genome.fa.s8482.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008482.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111314_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  206108

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1260--1284	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2721--2765	14	3.1	14	90	3	72	77	0	0	22	0.76
2929--3049	35	3.6	33	76	13	97	40	5	4	49	1.46
2891--3116	33	6.7	33	71	19	121	41	5	4	48	1.47
2891--3078	32	5.7	32	73	14	100	40	5	4	48	1.48
2967--3051	34	2.4	36	80	7	102	38	4	3	52	1.39
3103--3167	2	33.5	2	93	6	116	49	0	0	50	1.00
11397--11443	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
11861--11890	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
12111--12175	29	2.2	30	88	2	96	32	0	24	43	1.55
12641--12706	32	2.1	32	85	2	89	48	1	1	48	1.20
12721--12809	43	2.1	43	91	4	144	42	6	5	44	1.54
22513--22564	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
22523--22585	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
22601--22646	21	2.2	21	84	7	58	36	10	10	41	1.75
22982--23068	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
23325--23361	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
23609--23659	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
23932--23989	23	2.7	20	80	15	62	37	20	6	34	1.80
24308--24346	20	2.0	20	89	0	60	48	10	15	25	1.76
24349--24400	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
24359--24421	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23691--24518	426	1.9	425	95	2	1506	39	12	8	39	1.74
28104--28183	3	27.0	3	75	2	72	23	35	6	35	1.80
28104--28187	12	7.1	12	84	1	89	23	34	7	34	1.82
28142--28195	12	4.6	12	86	4	65	18	37	11	33	1.86
29646--31601	198	9.9	199	96	1	3528	31	16	15	36	1.90
29646--31601	397	4.9	397	95	1	3533	31	16	15	36	1.90
31720--31768	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
33561--33626	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
35927--35969	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
36100--36145	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
36204--36651	228	2.0	227	95	1	799	39	7	8	45	1.61
38032--38150	35	3.3	36	85	5	152	32	4	17	45	1.68
38032--38150	37	3.3	36	84	8	145	32	4	17	45	1.68
39478--39517	20	2.0	20	95	0	71	17	25	35	22	1.95
43694--43761	36	1.9	35	90	3	109	29	4	19	47	1.69
45017--45091	37	2.0	37	97	0	141	44	18	6	30	1.76
46878--46916	20	2.0	20	89	0	60	41	20	0	38	1.53
52486--52530	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
54108--54193	42	2.0	42	84	0	109	26	16	19	37	1.93
54112--54233	21	5.8	20	72	11	82	28	13	20	36	1.91
54166--54267	44	2.3	44	81	3	116	25	14	23	36	1.93
55991--56043	21	2.5	21	93	0	97	39	13	22	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56877--56942	24	2.8	24	86	2	98	27	25	25	21	1.99
59773--59839	29	2.3	29	94	0	116	44	4	17	32	1.69
64744--64851	38	2.8	38	84	1	126	43	12	5	38	1.65
64972--65280	114	2.7	114	82	2	343	42	13	6	37	1.70
65017--65300	58	4.9	58	85	3	322	42	14	7	36	1.73
65438--65547	45	2.7	40	76	14	114	40	16	8	34	1.78
65453--65570	45	2.6	45	81	7	150	40	16	6	36	1.75
69909--70012	52	2.0	52	92	3	174	32	4	22	40	1.75
73031--73122	30	3.1	29	76	7	96	43	4	15	36	1.66
79258--79317	21	2.9	21	73	19	63	31	3	1	63	1.20
79472--79744	144	1.9	145	92	0	458	26	11	4	57	1.52
82614--82662	2	24.5	2	95	0	89	51	2	0	46	1.12
84262--84291	6	5.0	6	91	0	51	33	3	0	63	1.11
90256--90470	43	5.0	43	81	1	225	29	29	18	21	1.97
90817--91053	66	3.5	66	73	13	210	29	21	10	37	1.87
90869--90983	37	3.1	36	72	3	113	26	23	11	38	1.89
90885--90992	36	3.0	36	71	12	96	26	22	12	38	1.89
91243--91372	40	3.2	39	75	11	129	24	31	17	26	1.97
91244--91433	81	2.3	83	84	4	242	25	28	18	26	1.98
96348--96387	9	4.3	9	85	14	55	32	2	0	65	1.06
96355--96425	32	2.2	31	82	12	81	32	2	2	61	1.24
96363--96406	22	1.9	24	86	9	65	31	4	2	61	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100931--101152	114	1.9	114	87	1	320	25	17	25	31	1.97
119745--119771	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
121098--121213	3	38.0	3	89	3	178	34	0	2	62	1.09
123576--123608	12	2.5	14	90	9	52	24	6	9	60	1.49
130193--130457	83	3.2	83	95	1	460	28	13	20	37	1.91
132996--133050	22	2.5	22	84	0	74	38	10	12	38	1.79
133721--133947	76	3.0	76	98	0	445	22	21	20	35	1.96
133831--134052	105	2.1	105	99	0	435	21	20	22	36	1.96
133907--133976	29	2.4	29	100	0	140	18	18	25	37	1.94
133936--134203	76	3.5	76	99	0	529	21	20	22	35	1.96
134152--134232	29	2.8	29	96	1	144	18	18	24	38	1.93
134088--134308	104	2.1	105	99	0	435	20	20	22	36	1.95
134192--134724	76	7.0	76	99	0	1039	22	20	21	35	1.96
133721--134460	256	2.9	257	99	0	1464	22	20	21	35	1.96
134850--134956	3	35.0	3	86	3	151	34	0	3	61	1.14
142319--142354	13	2.8	13	82	0	54	22	38	19	19	1.93
142360--142396	15	2.4	16	82	13	51	18	24	27	29	1.98
142360--142399	7	5.4	7	85	8	53	17	27	27	27	1.98
144853--144957	24	4.4	24	76	11	81	20	17	16	46	1.84
144890--144959	12	5.8	12	76	6	61	17	14	18	50	1.79
144853--144957	48	2.2	48	81	6	115	20	17	16	46	1.84
144890--144961	24	3.0	24	87	0	108	18	13	18	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145122--145154	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
147961--147992	12	2.6	12	95	5	55	56	0	9	34	1.32
148972--149015	20	2.1	22	87	8	65	29	2	0	68	1.02
155125--155157	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
156169--156315	43	3.3	43	77	3	141	31	16	19	33	1.94
156359--156448	45	2.0	45	81	12	105	26	15	20	37	1.92
157415--157631	64	3.4	64	84	4	235	33	18	19	28	1.96
158251--158343	15	6.2	15	97	0	177	13	20	33	32	1.92
161634--161790	83	1.9	83	82	2	199	31	19	15	34	1.92
161772--161911	42	3.4	41	70	13	115	34	21	15	28	1.94
161738--161901	83	2.0	83	82	1	204	34	19	15	31	1.93
162299--162420	31	3.9	31	91	1	181	20	31	27	21	1.98
162685--162748	31	2.1	30	82	8	76	62	6	10	20	1.49
166879--166942	2	31.5	2	96	3	119	48	0	1	50	1.10
175824--175848	13	1.9	13	100	0	50	24	56	20	0	1.43
184769--184838	7	10.3	7	71	20	51	67	1	31	0	1.00
184770--184821	20	2.6	20	96	0	95	67	0	32	0	0.91
184769--184822	10	5.4	10	72	24	51	68	0	31	0	0.90
184754--184836	27	2.9	28	76	16	82	65	1	33	0	1.01
187012--187192	64	2.8	63	82	3	209	27	17	27	28	1.97
187140--187190	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
187033--187192	65	2.5	65	85	3	207	27	16	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187034--187241	65	3.2	63	80	9	197	27	17	25	29	1.98
195694--195744	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
195590--195795	65	3.2	64	79	12	183	26	16	26	30	1.97
197038--197074	19	2.0	19	89	5	58	29	0	0	70	0.88
197284--197640	113	3.1	114	78	13	379	47	5	10	36	1.60
200247--200289	12	3.8	12	75	12	54	48	18	11	20	1.79
202814--202844	15	2.1	15	100	0	62	32	19	6	41	1.77
204587--204647	29	2.1	29	90	0	95	31	16	21	31	1.95

Tables:   1

The End!