genome.fa.s8312.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008312.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111005_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1258310

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  4  of  6  ( 670 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
653597--653696	12	8.7	11	72	12	69	4	19	2	75	1.07
653594--653665	22	3.2	22	79	13	76	4	19	1	75	1.05
653576--653696	34	3.4	32	73	20	89	4	19	1	74	1.09
653575--653643	17	3.9	17	81	11	68	7	20	0	72	1.08
653611--653683	6	13.2	5	77	20	51	5	19	1	73	1.09
653591--653672	40	2.0	41	84	11	107	6	19	1	73	1.11
653634--653699	18	3.9	16	77	18	71	3	16	3	77	1.02
653635--653698	16	3.9	16	80	13	69	3	17	3	76	1.04
653635--653712	34	2.2	34	84	11	95	7	14	2	75	1.12
654788--654822	6	5.8	6	100	0	70	31	34	17	17	1.93
656787--656908	40	3.0	40	96	0	226	33	27	16	22	1.95
660082--660130	23	2.1	23	88	7	73	28	2	10	59	1.41
669487--669539	27	1.9	28	85	11	74	26	5	26	41	1.78
672761--672799	20	2.0	20	89	0	60	23	20	17	38	1.93
672865--672936	20	3.6	20	82	0	99	22	16	18	43	1.88
672864--672955	40	2.3	40	90	0	148	20	16	20	42	1.89
672885--672972	20	4.4	20	73	9	72	19	19	21	39	1.92
672925--672978	20	2.7	21	82	5	67	18	16	24	40	1.90
672986--673057	20	3.5	20	72	10	74	29	27	12	30	1.93
673163--673215	20	2.6	20	79	11	63	20	16	18	43	1.88
673305--673379	20	3.8	19	78	15	73	17	14	21	46	1.83
673560--673686	60	2.1	60	89	0	191	21	18	17	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
673560--673702	20	7.2	20	83	1	162	20	18	18	42	1.89
673692--673747	20	2.8	20	81	8	69	17	16	30	35	1.92
674382--674440	30	2.0	30	86	6	84	42	13	1	42	1.54
680612--680659	20	2.4	20	82	6	62	43	6	10	39	1.64
680825--680915	40	2.5	35	81	12	96	41	5	15	37	1.70
680825--680903	40	2.0	40	97	0	149	43	3	16	36	1.66
680920--680972	20	2.7	20	82	5	63	33	16	11	37	1.85
682207--682251	18	2.5	17	82	10	54	62	2	6	28	1.33
683106--683154	25	2.0	25	91	0	80	44	2	4	48	1.33
684430--684481	7	7.4	7	100	0	104	57	28	0	13	1.36
691559--691623	28	2.3	28	89	0	94	29	10	12	47	1.75
691695--691738	14	3.0	15	83	6	54	36	2	13	47	1.56
692921--692972	27	2.0	27	88	3	79	32	19	13	34	1.90
693021--693233	36	5.9	36	89	4	331	18	24	20	36	1.95
693021--693238	72	3.0	72	97	0	409	17	24	20	37	1.94
694826--694877	27	2.0	27	88	3	79	32	19	13	34	1.90
694841--694890	26	1.9	26	84	8	66	32	24	12	32	1.91
695390--695433	22	2.0	22	86	0	61	25	18	6	50	1.71
701036--701069	9	3.9	9	84	7	52	61	2	0	35	1.11
701016--701069	16	3.3	16	89	2	72	61	1	1	35	1.18
701032--701070	17	2.4	17	95	4	71	61	5	0	33	1.18
706956--706991	18	2.0	18	100	0	72	50	16	16	16	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
711272--711312	20	2.0	20	90	0	64	31	14	4	48	1.65
714830--714878	18	2.7	20	75	18	61	55	0	4	40	1.19
720660--720689	14	2.1	15	93	6	53	63	6	0	30	1.20
721369--721422	27	2.0	27	96	0	99	40	20	14	24	1.90
725460--725501	21	2.0	21	90	0	66	23	23	23	28	2.00
725466--725517	21	2.5	21	80	0	59	26	30	19	23	1.98
729241--729278	20	1.9	19	89	5	58	34	5	10	50	1.59
730610--730649	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
731267--731309	21	2.0	21	95	0	77	60	0	0	39	0.97
731788--731849	29	2.1	29	84	0	79	43	11	11	33	1.76
732971--733035	2	33.0	2	96	3	123	50	0	0	49	1.00
733050--733113	14	4.2	15	72	22	53	67	3	1	28	1.15
733068--733105	15	2.4	16	86	4	51	73	0	2	23	0.95
734823--735496	106	6.4	106	93	1	1057	22	18	25	33	1.97
736267--736376	57	1.9	57	90	0	175	13	21	11	52	1.72
746830--746884	2	28.0	2	96	3	103	50	0	0	49	1.00
749896--750141	105	2.4	103	79	8	268	46	6	14	32	1.69
752237--752273	16	2.3	16	100	0	74	13	0	10	75	1.04
753477--753559	10	7.7	11	68	21	52	45	0	0	54	0.99
756933--756959	13	2.1	13	100	0	54	22	25	14	37	1.93
759511--759564	26	2.1	26	92	0	90	29	9	16	44	1.79
762966--763025	29	2.1	29	93	0	102	33	25	20	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765844--765966	48	2.5	50	73	16	123	18	33	26	21	1.96
768937--769057	51	2.4	51	80	2	127	26	28	31	14	1.94
781894--782029	68	2.0	68	98	0	263	27	17	17	37	1.92
782361--782406	22	2.0	22	83	12	56	45	0	4	50	1.21
782573--782644	36	2.0	36	100	0	144	36	5	2	55	1.38
782558--782642	20	4.5	19	70	15	70	35	5	1	57	1.30
783192--783312	47	2.5	46	80	7	118	23	23	27	25	2.00
786878--786964	35	2.5	34	78	12	88	55	10	6	27	1.59
789295--789327	9	3.8	9	84	8	50	60	3	0	36	1.12
789295--789328	17	2.0	17	100	0	68	58	5	0	35	1.22
790053--790107	23	2.4	23	96	0	101	18	9	9	63	1.49
790717--790785	34	2.0	35	86	8	97	66	7	4	21	1.34
801915--801945	12	2.6	12	89	0	53	38	9	29	22	1.86
803215--804042	201	4.1	201	81	4	920	31	13	16	38	1.88
803235--804042	405	2.0	399	88	2	1199	31	13	16	38	1.88
806481--806510	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
806815--806852	15	2.5	15	91	0	67	34	5	44	15	1.69
807325--808290	198	4.9	198	94	1	1679	30	16	15	36	1.91
808622--808672	19	2.7	19	93	0	84	56	9	1	31	1.43
809819--809871	17	3.1	17	94	0	97	30	9	7	52	1.61
810856--810911	24	2.5	22	77	13	60	51	8	1	37	1.44
812790--812836	20	2.3	20	75	7	51	14	19	14	51	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812784--813287	166	2.9	166	82	12	595	25	16	13	44	1.85
812950--813397	182	2.4	181	85	5	600	26	16	13	43	1.85
815704--815742	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
816452--816494	21	2.0	21	86	0	59	39	25	11	23	1.88
820371--820427	28	2.0	28	100	0	114	17	29	14	38	1.89
824815--824875	21	3.0	21	77	17	58	34	3	0	62	1.12
824830--824911	21	3.8	21	73	25	64	32	0	1	65	1.00
824830--824902	24	3.2	23	74	16	64	34	0	1	64	1.02
824870--824914	16	2.7	17	83	13	58	35	0	2	62	1.08
824821--824904	9	9.9	8	71	20	55	34	1	1	63	1.10
824851--824913	33	2.0	31	84	12	83	33	0	1	65	1.03
828116--828160	21	2.1	21	83	0	54	31	6	35	26	1.82
830604--830642	17	2.3	17	100	0	78	35	0	30	33	1.58
831340--831797	59	7.8	58	86	2	517	37	10	21	31	1.86
831331--831880	59	9.3	59	80	6	508	37	10	21	30	1.87
831331--831880	177	3.1	178	81	7	656	37	10	21	30	1.87
831826--831940	60	1.9	61	87	1	169	35	13	21	28	1.92
832101--832246	45	3.3	45	85	4	188	40	6	19	34	1.76
835497--835562	27	2.4	27	100	0	132	37	15	9	37	1.79
835656--835694	8	4.9	8	90	9	62	23	2	0	74	0.94
836127--836172	22	2.0	22	88	12	67	43	0	2	54	1.12
840351--840383	17	1.9	17	93	0	57	33	30	12	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840543--840618	32	2.4	32	95	0	143	32	13	22	31	1.92
845895--845972	2	39.0	2	100	0	156	50	0	0	50	1.00
846431--846521	23	3.8	23	82	8	103	58	23	12	6	1.57
846500--846541	20	2.1	20	90	0	66	52	23	16	7	1.68
846745--846775	14	2.2	14	94	0	53	54	22	16	6	1.64
846725--846786	24	2.6	23	87	5	88	54	19	14	11	1.69
855610--855640	4	7.5	4	96	3	53	51	0	3	45	1.17
855737--855775	20	2.0	20	89	0	60	64	5	0	30	1.15
859053--859093	16	2.6	16	88	3	57	29	21	12	36	1.90
860276--860340	19	3.4	19	79	10	62	35	15	3	46	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6