genome.fa.s8384.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008384.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111146_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  473027

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47--118	20	3.5	20	78	12	67	29	27	16	26	1.97
2368--2413	23	1.9	24	86	8	67	67	4	0	28	1.10
3444--5105	330	5.0	336	92	4	2755	34	15	8	41	1.77
5912--5967	28	1.9	30	89	7	89	41	8	16	33	1.79
8346--8384	20	2.0	20	85	10	53	35	2	2	58	1.25
8346--8399	26	2.1	26	82	6	65	37	1	3	57	1.27
9725--9839	60	1.9	59	82	5	142	37	4	19	39	1.71
10236--12143	4	483.8	4	95	3	3480	49	25	0	24	1.52
13263--13305	15	2.6	16	89	10	61	34	13	9	41	1.77
14810--14866	24	2.4	24	87	0	78	35	15	19	29	1.93
22965--23007	19	2.3	19	84	8	52	30	2	6	60	1.35
22992--23025	12	2.9	12	91	4	52	23	0	2	73	0.97
22992--23016	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
31233--31267	17	2.1	17	100	0	70	22	8	17	51	1.72
32261--32303	21	2.0	21	100	0	86	32	4	4	58	1.39
32661--32755	36	2.6	36	96	0	172	43	6	15	34	1.73
34234--34284	18	2.8	18	100	0	102	29	0	15	54	1.41
38392--38452	21	3.2	21	65	26	62	31	4	16	47	1.68
38391--38461	36	2.0	35	97	2	133	30	5	16	46	1.70
39449--39491	21	2.0	21	100	0	86	32	4	4	58	1.39
47535--47590	20	2.8	20	83	8	69	17	26	33	21	1.96
47553--47619	23	3.2	20	83	8	64	17	28	31	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51301--51340	20	2.0	21	85	5	55	25	17	10	47	1.78
51633--51671	15	2.6	15	95	0	69	20	33	10	35	1.86
54131--54178	21	2.3	21	89	7	71	35	25	20	18	1.95
55494--55538	23	2.0	23	86	0	63	35	26	15	22	1.94
60013--60055	21	2.0	21	100	0	86	32	4	4	58	1.39
60407--60501	36	2.6	36	98	0	181	44	6	15	33	1.72
66130--66190	21	3.2	21	65	26	62	31	4	16	47	1.68
66129--66208	36	2.2	36	93	2	135	31	5	18	45	1.71
67204--67246	21	2.0	21	100	0	86	32	4	4	58	1.39
67598--67692	36	2.6	36	98	0	181	44	6	15	33	1.72
78391--78433	21	2.0	21	100	0	86	58	4	4	32	1.39
80488--80624	65	2.1	64	78	1	139	30	21	21	26	1.98
82953--82999	23	2.0	23	83	0	58	21	14	27	36	1.93
84291--84338	21	2.3	21	89	7	71	18	20	25	35	1.95
90867--90914	19	2.6	18	87	9	69	18	33	29	18	1.95
101094--101144	18	2.8	18	93	0	93	54	13	0	31	1.39
102624--102718	36	2.6	36	96	0	172	34	15	6	43	1.73
103075--103117	21	2.0	21	100	0	86	58	4	4	32	1.39
115047--115092	24	1.9	24	86	8	67	28	26	15	30	1.96
115200--115247	23	2.1	23	81	11	55	60	25	2	12	1.43
119424--119477	26	2.1	26	82	3	65	55	5	7	31	1.51
119566--119635	24	2.9	24	81	8	63	27	20	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121127--121184	15	3.7	15	93	6	89	43	8	13	34	1.75
122378--124523	4	538.8	4	98	0	4202	24	0	25	50	1.50
124924--125054	60	2.2	60	79	6	142	38	20	4	35	1.73
128778--128861	30	2.8	31	83	8	102	27	20	8	44	1.80
129645--131327	339	5.0	338	94	2	2936	41	8	14	35	1.77
129645--131319	675	2.5	676	94	2	2956	41	8	14	35	1.77
132791--132833	21	2.0	21	81	4	50	55	13	20	9	1.66
134756--134809	20	2.6	20	82	5	63	25	16	31	25	1.97
135291--135340	21	2.4	21	83	6	57	42	10	18	30	1.82
135495--135568	23	3.4	22	76	9	62	20	17	28	33	1.95
135516--135575	23	2.7	23	84	2	68	16	16	28	38	1.91
135474--135588	21	5.3	21	74	15	92	20	17	27	33	1.95
141717--141831	54	2.1	54	85	6	153	27	20	22	28	1.99
141717--141851	54	2.5	54	83	5	141	27	20	22	28	1.99
142230--142279	21	2.4	21	86	6	66	40	10	20	30	1.85
142456--142517	23	2.7	23	97	0	115	19	25	25	29	1.99
147677--147809	20	6.6	20	74	5	124	15	23	23	38	1.92
147652--147768	61	1.9	60	96	1	216	16	23	23	37	1.93
147697--147812	40	2.9	41	93	2	207	17	21	24	37	1.94
147656--147789	61	2.2	61	89	2	198	17	21	24	35	1.95
147803--147853	22	2.3	22	100	0	102	17	17	27	37	1.93
147963--148007	6	7.5	6	100	0	90	33	51	15	0	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150268--150299	16	2.0	16	100	0	64	31	18	12	37	1.88
151200--151231	14	2.1	16	88	11	50	15	15	18	50	1.79
151507--151537	10	3.1	10	90	0	53	9	12	19	58	1.62
151603--151643	16	2.7	16	88	7	59	12	9	17	60	1.57
156873--156923	23	2.2	23	85	3	66	58	15	17	7	1.60
162435--162508	30	2.4	31	90	2	123	31	5	8	55	1.52
162672--162713	22	1.9	22	90	0	66	69	4	0	26	1.08
175659--175726	33	2.1	33	100	0	136	47	5	2	44	1.42
176325--176378	28	1.9	28	100	0	108	29	5	22	42	1.76
177007--177048	21	2.0	22	90	4	68	38	21	23	16	1.93
178309--178507	29	7.0	29	77	6	165	30	3	15	50	1.61
179281--179310	15	2.0	15	93	0	51	30	16	13	40	1.87
180669--180701	5	6.8	5	93	6	59	0	21	57	21	1.41
180669--180701	14	2.3	14	94	5	57	0	21	57	21	1.41
182226--182260	17	2.1	17	100	0	70	20	28	11	40	1.87
185095--185133	15	2.6	15	84	11	53	2	53	2	41	1.28
186127--186172	21	2.2	21	92	0	74	15	15	32	36	1.88
187660--187706	23	2.0	23	83	0	58	36	17	23	23	1.95
188222--188396	44	4.0	44	91	0	287	32	22	5	38	1.78
188534--188661	60	2.2	60	80	8	145	30	22	11	35	1.90
188474--188969	59	8.5	59	77	10	419	29	22	11	36	1.89
188693--188981	113	2.5	115	81	9	356	29	23	11	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189934--189961	7	4.0	7	100	0	56	14	28	0	57	1.38
190768--190839	30	2.4	30	88	0	108	38	20	22	18	1.93
192203--192335	28	4.7	29	66	15	80	52	13	4	29	1.60
192203--192374	57	3.0	57	93	0	290	52	13	5	29	1.62
192231--192370	28	4.9	28	65	14	90	53	12	4	29	1.58
192404--192460	28	2.0	29	86	3	80	56	26	7	10	1.59
199054--199099	21	2.2	21	88	0	65	23	23	23	28	2.00
202923--203505	293	2.0	293	89	2	895	29	11	17	41	1.85
206015--206056	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
207656--207768	60	1.9	60	81	3	138	33	15	13	37	1.87
209705--209755	21	2.4	21	76	0	57	74	1	5	17	1.11
212480--212577	26	3.7	27	72	13	96	23	0	9	67	1.19
212486--212599	52	2.2	52	98	0	219	26	0	7	66	1.17
212515--212596	18	4.6	19	67	21	61	26	0	6	67	1.14
212515--212596	26	3.2	26	71	13	87	26	0	6	67	1.14
216721--216798	37	2.1	37	83	7	95	47	1	3	47	1.28
218768--218808	16	2.5	17	80	15	50	36	0	4	58	1.20
221838--221873	15	2.4	15	90	0	54	13	38	5	41	1.68
221847--221876	15	2.0	15	100	0	60	13	40	6	40	1.71
229798--229941	30	4.5	30	74	18	121	45	0	4	49	1.26
229798--229915	15	7.5	15	79	13	121	46	0	2	50	1.21
229918--229960	22	2.0	22	100	0	86	39	0	9	51	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229895--230186	32	10.4	32	72	26	277	35	0	11	52	1.37
229895--230445	54	10.1	54	83	8	663	35	0	11	52	1.38
229972--230014	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
230026--230068	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
230080--230122	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
230213--230428	32	7.7	32	70	24	150	36	0	10	53	1.36
230246--230288	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
230300--230364	22	3.0	22	95	0	112	40	0	9	50	1.34
230080--230588	242	2.1	246	93	2	877	33	0	12	53	1.40
230351--230406	14	3.7	14	73	17	58	37	0	3	58	1.15

Tables:   1   2   3