAA
64 AGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAG
* * * * * * * * * *
1993672 TTATATAAA-AAAATTAT-AATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAAT
128 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
* * * *
1993735 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAATAGCTC-AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
193 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
* * * * * **
1993798 CCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGGTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCA
257 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCA
* * * ** *
1993862 TTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTTTTAGC
321 TTTACTTTAAAAAT-ATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGC
* * * * * * *
1993926 TCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGATA-TTCCAACTAG-TAGGAA
384 ACTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTT-AAAGGTCCAACTAGCT-GGAA
* * * * * * ** *
1993989 TAGGTCCAATTTGTTAGAGCTTTTGGCTTTTAACCGTAAGGTTCA-AGGTTCAAATCCCTCCTTC
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGG-TCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTC
* * * ** *
1994053 TAGCGATGTTTTAACTCTGATTGTGCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAG
63 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAG
* * * * * * *
1994118 TTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCAC-ATTTGTTAAAAGCGTTAAACTGACAATAC
128 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
* * * * * * * * *
1994182 TGGTTGGATCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-AAATAGCT-TAGTTGGTTAGAGCATCTGAC-ATTA
192 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTA
* * * * * * * * *
1994244 ATCACAAGGTCAGAGGTTTAAGCCATTCTTTTAGTGTTATTTTAA-TTTGAATTGTCCATTTCCC
256 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCC
* * * * * * * * *
1994308 ATTTACTTTCAAAATATTACC-ATTTATAAAATTTTATAAAGCAAATTTTGAATGACCTATTAGT
320 ATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGC
* * * * * * *
1994372 TCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTAATAATACTGGTTGGAGCC-TAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
384 ACTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGA-CCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * ** * *
1994435 TAGCTTAGTTGGTTAGAACTTGTGGCTATTAACCACAAGGTC-GAGGTTCAAGCTATTCTTATA-
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * *
1994498 -G-TG-TTTAGCTCAGATTGACCA-TTCTCTTTTACTTTCAAAATAATAT-CAATTTATATAATT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAAT-TCCAATTTATACAGTT
* * * * *
1994558 ATAT-AA-AAAA--TTCAATGG-CTATTAGC-CTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGG
130 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * ** * * * * *
1994617 TT-GAGTTTAAAGGTCAAAGAAGCT-GGAATAGCTC-AGTTGGTTAGAGCCTATGGTTGTTAACC
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACC
* ** * * * * * ***
1994679 ACTAGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTTTAGCGTTGTTTT-ATTTTGAATTGTTTGTTTCCCATT
259 ACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCATT
* * * * * * *
1994743 TGCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTGTATAATGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCT
323 TACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAA-GAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC-
** ** ** ** * ** * ** *
1994808 TAACCCCAAGGTCGGAAGT-TCAAGACCTCTTGCTAGT-GTT-G---TTTTAGCTCGGA-TTG-T
386 T-A----TTGGT-AAAAGTGTCAA-A-CTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCT
**
1994865 -CCA
443 GGAA
** * * ** *** ** * * * * * ** * *
1994868 TTTCCCATTTTCTTTCA-AATAT-TACCAATTTA-TACAA--TTATA-AAT-AA---AT-TTTC-
1 TAGCTCA-GTTGGTT-AGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
* * * ** ** * * *** *
1994921 A--ATTGTATTAGCTC-AATTGGTAAACGTCAAACTGACA-ATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCC
64 AGCGTTGTTTTAGCTCGGATT-G---AC--C-ATTTCCCATTTACT--TT-CAAAAT-AA-TTCC
* **** * *
1994982 AACTAGTTGGAATAGCTCAGTTAGT-TAGAGCGTTTGGTTGTTAACCACATGG-TTGGAGGCTCA
117 AA-T--TT---ATA---CAGTTA-TATA-A-AG-AAAATT-TT---CA-ATGGCCT--A--AT--
* * * ** ** * * *** * **
1995045 AGCCCTCCTT-CT-AGTGTTGTTTTAACTTGGATTTCCATTTCCCATT-TA-CTTTCAAAATATT
158 AGCTCT-ATTGGTAAAAG-TG-TCAAAC-T-GA----CAATACTGGTTGGAGC-TT--AAA-GGT
* * * * * *** * *
1995106 ACCAATTTATACAATTATGCAAAGAAACATTTCAATGGCCTATTATCTC-TATTGGTAAAATTGT
210 -CCAA-TTA-GC---TA-G-GAA-TAAC---TCTATTG---ATTAGAGCGT-GTGG-----CTGT
* * * ** ** * ** * * * *** *
1995170 CAAACTGATAA--T-ACTGGTTGGAG-CTTAAAGGTCAAAGAAGCTGGAATAACTTAGTTGGTTA
254 -TAAC-CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCT--ACTTC-TAG-CGATGTTTTAAC-T--TTGATTA
** * * ** * ** * * * *
1995231 GAGCGTCTGGC-TGTTAAC--CACAAGGTCGGGAGGTTCAAGCC-CTCCTTCTAGT-GTTGTTTT
310 -TCCATTTCCCAT-TT-ACTTTA-AAAAT----A--TT--A-CCAAT--TTATA-TAGTT-ATAT
* * ***** * * ** * * * * *
1995291 AATATGAATTTTCCGTTTCCCATT--TACT-TT-CAAAATATTG-CTAA-T-TTAA-ACT-GTTA
358 AAGA-AAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACTATTGGTAAA-AGTGTCAAACTGATAATATTGGTTG
* ** * ** ** * *
1995347 TATAATGAAAATTTTTAA-TGGCCT--AT
421 GA-CCT-TAAAGGTCCAACTAG-CTGGAA
* * * * * *
1995373 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTCCTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* ** * * * **
1995438 TGTTGTTTTAATTTGAATT-ATTCATTTCCCATAAACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAGT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGT
* * * * * *
1995501 TATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTCA-CT-AAGTTGGTAAAAGTGTCAAAATAACAATAC
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAAT-AGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
* * ** * * *
1995564 TGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCT-GGAATAACTCTGCTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAA
192 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTATTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
* * * * *
1995628 CCACAAGGTTAGAGATTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAA-TTTGAATTGTCCATTTCCCA
257 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCA
* * * * * * *
1995692 TTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATCTAATGAAAATTTTTAATGGCCTATTAGCT
321 TTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAA-GAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCA
* * *
1995757 C-AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTTGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
385 CTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * * ** * *
1995819 TAGCTCATTTGGTTAGACCGTGTAGTTGTTAACCACTAGGTCGGAGGTTTTAGCCTTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* *
1995884 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
* * * * * * * *
1995949 TATAAA-AAAA--TTCAATAGACTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTTAAACTGATAATACTGGT
131 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
* * * * * * *
1996011 TGAAGCTCAAAGGTCCAATTAG-TTGGAATAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCAC
196 TGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTATTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCAC
* * * *
1996075 AAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTAC
261 AAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTTAC
* * * * **
1996140 TTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGATAATTTTCAATGGCCTACCAG--CTATT
326 TTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACTATT
* * * * *
1996203 GGTAAAA-TTTCAAACTGATAATGTTGGTTGGAGCTTAAAGGTTCAACTAGATGGAA
390 GGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* *
1996259 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTCATAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * ** * *
1996323 CGTTATTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTTATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
* *** * * * * * * * *
1996388 TATAAA-AAAA-ATTCAATATTCTATTAGCTCTGTTAGTAAAATTTTCCAAC-CAGTAATACTGG
131 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGA-CAATACTGG
* * * *
1996450 TTGGAGCTTAAAGATCAAATTAGCT-GGAATAGCT-TATAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTAT---TGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
* * * * * * * *
1996513 CCACAAGTTCGGAGGTTTAAGCACTCCTTATAGCGTTGTTTTAGC-TTGAATTGA-CCATTTCCC
257 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATT-ATCCATTTCCC
* * * **
1996576 ATTTAATTTCAAAATAATT-CCACTTTAT-TCAGTTATATTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTA
320 ATTTACTTTAAAAAT-ATTACCAATTTATAT-AGTTATA-TAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTA
* * * ** * * * *
1996639 GCTC-AATGGTAAAAGTGTCAAACTGA-CATA-CCGTTGGAACATGAAGGT-CATCTAG-TAGGA
382 GCACTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGA
1996699 A
446 A
* * * * * * * *
1996700 TAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-T
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
* * ** * *
1996764 AGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAG
64 AGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAG
* * * * * *
1996828 TTATATTAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC-ATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATAG
128 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
* * * * * *
1996892 TGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACT-GGAATAGCTC-AGTTGGTTAGAGCATGTGGCT-TTA
192 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTA
* * * * *
1996954 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAA-TCCTTCTTCTAGTGTTGTTTTAA-TTTGAATTGTCCATTTCCC
256 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCC
* * * * *
1997017 ATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGC
320 ATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGC
** * * * * * *
1997082 TTTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCTAACTAGTTAGAA
384 ACTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * *
1997145 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
** ** * ** *
1997209 GAATT-TTTTTTCTCGGTTTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTATATA-A-
65 GCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATT-TATACAG
* * * * * * * * * *
1997270 TTATAT-AA-AAAA-TAT-AATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAAT
128 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
* * * * * *
1997331 AGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAATAGCTC-AGATGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAA
193 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
* * * * * *
1997393 CCATAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGTTTTAA-TTTGAATTGTGCATTT-CCA
257 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCA
* * * * * * *
1997456 TTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAATAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTC
321 TTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC
* * * * * * *
1997521 TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTTGTTAGAA
386 TATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
1997582 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAAGCCCTCCTTCT
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAG-AGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
* * * *
1997646 AGCATTGTTTTAGCTCGGATT-ATTCATTTCTCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATATA
64 AGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACA
* * * * * * * * * * *
1997709 ATTATATAAA-AAAATTAT-AATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAA
127 GTTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
* * * *
1997772 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAATAGCTC-AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTA
192 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTA
* * * * * * **
1997835 ACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGGTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCC
256 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCC
* * * ** *
1997899 ATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTTTTAG
320 ATTTACTTTAAAAAT-ATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAG
* * * * * * * *
1997963 CTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGATGTTCCAACTAG-TAGGAA
383 CACTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAA
* * * * * * * ** *
1998027 TAGGTCCAATTTGTTAGAGCATTTAGCTTTTAACCGTAAGGTTC-GAGGTTCAAATCCCTCCTTC
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGG-TCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTC
* * * ** *
1998091 TAGCGATGTTTTAACTCTGATTGTGCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAG
63 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAG
* * * * * * * *
1998156 TTATAGAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCAC-ATTTGTTAAAAGCGTTAAACTGACAATAC
128 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
* * * * * * *
1998220 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-AAATAGCT-TAGTTGGTTAGAGCGTCTGAC-ATTA
192 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTA
* * * * * * * * *
1998282 ACCACAAGGTCAGATGTTTAAGCCATTCTTTTAGTGTTATTTTAA-TTTGAATTGTCCATTTCCC
256 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCC
* * * * * *
1998346 ATTTACTTTCAAAAATATTACC-ATTTATAAAATTTTATAAAGCAAATTTTGAATGGCCTATTAG
320 ATTTACTTT-AAAAATATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAG
** * * * * *
1998410 TTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCC-TAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
383 CACTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGA-CCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * *
1998474 TAGCTTAGTTTGTTAGAACTTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTTCTTATAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * * * *
1998539 TGTTATTTTAGCTCAGATTGACCATTTCTCTTTTACATTCAAAATAATAT-CAATTTATATAATT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAAT-TCCAATTTATACAGTT
* * * * * * *
1998603 ATATAAA-AAAA--GTCAATGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGG
130 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * * ** * * *
1998665 TTGAAGTTTAAAGGTCAAAGAAGCT-GGAATAGCTC-AGTTGGTTAGAGCCTGTGGCTGTTAACC
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACC
** * * * * * ***
1998728 ACAAGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTTTAGCGTTGTTTT-ATTTTGAATTGTTTGTTTCCCATT
259 ACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCATT
* * * * * * *
1998792 TGCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTGTATAATGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCT
323 TACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAA-GAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC-
** ** * * * ** * ** **
1998857 TAACCCCAAGGTCGGAAGT-TCAAGACCTCTTGCTAGTGTT-GTTTTAGCTCGGATTGTCC-A-T
386 T-A----TTGGT-AAAAGTGTCAA-A---C-TGATAATATTGGTTGGACCT-TAAAGGTCCAACT
** ** *
1998918 TTC-CCAT
439 AGCTGGAA
** ** * * *** * * * * * * ** *** *
1998925 TTTCTTTCAAAAT-ATTACCAATTTAT-ACAATTATA-TA-AA--TAAAATTTTCAA-TTGT-AT
1 TAGC--TC-AGTTGGTTA-GAGCGTGTGGCTATTA-ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCT
*** * ** * * * *** * * * *
1998982 AT-TAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGA-CAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAG
61 -TCTAG--C-GTT-GTTTTAG-CTCGGATTGACCATTTCCCATT-TA-CTT-----TCAAAATAA
** *** * * **** * *
1999045 TTGGAATAGCT-CAGTTGGT-TAGAGCGTTTGGTTGTTAACCACATGGTCGGAGGCTCA-AGCCC
113 TTCCAATTTATACAGTT-ATATA-A-AG-AAAATT-TT---CA-ATGG-C-----CTAATAGCTC
* * ** ** * * *** * **
1999107 TCCTT-CT-AGTGTTGTTTTAACTTGGATTTCCATTTCCCATT-TA-CTTTCAAAATATTACCAA
163 T-ATTGGTAAAAG-TG-TCAAAC-T-GA----CAATACTGGTTGGAGC-TT--AAA-GGT-CCAA
* * * * * *** * * *
1999168 TTTATACAATTATGTAAAGAAACATTTCAATGGCCTATTATCTC-TATTGGTAAAATTGTCAAAC
214 -TTA-GC---TA-G-GAA-TAAC---TCTATTG---ATTAGAGCGT-GTGG-----CTGT-TAAC
* * ** * * ** *** *** * ** *
1999232 TGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTC-A-AAGTAGC--TGGAATAACTTAGTTGGTTAGAGCG
258 -CA-CA-A--GGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAAC-T--TTGATTA-TCCA
** * * * ** * * * * ***
1999293 TCTGGCTATTAAC--CACAAGGTCGGGAGGTTCAAGCC-CTCCTTCTAGT-GTTGTTTTAATTTG
314 T-TTCCCATTTACTTTA-AAAAT----A--TT--A-CCAAT--TTATA-TAGTT-ATATAA-GAA
* * *** * * ** * * * * * *
1999354 AATTGTCCATTTCCCATT--TACT-TT-CAAAATATTG-CTAATTTA-AACTATT-ATAT--A-A
363 AATTTTCAAAGGCCTATTAGCACTATTGGTAAA-AGTGTCAAACTGATAA-TATTGGT-TGGACC
* ** ** * *
1999409 TGAAAATTTTTAA-TGGCCT--AT
425 T-TAAAGGTCCAACTAG-CTGGAA
* * * * * * *
1999430 TAGCTAAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTCCTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* ** * * * ** *
1999495 TGTTGTTTTAATTTGAATT-ATTCATTTCCCATAAACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACGGT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGT
* * * * * *
1999558 TATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTCA-CT-GAGTTGGTAAAAGTGTCAAAATAACAATAC
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAAT-AGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
* * ** * * *
1999621 TGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCT-GGAATAACTCTGCTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAA
192 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTATTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
* * * * *
1999685 CCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTATTTTAA-TTTGAATTGTCCATTTCCCA
257 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCA
* * * * * * *
1999749 TTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATCTAATGAAAATTTTTAATGGCCTATTAGCT
321 TTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAA-GAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCA
* *
1999814 C-AGTTCGTAAAAGTGTCAAACT-ACTAATATTTGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
385 CTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGA-TAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * * ** * *
1999876 TAGCTCATTTGGTTAGACCGTGTAGTTGTTAACCACTAGGTCGGAGGTTTTAGCCTTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* *
1999941 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
* * * * * * * *
2000006 TATAAA-AAAA--TTCAATAGACTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTTAAACTGATAATACTGGT
131 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
* * * * * * *
2000068 TGAAGCTCAAAGGTCCAATTAG-TTGGAATAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCAC
196 TGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTATTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCAC
* * * *
2000132 AAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTAC
261 AAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTTAC
* * * * **
2000197 TTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGATAATTTTCAATGGCCTACCAG--CTATT
326 TTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACTATT
* * * * *
2000260 GGTAAAA-TTTCAAACTGATAATGTTGGTTGGAGCTTAAAGGTTCAACTAGATGGAA
390 GGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* *
2000316 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTCATAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * ** * *
2000380 CGTTATTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTTATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
* *** * * * * * * * *
2000445 TATAAA-AAAA-ATTCAATATTCTATTAGCTCTGTTAGTAAAATTTTCCAAC-CAGTAATACTGG
131 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGA-CAATACTGG
* * * *
2000507 TTGGAGCTTAAAGATCAAATTAGCT-GGAATAGCT-TATAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTAT---TGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
* * * * * * * *
2000570 CCACAAGTTCGGAGGTTTAAGCACTCCTTATAGCGTTGTTTTAGC-TTGAATTGA-CCATTTCCC
257 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATT-ATCCATTTCCC
* * * **
2000633 ATTTAATTTCAAAATAATT-CCACTTTAT-TCAGTTATATTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTA
320 ATTTACTTTAAAAAT-ATTACCAATTTATAT-AGTTATA-TAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTA
* * * ** * * * *
2000696 GCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACCGGTTGGAACATGAAGGTCCATCTAG-TAGGA
382 GCACTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGA
2000760 A
446 A
* * * * * * * *
2000761 TAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-T
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
* * ** * *
2000825 AGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAG
64 AGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAG
* * * * * *
2000889 TTATATTAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC-ATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATAG
128 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
* * * * * *
2000953 TGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACT-GGAATAGCTC-AGTTGGTTAGAGCATGTGGCT-TTA
192 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTA
* * * * *
2001015 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAATCCCTTCTTCTAGTGTTGTTTTAA-TTTGAATTGTCCATTTCCC
256 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCC
* * * * *
2001079 ATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGC
320 ATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGC
** * * * * * *
2001144 TTTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGT-CTACTAGTTAGAA
384 ACTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * *
2001206 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
** ** * ** * * *
2001270 GAATT-TTTTTTCTCGGTTTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATATAAT
65 GCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGT
* * * * * * * * * * * *
2001333 TATATAAA-AAAAATAT-AATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATA
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
* * * * *
2001396 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAATAGCTC-AGATGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAAC
194 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
* * * * * *
2001458 CATAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGTTTTAA-TTTGAATTGTGCATTTCCCAT
258 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCAT
* * * * * * *
2001522 TTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAATAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTC
322 TTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC
* * * * * * *
2001587 TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTTGTTAGAA
386 TATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
2001648 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* ** * * *
2001712 GCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATATAAT
65 GCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGT
* * * * * * * * * *
2001776 TATATAAA-AAAATTAT-AATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATG
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
* * * *
2001839 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAATAGCTC-AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
194 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
* * * * * * **
2001902 CACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGGTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCAT
258 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCAT
* * * ** * *
2001966 TTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTTTTAGCT
322 TTACTTTAAAAAT-ATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCA
* * * * * * *
2002030 CAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGATGTTCCAACTAG-TAGGAA
385 CTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAA
* * * * * * * ** *
2002092 TAGGTCCAATTTGTTAGAGCATTTAGCTTTTAACCGTAAGGTTC-GAGGTTCAAATCCCTCCTTC
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGG-TCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTC
* * * ** *
2002156 TAGCGATGTTTTAACTCTGATTGTGCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAG
63 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAG
* * * * * * * *
2002221 TTATAGAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCAC-ATTTGTTAAAAGCGTTAAACTGACAATAC
128 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
* * * * * * *
2002285 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-AAATAGCT-TAGTTGGTTAGAGCGTCTGAC-ATTA
192 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTA
* * * * * * * * *
2002347 ACCACAAGGTCAGATGTTTAAGCCATTCTTTTAGTGTTATTTTAA-TTTGAATTGTCCATTTCCC
256 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCC
* * * * * * * *
2002411 ATTTACTTTCAAAATATTACC-ATTTATAAAATTTTATAAAGCAAATTTTGAATGGCCTATTAGT
320 ATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGC
* * * * * *
2002475 TCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCC-TAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
384 ACTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGA-CCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * *
2002538 TAGCTTAGTTTGTTAGAACTTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTTCTTATAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * * * *
2002603 TGTTATTTTAGCTCAGATTGACCATTTCTCTTTTACATTCAAAATAATAT-CAATTTATATAATT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAAT-TCCAATTTATACAGTT
* * * * * * *
2002667 ATATAAA-AAAA--GTCAATGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGG
130 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * * ** * *
2002729 TTGAAGTTTAAAGGTCAAAGAAGCT-GGAATAGCTC-AGTTGGTTAGAGC-TGTGGCTGTTAACC
195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACC
** * * * * * ***
2002791 ACAAGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTTTAGCGTTGTTTT-ATTTTGAATTGTTTGTTTCCCATT
259 ACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCATT
* * * * * * *
2002855 TGCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTGTATAATGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCT
323 TACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAA-GAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC-
** ** * * * ** * ** **
2002920 TAACCCCAAGGTCGGAAGT-TCAAGACCTCTTGCTAGTGTT-GTTTTAGCTCGGATTGTCC-A-T
386 T-A----TTGGT-AAAAGTGTCAA-A---C-TGATAATATTGGTTGGACCT-TAAAGGTCCAACT
** ** *
2002981 TTC-CCAT
439 AGCTGGAA
** ** * * *** * * * * * * ** *** *
2002988 TTTCTTTCAAAAT-ATTACCAATTTAT-ACAATTATA-TA-AA--TAAAATTTTCAA-TTGT-AT
1 TAGC--TC-AGTTGGTTA-GAGCGTGTGGCTATTA-ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCT
*** * ** * * * *** * * * *
2003045 AT-TAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGA-CAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAG
61 -TCTAG--C-GTT-GTTTTAG-CTCGGATTGACCATTTCCCATT-TA-CTT-----TCAAAATAA
** *** * * **** * *
2003108 TTGGAATAGCT-CAGTTGGT-TAGAGCGTTTGGTTGTTAACCACATGGTCGGAGGCTCA-AGCCC
113 TTCCAATTTATACAGTT-ATATA-A-AG-AAAATT-TT---CA-ATGG-C-----CTAATAGCTC
* * ** ** * * *** * **
2003170 TCCTT-CT-AGTGTTGTTTTAACTTGGATTTCCATTTCCCATT-TA-CTTTCAAAATATTACCAA
163 T-ATTGGTAAAAG-TG-TCAAAC-T-GA----CAATACTGGTTGGAGC-TT--AAA-GGT-CCAA
* * * * * *** * * *
2003231 TTTATACAATTATGTAAAGAAACATTTCAATGGCCTATTATCTC-TATTGGTAAAATTGTCAAAC
214 -TTA-GC---TA-G-GAA-TAAC---TCTATTG---ATTAGAGCGT-GTGG-----CTGT-TAAC
* * ** * * ** *** *** * ** *
2003295 TGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTC-A-AAGTAGC--TGGAATAACTTAGTTGGTTAGAGCG
258 -CA-CA-A--GGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAAC-T--TTGATTA-TCCA
* ** * ** * * * * **
2003356 TCTGGC-TGTTAAC--CACAAGGTCGGGAGGTTCAAGCC-CTCCTTCTAGT-GTTGTTTTAATTT
314 TTTCCCAT-TT-ACTTTA-AAAAT----A--TT--A-CCAAT--TTATA-TAGTT-ATATAA-GA
* * * *** * * ** * * * * ** **
2003416 GAATTGTCCATTTCCCATT--TACT-TT-CAAAATATTG-CTAA-T-TTAA-ACT-GTTATATAA
362 AAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACTATTGGTAAA-AGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGA-CC
* ** ** * *
2003472 TGAAAATTTTTAA-TGGCCT--AT
425 T-TAAAGGTCCAACTAG-CTGGAA
* * * * * * *
2003493 TAGCTAAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTCCTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* ** * * * * ** *
2003558 TGTTGTTTTAATTTGAATT-ATTCATTTTCCATAAACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACGGT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGT
* * * * * * *
2003621 TATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTCA-CT-GAGTTGGTAAAAGTGTCAAAATAACAATAA
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAAT-AGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
* * * ** * * *
2003684 TGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAACT-GGAATAACTCTGCTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAA
192 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTATTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
* * * * *
2003748 CCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTATTTTAA-TTTGAATTGTCCATTTCCCA
257 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCA
* * * * * * *
2003812 TTAAATTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATCTAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCT
321 TTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAA-GAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCA
* * *
2003877 C-AGTTCGTAAAAGTGTCAAACT-ACTAATATTTGTTGGACCTTAAAGATCCAACTAGCTGGAA
385 CTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGA-TAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * ** *
2003939 TAGCTCATTTGGTTAGACCGTGTGGTTGTTAACCACTAGGTCAGAGGTTTTAGCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* *
2004004 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
** * ** * * * * *
2004069 TATAAA-AAAAAATTCAATAGAATATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGT
131 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
* * * * * *
2004133 TGAAGCTCAAAGGTCCAATTAG-TTGGAATAGCTCTGTTGGA-TAGAGCGTGTGCCTGTTAACCA
196 TGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTATT-GATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCA
* * *
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260 CAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGAT-GTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTT
* * * *
2004260 ACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTACTAG--CTA
324 ACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACTA
* * * *
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388 TTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
2004381 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCAGATGTACAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* ** * *
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* *** * * * * * * *
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131 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
* * *
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196 TGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTATTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCAC
* * * * * * * **
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261 AAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATTTA
* * * ** ** * *
2004694 ATTTCAAAATAATT-CCACTTTAT-TCAGTTATATTAA-AAAAAATTCAATTGCCTATTAGCTCA
325 CTTTAAAAAT-ATTACCAATTTATAT-AGTTATA-TAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACT
* * * * * *
2004756 ATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCATCTAG-TAGAA
387 ATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * * * *
2004815 TAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCAAGGTCCGAGGTTCAAAACCCTGCTT-T
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
* * ** * * *
2004879 AGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATTTACTTTCACAACAATACCAATTTATACAG
64 AGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAG
* ** * * *
2004943 TTATATAAAGAAAAGTTTCAAACGCCTATTAGCAC-ATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
128 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
* * * * * * * *
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192 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTA
* * * * * *
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256 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCC
* * * * * *
2005133 ATTTAATTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGC
320 ATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGC
* * * * * * * *
2005198 TCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
384 ACTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * ** *
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* ** * * *
2005326 CATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATATAATT
66 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTT
* * * * * * * * *
2005390 ATAT-AA-AAAATTAT-AATAG-ATATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGG
130 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * * * ** * *
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195 TTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGCTAGGAATAACTCTA-TTGATTAGAGCGTGTGGCTGTTAACC
* * * * ** *
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259 ACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATT
* * * ** *
2005578 TACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTATTAGCTC
323 TACTTTAAAAAT-ATTACCAATTTATATAGTTATAT-AAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC
* * * * * * * *
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* * * * ** *
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1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGG-CTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTC
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1970964 AAGGTCTGAG
*
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* *
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131 AAA
* * * *
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* * * * *
1971171 -ATTACCAATTTATACAATTATATAAATAAAATTTTTAATTGTCTATTAGCTC
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Matches are distributed among these distances:
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GTTCAAGACCTCCTTCTAGCGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA
ATTCCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAGTTTCAATGGCCTATTAGCTCTTAACCCCAAGTCG
AAA
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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*
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*
1971332 TCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGACTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATT
1 TCAAG-CCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATT
* * * * * *
1971397 ACCAATTTATACAATTGTGTAAAGAAACA-TTTCAATGGCCTATTATCTCTA-TTGGTAAAATTT
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* * *
1971460 TCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGT-CAGAGAAGCTGGAATAACTTAGTTGGTTAGA
128 TCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCA-ACAAGCTGGAATAACTCAGTTGGTTAGA
*
1971524 GCGTCTGGCTTTTAACCACATGGTCTGGAGGT
192 GCGTCTGGCTTTTAACCACATGGTCTGGAGGC
* * *
1971556 TCAAGCC-CCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGGCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA-TA
1 TCAAGCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTA
* * * * *
1971619 GCTAATTTAAACAGTTATATAATGAAAATTATT-AATGGCCTATTAGCTCAGTTGGT
66 -CCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATT-TTCAATGGCCTATTAGCTCAGCTGGT
1971675 TAGAGCGTGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (223 bp):
TCAAGCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTA
CCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGCTGGTAAAAGTGTCA
AACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACAAGCTGGAATAACTCAGTTGGTTAGAGCGT
CTGGCTTTTAACCACATGGTCTGGAGGC
Found at i:1971748 original size:158 final size:155
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Indices: 1971513--1971820 Score: 399
Period size: 158 Copynumber: 2.0 Consensus size: 155
1971503 GGAATAACTT
* *
1971513 AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTTTTAACCACATGGTCTGGAGGTTCAAGCCCCTTCTAGCGTTGTT
1 AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTTTTAACCACAAGGTCTAGAGGTTCAAGCCCCTTCTAGCGTTGTT
* * *
1971578 TTAATTTGAATTGGCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA-TAGCTAATTTAAACAGTTATATAAT
66 TTAATTTGAATTGGCCATTTACCATTAACTTTCAAAATATTA-CCAATTTAAACAGTTATATAAT
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* * * * *
1971668 AGTTGGTTAGAGCGTGTGG-TTGTTACCCACAAGGTC-AGAGGTTTAAGCCCACTTTTTAGTGTT
1 AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTT-TTAACCACAAGGTCTAGAGGTTCAAGCCC-C-TTCTAGCG-T
** * *
1971731 TGCTTTTAATTTGAATTGTTCATTTACCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACGGTTATA
62 TG-TTTTAATTTGAATTGGCCATTTACCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTAAACAGTTATA
1971796 TAATGAAAATTTTCAATGGCCTATT
126 TAATGAAAATTTTCAATGGCCTATT
1971821 CACTGAGTTG
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 14, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (155 bp):
AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTTTTAACCACAAGGTCTAGAGGTTCAAGCCCCTTCTAGCGTTGTT
TTAATTTGAATTGGCCATTTACCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTAAACAGTTATATAATG
AAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC
Found at i:1972403 original size:221 final size:219
Alignment explanation
Indices: 1971662--1976075 Score: 2243
Period size: 219 Copynumber: 19.7 Consensus size: 219
1971652 AATGGCCTAT
* * * * * *
1971662 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTACCCACAAGGTCAGAGGTTTAAGCCCACTTTTTAG
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* * * ** * * *
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* * *
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* * *
1971856 GGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAA
189 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
1971887 TAACTCTGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * *
1971952 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACAAATTTATATAGTTA
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* * * * *
1972017 TATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTTGT
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* *
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* * * * * * *
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* * *
1972175 TGTTGTTTTAGTTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTA
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* * * ** * * *
1972240 TATAAAATAAATTCAATAGACTAATAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTG
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* * * *
1972305 AAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
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** * *
1972331 TAGCTCTA-TTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTA
1 TAGCTC-AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * *
1972395 GCGTTGTTTTAACTTGGATT-ATCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAAT
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* * * * * **
1972459 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTACTAACT-A-TTGGTAGAA-TTTCAAACTGATAATGTTG
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* *
1972521 GTTGGACCTTAAAGGTTCAACTAGCTGGAA
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* * *
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * *
1972616 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAACTAATT-CCACTTTATTCAGTT
66 CGTTGTTTTAG-TTGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAGTT
* ** * * *
1972680 ATA-GAAAATTTTCAATTGTCC-ATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAGTACTGGTT
129 ATATAAAAAAATTCAA-TGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTT
* * *
1972743 GGAGCTTGAAGGTTCATCTAG-TAGGAA
193 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAA
* * * * * ** * * *
1972770 TAACTCTAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACTGCGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-T
1 TAGCTC-AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
* * * * *
1972834 AGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAG
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* * * *
1972898 TTATATAAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
127 TTATATAAA-AAAA--TTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
* * *
1972963 GGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTAGAA
189 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
*
1972994 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGG--GATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTG-TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * * * * *
1973057 GTGTTGTTTTAATTTGAATTG-TCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATT
65 GCGTTGTTTT-AGTTGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTT
* * * * *
1973121 ATATAAAGTAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTG-TGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
129 ATATAAA--AAA-ATTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* *
1973185 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
191 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
1973214 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * * * *
1973278 GC------TTAGATT-G-TT---CATTTCTCGTTTACTTTAAAAATATTACCAA-TTATATATTT
65 GCGTTGTTTTAG-TTGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTT
* * * * * * * * *
1973331 ATATAAAAAAATTATAATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGGTT
129 ATATAAAAAAATT-CAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTT
*
1973396 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
193 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
1973423 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* *
1973488 CGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATT-CCAATTTATACAGTT
66 CGTTGTTTTAG-TTGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAGTT
* *** *
1973551 ATGTAAAGAAAAGTTTCAATGGCCTATTAGCTCTTAACCCCAAGGTTGAAAGT-TCAAGACCT--
129 ATATAAA-AAAA--TTCAATGGCCTATTAGCTC---A---GTTGG-TAAAAGTGTCAA-A-CTGA
* * * ** ** * ** * **
1973613 C-TTGCTAG-TGTTG-TTTTAGCTCGGA-TTG-T-CCA
182 CAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
** * * ** ** ** * ** * * ** * * ** * *
1973645 TTTCCCATTTTCTTTCA-AATATACCAAT-TTATACAATTATAAATAAAATTTTTAATTG-TCT-
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC--TGTTA-ACCA-CA-AGGTCAGAGGTTCAA--GCCCTC
* * *** ** * * * *** * * *
1973706 ATTAGCTCAGC-TGGTAAAAGTGTCAAACTGA-CAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAG
59 CTT--CT-AGCGTTGTTTTAGT-T-GGATTGACCATTTCCCATT-TA-CTT-----TCAAAATA-
** *** * *** * * * ** ***
1973769 TT-GGAATAGCT-CAGTTGGT-T-AAAGCGTT---TGG-TTGTTAAC-CACATGGTCGGAG-GCT
111 TTACCAATTTATACAGTT-ATATAAAAAAATTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTG-T
* * ** * ** * * ** * **
1973824 CAAGCCCT-CCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGACTGTCCATTTCCCATTTA-CTTTCAAATA
174 CAA--ACTGAC-AATA-C-TGGTTGGAGCTT-AAAGGTCCA------A-CTAGC--T-GGA-A
* * * * * * * * * * * * **
1973885 TTACCAATTTATACAATTGTGTAAAGAAACATTTCAATGGCCTATTATCTC-TATTGGTAAAATT
1 -TAGC------T-CAGTTG-GT-TAG-AGC--GT--GTGG-CTGTTAAC-CACA-AGGTCAGAGG
* ** ** * ** ** ** *** *
1973949 TTCAA--ACTGATAATA-C-TGGTTGGAGCTTAAAGGTCAAAGA--AGCTGGAATAACTTAGTTG
48 TTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAG-TT---GG--ATTGACCATTTCCCAT---TTACTT-
* * *** ** * * ** **** ** * * *
1974008 GTTAGAGCGTCTGGC-TTTTA-ACCA-TAAGGTCGGGAGGTTCAA-GCCCTCCTTCTAGCAT-TG
103 -TCAAAATAT-TACCAATTTATA-CAGTTATATAAAAAAATTCAATGGCCT--AT-TAGC-TCAG
* * * ** * ** ** * ****
1974068 TT-TTAATTTGAATTGCCCATTTCCCATTTACTTTCAAATTGCTAATTTAAACAGTTATAATAAA
161 TTGGTAA----AA--G----TGT--CA--AACTGAC-AA-TACTGGTTGGAGC--TTA-AAGGTC
* * * *
1974132 AAATTTA-ATGGCCTAT
207 CAA-CTAGCTGG---AA
* * * *** *
1974148 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCCCAGTTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * ** * *
1974213 TGTTTTGTTTTAATTTGAATTGTTCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACGGT
66 CG--TTGTTTT-AGTTGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGT
* ** * * *
1974278 TATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTCA-CTGAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACTGG
128 TAT-ATAAAAAAATTCAATGGCCTATT-AGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * *
1974342 TTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAA
191 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
1974371 TAACTCTGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAG-CCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1974435 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCC-TTTAACTTT-GAAATATTACAAATTTATATAGTT
66 CGTTGTTTT-AGTTGGATTGACCATTTCCCATTT-ACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTT
* * * * * *
1974498 ATATAATGAAAATTTTCAACGCCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTTG
129 ATATAA--AAAA-ATTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* *
1974563 TTGGACCTTAAAAGTCCAACTAGCTGGAA
191 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * *
1974592 TAGCTCA-TTGGTTAGACCGTGTGGCTATTAACCACTAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1974656 TGTTGCTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTAGTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAG-TTGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
* * * ** * * * *
1974721 TATAAAAAAAATCAATAGACTATTAGCTCTTTTGCTAAAA-TTTCAAACTGATAATACTGGTTGA
130 TATAAAAAAATTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGG
* * *
1974785 AGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
195 AGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* ** * *
1974810 TAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCTTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * *
1974875 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTT-AGTTGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
* * * * **
1974940 TATAAAGAAAATTTCAATGGCCTACTAGCT-A-TTTGTAAAA-TTTCAAACTGATAATGTTGGTT
130 TATAAA-AAAA-TTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTT
*
1975002 GGAGCTTAAAGGTTCAACTAGCTGGAA
193 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
*
1975029 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* *
1975094 CGTTGTTTTAGTTAGGATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT--CAACTTTATTCAGT
66 CGTTGTTTTAGTT-GGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAA-TTTATACAGT
* * * * * *
1975157 TATATTAAGAAAATTTTCAATTGCTTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAGTACTG
128 TATA-TAA-AAAA-ATTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
* * *
1975222 GTTGGAGCTTGAAGGTTCATCTAG-TAGGAA
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* * * * * * * * *
1975252 TAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-T
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
* * * * *
1975316 AGCGATT-TTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAA-TTATACAG
64 AGCG-TTGTTTTAGTTGGATTGA-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAG
* * * *
1975378 TTATATAAGAAAATTTTCAAAT-GCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
127 TTATATAA-AAAA-ATTC-AATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
* *
1975442 GGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAA
189 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
*
1975473 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGG--GATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTG-TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * * * * * *
1975536 GTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTCCCCATTTACTTTTAAAATATTACCAATTTATACAATT
65 GCGTTGTTTT-AGTTGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTT
* * * *
1975601 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
129 ATATAAA-AAAA--TTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* *
1975666 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
191 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
1975695 TAGCTCAGTTGATTAGA-CTGTGTGGCTGTTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGC-GTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCT
* * ** * * *
1975758 AGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTT-AAAATATTACCAATTTATATAAT
64 AGCGTTGTTTTAG-TTGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGT
* * * * * * ** * * * *
1975822 TATAT-AATAAATTATAATAGACTAATAACTTTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGGT
128 TATATAAAAAAATT-CAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
1975886 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
192 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
1975914 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * *
1975979 CGTTGGTTTAGCTGGGATTGACCATTTCCCATTTACATTCAAAATAATT-CCATTTTATACAGTT
66 CGTTGTTTTAG-TTGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAGTT
* *
1976043 ATGTAAAGAAAAGTTTCAATGTCCTATTAGCTC
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1976076 TTAACCCCAA
Statistics
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ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (219 bp):
TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
CGTTGTTTTAGTTGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTAT
ATAAAAAAATTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGA
GCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
Found at i:1972604 original size:220 final size:221
Alignment explanation
Indices: 1971662--1973579 Score: 1943
Period size: 220 Copynumber: 8.7 Consensus size: 221
1971652 AATGGCCTAT
* * * * * *
1971662 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTACCCACAAGGTCAGAGGTTTAAGCCCACTTTTTAG
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* * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
1971887 TAACTCTGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * *
1971952 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACAAATTTATATAGTTA
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
* * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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** * *
1972331 TAGCTCTA-TTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTA
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* *
1972395 GCGTTGTTTTAACTTGGATTATCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATT
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* * * * **
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* *
1972524 GGACCTTAAAGGTTCAACTAGCTGGAA
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* * *
1972551 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTTAGAGGTTCAAGCCATCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1972616 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCATTTAATTTCAAACTAATT-CCACTTTATTCAG-
66 CGTTGTTTTAACTTGGATT-ATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAGT
* * *
1972678 T-TAT--AGAAAATTTTCAATTGTCC-ATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAGTACT
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* * *
1972739 GGTTGGAGCTTGAAGGTTCATCTAG-TAGGAA
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* * * * * ** * * *
1972770 TAACTCTAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACTGCGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-T
1 TAGCTC-AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
* * * *
1972834 AGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAGT
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* *
1972899 TATATAAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCAC-ATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
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* * *
1972963 GGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTAGAA
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*
1972994 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGG--GATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTG-TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * * * * *
1973057 GTGTTGTTTTAATTTGAATTGT-CATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATT
65 GCGTTGTTTTAACTTGGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTT
* * * * * *
1973121 ATATAAAGTAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
130 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAACTAT-TGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
* *
1973186 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
194 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
1973214 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * * * *
1973278 GC------TTAGA-TT-G--T-T-CATTTCTCGTTTACTTTAAAAATATTACCAA-TTATATATT
65 GCGTTGTTTTA-ACTTGGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGT
* * * * * * * *
1973330 TATATAAA-AAAATTAT-AATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATG
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAA--CTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
*
1973393 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
192 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
1973423 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
1973488 CGTTGGTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATT-CCAATTTATACAGT
66 CGTTGTTTTAACTTGGATT-ATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAGT
* *
1973550 TATGTAAAGAAAAGTTTCAATGGCCTATTA
129 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTA
1973580 GCTCTTAACC
Statistics
Matches: 1411, Mismatches: 222, Indels: 123
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
208 9 0.01
209 119 0.08
210 20 0.01
211 29 0.02
212 1 0.00
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216 20 0.01
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ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (221 bp):
TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
CGTTGTTTTAACTTGGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAACTATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTG
GAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
Found at i:1973447 original size:209 final size:210
Alignment explanation
Indices: 1973074--1973488 Score: 604
Period size: 209 Copynumber: 2.0 Consensus size: 210
1973064 TTTAATTTGA
* * *
1973074 ATTGTCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAAAGTAAATTTTCA
1 ATTGTCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAAAGAAAATTATCA
* * * *
1973139 ATGGCCTAATAGCTCTGTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAA
66 ATAGACTAATAACTCTGTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAA
* * * * *
1973204 CTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGC
131 CTAGCTAGAATAGCTCAGATGATTAGACCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTG-AGGTTCAAGC
1973268 CCTCCTTCTAGCTTAG
195 CCTCCTTCTAGCTTAG
* * *
1973284 ATTGTTCATTTCTCGTTTACTTTAAAAATATTACCAA-TTATATATTTATATAAA-AAAATTAT-
1 ATTG-TCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAAAGAAAATTATC
* *
1973346 AATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCC
65 AATAGACTAATAACTCTG-TGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCC
* *
1973411 AACTAGCTAGAATAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAG
129 AACTAGCTAGAATAGCTCAGATGATTAGACCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAG
1973476 CCCTCCTTCTAGC
194 CCCTCCTTCTAGC
1973489 GTTGGTTTAG
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 19, Indels: 7
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
208 14 0.08
209 119 0.65
210 21 0.11
211 29 0.16
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (210 bp):
ATTGTCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAAAGAAAATTATCA
ATAGACTAATAACTCTGTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAA
CTAGCTAGAATAGCTCAGATGATTAGACCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCC
CTCCTTCTAGCTTAG
Found at i:1975583 original size:662 final size:655
Alignment explanation
Indices: 1974148--1976073 Score: 2228
Period size: 662 Copynumber: 2.9 Consensus size: 655
1974138 AATGGCCTAT
* * *
1974148 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCCCAGTT-TT-T
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGG--GTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCC--TTCTTCT
* * *
1974211 AGTGTTTTGTTTTAATTTGAATTGTTCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATAC-
62 AGTG--TTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACA
** * * * * * * *
1974275 GGT-TATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTCA-CTGAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATA
125 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAAT-AGCT-A-TTTGTAAAA-TTTCAAACTGATAATA
* * * * * * *
1974338 CTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAATAACTCTGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAA
186 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAA
* * * *
1974403 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAG-CCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCC-T
251 CCACAAGTTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGTTAGGATTGTCCATTTCCCAT
* * *
1974466 TTAACTTTGAAATATTACAAATTTATATAGTTATATAATGAAAATTTTCAA-CGCCCTATTAGCT
316 TTAA-TTTAAAATATTAC-AATTTATATAGTTATATAA-GAAAATTTTCAATAG-ACTATTAGCT
* * * *
1974530 CAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTTGTTGGACCTTAAAAGTCCAACTAGCTGGAATAG
377 CAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAG
* * * * * *
1974595 CTC-ATTGGTTAGACCGTGTGGCTATTAACCACTAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTTCTTCTAGTGT
442 CTCAATTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCCGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGT
* *
1974659 TGCTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTAGTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATAT
507 TG-TTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAA-TTATACAGTTATAT
** * * * * *
1974724 AA-AAAAAATCAATAGACTATTAGCTCTTTTGCTAAAATTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGC
570 AAGAAAATTTCAAT-GCCTATTAGCACATTTGCTAAAATGTCAAACTGACAATACTGGTTGAAGC
* **
1974788 TCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
634 TCAAAGGTCCAACTAACTGGAA
* ** *
1974810 TAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCC-TCTTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTG--GGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTC-TTCTA
* * *
1974874 GCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATT
63 GTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATT
* **
1974939 ATATAAAGAAAA-TTTCAATGGCCTACTAGCTATTTGTAAAATTTCAAACTGATAATGTTGGTTG
128 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTATTTGTAAAATTTCAAACTGATAATACTGGTTG
*
1975003 GAGCTTAAAGGTTCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAG
193 GAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAG
*
1975068 TTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGTTAGGATTGACCATTTCCCATTTAATTT
258 TTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGTTAGGATTGTCCATTTCCCATTTAATTT
* *
1975133 CAAAATAATT-CAACTTTAT-TCAGTTATATTAAGAAAATTTTCAATTG-CTTATTAGCTCAATT
323 -AAAAT-ATTACAA-TTTATAT-AGTTATA-TAAGAAAATTTTCAATAGAC-TATTAGCTCAGTT
* * * * * *
1975195 GGTAAAAGTGTCAAACTAACAGTACTGGTTGGAGCTTGAAGGTTCATCTAG-TAGGAATAACTCC
382 GGTAAAAGTGTCAAACTAACAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAATAGCT-C
* * * * *
1975259 AATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-TAGCGATT
445 AATTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCCGAGGTTC-AAGCCCTACTTCTAGCG-TT
* ** *
1975323 -TTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTATACAGTTATATAA
508 GTTTAGCTCGGATTGA-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTATACAGTTATATAA
*
1975386 GAAAATTTTCAAATGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTTG-AG
572 GAAAA-TTTC-AATGCCTATTAGCACATTTGCTAAAA-TGTCAAACTGACAATACTGG-TTGAAG
*
1975450 CTTAAAGGTCCAACTAACTGGAA
633 CTCAAAGGTCCAACTAACTGGAA
1975473 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGGATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGT
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGG-TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGT
* *
1975538 GTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTCCCCATTTACTTTTAAAATATTACCAATTTATACAATTAT
65 GTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTAT
*
1975603 ATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTT
130 ATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTAT-TT-GTAAAATT-TCAAACTGATAATACTGGTT
* * *
1975668 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGA-CTGTGTGGCTGTTAACCACA
192 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC-GTGTGGCTGTTAACCACA
* * * * * * *
1975732 TGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTAC
256 AGTTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGTTAGGATTGTCCATTTCCCATTTAA
* * * * * **
1975796 TTTAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAA-TAAATTAT-AATAGACTAATAACTTTGTTGG
320 TTTAAAATATTA-CAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAATAGACTATTAGCTCAGTTGG
* * * *
1975859 TAAAATTTTCAAACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGA-
384 TAAAAGTGTCAAACTAACAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCA-AT
* *
1975923 TGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGGTTT
448 TGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCCGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGTT-GTTT
* * * * *
1975988 AGCTGGGATTGACCATTTCCCATTTACATTCAAAATAATTCCATTTTATACAGTTATGTAAAGAA
512 AGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCA-ATTATACAGTTATAT-AAGAA
1976053 AAGTTTCAATGTCCTATTAGC
575 AA-TTTCAATG-CCTATTAGC
1976074 TCTTAACCCC
Statistics
Matches: 1078, Mismatches: 137, Indels: 96
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
658 88 0.08
659 54 0.05
660 181 0.17
661 112 0.10
662 327 0.30
663 122 0.11
664 31 0.03
665 26 0.02
666 137 0.13
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (655 bp):
TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTG
TTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTATA
TAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTATTTGTAAAATTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
CTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTC
AGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGTTAGGATTGTCCATTTCCCATTTAATTTAAA
ATATTACAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAATAGACTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGT
GTCAAACTAACAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAATTGGTTAGA
GCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCCGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGTTGTTTAGCTCGGAT
TGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTATACAGTTATATAAGAAAATTTCAATGC
CTATTAGCACATTTGCTAAAATGTCAAACTGACAATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAACTAAC
TGGAA
Found at i:1975940 original size:885 final size:878
Alignment explanation
Indices: 1974148--1976075 Score: 2404
Period size: 885 Copynumber: 2.2 Consensus size: 878
1974138 AATGGCCTAT
* * * *** *
1974148 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCCCAGTTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * ** *
1974213 TGTTTTGTTTTAATTTGAATTGTTCATTTCCCA-TTAACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACG
66 CG--TTGTTTTAGTTAGGATTGACCATTTCCCATTTAA-TTTCAAAATAATT--CAATTTATACA
* * * *
1974276 GTTATA-ATGAAAATTTTCAACGGCCTATTCA-CTGAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATAC
126 GTTATATAAGAAAATTTTCAA-TGCCTATT-AGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATAC
** *
1974339 TGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAATAACTCTGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAAC
189 TGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAATAACTCAATTGGTTAGAGCATGTAGCTATTAAC
* * *
1974404 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCTTTA
254 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCTACTTCTAGCGATGTTTTAATTTGAATTATCCATTTCCCTTTA
* * * * *
1974469 ACTTTGAAATATTACAAATTTATATAGTTATATAATGAAAATTTTCAACGCCCTATTAGCTCAGT
319 ACTTTAAAACAATACAAATTTATACAGTTATATAATGAAAATTTTCAACGCCCTATTAGCACAGT
* * *
1974534 TGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTTGTTGGACCTTAAAAGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCA
384 TGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACTGGTTGGACCTTAAAAGTCCAACTAACTGGAATAGCTCA
* * * *
1974599 TTGGTTAGACCGTGTGGCTATTAACCACTAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGCTT
449 TTGGTTAGACCGTGTGGCGATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGCTT
* * * * * *
1974664 TAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTAGTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAAAA
514 TAACTCGAATTGACCATTCCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAA
* *
1974729 AAATCAATAGACTATTAGCTCTTTTGCTAAAATTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTCAAAG
579 AAATCAATAGACTAATAGCTCTGTTGCTAAAATTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTCAAAG
* * *
1974794 GTCCAATTAGTTGGAATAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTT
644 GTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTT
* * *
1974859 CAAGCCCTCTTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTA
709 CAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTA
* * * *
1974924 CCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTCAATGGCCTACTAGCTATTTGTAAAATTTCAAACT
774 CCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTCAATAGACTAATAACTATTTGTAAAATTTCAAACT
** *
1974989 GATAATGTTGGTTGGAGCTTAAAGGTTCAACTAGCTGGAA
839 GATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
*
1975029 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
*
1975094 CGTTGTTTTAGTTAGGATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATTCAACTTTATTCAGTTA
66 CGTTGTTTTAGTTAGGATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATTCAA-TTTATACAGTTA
* *
1975159 TATTAAGAAAATTTTCAATTGCTTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAGTACTGGT
130 TA-TAAGAAAATTTTCAA-TGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACTGGT
* * * * * * *
1975224 TGGAGCTTGAAGGTTC-ATCTAG-TAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACC
193 TAGAGCTTAAAAGTCCAAT-TAGCT-GGAATAACT-CAATTGGTTAGAGCATGTAGCTATTAACC
* * *
1975287 GCGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-TAGCGAT-TTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCAT
255 ACAAGGTCAGAGGTTC-AAG-CCTACTTCTAGCGATGTTTTAA-TTTGAATTATCCATTTCCC-T
* *
1975349 TT-ACTTTCAAAACAATACCAA-TTATACAGTTATATAA-GAAAATTTTCAAATG-CCTATTAGC
316 TTAACTTT-AAAACAATACAAATTTATACAGTTATATAATGAAAATTTTC-AACGCCCTATTAGC
* * * * * *
1975410 ACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAATA
379 ACAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACTGGTTGGACCTTAAAAGTCCAACTAACTGGAATA
*
1975475 GCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGG-GATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTG
444 GCTCA-TTGGTTAGACCGTGTGGCGATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTG
* * * * * *
1975539 TTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTCCCCATTTACTTTTAAAATATTACCAATTTATACAATTATA
508 TTGCTTTAACTCGAATTGACCATTCCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATA
* * * *
1975604 TAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTG
573 TAAA-AAAA--ATCAATAGACTAATAGCTCTGTTGCTAAAATT-TCAAACTGATAATACTGGTTG
* * * * *
1975669 GAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGA-CTGTGTGGCTGTTAACCACAT
634 AAGCTCAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGAATAGAGC-GTGTGCCTGTTAACCACAA
* * * *
1975733 GTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACT
698 GGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACT
* * *
1975797 TT-AAAATATTACCAATTTATATAATTATAT-AA-TAAATTAT-AATAGACTAATAACTTTGTTG
762 TTAAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATT-TCAATAGACTAATAACTAT-TT-
1975858 GTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
824 GTAAAA-TTTCAAACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
1975914 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * *
1975979 CGTTGGTTTAGCTGGGATTGACCATTTCCCATTTACA-TTCAAAATAATTCCATTTTATACAGTT
66 CGTTGTTTTAGTTAGGATTGACCATTTCCCATTTA-ATTTCAAAATAATT-CAATTTATACAGTT
* *
1976043 ATGTAAAGAAAAGTTTCAATGTCCTATTAGCTC
129 ATAT-AAGAAAATTTTCAATG-CCTATTAGCTC
1976076 TTAACCCCAA
Statistics
Matches: 902, Mismatches: 115, Indels: 56
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
878 3 0.00
879 45 0.05
880 11 0.01
881 307 0.34
882 115 0.13
883 30 0.03
884 70 0.08
885 318 0.35
886 3 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (878 bp):
TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
CGTTGTTTTAGTTAGGATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATTCAATTTATACAGTTAT
ATAAGAAAATTTTCAATGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACTGGTTAG
AGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAATAACTCAATTGGTTAGAGCATGTAGCTATTAACCACAAGG
TCAGAGGTTCAAGCCTACTTCTAGCGATGTTTTAATTTGAATTATCCATTTCCCTTTAACTTTAA
AACAATACAAATTTATACAGTTATATAATGAAAATTTTCAACGCCCTATTAGCACAGTTGGTAAA
AGTGTCAAACTAACAATACTGGTTGGACCTTAAAAGTCCAACTAACTGGAATAGCTCATTGGTTA
GACCGTGTGGCGATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGCTTTAACTCG
AATTGACCATTCCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAAATCAA
TAGACTAATAGCTCTGTTGCTAAAATTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAAC
TAGTTAGAATAGCTCAGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCC
TCCTTCTAGCATTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTT
ATACAATTATATAAAGAAAATTTCAATAGACTAATAACTATTTGTAAAATTTCAAACTGATAATA
ATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
Found at i:1976505 original size:222 final size:224
Alignment explanation
Indices: 1976131--1976662 Score: 682
Period size: 222 Copynumber: 2.4 Consensus size: 224
1976121 TAGCTCGGAT
* *
1976131 TGTCCATTTCCCATTTTCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAATAAAATTTTTAA
1 TGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTTAA
* * *
1976196 TTGTCTATTAGTTCAGCTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAA
66 TGGCCTATTAGTTCAGCTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCAAA
* * * * *
1976261 CTAGTTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTTTGG-TTGTTAACCACATGGTC-GGAGGCCCAAG
131 CAAGCTGGAATAACTCAGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTT-TTAACCACAAGGTCGGGAGGCCCAAG
1976324 CCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTAG-AC
195 CCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAA-TTAGAAC
* * *
1976354 TGTCCATTTCCCATTTACTTTC-AAATATTACCAATTTATACAATTGTGTAAAGAAACA-TTTCA
1 TGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAA-ATTTTTA
* * * *
1976417 ATGGCCTATTA-TCTCTA-TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTC
65 ATGGCCTATTAGT-TC-AGCTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTC
* * * **
1976480 AAAGAAGCTGGAATAACTTAGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTTTTAACCATAAGGTCGGGAGGTTCA
128 AAACAAGCTGGAATAACTCAGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTTTTAACCACAAGGTCGGGAGGCCCA
* *
1976545 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAAT
193 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTAGAAC
* * * * * *
1976577 TGCCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTGCTAATTTAAACAGTTATATAATGAAAATTTTTAA
1 TGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTTAA
* *
1976642 TGGCCTATTAGCTCAGTTGGT
66 TGGCCTATTAGTTCAGCTGGT
1976663 TAGAGCGTGT
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 34, Indels: 19
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
221 1 0.00
222 134 0.51
223 81 0.31
224 49 0.18
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (224 bp):
TGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTTAA
TGGCCTATTAGTTCAGCTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCAAA
CAAGCTGGAATAACTCAGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTTTTAACCACAAGGTCGGGAGGCCCAAGC
CCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTAGAAC
Found at i:1976820 original size:158 final size:157
Alignment explanation
Indices: 1976499--1976808 Score: 410
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1976489 GGAATAACTT
*
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1 AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTTTTAACCACAAGGTCGGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
* * *
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* *
1976629 TGAAAATTTTTAATGGCCTATTAGCTC
131 TGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTC
* * * * * * *
1976656 AGTTGGTTAGAGCGTGTGG-TTGTTAGCCACAAGGTC-TGAGGTTTAAG-CCTACTTTTTAGTGT
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** * *
1976718 TTGTTTTTAATTTGAATTGTTCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACGGTTAT
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TTTTAATTTGAATTGCCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTAAACAGTTATATAA
TGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTC
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * *
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* ** * * * * *
1977163 TGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTTAAAATAATACCAATTTATACAGTTA
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** * * * ** * *
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* * * * *
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195 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* ** *
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * *
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* * * * **
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131 TAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCAC-AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGG
*
1977511 TTGGAGCTTAAAGGTTCAACTAGCTGGAA
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* *
1977540 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGTTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
** * * * * *
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66 CGTTGTTTTAATTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAGTT
* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
1977763 TAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAA-CAGCGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCA-CAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTC
* * * *
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* * * * *
1977890 GTTATATAAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATAT
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* *
1977955 TGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAA
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*
1977987 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGG--GATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTG-TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * *
1978050 GTGTT-CTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATAC--TA
65 GCGTTGTTTTAATTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGT-
* * * *
1978112 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTG
129 TATAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCACAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTG
* *
1978177 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
193 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * *
1978207 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCATTCTA
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* * ** * * * * *
1978271 GCATGGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATT
65 GCGTTGTTTTAATTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTT
* * * * * * * * * *
1978336 ATATAAAAAAATTAT-AATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGGT
130 ATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCACAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGT
*
1978400 TGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
195 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
1978428 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCATTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
1978493 CGTTGGTTT-ATCTCGGATTGACCATTTCCCA-TTATCTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAG
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* * **** **
1978555 TTATATAACGAAAAGTTTCAATAGCCTATTAGCTCTTAACCCCAAGGTCGGAAGT-TCAAGACCT
128 TTATATAA-GAAAATTTTCAATGGCCTATTAG--C---A-CAGTTGGT-AAAAGTGTCAA-A-CT
** ** * ** ** *** ** ** *
1978619 CTTGCTAGTGTTGTTTTAGCTCGGATTTTCC-A-TTTC-CCAT
183 GATAATACTG--GTTGGAGCT-TAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
** ** * * *** * * ** * * ** ***
1978659 TTTCTTTCAAAAT-ATTACCAATTTAT-ACAATTATA-TA-AA--T-AAATTTTTC-AGTTGT-C
1 TAGC--TC-AGTTGGTTA-GAGCGTGTGGCTGTTA-ACCACAAGGTCAGA-GGTTCAAGCCCTCC
* ** *** * * * ** * ** * *
1978715 TAT-TAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATGGTT-GGAGCTTGAAGGTCCAACTAGTT
60 T-TCTAG--C-GTTGTTTTAA-T-TTGGATTGTCCAT--TTCCCA--TT-TACTTTCAA--A-AT
* * * * * ** * * * *
1978778 GGAATAGCTCAGTTGGT-TAGAGCGTTTGGTCGTTAACCACATGGTCGGGGCTCAA-GCCCTCCT
111 --ATTA-C-CAATT--TATACA--G-TT-AT--ATAAGAAAAT--T-----TTCAATGGCCT--A
*** * ** ** ** * ** ** *
1978841 TCTAGCGTTGTT-TTAACTTGGATGTCCATTTCCCAT-TTACT--TTCAAAATATTACCAA-TTC
155 T-TAGCACAGTTGGTAA--AAG-TGT-CA-AACTGATAATACTGGTT--GGAGCTTA--AAGGTC
* *
1978901 ATACAATTATG-TAAAGAAA
210 ---CAACTA-GCT---GGAA
* ** * *** * * * * * ** **
1978920 CATTTCA-ATGGCCCATTATCTC-TATTGGTAAAATTGTCAAACTGATAA--T-ATTGGTTGGAG
1 TAGCTCAGTTGG----TTAGAGCGT-GTGG-----CTGT-TAAC-CACAAGGTCAGAGGTTCAAG
* *** * * * *** * * **** * ** *
1978980 -CTTAAAGGTCAAAGAAGCTGGAATAACTTAG-TTGGT---TAGAGCGTCTGGCTTTTAACCACA
54 CCCT--CCTTC-TAG-CGTTGTTTTAATTTGGATT-GTCCATTTCCCAT-TTACTTTCAA--A-A
* * ** * ** ** * *** * **** * * ***
1979040 -AGGT-CGGGAGGTTAAAGCCCTCCT-TCTAG-CGTTGTTTTAAT-TTGAATT-GCCCATTTCCC
110 TA-TTAC--CAATTTATA-CAGTTATAT-AAGAAAAT-TTTCAATGGCCTATTAGCACAGTTGGT
** * * * * * ** ** * ** * * *
1979099 ATTTACTTTCAAAATATTGCTAATTTAAAC-AGTTATATAATGAAAATTTTCAA-TGGCCT--AT
169 A-AAAGTGTC-A-A-ACTGATAA--T--ACTGGTTGGA-GCT-TAAAGGTCCAACTAG-CTGGAA
* * * * *
1979160 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCCCCCCTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1979225 TGTCGTTTTAATTTGAATTGTTCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACGGTTA
66 CGTTGTTTTAATTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
* * * *
1979290 TATAATGCAAATTTTCAACGGCCTATT--CACTGAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACTG
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* * *
1979353 GTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAA
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** * *
1979383 TAAATCTGTTGGTTAGAGCGTG-GAGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTG-GCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * *
1979447 GCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAACTTATACAGTT
65 GCGTTGTTTTAATTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTT
* * * * *
1979512 ATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCACAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTTG
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* *
1979577 TTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
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* * * * * * * *
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** * * * *
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* * * ** * *
1979732 ATATAA-AAAA--TTCAATAGACTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAA-TGATAATACTGGT
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* * * *
1979793 TGAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
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* ** *
1979821 TAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
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* * *
1979886 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTA
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** * * **
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*
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* *
1980039 TTGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTCATAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
** * *** * *
1980103 CGTT-TTTTAGCTCGGATTGTCCA-TTCTTGTTTACTTTCAAAATAATT-CCACTTTATTCAGTT
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * *
1980320 TAGCGATGTTTTAACTTT-GATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACA
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* * * *
1980384 GTTATATAAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
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* *
1980449 TGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAA
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*
1980481 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGG--GATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTG-TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * *
1980544 GTGTTCTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACTA-T
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* * *
1980608 TATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCACTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTG
129 TATAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCACAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTG
* *
1980673 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
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* * * * *
1980703 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCATTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * ** * * * * *
1980767 GCATGGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATT
65 GCGTTGTTTTAATTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTT
* * * * * * *
1980832 ATAT-A-AAAATTAT-AA-----TA-TAACTCTGTTGGT-AAATTTTCAAACTGATAATAATGGT
130 ATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCACAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGT
*
1980887 TGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
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* * *
1980915 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCATTCTAG
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* ** * *
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* *
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Consensus pattern (222 bp):
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GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
Found at i:1978098 original size:665 final size:659
Alignment explanation
Indices: 1976650--1978587 Score: 2299
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1976640 AATGGCCTAT
* * *
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* * *
1976713 AGTGTTTGTTTTTAATTTGAATTGTTCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACG
62 AGTG--T-TTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACA
* * * * * * * *
1976778 GTTATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTCACTGAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATAC
124 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAACT-A-TTGGTAAAA-TTTCAAACTGATAATAC
* * * * * * *
1976843 TGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAATAACTCTGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAAC
186 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
* ** * *
1976908 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCA-T
251 CACAAGTTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATT
* ** *
1976972 TAACTTTCAAAATATTACAAATTTATATAGTTATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCAC
316 TAA-TTTCAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAA-GAAAATTTTCAATAGCCTATTAGCTC
* * *
1977037 AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAATAATATTTGTTGGACCTTAAAAGTCCAACTAGCTGGAATAGC
379 AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATAATGGTTGGACCTT-AAAGTCCAACTAGCTGGAATAGC
* * * * * *
1977102 TCATTTGGTTAGACCGTGTGGCTATTAACCACTAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTTCTTCTAGTGTT
443 TCAATTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCCGAGGTTCAAGCCC-TCTTCTAGCGTT
* * *
1977167 GTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTTAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATA
507 GTTTTAACTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATA
* * * * * * *
1977232 AA-AAACAATTCAATAGACTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAA
572 AAGAAA-ATTTCAATAGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGAA
* * **
1977296 TCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
636 GCTCAAAGGTCCAACTAACTGGAA
* ** * *
1977320 TAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTG--GGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAG
* * * * *
1977385 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTA
64 TGTT-TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* * * **
1977450 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCATACTAACTATTGGTAGAATTTCAAACTGATAATGTTGGTTGG
128 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAACTATTGGTAAAATTTCAAACTGATAATACTGGTTGG
* *
1977515 AGCTTAAAGGTTCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGT
193 AGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGT
*
1977580 TCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTAATTTC
258 TCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTAATTTC
* * *
1977645 AAAATAATT-CCACTTTAT-TCAGTTATATTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGG
323 AAAAT-ATTACCAATTTATAT-AGTTATA-TAAGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGCTCAGTTGG
* * * * * * *
1977708 TAAAAGTGTCAAACTGACAGTACTGGTTGGATCTTGAAAGTTCATCTAG-TAGGAATAACTCCAA
385 TAAAAGTGTCAAACTGATAATAATGGTTGGACCTT-AAAGTCCAACTAGCT-GGAATAGCT-CAA
* * * * *
1977772 TTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAA-CAGCGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-TAGCGATGT
447 TTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCA-CAAGGTCCGAGGTTC-AAGCCCT-CTTCTAGCGTTGT
** *
1977835 TTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAGTTATATAA
509 TTTAACTCGGATTGA-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAA
* *
1977899 AGAAAATTTTCAA-AGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATATTGGTTTG-
573 AGAAAA-TTTCAATA-GCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG-TTGA
*
1977962 AGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAA
635 AGCTCAAAGGTCCAACTAACTGGAA
1977987 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGGATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGT
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGG-TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGT
* *
1978052 GTTCTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACTA-TATA
65 GTTTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATA
* *
1978116 TAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTG
130 TAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATA--ACTATTGGTAAAATT-TCAAACTGATAATACTGGTTG
* * * * *
1978181 GAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATG
192 GAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAG
* * * * * *
1978246 TTC-GAAGGTTCAAGCCCTCATTCTAGCATGGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTT
257 TTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTAATT
* * * * * *
1978310 TCAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAAAAAAATTAT-AATAGACTATTAACTCTGTTGGT
321 TCAAAATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGCTCAGTTGGT
* *
1978374 AAAATTTTCAAACTGATAATAATGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGA-T
386 AAAAGTGTCAAACTGATAATAATGGTTGGACCTTAAA-GTCCAACTAGCTGGAATAGCTCA-ATT
* * *
1978438 GGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCATTCTAGCGTTGGTTTA
449 GGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCCGAGGTTCAAGCCCTC-TTCTAGCGTTGTTTTA
* * *
1978503 TCTCGGATTGACCATTTCCCA-TTATCTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTATATAACGAA
513 ACTCGGATTGACCATTTCCCATTTA-CTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAAGAA
1978567 AAGTTTCAATAGCCTATTAGC
577 AA-TTTCAATAGCCTATTAGC
1978588 TCTTAACCCC
Statistics
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Consensus pattern (659 bp):
TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTG
TTTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATAT
AAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAACTATTGGTAAAATTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGC
TTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCA
GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTAATTTCAAA
ATATTACCAATTTATATAGTTATATAAGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAG
TGTCAAACTGATAATAATGGTTGGACCTTAAAGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAATTGGTTAGA
GCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCCGAGGTTCAAGCCCTCTTCTAGCGTTGTTTTAACTCGGAT
TGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTCAAT
AGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAAC
TAACTGGAA
Found at i:1978446 original size:888 final size:886
Alignment explanation
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Period size: 888 Copynumber: 2.2 Consensus size: 886
1976640 AATGGCCTAT
* * * *
1976650 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAGCCACAAGGTCTGAGGTTTAAG-CCTACTTTTTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCT-CATTCTA
* * * * ** *
1976714 GTGTTTGTTTTTAATTTGAATTGTTCATTTCCCATTAACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACG
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* ** * *
1976778 GTTATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTCA-CTGAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATA
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** *
1976842 CTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAATAACTCTGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAA
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* * *
1976907 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCAT
255 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAATTTGAATTATCCATTTCCCAT
* * * * *
1976972 TAACTTTCAAAATATTACAAATTTATATAGTTATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCAC
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* * *
1977037 AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAATAATATTTGTTGGACCTTAAAAGTCCAACTAGCTGGAATAGC
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* * * * *
1977102 TCATTTGGTTAGACCGTGTGGCTATTAACCACTAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTTCTTCTAGTGTT
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* * * * *
1977167 GTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTTAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATA
515 GCTTTAACTCGAATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAG-TATATA
* * * *
1977232 AAAAACAATTCAATAGACTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAT
579 AAAAACAATTCAATAGACTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGAAG
* * * *
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* * * *
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* * *
1977427 AATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCATACTAACTATTGGTAGAAT
774 AATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTATCAATGACATACTAACTATTGGTAAAAT
** * *
1977492 TTCAAACTGATAATGTTGGTTGGAGCTTAAAGGTTCAACTAGCTGGAA
839 TTCAAACTGATAATAATGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
1977540 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGTTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCATTCTAG
* * *
1977605 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATTCCACTTTATTCAGTTA
66 CGTTGTTTTAACTCGGATTGACCATTTCCCA-TTAATTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
* * *
1977670 TATTAA-GAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAGTACTGG
130 TA-TAACGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACTGG
* * * * * * *
1977734 TTGGATCTTGAAAGTTC-ATCTAG-TAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAA-
194 TTAGAGCTTAAAAGTCCAAT-TAGCT-GGAATAACT-CAATTGGTTAGAGCATGTAGCTATTAAC
* *
1977796 CAGCGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-TAGCGATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCC
256 CA-CAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAA-TTTGAATTATCCATTTCCC
* *
1977859 ATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGC
318 ATTAACTTTCAAAACAATACAAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGC
* * * * * *
1977924 ACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATATTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAATA
383 ACAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTGGTTGGACCTTAAAAGTCCAACTAACTGGAATA
*
1977989 GCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGG-GATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTG
448 GCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCGATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTG
* * * *
1978053 TT-CTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACTA-TATA
513 TTGCTTTAACTCGAATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATAC-AGTATA
* * *
1978116 TAAAGAAA-ATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTT
577 TAAA-AAACA-ATTCAATAGACTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTT
* * * * *
1978180 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAT
640 GAAGCTCAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGAATAGACCGTGTGCCTGTTAACCACAA
* * *
1978245 GTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCATTCTAGCATGGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACT
705 GGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCATTCTAGCATGGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACT
* * * *
1978309 TTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAAA-AAAATTAT-AATAGAC-TATTAACTCTGTT
769 TTAAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTATCAAT-GACATACTAA--CTATT
1978371 GGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
831 GGTAAAA-TTTCAAACTGATAATAATGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* *
1978428 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCATTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCATTCTAG
* * *
1978493 CGTTGGTTTATCTCGGATTGACCATTTCCCATTATCTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAACTCGGATTGACCATTTCCCATTA-ATTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
*
1978558 TATAACGAAAAGTTTCAATAGCCTATTAGCTC
130 TATAACGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGCTC
1978590 TTAACCCCAA
Statistics
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0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (886 bp):
TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCATTCTAG
CGTTGTTTTAACTCGGATTGACCATTTCCCATTAATTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTAT
ATAACGAAAATTTTCAATAGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACTGGTT
AGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAATAACTCAATTGGTTAGAGCATGTAGCTATTAACCACAA
GGTCAGAGGTTCAAGCCCTACTTCTAGCGATGTTTTAATTTGAATTATCCATTTCCCATTAACTT
TCAAAACAATACAAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACAGTTGG
TAAAAGTGTCAAACTAACAATATTGGTTGGACCTTAAAAGTCCAACTAACTGGAATAGCTCAGTT
GGTTAGACCGTGTGGCGATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGCTTTA
ACTCGAATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTATATAAAAAACA
ATTCAATAGACTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTCAAAG
GTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGAATAGACCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTT
CAAGCCCTCATTCTAGCATGGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTAAAAATATTA
CCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTATCAATGACATACTAACTATTGGTAAAATTTCAAAC
TGATAATAATGGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
Found at i:1978723 original size:134 final size:134
Alignment explanation
Indices: 1978456--1978697 Score: 344
Period size: 134 Copynumber: 1.8 Consensus size: 134
1978446 CGTGTGGCTG
* * * *
1978456 TTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCATTCTAGCGTTGGTTTATCTCGGATTGACCATTTC
1 TTAACCACAAGGTCGGAAGTTCAAGACCTCATTCTAGCGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTC
* *
1978521 CCATTATCTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTATATAACGAAAAGTTTCAATAGCCTATTA
66 CCATTATCTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAGTTTCAATAGCCTATTA
1978586 GCTC
131 GCTC
* * * **
1978590 TTAACCCCAAGGTCGGAAGTTCAAGACCTC-TTGCTAGTGTTGTTTTAGCTCGGATTTTCCATTT
1 TTAACCACAAGGTCGGAAGTTCAAGACCTCATT-CTAGCGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTT
*
1978654 CCCATTTTCTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAAA
65 CCCATTATCTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAATTATATAAA
1978698 TAAATTTTTC
Statistics
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0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.13, T:0.37
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TTAACCACAAGGTCGGAAGTTCAAGACCTCATTCTAGCGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTC
CCATTATCTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAGTTTCAATAGCCTATTA
GCTC
Found at i:1979328 original size:156 final size:157
Alignment explanation
Indices: 1979009--1979316 Score: 456
Period size: 156 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
1978999 GGAATAACTT
* * *
1979009 AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTTTTAACCACAAGGTCGGGAGGTTAAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
1 AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGGAGGTTAAAGCCCCCCTTCTAGCGTCG
* * *
1979074 TTTTAATTTGAATTGCCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTGCTAATTTAAACAGTTATATAA
66 TTTTAATTTGAATTGCCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTAAACAGTTATATAA
*
1979139 TGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC
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* * * * *
1979166 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAGCCACAAGGTC-GGAGGTTTAAGCCCCCCTTTTAGTGTCG
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** * *
1979230 TTTTAATTTGAATTGTTCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACGGTTATATAA
66 TTTTAATTTGAATTGCCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTAAACAGTTATATAA
*
1979295 TGCAAATTTTCAACGGCCTATT
131 TGAAAATTTTCAACGGCCTATT
1979317 CACTGAGTTG
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 17, Indels: 1
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (157 bp):
AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGGAGGTTAAAGCCCCCCTTCTAGCGTCG
TTTTAATTTGAATTGCCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTAAACAGTTATATAA
TGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTC
Found at i:1981210 original size:134 final size:134
Alignment explanation
Indices: 1980943--1981184 Score: 362
Period size: 134 Copynumber: 1.8 Consensus size: 134
1980933 CGTGTGGCTG
* * *
1980943 TTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCATTCTAGCGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTC
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* *
1981008 CCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTATATAACGAAAAGTTTCAATAGCCTATTA
66 CCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAGTTTCAATAGCCTATTA
1981073 GCTC
131 GCTC
* * * *
1981077 TTAACCCCAAGGTCGGAAGTTCAAGACCTC-TTGCTAGTGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTT
1 TTAACCACAAGGTCGGAAGTTCAAGACCTCATT-CTAGCGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTT
*
1981141 CCCATTTTCTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAAA
65 CCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAATTATATAAA
1981185 TAAATTTTTC
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 10, Indels: 4
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
133 5 0.05
134 91 0.95
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (134 bp):
TTAACCACAAGGTCGGAAGTTCAAGACCTCATTCTAGCGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTC
CCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAGTTTCAATAGCCTATTA
GCTC
Found at i:1981551 original size:223 final size:222
Alignment explanation
Indices: 1981077--1981663 Score: 732
Period size: 223 Copynumber: 2.6 Consensus size: 222
1981067 CTATTAGCTC
* * * * * *
1981077 TTAACCCCAAGGTCGGAAGTTCAAGACCT-CTTGCTAGTGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTT
1 TTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTT-CTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTT
* * * * * *
1981141 CCCATTTTCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAATAAATTTTTCAGTTGTCTATT
65 CCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAA-ATTTCAATGGCCTATT
* ** *
1981206 AGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGTTGGA
129 AGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAAAAAGCTGGA
* *
1981271 ATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTTTGGTCG
194 ATAACTCAGTTGGTTAGAGCGTCTGGTCG
* * *
1981300 TTAACCACATGGTCGGCGGCTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTC
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* * *
1981365 CCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTCATACAATTATGTAAAGAAACATTTCAATGGCCCATTA
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* * * *
1981430 TCTCTA-TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGT-CAAAAAGCTGGA
130 GCTC-AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAAAAAGCTGGA
* *
1981493 ATAACTTAGTTGGTTAGAGCGTCTGG-CTT
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* * * *
1981522 TTAACCACAAGGTCGGGAGGTTAAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGCCCATTT
1 TTAACCACAAGGTC-GGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTT
* * * * *
1981587 CCCATTTACTTTCAAAATATTGCTAATTTAAACAGTTATATAATGAAAATTTTCAATGGCCTATT
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TTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTC
CCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTCAATGGCCTATTAG
CTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAAAAAGCTGGAAT
AACTCAGTTGGTTAGAGCGTCTGGTCG
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* * *
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* * *
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*
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* * * * *
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** * *
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66 TTTTAATTTGAATTGCCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTAAACAGTTATATAA
*
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131 TGAAAATTTTCAACGGCCTATT
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AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGGAGGTTAAAGCCCCCCTTCTAGCGTCG
TTTTAATTTGAATTGCCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTAAACAGTTATATAA
TGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTC
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * *
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** * * *
1981874 TAAATCTGTTGGTTAGAGCGTG-GAGCTATTAACCACAGGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
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* * * * *
1981938 GCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAAATTTCAAAATATTACCAACTTATACAGTT
65 GCGTTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
* * * * * * *
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130 ATATAA-GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
* *
1982068 TTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
194 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * * *
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGC-GTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * * * * *
1982161 GCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATT
65 GCGTTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
* * * ** * *
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130 ATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
* * * *
1982289 TGAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
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* ** *
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
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66 CGTTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
** **
1982447 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTACCAGCT-A-TTGGTAAAATT-TCAAACTGATAATGTTGGT
131 TAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
* *
1982509 TGGAGCTTAAAGGTTCAACT-GATGGAA
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* *
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* * * * *** *
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66 CGTTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
** *** * * *
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* * *
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195 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * *
1982756 TAGCTTATAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGGAGGTTTAAGCACTCC-T-T
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* * * * * * * *
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64 AGCGTTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAA
* * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
1983163 TTTGAGCTTAAAGATACAACTAACTGGAA
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* * * * *
1983192 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCATGTGGC-ATTAACCACAAGGTCATAGGTTCAATCCCTTCTTCTAG
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*
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* * *
1983319 TATAAAGAAAA-TTTCAATGGCCTAATAGCT-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGGT
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* *
1983382 TGGAGCTT-AAGGTCCAA-TAGTTAGAA
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* * * *
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** * * * * * *
1983468 AG-AATGTTTTAGCTCGGATTGTTCA-TTCTCATTTACTTTCAAAATATTAACAATTTAT--AAT
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* * * * * *
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* * *
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*
1983676 -TTTG-TTTAA-TTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
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* *
1983738 TATAA-ATAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAA-TGTCAAACTGATAATACTGGT
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* * *
1983801 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTTGTTAGAA
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* * * *
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* * * * * * *
1983891 GCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCA-TTACTTTC-AAATATTACCAATTTATATAATT
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* * * * * * *
1983954 A-ATAA-AAAATTAT-AATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTC-AACTGATAATAATGGT
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* * * * *
1984043 TATCTCAGATGGTTAGAGC--GTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTTAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1984106 CGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTT
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* * * * * *
1984170 ATATAAAGAAAAGTTT-AGTTGCCT-TTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
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* * *
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* * * * * * ** *
1984262 TAGGTCCAATTTGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGTAAGGTTC-GAGGTTCAAATCCCTCCTTC
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* * *
1984326 TAGCGATGTTTTAACTCTG-ATTGTGCATTT-CCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACA
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* * * * * * ** * *
1984389 GTTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGCGTTAAACTGACAATAC
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**
1984454 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAAAA
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* * * * * * * *
1984486 TAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTCTGAC-ATTAACCACAAGGTCAGAGGTTTAAGCCATTCTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1984550 TGTTATTTTTATTTGAATTGTCCATTTCCCA-TTACTTTCAAAATATT-CC-ATTTATAAAATTT
66 CGTTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* * * *
1984612 TATGAAGCAAATTTTTAATGGCCTATTAGTTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
131 TAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
* * *
1984677 TGGAGCCTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
195 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * *
1984705 TAGCTTAG-TGGTTAGAACTTGTGGCTATTAA-C-CAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTTCTTATAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1984767 TG-TGTTTTAGC-TCAGATTGACCATTTCCCTTTTACTTTCAAAA-A-TATCAATTTAT--AATT
66 CGTTGTTTTAACTTGA-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
* * ** *
1984826 ATATAA-AAAA-ATTCAATGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGT
130 ATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
* * * **
1984889 TGAAGTTTAAAGGTCAAAGAAGCTGGAA
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* ** *
1984917 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCCTGTGGCTGTTAACCACAAGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
** *** * * *
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66 CGTTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
*
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (222 bp):
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GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * *
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** * * *
1981874 TAAATCTGTTGGTTAGAGCGTG-GAGCTATTAACCACAGGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
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* * * * *
1981938 GCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAAATTTCAAAATATTACCAACTTATACAGTT
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* * * * * * * *
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* *
1982068 TTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
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* * * * * * * *
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* * * *
1982161 GCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATT
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* * * * * *
1982226 ATATAA-AAAA-ATTCAATAGACTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAATTGATAATACTGGT
128 ATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
* * * *
1982289 TGAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
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* ** *
1982317 TAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
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* *
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** **
1982447 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTACCAGCT-A-TTGGTAAAATT-TCAAACTGATAATGTTGGT
129 TAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
* *
1982509 TGGAGCTTAAAGGTTCAACT-GATGGAA
193 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* *
1982536 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTCATAGATTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * ***
1982600 CGTTATTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTTGTTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTA
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** *** * *
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* * *
1982727 TTGGAGCTTAAAGATCAAATTAGCTGGAA
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
1982819 AGCGTTGTTTT-GCTCGAATTGACCATTTCCCATTTAATTTAAAAATAATTCCACTTTATTCAGT
64 AGCGTTGTTTTAACTTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATACCAATTTATACAAT
* * *
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* *
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* * * * * *
1982974 -A-CTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCT-TTAACCTCAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-T
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
* * * * *
1983035 AGTGATGTTTTAACTTGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACATACCAATTTATACAGTTA
64 AGCGTTGTTTTAACTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATACCAATTTATACAATTA
* * * * *
1983100 TATAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTT
129 TATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTT
* * * *
1983165 TGAGCTTAAAGATACAACTAACTGGAA
194 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * *
1983192 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCATGTGGC-ATTAACCACAAGGTCATAGGTTCAATCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
*
1983256 TGTTGTTTTAA-TTGAATTGTCCATTT-CCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAACTTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA-TACCAATTTATACAATTA
* *
1983319 TATAAAGAAAA-TTTCAATGGCCTAATAGCT--TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGG
129 TAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
* *
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192 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
1983408 TAGCTCAG-TGATTAGA-CTGTGTGGC--TTAACCACATGTTC-GAATGTTCAAGCCCTCCTTCT
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** * * * * *
1983468 AG-AATGTTTTAGCTCGGATTGTTCA-TTCTCATTTACTTTCAAAATATTAACAATTTAT--AAT
64 AGCGTTGTTTTAACT-TGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA-TACCAATTTATACAAT
* * * * * * *
1983529 TATA-AA-AAAATTAT-AATAGAC-ATTAACTC-GTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATA--AG
127 TATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
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* * *
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
*
1983676 -TTTG-TTTAA-TTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAACTTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA-TACCAATTTATACAATTA
*
1983738 TATAA-ATAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTC-TGTTGGTAAAA-TGTCAAACTGATAATACTGG
129 TATAAGA-AAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
* * *
1983800 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTTGTTAGAA
192 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
1983829 TAGCTCAGTTGATTAGA-C-CGTGGCTGTTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * * * * *
1983891 GCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCA-TTACTTTC-AAATATTACCAATTTATATAATT
65 GCGTTGTTTTAACT-TGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA-TACCAATTTATACAATT
* * * * * *
1983954 A-ATAA-AAAATTAT-AATAGACTATTAACTC-TGTTGGTAAAATTTTC-AACTGATAATAATGG
128 ATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
1984014 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
192 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * *
1984043 TATCTCAGATGGTTAGAGC--GTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTTAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1984106 CGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAACT-TGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATACCAATTTATACAATTA
* * * * * *
1984171 TATAAAGAAAAGTTT-AGTTGCCT-TTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
129 TAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
* * *
1984234 TGGAGCTTGATGTTCCAACTAG-TAGGAA
193 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAA
* * * * * * ** *
1984262 TAGGTCCAATTTGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGTAAGGTTC-GAGGTTCAAATCCCTCCTTC
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGG-TCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTC
* * *
1984326 TAGCGATGTTTTAACTCTGATTGTGCATTT-CCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAG
63 TAGCGTTGTTTTAACT-TGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATACCAATTTATACAA
* * * * ** * *
1984390 TTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGCGTTAAACTGACAATACT
126 TTATAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACT
**
1984455 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAAAA
190 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * * *
1984486 TAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTCTGAC-ATTAACCACAAGGTCAGAGGTTTAAGCCATTCTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * * *
1984550 TGTTATTTTTATTTGAATTGTCCATTTCCCA-TTACTTTCAAAATATTCC-ATTTATAAAATTTT
66 CGTTGTTTTAACTTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATACCAATTTATACAATTAT
* * *
1984613 ATGAAGCAAATTTTTAATGGCCTATTAGTTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
130 AT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
* * *
1984677 TGGAGCCTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
193 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * *
1984705 TAGCTTAG-TGGTTAGAACTTGTGGCTATTAA-C-CAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTTCTTATAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1984767 TG-TGTTTTAGCTCAGATTGACCATTTCCCTTTTACTTTCAAAA-ATATCAATTTAT--AATTAT
66 CGTTGTTTTAACT-TGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATACCAATTTATACAATTAT
* * * *
1984828 ATAA-AAAA-ATTCAATGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTG
130 ATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTG
* * * **
1984891 AAGTTTAAAGGTCAAAGAAGCTGGAA
195 GAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* ** *
1984917 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCCTGTGGCTGTTAACCACAAGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
** *** * * *
1984982 CGTT-TTTTATTTTGAATTGTTTGTTTCCCATTTGCTTTC-AAATATTACCAATTTATGCAATTG
66 CGTTGTTTTAACTTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA-TACCAATTTATACAATTA
* * ** *
1985045 TATAATAAAA-TTTCAATGGCCTATTAGCTC-TTAACCCCAAGGTCGGAAGT-TCAAGACCTCTG
129 TATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATT-------TGGT-AAAATTGTCAA-A---CTG
* * * ** ** ** ** * ** **
1985107 CTAGT-GTTTTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCATTTCTTTCAAA
182 ATAATACTGGTTGGAGCT-TAAAGGTCCA---AC-TAGC--TGGAA
* * * *** * *** * **** * * *
1985152 TA-TTACCAATT--TATACAATTATATAAAAAAATTTTCAATTGTATAGCTCAGTTGG-TAAAG-
1 TAGCT--CAGTTGGT-TA-GAGCGTGT----GGCTGTT-AACCACA-AGGTCAG-AGGTTCAAGC
** *** * * * ** * * ** *
1985212 TGTCAAACT-GACAATACTGGTTGAAGCTTGAAGGTCCA------A-CTA-GTT-GGAATA-GCT
55 CCTCCTTCTAG-C-GT--TGTTTTAA-CTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATAC-
* * * * * ** * ** * * *
1985266 CAGTTGGT-TAGAGCGTTGGTTGTAACCACATGGTCGGA-GG-CTCA--AGCCCTCCTTCTAGT-
114 CAATT--TATACA--ATT--ATATAAGAAAATTTTC-AATGGCCT-ATTAG--CTCATT-TGGTA
*** * * * * *** * ** * *
1985325 GTGTT-TTAACCTGGATTTCCATTTCCCATT-TA-CTTTCAAAATATTACCAATTTATCAATTAT
168 AAATTGTCAAACT-GA--T--AATACTGGTTGGAGC-TT--AAA-GGT-CCAA-CTAGC-----T
*
1985387 AAAGAA
217 --GGAA
** * * * * * * * * * * ** **
1985393 -ATTTCA-ATGGCCTATTATCTCTATTGGTAAAATTGTCAAACTATAA--T-ACTGGTTGGAG-C
1 TAGCTCAGTTGG-TTA-GAGC-GT-GTGG-----CTGT-TAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCC
* *** * * *** ** * ** * *
1985452 TTAAAGGTCAAAGAAGTTGGAATAACTT-AGTTGGTTAGAGCGTTGGC-TGTTAAC---CACAAG
56 CT--CCTTC-TAG-CGTTGTTTTAACTTGA-TT-G-TCCA--TTTCCCAT-TT-ACTTTCAAAAT
* * * * * * ** ** * * * *
1985512 GT-CGGGAGGTTCA-AGCCCTCATTCTAGTGTTGTTTTAA-TTTGAATTGTCC-ATT-TCCCATT
110 ATAC--CA-ATTTATA---C-AATTATA-T-AAG--AAAATTTTCAA-TGGCCTATTAGCTCATT
** * * ** ** * ** ** *
1985572 TACTTTCAAAATAT-TGCTAA-T-TTAA-ACT-GTTATATAATGAAAATTTTTAA-TGGCCT--A
163 T--GGT-AAAAT-TGT-CAAACTGATAATACTGGTTGGA-GCT-TAAAGGTCCAACTAG-CTGGA
*
1985629 T
220 A
* * * * *
1985630 TAGCTC-GTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTCCTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * ** **
1985694 TGTTGTTTTAATTTGAATTATTCATTTCCCATAAACTTTCAAAATATTA-CAATTTATAC-GGTA
66 CGTTGTTTTAACTTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA-TACCAATTTATACAATTA
* * * * * * *
1985757 TATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTCA-CTAAGTTGGTAAAAGTGTCAAAATAACAATACTGG
129 TATAA-GAAAATTTTCAATGGCCTATT-AGCTCATTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
* * *
1985821 TTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAA
192 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * *
1985850 TAACTCTGCTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
1985915 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTC-AAA-ATACCAATTTATACAGTTAT
66 CGTTGTTTTAACTTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATACCAATTTATACAATTAT
* * * * * * *
1985978 CTAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAGTTGGT-AAAGTGTCAAACT-A-ACTATTTGTT
130 ATAA-GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTT
*
1986040 GGA-CTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
194 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * ** * *
1986066 TAGCTCATTTGGTTAGACCGTGTGGTTGTTAACCACTAGGTCGGAGGTTTTAGCCCTTCTTCTAC
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * *
1986131 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAACT-TGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATACCAATTTATACAATTA
* * *
1986196 TA-AA-AAAA--TTCAATAGACTATTAGCTC-TTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTT
129 TATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTT
* * * *
1986256 GAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
194 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* ** *
1986283 TAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
*
1986348 CGTTGTTTTAACTT-ATTATCC-TTTCCCATTTACTTT-AAAATATTACCAATTTATACAATTAT
66 CGTTGTTTTAACTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA-TACCAATTTATACAATTAT
** **
1986410 A-AAGAAAA-TTTCAATGGCCTACCAGCT-A-TTGGTAAAATT-TCAAACTGATAATGTTGGTTG
130 ATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTG
* *
1986470 GAGCTTAAAGGTTCAACT-GATGGAA
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*
1986495 TAGCTCAGTTGG-TAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTCATAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * *** * * *
1986558 CGTTATTTTAGCTCGGATTGTCCA-TTCTTGTTTACTTTCAAAAT-T-CCACTTTATTCAGTTAT
66 CGTTGTTTTAACT-TGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATACCAATTTATACAATTAT
* * * * *
1986620 ATAAGAAAATTTTCAAT-GCCTATTAGCTCAATTGGT-AAAGTGTCAAACTGACAGTACTGGTTA
130 ATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTG
* *
1986683 GATCTTGAAA-GT-CATCTAG-TAGGAA
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* * * * * * * *
1986708 TAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAA-CAGCGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCA-CAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTC
* * *
1986771 TAGCGATGTTTTAAC-T--TTGATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAG
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* * * * *
1986833 TTATATTAAG-AAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
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* *
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* * *
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
1986990 TGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAATAT-TACCAATTTATACAATTAT
66 CGTTGTTTTAACTTG-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATACCAATTTATACAATTAT
* * *
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* *
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* * * * *
1987146 TAGCTCAGTTGATTGGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
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** * * * * *
1987210 GAATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATT
65 GCGTTGTTTTAACT-TGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATA-TACCAATTTATACAATT
* * * * * ** * *
1987275 ATATAAAAAAATTAT-AATAGACTATTAACTCCGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGGT
128 ATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
*
1987339 TGGAGCTTAAAGGTCTAACTAGCTGGAA
193 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * *
1987367 TAGCTTAGATGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCATAAGGTCAGAGGTTCGAGCCCTTCTTCTAG
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* *
1987431 TGTTGTTTTAATTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACC-ATTTATACAA-TAT
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* *
1987494 -TTA-AAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTT
130 ATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTT
* *
1987556 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
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* * * * * *
1987583 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCAAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAA
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* * * * *
1987648 CATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTC--AA-A-ACCAATTTAT--AATTAT
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* *** * * * *
1987707 ATAA-AAAA--AT-AATATACTATTAACT-ATGTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAAT-GTTG
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*
1987792 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTC-GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
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** * * * * *
1987856 CGTTGGATTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTA
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* * * * * *
1987921 TATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTTTTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
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* * *
1987986 TGGAGCTTGATGTTCCAACTAG-TAGGAA
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* * * * * ** *
1988014 TAG-TCCAATTTGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGTAAGGTTC-GAGGTTCAA-TCC-CCTTCT
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* * * ** *
1988075 AGCGATGTTTTAACTCTAATTGTGCATTTCGTATTTACTTTCAAAATATACCAATTTATACAGTT
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* * * * ** * *
1988140 ATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGCGTTAAACTGA-CA-A-TGG
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* **
1988202 TTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAAAA
192 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * * *
1988231 TAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTCTGAC-ATTAACCACAAGGTCAGAGGTTTAAGCCATTCTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1988295 TGTTATTTTAATTTGAATTGTCC-CTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACC-ATTTATAAAATTT
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* *
1988358 TATAAAGAAAA-TTTGAATGGCCTATTAG-T-TTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
129 TAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
* * *
1988420 TTGGAGCCT-AAGGTCCAACTAGTTAGAA
192 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
*
1988448 TAGCTTAGTTGGTTAGA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGA
1988465 ACTTGATAAT
Statistics
Matches: 5156, Mismatches: 1066, Indels: 744
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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** * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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256 ATTTATACAATTATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAAGTGTCAAACT
* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * *
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*
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* * ** *
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*
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* * * *
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* * *
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* * * *
1984033 CTAGCTGGAATATCTCAGATGGTTAGAGC--GTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTTAAGCC
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* * * * *
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* * *
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* *
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* * * ** *
1984409 AAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGCGTT-AAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTC
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** * * * *
1984473 CAACTAGCTAAAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTCTGAC-ATTAACCACAAGGTCAGAGGTTTAA
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* * * * *
1984537 GCCATTCTTTTAGTGTTATTTTTATTTGAATTGTCCATTTCCCA-TTACTTTCAAAATATT-CC-
192 GCCCTCCTTCTAGCGTT-TTTTTACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCA
* * * * * *
1984599 ATTTATAAAATTTTATGAAGCAAATTTTTAATGGCCTATTAGTTCTGTTGGTAAAATTGTCAAAC
256 ATTTATACAATTATAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAAGTGTCAAAC
* * * *
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320 TGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCATTTGTTAG-ACTT-TGG
* * * * *
1984729 CTATTAACCAAGG-TCGGAGGTTCAAGCCCTTCTTATAGTG-TGTTTTAGCTCAG
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* * * * *
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** * * * *
1984842 TGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGTTTAAAGGTCAAA
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** * * **
1984907 GAAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCCTGTGGCTGTTAACCACAAGGTTGGAGGTTCAAGCC
130 CTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCC
* * *** *
1984972 CTCCTTTTAGCG-TTTTTTATTTTGAATTGTTTGTTTCCCATTTGCTTTC-AAATATTACCAATT
195 CTCCTTCTAGCGTTTTTTTA-CTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATT
* * * * **
1985035 TATGCAATTGTATAATAAAA-TTTCAATGGCCTATTAGCTCT-TAACCCCAAGGTCGGAAGT-TC
259 TATACAATTATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGT-------TGGT-AAAAGTGTC
** * * ** ** * *
1985097 AAGACCTCTGCTAGTGTTTTTTTAGCTCGGATTGTCCA-TTTCCATTTCTTTCAAATA-TTACCA
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*** * * * * * * * * * **
1985160 ATTTATACAATTATATAAAAAAATTT-TCAATTGTATAGCTC-A-GTTGGTAAAGTGTCAAACTG
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* * * * * * ** * **
1985222 ACAATACTGGTTGAAGCTTGAAGGTCCA
412 TC-CTTCTAG-CGATG-TTTTAGCTCGG
* ** ** * ***** *
1985250 ACTAGTTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTTGGTTGT-A-ACCACATGGTCGGAGGCT-CAAG
1 A-TTG-T-CCATTTCTCA--T--TT--A-CTTTCAAAATAATACCA-AT--T--TA---TACAA-
*** * *** *** * * * *** ** * *
1985312 CCCTCCTTCTAGTGTGTTT-TAA-CCTGGATT-TC-CATTTCCCATTTACTTTCAAA---ATATT
47 TTAT-ATAAAAAAAT-TTTAAAAGACT--ATTAGCTC-TTTGGTA-AAATTTTCAAACTGATAAT
*** * * * * * * * * * ** *
1985370 ACCAATT-TATCAATTATAAAGAAATTTCAA-TGGCCT--ATTATCTCTA-TTGGTAAAATTGTC
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*** * * ** * * * ***** * * *** * *
1985430 AAACTA-TAA-TAC-TGGTTGGAGCTTAAAG--GTCAAAGAAGTTGGAATAACTTAGTTG-GTTA
162 TGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG--CG-TTTTTTTACTTGAATT-
** * ** ** * ** ** * ****
1985489 GAGCGTTGGCTGTTAAC-CACAAGGTCGGGAGGTTCAAGCCCTCATTCTAGTGTTGTT-T-TAAT
223 GTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT----A--TT--A--CC-AATT-TA-TACAATTATATAA-
*** * * ** * ** * * * **
1985551 TTGAATTGTCCATTTCCCATT---TACT-TT-CAAAATATTG-CTAA-T-TTAA-ACT-GTTATA
274 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCT-CTGTTGGTAAA-AGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGA
** * ** ** * * * * * * *
1985606 TAATGAAAATTTTTAA-TGGCCT--ATTAGCTCGTTGGTTAGAGCGTGTGG-TTGTTAGCCACAA
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* * * * ** * *
1985667 GG-TCGGAGGTTTAAGCCCTCCTTTTAGTGTTGTTTTAATTTGA
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* * * ** * ** *
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** * ** * * * * * * *
1985773 AACGGCCTATTCA-CTAAGTTGGTAAAAGTGTCAAAATAACAATACTGGTTAGAGCTTAAAAGTC
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* * * * * *
1985837 CAATTAGCTGGAATAACTCTGCTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAA
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* * *
1985902 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTC-AAA-A-TACCA
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* * * *
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* * * * *
1986028 T-A-ACTATTTGTTGGA-CTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCATTTGGTTAGACCGTGTG
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** * * *
1986090 G-TTGTTAACCACTAGG-TCGGAGGTTTTAGCCCTTCTTCTACCGTTGTTTTAGCTCGG
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* * *
1986147 ATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATAC-AGT-TATAAAAAAA-TTCAA
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* * * *
1986209 TAGACTATTAGCTCTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAAT
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* * ** * *
1986274 TAGTTGGAATAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCC
131 TAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCC
* *
1986339 TCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTT--ATTATCC-TTTCCCATTTACTTT-AAAATATTACCAATTT
196 TCCTTCTAGCGTT-TTTTTACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTT
** * *
1986400 ATACAATTATA-AAGAAAA-TTTCAATGGCCTACCAG--CTATTGGTAAAA-TTTCAAACTGATA
260 ATACAATTATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATA
** * * * * * * *
1986460 ATGTTGGTTGGAGCTTAAAGGTTCAACT-GATGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCGTGTGGCTGTT
325 ATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCATTTGTTAGA-C-TTTGGCTTTT
* * * *
1986524 AACCACAAG-TCATAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTATTTTAGCTCGG
388 AACCA-AGGTTC-GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGATGTTTTAGCTCGG
** * * * * *
1986574 ATTGTCCA-TTCTTGTTTACTTTCAAAAT--T-CCACTTTATTCAGTTATATAAGAAAATTTTCA
1 ATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTTAA
* * * * * * * * *
1986635 ATGCCTATTAGCTCAATTGGT-AAAGTGTCAAACTGACAGTACTGGTTAGATCTTGAAA-GT-CA
66 AAGACTATTAGCTC-TTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTT-AAAGGTCCA
* * * * * * * *
1986697 TCTAG-TAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAA-CAGCGAGGTCCGAGGTTCA
129 ACTAGCT-GGAATAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCA-CAAGGTCAGAGGTTC-
* * * * *
1986760 AAGCCCTACTT-TAGCGATGTTTTAAC-T---TTGATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATA
190 AAGCCCTCCTTCTAGCG-TTTTTTTACTTGAATTG-TCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTA
* * * *
1986820 CCAATTTATACAGTTATATTAAG-AAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTC
253 CCAATTTATACAATTATA-TAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAAGTGTC
* * ** * *
1986883 AAACTGACAATACTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC-
316 AAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCA-TTTGTTAGA-CT
* * * * * ** * *
1986947 ATGGC-ATTAACCACAAGG-TCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGTTTTAATTTGA
379 TTGGCTTTTAA-C-CAAGGTTC-GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGATGTTTTAGCTCGG
* *
1987006 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTC--AATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAA-AAAATTTT-
** * * * * *
1987069 AATGGCCTAATAGCTTTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCC
64 AAAAGACTATTAGCTCT-TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCC
* * * * * * * *
1987134 AACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTGGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAA
128 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAA
** * * * * *
1987198 GCCCTCCTTCTAGAATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCA
192 GCCCTCCTTCTAGCGTTTTTTTA-CTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCA
* * * * * * * * *
1987263 ATTTATATAATTATATAAAAAAATTAT-AATAGACTATTAACTCCGTTGGTAAAATTTTCAAACT
256 ATTTATACAATTATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAAGTGTCAAACT
* * * * * * * *
1987327 GATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCTAACTAGCTGGAATAGCTTAGATGGTTAGAGCGTGTGG
321 GATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCA-TTTGTTAGA-C-TTTGG
* * * * * * **
1987392 C-ATTAACCATAAGG-TCAGAGGTTCGAGCCCTTCTTCTAGTGTTGTTTTA-ATTTG
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** * * *
1987507 ATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCA
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* * * * * * *
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* *** * * * *
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* * **
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385 TTTAA-C-CAAGGTTCGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGATGTTTTAGCTCGG
* * * * *
1987872 ATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAAGTTTC
1 ATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAA-AAAA-TTTT
** * * * * * * * * *
1987937 AATTGCCTTTTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGATGTTCC
64 AAAAGACTATTAGCTC-TTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCC
* * * * * **
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128 AACTAGCT-GGAATAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGG-TCAGAGGTTC
* * * * **
1988064 AA-TCC-CCTTCTAGCGATGTTTTAACTCT-AATTGTGCATTTCGTATTTACTTTCAAAATA-TA
190 AAGCCCTCCTTCTAGCG-TTTTTTTACT-TGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTA
* * * * * * *
1988125 CCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGCGTT
253 CCAATTTATACAATTATAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAAGTGTC
* * * * * *
1988189 AAACTGA-CA-A-TGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAAAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCG
316 AAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCA-TTTGTTAGA-C-
* * * * * * * * * * ** * *
1988251 TCTGAC-ATTAACCACAAGG-TCAGAGGTTTAAGCCATTCTTTTAGTGTTATTTTAATTTGA
378 TTTGGCTTTTAA-C-CAAGGTTC-GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGATGTTTTAGCTCGG
* * * * * *
1988311 ATTGTCC-CTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACC-ATTTATAAAATTTTATAAAGAAAATTTGA
1 ATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAA-AAAATTTTA
** * * * *
1988374 ATGGCCTATTAG-TTTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCCT-AAGGTCCA
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* * *
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129 ACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGA
1988465 ACTTGATAAT
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AAGACTATTAGCTCTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAAC
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TCCTTCTAGCGTTTTTTTACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTA
TACAATTATATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAA
TACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCATTTGTTAGACTTTGGCTTTTAAC
CAAGGTTCGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGATGTTTTAGCTCGG
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1985065 CTATTAGCTC
* * * * * * *
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*
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* * * *
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*
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* *
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* *
1985351 CATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTAT-CAA-T-TATAAAGAAA-TTTCAATGGCCTATTATC
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* * * *
1985412 TCTA-TTGGTAAAATTGTCAAACT-ATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCAAAGAAGTTGGAAT
128 TC-AGTTGGT-AAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCAAACAAGTTGGAAT
*
1985475 AACTTAGTTGGTTAGAGCGTTGGCTG
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* ** *
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* * * ** * *
1985566 CCCATTTACTTTCAAAATATTGCTAATTTAAACTGTTATATAATGAAAATTTTTAATGGCCTATT
64 CCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA-AAAAATTTTCAATGG--TA-T
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125 AGCTCAGTTGGT
1985642 TAGAGCGTGT
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TTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTGTTTTAACCTGGATTGTCCATTTCC
CATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTTCAATGGTATAGCTCA
GTTGGTAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCAAACAAGTTGGAATAACTC
AGTTGGTTAGAGCGTTGGCTG
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1985471 GAATAACTTA
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* ** * *
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* *
1985611 AAAATTTTTAATGGCCTATTAGCTC
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* * * * *
1985636 GTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAGCCACAAGGTC-GGAGGTTTAAGCCCTCCTTTTAGTGTTGT
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* *
1985700 TTTAATTTGAATTATTCATTTCCCATAAACTTTCAAAATATTACAATTTATACGGTATATAATGA
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130 AAATTTTCAACGGCCTATT
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TTAATTTGAATTATCCATTTCCCATAAACTTTCAAAATATTACAATTTAAACGGTATATAATGAA
AATTTTCAACGGCCTATTAGCTC
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1985620 AATGGCCTAT
* * * * *
1985630 TAGCTC-GTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTCCTTTTAG
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* * * * * * ** **
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* * * * * * *
1985757 TATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTCA-CTAAGTTGGTAAAAGTGTCAAAATAACAATACTGG
131 TATAA-AAAAATTTTCAATGGCCTATT-AGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
* * * *
1985821 TTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAA
194 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
* * * * * *
1985850 TAACTCTGCTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGT-TAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
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* * * * *
1985914 GCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTC-AAA-A-TACCAATTTATACAGTT
65 GCGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
* * * * * * *
1985976 ATCTAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAGTTGGT-AAAGTGTCAAACT-A-ACTATTTG
130 ATATAA-AAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
1986038 TTGGA-CTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
194 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
* * * * * ** * *
1986066 TAGCTCATTTGGTTAGACCGTGTGGTTGTTAACCACTAGGTCGGAGGTTTTAGCCCTTCTTCTAC
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * *
1986131 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATAC-AGT-
66 CGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* * * *
1986194 TATAAAAAAA--TTCAATAGACTATTAGCTC-TTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTT
131 TATAAAAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTT
* * * * *
1986256 GAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
196 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
* ** *
1986283 TAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTC-AGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* *
1986347 GCGTTGTTTTAACT--TATTATCC-TTTCCCATTTACTTT-AAAATATTACCAATTTATACAATT
65 GCGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
* ** **
1986408 ATA-AAGAAAA-TTTCAATGGCCTACCAGCT-A-TTGGTAAAATT-TCAAACTGATAATGTTGGT
130 ATATAAAAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
* * *
1986468 TGGAGCTTAAAGGTTCAACT-GATGGAA
195 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
1986495 TAGCTCAGTTGG-TAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTC-ATAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * *** * * *
1986557 GCGTTATTTTAGCTCGGATTGTCCA-TTCTTGTTTACTTTC-AAA-ATT-CCACTTTATTCAGTT
65 GCGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
* * * * *
1986618 ATATAAGAAAATTTTCAAT-GCCTATTAGCTCAATTGGT-AAAGTGTCAAACTGACAGTACTGGT
130 ATATAAAAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
* * *
1986681 TAGATCTTGAAA-GT-CATCTAG-TAGGAA
195 TGGAGCTT-AAAGGTCCAACTAGCTA-GAA
* * * * * * *
1986708 TAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAA-CAGCGAGGTCCG-AGGTTCAAAGCCCTACTT
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCA-CAAGGT-CGAAGGTTC-AAGCCCTCCTT
* * *
1986771 -TAGCGATGTTTTAACT----TTGATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATAC
62 CTAGCGTTGTTTTAACTCGGATTG-TCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATAC
* * * * * * * * *
1986831 AGTTATATTAAGAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC
126 AATTATATAAAAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAC
* * *
1986896 TGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAA
191 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
* * *
1986928 TAGCTCAGTTGGTTAGAGC--ATGGC-ATTAACCACAAGGTC-AGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * * *
1986989 GTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTC--AATATTACCAATTTATACAATT
65 GCGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
* ** *
1987052 ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTTTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGG
130 ATATAAA-AAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
*
1987117 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
194 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
* * * * *
1987146 TAGCTCAGTTGATTGGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
** * * * *
1987211 AATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTA
66 CGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* * * * * * *
1987276 TATAAAAAAATTAT-AATAGACTATTAACTCCGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGGTT
131 TATAAAAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTT
* *
1987340 GGAGCTTAAAGGTCTAACTAGCTGGAA
196 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
* * * * * *
1987367 TAGCTTAGATGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCATAAGGTC-AGAGGTTCGAGCCCTTCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* **
1987430 GTGTTGTTTTAA-TTTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACC-ATTTATACAA-T
65 GCGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
* * *
1987492 AT-T-TAAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
130 ATATAAAAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
*
1987555 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
195 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
* * * * * *
1987583 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCAAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * *
1987648 CATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTC--AA-A--ACCAATTTAT--AATTA
66 CGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
*** * * *
1987706 TATAAAAAAA---T-AATATACTATTAACT-A-TGTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAAT-GT
131 TATAAAAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGT-TGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
*
1987764 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
195 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
*
1987792 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
** * * *
1987856 CGTTGGATTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTT
66 CGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATT
* * * * * *
1987920 ATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTTTTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
130 ATATAAA-AAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
* * *
1987985 TTGGAGCTTGATGTTCCAACTAG-TAGGAA
194 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAA
* * * * * ** *
1988014 TAG-TCCAATTTGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGTAAGGTTCG-AGGTTCAA-TCC-CCTTCT
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGG-TCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
* ** * ** *
1988075 AGCGATGTTTTAACTCTAATTGTGCATTTCGTATTTACTTTCAAAATA-TACCAATTTATACAGT
64 AGCGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAAT
* * * * * ** * *
1988139 TATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGCGTTAAACTGA-CA-A-TG
129 TATATAAA-AAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTG
* *
1988201 GTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAAAA
193 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
* * * * * * * *
1988231 TAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTCTGAC-ATTAACCACAAGGTC-AGAGGTTTAAGCCATTCTTTTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * * * * * *
1988294 GTGTTATTTTAATTTGAATTGTCC-CTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACC-ATTTATAAAATT
65 GCGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
* * **
1988357 TTATAAAGAAAA-TTTGAATGGCCTATTAG-TTTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
130 ATATAAA-AAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
* *
1988420 TTGGAGCCT-AAGGTCCAACTAGTTAGAA
194 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
*
1988448 TAGCTTAGTTGGTTAGA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGA
1988465 ACTTGATAAT
Statistics
Matches: 2141, Mismatches: 372, Indels: 207
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Matches are distributed among these distances:
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216 295 0.14
217 326 0.15
218 185 0.09
219 141 0.07
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222 65 0.03
223 39 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (222 bp):
TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
CGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
TATAAAAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTT
GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
Found at i:1989173 original size:214 final size:212
Alignment explanation
Indices: 1988674--1989228 Score: 560
Period size: 212 Copynumber: 2.6 Consensus size: 212
1988664 TCTTACCCCA
* * * * * * *
1988674 AGGTCGGAAGTTCAAGACCT-CTTGCTAGTGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCC-TTTCCCATTTTC
1 AGGTCGGAGGCTCAAG-CCTCCTT-CTAGTGCTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTAC
* * * *
1988737 TTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAATAAAATTTTCAATTGTATATTAGCTCAGTT
64 TTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAA-TTTCAATGGCATATTAGCTCAGTT
* * * * * * *
1988802 GGTAAAAGTGTCAAACTTACTACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGTTGGAATAGCTCGTGG
128 GGTAAAAGTGTCAAACTTAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCAAACAAGCTGGAATAACTAGTGG
*
1988867 TTTAGAGCGTTTGGTTTAAC
193 TTTAGAGCGTCTGGTTTAAC
* * *
1988887 AGGTCGGAGGCTCAAGCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAACTTGGATT-TCCATTTCCTATTTACTT
1 AGGTCGGAGGCTCAAGCCTCCTTCTAGTGCTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTT
* * * *
1988951 TCAAAATATTACCAA-TT-TACAATTATGTAAAGAACA-TTCAATGGCCTA-TATCTCTA-TTGG
66 TCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTCAATGGCATATTAGCTC-AGTTGG
*
1989011 TAAAA-TGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCAAAGAAGCTGGAATAACTTAGTT
130 TAAAAGTGTCAAACT--TAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCAAACAAGCTGGAATAAC-TAG-T
1989075 GG-TTAGAGCGTCTGGCTTTACCAC
191 GGTTTAGAGCGTCTGG-TTTA--AC
* *
1989099 ATGGTCGGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGCTG-TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCA-TTA
1 A-GGTC-GGAGGCTCAAG-CCTCCTTCTAGTGCTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTA
* * * ** * * *
1989162 CTTTCAAAATA-TGCTAATTTAAACTGTTATATAATGAAAATTTTAATGGCCTATTAGCTCAGTT
63 CTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTCAATGGCATATTAGCTCAGTT
1989226 GGT
128 GGT
1989229 TAGAGCGTGT
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 38, Indels: 34
0.80 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
206 9 0.03
207 14 0.05
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217 10 0.04
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (212 bp):
AGGTCGGAGGCTCAAGCCTCCTTCTAGTGCTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTT
TCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTCAATGGCATATTAGCTCAGTTGGT
AAAAGTGTCAAACTTAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCAAACAAGCTGGAATAACTAGTGGTTT
AGAGCGTCTGGTTTAAC
Found at i:1989351 original size:150 final size:152
Alignment explanation
Indices: 1989071--1989365 Score: 386
Period size: 150 Copynumber: 2.0 Consensus size: 152
1989061 GGAATAACTT
*
1989071 AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTTTACCACATGGTCGGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGCTGTT
1 AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTTTACCACAAGGTCGGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGCTGTT
* * * * *
1989136 TAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTACTTTCAAAATATGCTAATTTAAACTGTTATATAATGAAA
66 TAATTTGAATTATCCATTTCCCATAACTTTCAAAATATACCAATTTAAACGGTTATATAATGAAA
*
1989201 ATTTT-AATGGCCTATTAGCTC
131 ATTTTCAACGGCCTATTAGCTC
* * * * *
1989222 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAGCCACAAGGTC-GGAGGTTTAAGCCCTCCTTTTAGTGTTG
1 AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCT-TTA-CCACAAGGTCGGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGCTG
* *
1989286 TTTTAATTTGAATTATTCA-TT-CCA-AACTTTCAAAATATTACCAA-TTATACGGTTATATAAT
64 -TTTAATTTGAATTATCCATTTCCCATAACTTTCAAAATA-TACCAATTTAAACGGTTATATAAT
1989347 GAAAATTTTCAACGGCCTA
127 GAAAATTTTCAACGGCCTA
1989366 GTCACTGAGT
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 14, Indels: 10
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
150 36 0.29
151 34 0.27
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153 25 0.20
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (152 bp):
AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTTTACCACAAGGTCGGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGCTGTT
TAATTTGAATTATCCATTTCCCATAACTTTCAAAATATACCAATTTAAACGGTTATATAATGAAA
ATTTTCAACGGCCTATTAGCTC
Found at i:1990344 original size:435 final size:436
Alignment explanation
Indices: 1989398--1991331 Score: 1965
Period size: 435 Copynumber: 4.4 Consensus size: 436
1989388 CAAAATAACA
* * * * * * * *
1989398 ATACTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAAAAACTCTGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTAT
1 ATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTAT
* * * * *
1989463 T-ACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTATTTTAATTTGAATTATCCATTTCC
66 TAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAA-CTGGATTGTCCATTTCC
* * * *
1989527 CATTAACTTT-CAAATATTACCAATTTATACAGTTATCTAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAG
130 CATTTACTTTAAAAATA-TACCAATTTATACAGTTAT-TAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAG
* * * *
1989591 CTCAGTTGGTAAAAGTGTC-AACTAACAATATTTTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATA
193 CTCA-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATA
* * * ** *
1989655 GCTCATTTGGTTAGACCGTGTGG-TGTTAACCACTAGGTTGGAGGTTTTAGCCCTTCTTCTAGCG
257 GCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCAC-AAGTTCGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCG
* *
1989719 TTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTT-TCATTTACTTTC-AAATAATACCAATTTATACAGTTATA
321 TTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATA
* * *
1989782 T-AAAAAAATCAATAGTATATTAGCTCTTTTCGTAAAATTTTC-AACTGAT
386 TAAAAAAAATCAATAGTCTATTAGCTCTGTTCGTAAAAGTTTCAAACTGAT
* * * * * * * ** *
1989831 AATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAATAGCTCTGTTGGATAGAGCGTGTACCTG
1 -ATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTA
*
1989896 TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTTAACTGGATTGTCC-TTTG
65 TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG-TTTTAACTGGATTGTCCATTTC
* *
1989960 CCATTTACTTTAAAAATATACCAATTTATACAATTA-TAAAGAAAATTTTC-ATGGCCTACTAGC
129 CCATTTACTTTAAAAATATACCAATTTATACAGTTATTAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGC
* * ** *
1990023 T-ATTGGTAAAA-TTTCAAACTGATAATGTTGGTTGGAGCTT-AAGGTTCAACTAGCTGGAATAG
194 TCATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT-GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAG
**
1990085 CTCAGTTGGTTAGAGTGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGT
258 CTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTC-GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGT
*
1990150 TGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTTATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATAT
322 TGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATAT
* * *
1990215 AAAAAAAAATTCAATATTCTATTAGCTCTGTT-GTAATA-TTTCCAACTGAT
387 -AAAAAAAA-TCAATAGTCTATTAGCTCTGTTCGTAAAAGTTTCAAACTGAT
* * * * *
1990265 AATACTGGTTTGGAGCTTAAAGATCAAATTAGCTGGAAT-GCTTATAGATGGTTATAGCGTGTGG
1 -ATACTGG-TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGC-T-CAGATGGTTAGAGCGTGTGG
* * * * * * *
1990329 CTGTTAACC-CAAGGTCGGAGGTTTAAGCACTCCTTATAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCAT
62 CTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACT-GGATTGTCCAT
* * * * * * *
1990393 TTCCCA-TTAATTTCAAAATAATTCCACTTTATTCAGTATATTAAA-AAAA--ATCAATTGCCTA
126 TTCCCATTTACTTTAAAAAT-ATACCAATTTATACAGT-TATTAAAGAAAATTTTCAATGGCCTA
* * * *
1990454 TTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAGTACTGGTTGGAGCTTGAAGGT-TATCTAG-TA
189 TTAGCTC-ATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT-GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-
* * * * * * * * * *
1990517 GGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCGAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTAC
251 GGAATAGCT-CAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCAC-AAGTTCGAGGTTC-AAGCCCTCC
* * ** * * *
1990582 TT-TAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATA
313 TTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATA
** * * * * *
1990646 CGGTTATATAAAGAAAATTTTCAA-AGGCATATTAGCACAT-TT-GTTAAAGTGTCAAACTG--
378 CAATTATATAAA-AAAA--ATCAATAGTC-TATTAGCTC-TGTTCGTAAAAGTTTCAAACTGAT
* * *
1990705 ATACTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACT-GAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTG-GG--AT
1 ATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTAT
* * * *
1990766 TAA-CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTG-TTTAATTTGAATTGTCCATTTCC
66 TAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAA-CTGGATTGTCCATTTCC
* * *
1990829 CATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT-TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAG
130 CATTTACTTTAAAAATA-TACCAATTTATACAGTTAT-TAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAG
* * * * *
1990893 CTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATA
193 CTC-ATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATA
* *
1990958 GCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCAC-A-TTCGAAGGTTCAAGCCCTCC-TCTAGCA
257 GCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCG
* * * * *
1991020 TTATTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAATTATA
321 TTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATA
* * * * * *
1991085 TAAAAAATAT-AATAGACTATTAACTTTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGAT
386 TAAAAAAAATCAATAGTCTATTAGCTCTGTTCGTAAAAGTTTCAAACTGAT
* * **
1991135 ATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGAAGGTTAGAATGTGTGGCTAT
1 ATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTAT
* * * *
1991200 TAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTCC
66 TAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACT-GGATTGTCCATTTCC
*
1991265 CATTTACTTTCAAATAAT-T-CCAATTTATACAGTTATGTAAAGAAAAGTTTCAATGGCCTATTA
130 CATTTACTTT-AAA-AATATACCAATTTATACAGTTAT-TAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTA
1991328 GCTC
192 GCTC
1991332 TTAACCCAAG
Statistics
Matches: 1239, Mismatches: 197, Indels: 126
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
426 1 0.00
427 10 0.01
428 21 0.02
429 63 0.05
430 97 0.08
431 115 0.09
432 73 0.06
433 66 0.05
434 166 0.13
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441 32 0.03
442 9 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (436 bp):
ATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTAT
TAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTGGATTGTCCATTTCCC
ATTTACTTTAAAAATATACCAATTTATACAGTTATTAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC
ATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
AGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTT
TTAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAA
AAAATCAATAGTCTATTAGCTCTGTTCGTAAAAGTTTCAAACTGAT
Found at i:1990846 original size:868 final size:866
Alignment explanation
Indices: 1989444--1991331 Score: 2181
Period size: 868 Copynumber: 2.2 Consensus size: 866
1989434 AAACTCTGTT
* * ** * * **
1989444 GGTTAGAGCGTGTAGCTATT-ACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTATTTTA
1 GGTTAGAACGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCACTCCTTATAGCGTTGGTTTA
** * * * *
1989508 ATTTGAATT-ATCCATTTCCCA-TTAACTTTCAAAT-ATTACCAATTTATACAGTTATCTAATGA
66 GCTCGGATTGA-CCATTTCCCATTTAA-TTTCAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATGTAAAGA
** * * * * ** *
1989570 AAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTC-AACTAACAATA-TTTTTGGACCTT
128 AAA-GATCAATGGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAGTACTGGTTGGAGCTT
* * * * * * * * * * * **
1989633 AAAGGTCCAACTAGCT-GGAATAGCT-CATTTGGTTAGACCGTGTGG-TGTTAACCACTAGGTTG
192 GAAGGT-TATCTAG-TAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCGAGGTCC
** * * * ** *
1989695 GAGGTT-TTAGCCCTTCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGA-CCATTT-TCATTTACTTTCA
255 GAGGTTCAAAGCCCTACTT-TAGCGATGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATTTACTTTCA
* * * * * *
1989757 AATAATACCAATTTATACAGTTATATAAAAAAATCAATAGTATATTAGCTCTTTTCGTAAAATTT
318 AACAATACCAATTTATACAGTTATATAAAAAAATCAATAGCATATTAGCACATTTCGTAAAAGTG
* ** *
1989822 TCAACTGATAATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAATAGCTCTGTTGGATAGAGC
383 TCAACTG--AATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCTCAGTTGGATAGAGC
* *
1989887 GTGTACCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTTAACTGGATT
446 GTGGA-C--TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG-TTTTAACTGAATT
*
1989952 GTCCTTTGCCATTTACTTTAAAAATA-TACCAATTTATACAA-TTATAAAGAAAATTTTC-ATGG
507 GTCCTTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTTATAAAGAAAATTTTCAATGG
* ** *
1990014 CCTACTAG-CTATTGGTAAAATT-TCAAACTGATAATGTTGGTTGGAGCTT-AAGGTTCAACTAG
572 CCTAATAGCCTATTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACT-GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAG
* * **
1990076 CTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGTGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTC-AGAGGTTCAAGCCCTC
636 CTAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCAC-A-TTCGA-AGGTTCAAGCCCTC
* * * *
1990140 CTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTTATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTAT
698 C-TCTAGCATTATTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTAAAAATAATACCAATTTAT
** * * *
1990205 ACAATTATATAAAAAAAAATTCAATATTCTATTAGCTCTGTT-GTAATA-TTTCCAACTGATAAT
762 ACAATTATAT-AAAAAAAA-T-AATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGAT-AT
* * * *
1990268 ACTGGTTTGGAGCTTAAAGATCAAATTAGCTGGAAT-GCTTATAGAT
823 AATGG-TTGGAGCTTAAAGATCAAACTAGCTGGAATAGC-T-CAGAA
* * * * *
1990314 GGTTATAGCGTGTGGCTGTTAACC-CAAGGTCGGAGGTTTAAGCACTCCTTATAGCGTTGTTTTA
1 GGTTAGAACGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCACTCCTTATAGCGTTGGTTTA
* *
1990378 GCTCGGATTGACCATTTCCCA-TTAATTTCAAAATAATTCCACTTTATTCAGTATAT-TAAA-AA
66 GCTCGGATTGACCATTTCCCATTTAATTTC-AAATAATTCCAATTTATACAGT-TATGTAAAGAA
*
1990440 AA-ATCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAGTACTGGTTGGAGCTTGA
129 AAGATCAATGGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAGTACTGGTTGGAGCTTGA
1990504 AGGTTATCTAGTAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCGAGGTCCGAGG
194 AGGTTATCTAGTAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCGAGGTCCGAGG
1990569 TTCAAAGCCCTACTTTAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAA
259 TTCAAAGCCCTACTTTAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTTACTTTC-AAACAA
* *
1990634 TACCAATTTATACGGTTATATAAAGAAAATTTTCAA-AGGCATATTAGCACATTT-GTTAAAGTG
323 TACCAATTTATACAGTTATATAAA-AAAA---TCAATA-GCATATTAGCACATTTCGTAAAAGTG
* *
1990697 TCAAACTG-ATACTGGTTTG-AGCTTAAAGGTCCAACTAACT-GAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC
383 TC-AACTGAATACTGG-TTGAAGCTCAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCTCAGTTGGATAGAGC
* * *
1990759 GTGGGA-TTAA-CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTG-TTTAATTTGAATTGT
446 GT-GGACTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAA-CTGAATTGT
*
1990821 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTTATAAAGAAAATTTTCAATGGC
509 CC-TTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTTATAAAGAAAATTTTCAATGGC
* *
1990886 CTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGT
573 CTAATAGC-CTATTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGC
1990951 TAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTCT
637 TAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTCT
* * *
1991016 AGCATTATTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATATAAT
702 AGCATTATTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTAAAAATAATACCAATTTATACAAT
* *
1991081 TATATAAAAAATATAATAGACTATTAACTTTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATATAATGGTTGG
767 TATATAAAAAAAATAATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATATAATGGTTGG
* *
1991146 AGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGAA
832 AGCTTAAAGATCAAACTAGCTGGAATAGCTCAGAA
* * * *
1991181 GGTTAGAATGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGGTTTA
1 GGTTAGAACGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCACTCCTTATAGCGTTGGTTTA
*
1991246 GCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAATAATTCCAATTTATACAGTTATGTAAAGAAAA
66 GCTCGGATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAATAATTCCAATTTATACAGTTATGTAAAGAAAA
*
1991311 GTTTCAATGGCCTATTAGCTC
131 G-ATCAATGGCCTATTAGCTC
1991332 TTAACCCAAG
Statistics
Matches: 866, Mismatches: 111, Indels: 81
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
866 5 0.01
867 67 0.08
868 201 0.23
869 83 0.10
870 166 0.19
871 124 0.14
872 68 0.08
873 55 0.06
874 66 0.08
875 9 0.01
876 22 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (866 bp):
GGTTAGAACGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCACTCCTTATAGCGTTGGTTTA
GCTCGGATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAATAATTCCAATTTATACAGTTATGTAAAGAAAA
GATCAATGGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAGTACTGGTTGGAGCTTGAAG
GTTATCTAGTAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCGAGGTCCGAGGTT
CAAAGCCCTACTTTAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAACAATAC
CAATTTATACAGTTATATAAAAAAATCAATAGCATATTAGCACATTTCGTAAAAGTGTCAACTGA
ATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCTCAGTTGGATAGAGCGTGGACTTAA
CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTGAATTGTCCTTTCCCATTT
ACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTTATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCCTATT
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TGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTCTAGCATTATTTTAGC
TCGGATTGTCCATTTCTCATTTACTTTAAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAAAT
AATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATATAATGGTTGGAGCTTAAAGATCAA
ACTAGCTGGAATAGCTCAGAA
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1991729 TTGAATTGTT
*
1991739 CATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACG-T-TATAATGAAAATTTTCAACAGCC
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* *
1991802 TATTCACTGAGTTGGTAAAGTGTCAAACTAACAATACTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCT
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*
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131 GGAATAACTGTTGGTTAAACCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTCAAGGTTCAAGCCCTCTTTCTA
* * *
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* *
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1 CATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATA-AGTTATATAATGAAAATTTTCAACAGC
* * * * *
1992020 CTATT-AGCTTAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAATAATATTTGTTGGACCTTAAAAGTCCAACTA
65 CTATTCA-CTGAGTTGGT-AAAGTGTCAAACTAACAATACTGGTTAGACCTTAAAAGTCCAACTA
* * * * * * *
1992084 GCTGGAATAGCTCTTTGGTTAGACCGTGTGGCTATTAAACCACTAGGTCGGAGGTTTAAGCCCT-
128 GCTGGAATAACT-GTTGGTTAAACCGTGTAGCTATT-AACCACAAGGTC-AAGGTTCAAGCCCTC
* * *
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* * *
1992178 CATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAA
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1992226 AAAACAATTC
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GGAATAACTGTTGGTTAAACCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTCAAGGTTCAAGCCCTCTTTCTA
GCGTTGTTTTAACTCGAATTGAC
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* * * *
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*
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* ** * * *
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** * *
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* *
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* *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * **
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* * * * * * *
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* * * *
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**
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** * * *
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*
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TTAACTCGGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAACAATACCAATTTATACAGTTATATAAGAA
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* ** * *
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* * * *
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** * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * * * * * *
1992634 GATTGAAGGTTCATCTAG-TAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCGAG
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* * * ** * *
1992698 GTCCG-AGGTTCAAAGCCCTACTT-TAGCGA-TGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATTTA
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* * * * * * *
1992759 CTTTC-AAACAATACCAATTTATACAGTTATATAAGAAAATTTTCAA-AGGCCTATTATCACAT
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* * * * * *
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* * *
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* *
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196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGC
* * * *
1993080 TTAAAGGTCCAATTAGTTATAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTTG
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*
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326 AAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCCTTTCTCATTTACTTTCAAA
* * * * * * **
1993210 ATATTGCCAACTTATATAATTATATAAAAAAATTATAATAGACTATTAACTCCG
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* * *
1993264 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATGATAATAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * *
1993329 AGATGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCATAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
1993393 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
* *
1993458 TAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGC
196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGC
* * * *
1993523 TTAAAGGTCCAACTTGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGACTGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCG
261 TTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCG
*
1993588 AAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAA
326 AAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCCTTTCTCATTTACTTTCAAA
* * * * * *
1993653 ATATTGCCAATTTATATAATTATATAAAAAAATTATAATAGACTATTAACTCTG
391 ATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTTAATAGACTATTAGCTCTT
*
1993707 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * * * *
1993772 AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
** * * * *
1993837 TTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATAA
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAA
* * * ** * *
1993901 AGAAAAGTTTCAATTGCCTTTTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAG
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
* * * * * * * * *
1993966 CTTGATA-TTCCAACTAG-TAGGAATAGGTCCAATTTGTTAGAGCTTTTGGCTTTTAACCGTA-A
260 CTT-AAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAGCT-CAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACC--ACA
* * * * * * *
1994028 GGTTC-AAGGTTCAAATCCCTCCTTCTAGCGA-TGTTTTAACTCTGATTGTGCATTTCCCATTTA
320 TGTTCGAAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGC-ATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCCTTTCTCATTTA
* * * * *
1994091 CTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACAT
383 CTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAA-AAAATTTTAATA-GACTATTAGCTCTT
* ** * * **
1994155 TTGTTAAAAGCGTT-AAACTGACAATACTGGTTGGATCTTAAAGGTCCAACTAGCTAAAATAGCT
1 TTGGTAAAA-TTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCT
* * * * * * * * * *
1994219 TAGTTGGTTAGAGCATCTGAC-ATTAATCACAAGGTCAGAGGTTTAAGCCATTCTTTTAGTGTTA
65 CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTG
* *
1994283 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACC-ATTTATAAAATTTTATAA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
* * * * *
1994347 AGCAAATTTTGAATGACCTATTAGTTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTAATAATACTGGTTGGAG
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
* * * * * * *
1994412 CCTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGAACTTGTGGCTATTAACCACAAGGTC
260 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTC
** * * * * * *
1994477 G-AGGTTCAAGCTATTCTTATAG---TG-TTTAGCTCAGATTG-ACCATTCTCTTTTACTTTCAA
325 GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCCTTTCTCATTTACTTTCAA
* * * *
1994536 AATAATATCAATTTATATAATTATAT-AAAAAA-TTCAAT-GGCTATTAGC-CTT
390 AATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTTAATAGACTATTAGCTCTT
* * **
1994587 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTT-GAGTTTAAAGGTCAAAGAAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * * * * ** * *
1994651 AGTTGGTTAGAGCCTATGGTTGTTAACCACTAGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTTTAGCGTTGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
* *** * * *
1994716 TTTATTTTGAATTGTTTGTTTCCCATTTGCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTGTATAAT
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
****** * * * * *
1994781 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCT-TAACCCCAA-GGTCGGAA--GTTCAAGACCT-CTT--
196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTC-AAACTGAT-AATA-CTGGTTGG
***** * * * * * ** ** * *** *
1994839 -GC-T--AGTGTTGTTTTAGCTCGGATTG-TCCATTTCCCATT--TTC-TTTCAAATATT-ACCA
258 AGCTTAAAG-GTCCAACTAGTTAGAATAGCT-CAGTT--GGTTAGACCGTGT-GGCTGTTAACCA
* * * **** * * * * ***
1994895 -ATTTATAC-AA-TTATAAATAAAT-TTTC-A--ATTGTATTAGCTC-AATTGGT--AAACGTCA
318 CATGT-T-CGAAGGT-TCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCCTTTC-TCA
* ** * ** *** * * * * ** * ** * * *
1994950 --AACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGT-T-GGAATAGCTCAGTTAG-TTA-
379 TTTACTTTCAA-AATAATACCA-ATT-TA--TACAATTA-TATAAAAAAATTTTA-ATAGACTAT
*
1995009 GAGCGT-TT
437 TAGC-TCTT
* * ** ** * ** * ** **
1995017 GGTTGTTAACCACATGGTTGGAGGCTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAACTTGGATTTCCA
1 --TTGGTAA--A-AT--TT------TCAA--ACTGATAATACTG--GTTGGAGCTTAAAGGTCCA
** ** ** * * ** * * *** * * * ** ** * *
1995082 TTTCCCATTTACT--TTCAAAAT-ATTACCAATTTAT-ACAATTATGCA-AA-GAAACA-TTTCA
49 ACTAGC-TGGAATAGCTC-AGTTGGTTA-GAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCA
* ** * * * ** * * * * *** *
1995140 ATGGCCTATTATCT-CTATTGGTAAAATTGTCAAACTGAT--AATACTGGTTGGAGCTTAAAGGT
111 A-GCCCTCCT-TCTAGTGTTGTTTTAATT-T-GAATTG-TCCATTTCCCATT-TA-CTT-----T
* * * * * * * * * **
1995202 CAAAGAAGCTGGAATAACTTAGTTGGT-TAGAGCGTCTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGGAGGTT
164 C-AA-AA--T---ATTAC-CAATT--TATACA--AT-T--AT-ATAA--AGAA------AATTTT
* * * * * * *
1995266 CAA-GCCCTCCTT--CTAGTGTTGTTTTAATATGAATTTTCCGTTTCCCATTTACTTTCAAAATA
205 CAATGGCCT-ATTAGCT-CTGTTG--GT-A-A--AA--TT--G--T--CA--AAC--TGATAATA
** ** * * ** * ** * *
1995328 TTGCTAATTTAAACTGTTATATA-ATGAAAATTTTTAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTTAGAGC
250 ---CTGGTTGGAGC--TTA-A-AGGTCCAACTAGTT-A--G---AATAGCTCAGTTGGTTAGACC
* * * * * * * ** ** * *
1995392 GTGTGGTTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTCCTTTTAGTGTTGTTTTAATTTGAATT
302 GTGTGGCTGTTAACCACATGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATT
* * * ** * * * *
1995457 ATTCATTTCCCATAAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATATAATGAAAATTTTCAAC
367 GTTCCTTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAA-AAAAATTTT-AAT
* * ***
1995522 GGCCTATTCA-CTAAG
430 AGACTATT-AGCTCTT
* * * * * * * * *
1995537 TTGGTAAAAGTGTCAAAATAACAATACTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAATAACTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * * * * *
1995602 TGCTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTTAGAGATTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
* * * *
1995667 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATCTAAT
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
* * * * * * * *
1995732 GAAAATTTTTAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTTGTTGGACC
196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGC
* * * * * *
1995797 TTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCATTTGGTTAGACCGTGTAGTTGTTAACCAC-TAGGTC
261 TTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAT-GTTC
* ** * * * *
1995861 GGAGGTTTTAGCCTTTCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTG-ACCATTTCTCATTTACTTTCA
325 GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCC-TTTCTCATTTACTTTCA
* *
1995925 AAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAAAAAA-TTCAATAGACTATTAGCTCTT
389 AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTTAATAGACTATTAGCTCTT
* * * * *
1995980 TTGGTAAAATTTTTAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* ** * * *
1996045 TGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
* * *
1996110 TTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
* ** * **
1996175 GATAATTTTCAATGGCCTACCAG--CTATTGGTAAAATT-TCAAACTGATAATGTTGGTTGGAGC
196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGC
* * * * *
1996237 TTAAAGGTTCAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAG-TC-
261 TTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCG
* * *
1996300 ATAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTATTTTAGCTCGGATTG-TCCATTTCTTATTTACTTTCA
326 A-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCC-TTTCTCATTTACTTTCA
* * ** *
1996364 AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAAATTCAATATTCTATTAGCTCTG
389 AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTTAATAGACTATTAGCTCTT
* * * * * *
1996420 TTAGTAAAATTTTCCAAC-CAGTAATACTGGTTGGAGCTTAAAGATCAAATTAGCTGGAATAGCT
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGA-TAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGC-
* * * * * * * * *
1996484 TATAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGGAGGTTTAAGCACTCCTTATAGCGT
64 T-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGT
** * * * * *
1996549 TGTTTTAGCTTGAATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCACTTTATTCAGTTATA
128 TGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATA
* * ** * * *
1996613 TTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTC-AATGGTAAAAGTGTCAAACTGA-CATAC-CGTTG
192 TAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTG
* * * * * * * * * * *
1996675 GAACATGAAGGT-CATCTAG-TAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCA
257 GAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAGCT-CAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCAC-
* * * * ** * *
1996738 AGGTCCG-AGGTTCAAAGCCCTACTT-TAGCGA-TGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATT
319 ATGTTCGAAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGC-ATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCC-TTTCTCATT
* * * * *
1996799 TACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAGTTATATTAAGAAAATTTTCAA-AGGCCTATTAGCAC
381 TACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATA-TAAAAAAATTTT-AATA-GACTATTAGCTC
*
1996863 AT
443 TT
* * * * * * *
1996865 TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATAGTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * *
1996930 AGTTGGTTAGAGCATGTGGCT-TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAA-TCCTTCTTCTAGTGTTGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
1996993 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
* * *
1997058 GAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTTTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGAGC
196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGC
* *
1997123 TTAAAGGTCTAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCG
261 TTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCG
* ** * *
1997188 AAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGAATT-TTTTTTCTCGGTTTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAA
326 AAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCCTTTCTCATTTACTTTCAAA
* * * * *
1997252 ATATTACCAA-TTATATAATTATAT-AAAAAA-TATAATAGACTATTAACTCTG
391 ATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTTAATAGACTATTAGCTCTT
* *
1997303 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * *
1997368 AGATGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCATAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
*
1997432 TTTAATTTGAATTGTGCATTT-CCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATAT-AA
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
* *
1997495 TAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGC
196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGC
* * *
1997560 TTAAAGGTCCAACTTGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTAACCACATGTTCG
261 TTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCG
* *
1997625 AAGGTTCAAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTATTCATTTCTCATTTACTTTCAA
326 AAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCCTTTCTCATTTACTTTCAA
* * * * *
1997690 AATATTACCAATTTATATAATTATATAAAAAAATTATAATAGACTATTAACTCTG
390 AATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTTAATAGACTATTAGCTCTT
*
1997745 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * * *
1997810 AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
** * * * *
1997875 TTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATAA
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAA
* * * ** * *
1997939 AGAAAAGTTTCAATTGCCTTTTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAG
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
* * * * * * * * * * * *
1998004 CTTGATGTTCCAACTAG-TAGGAATAGGTCCAATTTGTTAGAGCATTTAGCTTTTAACCGTA-AG
260 CTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAGCT-CAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACC--ACAT
* * * * * *
1998067 GTTCG-AGGTTCAAATCCCTCCTTCTAGCGA-TGTTTTAACTCTGATTGTGCATTTCCCATTTAC
321 GTTCGAAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGC-ATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCCTTTCTCATTTAC
* * * * * *
1998130 TTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATAGAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACAT
384 TTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAA-AAAATTTTAATA-GACTATTAGCTCTT
* ** * **
1998193 TTGTTAAAAGCGTT-AAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAAAATAGCT
1 TTGGTAAAA-TTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCT
* * * * * * * * *
1998257 TAGTTGGTTAGAGCGTCTGAC-ATTAACCACAAGGTCAGATGTTTAAGCCATTCTTTTAGTGTTA
65 CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTG
* *
1998321 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAATATTACC-ATTTATAAAATTTTATA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTC-AAAATATTACCAATTTATACAATTATATA
* * *
1998385 AAGCAAATTTTGAATGGCCTATTAGTTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGA
194 AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGA
* * * * * * * *
1998450 GCCTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTTGTTAGAACTTGTGGCTATTAACCACAAGGT
259 GCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTT
* * * ** * * * * *
1998515 CGGAGGTTCAAGCCCTTCTTATAGTGTTATTTTAGCTCAGATTG-ACCATTTCTCTTTTACATTC
324 CGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCC-TTTCTCATTTACTTTC
* * * * * *
1998579 AAAATAATATCAATTTATATAATTATATAAAAAAA-GTCAATGGGCTATTAGCTCTT
388 AAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTTAATAGACTATTAGCTCTT
* * * **
1998635 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGTTTAAAGGTCAAAGAAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * ** * *
1998700 AGTTGGTTAGAGCCTGTGGCTGTTAACCACAAGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTTTAGCGTTGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
* *** * * *
1998765 TTTATTTTGAATTGTTTGTTTCCCATTTGCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTGTATAAT
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
* ** * ** ** *
1998830 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCT-TAACCCCAAGGTCGGAAGT-TCAAGACCTCTTGCTAG
196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGT-------TGGT-AAAATTGTCAA-A-CTGATAATAC
** ** ** *** ** * * *** **
1998893 TGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCC-A-T--TTCCCAT-TTTC--TT--TCAAAATAT-TACCAAT-
251 TG--GTTGGAGCT-TAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGC--TG
** * ** * * **
1998947 TTATA-CA-AT-TATATAA--AT-AA--AAT-TTTC-A--ATTGTATATTAGCTCAG-TTGGTAA
311 TTA-ACCACATGT-TCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGT-T-TTAGCTCGGATT-GTTC
*** * * ** * ** *** * * * * ** * ** * *
1998999 AAGTGTCA--AACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGT-T-GGAATAGCTCAGT
371 CTTTCTCATTTACTTTCAA-AATAATACCA-ATT-TA--TACAATTA-TATAAAAAAATTTTAAT
* ** *
1999060 TGGTTA-GAGCGT-TT
430 AGACTATTAGC-TCTT
* ** ** * *** ** ** * * ** * *
1999074 GGTTGTTAACCACATGGTCGGAGGCTCA-AGCCCTCCTTCTAG-TGT--TGTTTTAACTTGGATT
1 --TTGGTAA--A-ATTTTC--AAACTGATAATACTGGTTGGAGCT-TAAAGGTCCAAC-TAG-CT
*** ** * * ** * *** ** * * ** * * **
1999135 TCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT-TACCAATTTATACAATTATGTAAAGAAACATTTCAAT
56 GGAATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGTGTGGCTA-TTA-ACCACAAGGT-CAG--A-GGTTCAA-
* ** * * * ** * * * * *** *
1999199 GGCCTATTATCT-CTATTGGTAAAATTGTCAAACTGAT--AATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCA
112 GCCCTCCT-TCTAGTGTTGTTTTAATT-T-GAATTG-TCCATTTCCCATT-TA-CTT-----TCA
* * * * * * * * **
1999261 AAGTAGCTGGAATAACTTAGTTGGT-TAGAGCGTCTGGCTATTAACCACAAGGTCGGGAGGTTCA
166 AA--A--T---ATTAC-CAATT--TATACA--AT-T--ATA-TAA--AGAA------AATTTTCA
* * * * * *
1999325 A-GCCCTCCTT--CTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATT
207 ATGGCCT-ATTAGCT-CTGTTG--GTAA----AATTGT-CA------A---AC--TGATAATA--
** ** * * ** * ** * * *
1999387 GCTAATTTAAACTATTATATA-ATGAAAATTTTTAATGGCCTATTAGCTAAGTTGGTTAGAGCGT
250 -CTGGTTGGAGC--TTA-A-AGGTCCAACTAGTT-A--G---AATAGCTCAGTTGGTTAGACCGT
* * * * * * * ** ** * * *
1999451 GTGGTTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTCCTTTTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTAT
304 GTGGCTGTTAACCACATGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGT
* * ** * ** * **
1999516 TCATTTCCCATAAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACGGTTATATAATGAAAATTTTCAACGG
369 TCCTTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAA-AAAAATTTT-AATAG
* ***
1999581 CCTATTCA-CTGAG
432 ACTATT-AGCTCTT
* * * * * * * * *
1999594 TTGGTAAAAGTGTCAAAATAACAATACTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAATAACTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * * * * *
1999659 TGCTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTAT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
* * * *
1999724 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATCTAAT
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
* * * * * * *
1999789 GAAAATTTTTAATGGCCTATTAGCTCAGTTCGTAAAAGTGTCAAACT-ACTAATATTTGTTGGAC
196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGA-TAATACTGGTTGGAG
* * * * * *
1999853 CTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCATTTGGTTAGACCGTGTAGTTGTTAACCAC-TAGGT
260 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAT-GTT
* ** * * * *
1999917 CGGAGGTTTTAGCCTTTCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTG-ACCATTTCTCATTTACTTTC
324 CGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCC-TTTCTCATTTACTTTC
* *
1999981 AAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAAAAAA-TTCAATAGACTATTAGCTCTT
388 AAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTTAATAGACTATTAGCTCTT
* * * * *
2000037 TTGGTAAAATTTTTAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* ** * * *
2000102 TGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
* * *
2000167 TTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
* ** * **
2000232 GATAATTTTCAATGGCCTACCAG--CTATTGGTAAAATT-TCAAACTGATAATGTTGGTTGGAGC
196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGC
* * * * *
2000294 TTAAAGGTTCAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAG-TC-
261 TTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCG
* * *
2000357 ATAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTATTTTAGCTCGGATTG-TCCATTTCTTATTTACTTTCA
326 A-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCC-TTTCTCATTTACTTTCA
* * ** *
2000421 AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAAATTCAATATTCTATTAGCTCTG
389 AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTTAATAGACTATTAGCTCTT
* * * * * *
2000477 TTAGTAAAATTTTCCAAC-CAGTAATACTGGTTGGAGCTTAAAGATCAAATTAGCTGGAATAGCT
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGA-TAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGC-
* * * * * * * * *
2000541 TATAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGGAGGTTTAAGCACTCCTTATAGCGT
64 T-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGT
** * * * * *
2000606 TGTTTTAGCTTGAATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCACTTTATTCAGTTATA
128 TGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATA
* * ** * * *
2000670 TTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACCGGTTG
192 TAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTG
* * * * * * * * * * *
2000735 GAACATGAAGGTCCATCTAG-TAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCA
257 GAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAGCT-CAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCAC-
* * * * ** * *
2000799 AGGTCCG-AGGTTCAAAGCCCTACTT-TAGCGA-TGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATT
319 ATGTTCGAAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGC-ATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCC-TTTCTCATT
* * * * *
2000860 TACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAGTTATATTAAGAAAATTTTCAA-AGGCCTATTAGCAC
381 TACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATA-TAAAAAAATTTT-AATA-GACTATTAGCTC
*
2000924 AT
443 TT
* * * * * * *
2000926 TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATAGTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * *
2000991 AGTTGGTTAGAGCATGTGGCT-TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAATCCCTTCTTCTAGTGTTGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
2001055 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
* * *
2001120 GAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTTTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGAGC
196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGC
* *
2001185 TTAAAGGT-CTACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCG
261 TTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCG
* ** * *
2001249 AAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGAATT-TTTTTTCTCGGTTTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAA
326 AAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCCTTTCTCATTTACTTTCAAA
* * * * * *
2001313 ATATTACCAATTTATATAATTATATAAAAAAAATATAATAGACTATTAACTCTG
391 ATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTTAATAGACTATTAGCTCTT
* *
2001367 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * *
2001432 AGATGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCATAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
*
2001496 TTTAATTTGAATTGTGCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
* *
2001561 TAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGC
196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGC
* * *
2001626 TTAAAGGTCCAACTTGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTAACCACATGTTCG
261 TTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCG
*
2001691 AAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAA
326 AAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCCTTTCTCATTTACTTTCAAA
* * * * *
2001756 ATATTACCAATTTATATAATTATATAAAAAAATTATAATAGACTATTAACTCTG
391 ATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTTAATAGACTATTAGCTCTT
*
2001810 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * * *
2001875 AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
** * * * *
2001940 TTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATAA
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAA
* * * ** * *
2002004 AGAAAAGTTTCAATTGCCTTTTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAG
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
* * * * * * * * * * * *
2002069 CTTGATGTTCCAACTAG-TAGGAATAGGTCCAATTTGTTAGAGCATTTAGCTTTTAACCGTA-AG
260 CTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAGCT-CAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACC--ACAT
* * * * * *
2002132 GTTCG-AGGTTCAAATCCCTCCTTCTAGCGA-TGTTTTAACTCTGATTGTGCATTTCCCATTTAC
321 GTTCGAAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGC-ATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCCTTTCTCATTTAC
* * * * * *
2002195 TTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATAGAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACAT
384 TTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAA-AAAATTTTAATA-GACTATTAGCTCTT
* ** * **
2002258 TTGTTAAAAGCGTT-AAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAAAATAGCT
1 TTGGTAAAA-TTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCT
* * * * * * * * *
2002322 TAGTTGGTTAGAGCGTCTGAC-ATTAACCACAAGGTCAGATGTTTAAGCCATTCTTTTAGTGTTA
65 CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTG
* *
2002386 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACC-ATTTATAAAATTTTATAA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
* * *
2002450 AGCAAATTTTGAATGGCCTATTAGTTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
* * * * * * * *
2002515 CCTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTTGTTAGAACTTGTGGCTATTAACCACAAGGTC
260 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTC
* * * ** * * * * *
2002580 GGAGGTTCAAGCCCTTCTTATAGTGTTATTTTAGCTCAGATTG-ACCATTTCTCTTTTACATTCA
325 GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCC-TTTCTCATTTACTTTCA
* * * * * *
2002644 AAATAATATCAATTTATATAATTATATAAAAAAA-GTCAATGGGCTATTAGCTCTT
389 AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTTAATAGACTATTAGCTCTT
* * * **
2002699 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGTTTAAAGGTCAAAGAAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* ** * *
2002764 AGTTGGTTAGAGC-TGTGGCTGTTAACCACAAGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTTTAGCGTTGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
* *** * * *
2002828 TTTATTTTGAATTGTTTGTTTCCCATTTGCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTGTATAAT
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
* ** * ** ** *
2002893 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCT-TAACCCCAAGGTCGGAAGT-TCAAGACCTCTTGCTAG
196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGT-------TGGT-AAAATTGTCAA-A-CTGATAATAC
** ** ** *** ** * * *** **
2002956 TGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCC-A-T--TTCCCAT-TTTC--TT--TCAAAATAT-TACCAAT-
251 TG--GTTGGAGCT-TAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGC--TG
** * ** * * **
2003010 TTATA-CA-AT-TATATAA--AT-AA--AAT-TTTC-A--ATTGTATATTAGCTCAG-TTGGTAA
311 TTA-ACCACATGT-TCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGT-T-TTAGCTCGGATT-GTTC
*** * * ** * ** *** * * * * ** * ** * *
2003062 AAGTGTCA--AACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGT-T-GGAATAGCTCAGT
371 CTTTCTCATTTACTTTCAA-AATAATACCA-ATT-TA--TACAATTA-TATAAAAAAATTTTAAT
* ** *
2003123 TGGTTA-GAGCGT-TT
430 AGACTATTAGC-TCTT
* ** ** * *** ** ** * * ** * *
2003137 GGTTGTTAACCACATGGTCGGAGGCTCA-AGCCCTCCTTCTAG-TGT--TGTTTTAACTTGGATT
1 --TTGGTAA--A-ATTTTC--AAACTGATAATACTGGTTGGAGCT-TAAAGGTCCAAC-TAG-CT
*** ** * * ** * *** ** * * ** * * **
2003198 TCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT-TACCAATTTATACAATTATGTAAAGAAACATTTCAAT
56 GGAATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGTGTGGCTA-TTA-ACCACAAGGT-CAG--A-GGTTCAA-
* ** * * * ** * * * * *** *
2003262 GGCCTATTATCT-CTATTGGTAAAATTGTCAAACTGAT--AATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCA
112 GCCCTCCT-TCTAGTGTTGTTTTAATT-T-GAATTG-TCCATTTCCCATT-TA-CTT-----TCA
* * * * * * * * * **
2003324 AAGTAGCTGGAATAACTTAGTTGGT-TAGAGCGTCTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGGAGGTTCA
166 AA--A--T---ATTAC-CAATT--TATACA--AT-T--AT-ATAA--AGAA------AATTTTCA
* * * * * *
2003388 A-GCCCTCCTT--CTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATT
207 ATGGCCT-ATTAGCT-CTGTTG--GTAA----AATTGT-CA------A---AC--TGATAATA--
** ** * * ** * ** * * *
2003450 GCTAATTTAAACTGTTATATA-ATGAAAATTTTTAATGGCCTATTAGCTAAGTTGGTTAGAGCGT
250 -CTGGTTGGAGC--TTA-A-AGGTCCAACTAGTT-A--G---AATAGCTCAGTTGGTTAGACCGT
* * * * * * * ** ** * * *
2003514 GTGGTTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTCCTTTTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTAT
304 GTGGCTGTTAACCACATGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGT
* ** * ** * **
2003579 TCATTT-TCCATAAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACGGTTATATAATGAAAATTTTCAACG
369 TCCTTTCT-CATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAA-AAAAATTTT-AATA
* ***
2003643 GCCTATTCA-CTGAG
431 GACTATT-AGCTCTT
* * * * * * * * * * *
2003657 TTGGTAAAAGTGTCAAAATAACAATAATGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAACTGGAATAACTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * * * * *
2003722 TGCTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTAT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
* * * * *
2003787 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAAATTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATCTAAT
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
* * * * * * *
2003852 GAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAGTTCGTAAAAGTGTCAAACT-ACTAATATTTGTTGGAC
196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGA-TAATACTGGTTGGAG
* * * * * *
2003916 CTTAAAGATCCAACTAGCTGGAATAGCTCATTTGGTTAGACCGTGTGGTTGTTAACCAC-TAGGT
260 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAT-GTT
** * * *
2003980 C-AGAGGTTTTAGCCCTTCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTG-ACCATTTCTCATTTACTTT
324 CGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCC-TTTCTCATTTACTTT
* * * *
2004043 CAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAAAAAAAATTCAATAGAATATTAGCTCTT
387 CAAAATAATACCAATTTATACAATTATAT-AAAAAAATTTTAATAGACTATTAGCTCTT
* * * *
2004102 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * * * * *
2004167 TGTTGGATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTGGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
* * *
2004232 TTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
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* * **
2004297 GAAAATTTTCAATGGCCTACTAG--CTATTGGTAAAATT-TCAAACTGATAATGTTGGTTGGAGC
196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGC
* * * * *
2004359 TTAAAGGTTCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTC-
261 TTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCG
* * * *
2004423 AGATGTACAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTG-TCCATTTCTTATTTACTTTCA
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* * ** * *
2004487 AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAAATTCAATATTCTACTAGCTCTG
389 AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTTAATAGACTATTAGCTCTT
* * * * *
2004543 TTGGTAATATTTTCCAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGATCAAATTAGCTGGAATAG--C
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * * * * * *
2004606 ------TTATAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCACTCCTTATAGCGTTGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
** * * * * * * *
2004665 TTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCACTTTATTCAGTTATATTA
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATA-TA
* * ** * *
2004729 AA-AAAA-ATTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGA
194 AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGA
* * * * * * * * * *
2004792 GCTTGAAGGTCCATCTAG-TAGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCAAGG
259 GCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCT-CAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCAC-ATG
* * * * ** * *
2004856 TCCG-AGGTTCAAAACCCTGCTT-TAGCGA-TGTTTTAACTTTGATT-ATCCATTTCCCATTTAC
322 TTCGAAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGC-ATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCC-TTTCTCATTTAC
* * * * * * *
2004917 TTTCACAACAATACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAAGTTTCAA-ACGCCTATTAGCACAT
384 TTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAA-AAAA-TTTTAATA-GACTATTAGCTCTT
* * * * * * * *
2004980 TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTTGAGCTAAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCCC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* * *
2005045 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCAAAAGGTCAGAGGTTTAAGCCCTTCTTCTAGTGTTGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
*
2005109 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTAATTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
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* *
2005174 GAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTAGTTGGAGC
196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGC
* * * *
2005239 TTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATTGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTTG
261 TTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCG
* * *
2005304 GAGGTACAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAA
326 AAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCCTTTCTCATTTACTTTCAAA
* * * * *
2005369 ATATTACCAATTTATATAATTATAT-AAAAAATTATAATAGA-TATTAACTCTG
391 ATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTTAATAGACTATTAGCTCTT
*
2005421 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* ** * * * *
2005486 AGATGGTTAGATAGTTTGGCTCTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGT
** * * * * *
2005551 TTTAGCTCGGATTGACCATTTCCAATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATAA
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAA
* * ** * *
2005615 AGAAAAGTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAG
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG
* * * * * *
2005680 CTTGATGGTCCAACGAGTTGGAATAGGTCCAATTGGTTAGA
260 CTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCT-CAGTTGGTTAGA
2005721 GCATTTGGCC
Statistics
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Consensus pattern (444 bp):
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ATAATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTTAATAGACTATTAGCTCTT
Found at i:1993618 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 1992377--2002919 Score: 4135
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1992367 CTACTAGCTA
* ** * * *
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*
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** * * * * * *
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* * **
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193 AAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * * * * * * * *
1992599 TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAGTACTTGTTGGAGATTGAAGGTTCATCTAG-TAGGAATAACT
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAATAGCT
* * * * * * * *
1992663 CCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCGAGGTCCG-AGGTTCAAAGCCCTACTT-TAGCG
65 -CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCAC-AAGTTCGAAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGCG
* * *
1992726 ATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAACA-A-TACCAATTTATACAGTTA
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
1992886 AGTTGGTTAGAGCATGTGGC-ATTAACCACAAGGTC-AGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTC
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* *
1993014 AGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTTTG
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* * *
1993043 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAATTAGTTATAATAGCTC
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* * * * **
1993108 AGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTTGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGAATTGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGT
** * * * * * *
1993173 TTTAGCTCGGATTGTTCC-TTTCTCATTTACTTTCAAAATATTGCCAACTTATATAATTATATAA
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* * * * *
1993237 A-AAAATTAT-AATAGACTATTAACTCCG
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* * * * *
1993264 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATGATAATAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * * * *
1993329 AGATGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCATAAGGTC-AGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
1993392 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
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* *
1993457 ATAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTG
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* * *
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1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * *
1993551 AGTTGATTAGA-CTGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTG
66 AGTTGGTTAGAGC-GTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
** * * * * * *
1993615 TTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTGCCAATTTATATAATTATATAA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
* * * *
1993680 A-AAAATTAT-AATAGACTATTAACTCTG
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * *
1993707 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* *
1993772 AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCTG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
* ** * * * *
1993836 GTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATA
* * * **
1993900 AAGAAAAGTTTCAATTGCCTTTTAGCTCAA
194 AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * * * *
1993930 TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGATA-TTCCAACTAG-TAGGAATAGG
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTT-AAAGGTCCAACTAGCTA-GAATAGC
* * * * * ** *
1993993 TCCAATTTGTTAGAGCTTTTGGCTTTTAACCGTAAGGTTC-AAGGTTCAAATCCCTCCTTCTAGC
64 T-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTTCGAAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGC
* * * * *
1994057 GATGTTTTAACTCTG-ATTGTGCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTA
126 GTTGTTTTAA-TTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* * *
1994121 TATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACAT-
190 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC-TG
* ** * * * * *
1994155 TTGTTAAAAGCGTTAAACTGACAATACTGGTTGGATCTTAAAGGTCCAACTAGCTAAAATAGCTT
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * * * * * * * * * *
1994220 AGTTGGTTAGAGCATCTGAC-ATTAATCACAAGGTC-AGAGGTTTAAGCCATTCTTTTAGTGTTA
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
* *
1994283 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACC-ATTTATAAAATTTTATAA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
* * * *
1994347 AGCAAATTTTGAATGACCTATTAGTTCTG
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * * *
1994376 TTGGTAAAATTGTCAAACTAATAATACTGGTTGGAGCCTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTT
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * * ** * *
1994441 AGTTGGTTAGAACTTGTGGCTATTAACCACAAGGTCG-AGGTTCAAGCTATTCTTATA--G-TG-
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGT
** * * * * * * *
1994501 TTT-AGCTCAGATTGACCA-TTCTCTTTTACTTTCAAAATAATATCAATTTATATAATTATAT-A
131 TTTAATTTGA-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
*
1994563 A-AAAA--TTCAATGG-CTATTAGC-CTT
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * * ** *
1994587 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTT-GAGTTTAAAGGTCAAAGAAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * * * *
1994651 AGTTGGTTAGAGCCTATGGTTGTTAACCACTAGGTT-GGAGGTTCAAGCCCTCCTTTTAGCGTTG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCAC-AAGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
* *** * *
1994715 TTTTATTTTGAATTGTTTGTTTCCCATTTGCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTGTATAA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
*
1994780 TGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCT-
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* ** * ** ** * ** ** ** * *
1994808 TAACCCCAAGGTCGGAAGT-TCAAGACCTCTTGCTAGTGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCC-ATTT
1 T-------TGGT-AAAATTGTCAA-A-CTGATAATACTG--GTTGGAGCT-TAAAGGTCCAACTA
* * *** *** ** * * *** * * ** * * *
1994871 CCCATTTTCTTTCAAAT-ATTACCAATTTAT-ACAAT-TATAAATA-AATTTTC-AATTGTAT-T
53 GCTAGAATAGCTCAGTTGGTTA-GAGCGTGTGGC--TGT-TAACCACAA-GTTCGAA-GGT-TCA
* * * *** * * * ** ** *
1994930 AG--CTCAATTGGTAAACGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTG--AAGGT-CCAACTAGTT
111 AGCCCTC-CTT-CT-AGCGT-----TG-TTTTAAT--TT-GA-ATTGTCCATTTCCCATTTACTT
** * ** * *** * * ** * * * ** * * ** *
1994990 GGAATAGCTCAGTTAGTTAGAGCGTTTGGTTGTTAACCACATGGTTGGA-GG-CTCA--AGCCCT
163 TCAAAATATTACCAATTTATA-CAATT--ATATAAAGAAAAT-TTTCAATGGCCT-ATTAGCTCT
*
1995051 CC
223 -G
* *** ** * * *** * ** *
1995053 TT-CTAGTGTTGTTTTAACTTGGATTTCCATTTCCCATT-TA-CTTTCAAAATATTACCAATTTA
1 TTGGTAAAATTG-TCAAAC-T-GA--T--AATACTGGTTGGAGC-TT--AAA-GGT-CCAA-CTA
* ** **** ** * * * * * * * **
1995115 --TACAATTATGCAAAGAAACATTTCA--ATG-GCCTATT-ATCTCTA-TTGGTAAAATTGTCAA
53 GCTAGAA-TA-GCTCAG-TTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCG--AAGGT-TCAA
* ** ** * ** ** ** * *** ** * * ** *
1995173 --ACTGATAATA-C-TGGTTGGAGCTT-AAAGGTCAAAGAAGCTGGAATAAC-TT--AGTTGGTT
112 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTC-CA-TTTC-CCATTTACTTTCAAAAT-ATT
* *** * * ** * *** ** * * *
1995230 A-GAGCGTCTGGCTGTTA-ACCACAAGGTCGGGAGGTTCAA-GCCCTCCTT--CTAGTG
173 ACCAATTTAT-ACAATTATA-TA-AA-G--AAAATTTTCAATGGCCT-ATTAGCT-CTG
* * * * * * ** *
1995284 TTGTTTTAATATGAATTTTCCGTTTCCCATTTACT-TTCAA-AAT-ATTGCTAATTTAAACTGT-
1 TTG--GT-A-A--AA--TT--G--T--CA--AACTGAT-AATACTGGTTG-GAGCTTAAA-GGTC
* * * ** * * ** ****
1995345 TATA-TA-AT-GAAAATTTTTA-ATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAGC
47 CA-ACTAGCTAGAATA-GCTCAGTTGG----TTAGAGC-G-T-G-T-G-GC-TGT--TAACCA-C
* * *** * **** * *
1995406 CA---C-AAGG-TCGGAGGTTTAAGCCCTCCTTTTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTATTCATTTC
96 AAGTTCGAAGGTTC-AAGCCCT----CCTTCTAGCG---TTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTC
** * * *
1995466 CCATAAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTC
153 CCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATT-
**
1995531 A-CTAAG
217 AGCTCTG
* * * * * * * * *
1995537 TTGGTAAAAGTGTCAAAATAACAATACTGGTTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAATAACTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * * * *
1995602 TGCTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTTAG-AGATTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
* * *
1995666 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATCTAA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
* * *
1995731 TGAAAATTTTTAATGGCCTATTAGCTCAG
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * * * * * *
1995760 TTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTTGTTGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * * * * * ** * *
1995825 ATTTGGTTAGACCGTGTAGTTGTTAACCACTAGGTCGGAGGTTTTAGCCTTTCTTCTAGCGTTGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGT
** * * * * * *
1995890 TTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAA
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
* * *
1995955 -AAAA--TTCAATAGACTATTAGCTCTT
196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * * * * * *
1995980 TTGGTAAAATTTTTAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* ** * *
1996045 TGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTC-AGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
* * *
1996109 TTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
* ** *
1996174 AGATAATTTTCAATGGCCTACCAG--CTA
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
** * * *
1996201 TTGGTAAAATT-TCAAACTGATAATGTTGGTTGGAGCTTAAAGGTTCAACTAGATGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
*
1996265 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAG-TC-ATAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTA
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
** * * ** *
1996328 TTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTTATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
* ***
1996393 A-AAAA-ATTCAATATTCTATTAGCTCTG
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * * * * * * *
1996420 TTAGTAAAATTTTCCAAC-CAGTAATACTGGTTGGAGCTTAAAGATCAAATTAGCTGGAATAGCT
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGA-TAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGC-
* * * * * *
1996484 TATAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGGAGGTTTAAGCACTCCTTATAGCGT
64 T-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGT
** * * * * *
1996549 TGTTTTAGCTTGAATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCACTTTATTCAGTTATA
128 TGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATA
* * *
1996613 TTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTC-A
192 TAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * * * * * * * *
1996644 ATGGTAAAAGTGTCAAACTGA-CATAC-CGTTGGAACATGAAGGT-CATCTAG-TAGGAATAACT
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAATAGCT
* * * * * * *
1996705 CCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCAAGGTCCG-AGGTTCAAAGCCCTACTT-TAGCG
65 -CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTTCGAAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGCG
* * * * *
1996768 ATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAGTTAT
127 TTGTTTTAA-TTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTAT
* * *
1996832 ATTAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACAT-
191 ATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC-TG
* * * * * * *
1996865 TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATAGTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * * *
1996930 AGTTGGTTAGAGCATGTGGCT-TTAACCACAAGGTC-AGAGGTTCAA-TCCTTCTTCTAGTGTTG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
1996992 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
* *
1997057 AGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTTTG
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * *
1997086 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCTAACTAGTTAGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * **
1997151 AGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGAATT-T
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGT
** * * *
1997215 TTT--TTCTCGGTTTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAA-TTATATAATTATAT-
131 TTTAATT-T-GAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATA
* * * *
1997276 AA-AAAA-TAT-AATAGACTATTAACTCTG
194 AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * * *
1997303 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * * * *
1997368 AGATGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCATAAGGTC-AGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
*
1997431 TTTTAATTTGAATTGTGCATTT-CCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATAT-A
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
* *
1997494 ATAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTG
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* *
1997523 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTTGTTAGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * * *
1997588 AGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTAACCACATGTTCGAAGGTTCAAAGCCCTCCTTCTAGCATTG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGAAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
** * * * * * *
1997653 TTTTAGCTCGGATTATTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
* * * *
1997718 A-AAAATTAT-AATAGACTATTAACTCTG
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * *
1997745 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * *
1997810 AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCTG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
* ** * * * *
1997874 GTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATA
* * * **
1997938 AAGAAAAGTTTCAATTGCCTTTTAGCTCAA
194 AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * * * * *
1997968 TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGATGTTCCAACTAG-TAGGAATAGGT
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAATAGCT
* * * * * * ** *
1998032 CCAATTTGTTAGAGCATTTAGCTTTTAACCGTAAGGTTCG-AGGTTCAAATCCCTCCTTCTAGCG
65 -CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTTCGAAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGCG
* * * * *
1998096 ATGTTTTAACTCTG-ATTGTGCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTAT
127 TTGTTTTAA-TTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTAT
* * * *
1998160 AGAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACAT-
191 ATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC-TG
* ** * * * *
1998193 TTGTTAAAAGCGTTAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAAAATAGCTT
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * * * * * * * * *
1998258 AGTTGGTTAGAGCGTCTGAC-ATTAACCACAAGGTC-AGATGTTTAAGCCATTCTTTTAGTGTTA
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
* *
1998321 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAATATTACC-ATTTATAAAATTTTATA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTC-AAAATATTACCAATTTATACAATTATATA
* * *
1998385 AAGCAAATTTTGAATGGCCTATTAGTTCTG
194 AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * *
1998415 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCCTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTT
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * * * * * * * *
1998480 AGTTTGTTAGAACTTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTTCTTATAGTGTTAT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGT
** * * * * * * * *
1998545 TTT-AGCTCAGATTGACCATTTCTCTTTTACATTCAAAATAATATCAATTTATATAATTATATAA
131 TTTAATTTGA-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
* * *
1998609 A-AAAA--GTCAATGGGCTATTAGCTCTT
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * * * ** *
1998635 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGTTTAAAGGTCAAAGAAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * *
1998700 AGTTGGTTAGAGCCTGTGGCTGTTAACCACAAGGTT-GGAGGTTCAAGCCCTCCTTTTAGCGTTG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
* *** * *
1998764 TTTTATTTTGAATTGTTTGTTTCCCATTTGCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTGTATAA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
*
1998829 TGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCT-
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* ** * ** ** * ** ** ** * *
1998857 TAACCCCAAGGTCGGAAGT-TCAAGACCTCTTGCTAGTGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCC-ATTT
1 T-------TGGT-AAAATTGTCAA-A-CTGATAATACTG--GTTGGAGCT-TAAAGGTCCAACTA
* * *** *** ** * * *** * * ** * ** ** **
1998920 CCCATTTTCTTTCAAAAT-ATTACCAATTTAT-ACAATTATA-TA-AA--TAAAATTTTCAA-TT
53 GCTAGAATAGCTC-AGTTGGTTA-GAGCGTGTGGCTGTTA-ACCACAAGTTCGAAGGTTCAAGCC
* * * * * * ** ** * ** **
1998978 GT-ATAT-TAGC-TCAGTTGGTAA----AAGTGTCAAACTGACA-ATACTGGTT--GGAGCTT--
115 CTCCT-TCTAGCGT-TGTT-TTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACT--TTCAAAATATTAC
* ** * * * * ** * * * *
1999031 GAA--GGTCCAACTAGT-T--GGAATA-GCTCAGTTGG-TTA-GAGCGTTTGG
175 CAATTTATACAATTA-TATAAAGAAAATTTTCA-ATGGCCTATTAGC-TCT-G
* * ** * *** ** ** * * ** * * **
1999076 TTGTTAACCACATGGTCGGAGGCTCA-AGCCCTCCTTCTAG-TGT--TGTTTTAACTTGGATTTC
1 TTGGTAA--A-ATTGTC--AAACTGATAATACTGGTTGGAGCT-TAAAGGTCCAAC-TAG-CTAG
* ** * * ** * *** ** * * * ** **
1999137 CATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT-TACCAAT-TTATACAATTATGTAAAGAAACATTTCAATG
58 AATAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGTGTGGC--TGTTA-ACCA-CAAGT-TCG-AA-GGTTCAA-G
* ** * * ** * * * * *** *
1999200 GCCTATTATCT--CTATTGGTAAAATTGTCAAACTGAT--AATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCA
113 CCCTCCT-TCTAGC-GTTGTTTTAATT-T-GAATTG-TCCATTTCCCATT-TA-CTT-----TCA
* * ** * * * *** * * *
1999261 AAGTAGCT-GGAA--TA-AC--TTAGT-T--GGTTAGAGCGTC--TGG-CTATTAACCACAAGG
166 AAATA-TTACCAATTTATACAATTA-TATAAAG-AAAATTTTCAATGGCCTATT-AGCTC--TG
* * ** * ** ** * ** ** ** *
1999313 TCGG--GAGGT-TCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTA-
1 TTGGTAAAATTGTCAA--ACTGATAATACTG--GTTGGAGCTT-AAAGGTCCA------A-CTAG
* * * * * ** * * **
1999374 CTTTCAAAATATTGCT-A-AT--TTA-AAC-TAT---TATATAATGAAAATTTTTAATGGCCTAT
54 C--T-AGAATA--GCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGT-TAACCACAAGTTCGAA-GG----T
* ** ** ***** * * *
1999430 TAGCTAAG--TTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAGCCACAA-GGTCGGAGGTTTAAGCCCTCCTTT
108 T--C-AAGCCCTCCTTCTAGCGT-T-GTT-TTAATTTGAATTGTC-CA--TTT-----C-CCATT
* *** * * * ** * * *
1999492 TAGTGTTGTTTTAAT-TT--GAA-TTATTCATTTCCCATAAACTTTCAAAATATTACCAAT---T
158 TA--CTT-TCAAAATATTACCAATTTATACAATT-ATATAAA----GAAAAT-TT-TCAATGGCC
* *
1999550 TA-TACGGT-TA
213 TATTA-GCTCTG
** * * * * * * * *
1999560 TATAATGAAAATTTTC-AACGGCCTATTCACTGAGTT-G-G-TAAAAGTGTCAAAATA---ACAA
1 T-TGGT-AAAATTGTCAAACTG-ATAAT-ACTG-GTTGGAGCTTAAAG-GTCCAACTAGCTAGAA
* * * * * * ** *
1999618 TA-CT-GGTTAGAGCTTAAAAGTCCAAT-TAGCTGGAATAACTCTGCTGGTTAG-AGCGTGT--A
60 TAGCTCAGTT-G-G-TT-AGAG--C-GTGTGGCT-G-TTAAC-C-ACAAGTTCGAAG-GT-TCAA
* * *** ** ** * *** ** * * **
1999677 G--CT-ATTAACCA-CAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCC-TTCTAGC-GTTA-TTTTAATTTGAA
112 GCCCTCCTT--CTAGCGTTGTTTTAATTTGAA-TTGTCCATT-TCCCATTTACTTTCAAAAT--A
* * * * * * ** * * *
1999735 TTGTCC-A-TT-TCCCATTAACTTTCAA-AATATTACCAAT---TTATACAG-T-TA
171 TT-ACCAATTTATACAATT-A-TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAT-TAGCTCTG
** ** * * * * * *
1999783 TCTAATGAAAATT-TTTAA-TGGCCTATTAGCTCAGTT--CG-TAAAAGTGTCAAACTA-CT--A
1 T-TGGT-AAAATTGTCAAACT-G-ATAATA-CT-GGTTGGAGCTTAAAG-GTCCAACTAGCTAGA
** * * * * * *** *
1999840 ATA--TTTGTTGGACCTTAAAG-GTCCAACTAGCTGGAATAGCTCATTTGGTTAGACCGTGTAGT
59 ATAGCTCAGTTGG---TTAGAGCGT----GTGGCT-G-TTAAC-CA-CAAGTT----C--GAAG-
*** * ** ** ** ** ** *
1999902 TGTT-AA-CCACTAGGTCGGAG-GTT-TTAGCCTTTCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGAC
106 -GTTCAAGCC-CTCCTTC-TAGCGTTGTT----TTAATT-T-GAATTG-TCCATTTCCCATTTA-
* * * *
1999963 CATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAA-AAAA--TTCAATAGA
160 C-TTTC------------AAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGC
*
2000025 CTATTAGCTCTT
212 CTATTAGCTCTG
* * * * * * *
2000037 TTGGTAAAATTTTTAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* ** * *
2000102 TGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTC-AGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
* * *
2000166 TTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
* ** *
2000231 AGATAATTTTCAATGGCCTACCAG--CTA
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
** * * *
2000258 TTGGTAAAATT-TCAAACTGATAATGTTGGTTGGAGCTTAAAGGTTCAACTAGATGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
*
2000322 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAG-TC-ATAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTA
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
** * * ** *
2000385 TTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTTATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
* ***
2000450 A-AAAA-ATTCAATATTCTATTAGCTCTG
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * * * * * * *
2000477 TTAGTAAAATTTTCCAAC-CAGTAATACTGGTTGGAGCTTAAAGATCAAATTAGCTGGAATAGCT
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGA-TAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGC-
* * * * * *
2000541 TATAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGGAGGTTTAAGCACTCCTTATAGCGT
64 T-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGT
** * * * * *
2000606 TGTTTTAGCTTGAATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCACTTTATTCAGTTATA
128 TGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATA
* * **
2000670 TTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCAA
192 TAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * * * * * * *
2000702 TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACCGGTTGGAACATGAAGGTCCATCTAG-TAGGAATAACT
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAATAGCT
* * * * * * *
2000766 CCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCAAGGTCCG-AGGTTCAAAGCCCTACTT-TAGCG
65 -CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTTCGAAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGCG
* * * * *
2000829 ATGTTTTAACTTTG-ATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAGTTAT
127 TTGTTTTAA-TTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTAT
* * *
2000893 ATTAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACAT-
191 ATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC-TG
* * * * * * *
2000926 TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATAGTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * * *
2000991 AGTTGGTTAGAGCATGTGGCT-TTAACCACAAGGTC-AGAGGTTCAATCCCTTCTTCTAGTGTTG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
2001054 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
* *
2001119 AGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTTTG
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * *
2001148 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGT-CTACTAGTTAGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * **
2001212 AGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGAATT-T
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGT
** * * *
2001276 TTT--TTCTCGGTTTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATATA
131 TTTAATT-T-GAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATA
* * * * *
2001339 AA-AAAAATAT-AATAGACTATTAACTCTG
194 AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * * *
2001367 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * * * *
2001432 AGATGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCATAAGGTC-AGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAGTGTTG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
*
2001495 TTTTAATTTGAATTGTGCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
* *
2001560 ATAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTG
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* *
2001589 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTTGTTAGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * * *
2001654 AGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTAACCACATGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGT
** * * * * *
2001719 TTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAAA
131 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
* * * *
2001784 -AAAATTAT-AATAGACTATTAACTCTG
196 GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * *
2001810 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * *
2001875 AGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCTG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
* ** * * * *
2001939 GTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTTATATA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATA
* * * **
2002003 AAGAAAAGTTTCAATTGCCTTTTAGCTCAA
194 AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * * * * *
2002033 TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGATGTTCCAACTAG-TAGGAATAGGT
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAATAGCT
* * * * * * ** *
2002097 CCAATTTGTTAGAGCATTTAGCTTTTAACCGTAAGGTTCG-AGGTTCAAATCCCTCCTTCTAGCG
65 -CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTTCGAAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGCG
* * * * *
2002161 ATGTTTTAACTCTG-ATTGTGCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTAT
127 TTGTTTTAA-TTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTAT
* * * *
2002225 AGAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACAT-
191 ATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC-TG
* ** * * * *
2002258 TTGTTAAAAGCGTTAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAAAATAGCTT
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * * * * * * * * *
2002323 AGTTGGTTAGAGCGTCTGAC-ATTAACCACAAGGTC-AGATGTTTAAGCCATTCTTTTAGTGTTA
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
* *
2002386 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACC-ATTTATAAAATTTTATAA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
* * *
2002450 AGCAAATTTTGAATGGCCTATTAGTTCTG
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * *
2002479 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCCTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTT
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* * * * * * * * * *
2002544 AGTTTGTTAGAACTTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTTCTTATAGTGTTAT
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGT
** * * * * * * * *
2002609 TTT-AGCTCAGATTGACCATTTCTCTTTTACATTCAAAATAATATCAATTTATATAATTATATAA
131 TTTAATTTGA-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
* * *
2002673 A-AAAA--GTCAATGGGCTATTAGCTCTT
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
* * * * ** *
2002699 TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGTTTAAAGGTCAAAGAAGCTGGAATAGCTC
1 TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTC
* *
2002764 AGTTGGTTAGAGC-TGTGGCTGTTAACCACAAGGTT-GGAGGTTCAAGCCCTCCTTTTAGCGTTG
66 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTG
* *** * *
2002827 TTTTATTTTGAATTGTTTGTTTCCCATTTGCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTGTATAA
130 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAA
*
2002892 TGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCT
195 AGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCT
2002920 TAACCCCAAG
Statistics
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Consensus pattern (223 bp):
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AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGT
TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTG
Found at i:1995507 original size:156 final size:157
Alignment explanation
Indices: 1995222--1995529 Score: 458
Period size: 156 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
1995212 GGAATAACTT
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1 AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTG
* ** * * *
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* *
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* * * * *
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* *
1995443 TTTTAATTTGAATTATT-CATTTCCCATAAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATATA
66 TTTTAATATGAATT-TTCCATTTCCCATAAACTTTCAAAATATTACCAATTTAAACAGTTATATA
1995507 ATGAAAATTTTCAACGGCCTATT
130 ATGAAAATTTTCAACGGCCTATT
1995530 CACTAAGTTG
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 15, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
156 100 0.74
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Consensus pattern (157 bp):
AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTG
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TGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTC
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Alignment explanation
Indices: 1995373--2002919 Score: 4310
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1995363 AATGGCCTAT
* * * * *
1995373 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTCCTTTTAG
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* * * * * ** *
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* * ** * * * *
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* * *
1995567 TTAGAGCTTAAAAGTCCAATTAGCTGGAA
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* * * * * * *
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * *
1995661 CGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* * * * * * * * *
1995726 TCTAATGAAAATTTTTAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTTGT
131 TATAA--AAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
*
1995791 TGGACCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
194 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * ** * *
1995819 TAGCTCATTTGGTTAGACCGTGTAGTTGTTAACCACTAGGTCGGAGGTTTTAGCCTTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1995884 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* * * * *
1995949 TATAAAAAA-ATTCAATAGACTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTTAAACTGATAATACTGGTTG
131 TATAAAAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTG
* * * *
1996013 AAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
196 GAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* ** *
1996039 TAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
*
1996104 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTA
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* ** * **
1996169 TATAAAGATAATTTTCAATGGCCTACCAG--CTATTGGTAAAATT-TCAAACTGATAATGTTGGT
131 TATAAA-A-AATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
* *
1996231 TGGAGCTTAAAGGTTCAACTAGATGGAA
194 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
*
1996259 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTCATAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * ** *
1996323 CGTTATTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTTATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* *** * * * *
1996388 TATAAAAAAAATTCAATATTCTATTAGCTCTGTTAGTAAAATTTTCCAAC-CAGTAATACTGGTT
131 TATAAAAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGA-TAATACTGGTT
* * *
1996452 GGAGCTTAAAGATCAAATTAGCTGGAA
195 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * *
1996479 TAGCTTATAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGGAGGTTTAAGCACTCCTTAT
1 TAGC-T-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
* * * * * * *
1996544 AGCGTTGTTTTAGCTTGAATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCACTTTATTCAG
64 AGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAA
* * ** * *
1996608 TTATATTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTC-AATGGTAAAAGTGTCAAACTGA-CATAC-
128 TTATA-TAA-AAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACT
* * * * *
1996670 CGTTGGAACATGAAGGT-CATCTAG-TAGGAA
191 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAA
* * * * * * * *
1996700 TAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-T
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
* * * * * *
1996764 AGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAGT
64 AGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAAT
* * * * * * *
1996829 TATATTAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATAGT
129 TATA-TAA-AAAATATTCAATGGCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACT
* *
1996893 GGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAA
191 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
1996924 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCATGTGGCT-TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAA-TCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
1996987 TGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* * * *
1997052 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTTTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGGT
131 TAT-AA-AAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
* * *
1997117 TGGAGCTTAAAGGTCTAACTAGTTAGAA
194 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
1997145 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
** ** * * * * *
1997209 GAATT-TTTTTTCTCGGTTTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAA-TTATATAATT
65 GCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
* * * * * *
1997272 ATATAAAAAATA-T-AATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATAGTT
130 ATATAAAAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTT
1997335 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
195 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
1997362 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCATAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * *
1997426 TGTTGTTTTAATTTGAATTGTGCATTT-CCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* *
1997490 TATAATAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTT
131 TATAA-AAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTT
* * *
1997555 GGAGCTTAAAGGTCCAACTTGTTAGAA
195 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * *
1997582 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAAGCCCTCCTTCT
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAG-AGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
* * * * * * *
1997646 AGCATTGTTTTAGCTCGGATTATTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAAT
64 AGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAAT
* * * * * *
1997711 TATATAAAAAA-ATTATAATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGG
129 TATATAAAAAATATT-CAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
1997775 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
193 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* *
1997804 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1997869 TGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTT
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATT
* * ** * *
1997933 ATATAAAGAAA-AGTTTCAATTGCCTTTTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
130 ATATAAA-AAATA--TTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTG
* * *
1997997 GTTGGAGCTTGATGTTCCAACTAG-TAGGAA
192 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAA
* * * * * * * ** *
1998027 TAGGTCCAATTTGTTAGAGCATTTAGCTTTTAACCGTAAGGTTC-GAGGTTCAAATCCCTCCTTC
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGG-TCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTC
* * *
1998091 TAGCGATGTTTTAACTCT-GATTGTGCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACA
63 TAGCGTTGTTTTAACT-TGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACA
* * * * * * * ** * *
1998155 GTTATAGAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGCGTTAAACTGACAATA
127 ATTATA-TAA-AAAATATTCAATGGCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATA
**
1998219 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAAAA
189 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * * * *
1998252 TAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTCTGAC-ATTAACCACAAGGTCAGATGTTTAAGCCATTCTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * *
1998316 TGTTATTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAATATTACC-ATTTATAAAATT
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTC-AAAATATTACCAATTTATACAATT
* * * *
1998380 TTATAAAGCAAATTTTGAATGGCCTATTAGTTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
130 ATATAAA--AAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
* * *
1998445 TTGGAGCCTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
193 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * * *
1998474 TAGCTTAGTTTGTTAGAACTTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTTCTTATAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * ** * * * * * * *
1998539 TGTTATTTTAGCTCAGATTGACCATTTCTCTTTTACATTCAAAATAATATCAATTTATATAATTA
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* * * *
1998604 TATAAAAAA-AGTCAATGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTG
131 TATAAAAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTG
* * * **
1998668 AAGTTTAAAGGTCAAAGAAGCTGGAA
196 GAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* ** *
1998694 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCCTGTGGCTGTTAACCACAAGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
** * *** * *
1998759 CGTTGTTTTATTTTGAATTGTTTGTTTCCCATTTGCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTG
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* * ** * *
1998824 TATAATGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCT-TAACCCCAAGGTCGGAAGT-TCAAGACCT-C
131 TATAA--AAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGT-------TGGT-AAAATTGTCAA-A-CTGA
* * ** ** * ** * **
1998886 T--TGCTAG-TGTTG-TTTTAGCTCGGA-TTG-T-CCA
184 TAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
** * * ** * *** ** ** * * * * * **** *
1998917 TTTCCCATTTTCTTTCAAAATAT-TACCAATTTA-TACAA--TTATA---TAAATAAAAT-TTTC
1 TAGCTCA-GTTGGTT-AGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAA-GCCCTCCTTC
* * ** ** ** ** * ** * * *
1998974 -A--ATTGTATATTAGCTCAG-TTGGTAAAAGTGTCA--AACTGACAATACTGGTTGGAGC--TT
63 TAGCGTTGT-T-TTAACTTGGATT-GTCCATTTCCCATTTACTTTCAA-AAT-ATT--ACCAATT
* * * ** * * * * * * *
1999031 GAAGGTCCAACTAGT-T--GGAATAGCTCAGTTGG-TTA-GAGCGTTTGGTTGTTAACCACATGG
121 -TA--TACAATTA-TATAAAAAATA-TTCA-ATGGCCTATTAGC-TCT-GTTGGTAA--A-ATTG
** * *** ** ** * * ** * * ***
1999091 TCGGAGGCTCA-AGCCCTCCTTCTAG-TGT--TGTTTTAACTTGGATTTCCA
175 TC--AAACTGATAATACTGGTTGGAGCT-TAAAGGTCCAAC-TAG-CTGGAA
** * * ** * *** ** * ** * * ** *
1999139 TTTCCCATTTACTTTCAAAATAT-TACCAAT-TTATACAATTATGTAAAGAAACATTTCAATGGC
1 TAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGTGTGGC--TGTTA-ACCACAAGGT-CAG--A-GGTTCAA-GCC
** * ** * ** * ***
1999202 CTATTATCT--CTATTGGTAAAATTGTCAAAC-T-GATAATAC-TGGTT-GGAGCTTAAAGGTCA
56 CTCCT-TCTAGC-GTT-GT----TT-T--AACTTGGATTGTCCAT--TTCCCA--TTTACTTTCA
* * ** *** * *** * * * *
1999261 AAGTAGCT-GGAA--TA-AC--TTAGT-TGGTTAGAGCGTC--TGG-CTATTAACCACAAGGTCG
107 AAATA-TTACCAATTTATACAATTA-TAT-AAAAAATATTCAATGGCCTATT-AGCTC--TGTTG
* ** * ** ** * ** ** ** ** ** ** *
1999316 G--GAGGT-TCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTAC
166 GTAAAATTGTCAA--ACTGATAATACTG--GTTGGAGCTT-AAAGGTCCAACTAGC-TGGAA
** ** * * * * ** * * * * * * ** * * *
1999375 TTTCAAAATATTGCTA-A---TTTAAACTATT-A-TATAATG-AAAATTTTTAATGGCCT-ATTA
1 TAGCTCAGT-TGGTTAGAGCGTGT-GGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAA-GCCCTCCTT-
* * ** ** **
1999432 GCTA-AGTTG-GTTAGAGCGTGTGG-TTGTTAGCCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCCCTCCTT-TT
62 -CTAGCGTTGTTTTA-A-C-T-TGGATTG-T---C-C-ATTTCCCA--TTT-A---CT--TTCAA
* * *** ** * * * ** *
1999493 AGTGTTGTTTTAATTTGA-ATTATTCATTTCCCATAAACT-TTCAAAATATTACCAATTTATACG
108 AAT-AT-TACCAATTT-ATACAATT-ATAT---AAAAAATATTC---A-ATGGCC--TAT-TA-G
* * ** * * * * * * * *
1999556 GT-TATATAATGAAAATTTTC-AACGGCCTATTCACTGAGTT-G-G-TAAAAGTGTCAAAATAAC
158 CTCTGT-TGGT-AAAATTGTCAAACTG-ATAAT-ACTG-GTTGGAGCTTAAAG-GTCCAACTAGC
1999616 ---AA
217 TGGAA
* * * * * * * *
1999618 TA-CT-GGTTAGAGCTTAAAAGTCCAAT-TAGCTGGAATAACTCTGC-TGGTTAGAGCGTGTAGC
1 TAGCTCAGTT-G-G-TT-AGAG--C-GTGTGGCT-G-TTAAC-C-ACAAGGTCAGAG-GT-T--C
* **** * * ** **
1999679 TATTAACCACAAGGT-TAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTT--ATT-TTAATTT-GAATTGT
51 -A--AGCC-CTCCTTCTAG-CGTT---G---T--TT-TAAC-TTGGATTGTCCATTTCCCATT-T
* ** * * * * * *
1999739 CCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTA-CCAATTTATACAGTTATCTAATGAAAATTTTTAATG
100 AC-TTTCAAAAT-A-TTAC-CAAT-TTATACAA--T-T--A--TA--TAA--AAAATATTCAATG
* * * * * *
1999803 GCCTATTAGCTCAGTTCGTAAAAGTGTCAAACT-ACTAATATTTGTTGGACCTTAAAGGTCCAAC
149 GCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGA-TAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAAC
1999867 TAGCTGGAA
213 TAGCTGGAA
* * * * * * ** * *
1999876 TAGCTCATTTGGTTAGACCGTGTAGTTGTTAACCACTAGGTCGGAGGTTTTAGCCTTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
1999941 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* * * * *
2000006 TATAAAAAA-ATTCAATAGACTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTTAAACTGATAATACTGGTTG
131 TATAAAAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTG
* * * *
2000070 AAGCTCAAAGGTCCAATTAGTTGGAA
196 GAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* ** *
2000096 TAGCTCTGTTGAATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
*
2000161 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* ** * **
2000226 TATAAAGATAATTTTCAATGGCCTACCAG--CTATTGGTAAAATT-TCAAACTGATAATGTTGGT
131 TATAAA-A-AATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
* *
2000288 TGGAGCTTAAAGGTTCAACTAGATGGAA
194 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
*
2000316 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTCATAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * ** *
2000380 CGTTATTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTTATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* *** * * * *
2000445 TATAAAAAAAATTCAATATTCTATTAGCTCTGTTAGTAAAATTTTCCAAC-CAGTAATACTGGTT
131 TATAAAAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGA-TAATACTGGTT
* * *
2000509 GGAGCTTAAAGATCAAATTAGCTGGAA
195 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * *
2000536 TAGCTTATAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCGGAGGTTTAAGCACTCCTTAT
1 TAGC-T-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
* * * * * * *
2000601 AGCGTTGTTTTAGCTTGAATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCACTTTATTCAG
64 AGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAA
* * ** * * *
2000665 TTATATTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACC
128 TTATA-TAA-AAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACT
* * * *
2000730 GGTTGGAACATGAAGGTCCATCTAG-TAGGAA
191 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAA
* * * * * * * *
2000761 TAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTACTT-T
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
* * * * * *
2000825 AGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATACAGT
64 AGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAAT
* * * * * * *
2000890 TATATTAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATAGT
129 TATA-TAA-AAAATATTCAATGGCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACT
* *
2000954 GGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAACTGGAA
191 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
2000985 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCATGTGGCT-TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAATCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
2001049 TGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* * * *
2001114 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTTTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGGT
131 TAT-AA-AAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
* * *
2001179 TGGAGCTTAAAGGT-CTACTAGTTAGAA
194 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
2001206 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
** ** * * * * *
2001270 GAATT-TTTTTTCTCGGTTTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATT
65 GCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
* * * * * * *
2001334 ATATAAAAAAAATAT-AATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATAGT
130 ATATAAAAAATAT-TCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
2001398 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
194 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * *
2001426 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCATAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * *
2001490 TGTTGTTTTAATTTGAATTGTGCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* *
2001555 TATAAATAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
131 TAT-AA-AAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
* * *
2001620 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTTGTTAGAA
194 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * *
2001648 TAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTAACCACATGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * * * * *
2001712 GCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATT
65 GCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
* * * * * *
2001777 ATATAAAAAA-ATTATAATAGACTATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAATGGT
130 ATATAAAAAATATT-CAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
2001841 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
194 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* *
2001869 TAGCTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
2001934 TGTTGGTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTT
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATT
* * ** * *
2001998 ATATAAAGAAA-AGTTTCAATTGCCTTTTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
130 ATATAAA-AAATA--TTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTG
* * *
2002062 GTTGGAGCTTGATGTTCCAACTAG-TAGGAA
192 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAA
* * * * * * * ** *
2002092 TAGGTCCAATTTGTTAGAGCATTTAGCTTTTAACCGTAAGGTTC-GAGGTTCAAATCCCTCCTTC
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGG-TCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTC
* * *
2002156 TAGCGATGTTTTAACTCT-GATTGTGCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACA
63 TAGCGTTGTTTTAACT-TGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACA
* * * * * * * ** * *
2002220 GTTATAGAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGCGTTAAACTGACAATA
127 ATTATA-TAA-AAAATATTCAATGGCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATA
**
2002284 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAAAA
189 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * * * *
2002317 TAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTCTGAC-ATTAACCACAAGGTCAGATGTTTAAGCCATTCTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
2002381 TGTTATTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACC-ATTTATAAAATTT
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* * *
2002445 TATAAAGCAAATTTTGAATGGCCTATTAGTTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
131 TATAAA--AAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGT
* * *
2002510 TGGAGCCTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
194 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * * *
2002538 TAGCTTAGTTTGTTAGAACTTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTTCTTATAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * ** * * * * * * *
2002603 TGTTATTTTAGCTCAGATTGACCATTTCTCTTTTACATTCAAAATAATATCAATTTATATAATTA
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
* * * *
2002668 TATAAAAAA-AGTCAATGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTG
131 TATAAAAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTG
* * * **
2002732 AAGTTTAAAGGTCAAAGAAGCTGGAA
196 GAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
** *
2002758 TAGCTCAGTTGGTTAGAGC-TGTGGCTGTTAACCACAAGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTTTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
** * *** * *
2002822 CGTTGTTTTATTTTGAATTGTTTGTTTCCCATTTGCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTG
66 CGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
*
2002887 TATAATGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCT
131 TATAA--AAAATATTCAATGGCCTATTAGCTCT
2002920 TAACCCCAAG
Statistics
Matches: 5670, Mismatches: 1293, Indels: 723
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
212 2 0.00
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GAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
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* * * * *
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* * * **
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* * *
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* * * *
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* *
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*
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* * * *
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*
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* *
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* * * * * *
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65 CCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATT
*
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* ** * * *
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* *
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* * * * * *
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* * *
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TGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTA
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* * * * *
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* * * **
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* * *
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* * *
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* *
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*
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* * * *
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*
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194 AATAACTCAGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTG
* *
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1 TTAACCACAAGGTC-GGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTT
* * * ** * *
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65 CCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATT
*
2003494 AGCTAAGTTGGT
130 AGCTCAGTTGGT
2003506 TAGAGCGTGT
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 38, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (223 bp):
TTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTC
CCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTA
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TAACTCAGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTG
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Period size: 156 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
2003332 GGAATAACTT
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* ** * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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66 TTTTAATTTGAATTATCCATTTCCCATAAACTTTCAAAATATTACCAATTTAAACGGTTATATAA
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2003650 CACTGAGTTG
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 16, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
156 102 0.76
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Consensus pattern (157 bp):
AGTTGGTTAGAGCGTCTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTG
TTTTAATTTGAATTATCCATTTCCCATAAACTTTCAAAATATTACCAATTTAAACGGTTATATAA
TGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTA
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2003483 AATGGCCTAT
* * * * * *
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* * * * * * * ** *
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66 CGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
* * * * *
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131 TATAA-GAAAATTTTCAATGGCCTATT-AGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * * *
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194 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * *
2003716 TAACTCTGCTGGTTAGAGCGTGTAGCTATTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
2003781 CGTTATTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAAATTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
66 CGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
* * * * *
2003846 TCTAATGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAGTTCGTAAAAGTGTCAAACT-ACTAATATTTG
131 TATAA-GAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGAC-AATACTGG
* *
2003910 TTGGACCTTAAAGATCCAACTAGCTGGAA
194 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * ** *
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * *
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66 CGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
* ** * ** ** * * *
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131 TATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTT
* * * *
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196 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
2004161 TAGCTCTGTTGGATAGAGCGTGTGCCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * *
2004226 CGTGGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
* * * **
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131 TAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
*
2004353 TGGAGCTTAAAGGTTCAACTAGCTGGAA
195 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * *
2004381 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCAGATGTACAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* ** * *
2004446 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCTTATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
** *** * * * * * * *
2004511 TATAA-AAAAAATTCAATATTCTACTAGCTCTGTTGGTAATATTTTCCAACTGATAATACTGGTT
131 TATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTT
* * *
2004575 GGAGCTTAAAGATCAAATTAGCTGGAA
196 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * *
2004602 TAG--C------TTATAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTTAAGCACTCCTTATAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * *
2004659 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCACTTTATTCAGTT
66 CGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAGTT
** * *
2004723 ATATTAA-AAAAAATTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
130 ATA-TAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
* * *
2004787 TTGGAGCTTGAAGGTCCATCTAG-TAGAA
194 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * * * * * *
2004815 TAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCAAGGTCCGAGGTTCAAAACCCTGCTT-T
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
* ** * * * *
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* ** * * *
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* * *
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193 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * *
2005039 TAGCCCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCAAAAGGTCAGAGGTTTAAGCCCTTCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
2005103 TGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTAATTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
66 CGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
* * * * *
2005168 TATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTAGT
131 TAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGT
* *
2005233 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAA
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* * * * ** *
2005261 TTGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTTGGAGGTACAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * *
2005326 CATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTA
66 CGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
* * * * * * * *
2005391 TATAA-AAAATTAT-AATAG-ATATTAACTCTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTT
131 TATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTT
*
2005453 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAA
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* ** * * *
2005480 TAGCTCAGATGGTTAGATAGTTTGGCTCTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
2005545 CGTTGTTTTAGCTCGGATTGACCATTTCCAATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAGTT
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* * *
2005609 ATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG
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* * * *
2005674 TTGGAGCTTGATGGTCCAACGAGTTGGAA
194 TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
* * * * ** *
2005703 TAGGTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCCT-TTAACCGTAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTCCTTC
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGG-CTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTC
2005767 TAGC
63 TAGC
2005771 TCAGTTGGTT
Statistics
Matches: 1705, Mismatches: 317, Indels: 64
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (222 bp):
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TATAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTT
GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAA
Found at i:2008920 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 2008517--2010404 Score: 1973
Period size: 223 Copynumber: 8.4 Consensus size: 223
2008507 GCCTATTAGC
* *
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* * * * * *
2008582 AGA--GAGTGGATTTTAACCACAAGGTCGGAGGATCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAATTT
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** * * * *
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2008710 TCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAA
196 TCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAA
* * * * *
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1 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGTTCCAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGTT
* * * * * * **
2008803 AAAGCGTGTGGCTGTTAACCACAGGGTCAGAGGTTAAAGCCCTCCTTCTAGCGTGGTTTTAGTTT
66 AGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTT
* *
2008868 GGATTGTCCAGTTCCCATTTACTATCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTT
131 GGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTT
*
2008933 TCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTGAA
196 TCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAA
* * * * *
2008961 AGTGTCAAACTGATAAATATTGGTTAGAGCTTAAAGTTCCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGT
1 AGTGTCAAACTGA-CAATACTGGTTGGAGCTTAAAGTTCCAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGT
* * * * * *
2009026 TAGAGCGTTTGGATCTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCTTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCT
65 TAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACT
** * * *
2009091 CAGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATATCAATTTATACGATTATATAAAGAAAATT
130 TGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATT
* * *
2009156 TTCAATGGCATATTACCATAT-TTGGTAAA
195 TTCAATGGCCTATTAGC-TCTGTTGGTAAA
* * * *
2009185 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGATCCAACCA-ACTGGAAAAG--C--TTGGT
1 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGTTCCAACTAGA-TGGAATAGCTCAGTTGGT
* * * * *
2009245 TAGAGCTTGTGGTTATTAACCATAAGGTCGGATGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCT
65 TAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACT
* * * * * *
2009310 GGGATTTGTCCATTTCACATTTAATTTCAAAATATTACCAATTCATTCAGTTATATAAAGAAAAT
130 TGGA-TTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAT
* * **
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194 TTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAA
* * * * * * *
2009405 AGTGTCAAACTTACAAAACTGGTTGGAGCTTGATGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTAGTT
1 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGTTCCAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGTT
* *** * * * *
2009470 AGAGCGTGTGGCTGTTAACCATGTGGTCAGAGGTTCAAGCCCACCTTATTGCGTTGTTTTAACTT
66 AGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTT
* *
2009535 GGATTGTCCATTTCCCATTTGCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATAT-AA-AAAA--T
131 GGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTT
* * * *
2009596 TCAATGG-CTAAGTAGCACAGTTGATAAA
196 TCAATGGCCT-ATTAGCTCTGTTGGTAAA
* * * *
2009624 AGTGTAAAAGTTGACAATATTGGTTGGAGCTTAAAGCT-CAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGT
1 AGTGTCAAA-CTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGTTCCAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGT
* * * * * *
2009688 TAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAATGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGCTTTGTTTGAACA
65 TAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACT
*** * * *
2009753 CAAATTGTCCATTT-CAATTTAGTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAAAGAAAATT
130 TGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATT
*
2009817 TTCAATGTCCTATTAGCT-TAGTTGGTAAA
195 TTCAATGGCCTATTAGCTCT-GTTGGTAAA
* * * * * * * * *
2009846 AATATTAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAATTAGTTGGAATAACTCAATTGGTT
1 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGTTCCAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGTT
* *** *
2009911 AGAGCGCT-TGGCTTTTAACCACAAGGTTAGAACCACAAGGTCGAAGGTTCAAAGTTATTCTTCT
66 AGAGCG-TGTGGC---T-------A--TT--AACCACAAGGTCGGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCT
* *
2009975 AGCGTTGTTTTAACTCT-GATTGTCCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATATCAATTTATA-AA
115 AGCGTTGTTTTAACT-TGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
*
2010037 TTTATATAAAGAAAA-TTTCAATGGCATATTAG-TACAT-TTGGTAAA
179 -TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCT-C-TGTTGGTAAA
* * * * *
2010082 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTCGGAGCTTGAAGGTT-CAACTAGATAGAATAACTCAGTTAGT
1 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTT-AAAGTTCCAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGT
* * * * *
2010146 TAGAGCGTATGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTTTTTTTAAA
65 TAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCG-TTGTTTTAAC
* *
2010211 TTGAATTGTCCATTTCCCATTTGA-TTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATATAAA-AAAA
129 TTGGATTGTCCATTTCCCATTT-ACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAA
* * * *
2010274 --TTAAATGGCCAATTAGCACAG-TGGTAAA
193 TTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAA
*
2010302 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAATTGTT-CAACTAGATGGAATATTAGCTCAGTT
1 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAA-AGTTCCAACTAGATGG-A-A-TAGCTCAGTT
* * *
2010366 GGTTATAACGTGTAGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTT
62 GGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTT
2010405 GTAACATCCC
Statistics
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0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
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AGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTT
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TCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAA
Found at i:2009526 original size:443 final size:444
Alignment explanation
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2008507 GCCTATTAGC
*
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1 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTT
* * * * * * *
2008582 AGA--GAGTGGATTTTAACCACAAGGTCGGAGGATCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAATTT
66 AGAGCGTGTGGCTTTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCACCTTCTAGCGTTGTTTTAA-CT
* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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258 GA-TCCAACTAGATGGAAAAGC-CA-TTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGG
* * ** * * * *
2008836 TTAAAGCCCTCCTTCTAGCGTGGTTTTAGTTTGG-ATTGTCCAGTTCCCATTTACTATCAAAATA
320 TTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTA-ACTGGAATTGTCCATTTCACATTTAATTTCAAAATA
** *
2008900 TTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTGAA
384 TTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAATTGGTAAA
* * * * *
2008961 AGTGTCAAACTGATAAATATTGGTTAGAGCTTAAAGTTCCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGT
1 AGTGTCAAACTGA-CAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGT
* * * ** *
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* *
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130 CAGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAAGTTATATAAAGAAAA-
* *
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194 TTTCAATGGCATATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAG
* * * * *
2009220 ATCCAACCA-ACTGGAAAAG-C-TTGGTTAGAGCTTGTGGTTATTAACCATAAGGTCGGATGTTC
259 ATCCAACTAGA-TGGAAAAGCCATTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTC
* *
2009282 AAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTGGGATTTGTCCATTTCACATTTAATTTCAAAATATTA
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* * * * *
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* * * * *
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1 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTT
* *** * * *
2009470 AGAGCGTGTGGCTGTTAACCATGTGGTCAGAGGTTCAAGCCCACCTTATTGCGTTGTTTTAACTT
66 AGAGCGTGTGGCTTTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCACCTTCTAGCGTTGTTTTAACTC
* * *
2009535 GGATTGTCCATTTCCCATTTGCTTTCAAAATATTACCAATTTATAC-AGTTATAT-AA-AAAA-T
131 AGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAAGTTATATAAAGAAAATT
* * * * * * *
2009596 TCAATGGC-TAAGTAGCACAGTTGATAAAAGTGTAAAAGTTGACAATATTGGTTGGAGCTTAAAG
196 TCAATGGCAT-ATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAA-CTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAG
* * * *
2009660 CT-CAACTAGATGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAATGTTGGAGGTT
259 ATCCAACTAGATGGAAAAGC-CA-TTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTT
* * * *** *
2009724 CAAGCCCTCCTTATAGCTTTGTTTGAACACAAATTGTCCATTTCA-ATTTAGTTTCAAAATATTA
322 CAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTGGAATTGTCCATTTCACATTTAATTTCAAAATATTA
* * * *
2009788 CCAATTTATATAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGTCCTATTAGCTTAGTTGGTAAA
387 CCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAATTGGTAAA
* * * * * * * *
2009846 AATATTAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAATTAGTTGGAATAACTCAATTGGTT
1 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTT
** *
2009911 AGAGCGCT-TGGCTTTTAACCACAAGGTTAGAACCACAAGGTCGAAGGTTCAAAG-TTATTCTTC
66 AGAGCG-TGTGGCTTTTAACCACAAGG-T-------C-A----G-AGGTTC-AAGCCCA-CCTTC
* *
2009974 TAGCGTTGTTTTAACTCTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATATCAATTTATA-AA
114 TAGCGTTGTTTTAACTCAGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAA
* *
2010037 TTTATATAAAGAAAATTTCAATGGCATATTAGTACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
179 GTTATATAAAGAAAATTTCAATGGCATATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
* * * * * * *
2010102 GGTCGGAGCTTGAAGGTTCAACTAGATAGAATAA-CTCAGTTAGTTAGAGCGTATGGCTGTTAAC
244 GGTTGGAGCTTGAAGATCCAACTAGATGGAA-AAGC-CA-TTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAAC
* * * * *
2010166 CACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTTTTTTTAAATTGAATTGTCCATTTCCCAT
306 CACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCG-TTGTTTTAACTGGAATTGTCCATTTCACAT
* * * * *
2010231 TTGATTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATATAAA-AAAA--TTAAATGGCCAATTAGCAC
370 TTAATTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC
*
2010293 -AGTGGTAAA
435 AATTGGTAAA
** * *
2010302 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAATTGTTCAACTAGATGGAATATTAGCTCAGTTG
1 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGG-A-A-TAGCTCAGTTG
* * * * *
2010367 GTTATAACGTGTAGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTT
63 GTTAGAGCGTGTGGCTTTTAACCACAAGGTCAGAGGTT
2010405 GTAACATCCC
Statistics
Matches: 1197, Mismatches: 200, Indels: 93
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
438 1 0.00
439 42 0.04
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AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTT
AGAGCGTGTGGCTTTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCACCTTCTAGCGTTGTTTTAACTC
AGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAAGTTATATAAAGAAAATT
TCAATGGCATATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGAT
CCAACTAGATGGAAAAGCCATTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAG
CCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTGGAATTGTCCATTTCACATTTAATTTCAAAATATTACCAA
TTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAATTGGTAAA
Found at i:2012022 original size:31 final size:31
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2011973 AGGGTCGAGG
2011983 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
1 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
* *
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1 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
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1 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
* * *
2012076 GTTTACTTAGGTTCTTCGGAATC-TATGGACT
1 GTTTACCTATGTTCTTCGGGA-CATATGGACT
2012107 G
1 G
2012108 GTCCTTCGGG
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 7, Indels: 2
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
31 85 0.99
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Found at i:2015272 original size:21 final size:21
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2015267 GTGCATCGATGCATATTCATT
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2015288 GTGCATCGATGCAT
1 GTGCATCGATGCAT
2015302 CAAGGTTAAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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GTGCATCGATGCATATTCATT
Found at i:2016269 original size:62 final size:62
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* **
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1 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACTGTTTACCTAGGTTCTTCGAAA-CATATGGACT
2016273 G
1 G
2016274 GTCCTTCGGG
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 3, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:2016273 original size:31 final size:31
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2016139 AGGGTCGAGG
2016149 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
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2016180 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
1 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
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1 GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
*
2016242 GTTTACCTAGGTTCTTCG
1 GTTTACCTATGTTCTTCG
2016260 AAATCTATGG
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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GTTTACCTATGTTCTTCGGGACATATGGACT
Found at i:2017928 original size:223 final size:223
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* * ** * *
2016946 ATTGTCCATTTCGCATTTAATTTCAAAATATTACCAATTTATACCGTTATTTAAACAAAATTTTC
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* * * * *
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** * * *
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* * * * *
2017141 CCCACCTTATAGCATTGTTTTAACTTGG
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* *
2017169 ATTGTCCATTTCCCATTTGCTTTCAAAATATTACCAAATTATACAATTATATAAA-AAAA--TTC
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* * * * * *
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* ** * * *
2017294 TCAACTAGAGGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACATGGTTGGAGGTTCA
129 CCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCA
* * * * *
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* *
2017389 ATTGTCCATTTCCAATTTACATTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
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* ** * * *
2017454 AATGACCTATTAGCTCAGCTGGTAAAAATGTTAAACTGACAATACTGGTTGGAGATTGAAGGTCC
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCC
* * * * * * * *
2017519 AATTAGTTTGAATAGCTAAATTGGTTAGAGCGT-TAGGCTGTTACCCACAAGGTCAGAGGTTTAA
131 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGT-GGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGG-TTCA
* * * *
2017583 AGCCCTTCTTTTAGCATTGTTTTAACTCTG-
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAA-TTTGA
* * * * *
2017613 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCCAAATAATATCAATTTATA-AGATTATATAACGAATATTTT
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACA-ATTATATAAAGAAAATTTT
* * * *
2017677 CAATGGCCTATTTGCACATTTGGTAAAAGTATCAAACTGACAATATTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
65 CAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* **
2017742 AAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTCACTGTTAACCACAAGG-CTGGAGGTTCA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTC-GGAGGTTCA
* * *
2017806 CGCCCTCATTCTAGTGTTGTTTTAATTTGA
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* *
2017836 ATTGTCTATTTCCCACTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * * * *
2017901 AAAGTCCTATTAGCTC-TATTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTAGGAGCTTAAAGTTA
66 AATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * *
2017965 CAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACATGGTCAGAGGTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* ** *
2018030 GCCCTCTTTCTAGCGTTGTTTT-AGCTCA
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* * * * * * *
2018058 GATTGTCTATTTCCCATTTAATTTCAAAGTATTTCCAGTTTATATAATTATATAAAGTAAA-TTT
1 -ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTT
* * **
2018122 CAATAGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTTAAGCTTGAAGGTC
65 CAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * * * * *
2018187 CAACTAGCTGAAATAACTCAATTAGTTAGAGCGTGT-GCTTCTTAACCACAAGTTTGGAGTTTCA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-TGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCA
*
2018251 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTT-ATCTCTCGG
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAT-T-T-GA
* ** * * *
2018283 ATTGTCTATTTCGTATTTAATTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAACTTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * *
2018348 AATAGCCTACTAGCTCAGTTGGTAAAAGTTTCAAACTGACAAAACTGGTTGGAGCTTGATA-GTC
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGA-AGGTC
* * ** * * * * **
2018412 CAACTATCTGGAATAGTTCAGTTACTTAGTGCGTGTGGCCGTTAACCATATGGTTAGAGGTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* * * * *
2018477 GCCCACCTTATAGTGTTGTTTTAACTTGT
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * * *
2018506 ATTGTCCATTTCCCATTTGCTTTGAAAATATTACAAATTTATACAGTTATATAAA-AAAA--TTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * * * *
2018568 AATGGCCAATTAGCAT-AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAGTGGTTGGAACATAAAGGTT
66 AATGGCCTATTAGC-TCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * **
2018632 CAACTAGATGGAATAGCTCTGTTGGTTAAAGCGTGTGTCTGTTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* * * *
2018697 GCCCTCCTTCTAGCTTTGTTTGAACTCGA
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
**
2018726 ATTGTCCATTTCTGATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * *
2018791 ATTGGCCAATTAGCTCATTTGGTAAAAATGTCAATAC-GAAAATACTGGTTGGAGCTAGAAGGTC
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAA-ACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * * * * *
2018855 CAATTTGTTAGAGTAGCTTAATTGGTTAGAGCGTTTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTC-A
* * * *
2018920 AGCCCTTCTTCTATCATTGTTTTAAGTCTG-
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAA-TTTGA
* * *
2018950 ATTGTCCATTTCCCATTTACATTC-AAATAATATCAATTTATA-AATTTATATAAAGAAAATTTT
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA-TTATATAAAGAAAATTTT
* * * *
2019013 CAATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACCGGTTTGA-CATTGAAGGT
65 CAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC-TTGAAGGT
* * * * * * * * * *
2019077 CCAACTACCTAGAATAACACAGCTGGTTAGAACGTGTGGTTATTAACCACAAGGTCGGCGGCTCA
129 CCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCA
* * *
2019142 AACCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAATATGA
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * **
2019172 ATTATCCATTTCCCATTTTCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAAATTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * *
2019237 AATGTCCTATTAGCTC-TGTTGATAAAAGTTTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTC
66 AATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * * **
2019301 CAACTAGATGCAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTATCCACAAGGTTGGAATTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* * *
2019366 GCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTTGG
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* *
2019395 ATTGCCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* ** *
2019460 AATGGCCTATTAGCACATTTGGTAAAAGTAACAAACTGACAATATTGGTTGGAGCTTGAAGGTCC
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCC
* *
2019525 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTGTTAACCATAAGG-CTGGAGGTTCAC
131 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTC-GGAGGTTCA-
* *
2019589 A-CCCTCATTCTAGTGTTGTTTTAATTTGA
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * * * *
2019618 ATTGTCTATTTTCCATTTACTTTCAAAATAATATCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * *
2019683 AAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTTGAGCTTAAAGGTCC
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCC
* * * *
2019748 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGTGTGTGGCTGTTAACCACATGCTCAGAGGTTCAAG
131 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAG
* * * ** *
2019813 CCTTCTTTCTAGCGTTGCTTT-AGCTCA
196 CCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * * * * *
2019840 GATTGTCCATTTCCCATTTAATTTCAAAATATTTCCAGTTTATATAGTTATATAAAGTAAA-TTT
1 -ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTT
* * ** * ** *
2019904 CAATAGCCTATGAGAACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATATTGGTTTAAGATTGAAGGTC
65 CAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * ** * * * *
2019969 CAACTAGATGGAATAACTCAATTAGTTAGAGCGTGTGTTTCTTAACCACAAGTTTGGAGTTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* * *
2020034 GCCCTCCTTCTTGCGTTGTTTT-ATCTCGG
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAT-TTGA
* * * *
2020063 ATTGTCCATTTCGCATTTAATTTCAATATATTACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * *
2020128 AATGGCCTACTAGCTTAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAAAACTAGTTGGAGCTTGATA-GTC
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGA-AGGTC
* * *** * * **
2020192 CAACTATCTGGAATAGTTCAGTTACCTAGAGCGTGTGGCCGTTAACCACATGGTTAGAGGTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* * * *
2020257 GCCCACCTTATAGCGTTGTTTTAACTTGG
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * * * *
2020286 ATTGTCCATTTCCCATTTGCTTTGAAAATATTACAAATTTATACAGTTATATAAA-AAAA-ATTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * *
2020349 AATGGCCAATTAGCAT-AGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAGTGGTTGGAACTT-AGAGGT
66 AATGGCCTATTAGC-TCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGA-AGGT
* * * * * * * *
2020412 TCAACTAGATGTAATAGATCAGTTGGTTAAAGCGTGTGTCTGTTAACCACAAGGTTGGACGTTCA
129 CCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCA
* * * * *
2020477 AGCCCTCATTCTAGCTTTGTTTGAACTCGA
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
*
2020507 ATTGTCCATTTCCGATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * *
2020572 AATGGACTATTAGCTCATTTGGTAAAAATGTCAATAC-GAAAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAA-ACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * * * * *
2020636 CAATTTGTTGGAGTAGCTTAATTGGTTAGAACGTTTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTC-A
* * *
2020701 AGCCCTTCTTCTAGCATTGTTTTAAATCTG-
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTT-AATTTGA
* *
2020731 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATATCAATTTATA-AATTTATATAAAGAAAATTTT
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA-TTATATAAAGAAAATTTT
* * * * *
2020794 CAATAGCCTATTAACACATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTTGACCTTGAAGGTC
65 CAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* *** * * * *
2020859 CAACTAGCTAGAATAAAACAGTTGGTTAGAGCGTGTGGTTATTAACCACAAGGTCGGTGGTTGAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* * *
2020924 GCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAATATCA
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * * * *
2020953 ATTATCCATTTCCCATTTTCGTTCAAAATATTACAAATTTATACAATTATATAAAGAAAAATTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * *
2021018 AAT--CCTATTAGCTC-TGTTGATAAAAGTTTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTC
66 AATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
** * * * **
2021080 CAACTATATGCAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGAAATTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* * *
2021145 GCCCTCATTCTAGCATTGTTTTAACTTGA
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * *
2021174 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAATGAAAATTTTT
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * * *
2021239 AATGGCATATTGGCTCAGTTGGTAAAAGTCTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCA
66 AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCC
* * ** *
2021304 AACTAGCTGGAATAACTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCACAAGAACAGAGGTTCAAG
131 AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAG
* *
2021368 CCCTCCTTTTAGTGTTGTTTTAATTTGA
196 CCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * *
2021396 TTTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACAAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTATC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * *
2021461 AAT-GCCGTATTAGCTC-TGTTGATAAAAGTTTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGT
66 AATGGCC-TATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGT
* * **
2021524 CCAACTAGATGGAATAGCTCATTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTTT
129 CCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCA
*
2021589 AGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAATTTGA
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
*
2021619 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAGGAAAATTTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * * *
2021684 AATGCCCTATTAGCTC-TGTTGATAAAAGTTTC-AACTTGACAACACTGGTTGGAACTTAAAGGT
66 AATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAAC-TGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGT
* * *
2021747 CCAACTATTCCAACCAGTTGGAATAGCTCAGTCGGTTAGAGCATGTGGCTGTTAACCACAAGGTC
129 CCAAC---T------AGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTC
* * * *
2021812 AGAGGTTTAAGCCCTTCTTCTAGCATTGTTTTAATTTGA
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* * *
2021851 ATTCTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAAACAAAA-TTTC
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * * *
2021915 AATGGCCT-TCTAGCTC--TTGGTAGAA-TTTCAAACTGATAATGCTGGTTGGAGCTTAAAGGTT
66 AATGGCCTAT-TAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * * * *
2021976 CAACTAGTTAGAATAACTCAGTTGGTTAGAGTGTGTGGCTGTTAAACATAAGTTCGGAGGTTCAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
** *
2022041 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTT-AGCTCA
195 GCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * * * * **
2022069 GATTTTCTATTTCTCGTTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAA-AAAAAATT
1 -ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTT
** * * * * * **
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* * * * *
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* ** ** * *
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193 AAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* ** * * * * *
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1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTT
* * * * *
2022356 CAATTGCCTATTCGCTCAATTGGTAATAGTTTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
65 CAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * * * * * *
2022421 CATCTAG-TAGGAATAACTCCAATTGATTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGCAAGGTCCGAGGTTC
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* **
2022485 AAAGCCCTGCTT-TAGCAATGTTTTAACTTT-A
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* * * *
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1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
* * * * * * * *
2022581 AAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGAGTTAAACTGAAAATACTGGTTTGAGCTTAAAGGTCC
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* *
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* *
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2022738 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
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* * * * * *
2022803 AATGGCCTAATAGCTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAAATGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTC
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* * * * * * * * *
2022867 CAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCATGTGGTTGTTAACCACAAGTTCTGAGGTACAA
130 CAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA
* ** *
2022932 GCCCTCCTTCTAGCATTGTTTT-AGCTCA
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* * * *
2022960 GATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATAT-AA-AAAATTAT
1 -ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTT
* * * * * * * * * *
2023023 -AATAGACTATTAACTC-TGTTGGTAAAATTTTCAACCTGATAATACCGGTTGGAGCTTAAAGAT
65 CAATGGCCTATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGT
* * * * * *
2023086 CCAACTAGATAGAATAGCTCAGATGGTTAGAGCATGTGGTTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCA
129 CCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCA
* ** * *
2023151 AGCCCTCCTTCTAGCGATGTTTTAGCTCGG
194 AGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
* * * * *
2023181 ATTGACCATTTCCCATATACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATATAGTTATATAAAGAAAAGTTT
1 ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTT
* * * *
2023245 CAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGCTGGAGCTTGATGGTC
65 CAATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTC
* * * * * * ** **
2023310 CAACGAG-TAGGAATAGGTCCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGTAAGGTCCAAGGTTC
130 CAACTAGCT-GGAATAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTC
2023374 AAAGCCCTCCTTCTAGC
193 -AAGCCCTCCTTCTAGC
2023391 TCGGTTGGTT
Statistics
Matches: 5196, Mismatches: 906, Indels: 238
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
218 8 0.00
219 136 0.03
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Consensus pattern (223 bp):
ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC
AATGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCC
AACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAG
CCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGA
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Alignment explanation
Indices: 2025806--2026323 Score: 747
Period size: 222 Copynumber: 2.3 Consensus size: 221
2025796 CATTTTAAAC
*
2025806 TATACAATTATATAAAGAAAAATTTTAAT-CCTATTAGCTCTGTTGATAAAAGTTTCAAACTGAC
1 TATACAATTATATAAAG-AAAATTTTAATGCCTATTAGCTCAGTTGATAAAAGTTTCAAACTGAC
* * *
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65 AATACTAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGATGCAATAACTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTA
* * *
2025935 TTAACCACAAGGTCGGAATTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTC
130 TTAACCACAAGGACAGAAGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTC
2026000 CCATTTACTTTCAAAATAATACCAATT
195 CCATTTACTTTCAAAATAATACCAATT
* * * *
2026027 TATACAATTATATAAAGAAACTTTTGAATGGCATATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTCTCAAACTGA
1 TATACAATTATATAAAGAAAATTTT-AAT-GCCTATTAGCTCAGTTGATAAAAGTTTCAAACTGA
* * * * *
2026092 CAAAACTAGTTGGAGCTTAAAGGTCTAACTAGCTGGAATAACTGAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-
64 CAATACTAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGATGCAATAACTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCT
* ** *
2026156 ATTAACCACAAGGACAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAA-TTTGAGTTGTCCATT
129 ATTAACCACAAGGACAGAAGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTTGGA-TTGTCCATT
*
2026220 TCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATT
193 TCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATT
*
2026249 TATACAATTATCTAAAGAAAATTTTCAATGCCCTATTAGCTCTA-TTGATAAAAGTTTCAAACTG
1 TATACAATTATATAAAGAAAATTTT-AATG-CCTATTAGCTC-AGTTGATAAAAGTTTCAAACTG
2026313 ACAATACTAGT
63 ACAATACTAGT
2026324 AGCTCAGTTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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223 87 0.33
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (221 bp):
TATACAATTATATAAAGAAAATTTTAATGCCTATTAGCTCAGTTGATAAAAGTTTCAAACTGACA
ATACTAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGATGCAATAACTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTAT
TAACCACAAGGACAGAAGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCC
CATTTACTTTCAAAATAATACCAATT
Found at i:2026465 original size:194 final size:193
Alignment explanation
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Period size: 194 Copynumber: 1.9 Consensus size: 193
2026126 GGAATAACTG
**
2026136 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGACAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTT
1 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGACAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTT
* *
2026201 TTAATTTGAGTTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATCTAAAG
66 TTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAG
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131 AAAATTTTCAATGCCCTATTAGCTCTATTGATAAAAGTTTCAAACTGACAATACTAGTAGCTC
* * **
2026329 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTTTAGCCCTCCTTCTAGCATTGT
1 AGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCACAAGGACAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGT
* *
2026394 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATATAAG
65 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA
* *
2026459 GAAAATTTTCAATGCCCTATTAGCTCTGTTGATAAAAGTTTCAAATTGACAA
130 GAAAATTTTCAATGCCCTATTAGCTCTATTGATAAAAGTTTCAAACTGACAA
2026511 CACTGGTTGG
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 12, Indels: 1
0.93 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
193 20 0.12
194 149 0.88
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AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGACAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTT
TTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAG
AAAATTTTCAATGCCCTATTAGCTCTATTGATAAAAGTTTCAAACTGACAATACTAGTAGCTC
Found at i:2026978 original size:212 final size:212
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2026313 ACAATACTAG
* **
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * *
2026388 CATTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
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* * **
2026453 TATAAGGAAAATTTTCAATGCCCTATTAGCTCTGTTGATAAAAGTTTCAAATTGACAACACTGGT
128 TATAA--AAAA-TTTCAATGCCCTATTAGCTC--TTGGTAAAA-TTTCAAATTGATAATGCTGGT
* *
2026518 TGGAACTTAAAGGTCCAACTAGTTGGAA
187 TGG--CTTAAAGGTTCAACTAGTTAGAA
*
2026546 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * ** *
2026611 CGTTGTTTTAATTTGA--ATCCATTTCCCA-TT--TTTCAAAATATTTCAATTTAT--AATTATG
66 CG-TGTTTTAATCTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATACCAATTTATACAATTATA
* * * *
2026669 TAAAGAAATTTCAATGGCCTATTAGCTCTTGGTAAAATTTCAAACTAATAATGTTGGTTGGAGCT
130 TAAA-AAATTTCAATGCCCTATTAGCTCTTGGTAAAATTTCAAATTGATAATGCTGGTT-G-GCT
2026734 TAAAGG-TCAA--AGTTAGAA
192 TAAAGGTTCAACTAGTTAGAA
* *
2026752 TAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* *
2026816 CGTGTTTTAACTCAGATTGTCCATTTCCTATTTACTTTCAAAATATACCAATTTATACAATTATA
66 CGTGTTTTAA-TCTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATACCAATTTATACAATTATA
* **
2026881 TAAAAAACATTCAATGTTCTA-TAGCTCTTGGTAAAATTTCAAATTGATAATGCTGGTTGGCTTA
130 TAAAAAA-TTTCAATGCCCTATTAGCTCTTGGTAAAATTTCAAATTGATAATGCTGGTTGGCTTA
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194 AAGGTTCAACTAGTTAGAA
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1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* * * * * * * *
2027028 CGTTTTTTAGCTCGGATTGACCGTTT-CCATTTAATTTCAAAATA-ATTCAATTTATTCAATTAT
66 CGTGTTTTA-ATCTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATA-CCAATTTATACAATTAT
* * **
2027091 ATAAAAAATTTTCAATTG-CCTATTAGCTCTTTGT-AAA---C----TGACAATAATGGTTGGAG
129 ATAAAAAA-TTTCAA-TGCCCTATTAGCTCTTGGTAAAATTTCAAATTGATAATGCTGGTT-G-G
* * * *
2027147 CTT--AGG-ACCATTAGCT-GTAA
190 CTTAAAGGTTCAACTAGTTAG-AA
* * * * * *
2027167 TAACTCCAGATGGTTAGAGCGT-TGGCTTTTAACCTCAAGGTC-GAGGTTCAAGTCCT-GTT-TA
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * * *
2027228 GCGTTGTTTTAA-CTGATTATCCATTT-CCATTTACTTTCAAAACAATTCCAATTTAT-CAGTTA
65 GCG-TGTTTTAATCTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAA-TATACCAATTTATACAATTA
* * * * * * *
2027290 TATTAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACATT-GTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTG
128 TA-TAA-AAAA-TTTCAATGCCCTATTAGCTC-TTGGTAAAA-TTTCAAATTGATAATGCTGGT-
* *
2027354 TGAGCTTAAAGGTCCAACTA-CTAGGAA
187 TG-GCTTAAAGGTTCAACTAGTTA-GAA
* *
2027381 TAGCTTAATTGGTTAGAGC
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGC
2027400 TTGGAGCGAT
Statistics
Matches: 722, Mismatches: 84, Indels: 106
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
200 32 0.04
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220 11 0.02
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223 74 0.10
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (212 bp):
TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
CGTGTTTTAATCTGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATACCAATTTATACAATTATAT
AAAAAATTTCAATGCCCTATTAGCTCTTGGTAAAATTTCAAATTGATAATGCTGGTTGGCTTAAA
GGTTCAACTAGTTAGAA
Found at i:2026991 original size:418 final size:429
Alignment explanation
Indices: 2026323--2027399 Score: 1181
Period size: 418 Copynumber: 2.6 Consensus size: 429
2026313 ACAATACTAG
**
2026323 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTTTAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
* ** *
2026388 CATTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTA
66 CAGTGTTTTAATCAGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
**
2026453 TATAAGGAAAATTTTCAATGCCCTATTAGCTCTGTTGATAAAAGTTTCAAATTGACAACACTGGT
131 TATAA-GAAAACATTCAATGCCCTATTAGCTC-GTTGATAAAAGTTTCAAATTGACAACACTGGT
*
2026518 TGGAACTTAAAGGTCCAACTAGTTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACA
194 TGG-ACTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACA
* **
2026583 AGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTA-ATTTGAAT-CCATTTCCCA-TT-TTT
258 AGGTCGGAGGTTCAAG-CCTCCTTCTAGCGTT-TTTTAGATCGGAATACCATTT-CCATTTATTT
* *
2026644 CAAAATATTTCAATTTA-T-AATTATGTAAAGAAA-TTTCAATGGCCTATTAGCTCTTGGTAAAA
320 CAAAATAATTCAATTTATTCAATTATATAAA-AAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTTGGTAAAA
2026706 TTTCAAACTAATAATGTTGGTTGGAGCTTAAAGGTCAAAGTTAGAA
384 TTTCAAACTAATAATGTTGGTTGGAGCTTAAAGGTCAAAGTTAGAA
* * *
2026752 TAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTGTGGCTGTTAACCACAA-GTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
*
2026816 C-GTGTTTTAACTCAG-ATTGTCCATTTCCTATTTACTTTCAAAATA-TACCAATTTATACAATT
66 CAGTGTTTTAA-TCAGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
** * * **
2026878 ATATAA-AAAACATTCAATGTTCTA-TAGCTC-TTGGTAAAA-TTTCAAATTGATAATGCTGGTT
130 ATATAAGAAAACATTCAATGCCCTATTAGCTCGTTGATAAAAGTTTCAAATTGACAACACTGGTT
*
2026939 GG-CTTAAAGGTTCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAG
195 GGACTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAG
* * *
2027003 GTCGGAGGTTCAAGCCTCCTTCTAGCGTTTTTTAGCTCGGATTGACCGTTTCCATTTAATTTCAA
260 GTCGGAGGTTCAAGCCTCCTTCTAGCGTTTTTTAGATCGGAAT-ACCATTTCCATTT-ATTTCAA
* *
2027068 AATAATTCAATTTATTCAATTATATAAAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCTTTGT-AAA---C
323 AATAATTCAATTTATTCAATTATATAAAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTTGGTAAAATTTC
** * * *
2027129 TGAC-AATAA---TGGTTGGAGCTT--AGGACCATTAGCT-GTAA
388 AAACTAATAATGTTGGTTGGAGCTTAAAGG-TCA-AAGTTAG-AA
* * * * * *
2027167 TAACTCCAGATGGTTAGAGCGT-TGGCTTTTAACCTCAAGGTC-GAGGTTCAAGTCCT-GTT-TA
1 TAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * * *
2027228 GC-GTTGTTTTAA-CTG-ATTATCCATTT-CCATTTACTTTCAAAACAATT-CCAATTTAT-CAG
65 GCAG-TGTTTTAATCAGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAA-TATTACCAATTTATACAA
** * * * * * * *
2027287 TTATATTAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACATTG-TAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
128 TTATA-TAAGAAAACATTCAATGCCCTATTAGCTCGTTGATAAAAGTTTCAAATTGACAACACTG
* * *
2027351 G-TGTGAGCTTAAAGGTCCAACTA-CTAGGAATAGCTTAATTGGTTAGAGC
192 GTTG-GA-CTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC
2027400 TTGGAGCGAT
Statistics
Matches: 559, Mismatches: 62, Indels: 66
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
411 22 0.04
412 25 0.04
413 22 0.04
414 25 0.04
415 68 0.12
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418 81 0.14
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427 37 0.07
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429 35 0.06
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (429 bp):
TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
CAGTGTTTTAATCAGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTA
TATAAGAAAACATTCAATGCCCTATTAGCTCGTTGATAAAAGTTTCAAATTGACAACACTGGTTG
GACTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGG
TCGGAGGTTCAAGCCTCCTTCTAGCGTTTTTTAGATCGGAATACCATTTCCATTTATTTCAAAAT
AATTCAATTTATTCAATTATATAAAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTTGGTAAAATTTCAAA
CTAATAATGTTGGTTGGAGCTTAAAGGTCAAAGTTAGAA
Found at i:2027570 original size:171 final size:177
Alignment explanation
Indices: 2027227--2027570 Score: 440
Period size: 177 Copynumber: 2.0 Consensus size: 177
2027217 AGTCCTGTTT
* * *
2027227 AGCGTTGTTTTAACTGATTATCCATTTCCATTTACTTTCAAAACAATTCCAATTTATCAGTTATA
1 AGCGATGTTTTAACTGATTATCCATTTCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATCAATTATA
* *
2027292 TTAAGAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACATTGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTGTGA
66 TTAAGAAAAATTTCAAAGGCCTATTAGCACATTGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGATGTGA
* *
2027357 GCTTAAAGGTCCAACTACTAGGAATAGCTTAATTGGTTAGAGCTTGG
131 GCTTAAAGGTCCAACTACTAGGAATAGCTCAATTGATTAGAGCTTGG
2027404 AGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTTACTTTC-AAA-AATACCAATTTATACAAT
1 AGCGATGTTTTAAC--TGATTATCCATTT-CCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTAT-CAAT
* * * *
2027467 TATA-TAA-AAAAATTTCAAAGGCCTA-TAGCTCTTTGT-AAA-TGTCAAA-TGATAATATTGAT
62 TATATTAAGAAAAATTTCAAAGGCCTATTAGCACATTGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGAT
* * *
2027526 -TGATCTTAAA-GTCCAACTAGTTA-GAATAGCTCAGTTGATTAGAGC
127 GTGAGCTTAAAGGTCCAACTA-CTAGGAATAGCTCAATTGATTAGAGC
2027571 GTGTGGCTTA
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 14, Indels: 16
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 28 0.19
172 11 0.07
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180 12 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (177 bp):
AGCGATGTTTTAACTGATTATCCATTTCCATTTACTTTCAAAACAATACCAATTTATCAATTATA
TTAAGAAAAATTTCAAAGGCCTATTAGCACATTGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGATGTGA
GCTTAAAGGTCCAACTACTAGGAATAGCTCAATTGATTAGAGCTTGG
Found at i:2030049 original size:214 final size:213
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Indices: 2027427--2030078 Score: 1991
Period size: 206 Copynumber: 12.7 Consensus size: 213
2027417 CTTTGATTAT
* **
2027427 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAA-ATACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTCAAAGGCCT
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTCCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTCAATTGCCT
* * * * * * *
2027491 A-TAGCTCTTTGT-AAA-TGTCAAA-TGATAATATTGATT-GATCTTAAAGTCCAACTAGTTAGA
66 ATTAGCTGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAGGTCC-ACTAG-TGGA
*
2027551 ATAGCTCAGTTGATTAGAGCGTGTGGC--TTAACCACAA-GTCGAGGTTCAAGCCCT-C--CTAG
129 ATAGCTCA-TTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG
*
2027610 CATTGTTTTAGCTC-GATT-G
193 CGTTGTTTTAGCTCAGATTGG
* * * *
2027629 TCATTTCTCATTTATTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTT-AATGGCC
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATT-CCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTCAATTGCC
* * * * *
2027693 -A-AACTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATA-TGGTTGGATCTAAAGGTCCAACTAGCT-
65 TATTA-GCTGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAGGTCC-ACTAG-TG
* * * * * *
2027754 GAATAACTTAGTTGATTAGA-CGTATGGCTGTTAACCACAAGGTTCAAAGGTTCAAGCCCTCCTT
127 GAATAGCTCA-TTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGG-TC-GAGGTTCAAGCCCTCCTT
* * *
2027818 CTAGCATTGTTTTAGCTCGGA-TCG
189 CTAGCGTTGTTTTAGCTCAGATTGG
* * * * *
2027842 -AATTTCCCATTTA-TTTCAAAATATTTCAATTTATATAATTATTTAAAGAAACATTTCAA-TGG
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTCCAATTTATACAATTATATAAA-AAA-ATTTCAATTGC
** * *
2027904 CTATTAAATTTTGGTAAAA-TTTCAAACTGATAATACTGGTT--AGCTTAAAGGTCCAACTAGTG
64 CTATTAGCTGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTT-AAGGTCC-ACTAGTG
* *
2027966 GAATAGCTTAGTGGTTAGAGCGTGTGG--ATTAACCACAAGGTCGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
127 GAATAGCTCATTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* *
2028029 GCGTTG-TTTAACT-TGATT--
192 GCGTTGTTTTAGCTCAGATTGG
*
2028047 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATAC-ATTATATAAAGAAATTTCAATTGCC
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATT-CCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTCAATTGCC
* * *
2028111 TA-TAGCTCTTGGTAAAA-TGTCAAA-TGATAATGCTGGTTGGAGCTTAAAGGTTCCA--AGTAG
65 TATTAGCTGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTT-AAGG-TCCACTAGTGG
* ****
2028171 AATAGCTCAGTTGGTTAGAGCAT-TGGGCT-TT-ATTGTAA-GTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
128 AATAGCTCA-TTGGTTAGAGCGTGT-GGCTATTAACCACAAGGTC-GAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* *
2028232 TA--GATGTTTTAGCTCGGATTGTG
190 TAGCGTTGTTTTAGCTCAGATTG-G
* * * *
2028255 -CATTT-CCATTTACTTTCAAAATAATACAATTTATACAATTATAT-AAAAAATTTTAA-TGGCT
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTCCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTCAATTGCCT
* * * * * * * *
2028316 ATTAGCTCTTTGGTAAAATTTTCCAACTGATAATAATGGTCGGAGCTTAAAGGACCAAT-GTTGG
66 ATTAGCT-GTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTT-AAGGTCCACTAG-TGG
* * *
2028380 AATAGCTTAGATGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCAAAAGGTCGGAGGTTCAAG--C-CCTTCT
128 AATAGCTCA-TTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTC-GAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
*
2028441 AGCGTTGTTTTAGCTCGGATT--
191 AGCGTTGTTTTAGCTCAGATTGG
* * * *
2028462 -CATTTCCCATTTA-TTTCAAAATATTCCAATTTATTCAGTTATATTAAGAAAATTTTCAATGGC
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTCCAATTTATACAATTATA-TAA-AAAAATTTCAATTGC
**
2028525 CTAAAAGCTCTGTTGGTAAAA--GTCAAACTGATAATA-TGGTT-GAGCTTAAAGGTCCAACTAG
64 CTATTAG--CTGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTT-AAGGTCC-ACTAG
** * * * *
2028586 TTAGAGCTTTAGC-GATTGATTTAAAG-GTCCAACCACCAGT-GCTGTTAACCACAA-GTCGA-G
125 -T-G-G-AATAGCTCATTG-GTTAGAGCGT----------GTGGCTATTAACCACAAGGTCGAGG
* * *
2028646 TTCAAGCCCT--TTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGT
175 TTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCAGATTGG
**
2028683 TAATTT-CCATTTA-TTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTT-AA-TGAC
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATT-CCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTCAATTG-C
* * *
2028744 CAAATT---TGTTGGTAAAA-TTTCAAACTGATAATA-TGGTTGGATCTTAAAGGTCCACTAGT-
64 C-TATTAGCTGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTT-AAGGTCCACTAGTG
* *
2028803 GAATAGCTCAGATGGTTAGA-CGTGTGGCTATTAACCACAAGTTC-AGGTTCAAGCCCTCCTTCT
127 GAATAGCTCA-TTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
* *
2028866 AGCATTGTTTTAGCTAAGATT--
191 AGCGTTGTTTTAGCTCAGATTGG
** *
2028887 TAATTTCCCATTTAATTTCAAAATATTCCAATTTAT---A-TAT-T-AAAAAATTTCAATTG-CT
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTCCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTCAATTGCCT
** * * * *
2028945 ATTAAATTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTAGAACTTAAAGGTCCAACTAGTTG
66 ATT-AGCTGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTT-AAGGTCC-ACTAG-TG
* * *
2029010 GAATA--ACAATGGTTAGAGCGT-TGGGCT-TTAACCACAAGGTC-TGGTTCAAGCCCTCCTTCT
127 GAATAGCTCATTGGTTAGAGCGTGT-GGCTATTAACCACAAGGTCGAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
* *
2029070 AGCGATGTTTCCAGCTCAGATTGTG
191 AGCGTTGTTT-TAGCTCAGATTG-G
* *
2029095 -CATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTATA-AAGAAAATTTCAATTGCC
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTCCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTCAATTGCC
* * * *
2029158 TATTAGCTCATTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTT--GGTCCAACTAGTAG
65 TATTAGCT-GTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAGGTCC-ACTAGTGG
* * * * **** * * ** *
2029221 AATAGGTTAATTGGTTAGAGCAT-TGAC-ATTAATTGTAAGGTC-AGGTTTAAACCCTTATTTTA
128 AATA-GCTCATTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* *
2029283 --G-TGATTTTAACTCTGAATTGTG
192 GCGTTG-TTTTAGCTCAG-ATTG-G
* * * * * *
2029305 -CATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATAAAATTTTATAAGAAAATTTTAATGGCC
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTCCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTCAATTGCC
* * *
2029369 TATTAG-T-TTGTTAAAAGTG--AAACTGATAATACTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACT-GTTG
65 TATTAGCTGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTT-AAGGTCC-ACTAGTGG
* *
2029429 AATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCA-AAGGTCGAGGTTCAAGCCCTTCTGCTA
128 AATAGCTCA-TTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
*
2029492 --GTTGTTTT---T-A-ATTGA
192 GCGTTGTTTTAGCTCAGATTGG
* * * * *
2029507 CCATTTCTCTTTTA-TTTC-AAATATACCAATTTATATAATTATATAAAAAAA-TTCAA-TGGCT
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTCCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTTCAATTGCCT
* * *
2029568 A--AGCTCTGTTGGTAAAA-TTTCAAACTGATAATA-TGGTT-GAGCCTAAAGGTCCAATAGTGG
66 ATTAG--CTGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAG-CTTAAGGTCCACTAGTGG
* * * * *
2029628 AATAGCTCAGTTGATTAGACCATGTGGCTGTTAACCACAA-GTCGAAAGTTCAAGCCCTCCTTCT
128 AATAGCTCA-TTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCT
* ** *
2029692 AGCATTGTTTTAGCTTGGATTGT
191 AGCGTTGTTTTAGCTCAGATTGG
* * *
2029715 CCATTTCTCATTTAATTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAAAAATTAT-AA-TGA
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATT-CCAATTTATACAATTATATAAAAAAATT-TCAATTGC
* ** *
2029778 CTATAAATTTGTTGGTAAAATTG-CAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCACTAGCT
64 CTAT-TAGCTGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTT-AAGGTCCACTAG-T
* *
2029842 GGAATAGCTTA-TGGTTAGA-CGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGTCCTCCTTC
126 GGAATAGCTCATTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTC-GAGGTTCAAGCCCTCCTTC
*
2029905 TAGCGTTGTTTTAGCTAAGATTGG
190 TAGCGTTGTTTTAGCTCAGATTGG
*
2029929 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTCAATTGC
1 CCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTCCAATTTATACAATTATATAAA-AAAATTTCAATTGC
* *
2029994 CTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACT-ACAATACTGGTT-GAGCTT-AGGTCCATCTAGT
64 CTATTAGCT--GTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAGGTCCA-CTAGT
*
2030056 AGGAATAAC-CAATTGGTTAGAGC
126 -GGAATAGCTC-ATTGGTTAGAGC
2030079 ATTGGGCTTA
Statistics
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0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
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ATTAGCTGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAGGTCCACTAGTGGAAT
AGCTCATTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGT
TGTTTTAGCTCAGATTGG
Found at i:2030975 original size:223 final size:223
Alignment explanation
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Period size: 223 Copynumber: 4.8 Consensus size: 223
2030087 TAGTAAGATT
* * * *
2030097 TAGCGATGTTTTAACTT-GATTATGCATTTCCCATTTACTTTC-AAATAATACCAATTTATACAA
1 TAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
* * * * *
2030160 TTATATAAA-AAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTCAAACTG--AA-AT
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAT
*
2030220 T-GTT-GAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAAC
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAAC
*
2030281 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCT--TTT
195 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* * * *
2030308 TAGTG-T-TTTTAATTTGAATTGTCCATTT-CCATTTA-TTTCAAAATATTACCAATTTATAAAA
1 TAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
*
2030369 TT-TATACAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAG-TCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATT
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATT
* *
2030432 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAACGTGTGGCTATTAACC
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*
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* * ** * * * * * *
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1 TAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAA-TATTACCAATTTATACA
* * * * * *
2030589 ATTATATAAA-AAAA-ATTCAACGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAC
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAT
* * * * * *
2030652 TGGTTGAAGCCTAAAGGTTCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAAC
*
2030717 CACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
195 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
2030746 TAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
1 TAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
* *
2030811 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGCCAAACTGATAATATT
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATT
* * * *
2030876 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTAACC
131 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACC
* * * *
2030941 ACAAGATCAGAGGTTCAAGTCCTCCATA
196 ACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* * * * *
2030969 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGGCCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCAATTTATTCA
1 TAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACA
* * * * ** * * * * *
2031033 GTTATATTAAGAAAATATTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTATCAAACTAACAATAC
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAT
* * * *
2031098 TGGTTGAAGCTTAAAGGTCCATCTA-CTAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAG
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAATAGCT-CAGTTGGTTAGAG
2031149 ATTTAGCGAT
Statistics
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0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
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224 12 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (223 bp):
TAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATT
GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACC
ACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
Found at i:2031662 original size:222 final size:221
Alignment explanation
Indices: 2031178--2033097 Score: 1825
Period size: 222 Copynumber: 8.7 Consensus size: 221
2031168 TTGATTATCC
** * *
2031178 ATTTCCCATTTACTTTCAAACCAATACCAATT-TATACAGTTATATAAA-AAAA--TTCAAAGGC
1 ATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTATATA-A-TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGC
* * * * * *
2031239 CTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATATTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTA
64 CTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTA
* * *
2031303 GCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCT-
128 GCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGTTGA-AGGTTCAAGCCCTC
* * ** * *
2031366 TTTGCTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCA
192 CTT-CTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCA
* *
2031397 ATTTCCCATTTATTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCC
1 ATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAA-TTATATAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCC
* * *
2031462 TAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGT
65 TATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGC
* * * *
2031527 TAGAATAGCTTAGTTGATTAGA-CTGTGTTGCTGTTAACCACAAGTTTGAAGGTTCAAGCCCTCC
130 TAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC-GTGTGGCTATTAACCACAAG-TTGAAGGTTCAAGCCCTCC
* *
2031591 TTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTA
193 TTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCA
* * * * *
2031620 ATTTCTCATTTAATTTCAAAATATTACCAATTATATAATTATATAAA-AAAATTAT-AATAGACT
1 ATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTATATAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCT
** * * *
2031683 ATTAAATTTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCCACTAGCT
66 ATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT
* * *
2031748 GGAATAACTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTG-AGGTTCAAGCCCTCCT
131 AGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAA-GT-TGAAGGTTCAAGCCCTCCT
** *
2031812 TCTAGCGTTGTTTTAGCTAAGATT-TACC
194 TCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGT-CA
* *
2031840 ATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATT-TATACAGTTATATAAAGAAAAGTTTCAATTG
1 ATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTATATA-A-TTATATAAAGAAAATTTTCAATGG
** * * *** *
2031903 CCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGTTGGTCCAACTT
63 CCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTA
* * * * **** * *
2031968 G-TAGGAATAGGTCCAATTGGTTAGAGCAT-TGGGCTTTTAATTGTAAGGTCCG-TGGTTCAAAG
128 GCTA-GAATAGCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGT-GGCTATTAACCACAA-GT-TGAAGGTTC-AAG
* ** *
2032030 CCCTCCTTCTAGCGATGTTTTAAATCTGATTGTGC-
187 CCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGT-CA
* * * *
2032065 ATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATT-TATACAGTTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGT
1 ATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTATATA-A-TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGC
* * * * *
2032129 CTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATTCTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTA
64 CTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTA
* * * * *
2032193 GCTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTATGAC-ATTAACCACAAGGTT-AGAGGTTTAAACCCT
128 GCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAA-GTTGA-AGGTTCAAGCCCT
* * * * ** * *
2032256 TCTTTTAGTGTTATTTTAATTTC-AATTGTCC
191 CCTTCTAGCGTTGTTTT-AGCTCGGATTGTCA
* * * *
2032287 ATTTTCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATAAAATTTTATACAGAAAATTTTCAATGGCC
1 ATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAA-TTATATAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCC
* * *
2032352 TATTAGTTCTGTTGGTAAAATTGTGAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGT
65 TATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGC
* * * *
2032417 TAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAACGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCT
130 TAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGTTGA-AGGTTCAAGCCCTCCT
* * *
2032482 TCTAGCGTTGTTTTAGCTCAGATTGACT
194 TCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCA
* * * * * *
2032510 ATTTCTCTTTTACTTT-AAAACTAATATCAATTTATATAATTATATAAA-AAAA--ATCAATGGG
1 ATTTCCCATTTACTTTCAAAA-TATTACCAA-TTATATAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGC
* * * * * *
2032571 CTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCCTAAAGGTTCAATTAG
64 CTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAG
* *
2032636 CTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGT-GCTGTTAACCACAAG--G-AGGTTCAAGCCCTCCT
129 CTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGTTGAAGGTTCAAGCCCTCCT
* *
2032697 TCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCA
194 TCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGT-CA
* *
2032726 TTTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATAT-AA-AAAA-TTTCAATGGCC
1 ATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAA-TTATATAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCC
** * *
2032788 TA--AGCTCTGTTGGTAAAATTACCAAACTGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGT
65 TATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGC
* * * * * * *
2032851 TAGAATAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTAACCACAAGATCGGAGGTTCAAGTCCTTCT
130 TAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAG-TTGAAGGTTCAAGCCCTCCT
* *
2032916 TCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGGCC
194 TCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCA
* * * *
2032944 ATTTCCCA-TTAATTTCAAAATAATT-CCAATT-TATTCAGTTATAT-AAGAAAATAGTTCAATT
1 ATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTATA-T-AATTATATAAAGAAAAT-TTTCAATG
** * * * * * * *
2033005 GCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTATCAAACTAACAATACTAGTTGAAGCTTAAAGGTCCATCT
62 GCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACT
* *
2033070 A-CTAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGC
127 AGCTA-GAATAGCT-CAGTTGGTTAGAGC
2033098 TTTAGCGATG
Statistics
Matches: 1406, Mismatches: 238, Indels: 110
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
214 76 0.05
215 60 0.04
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218 16 0.01
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220 269 0.19
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226 4 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (221 bp):
ATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTATATAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCT
ATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT
AGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGTTGAAGGTTCAAGCCCTCCTTC
TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCA
Found at i:2033241 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 2032942--2033276 Score: 437
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
2032932 CTCGGATTGG
* * * **
2032942 CCATTTCCCATTAATTTCAAAATAATTCCAATTTATTCAGTTATATAAGAAAATAGTTCAATTGC
1 CCATTTCCCATTAATTTCAAAACAATACCAATTTATACAGTTATATAAGAAAATAGTTCAAAGGC
* *
2033007 CTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTATCAAACTAACAATACTAGTTGAAGCTTAAAGGTCCATCTA-
66 CTATTAGCACAATTGGTAAAAGTATCAAACTAACAATACTAGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAG
2033071 CTAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCTTTAGCGATGTTTTAACTTTTATTAT
131 CTA-GAATAACT-CAATTGGTTAGAGCTTTAGCGATGTTTTAACTTTTATTAT
* *
2033124 CCATTTCCCATTTACTTTCAAACCAATACCAATTTATACAGTTATATAA-AAAA-A-TTCAAAGG
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* * * * * * *
2033186 CCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGAGAATATTGGTTTGAA-CTTAAAGGTCCAACT
65 CCTATTAGCACAATTGGTAAAAGTATCAAACTAACAATACTAG-TTGAAGCTTAAAGGTCCAACT
* *
2033250 AGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC
129 AGCTAGAATAACTCAATTGGTTAGAGC
2033277 CTTGCATTAC
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 18, Indels: 9
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 13 0.10
180 63 0.48
181 9 0.07
182 14 0.11
183 33 0.25
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (181 bp):
CCATTTCCCATTAATTTCAAAACAATACCAATTTATACAGTTATATAAGAAAATAGTTCAAAGGC
CTATTAGCACAATTGGTAAAAGTATCAAACTAACAATACTAGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAG
CTAGAATAACTCAATTGGTTAGAGCTTTAGCGATGTTTTAACTTTTATTAT
Found at i:2033677 original size:223 final size:217
Alignment explanation
Indices: 2033124--2033715 Score: 628
Period size: 215 Copynumber: 2.7 Consensus size: 217
2033114 CTTTTATTAT
* ** * *
2033124 CCATTTCCCATTTACTTTCAAACCAATACCAATTTATACAGTTATA-TAA-AAAA-ATTCAAAGG
1 CCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATTCCAATTTAT-CAGTTATATTAAGAAAATATTCAATGG
* * * *
2033186 CCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGAGAATATTGGTTTGAA-CTTAAAGGTCCAACT
65 CCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATATTGG-TTGAAGCTTAAAGGTCCAACT
*
2033250 AGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCCTTGCATTACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTG
129 AGCTAGAATAGCTCAGTTGATTAGAGCCTTGCATTACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTG
* * * *
2033315 CTAGTGTGTTTTAATTTGAATTGT
194 CTAGCGTGTTTTAACTCGAATTGG
* * * * * *
2033339 CAATTT-CCATTTATTTTCAAAAT-ATTACCAAGTTA-CAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGG
1 CCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCAATTTATCAGTTATATTAAGAAAATATTCAATGG
* ** * * *
2033401 CCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTA
65 CCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATATTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTA
* * * *
2033466 GTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGA-CCGTGTGGCTATTAACCACAAGTTCGGAGGTTCAAGCCC-
130 GCTAGAATAGCTCAGTTGATTAGAGCC-T-T-GC-ATT-ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCT
* * *
2033529 TCTTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGG
190 TC-TGCTAGCG-TGTTTTAACTCGAATTGG
*
2033559 CCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATTCCAATTTATTCAGTTATATTAAGAAAATATTCAATTG
1 CCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATTCCAATTTA-TCAGTTATATTAAGAAAATATTCAATGG
* * * *
2033624 CCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTATCAAACTAACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCATCTA
65 CCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATATTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTA
* * *
2033689 -CTAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGC
130 GCTA-GAATAGCT-CAGTTGATTAGAGC
2033716 TTTAGCGATG
Statistics
Matches: 306, Mismatches: 52, Indels: 28
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
212 7 0.02
213 4 0.01
214 31 0.10
215 86 0.28
216 1 0.00
217 2 0.01
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221 23 0.08
222 5 0.02
223 85 0.28
224 9 0.03
225 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (217 bp):
CCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATTCCAATTTATCAGTTATATTAAGAAAATATTCAATGGC
CTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATATTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAG
CTAGAATAGCTCAGTTGATTAGAGCCTTGCATTACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTGCT
AGCGTGTTTTAACTCGAATTGG
Found at i:2034213 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 2033718--2035675 Score: 2067
Period size: 223 Copynumber: 8.8 Consensus size: 223
2033708 GTTAGAGCTT
* ** * ** * *
2033718 TAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAACCAATACCAATTTATACAG
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
* * * * * * *
2033783 TTATATAAA-AAAA-ATTCAAAGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATAT
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAC
* *
2033845 TGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAAC
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAAC
* *
2033909 CACAAGGTC-AGAGGTTCAAGCCCTTCTGC
195 CACAAGGTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTC
* * * * * *
2033938 TAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCAATTTCCCATTTATTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
* ** *
2034003 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACCAATAATATT
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACT
* * * * * *
2034068 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTTGCTGTTAACC
131 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACC
*
2034133 ACAAGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTC
196 ACAAGGTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* * ** ** * *
2034161 TAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTAATTTATCATTTAATTTCAAAATATTACCAATTTATATAA
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
* * * ** * *
2034226 TTATATAAA-AAAATTAT-AATAGACTATTAAATTTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACT
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACT
* * * * *
2034289 GGTTGAAGCTTAAAGGTCCCACTAGCTGGAATAACTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACC
131 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACC
2034354 ACAAGGTCTG-AGGTTCAAGCCCTCCTTC
196 ACAAGGTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* **
2034382 TAGCGTTGTTTTAGCTAAGATT-TACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATAC
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGT-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATAC
* * * ** * *
2034445 AGTTATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATA
64 AATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATA
* * * * *
2034510 CTGGTTGGAGCTTGATGGTCCAACTAG-TAGGAATATG-TCCAATTGGTTAGAGCAT-TGGGCTT
129 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAATA-GCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGT-GGCTA
**** *
2034572 TTAATTGTAAGGTCCG-TGGTTCAAAGCCCTCCTTC
190 TTAACCACAAGGT-CGAAGGTTC-AAGCCCTCCTTC
* * * * * *
2034607 TAGCGATGTTTTAAATCTGATTGTGCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAG
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
* * * * * * * *
2034672 TTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGTCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATTC
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAC
* * * *
2034736 TAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTATGAC-ATTAAC
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAAC
* * * * * *
2034800 CATAACGTC-AGAGGTTTAAACCCTTCTTT
195 CACAAGGTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTC
* ** * * * * *
2034829 TAGTGTAATTTTAATTTGAATTGTCCATTTTCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATAAAA
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
* * * *
2034894 TTTTATACAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGTTCTGTTGGTAAAATTGTGAAACTGATAATACT
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACT
* *
2034959 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAACGTGTGGC-AGTTAAC
131 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTA-TTAAC
2035023 CACAAGGTC-AGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
195 CACAAGGTCGA-AGGTTCAAGCCCTCCTTC
* * * * * * * * * *
2035052 TAGCGTTGGTTTAGCTCAGATTGACTATTTCTCTTTTACTTT-AAAACTAATATCAATTTATATA
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAA-TATTACCAATTTATACA
* * * *
2035116 ATTATATAAA-AAAA--ATCAATGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATAC
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAC
* * * * * *
2035178 TGGTTGAAGCCTAAAGGTTCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAAC
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAAC
*
2035243 CACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
195 CACAAGGTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTC
*
2035272 TAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
* ** *
2035337 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTACCAAACTGATAATATT
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACT
* * * *
2035402 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTAACC
131 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACC
* * * *
2035467 ACAAGATCGGAGGTTCAAGTCCTTCTTC
196 ACAAGGTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* * * *
2035495 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGGCCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCAATTTATTCA
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACA
* * * * ** * * * *
2035559 GTTATATTAAGAAAATATTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTATCAAACTAACAATAC
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAC
* * * * *
2035624 TAGTTGAAGCTTAAAGGTCCATCTA-CTAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGC
130 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAATAGCT-CAGTTGGTTAGAGC
2035676 TTTAGCGATG
Statistics
Matches: 1438, Mismatches: 264, Indels: 68
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
220 246 0.17
221 187 0.13
222 282 0.20
223 506 0.35
224 64 0.04
225 150 0.10
226 3 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (223 bp):
TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACT
GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACC
ACAAGGTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTC
Found at i:2035356 original size:443 final size:441
Alignment explanation
Indices: 2033744--2035675 Score: 2247
Period size: 443 Copynumber: 4.3 Consensus size: 441
2033734 TTGATTATCC
** * *
2033744 ATTTCCCATTTACTTTCAAACCAATACCAATTTATACAGTTATATAAAAAAAATTCAAAGGCCTA
1 ATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATATAGTTATATAAAAAAAA-TCAATGGCCTA
* * *
2033809 TTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATATTGGTTTG-AGCTTAAAGGTCCAACTAGCT
65 TTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGG-TTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT
* *
2033873 GGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTGC
129 GGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* * * *
2033938 TAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCAATTTCCCATTTATTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
194 TAGCGTTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
** *
2034003 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACCAATAATATT
259 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACT
* * *
2034068 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTTGCTGTTAACC
324 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCAGTTAACC
* * *
2034133 ACAAGTTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATT-GTT
389 ACAAGGTCG-AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGGCT
** * * * * *
2034186 AATTTATCATTTAATTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATATAAAAAAATTAT-AATAGAC
1 -ATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATATAGTTATATAAAAAAA--ATCAATGGCC
** * * * * *
2034250 TATTAAAT-TTGTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCCACTAG
63 TATTAGCTCAT-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAG
* * *
2034314 CTGGAATAACTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCC
127 CTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCC
* *
2034379 TTCTAGCGTTGTTTTAGC-TAAGATT-TACCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTT
191 TTCTAGCGTTGTTTTAACTTGA-ATTGT-CCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTT
* * * * ** * *
2034441 ATACAGTTATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGAC
253 ATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGAT
* * * * * *
2034506 AATACTGGTTGGAGCTTGATGGTCCAACTAG-TAGGAATATG-TCCAATTGGTTAGAGCAT-TGG
318 AATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA-GAATA-GCT-CAGTTGATTAGACCGTGT-G
** **** * * ** *
2034568 GCTTTTAATTGTAAGGTCCGTGGTTCAAAGCCCTCCTTCTAGCGATGTTTTAAATCTGATTGTGC
379 GCAGTTAACCACAAGGT-CGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTG-GC
2034633 -
441 T
* * * * *
2034633 ATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGTC
1 ATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATATAGTTATATAAA-AAAA--ATCAATGGCC
* * * * *
2034698 TATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATTCTAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGC
63 TATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAGC
* * * * * * * * *
2034763 TAGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTATGACATTAACCATAACGTCAGAGGTTTAAACCCTTCTT
128 TGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTT
* * ** * * *
2034828 TTAGTGTAATTTTAATTTGAATTGTCCATTTTCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATAAA
193 CTAGCGTTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACA
* * * * *
2034893 ATTTTATACAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGTTCTGTTGGTAAAATTGTGAAACTGATAATAC
258 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAC
* *
2034958 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAACGTGTGGCAGTTAAC
323 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCAGTTAAC
* * *
2035023 CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGGTTTAGCTCAGATTGACT
388 CACAAGGTC-GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGGCT
* * * * *
2035078 ATTTCTCTTTTACTTT-AAAACTAATATCAATTTATATAATTATATAAAAAAAATCAATGGGCTA
1 ATTTCCCATTTACTTTCAAAA-TAATACCAATTTATATAGTTATATAAAAAAAATCAATGGCCTA
* * * * * * *
2035142 TTAGCTCTTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATACTGGTTGAAGCCTAAAGGTTCAATTAGCTG
65 TTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTG
* *
2035207 GAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
130 GAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
*
2035272 TAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
194 TAGCGTTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAA
** *
2035337 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTACCAAACTGATAATATT
259 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACT
*
2035402 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTGGCTA-TTAAC
324 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGC-AGTTAAC
* * * *
2035466 CACAAGATCGGAGGTTCAAGTCCTTCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGGCC
388 CACAAGGTC-GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGGCT
* * * *
2035521 ATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATTCCAATTTAT-TCAGTTATATTAAGAAAATATTCAATTGC
1 ATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATAT-AGTTATA-TAA-AAAA-AATCAATGGC
* * * * *
2035585 CTATTAGCTCAATTGGTAAAAGTATCAAACTAACAATACTAGTTGAAGCTTAAAGGTCCATCTA-
62 CTATTAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAG
* *
2035649 CTAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGC
127 CT-GGAATAGCT-CAGTTGGTTAGAGC
2035676 TTTAGCGATG
Statistics
Matches: 1235, Mismatches: 217, Indels: 70
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
442 91 0.07
443 410 0.33
444 184 0.15
445 107 0.09
446 176 0.14
447 180 0.15
448 86 0.07
449 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (441 bp):
ATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATATAGTTATATAAAAAAAATCAATGGCCTAT
TAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGG
AATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
GCGTTGTTTTAACTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
ATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGG
TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCAGTTAACCAC
AAGGTCGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGGCT
Found at i:2036155 original size:223 final size:222
Alignment explanation
Indices: 2035756--2036257 Score: 607
Period size: 223 Copynumber: 2.3 Consensus size: 222
2035746 GAATAGCTAG
* * *
2035756 AATATTGGTTTGAACTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCCTGTGGCAT
1 AATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGATTAGAGCCTGTGGCAT
* * * *
2035821 TAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTGCTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCAATTTCC
66 TAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTGCTAGCGTTGTTTTAACTCGAATTGGCAATTTCC
* *
2035886 CATTTATTTTCAAAATATTACCAAGTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAG
131 CATTTAATTTCAAAATATTACCAAGTTATACAATTATATAAAGAAAATATTCAATGGCCTAATAG
** * * * *
2035951 CTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGAT
196 CTCAATTGGTAAAAGTATCAAACTAAC
* *
2035978 AATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGA-CCGTGTGGCT
1 AATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGATTAGAGCC-TGTGGC-
* * * * * *
2036042 ATTAACCACAAGTTCGGAGGTTCAAGCCC-TCTTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGGCCATT
64 ATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTC-TGCTAGCGTTGTTTTAACTCGAATTGGCAATT
* * * * *
2036106 TCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCAATTTATTCAGTTATATTAAGAAAATATTCAATTGCCTA
128 TCCCATTTAATTTCAAAAT-ATTACCAAGTTATACAATTATATAAAGAAAATATTCAATGGCCTA
*
2036170 TTAGCTCAATTGGTAAAAGTATCAAACTAAC
192 ATAGCTCAATTGGTAAAAGTATCAAACTAAC
* * * * * *
2036201 AATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCATCTA-CTAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGC
1 AATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAATAGCT-CAGTTGATTAGAGC
2036258 TTTAGCGATG
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 37, Indels: 11
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
221 2 0.01
222 59 0.25
223 162 0.69
224 12 0.05
225 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (222 bp):
AATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGATTAGAGCCTGTGGCAT
TAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTGCTAGCGTTGTTTTAACTCGAATTGGCAATTTCC
CATTTAATTTCAAAATATTACCAAGTTATACAATTATATAAAGAAAATATTCAATGGCCTAATAG
CTCAATTGGTAAAAGTATCAAACTAAC
Found at i:2038087 original size:224 final size:224
Alignment explanation
Indices: 2036260--2038209 Score: 1927
Period size: 219 Copynumber: 8.8 Consensus size: 224
2036250 GTTAGAGCTT
* ** ** ** * *
2036260 TAGCGATGTTTTAACTTTGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAACCAATACCAATTTATACAG
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGGCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAA
* * * * * *
2036325 TTATATAAA-AAAA-ATTCAAAGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAA-GTGTCAAACTGACAATA
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTTGTCAAACTGATAATA
* * *
2036386 TTGGTTTGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC-ATTAA
130 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAA
** * *
2036450 CCACAAGGTCAGAGGTTCGTGCCCTTCTGC
195 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* * * * * *
2036480 TAGTGTTGTTTTAATTTGAATT-GTCATTTCCCATTTATTTTC-AAA-AATTACCAATTTATACA
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGGCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACA
* **
2036542 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGT-AAA-TTGTCAAACCAATAATA
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTTGTCAAACTGATAATA
* * * * *
2036605 TTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCT-AGTTGATTAGACCGT-T-GCT-GTAA
130 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAA
*
2036666 CCACAAGTTC-GAAGGTTCAAGCCCTCCTCCTTC
195 CCACAAGGTCAG-AGGTTCAAG--C-CCTCCTTC
* * *** ** *
2036699 TAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTAATTTATCA-TTAATTTCAAAAT-ATTACCAATTTAT--A
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGGCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACA
* * * ** *
2036760 A-TATATAAA-AAAATTAT-AATAGACTATTAAATTTGTTGGTAAAATTT-TCAAACTGATAATA
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTTGTCAAACTGATAATA
* * * * *
2036821 CTGGTTGAAGCTTAAAGGTCCCACTAGCTGGAATAACTCAGATGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAA
130 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAA
* *
2036886 CCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTA
195 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* ** *** *
2036916 TAGCGTTGTTTTAGCTAAGATTTAACATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAG
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGGCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAA
* * ** * *
2036981 TTATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAA-GTGTCAAACTGACAATAC
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTTGTCAAACTGATAATAC
* * * * *
2037045 TGGTTGGAGCTTGATGGTCCAACTAG-TAGGAATATG-TACAATTGGTTAGAGCAT-TGGGCTTT
131 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAATA-GCT-CAGTTGGTTAGAGCGTGT-GGCTAT
** * *
2037107 TAACCGTAAGGTCCGTGGTTCAAAGCCCTCCTTC
192 TAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTC
* * * *
2037141 TAGCGATGTTTTAACTCTGATTGTG-CATTTCCCATTTACTTTCAAAATTATACCAATTTATACA
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTG-GCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACA
* * * * * * *
2037205 GTTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAA-GTGTCAAACTGACAAT
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTTGTCAAACTGATAAT
* * * * *
2037268 TCTAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTATGAC-ATTA
129 ACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTA
* * * * * *
2037332 ACCATAACGTCAGAGGTTTAAACCCTTCTTT
194 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* ** * * * * * *
2037363 TAGTGTAATTTTAATTTGAATTGTCCATTTTCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATAAA
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGGCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACA
* * * *
2037427 ATTTTATACAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGTTCTGTTGGTAAAA-TTGTGAAACTGATAATA
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTTGTCAAACTGATAATA
* **
2037491 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAATGTGTGGC-AGTTA
130 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTA-TTA
2037555 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
194 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* * * * * * *
2037586 TAGCGTTGTTTTAGCTCAGATTGACTATTTCTCTTTTACTTT-AAAACTAATAT-CAATTTATAT
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGGCCATTTCCCATTTACTTTCAAAA-TAAT-TCCAATTTATAC
* *
2037649 AATTATATAAA-AAAA---TCAATGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTT-TCAAACTGATAAT
64 AATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTTGTCAAACTGATAAT
* * * * * *
2037709 ACTGGTTGAAGCCTAAAGGTTCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTA
129 ACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTA
*
2037774 ACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
194 ACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* *
2037805 TAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACA
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGGCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACA
* *
2037869 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTTGCCAAACTGATAATA
65 ATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTTGTCAAACTGATAATA
* * * * *
2037934 TTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTGGCTATTAA
130 CTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAA
* * * *
2037999 CCACAAGATCGGAGGTTCAAGTCCTTCTTC
195 CCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
* * * *
2038029 TAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGGCCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATTCCAATTTATTCAG
1 TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGGCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAA
* * * ** * * * *
2038094 TTATATTAAGAAAATATTCAATTGCCTATTAGCTCAATTGGTAAAA-GTATCAAACTAACAATAC
66 TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTTGTCAAACTGATAATAC
* * * *
2038158 TGGTTGAAGCTTAAAGGTCCATCTA-CTAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGC
131 TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTA-GAATAGCT-CAGTTGGTTAGAGC
2038210 TTTAGCGATG
Statistics
Matches: 1422, Mismatches: 251, Indels: 110
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
215 18 0.01
216 75 0.05
217 59 0.04
218 64 0.05
219 287 0.20
220 92 0.06
221 12 0.01
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226 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (224 bp):
TAGCGTTGTTTTAACTCGGATTGGCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAA
TTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTTGTCAAACTGATAATAC
TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTATTAAC
CACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
Found at i:2039190 original size:190 final size:181
Alignment explanation
Indices: 2038853--2039226 Score: 610
Period size: 190 Copynumber: 2.0 Consensus size: 181
2038843 CTTTCAAAAT
2038853 ATACCAATTTATACAGTTATATAAGAAAATTTAAAAGGCCTATTAGCATTTGTTTAAAAGTGTCA
1 ATACCAATTTATACAGTTATATAAGAAAATTTAAAAGGCCTATTAGCATTTGTTTAAAAGTGTCA
2038918 AACTGAAATCTAGTTGGAGCTTAAGGTCCAACTAGCTAGAGCTTAGTTGGTTAAGAGCGTGACAT
66 AACTGAAATCTAGTTGGAGCTTAAGGTCCAACTAGCTAGAGCTTAGTTGGTTAAGAGCGTGACAT
2038983 TAACCATAACGTCAGAGGTTTAAACCCTTCTTTTAGTGT-TTTTAATTTGA
131 TAACCATAACGTCAGAGGTTTAAACCCTTCTTTTAGTGTATTTTAATTTGA
2039033 ATACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACATTTG-TTAAAAGT
1 ATACCAATTTATACAGTTATAT-AAGAAAA-TTTAAAAGGCCTATTAG--CATTTGTTTAAAAGT
2039097 GTCAAACTGACAATTCTAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTAGTTGGTT-AG
62 GTCAAACTGA-AA-TCTAGTTGGAGCTT-AAGGTCCAACTAGCTAG---AGCTTAGTTGGTTAAG
2039161 AGCGTATGACATTAACCATAACGTCAGAGGTTTAAACCCTTCTTTTAGTGTAATTTTAATTTGA
121 AGCG--TGACATTAACCATAACGTCAGAGGTTTAAACCCTTCTTTTAGTGT-ATTTTAATTTGA
2039225 AT
1 AT
2039227 TGTCCATTTT
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 0, Indels: 16
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
180 22 0.12
181 7 0.04
182 17 0.09
183 18 0.10
184 8 0.04
185 14 0.08
186 17 0.09
188 6 0.03
189 13 0.07
190 45 0.25
192 13 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (181 bp):
ATACCAATTTATACAGTTATATAAGAAAATTTAAAAGGCCTATTAGCATTTGTTTAAAAGTGTCA
AACTGAAATCTAGTTGGAGCTTAAGGTCCAACTAGCTAGAGCTTAGTTGGTTAAGAGCGTGACAT
TAACCATAACGTCAGAGGTTTAAACCCTTCTTTTAGTGTATTTTAATTTGA
Found at i:2039586 original size:221 final size:221
Alignment explanation
Indices: 2039034--2039946 Score: 1025
Period size: 221 Copynumber: 4.1 Consensus size: 221
2039024 TTAATTTGAA
* * * * * * *
2039034 TACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTG
1 TACCAATTTATATAATTATATAAA-AAAA-TTTCAATGGCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTG
* * * * * *
2039098 TCAAACTGACAATTCTAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGAG
63 TCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAA
* * * * ** * * * * * ** ** * *
2039163 CGTATGACA-TTAACCATAACGTCAGAGGTTTAAACCCTTCTTTTAGTGTAATTTTAATTTGAAT
128 CGTGTGGCAGTTAACCACAAGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGAT
2039227 TGTCCATTT-TCCA-TTACTTTCAAAATAT
193 TGTCCATTTCT-CATTTACTTTCAAAATAT
* *
2039255 TACCAA-TT-TATAATTTTATACAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAG-T-TGTTGGTAAAATTGT
1 TACCAATTTATATAATTATATA-A-AAAAATTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGT
* *
2039316 GAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAAT
64 CAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAAC
** *
2039381 GTGTGGCAGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCAGATT
129 GTGTGGCAGTTAACCACAAGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATT
* * * *
2039446 GACCATTTCTCTTTTACTTTAAAAATAA
194 GTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAT
* * * * * *
2039474 TATCAATTTATATAATTATATAAAAAAAATTCAATGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAATATTTTCA
1 TACCAATTTATATAATTATATAAAAAAATTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCA
** * * * * * *
2039539 AACTGATAATACTGGTTTAAGCCTAAAGGTTCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGT
66 AACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAACGT
* * *
2039604 GTGG-ATGTTAACCACAAAGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTG
131 GTGGCA-GTTAACCACAAGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTG
*
2039668 TCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
195 TCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAT
* * *
2039695 TACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGC
1 TACCAATTTATATAATTATATAAA-AAAA-TTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGT
* * * *
2039760 CAAACTGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGACC
64 CAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAAC
* * * * *
2039825 GTGTGGCTGTTAACCATATGTTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATT
129 GTGTGGCAGTTAACCACAAGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATT
*
2039890 GTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAT
194 GTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAT
*
2039918 TACCAATTTATATAATTATATAAACAAAT
1 TACCAATTTATATAATTATATAAAAAAAT
2039947 ACTGGTTGGA
Statistics
Matches: 580, Mismatches: 98, Indels: 28
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
216 1 0.00
217 74 0.13
218 50 0.09
219 62 0.11
220 11 0.02
221 188 0.32
222 7 0.01
223 187 0.32
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (221 bp):
TACCAATTTATATAATTATATAAAAAAATTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGTCA
AACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAACGT
GTGGCAGTTAACCACAAGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGT
CCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAT
Found at i:2039840 original size:444 final size:438
Alignment explanation
Indices: 2039032--2039941 Score: 1181
Period size: 444 Copynumber: 2.1 Consensus size: 438
2039022 TTTTAATTTG
* * * * * * * * * * *
2039032 AATACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGT
1 AATACCAATTTATATAATTATATAAA-AAAA-ATTCAATGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAATATT
* * * * ** * *
2039097 GTCAAACTGACAATTCTAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGA
64 TTCAAACTGATAATACTGGTTTAAGCCTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGA
* * * * * * *
2039162 GCGTATGACATTAACCATAACGTCAGAGGTTTAAACCCTTCTTTTAGTGTAATTTTAATTTGAAT
129 GCGTATGACATTAACCACAAAGTCAGAGGTTCAAACCCTCCTTCTAGCGTAATTTTAACTTGAAT
* * *
2039227 TGTCCATTTTCCATTACTTTCAAAATATTACCAATTTATAATTTTATACAGAAAATTTTCAATGG
194 TGTCCATTTCCCATTACTTTCAAAATATTACCAATTTATAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGG
* **
2039292 CCTATTAGTTGTTGGTAAAATTGTGAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGT
259 CCTAATAGTTGTTGGTAAAATTGCCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGT
* *
2039357 TAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAATGTGTGGCAGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCT
324 TAGAATAGCTCAGTTGATTAGAACGTGTGGCAGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCT
* *
2039422 TCTAGCGTTGTTTTAGCTCAGATTGACCATTTCTCTTTTACTTTAAAAAT
389 TCTAGCATTGTTTTAGCTCAGATTGACCATTTCTCATTTACTTTAAAAAT
*
2039472 AATATCAATTTATATAATTATATAAAAAAAATTCAATGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAATATTTT
1 AATACCAATTTATATAATTATATAAAAAAAATTCAATGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAATATTTT
* * *
2039537 CAAACTGATAATACTGGTTTAAGCCTAAAGGTTCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC
66 CAAACTGATAATACTGGTTTAAGCCTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC
* ** ** * ** *
2039602 GTGTGGATGTTAACCACAAAGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATT
131 GTAT-GACATTAACCACAAAGTCAGAGGTTCAAACCCTCCTTCTAGCGTAATTTTAACTTGAATT
2039667 GTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAAT
195 GTCCATTTCCCA-TTACTTTCAAAATATTACCAATTTAT--AATTATATAAAGAAAATTTTCAAT
*
2039732 GGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGCCAAACTGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAAC
257 GGCCTAATAG-T-TGTTGGTAAAATTGCCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAAC
* * * * * * **
2039797 TAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCATATGTTTGGAGGTTCAAGCCC
320 TAGTTAGAATAGCTCAGTTGATTAGAACGTGTGGCAGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCC
* ** *
2039862 TCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATTGTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAAT
385 TCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCAGATTGACCATTTCTCATTTACTTTAAAAAT
*
2039916 ATTACCAATTTATATAATTATATAAA
1 AATACCAATTTATATAATTATATAAA
2039942 CAAATACTGG
Statistics
Matches: 400, Mismatches: 64, Indels: 8
0.85 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
438 83 0.21
439 60 0.15
440 49 0.12
442 31 0.08
443 1 0.00
444 176 0.44
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (438 bp):
AATACCAATTTATATAATTATATAAAAAAAATTCAATGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAATATTTT
CAAACTGATAATACTGGTTTAAGCCTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC
GTATGACATTAACCACAAAGTCAGAGGTTCAAACCCTCCTTCTAGCGTAATTTTAACTTGAATTG
TCCATTTCCCATTACTTTCAAAATATTACCAATTTATAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCC
TAATAGTTGTTGGTAAAATTGCCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTA
GAATAGCTCAGTTGATTAGAACGTGTGGCAGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTC
TAGCATTGTTTTAGCTCAGATTGACCATTTCTCATTTACTTTAAAAAT
Found at i:2039852 original size:223 final size:222
Alignment explanation
Indices: 2039034--2039941 Score: 1060
Period size: 223 Copynumber: 4.1 Consensus size: 222
2039024 TTAATTTGAA
* * * * * *
2039034 TACCAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACAT-TTGTTAAAAGTG
1 TACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC-TGTTGGTAAAATTG
* * * *
2039098 TCAAACTGACAATTCTAGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGAG
65 TCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAG
* * * * * * * * ** * * *
2039163 CGTATGAC-ATTAACCATAACGTCAGAGGTTTAAACCCTTCTTTTAGTGTAATTTTAATTTGAAT
130 CGTGTGGCTGTTAACCATAA-GTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTCGGAT
*
2039227 TGTCCATTTTCCA-TTACTTTCAAAATAT
194 TGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
* *
2039255 TACCAATTTAT--AATTTTATACAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAG-T-TGTTGGTAAAATTGT
1 TACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGT
* * **
2039316 GAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAAT
66 CAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC
* * * *
2039381 GTGTGGCAGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCAGATT
131 GTGTGGCTGTTAACCATAA-GTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTCGGATT
* * * * *
2039446 GACCATTTCTCTTTTACTTTAAAAATAA
195 GTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
* * * * * * *
2039474 TATCAATTTATATAATTATATAAA-AAAA-ATTCAATGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAATATTTT
1 TACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGT
** * * * *
2039537 CAAACTGATAATACTGGTTTAAGCCTAAAGGTTCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC
66 CAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC
* * ** *
2039602 GTGTGGATGTTAACCACAAAGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATT
131 GTGTGGCTGTTAACCA-TAAGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTCGGATT
2039667 GTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
195 GTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
* *
2039695 TACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAATAGCTCTGTTGGTAAAATTGC
1 TACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAATTGT
* * * * *
2039760 CAAACTGATAATATTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTTAGTTGATTAGACC
66 CAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGC
* ** * *
2039825 GTGTGGCTGTTAACCATATGTTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCATTGTTTTAGCTCGGATT
131 GTGTGGCTGTTAACCATAAG-TCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTCGGATT
* *
2039890 GTTCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAT
195 GTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAT
*
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* * *
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* * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * *
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* *
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* *** * * *
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* *
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* *
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** * * * *
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* *** * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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*
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* *
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* * * *
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* * * * * ** * * **
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * *
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* * *
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* * * ** *
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* ** * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * **
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** *
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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*
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* * *
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* * ** * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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130 CCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATT
* *
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* * * * *
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* * * *
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* *
2043165 CCATTTACTTTTAAAATATTACCAATTTATACAATTATGTAAAGAAACA-TTTCAATGGCCTATT
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*
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* * ** *
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* * *
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* * * * *
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Found at i:2041858 original size:891 final size:887
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*
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* *
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* * * *
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* **
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* * * *
2040205 CTAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGTAAGATCCGAGGTTCAAAGGCCTCCTTCTAGCGA
259 CCAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGTAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCT-CTTCGAGCGA
* * *
2040270 TGTTTTAACTCTGATTGTGCATTTCCCATTTACTTTTAAAATAATACCAATTTATACAGTTATAT
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* * * *
2040335 AAA-GAAATTTTAAAAGGCCTATTA--TCA-TTGTTAAAA--GTCAAACTGATAATTCTGGTT-G
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* * * ** *
2040393 AGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTACTTGGTT---GCATTTGGCTTTTAACCGTAAGA
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* * * * * *
2040455 TCCGAGGTTTCAAAGGCCTCCTTCTAGCGATGTTTTAACTCTG-ATTGTGCATTT-CCATTTACT
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* * * *
2040518 TTTAAAATA--ACCAATTTATACAGTTATATAAAG-AAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACAT-TT
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* * * * *
2040579 GTTAAAAGTGTCAAACTGATAATTCTGGTT-GAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTAC
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* * * * *** * ** *
2040643 TTGGTTAGAGCATGTGAC-ATTAACCATAAGGTCAGAGGTTTTTTGCCCTTCTTCTAGTGTTATT
708 TTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGG-TTCAAGCCC-TCATCTAGCATTGTT
** *
2040707 TTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATA-TAAA
771 TTAGCTCGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATTAAA
* * * *
2040771 GAAAATTTTCAATGGCCAACTAGCTC-TTGGTAAAA-TTTCAAATTGATAATGATA
836 -AAAA-TTT-AATGGACTATTAGCTCTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAAT-ATA
* * * * * * * *
2040825 TTTGGCGCTTAAAGGTTCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCA
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* ** *
2040890 CAACGTAGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTTGCTCGAATTGACCATTTCCCATTTA
66 CAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGAATTGACCATTTCCCATTTA
* * * * *
2040955 ATTTCAAAATAATTCCAATTTATTCAGTTATATTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTATCTCAAT
131 CTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCAAT
*
2041020 TGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCATCTAGTAGGAATAACTCC
196 TGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGTAGGAATAACTCC
*
2041085 AATTGGTTAGAGCATTTAGCTTTTAACCGTAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTGCTT-GAGCGATG
261 AATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGTAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCT-CTTCGAGCGATG
* * * * * *
2041149 TTTTATCTTTGGTTATCCATTTGCCATTTACTTTCGAAACAATACCAATTTATACAGTTATATAA
325 TTTTAACTCTGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAA
* *
2041214 ATAAAATTTTCAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTTGAA
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* * *
2041279 G-TTAAAGGTCCAACAAACTGGAATAGCTCTA-TTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGT
454 GCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCT-TACTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGT
* * * *
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*
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583 AAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAA
* * *
2041472 AATTGTCAAACTAATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAGCTCAGTTGAT
648 AATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGT
* * *
2041537 TAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCAGAGGTTCAAGCCCTACATCTAACATTGTTTTAGCT
713 TAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCT-CATCTAGCATTGTTTTAGCT
* ** * *
2041602 CGGATTGTTAATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATTATATTAAAAAAATT
777 CGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATTAAAAAAATT
* * *
2041667 ATAATAGACTATTAACTCTGTTAGTAAAATTTTCAAACTGATAATATTA
842 -TAATGGACTATTAGCTCT-TTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATA-TA
* * *
2041716 GTTGGAGTTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAACTAAGATGGTTAGAGCATGTGGTTGTTAACCA
1 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAACTCAGATGGTTAGAGCATGTGGTTGTTAACCA
* * *
2041781 CAAGGTCTGAGGTTCAATCCCTCATTCTAGCATTGTTTTAGCTCGAATTGACCATTTCCCATTTA
66 CAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGAATTGACCATTTCCCATTTA
* *
2041846 CTTTCAAAATAATTCCAATTTATAAAATTATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTATTAGCTCAAT
131 CTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCAAT
* * * *
2041911 TGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATACTGGTTGGAGCTTGATGGTCCAACTACTAGGAATAAGTCC
196 TGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGTAGGAATAACTCC
* *
2041976 AATTGGTTAGAGAATTTGGCTTTTAACCGTAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTCATTCTAGCGATG
261 AATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGTAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTC-TTCGAGCGATG
*
2042041 TTTTAACTCTGATTATACATTTCCCATTTACTTTCAAAATAAT-CCAAATTTATACAGTTATATA
325 TTTTAACTCTGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACC-AATTTATACAGTTATATA
* *
2042105 AAGAAAATTTTAAAAGGCCTACTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGA
389 AATAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGA
* * * * *
2042170 GCTTAAAGGTCTAACCAGCTAGAATAACTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGACATTAACCACAAGGTC
454 GCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTACTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGTC
* * ** * * *
2042235 AGTGGTTTAAGCCCTTTTTCTAGTGTTATTTTAATTTGAATTGCCCATTTCCCATTTACTTTAAA
519 AGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTTAA
* * ** * *
2042300 AATATTACCAATTTATAAAATTTTATAAA-AAAAAATTCAAAT-GCCTATTAGTTTTGTTGGTAA
584 AATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTC-AATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAA
* * *
2042363 AATTGTCAAACTGATAATACAGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAACTCAGTTGGT
648 AATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGT
* * * *
2042428 TAGAACGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTGAATCCCTCATTCTAGCATTGTTTTAGCT
713 TAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCA-TCTAGCATTGTTTTAGCT
* * * * * *
2042493 C-AGATTGACCATTTCTCTTTTACTTTCAAAATAATATCAATTTATATAATTATATTAAAAAAA-
777 CGA-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATTAAAAAAAT
* * * * *
2042556 TCAACGGGCTATTAGCTCTTTTGGTAAAATTTCCAAACTGATAATACTG
841 TTAATGGACTATTAGCTC-TTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATA-TA
* * * * * * *
2042605 GTTGAAGCTTAAAGGTTCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCATGTGGTTGTTAACAA
1 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAACTCAGATGGTTAGAGCATGTGGTTGTTAACCA
* ** * * * *
2042670 CAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTATTTTGAACTGTCCATTTTCCATTTA
66 CAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGAATTGACCATTTCCCATTTA
* *
2042735 CTTTCAAAAT-ATTACCTATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC--
131 CTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCAA
* * * * * * * ** * * *
2042797 TTGGTAAAATTTTGAAACTGATAGTACAT-GTTTGAGCTTAAAGGAGCAATTAGTTGGAATAGCT
195 TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC-TGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGTAGGAATAACT
* * * * ** * * * * *
2042861 -CAGTTGGTTTGAGCGTATT-GCTGTTAACCCCAAGGTCAGAGGTT-TAAGCCCTCCTGCTAGTG
259 CCAATTGGTTAGAGCAT-TTGGCTTTTAACCGTAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCT-CTTCGAGCG
* * * * * * *
2042923 TTGTTTTAGCT-TGGATTGTCCATTTTCCATTTTCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTAT
322 ATGTTTTAACTCT-GATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTAT
* ** * * * *
2042987 ATAAATAAAATTTTCAATTGTCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTT
386 ATAAATAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTT
* * * * * * *
2043052 GGAGCTTGAAGGTCCAACTAGTTGGAATAGCTCAATTGGTTAGAGCGTTTGG-ATGTTA--AC--
451 GGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTACTTGGTTAGAGCGTGTGGCAT-TAACCACAA
* * * *
2043112 --TCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGAGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTTACTT
515 GGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTT
* *
2043175 TTAAAATATTACCAATTTATACAATTATGTAAAGAAACA-TTTCAATGGCCTATTAGCTCTATTG
580 TTAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAA-ATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTG
* * ** * *
2043239 GTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGGTGGAGCTTAAAAAGGTCAAAGAAACTGGAATAGCTCA
644 GTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTT--AAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCA
* * * *
2043304 GTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGGAGGTTCAAGGCCTCCTTCTAGCGTTGT
707 GTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTC-AGAGGTTCAAGCCCT-CATCTAGCATTGT
** * * * *
2043369 TTTATTTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTGCTAATTTATACAGTTATA-TAA
770 TTTAGCTCGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATTAA
* *
2043433 TGAAAATTTTGAATGGCCTATTAGCT
835 --AAAAATTT-AATGGACTATTAGCT
2043459 TAGTTGGTTA
Statistics
Matches: 2251, Mismatches: 322, Indels: 110
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
874 182 0.08
875 6 0.00
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ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (887 bp):
GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAACTCAGATGGTTAGAGCATGTGGTTGTTAACCA
CAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGAATTGACCATTTCCCATTTA
CTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTCAAT
TGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGTAGGAATAACTCC
AATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGTAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTCTTCGAGCGATGT
TTTAACTCTGATTATCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAGTTATATAAA
TAAAATTTTAAAAGGCCTATTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC
TTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTACTTGGTTAGAGCGTGTGGCATTAACCACAAGGTCAG
AGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGTGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTTAAAA
TATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCTGTTGGTAAAAT
TGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGTTGGTTAG
AGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCATCTAGCATTGTTTTAGCTCGAA
TTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATTAAAAAAATTTAAT
GGACTATTAGCTCTTTGGTAAAATTTTCAAACTGATAATATA
Found at i:2042019 original size:669 final size:664
Alignment explanation
Indices: 2039944--2043458 Score: 3551
Period size: 669 Copynumber: 5.3 Consensus size: 664
2039934 TATATAAACA
* * *
2039944 AATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGATAGAATAACTCAGA-TGGTTAGAG-AGTGTGG-
1 AATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCA-ATTGGTTAGAGCA-TGTGGC
* ** * *
2040006 TTGTTAACCACAAGGTCTGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTTGGATTGACCAT
64 TT-TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCAT
* * * *
2040071 TTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATGCAGTTATATAAAG-AAATGTTTCAATTGCCT
128 TTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAT-TTTCAATGGCCT
* * * *
2040135 CTTAGCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAAC----AATACTGGTTGGAGCTTTAAGGTCCAACTAG-T
192 ATTAGCTC-TTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTT
* * * * ** * * *
2040195 AGGAATATG-TCTAATTGGTTAGAGCATTTGGCTTTTAACCGTAAGATCCGAGGTTCAAAGGCCT
256 A-GAATA-GCTC-AGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCT
* * * * * *
2040259 CCTTCTAGCGATGTTTTAACTCTGATTGTGCATTTCCCATTTACTTTTAAAATAATACCAATTTA
317 CCTTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTA
* * * *
2040324 TACAGTTATA-TAAAGAAATTTTAAAAGGCCTATT-A-TCA-TTGTTAAAA--GTCAAACTGATA
382 TACAATTATATTAAAAAAATTTTAATA-GCCTATTAACTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATA
* * * *
2040383 ATTCTGGTT-GAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTACTTGGTT---GCATTTGGCTT-
446 ATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAAC-TAATTGGTTAGAGCATTTGG-TTG
** * * * **
2040443 TTAACCGTAAGATCCGAGGTTTCAAAGGCCTCCTTCTAGCGA-TGTTTTAACTCTGATTGTGCAT
509 TTAACCACAAGGTCCGAGG-TTC-AAGCCCTCATTCTAGC-ATTGTTTTAACTC-GATTGACCAT
* * * *
2040507 TT-CCATTTACTTTTAAAATAA--CCAATTTATACAGTTATATAAAGAAATTTTAAAAGGCCTAT
570 TTCCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTCAAAGGCCTAT
* *
2040569 TAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGAT
635 TAGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGAT
* * * * * *
2040599 AATTCTGGTT-GAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTACTTGGTTAGAGCATGTGAC-A
1 AATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAATTGGTTAGAGCATGTGGCTT
* *** * * *
2040662 TTAACCATAAGGTCAGAGGTTTTTTGCCCTTCTTCTAGTGTTATTTTAATTTGAATTGTCCATTT
66 TTAACCACAAGGTCAGAGG-TTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTT
* *
2040727 CCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCAACT
130 CCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATT
* ** * *
2040792 AGCTC-TTGGTAAAATT-TCAAATTGATAATGA-TATTTGGCGCTTAAAGGTTCAACTAGTTAGA
195 AGCTCTTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAAT-ACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGA
*
2040854 ATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAACGT-AGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
259 ATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCA-GAGGTTCAAGCCCTCCTTCT
* * * * * *
2040918 AGCGTTGTTTTTGCTCGAATTGACCATTTCCCATTTAATTTCAAAATAATT-CCAATTTATTCAG
323 AGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAT-ATTACCAATTTATACAA
* * * * *
2040982 TTATATTAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTATCTCAATTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACT
387 TTATATTAAAAAAATTTT-AATAGCCTATTAACTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACT
* * *
2041047 GGTTGGAGCTTGAAGGTCCATCTAG-TAGGAATAACTCCAATTGGTTAGAGCATTTAGCTT-TTA
451 GGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAATAACT--AATTGGTTAGAGCATTT-GGTTGTTA
** * * * *
2041110 ACCGTAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTGC-TT-GAGCGA-TGTTTTATCTTTGGTT-ATCCATTT
512 ACCACAAGGTCCGAGGTTC-AAGCCCT-CATTCTAGC-ATTGTTTTAAC-TCGATTGA-CCATTT
* * * * * *
2041171 GCCATTTACTTTCGAAACAATACCAATTTATACAGTTATATAAATAAAATTTTCAAAGGCCTATT
572 CCCATTTACTTTCAAAATAATTCCAATTTATACAATTATATAAAGAAAA-TTTCAAAGGCCTATT
* * *
2041236 AGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGAC
636 AGCTCATTTGGTAAAAGTGTCAAACTGAT
* * * * *
2041265 AATACTGGTTTGAAG-TTAAAGGTCCAACAAACTGGAATAGCTCTATTGGTTAGAGCGTGTGGC-
1 AATACTGG-TTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAATTGGTTAGAGCATGTGGCT
* * * * *
2041328 ATTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGACCTTCTTCTAGTGTTGTTTTAATTTGAATAGTCCATTT
65 TTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTT
*
2041393 CCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTAAT
130 CCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATT
*
2041458 AGCTCTGTTGGTAAAATTGTCAAACTAATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGA
195 AGCTCT-TTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGA
* * * * *
2041523 ATAGCTCAGTTGATTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAAGTTCAGAGGTTCAAGCCCTACATCTA
259 ATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * ** * *
2041588 ACATTGTTTTAGCTCGGATTGTTAATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATATAATT
324 GCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
* * * * * * * *
2041653 ATATTAAAAAAATTATAATAGACTATTAACTCTGTTAGTAAAATTTTCAAACTGATAATATTAGT
389 ATATTAAAAAAATTTTAATAGCCTATTAACTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGT
* * *
2041718 TGGAGTTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAACTAAGATGGTTAGAGCATGTGGTTGTTAACCACA
454 TGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAACTAA-TTGGTTAGAGCATTTGGTTGTTAACCACA
* * *
2041783 AGGTCTGAGGTTCAATCCCTCATTCTAGCATTGTTTTAGCTCGAATTGACCATTTCCCATTTACT
518 AGGTCCGAGGTTCAAGCCCTCATTCTAGCATTGTTTTAACTCG-ATTGACCATTTCCCATTTACT
* ** *
2041848 TTCAAAATAATTCCAATTTATAAAATTATATAAAGAAAAGTTTCAATTGCCTATTAGCTCAATTG
582 TTCAAAATAATTCCAATTTATACAATTATATAAAGAAAA-TTTCAAAGGCCTATTAGCTCATTTG
* *
2041913 GTAAAAGTGTCAAACTAAC
646 GTAAAAGTGTCAAACTGAT
* * * *
2041932 AATACTGGTTGGAGCTTGATGGTCCAACTA-CTAGGAATAAG-TCCAATTGGTTAGAGAATTTGG
1 AATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCT-GGAAT-AGCT-CAATTGGTTAGAGCATGTGG
** * * * * * *
2041995 CTTTTAACCGTAAGGTCCGAGGTTCAAAGCCCTCATTCTAGCGATGTTTTAACTCTG-ATTATAC
63 CTTTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAA-TTTGAATTGTCC
* * * *
2042059 ATTTCCCATTTACTTTCAAAATAAT-CCAAATTTATACAGTTATATAAAGAAAATTTTAAAAGGC
126 ATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACC-AATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGC
* * * * * * *
2042123 CTACTAGCACATTTGTTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCTAACCAG
190 CTATTAGCTC-TTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAG
* * * * * * * **
2042188 CTAGAATAACTTAGTTGGTTAGAGCGTGTGAC-ATTAACCACAAGGTCAGTGGTTTAAGCCCTTT
254 TTAGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCC
* * ** * * * *
2042252 TTCTAGTGTTATTTTAATTTGAATTGCCCATTTCCCATTTACTTTAAAAATATTACCAATTTATA
319 TTCTAGCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATA
* * * * * ** ** *
2042317 AAATTTTATAAAAAAAAATTCAA-ATGCCTATTAGTTTTGTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAAT
384 CAATTATATTAAAAAAATTTTAATA-GCCTATTAACTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAAT
* * * * * * * *
2042381 ACAGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAATAACTCAGTTGGTTAGAACGTGTGGCTGTTA
448 ACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAACT-AATTGGTTAGAGCATTTGGTTGTTA
* * * * * *
2042446 ACCACAAGGTCGGAGGTTGAATCCCTCATTCTAGCATTGTTTTAGCTCAGATTGACCATTTCTCT
512 ACCACAAGGTCCGAGGTTCAAGCCCTCATTCTAGCATTGTTTTAACTC-GATTGACCATTTCCCA
* * *
2042511 TTTACTTTCAAAATAATAT-CAATTTATATAATTATATTAAA-AAAA--TCAACGGGCTATTAGC
576 TTTACTTTCAAAATAAT-TCCAATTTATACAATTATA-TAAAGAAAATTTCAAAGGCCTATTAGC
* *
2042572 TCTTTTGGTAAAA-TTTCCAAACTGAT
639 TCATTTGGTAAAAGTGT-CAAACTGAT
* * * *
2042598 AATACTGGTTGAAGCTTAAAGGTTCAATTAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCATGTGG-TT
1 AATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAATTGGTTAGAGCATGTGGCTT
* * *
2042662 GTTAACAACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTATTTTGAACTGTCCATTT
66 -TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTT
* *
2042727 TCCATTTACTTTCAAAATATTACCTATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATT
130 CCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATT
* * * * ** * *
2042792 AGCTC-TTGGTAAAATTTTGAAACTGATAGTACAT-GTTTGAGCTTAAAGGAGCAATTAGTTGGA
195 AGCTCTTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATAC-TGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGA
* * * * * *
2042855 ATAGCTCAGTTGGTTTGAGCGTATTGCTGTTAACCCCAAGGTCAGAGGTTTAAGCCCTCCTGCTA
259 ATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* * * *
2042920 GTGTTGTTTTAGCTTGGATTGTCCATTTTCCATTTTCTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
324 GCGTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATT
* * * *
2042985 ATA-TAAATAAAATTTTCAATTGTCTATTAGCTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTG
389 ATATTAAA-AAAATTTT-AATAGCCTATTAACTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTG
* * * * *
2043049 GTTGGAGCTTGAAGGTCCAACTAGTTGGAATAGCTCAATTGGTTAGAGCGTTTGGATGTT-A--A
452 GTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAACT-AATTGGTTAGAGCATTTGGTTGTTAACCA
* * * *
2043111 C----TCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAG-AGTTGTTTTAACTTGGATTGTCCATTTCCCATTT
516 CAAGGTCCGAGGTTCAAGCCCTCATTCTAGCA-TTGTTTTAAC-TCGATTGACCATTTCCCATTT
* * *
2043171 ACTTTTAAAAT-ATTACCAATTTATACAATTATGTAAAGAAACATTTCAATGGCCTATTAGCTC-
579 ACTTTCAAAATAATT-CCAATTTATACAATTATATAAAGAAA-ATTTCAAAGGCCTATTAGCTCA
*
2043234 TATTGGTAAAATTGTCAAACTGAT
642 T-TTGGTAAAAGTGTCAAACTGAT
* * ** * * *
2043258 AATACTGGGTGGAGCTTAAAAAGGTCAAAGAAACTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGC
1 AATACTGGTTGGAGCTT--AAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAATTGGTTAGAGCATGTGGC
* * * *
2043323 TGTTAACCACAAGGTCGGGAGGTTCAAGGCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTATTTTGAATTGTCCAT
64 TTTTAACCACAAGGTC-AGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCAT
* * * * *
2043388 TTCCCATTTACTTTCAAAATATTGCTAATTTATACAGTTATATAATGAAAATTTTGAATGGCCTA
128 TTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTA
2043453 TTAGCT
193 TTAGCT
2043459 TAGTTGGTTA
Statistics
Matches: 2392, Mismatches: 377, Indels: 174
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
651 5 0.00
652 10 0.00
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654 190 0.08
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669 455 0.19
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671 4 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (664 bp):
AATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAATTGGTTAGAGCATGTGGCTT
TTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTC
CCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTA
GCTCTTTGGTAAAATTGTCAAACTGATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGTTAGAAT
AGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGC
GTTGTTTTAGCTCGGATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAATTAT
ATTAAAAAAATTTTAATAGCCTATTAACTCAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGATAATACTGGTTG
GAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAACTAATTGGTTAGAGCATTTGGTTGTTAACCACAAGG
TCCGAGGTTCAAGCCCTCATTCTAGCATTGTTTTAACTCGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCA
AAATAATTCCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTCAAAGGCCTATTAGCTCATTTGGTAAA
AGTGTCAAACTGAT
Found at i:2043582 original size:156 final size:157
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Period size: 156 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
2043287 GAAACTGGAA
*
2043297 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGGAGGTTCAAGGCCTCCTTCTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* *
2043362 GCGTTGTTTTATTTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATATTGCTAATTTATACAGTT
66 GCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTGCTAATTTATACAGTT
* *
2043427 ATATAATGAAAATTTTGAATGGCCTAT
131 ATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTAT
* * * * *
2043454 TAGCTTAGTTGGTTAGAGCGTGTTGCTGTTAACCACAAGGTC-GGATGTTTAAGCCCTCCTTTTA
1 TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
* *
2043518 GTGTTGTTTTAATTTGAATTGTTCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTAGC-AATTTATACAGT
66 GCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATT-GCTAATTTATACAGT
2043582 TATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTAT
130 TATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTAT
2043610 T
1 T
2043611 CACTAAGGTG
Statistics
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0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
156 102 0.71
157 42 0.29
ACGTcount: A:0.26, C:0.16, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (157 bp):
TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCGGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTA
GCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTGCTAATTTATACAGTT
ATATAATGAAAATTTTCAACGGCCTAT
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Indices: 2043460--2044031 Score: 783
Period size: 223 Copynumber: 2.6 Consensus size: 222
2043450 CTATTAGCTT
* * *
2043460 AGTTGGTTAGAGCGTGTTGCTGTTAACCACAAGGTCGGATGTTT-AAGCCCTCCTTTTAGTGTTG
1 AGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTGTTAACCACAAGGTCGGA-GTTTCAAGCCCT-CTTCTAGCGTTG
* *
2043524 TTTTAATTTGAATTGTTCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTAGCAATTTATACAGTTATATAA
64 TTTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATATAA
2043589 TGAAAATTTTCAACGGCCTATTCACTAAGGTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTGGCTAGAG
129 TGAAAATTTTCAACGGCCTATTCACTAAGGTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTGGCTAGAG
* *
2043654 ATTAAAGGTCCAATTAGCTGGAATAACTC
194 ATTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAACTC
* * *
2043683 AGTTGGTTAGAGCATGTAGCTATTAACCACAAGGTCAGAGTTTCAAGCCCTCATTCTAGCGTTGT
1 AGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGTTTCAAGCCCTC-TTCTAGCGTTGT
2043748 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATATAAT
65 TTTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATATAAT
* * * * * * *
2043813 GAAAATTTTCAACGGCGTATT-AGCTCAGTTGGTCAAAGTGTCAAACTAACAATATTTGTTGGAG
130 GAAAATTTTCAACGGCCTATTCA-CTAAGGTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTGGCTAGAG
* *
2043877 ATTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTT
194 ATTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAACTC
* * * * *
2043906 ATTTGGTTAGACCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAA-CCCTTCTTCTAGCGTTGT
1 AGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGTTTCAAGCCC-TCTTCTAGCGTTGT
* * * * * * *
2043970 TTTAGA-TCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATAT
65 TTTA-ATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATAT
2044032 TTAATGGTCC
Statistics
Matches: 310, Mismatches: 34, Indels: 11
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
222 74 0.24
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ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (222 bp):
AGTTGGTTAGAGCGTGTAGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGTTTCAAGCCCTCTTCTAGCGTTGTT
TTAATTTGAATTGTCCATTTCCCATTAACTTTCAAAATATTACCAATTTATACAGTTATATAATG
AAAATTTTCAACGGCCTATTCACTAAGGTGGTAAAAGTGTCAAACTAACAATATTGGCTAGAGAT
TAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAACTC
Found at i:2044163 original size:154 final size:154
Alignment explanation
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Period size: 154 Copynumber: 2.0 Consensus size: 154
2043868 TTGTTGGAGA
* *
2043878 TTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTATTTGGTTAGACCGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCG
1 TTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCG
* *
2043943 GAGGTTCAACCCTTCTTCTAGCGTTGTTTTAGATCGGATTGACCATTTCTCATTTACTTTCAAAA
66 GAGGTTCAACCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGATCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAA
2044008 TAATACCAATTTATACAATTATAT
131 TAATACCAATTTATACAATTATAT
* * **
2044032 TTAATGGTCCAATTAGCT-GAATAGCTTAGTTGGTTAGATTGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCG
1 TTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCG
* * * **
2044096 GAGGTTTATGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTA-AGTTGGATTGTTCATTTCCCATTTACTTTCAA
66 GAGGTTCA-ACCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGA-TCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAA
*
2044160 AATATTACCAATTTATACAATTATAT
129 AATAATACCAATTTATACAATTATAT
2044186 AAAGAAAACT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 14, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
153 50 0.36
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ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.18, T:0.38
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TTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTTAGTTGGTTAGACCGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCG
GAGGTTCAACCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAGATCGGATTGACCATTTCCCATTTACTTTCAAAA
TAATACCAATTTATACAATTATAT
Found at i:2044468 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 2044032--2045139 Score: 1331
Period size: 223 Copynumber: 5.0 Consensus size: 223
2044022 ACAATTATAT
* * * *
2044032 TTAATGGTCCAATTAGCT-GAATAGCTTAGTTGGTTAGATTGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCG
1 TTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTTTGGCTGTTAACCACAAGGTCG
* * * *
2044096 GAGGTTTATGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAGTTGGATTGTTCATTTCCCATTTACTTTCAAA
66 GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAGTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAA
* * *
2044161 ATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAACTTTCAATGGCCTATTAACTCAGTTGGTAAAA
131 ATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTTAGTTGGTAAAA
* * *
2044226 GTGTCAAACTAATAATACTGGTTGGAGT
196 GTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC
* * * * * * *
2044254 TTGAAGGTCCAGCTAGCTGGAATAACTCAGTTGGCTAGAGTGTTTGGTTGTTAACCACATGGTCG
1 TTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTTTGGCTGTTAACCACAAGGTCG
* * *
2044319 GAGGTTTAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTGAATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAA
66 GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAGTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAA
* * * *
2044384 ATATTTCCAATTTATACAGTTATATAATGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTTGGTTGGTAAAA
131 ATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTTAGTTGGTAAAA
2044449 GTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC
196 GTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC
* * *
2044477 TTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTGTGGCTGTTAACCACAAGGCCA
1 TTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTTTGGCTGTTAACCACAAGGTCG
* * * * *
2044542 AAGGTTCAAGCCATCATTCTAGCATTGTTTTAATTTGAATTGT-CATTTTCCCATTTACTTTCAA
66 GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAGTTGAATTGTCCA-TTTCCCATTTACTTTCAA
* * * *
2044606 AATATTACCAATTTATACAATTTTATAAAGAAAATTTTTAATGGCCTATTATC-T-CTTGGTAAA
130 AATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTTAGTTGGTAAA
* * * * *
2044669 ATTTTCAAACTGATAGTACAT-GTTTGAGC
195 AGTGTCAAACTGACAATAC-TGGTTGGAGC
* * * * * * *
2044698 TTAAAGGAT-CAATTAGCTGGAATAACTCAATTGGTTTGAGCGTGTT-GCTATTAACCACAAGGT
1 TTAAAGG-TCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGTGT-TTGGCTGTTAACCACAAGGT
* * * * * *
2044761 CGGAGCTTCAAGCCCTCATTCTAGTGTTGTTTT-AGCTCATATTGTCCATTTCCCATTTTCTTTC
64 CGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAGTTGA-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTC
* * * *
2044825 TAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTTAGTTTGTA
128 AAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTTAGTTGGTA
*
2044890 AAAGTGTCAAACTGACAACACTGGTTGGAGC
193 AAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC
* * * * * * * * *
2044921 TTGAAGGTTCAACTTGCTGGAATGGCTTAATTGGTTAGAGCGTTTGGTTGTTAACCACATGGTTG
1 TTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTTTGGCTGTTAACCACAAGGTCG
* * * * *
2044986 GAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGTGTTG-TTTAACTTGGATTGTCCATTTCCGATTTACTTTCAAA
66 GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAGTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTC-AA
* * * ** *
2045050 AATATTACCAATTT-TACAGTTATATAAAGGAAATTTTCAATGGCTTATTAGCACATTTGGTAAA
130 AATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTTAGTTGGTAAA
2045114 AGTGTC--ACTGACAATACTGGTTGGAG
195 AGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAG
2045140 TTCAAAATAA
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 118, Indels: 30
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
220 22 0.03
221 176 0.23
222 100 0.13
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ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (223 bp):
TTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTTTGGCTGTTAACCACAAGGTCG
GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAGTTGAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAA
ATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTTAGTTGGTAAAA
GTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC
Found at i:2044881 original size:444 final size:444
Alignment explanation
Indices: 2044032--2045139 Score: 1408
Period size: 444 Copynumber: 2.5 Consensus size: 444
2044022 ACAATTATAT
* * *
2044032 TTAATGGTCCAATTAGCT-GAATAGCTTAGTTGGTTAGATTGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCG
1 TTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCG
* * *
2044096 GAGGTTTATGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAAGTTGGATTGTTCATTTCCCATTTACTTTCAAA
66 GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTG-TCATTTCCCATTTACTTTCAAA
*
2044161 ATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAACTTTCAATGGCCTATTAACTCAGTTGGTAAAA
130 ATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAACTCA-TTGGTAAAA
* * * *
2044226 GTGTCAAACTAATAATACTGGTTGGAGTTTGAAGGTCCAGCTAGCTGGAATAACTCAGTTGGCTA
194 GTGTCAAACTAATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAACTCAATTGGCTA
* * * * * * * ** *
2044291 GAGTGTTTGGTTGTTAACCACATGGTCGGAGGTTTAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAATTTG
259 GAGCGTTTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGCTTCAAGCCCTCATTCTAGCGTTGTTTTAAGCTC
* * * * *
2044356 AATTGTCCATTTCTCATTTACTTTCAAAATATTTCCAATTTATACAGTTATATAATGAAAATTTT
324 AATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTT
* *
2044421 CAATGGCCTATTAGCTTGGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGC
389 CAATGGCCTATTAGCTTAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAACACTGGTTGGAGC
* *
2044477 TTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTGTGGCTGTTAACCACAAGGCCA
1 TTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCG
* * * * * *
2044542 AAGGTTCAAGCCATCATTCTAGCATTGTTTTAATTTGAATTGTCATTTTCCCATTTACTTTCAAA
66 GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCA-TTTCCCATTTACTTTCAAA
* * * *
2044607 ATATTACCAATTTATACAATTTTATAAAGAAAATTTTTAATGGCCTATTATCTC-TTGGTAAAAT
130 ATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAACTCATTGGTAAAAG
* * * * * *
2044671 TTTCAAACTGATAGTACAT-GTTTGAGCTTAAAGGAT-CAATTAGCTGGAATAACTCAATTGGTT
195 TGTCAAACTAATAATAC-TGGTTGGAGCTTAAAGG-TCCAACTAGCTGGAATAACTCAATTGGCT
* *
2044734 TGAGCGTGTT-GCTATTAACCACAAGGTCGGAGCTTCAAGCCCTCATTCTAGTGTTGTTTT-AGC
258 AGAGCGT-TTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGCTTCAAGCCCTCATTCTAGCGTTGTTTTAAGC
* *
2044797 TCATATTGTCCATTTCCCATTTTCTTTCTAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAT
322 TCA-ATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAT
* *
2044862 TTTCAATTGCCTATTAGCTTAGTTTGTAAAAGTGTCAAACTGACAACACTGGTTGGAGC
386 TTTCAATGGCCTATTAGCTTAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAACACTGGTTGGAGC
* * * * * * * * * *
2044921 TTGAAGGTTCAACTTGCTGGAATGGCTTAATTGGTTAGAGCGTTTGGTTGTTAACCACATGGTTG
1 TTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCG
* * *
2044986 GAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGTGTTG-TTTAACTTGGATTGTCCATTTCCGATTTACTTTCAAA
66 GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGT-CATTTCCCATTTACTTTC-AA
* * * * *
2045050 AATATTACCAATTT-TACAGTTATATAAAGGAAATTTTCAATGGCTTATTAGCACATTTGGTAAA
129 AATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAACTCA-TTGGTAAA
* *
2045114 AGTGTC--ACTGACAATACTGGTTGGAG
193 AGTGTCAAACTAATAATACTGGTTGGAG
2045140 TTCAAAATAA
Statistics
Matches: 568, Mismatches: 84, Indels: 24
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
442 1 0.00
443 79 0.14
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445 35 0.06
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ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (444 bp):
TTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAGCTTAGTTGGTTAGAGTGTGTGGCTGTTAACCACAAGGTCG
GAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGTTGTTTTAACTTGGATTGTCATTTCCCATTTACTTTCAAAA
TATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAACTCATTGGTAAAAGT
GTCAAACTAATAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTGGAATAACTCAATTGGCTAGA
GCGTTTGGCTATTAACCACAAGGTCGGAGCTTCAAGCCCTCATTCTAGCGTTGTTTTAAGCTCAA
TTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCA
ATGGCCTATTAGCTTAGTTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAACACTGGTTGGAGC
Found at i:2045178 original size:95 final size:96
Alignment explanation
Indices: 2045048--2045236 Score: 283
Period size: 95 Copynumber: 2.0 Consensus size: 96
2045038 TTTACTTTCA
* * * * *
2045048 AAAATATTACCAATTTTACAGTTATATAAAGGAAATTTTCAATGGCTTATTAGCACATTTGGTAA
1 AAAATAATACCAATTTTACAATTATATAAAGGAAATTTTCAACGGCCTATTAGCACAATTGGTAA
2045113 AAGTGTC-ACTGACAATACTGGTTGGAGTTC
66 AAGTGTCAACTGACAATACTGGTTGGAGTTC
* *
2045143 AAAATAATATCAATTTATACAATTATATAAA-GAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAATTGGTA
1 AAAATAATACCAATTT-TACAATTATATAAAGGAAATTTTCAACGGCCTATTAGCACAATTGGTA
2045207 AAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAG
65 AAAGTGTC-AACTGACAATACTGGTTGGAG
2045237 CTTAAAGGTC
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 7, Indels: 4
0.88 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
95 51 0.61
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (96 bp):
AAAATAATACCAATTTTACAATTATATAAAGGAAATTTTCAACGGCCTATTAGCACAATTGGTAA
AAGTGTCAACTGACAATACTGGTTGGAGTTC
Found at i:2045416 original size:315 final size:316
Alignment explanation
Indices: 2044826--2045434 Score: 877
Period size: 315 Copynumber: 1.9 Consensus size: 316
2044816 TTTTCTTTCT
** * * *
2044826 AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAATTGCCTATTAGCTTAGTTTGTAA
1 AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAATTGGTAA
* * * * * * *
2044891 AAGTGTCAAACTGACAACACTGGTTGGAGCTTGAAGGTTCAACTTGCTGGAATGGCTTAATTGGT
66 AAGTGTCAAACTGACAACACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAAGTGGT
* * *
2044956 TAGAGCGTTTGGTTGTTAACCACATGGTTGGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGTGTTGTTTAACTT
131 TAGA-CGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGTGTTGTTTAACTT
* * * *
2045021 GGATTGTCCATTTCCGATTTACTTTCAAAAATATTACCAATTTTACAGTTATATAAAGGAAATTT
195 GAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAATATTACCAATTTTACAATTATATAAAGAAAATTT
** *
2045086 TCAATGGCTTATTAGCAC-ATTTGGTAAAAGTGTCACTGACAATACTGGTTGGAGTTCA
260 TCAATCACCTATTAGCACTA-TTGG-AAAAGTGTCACTGACAATACTGGTTGGAGTTCA
*
2045144 AAATAATATCAATTTATACAATTATATAAAG-AAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAATTGGTAA
1 AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAATTGGTAA
* *
2045208 AAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGGTGGT
66 AAGTGTCAAACTGACAACACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAAGTGGT
* * *
2045273 TAGA-GTGTGGTTGTTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGTATTTTTTTAATTT
131 TAGACGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGT-GTTGTTTAACTT
2045337 GAATTGTCCA-TTCCCATTTACTTTCAAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATT
195 GAATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAATATTACCAATTT-TACAATTATATAAAGAAAATT
*
2045401 TTCAA-CACCTATTAGCTCTATTGGAAAAGTGTCA
259 TTCAATCACCTATTAGCACTATTGGAAAAGTGTCA
2045435 AACTGATAAT
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 29, Indels: 10
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
314 10 0.04
315 88 0.34
316 43 0.17
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Consensus pattern (316 bp):
AAATAATACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAATTGGTAA
AAGTGTCAAACTGACAACACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAAGTGGT
TAGACGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGTGTTGTTTAACTTG
AATTGTCCATTTCCCATTTACTTTCAAAAATATTACCAATTTTACAATTATATAAAGAAAATTTT
CAATCACCTATTAGCACTATTGGAAAAGTGTCACTGACAATACTGGTTGGAGTTCA
Found at i:2045532 original size:220 final size:218
Alignment explanation
Indices: 2045140--2046034 Score: 942
Period size: 220 Copynumber: 4.1 Consensus size: 218
2045130 CTGGTTGGAG
* * *
2045140 TTCAAAATAATATCAATTTATACAATTATATAAAG-AAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAATTG
1 TTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAAC-ACCTATTAGCTC-ATTG
*
2045204 GTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGG
64 GTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAA-GTCCAACTAGCTGGAATAGCTCA-G
* * *
2045269 TGGTTAGAG-TGTGGTTGTTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGTATTTTTTTA
127 TGGTTAGAGTTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTATAGCATTTTTTTA
*
2045333 ATTTGAATTGTCCA-TTCCCATTTACT
192 ATCTGAATTGTCCATTTCCCATTTACT
2045359 TTCAAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACACCTATTAGCTCTATTG
1 TTC-AAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACACCTATTAGCTC-ATTG
* * * * *
2045424 G-AAAAGTGTCAAACTGATAATACAAGGTT-GAGCTTAATGTCCAAACTAGATGGAATAGCTTAG
64 GTAAAAGTGTCAAACTGACAATAC-TGGTTGGAGCTTAAAGTCC-AACTAGCTGGAATAGCTCAG
* * * * * *
2045487 TGGTTAGAGCTTTTGGTTGTTAACCATATGGTCGGAGGATCAAG-CCTTCTTA-AGCATTGTTTT
127 TGGTTAGAG-TTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTATAGCATTTTTTT
* * * *
2045550 AGCTCGGAATT-TCCATTTCCCCTTTATT
191 A-ATCTGAATTGTCCATTTCCCATTTACT
* * * ** *
2045578 TTCAAAATAATAACAATTTATAC-GTTATAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTCAGTGG
1 TTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAA-CACCTATTAGCTCATTGG
*
2045641 TAAAAGTGTCAAA-TGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAAGTCCAACTAG-TTGAATAACGC-CAA
65 TAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTT-AAAGTCCAACTAGCTGGAAT-A-GCTC-A
* * *
2045703 TTGGTTAGAACATT-TGGTTGTTAACCTCAAGGTCAGAGGTTCAAAGCCCTTCTTATAGCATTGT
126 GTGGTTAG-A-GTTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTTCTTATAGCATT-T
* *
2045767 TTTTACTCTG-ATTGTCCATTTCCCATTTA-A
187 TTTTAATCTGAATTGTCCATTTCCCATTTACT
* ** *
2045797 TTAAAAATATTA-CAATTTATACTGTTATATAAAGGAAAA-TTTCAA-ATGGCCTATTAGCACAT
1 TTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAA-GAAAATTTTCAACA---CCTATTAGCTCA-
* *
2045859 TTGGT-AAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTT-AAGCTTCATCTAGCTGGAATAGCTC
61 TTGGTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAG-TCCAACTAGCTGGAATAGCTC
* *
2045922 AGTGGTTAAAGTGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTC-GAAGGTTCAAGCCCTTCTTTTAGC---TT
125 AGTGGTTAGAGT-TGTGGTTGTTAACCACAAGGTCAG-AGGTTCAAGCCCTTCTTATAGCATTTT
* * * *
2045983 TGTAATTTAAATTGTTCATTTCCCA-TTACT
188 TTTAATCTGAATTGTCCATTTCCCATTTACT
2046013 TTCAAAATATTACCAATTTATA
1 TTCAAAATATTACCAATTTATA
2046035 GTCGAAGGTT
Statistics
Matches: 571, Mismatches: 66, Indels: 80
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
215 19 0.03
216 64 0.11
217 77 0.13
218 63 0.11
219 120 0.21
220 146 0.26
221 52 0.09
222 30 0.05
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (218 bp):
TTCAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAATTTTCAACACCTATTAGCTCATTGGT
AAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGTCCAACTAGCTGGAATAGCTCAGTGGT
TAGAGTTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTTCTTATAGCATTTTTTTAATCT
GAATTGTCCATTTCCCATTTACT
Found at i:2045969 original size:437 final size:439
Alignment explanation
Indices: 2045140--2045975 Score: 1098
Period size: 437 Copynumber: 1.9 Consensus size: 439
2045130 CTGGTTGGAG
* *
2045140 TTCAAAATAATATCAATTTATACAATTATATAAAGAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAATTGG
1 TTCAAAATAATAACAATTTATACAATTATATAAAGAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAAGTGG
*
2045205 TAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAGGT
66 TAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAAGT
* * *
2045270 GGTTAGAGTGTGGTTGTTAACCACAAGGTTAGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGTATTTTTTTAAT
131 GGTTAGAATGTGGTTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGCATTTTTTTAAT
* *
2045335 TTGAATTGTCCATTCCCATTTACTTTCAAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAT
196 CTGAATTGTCCATTCCCATTTACATTCAAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAT
* *
2045400 TTTCAACACCTATTAGCTCTATTGGAAAAGTGTCAAACTGATAATACAAGGTTGAGCTTAATGTC
261 TTTCAACACCTATTAGCACTATTGGAAAAGTGTCAAACTGACAATACAAGGTTGAGCTTAATGTC
* * * * * *
2045465 CAAACTAGATGGAATAGCTTAGTGGTTAGAGCTTTTGGTTGTTAACCATATGGTCGGAGGATCAA
326 CAAACTAGATGGAATAGCTCAGTGGTTAAAGCTTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCGAAGGATCAA
2045530 G-CCTTCTTAAGCATTGTTTTAGCTCGGAATTTCCATTTCCCCTTTATT
391 GCCCTTCTTAAGCATTGTTTTAGCTCGGAATTTCCATTTCCCCTTTATT
* *
2045578 TTCAAAATAATAACAATTTATAC-GTTATAT-AAGAAAATTTTCAATGGCCTATTAGCTC-AGTG
1 TTCAAAATAATAACAATTTATACAATTATATAAAG-AAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAAGTG
*
2045640 GTAAAAGTGTCAAA-TGACAATACTGGTTGGAGCTTGAAA-GTCCAACTAG-TTGAATAACGC-C
65 GTAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTT-AAAGGTCCAACTAGCTAGAAT-A-GCTC
* * * *
2045701 AATTGGTTAGAACATTTGGTTGTTAACCTCAAGGTCAGAGGTTCAAAGCCCTTCTTATAGCATTG
127 AAGTGGTTAG-A-ATGTGGTTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTC-AAGCCCTCCTTATAGCATT-
* **
2045766 TTTTTACTCTG-ATTGTCCATTTCCCATTTA-ATT-AAAAATATTA-CAATTTATACTGTTATAT
188 TTTTTAATCTGAATTGTCCA-TTCCCATTTACATTCAAAAATATTACCAATTTATACAATTATAT
* *
2045827 AAAGGAAAA-TTTCAA-ATGGCCTATTAGCAC-ATTTGGTAAAGTGTCAAACTGACAATAC-TGG
252 AAA-GAAAATTTTCAACA---CCTATTAGCACTA-TTGGAAAAGTGTCAAACTGACAATACAAGG
* * *
2045888 TTGGAGCTTAA-GCTTC-ATCTAGCTGGAATAGCTCAGTGGTTAAAG-TGTGTGGTTGTTAACCA
312 TT-GAGCTTAATG-TCCAAACTAGATGGAATAGCTCAGTGGTTAAAGCT-TGTGGTTGTTAACCA
*
2045950 CAAGGTCGAAGGTTCAAGCCCTTCTT
374 CAAGGTCGAAGGATCAAGCCCTTCTT
2045976 TTAGCTTTGT
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 32, Indels: 36
0.84 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
434 5 0.01
435 42 0.12
436 52 0.15
437 130 0.37
438 100 0.29
439 19 0.05
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (439 bp):
TTCAAAATAATAACAATTTATACAATTATATAAAGAAATTTTCAACGGCCTATTAGCTCAAGTGG
TAAAAGTGTCAAACTGACAATACTGGTTGGAGCTTAAAGGTCCAACTAGCTAGAATAGCTCAAGT
GGTTAGAATGTGGTTGTTAACCACAAGGTCAGAGGTTCAAGCCCTCCTTATAGCATTTTTTTAAT
CTGAATTGTCCATTCCCATTTACATTCAAAAATATTACCAATTTATACAATTATATAAAGAAAAT
TTTCAACACCTATTAGCACTATTGGAAAAGTGTCAAACTGACAATACAAGGTTGAGCTTAATGTC
CAAACTAGATGGAATAGCTCAGTGGTTAAAGCTTGTGGTTGTTAACCACAAGGTCGAAGGATCAA
GCCCTTCTTAAGCATTGTTTTAGCTCGGAATTTCCATTTCCCCTTTATT
Found at i:2046089 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 2045954--2046117 Score: 253
Period size: 81 Copynumber: 2.0 Consensus size: 81
2045944 TAACCACAAG
* *
2045954 GTCGAAGGTTCAAGCCCTTCTTTTAGCTTTGTAATTTAAATTGTTCATTTCCCA-TTACTTTCAA
1 GTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCTTTGTAATTTAAATTGTTCATTTCCCATTTACTTTCAA
2046018 AATATTACCAATT-TATA
66 AA-A-TACCAATTATATA
*
2046035 GTCGAAGGTTCAAGCCC-CCTTCTAGCTTGTTTAATTTAAATTGTTCATTTCCCATTTACTTTCA
1 GTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCTT-TGTAATTTAAATTGTTCATTTCCCATTTACTTTCA
2046099 AAAATACCAATTATATA
65 AAAATACCAATTATATA
2046116 GT
1 GT
2046118 TATATAAGGA
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 3, Indels: 6
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
80 17 0.22
81 48 0.62
82 12 0.16
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (81 bp):
GTCGAAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCTTTGTAATTTAAATTGTTCATTTCCCATTTACTTTCAA
AAATACCAATTATATA
Found at i:2048269 original size:60 final size:57
Alignment explanation
Indices: 2048146--2048298 Score: 184
Period size: 60 Copynumber: 2.7 Consensus size: 57
2048136 TAAGTCATGC
* *
2048146 TTGTTGAGTCTC-AG-CTATTAAAAGTTACAAAATGATCCGATTATAAAGAATTGTT
1 TTGTTGAGTCTCTCGACTATTAAAAGTTACAAAATGGTCCGATTATAAAGAATTGTT
* ** **
2048201 TTATTGAGTCTCTCGACTATTAAAAGTTACAAAATGGTCTCATGATTATATGGTGTTGTT
1 TTGTTGAGTCTCTCGACTATTAAAAGTTACAAAATGGTC-C--GATTATAAAGAATTGTT
* *
2048261 TTGTTGAGTCTCTCGATTATTAAAAGTTATAAAATGGT
1 TTGTTGAGTCTCTCGACTATTAAAAGTTACAAAATGGT
2048299 TAATCGTCTG
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 10, Indels: 5
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
55 11 0.13
56 1 0.01
57 22 0.27
58 1 0.01
60 48 0.58
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (57 bp):
TTGTTGAGTCTCTCGACTATTAAAAGTTACAAAATGGTCCGATTATAAAGAATTGTT
Found at i:2060573 original size:351 final size:350
Alignment explanation
Indices: 2059916--2060630 Score: 1269
Period size: 351 Copynumber: 2.0 Consensus size: 350
2059906 TAAGGCGAAC
*
2059916 AAACGAAATAAAGAAAGTATAATGTACACAAAAAGAAAGAATGAAATACGAATAAAATTTACAAG
1 AAACAAAATAAAGAAAGTATAATGTACACAAAAAGAAAGAATGAAATACGAATAAAATTTACAAG
2059981 GAAAAATACGAAAATTCAAATAAAGAAAAAAAAAGAATAAAAATAAATAGATAGGTAAATAAAAT
66 GAAAAATACGAAAATTCAAAT-AAGAAAAAAAAAGAATAAAAATAAATAGATAGGTAAATAAAAT
2060046 ATACATGAATAAAAATATAAAAACAAAGAAAATGAAAAAAAAATATGAGTAATATATATAATAAA
130 ATACATGAATAAAAATATAAAAACAAAGAAAATGAAAAAAAAATATGAGTAATATATATAATAAA
*
2060111 ATAACATGTAATAAAAGAAAAATAGGTAATGTATATATATATATAAACTAATAAGAATATAATAT
195 ATAACATGTAATAAAAGAAAAATAGGTAATATATATATATATATAAACTAATAAGAATATAATAT
2060176 AATATAGTGTAAATAAATAAAAATCCAAATATCTATATATAAAGAGTAAATACGAGATATAATAA
260 AATATAGTGTAAATAAATAAAAATCCAAATATCTATATATAAAGAGTAAATACGAGATATAATAA
2060241 ATATATAAGTATAAAGGGGTAAAATG
325 ATATATAAGTATAAAGGGGTAAAATG
2060267 AAACAAAATAAAGAAAGTATAATGTACACAAAAAGAAAGAATGAAATACGAATAAAATTTACAAG
1 AAACAAAATAAAGAAAGTATAATGTACACAAAAAGAAAGAATGAAATACGAATAAAATTTACAAG
* * *
2060332 GAAAAATACGAAAATTCAAAT-A-AAAAAAGAATAA-AAATATAAATAGATAGGTAAATAAAATA
66 GAAAAATACGAAAATTCAAATAAGAAAAAAAAAGAATAAAAATAAATAGATAGGTAAATAAAATA
2060394 TACATGAATAAAAAATATAAAAACAAAGAAAATGAAAAATACAAATATGAGTAATATATATATAA
131 TACATGAAT-AAAAATATAAAAACAAAGAAAATGAAAAA-A-AAATATGAGT-A-ATATATATAA
* *
2060459 TAAAATAGCATGTAATAAAAGAAAAATATGTAATATATATATATATATAAACTAATAAGAATATA
191 TAAAATAACATGTAATAAAAGAAAAATAGGTAATATATATATATATATAAACTAATAAGAATATA
2060524 ATAT-A-ATAGTGTAAATAAATAAAAATCCAAATATCTATATATAAAAGAGTAAATACGAGATAT
256 ATATAATATAGTGTAAATAAATAAAAATCCAAATATCTATATAT-AAAGAGTAAATACGAGATAT
2060587 AATAAATATATAAGTATAAAGGGGTAAAATG
320 AATAAATATATAAGTATAAAGGGGTAAAATG
2060618 AAACAAAATAAAG
1 AAACAAAATAAAG
2060631 TTAGATGGTC
Statistics
Matches: 351, Mismatches: 7, Indels: 12
0.95 0.02 0.03
Matches are distributed among these distances:
347 36 0.10
348 39 0.11
349 2 0.01
350 47 0.13
351 151 0.43
352 76 0.22
ACGTcount: A:0.62, C:0.04, G:0.11, T:0.23
Consensus pattern (350 bp):
AAACAAAATAAAGAAAGTATAATGTACACAAAAAGAAAGAATGAAATACGAATAAAATTTACAAG
GAAAAATACGAAAATTCAAATAAGAAAAAAAAAGAATAAAAATAAATAGATAGGTAAATAAAATA
TACATGAATAAAAATATAAAAACAAAGAAAATGAAAAAAAAATATGAGTAATATATATAATAAAA
TAACATGTAATAAAAGAAAAATAGGTAATATATATATATATATAAACTAATAAGAATATAATATA
ATATAGTGTAAATAAATAAAAATCCAAATATCTATATATAAAGAGTAAATACGAGATATAATAAA
TATATAAGTATAAAGGGGTAAAATG
Found at i:2062470 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 2062409--2062564 Score: 141
Period size: 43 Copynumber: 3.4 Consensus size: 43
2062399 ACCAGCGGTC
2062409 CCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATAT
1 CCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATAT
* * * * * ** ***
2062452 CCTTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGGAAATTGTTTATTGACAACCAGCGGT
1 CCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCG---TTG--TCTGGA-GTCCA-ATAT
2062502 CCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATAT
1 -CCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATAT
*
2062546 CCTTCGTTGTGAAGTTGAA
1 CCTTCGTCGTGAAGTTGAA
2062565 ATTGGCTCTG
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 21, Indels: 16
0.69 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
43 40 0.48
44 1 0.01
45 3 0.04
46 7 0.08
48 7 0.08
49 3 0.04
50 1 0.01
51 22 0.26
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.26, T:0.35
Consensus pattern (43 bp):
CCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATAT
Found at i:2062645 original size:98 final size:98
Alignment explanation
Indices: 2062389--2062973 Score: 991
Period size: 98 Copynumber: 5.9 Consensus size: 98
2062379 TGGGAAGTTA
2062389 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCC
1 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCC
2062454 TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGG----GAAATTG
66 TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTG
2062483 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCC
1 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCC
2062548 TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTG
66 TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTG
2062581 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGT-TAGGAGTCCAATATC
1 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCT-GGAGTCCAATATC
*
2062645 CTTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCCCTGAAATTG
65 CTTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTG
* *
2062679 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTATGAAGTCCAATATCC
1 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCC
*
2062744 TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCCCTGAAATTG
66 TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTG
*
2062777 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCATCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCC
1 TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCC
2062842 TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTGAG
66 TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATT--G
* *
2062877 AAATGTCTGTTGACAACCAGCGGTCCCTTCGCCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAA
1 ---T-T-TATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAA
*
2062942 TATCCTTCGTTGTGAAGTTGAAATTGACTCTG
61 TATCCTTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTG
2062974 GGTAAAACCT
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 10, Indels: 15
0.95 0.02 0.03
Matches are distributed among these distances:
94 87 0.19
97 1 0.00
98 290 0.62
99 1 0.00
100 1 0.00
103 1 0.00
104 1 0.00
105 86 0.18
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.24, T:0.34
Consensus pattern (98 bp):
TTTATTGACAACCAGCGGTCCCTTCGTCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCC
TTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTG
Found at i:2062711 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 2062644--2062815 Score: 172
Period size: 55 Copynumber: 3.3 Consensus size: 55
2062634 AGTCCAATAT
*
2062644 CCTTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCCCTGAAATTGTTTATTGACAACCAGCGGTC
1 CCTTCGTCGTGAAGTTGAAATTGGCCCTGAAATTGTTTATTGACAACCAGCGGTC
* * ***
2062699 CCTTCGTCGTGAAGTTGAACTT-G--C-G---TTG--TA-TGA-AGTCCA-ATAT-
1 CCTTCGTCGTGAAGTTGAAATTGGCCCTGAAATTGTTTATTGACA-ACCAGCGGTC
*
2062742 CCTTCGTTGTGAAGTTGAAATTGGCCCTGAAATTGTTTATTGACAACCAGCGGTC
1 CCTTCGTCGTGAAGTTGAAATTGGCCCTGAAATTGTTTATTGACAACCAGCGGTC
*
2062797 CCTTCATCGTGAAGTTGAA
1 CCTTCGTCGTGAAGTTGAA
2062816 CTTGCGTTGT
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 14, Indels: 28
0.68 0.11 0.21
Matches are distributed among these distances:
43 20 0.22
44 3 0.03
45 6 0.07
46 3 0.03
47 1 0.01
48 3 0.03
50 3 0.03
51 1 0.01
52 3 0.03
53 6 0.07
54 3 0.03
55 37 0.42
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.23, T:0.33
Consensus pattern (55 bp):
CCTTCGTCGTGAAGTTGAAATTGGCCCTGAAATTGTTTATTGACAACCAGCGGTC
Found at i:2062931 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 2062781--2062973 Score: 359
Period size: 105 Copynumber: 1.8 Consensus size: 105
2062771 AAATTGTTTA
*
2062781 TTGACAACCAGCGGTCCCTTCATCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCCTTCG
1 TTGACAACCAGCGGTCCCTTCACCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCCTTCG
*
2062846 TTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTGAGAAATGTCTG
66 TTGTGAAGTTGAAATTGACTCTGAAATTGAGAAATGTCTG
*
2062886 TTGACAACCAGCGGTCCCTTCGCCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCCTTCG
1 TTGACAACCAGCGGTCCCTTCACCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCCTTCG
2062951 TTGTGAAGTTGAAATTGACTCTG
66 TTGTGAAGTTGAAATTGACTCTG
2062974 GGTAAAACCT
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
105 85 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.21, G:0.25, T:0.32
Consensus pattern (105 bp):
TTGACAACCAGCGGTCCCTTCACCGTGAAGTTGAACTTGCGTTGTCTGGAGTCCAATATCCTTCG
TTGTGAAGTTGAAATTGACTCTGAAATTGAGAAATGTCTG
Found at i:2063831 original size:11 final size:10
Alignment explanation
Indices: 2063810--2063834 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 2.5 Consensus size: 10
2063800 CTAAACGTTC
2063810 TTTTCTTTTT
1 TTTTCTTTTT
2063820 TTTTCTTTTT
1 TTTTCTTTTT
2063830 TTTTC
1 TTTTC
2063835 AACTTAGGAC
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*
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TA
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* * *
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* * *
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*
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1 G
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*
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* ** *
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*
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*
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*
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*
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1 T
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* * *
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*
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* *
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*
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* *
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*
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*
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*
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*
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*
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1 T-TTTATTTTA
2102337 GGTCCATTAA
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*
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*
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TCTTTT
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*
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*
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*
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*
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*
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* *
2118152 ATCGAGAATAAAT-AACTCTCATGCCTTAAAGCAGTCATTTATTACTCCAAT-GAAATGAAGATA
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* * * * * * * *
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2118280 A
131 A
* * * **
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* ** * * *
2118346 TATCACTATTCCGTCTTAAAAATCAATATTGATTCAAGAGAAAATGGTAATATCGAATTATTCCC
66 TATCACTATTCCATCTTAAAAATCAATATCAATTCAAGAGAAAACGATAATATCGAATGATTCCC
2118411 A
131 A
* * * * *
2118412 ATCGAGAATAAATGACCTCCCATGCCTTAAAGCATTCATTTATTACTCCAACCCAAATGAAA-AG
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*
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A
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*
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*
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2123964 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
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1 AT AT
2124010 CAGAAAACCA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 44 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Done.