genome.fa.s8541.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008541.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111430_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  269401

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1003--1048	10	5.0	9	82	17	51	71	0	4	23	1.03
1005--1048	13	3.2	13	81	18	54	72	0	4	22	1.02
1905--2143	5	46.6	5	69	22	124	55	3	1	38	1.28
1908--2081	2	95.5	2	68	27	104	55	2	1	41	1.20
1908--2150	13	19.8	12	70	22	143	55	3	2	38	1.29
1908--2143	7	32.7	7	73	18	166	55	3	1	38	1.28
3094--3166	23	3.3	22	69	11	69	46	12	24	16	1.81
3084--3186	43	2.4	43	93	0	170	47	15	21	15	1.82
3117--3183	20	3.2	20	70	12	62	50	13	20	14	1.77
9717--9771	3	17.3	3	82	17	67	32	0	0	67	0.91
9717--9779	12	5.0	13	81	16	62	31	0	1	66	1.01
11330--11373	22	2.0	22	81	0	52	27	4	15	52	1.63
12745--12816	33	2.2	33	100	0	144	26	9	27	36	1.88
16496--16543	4	12.5	4	91	8	82	50	25	0	25	1.50
16496--16538	22	2.0	22	100	0	86	51	25	0	23	1.49
17024--17121	37	2.8	35	79	4	108	35	17	12	34	1.87
17376--17612	29	8.2	29	74	14	172	25	10	15	48	1.77
17342--17673	147	2.3	146	95	3	609	26	11	15	46	1.80
17512--17627	54	2.1	54	80	10	128	28	8	14	48	1.73
17713--17781	28	2.5	28	90	4	104	34	7	14	43	1.73
17759--17885	37	3.6	37	69	16	117	31	11	11	44	1.77
17726--17950	67	3.4	65	86	5	285	30	11	12	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18119--18242	63	2.0	63	87	3	178	29	14	12	43	1.82
18224--18303	40	2.0	40	87	4	117	31	20	11	37	1.87
18345--18405	31	2.0	30	81	12	70	32	14	9	42	1.79
18675--18770	36	2.7	34	79	10	95	30	16	12	40	1.86
18696--18770	35	2.1	36	85	7	100	36	18	10	34	1.86
19120--19349	40	5.4	41	70	18	150	26	33	17	22	1.96
19139--19447	131	2.3	131	88	3	453	25	31	17	25	1.97
19642--19705	3	20.3	3	87	12	85	32	0	0	67	0.91
23381--23434	2	26.0	2	92	7	90	48	3	0	48	1.19
27922--27965	19	2.3	19	84	0	61	56	4	2	36	1.32
33566--33592	13	2.1	13	100	0	54	48	14	0	37	1.45
42276--42377	43	2.3	44	81	1	116	26	17	25	30	1.97
52076--52108	2	16.5	2	93	0	57	0	51	0	48	1.00
56644--56672	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
60194--60230	17	2.2	17	95	4	67	48	2	0	48	1.15
60964--61005	5	8.4	5	97	0	66	45	33	0	21	1.52
64089--64121	12	2.8	12	100	0	66	60	0	33	6	1.21
69964--70003	13	3.1	13	100	0	80	37	15	25	22	1.93
72375--72544	85	2.0	85	98	0	331	30	24	6	38	1.80
74868--75079	108	2.0	108	100	0	424	34	19	14	31	1.92
78171--78250	23	3.7	22	79	11	76	22	23	30	23	1.99
78190--78250	23	2.7	23	87	2	88	24	22	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83855--83909	21	2.6	21	91	0	92	21	30	25	21	1.98
84801--85162	181	2.0	181	88	1	537	33	19	24	22	1.97
89927--90003	14	5.6	14	72	15	54	80	2	9	7	0.99
89926--90001	27	2.8	28	78	8	84	81	2	7	7	0.96
93897--94348	46	9.9	46	91	4	679	37	6	22	32	1.81
93897--94348	137	3.3	138	93	2	745	37	6	22	32	1.81
95540--95609	34	2.1	32	89	5	104	21	31	15	31	1.95
95825--95864	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
95892--95934	21	2.0	21	95	0	77	27	27	20	23	1.99
96046--96075	15	2.0	15	100	0	60	13	26	33	26	1.93
96024--96103	22	4.0	21	74	21	82	13	26	37	22	1.91
96025--96097	36	2.0	36	89	2	110	15	26	35	23	1.94
96193--96252	29	2.0	31	93	6	106	43	16	6	33	1.74
97531--97621	40	2.3	38	78	19	96	48	10	7	32	1.67
97749--97825	30	2.6	30	80	0	91	5	16	29	48	1.68
97749--97825	15	5.1	15	80	0	73	5	16	29	48	1.68
117090--117124	15	2.3	15	90	0	52	34	5	14	45	1.68
117130--117160	14	2.1	15	94	5	55	35	12	16	35	1.87
117204--117278	32	2.3	32	90	0	132	34	17	10	37	1.84
121509--121539	14	2.2	14	100	0	62	38	6	19	35	1.77
123894--124321	209	2.0	213	98	1	828	32	24	13	29	1.94
126850--127065	53	4.1	54	79	5	208	33	17	19	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130705--130729	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
132759--132790	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
133191--133318	54	2.4	55	82	2	143	32	19	18	29	1.96
139962--140239	45	6.2	45	88	1	423	29	20	10	39	1.86
139962--140239	134	2.1	135	90	1	432	29	20	10	39	1.86
141499--141649	81	1.9	81	95	0	275	27	21	13	37	1.92
141499--141671	81	2.1	81	90	2	267	27	20	13	38	1.90
141835--142149	55	5.8	54	79	7	289	28	16	19	35	1.93
141835--142151	110	2.9	111	84	2	374	28	16	19	35	1.94
141838--142151	165	1.9	163	82	3	389	28	16	19	35	1.94
141810--142330	54	9.6	53	77	7	230	30	17	19	32	1.95
142138--143286	54	21.3	54	86	0	1474	33	19	17	29	1.95
143630--143768	74	1.9	75	84	4	192	24	23	17	35	1.95
166722--166753	16	2.0	16	93	0	55	28	12	18	40	1.87
169250--169284	6	5.8	6	100	0	70	65	34	0	0	0.93
171247--171443	43	4.7	43	77	6	154	29	15	19	35	1.92
173944--173968	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
180913--180946	18	1.9	17	88	5	50	52	11	8	26	1.67
182343--182395	3	17.3	3	79	11	54	37	0	0	62	0.96
182786--182814	13	2.1	14	93	6	51	75	6	17	0	1.01
183640--183686	22	2.1	22	88	7	69	25	4	2	68	1.19
183692--183723	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189833--189861	8	3.8	8	90	9	51	82	0	17	0	0.66
189833--189861	15	1.9	15	100	0	58	82	0	17	0	0.66
194522--194576	22	2.5	22	90	0	92	32	10	16	40	1.83
195090--195414	166	2.0	166	93	1	562	35	14	12	38	1.83
195418--196358	76	12.4	76	96	0	1693	23	19	21	35	1.96
196497--196546	3	16.7	3	84	12	59	36	0	0	64	0.94
196497--196546	16	3.1	17	80	11	61	36	0	0	64	0.94
196509--196558	25	2.1	25	82	10	61	44	0	0	56	0.99
197793--197844	11	4.7	11	81	13	63	25	1	1	71	1.07
197803--197851	22	2.2	22	89	7	73	26	4	2	67	1.19
197777--197844	33	2.0	36	86	13	99	26	2	1	69	1.12
197793--197851	11	5.4	10	82	15	55	27	3	1	67	1.16
206473--207127	324	2.0	324	97	0	1229	35	22	15	26	1.94
209946--210044	46	2.2	45	89	5	146	32	19	8	40	1.81
210013--210085	36	2.0	36	92	5	121	28	23	5	42	1.76
213277--213319	21	2.0	22	86	4	61	60	25	2	11	1.43
213908--214298	193	2.0	193	96	2	716	34	18	17	28	1.94
215322--215416	44	2.2	44	77	11	106	27	18	25	28	1.98
221065--221115	19	2.7	19	87	6	68	21	19	25	33	1.97
226855--226906	24	2.2	24	93	3	88	30	25	25	19	1.98
226855--226912	24	2.5	24	88	2	73	32	22	24	20	1.98
226909--226981	22	3.2	23	78	3	76	39	21	16	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236007--236064	30	1.9	31	89	10	93	10	17	12	60	1.58
252977--253027	27	1.9	26	84	11	68	74	3	7	13	1.18
254843--254874	16	2.0	16	100	0	64	25	12	18	43	1.85
263473--263500	7	4.0	7	100	0	56	28	42	0	28	1.56
265171--265301	43	3.1	42	81	7	140	29	14	18	37	1.90

Tables:   1

The End!