Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01008579.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111513_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 396338
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.17, T:0.34
File 2 of 2
Found at i:293839 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 293754--293905 Score: 250
Period size: 73 Copynumber: 2.1 Consensus size: 73
293744 ATAGTATATA
*
293754 TATATAGGTCATATGTAAACTATATAGTTTATATATATATAGTTCATATATAAACTATAGTTCAT
1 TATATAGGTCATATGTAAACTATATAGTTTATATATATATAGTTCATATATAAACTATAATTCAT
293819 ATGTAAAC
66 ATGTAAAC
* * *
293827 TATATAGTTCATATGTAAACTATATAGTTTATATATATATAGTTGATATGTAAACTATAATTCAT
1 TATATAGGTCATATGTAAACTATATAGTTTATATATATATAGTTCATATATAAACTATAATTCAT
* *
293892 ATGTATAG
66 ATGTAAAC
293900 TATATA
1 TATATA
293906 AATATAAACT
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 6, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
73 73 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (73 bp):
TATATAGGTCATATGTAAACTATATAGTTTATATATATATAGTTCATATATAAACTATAATTCAT
ATGTAAAC
Found at i:293938 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 293915--293971 Score: 64
Period size: 20 Copynumber: 2.9 Consensus size: 20
293905 AAATATAAAC
*
293915 TATAGTTTACATAAATAGTA
1 TATAGTTTATATAAATAGTA
293935 TATA-TTTATA-AATTATAGTA
1 TATAGTTTATATAA--ATAGTA
*
293955 TGTAGTTTATATAAATA
1 TATAGTTTATATAAATA
293972 TAAATAAACA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 8
0.76 0.05 0.20
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.06
19 5 0.16
20 16 0.52
21 6 0.19
22 2 0.06
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (20 bp):
TATAGTTTATATAAATAGTA
Found at i:294045 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 294020--294069 Score: 66
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
294010 CCCTAAATCA
294020 TATATACTATATA-TATATAAAC
1 TATATACTATATATTA-ATAAAC
* *
294042 TATATAGTTTATATTAATAAAC
1 TATATACTATATATTAATAAAC
294064 TATATA
1 TATATA
294070 ATTTATACAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
22 23 0.92
23 2 0.08
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (22 bp):
TATATACTATATATTAATAAAC
Found at i:294074 original size:22 final size:24
Alignment explanation
Indices: 294027--294076 Score: 77
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
294017 TCATATATAC
*
294027 TATATATATATAAACTATATAGTT
1 TATATATATATAAACTATATAATT
294051 TATAT-TA-ATAAACTATATAATT
1 TATATATATATAAACTATATAATT
294073 TATA
1 TATA
294077 CAATATATTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
22 18 0.72
23 2 0.08
24 5 0.20
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (24 bp):
TATATATATATAAACTATATAATT
Found at i:294224 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 294217--294328 Score: 77
Period size: 2 Copynumber: 54.5 Consensus size: 2
294207 TTATACATGG
* * *
294217 TA TA TA TA GTT TA TA CA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TA AA CTA TA
1 TA TA TA TA -TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA -TA TA
* * * *
294260 TA GTT TA TA TA TA TA -A TA CA TA TA CTT TA TA TA TA AA CTA TA
1 TA -TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA -TA TA TA TA TA TA -TA TA
*
294302 TA GTT TA TA T- TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA -TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
294329 TAGTTGTTTT
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 16, Indels: 18
0.71 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
1 3 0.04
2 76 0.89
3 6 0.07
ACGTcount: A:0.46, C:0.04, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:294271 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 294243--294325 Score: 102
Period size: 22 Copynumber: 3.9 Consensus size: 22
294233 ATAATATATA
294243 TATATATATAAACTATATAGTT
1 TATATATATAAACTATATAGTT
*
294265 TATATATATAATAC-ATATA-CT
1 TATATATATAA-ACTATATAGTT
294286 T-TATATATAAACTATATAGTT
1 TATATATATAAACTATATAGTT
*
294307 TATATTATATATA-TATATA
1 TATA-TATATAAACTATATA
294326 TATTAGTTGT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 3, Indels: 10
0.80 0.05 0.15
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.04
20 14 0.26
21 4 0.08
22 24 0.45
23 9 0.17
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (22 bp):
TATATATATAAACTATATAGTT
Found at i:294304 original size:42 final size:44
Alignment explanation
Indices: 294245--294327 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 1.9 Consensus size: 44
294235 AATATATATA
294245 TATATATAAACTATATAGTTTATA-TATATA-ATACATATACTT
1 TATATATAAACTATATAGTTTATATTATATATATACATATACTT
*
294287 TATATATAAACTATATAGTTTATATTATATATATATATATA
1 TATATATAAACTATATAGTTTATATTATATATATACATATA
294328 TTAGTTGTTT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 1, Indels: 2
0.93 0.02 0.05
Matches are distributed among these distances:
42 24 0.63
43 6 0.16
44 8 0.21
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (44 bp):
TATATATAAACTATATAGTTTATATTATATATATACATATACTT
Found at i:294321 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 294191--294323 Score: 110
Period size: 20 Copynumber: 6.7 Consensus size: 19
294181 ATATATAAAC
294191 TATATAGTAT-TATAGTTTA
1 TATATA-TATATATAGTTTA
* *
294210 TACATGGTATATATAGTTTA
1 TATAT-ATATATATAGTTTA
* *
294230 TACATA-ATATATA-TATA
1 TATATATATATATAGTTTA
*
294247 TATATAAACTATATAGTTTA
1 TATATATA-TATATAGTTTA
*
294267 TATATATAATACATATACTTTA
1 TATATAT-AT--ATATAGTTTA
*
294289 TATATAAACTATATAGTTTA
1 TATATATA-TATATAGTTTA
294309 TATTATATATATATA
1 TA-TATATATATATA
294324 TATATTAGTT
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 11, Indels: 19
0.76 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.09
18 8 0.09
19 13 0.14
20 41 0.44
21 7 0.08
22 16 0.17
ACGTcount: A:0.44, C:0.05, G:0.05, T:0.47
Consensus pattern (19 bp):
TATATATATATATAGTTTA
Found at i:295099 original size:215 final size:216
Alignment explanation
Indices: 294411--295104 Score: 1064
Period size: 216 Copynumber: 3.3 Consensus size: 216
294401 TGATCCCTTT
* * *
294411 TGTGTTGTTTAATTTATTTAAATTTTTATTTATAATTTCATATTT-TTCACTTTAGTCCTCCACA
1 TGTGTTGTTTAATTTATTTAAATTTTTATTTGTAATTTCATATTTGTTCAATTTAGTCCTCCAAA
* *
294475 TTTTATTTGCATTTGAAATTGACCCATACTTATTACTTATTTCTATTTATTAATTGGCCCATAAC
66 TTTTATTTGCATATGAAATTGACCCATACTTATTACTTATTTCTATTTTTTAATTGGCCCATAAC
* * * * * * *
294540 TGTTTAAATGAGTATAATTTAGTACATTTTTGAATT-ATTTAAACCTCAAAATTTAAAATTATTT
131 TTTTTAAATGGGTATAATTTAGTACTTTTTTGTATTAATTTCAACATCACAATTTAAAATTATTT
294604 CGATTTGATCCCT--T---T-
196 CGATTTGATCCCTCATCAATG
* * *
294619 TGTGTTATTTAGTTTATTTAAATTTTTATTTGTAATTTTATATTTGTTCAATTTAGTCCTCCAAA
1 TGTGTTGTTTAATTTATTTAAATTTTTATTTGTAATTTCATATTTGTTCAATTTAGTCCTCCAAA
* * *
294684 ATTTATTTGCATCTGAAATTGACCCATACTTATTACTTATTTCTATTTTTAAATTGGCCCATAAC
66 TTTTATTTGCATATGAAATTGACCCATACTTATTACTTATTTCTATTTTTTAATTGGCCCATAAC
*
294749 TTTTTAAATGGGCATAATTTAGTACTTTTTTGTATTAATTTCAACATCACAATTTAAAATTATTT
131 TTTTTAAATGGGTATAATTTAGTACTTTTTTGTATTAATTTCAACATCACAATTTAAAATTATTT
*
294814 CGATTTAATCCCTCATCAATG
196 CGATTTGATCCCTCATCAATG
* *
294835 TGTGTTGTTTAATTAATTTAAATTTTTATTTGTAATTTCATATTTGTTCAATTTAGTCCTCTAAA
1 TGTGTTGTTTAATTTATTTAAATTTTTATTTGTAATTTCATATTTGTTCAATTTAGTCCTCCAAA
* * * *
294900 TTTTATTTGCATATGAAATTGATCCATACTTTTTACTTAATTCTATTTTTTAATTGGCGCATAAC
66 TTTTATTTGCATATGAAATTGACCCATACTTATTACTTATTTCTATTTTTTAATTGGCCCATAAC
*
294965 TTTTTAAATGGGTATAATTTAGT-TTTTTTTGTATTAATTTCAACATCACAATTTAAAATTATTT
131 TTTTTAAATGGGTATAATTTAGTACTTTTTTGTATTAATTTCAACATCACAATTTAAAATTATTT
*
295029 TGATTTGATCCCTCATCAATG
196 CGATTTGATCCCTCATCAATG
*
295050 TGTGTTGTTTAATTTATTTAAATTTTTATTTGCAATTTCATATTTGTTCAATTTA
1 TGTGTTGTTTAATTTATTTAAATTTTTATTTGTAATTTCATATTTGTTCAATTTA
295105 ATTCTTAAAT
Statistics
Matches: 441, Mismatches: 37, Indels: 9
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
208 41 0.09
209 109 0.25
210 37 0.08
212 1 0.00
215 113 0.26
216 140 0.32
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.09, T:0.51
Consensus pattern (216 bp):
TGTGTTGTTTAATTTATTTAAATTTTTATTTGTAATTTCATATTTGTTCAATTTAGTCCTCCAAA
TTTTATTTGCATATGAAATTGACCCATACTTATTACTTATTTCTATTTTTTAATTGGCCCATAAC
TTTTTAAATGGGTATAATTTAGTACTTTTTTGTATTAATTTCAACATCACAATTTAAAATTATTT
CGATTTGATCCCTCATCAATG
Found at i:298293 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 298286--298310 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
298276 AATGGGGAAG
298286 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
298311 GAAATCTATT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:299171 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 299128--299171 Score: 54
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
299118 CAAGTGCTGA
*
299128 ATGAAGATGATGACATTACAG
1 ATGAAGATGATGACATTAAAG
*
299149 ATGATGATGATGA-ATATAAAG
1 ATGAAGATGATGACAT-TAAAG
299170 AT
1 AT
299172 CCAAACACAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.10
21 18 0.90
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.23, T:0.27
Consensus pattern (21 bp):
ATGAAGATGATGACATTAAAG
Found at i:301001 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 300956--301028 Score: 69
Period size: 20 Copynumber: 3.6 Consensus size: 20
300946 ATCCAATTTC
*
300956 AATTTGACAAAACTGGTAATG-
1 AATTTGACAAAACT-G-ATTGA
300977 AATTTGACAAAACTGATTGGA
1 AATTTGACAAAACTGATT-GA
* *
300998 AA-TTGACAAAACCGGTTGA
1 AATTTGACAAAACTGATTGA
*
301017 AAATTGACAAAA
1 AATTTGACAAAA
301029 TCAGTTTCAA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 7
0.82 0.05 0.12
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.13
20 24 0.52
21 16 0.35
ACGTcount: A:0.47, C:0.11, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (20 bp):
AATTTGACAAAACTGATTGA
Found at i:301005 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 300980--301028 Score: 71
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
300970 GGTAATGAAT
* *
300980 TTGACAAAACTGATTGGAAA
1 TTGACAAAACCGATTGAAAA
*
301000 TTGACAAAACCGGTTGAAAA
1 TTGACAAAACCGATTGAAAA
301020 TTGACAAAA
1 TTGACAAAA
301029 TCAGTTTCAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 26 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.12, G:0.18, T:0.22
Consensus pattern (20 bp):
TTGACAAAACCGATTGAAAA
Found at i:302328 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 302270--302338 Score: 68
Period size: 29 Copynumber: 2.4 Consensus size: 29
302260 AATATAAATA
* ** *
302270 TAAGTATTTAAATTATATTTTTTTCTATT
1 TAAGTGTTTAAATTATATTTTGGTCAATT
302299 TAAGTGTTTAAATTAT-TTTTCGGTCAATT
1 TAAGTGTTTAAATTATATTTT-GGTCAATT
* *
302328 TAGGTGCTTAA
1 TAAGTGTTTAA
302339 TGTTACAAAC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 6, Indels: 2
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
28 4 0.12
29 29 0.88
ACGTcount: A:0.29, C:0.06, G:0.12, T:0.54
Consensus pattern (29 bp):
TAAGTGTTTAAATTATATTTTGGTCAATT
Found at i:302928 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 302909--302939 Score: 53
Period size: 14 Copynumber: 2.2 Consensus size: 14
302899 TTTTTTAAGT
302909 TTTTTTTAAAATAA
1 TTTTTTTAAAATAA
*
302923 TTTTTTTAAAATTA
1 TTTTTTTAAAATAA
302937 TTT
1 TTT
302940 GAATGTGACA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 16 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.00, T:0.65
Consensus pattern (14 bp):
TTTTTTTAAAATAA
Found at i:303455 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 303378--303446 Score: 129
Period size: 31 Copynumber: 2.2 Consensus size: 31
303368 AAAATATTAA
*
303378 TAAAATGTAACATTTTGGGTTGCGTTGAACC
1 TAAAATGTAACATTTTGGGTTGCGTTCAACC
303409 TAAAATGTAACATTTTGGGTTGCGTTCAACC
1 TAAAATGTAACATTTTGGGTTGCGTTCAACC
303440 TAAAATG
1 TAAAATG
303447 ATATATTTTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 37 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (31 bp):
TAAAATGTAACATTTTGGGTTGCGTTCAACC
Found at i:303829 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 303804--303843 Score: 71
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
303794 GATTTCAATC
*
303804 TGGGTCAACCTTTAGATTTT
1 TGGGTCAACCTGTAGATTTT
303824 TGGGTCAACCTGTAGATTTT
1 TGGGTCAACCTGTAGATTTT
303844 CAGGTCAATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 19 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.15, G:0.23, T:0.42
Consensus pattern (20 bp):
TGGGTCAACCTGTAGATTTT
Found at i:303849 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 303806--303851 Score: 65
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 20
303796 TTTCAATCTG
* **
303806 GGTCAACCTTTAGATTTTTG
1 GGTCAACCTGTAGATTTTCA
303826 GGTCAACCTGTAGATTTTCA
1 GGTCAACCTGTAGATTTTCA
303846 GGTCAA
1 GGTCAA
303852 TTGTTGTCGC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 23 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.22, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
GGTCAACCTGTAGATTTTCA
Found at i:305546 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 305500--305574 Score: 107
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35
305490 GAATGTCTCT
*
305500 AATTATTCATTGAAAAG-ACTCTCCGGAAATATAAC
1 AATTATTCATTGAAAAGTA-TCTCCGAAAATATAAC
* *
305535 AATTATTCATTGAAAAGTATCTGCGAAAATATAGC
1 AATTATTCATTGAAAAGTATCTCCGAAAATATAAC
305570 AATTA
1 AATTA
305575 CTTACCGAGG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 3, Indels: 2
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
35 35 0.97
36 1 0.03
ACGTcount: A:0.44, C:0.13, G:0.12, T:0.31
Consensus pattern (35 bp):
AATTATTCATTGAAAAGTATCTCCGAAAATATAAC
Found at i:310882 original size:55 final size:56
Alignment explanation
Indices: 310783--310887 Score: 169
Period size: 55 Copynumber: 1.9 Consensus size: 56
310773 ATGTATACAA
*
310783 ACATTGGGAAGTTGATTTTTTTTGTTTTACAAATATGTAAATTTGAATATCTGTAT
1 ACATTGGGAAGTTGATTTTTTTTGTTTTACAAAAATGTAAATTTGAATATCTGTAT
*
310839 ACATTGGGAAGTTG-TTTTTTTT-TTCTTTCAAAAATGTAAATTTGAATAT
1 ACATTGGGAAGTTGATTTTTTTTGTT-TTACAAAAATGTAAATTTGAATAT
310888 GAAGATAACT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 2, Indels: 3
0.90 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
54 2 0.04
55 30 0.65
56 14 0.30
ACGTcount: A:0.30, C:0.06, G:0.15, T:0.49
Consensus pattern (56 bp):
ACATTGGGAAGTTGATTTTTTTTGTTTTACAAAAATGTAAATTTGAATATCTGTAT
Found at i:324211 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 324187--324223 Score: 74
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
324177 CTCAACTATC
324187 ACTTCTGTTTCATTTTGAA
1 ACTTCTGTTTCATTTTGAA
324206 ACTTCTGTTTCATTTTGA
1 ACTTCTGTTTCATTTTGA
324224 TTACCTAGTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 18 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.16, G:0.11, T:0.54
Consensus pattern (19 bp):
ACTTCTGTTTCATTTTGAA
Found at i:328109 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 328080--328118 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
328070 TTCTCATAAA
*
328080 ATAAATATAATTTAATTTTT
1 ATAAAAATAATTTAATTTTT
*
328100 ATAAAAATAATTTACTTTT
1 ATAAAAATAATTTAATTTT
328119 ACATAATTAC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 17 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (20 bp):
ATAAAAATAATTTAATTTTT
Found at i:328431 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 328411--328445 Score: 54
Period size: 15 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
328401 ATATCGAATA
328411 ATAATACATATAT-AT
1 ATAATACATATATCAT
*
328426 ATAATACTTATATCAT
1 ATAATACATATATCAT
328442 ATAA
1 ATAA
328446 ATTTAATATA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 12 0.67
16 6 0.33
ACGTcount: A:0.51, C:0.09, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (16 bp):
ATAATACATATATCAT
Found at i:328872 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 328846--328910 Score: 103
Period size: 23 Copynumber: 2.8 Consensus size: 23
328836 ACCCTTGCTC
328846 GCTCGCTCGGATGCCCTCGCATA
1 GCTCGCTCGGATGCCCTCGCATA
*
328869 GCTCGCTCGGCTGCCCTCGCATA
1 GCTCGCTCGGATGCCCTCGCATA
* *
328892 GCTCGGTCGGATGGCCTCG
1 GCTCGCTCGGATGCCCTCG
328911 GATGCCCAGC
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 38 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.38, G:0.31, T:0.22
Consensus pattern (23 bp):
GCTCGCTCGGATGCCCTCGCATA
Found at i:329389 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 329359--329402 Score: 70
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
329349 ACATATGCTT
329359 TAAAATTACCACATATTTTATGA
1 TAAAATTACCACATATTTTATGA
* *
329382 TAAAATTACTACATGTTTTAT
1 TAAAATTACCACATATTTTAT
329403 AAAAGCTTTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 19 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.05, T:0.43
Consensus pattern (23 bp):
TAAAATTACCACATATTTTATGA
Found at i:332804 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 332780--332819 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
332770 TACAAAGCAT
* *
332780 CTTGTTTAGTTGTTTTCTTAC
1 CTTGTATAATTGTTTTCTTAC
*
332801 CTTGTATAATTTTTTTCTT
1 CTTGTATAATTGTTTTCTT
332820 CATGTGAGAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 3, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 16 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.12, G:0.10, T:0.65
Consensus pattern (21 bp):
CTTGTATAATTGTTTTCTTAC
Found at i:335077 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 335067--335093 Score: 54
Period size: 5 Copynumber: 5.4 Consensus size: 5
335057 GCAGGTTTCT
335067 TACTG TACTG TACTG TACTG TACTG TA
1 TACTG TACTG TACTG TACTG TACTG TA
335094 ATAAACAAAC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
5 22 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (5 bp):
TACTG
Found at i:336082 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 336038--336075 Score: 76
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
336028 TGGTTATGTT
336038 GTTATAACAACTGAACGA
1 GTTATAACAACTGAACGA
336056 GTTATAACAACTGAACGA
1 GTTATAACAACTGAACGA
336074 GT
1 GT
336076 GTAAACAGTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 20 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.16, G:0.18, T:0.24
Consensus pattern (18 bp):
GTTATAACAACTGAACGA
Found at i:338101 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 338075--338135 Score: 86
Period size: 21 Copynumber: 2.9 Consensus size: 21
338065 CGAGGGCATT
338075 ATAGGTCCTTCGGGACAACTC
1 ATAGGTCCTTCGGGACAACTC
*
338096 ATAGGTCCTTCGGGACATATTC
1 ATAGGTCCTTCGGGACA-ACTC
* *
338118 ACAGGTCCTTCGAGACAA
1 ATAGGTCCTTCGGGACAA
338136 AATTTCATAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 3, Indels: 2
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 18 0.50
22 18 0.50
ACGTcount: A:0.26, C:0.26, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (21 bp):
ATAGGTCCTTCGGGACAACTC
Found at i:338126 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 338077--338135 Score: 82
Period size: 22 Copynumber: 2.8 Consensus size: 21
338067 AGGGCATTAT
*
338077 AGGTCCTTCGGGACAACTCAT
1 AGGTCCTTCGGGACAACTCAC
*
338098 AGGTCCTTCGGGACATATTCAC
1 AGGTCCTTCGGGACA-ACTCAC
*
338120 AGGTCCTTCGAGACAA
1 AGGTCCTTCGGGACAA
338136 AATTTCATAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 2
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.47
22 18 0.53
ACGTcount: A:0.25, C:0.27, G:0.24, T:0.24
Consensus pattern (21 bp):
AGGTCCTTCGGGACAACTCAC
Found at i:338505 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 338487--338514 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 13
338477 ACATATCATC
338487 ATTTGAAGATCAG
1 ATTTGAAGATCAG
338500 ATTTGAAGATCAG
1 ATTTGAAGATCAG
338513 AT
1 AT
338515 CAGAAGAACC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 15 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.21, T:0.32
Consensus pattern (13 bp):
ATTTGAAGATCAG
Found at i:339726 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 339709--339803 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 6.6 Consensus size: 14
339699 AAAAAATAGT
339709 AATAATAAAAATTA
1 AATAATAAAAATTA
* *
339723 AATATTAAATATTA
1 AATAATAAAAATTA
*
339737 AATATTAAATAAATTA
1 AATAAT-AA-AAATTA
*
339753 AAT--TAAAAAATA
1 AATAATAAAAATTA
*
339765 AAGTAATATAAAAAATA
1 AA-T-A-ATAAAAATTA
339782 AATAA-AAACAA-TA
1 AATAATAAA-AATTA
*
339795 AAAAATAAA
1 AATAATAAA
339804 TCAAAGAAAA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 5, Indels: 18
0.74 0.06 0.20
Matches are distributed among these distances:
12 7 0.10
13 12 0.18
14 25 0.37
15 3 0.04
16 9 0.13
17 11 0.16
ACGTcount: A:0.71, C:0.01, G:0.01, T:0.27
Consensus pattern (14 bp):
AATAATAAAAATTA
Found at i:339729 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 339709--339747 Score: 60
Period size: 7 Copynumber: 5.6 Consensus size: 7
339699 AAAAAATAGT
*
339709 AATAATA
1 AATATTA
*
339716 AAAATTA
1 AATATTA
339723 AATATTA
1 AATATTA
339730 AATATTA
1 AATATTA
339737 AATATTA
1 AATATTA
339744 AATA
1 AATA
339748 AATTAAATTA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 29 1.00
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (7 bp):
AATATTA
Found at i:339765 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 339743--339784 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
339733 ATTAAATATT
339743 AAATAAATTAA-ATTAAA
1 AAATAAATTAATA-TAAA
*
339760 AAATAAAGTAATATAAA
1 AAATAAATTAATATAAA
339777 AAATAAAT
1 AAATAAAT
339785 AAAAACAATA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 21 0.95
18 1 0.05
ACGTcount: A:0.71, C:0.00, G:0.02, T:0.26
Consensus pattern (17 bp):
AAATAAATTAATATAAA
Found at i:339766 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 339742--339804 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 20
339732 TATTAAATAT
339742 TAAATAAATTAAATTAAAAAA
1 TAAATAAA-TAAATTAAAAAA
339763 TAAAGT-AAT--A-TAAAAAA
1 TAAA-TAAATAAATTAAAAAA
*
339780 TAAATAAA-AACAATAAAAAA
1 TAAATAAATAA-ATTAAAAAA
339800 TAAAT
1 TAAAT
339805 CAAAGAAAAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 13
0.73 0.00 0.27
Matches are distributed among these distances:
16 1 0.03
17 13 0.36
18 1 0.03
19 1 0.03
20 13 0.36
21 6 0.17
22 1 0.03
ACGTcount: A:0.73, C:0.02, G:0.02, T:0.24
Consensus pattern (20 bp):
TAAATAAATAAATTAAAAAA
Found at i:339804 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 339777--339871 Score: 79
Period size: 25 Copynumber: 4.0 Consensus size: 24
339767 GTAATATAAA
*
339777 AAAT-AAATAAAAACAATAAAAAAT
1 AAATCAAAGAAAAA-AATAAAAAAT
*
339801 AAATCAAAGAAAAAAATAAAAAGT
1 AAATCAAAGAAAAAAATAAAAAAT
* * * *
339825 GAATCGAAAGAAAGAAAGAAATAAT
1 AAATC-AAAGAAAAAAATAAAAAAT
*
339850 AAA--AAGGAAAAAGAATAAAAAA
1 AAATCAAAGAAAAA-AATAAAAAA
339872 AATAAAAACA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 12, Indels: 7
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 7 0.12
23 7 0.12
24 17 0.30
25 25 0.45
ACGTcount: A:0.75, C:0.03, G:0.11, T:0.12
Consensus pattern (24 bp):
AAATCAAAGAAAAAAATAAAAAAT
Found at i:340028 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 340021--340113 Score: 186
Period size: 2 Copynumber: 46.5 Consensus size: 2
340011 TGATAATGAA
340021 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
340063 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
340105 AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT A
340114 GGAAGTGTAC
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 91 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:340326 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 340318--340403 Score: 54
Period size: 5 Copynumber: 16.8 Consensus size: 5
340308 TGATTTAACT
* *
340318 TAAAA TAAAA -AGATAA TAAAA T-AAA TAAAT TAAAA TAAAA -AAAA GATAAA
1 TAAAA TAAAA TA-A-AA TAAAA TAAAA TAAAA TAAAA TAAAA TAAAA TA-AAA
* *
340368 TAAAGA AATAAA T-AAA GAAAA TAAAAA TAAAA TAAA
1 TAAA-A TA-AAA TAAAA TAAAA T-AAAA TAAAA TAAA
340404 TGAAAAAAAG
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 7, Indels: 20
0.70 0.08 0.22
Matches are distributed among these distances:
4 12 0.19
5 34 0.53
6 15 0.23
7 3 0.05
ACGTcount: A:0.77, C:0.00, G:0.05, T:0.19
Consensus pattern (5 bp):
TAAAA
Found at i:340366 original size:33 final size:34
Alignment explanation
Indices: 340324--340402 Score: 92
Period size: 37 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
340314 AACTTAAAAT
*
340324 AAAAAGATAAT-A-AAATAAATAAATTAAAATAAA
1 AAAAAGATAATAAGAAATAAATAAA-GAAAATAAA
340357 AAAAAGATAAATAAAGAAATAAATAAAGAAAATAAA
1 AAAAAGAT-AAT-AAGAAATAAATAAAGAAAATAAA
340393 AATAAA-ATAA
1 AA-AAAGATAA
340403 ATGAAAAAAA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 8
0.82 0.02 0.16
Matches are distributed among these distances:
33 8 0.20
34 3 0.08
35 2 0.05
36 13 0.32
37 14 0.35
ACGTcount: A:0.77, C:0.00, G:0.05, T:0.18
Consensus pattern (34 bp):
AAAAAGATAATAAGAAATAAATAAAGAAAATAAA
Found at i:340382 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 340320--340411 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 5.7 Consensus size: 15
340310 ATTTAACTTA
340320 AAATAAAAAGAT-AAT
1 AAATAAAAA-ATAAAT
340335 AAAATAAATAAATTAAAAT
1 -AAATAAA-AAA-T-AAAT
340354 AAA-AAAAAGATAAAT
1 AAATAAAAA-ATAAAT
* *
340369 AAAGAAATAAATAAAG
1 AAATAAA-AAATAAAT
340385 AAA-ATAAAAATAAAAT
1 AAATA-AAAAAT-AAAT
340401 AAATGAAAAAA
1 AAAT-AAAAAA
340412 AGTAATATAT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 2, Indels: 21
0.73 0.02 0.24
Matches are distributed among these distances:
15 12 0.19
16 30 0.48
17 14 0.22
18 4 0.06
19 3 0.05
ACGTcount: A:0.77, C:0.00, G:0.05, T:0.17
Consensus pattern (15 bp):
AAATAAAAAATAAAT
Found at i:340551 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 340531--340579 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
340521 ATTATTAGGG
*
340531 AAAAATATAATAAGGAA
1 AAAAATATAATAACGAA
* *
340548 AAAAATAAAATAACTAA
1 AAAAATATAATAACGAA
340565 AAACAATAATAATAA
1 AAA-AAT-ATAATAA
340580 TAATAATAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 2
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 17 0.65
18 3 0.12
19 6 0.23
ACGTcount: A:0.73, C:0.04, G:0.04, T:0.18
Consensus pattern (17 bp):
AAAAATATAATAACGAA
Found at i:341918 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 341864--341923 Score: 70
Period size: 23 Copynumber: 2.7 Consensus size: 23
341854 TTTAAGCCTG
* *
341864 AAAAATATAATGTAAATAAATGT
1 AAAATTATAATATAAATAAATGT
*
341887 -AAATATATAATATATATAAATGT
1 AAAAT-TATAATATAAATAAATGT
341910 AAAATTATAA-ATAA
1 AAAATTATAATATAA
341924 TATTATATAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 5
0.77 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
22 6 0.19
23 21 0.68
24 4 0.13
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.05, T:0.33
Consensus pattern (23 bp):
AAAATTATAATATAAATAAATGT
Found at i:341926 original size:27 final size:23
Alignment explanation
Indices: 341868--341912 Score: 72
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
341858 AGCCTGAAAA
* *
341868 ATATAATGTAAATAAATGTAAAT
1 ATATAATATATATAAATGTAAAT
341891 ATATAATATATATAAATGTAAA
1 ATATAATATATATAAATGTAAA
341913 ATTATAAATA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 20 1.00
ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATATATATAAATGTAAAT
Found at i:346031 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 345993--346048 Score: 71
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
345983 AATACATAAA
345993 TATAATTATATA-AATTAAAATTTTATG
1 TATAATTATATATAATTAAAA-TTTATG
346020 TATAA-TATTATATTAATTAAAATTTATG
1 TATAATTA-TATA-TAATTAAAATTTATG
346048 T
1 T
346049 TCACTTTTGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 5
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
26 2 0.08
27 9 0.35
28 7 0.27
29 8 0.31
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.04, T:0.50
Consensus pattern (27 bp):
TATAATTATATATAATTAAAATTTATG
Found at i:346187 original size:84 final size:84
Alignment explanation
Indices: 346081--346248 Score: 336
Period size: 84 Copynumber: 2.0 Consensus size: 84
346071 AAACAAAATA
346081 TTAACTACTAACTTCCGTAAATATTAGTAAAAAACTATTTTAAAATTCTAAGACATTATCATTAT
1 TTAACTACTAACTTCCGTAAATATTAGTAAAAAACTATTTTAAAATTCTAAGACATTATCATTAT
346146 GTGACAAATAAATGATAGG
66 GTGACAAATAAATGATAGG
346165 TTAACTACTAACTTCCGTAAATATTAGTAAAAAACTATTTTAAAATTCTAAGACATTATCATTAT
1 TTAACTACTAACTTCCGTAAATATTAGTAAAAAACTATTTTAAAATTCTAAGACATTATCATTAT
346230 GTGACAAATAAATGATAGG
66 GTGACAAATAAATGATAGG
346249 CCACGTGTAC
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
84 84 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (84 bp):
TTAACTACTAACTTCCGTAAATATTAGTAAAAAACTATTTTAAAATTCTAAGACATTATCATTAT
GTGACAAATAAATGATAGG
Found at i:346424 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 346402--346436 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
346392 TTTTTAGTCA
* *
346402 CTGAATTTGTTTGTTTT
1 CTGAATTTATTTATTTT
346419 CTGAATTTATTTATTTT
1 CTGAATTTATTTATTTT
346436 C
1 C
346437 ATTGATCTTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.09, G:0.11, T:0.63
Consensus pattern (17 bp):
CTGAATTTATTTATTTT
Found at i:346594 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 346574--346603 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
346564 GTTTAAAAAA
346574 TAAA-TTAAAACATAT
1 TAAATTTAAAACATAT
346589 TAAATTTAAAACATA
1 TAAATTTAAAACATA
346604 ATGTAAACTA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.29
16 10 0.71
ACGTcount: A:0.60, C:0.07, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (16 bp):
TAAATTTAAAACATAT
Found at i:346604 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 346560--346656 Score: 90
Period size: 28 Copynumber: 3.4 Consensus size: 27
346550 TGAATTAAAC
346560 TAAAGTTTAAAAAATAAATTAAAACATAT
1 TAAA-TTTAAAAAATAAATTAAAAC-TAT
*
346589 TAAATTTAAAACAT-AATGT-AAACTACGT
1 TAAATTTAAAAAATAAAT-TAAAACTA--T
*
346617 TAAATTTAAAAAATTAAATTTAAAATTAT
1 TAAATTTAAAAAA-TAAA-TTAAAACTAT
*
346646 TAATTTTAAAA
1 TAAATTTAAAA
346657 CTGAAAATTA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 4, Indels: 14
0.76 0.05 0.19
Matches are distributed among these distances:
26 2 0.04
27 7 0.12
28 23 0.40
29 16 0.28
30 3 0.05
31 6 0.11
ACGTcount: A:0.57, C:0.04, G:0.03, T:0.36
Consensus pattern (27 bp):
TAAATTTAAAAAATAAATTAAAACTAT
Found at i:346653 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 346560--346656 Score: 58
Period size: 14 Copynumber: 6.8 Consensus size: 14
346550 TGAATTAAAC
346560 TAAAGTTTAAAAAA-
1 TAAA-TTTAAAAAAT
346574 TAAA-TTAAAACATAT
1 TAAATTTAAAA-A-AT
*
346589 TAAATTTAAAACA-
1 TAAATTTAAAAAAT
* **
346602 T-AATGTAAACTACGT
1 TAAATTTAAA--AAAT
346617 TAAATTTAAAAAAT
1 TAAATTTAAAAAAT
*
346631 TAAATTTAAAATTAT
1 TAAATTTAAAA-AAT
*
346646 TAATTTTAAAA
1 TAAATTTAAAA
346657 CTGAAAATTA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 8, Indels: 17
0.73 0.09 0.19
Matches are distributed among these distances:
12 13 0.20
13 2 0.03
14 21 0.32
15 17 0.26
16 13 0.20
ACGTcount: A:0.57, C:0.04, G:0.03, T:0.36
Consensus pattern (14 bp):
TAAATTTAAAAAAT
Found at i:355964 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 355928--356002 Score: 150
Period size: 32 Copynumber: 2.3 Consensus size: 32
355918 AGTTTTTGAA
355928 TCGAGTCGAGCCTAATTTTATACTTTTCGAGT
1 TCGAGTCGAGCCTAATTTTATACTTTTCGAGT
355960 TCGAGTCGAGCCTAATTTTATACTTTTCGAGT
1 TCGAGTCGAGCCTAATTTTATACTTTTCGAGT
355992 TCGAGTCGAGC
1 TCGAGTCGAGC
356003 TCAGCAATAC
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 43 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.20, G:0.21, T:0.37
Consensus pattern (32 bp):
TCGAGTCGAGCCTAATTTTATACTTTTCGAGT
Found at i:364317 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 364293--364329 Score: 74
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
364283 ACTTATTGAC
364293 ATAGTATAAATGAAAAAGA
1 ATAGTATAAATGAAAAAGA
364312 ATAGTATAAATGAAAAAG
1 ATAGTATAAATGAAAAAG
364330 GATAAGCACA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 18 1.00
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.16, T:0.22
Consensus pattern (19 bp):
ATAGTATAAATGAAAAAGA
Found at i:364982 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 364950--364982 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
364940 TCTATCCTCA
364950 AAATGAACATTAGAGAG
1 AAATGAACATTAGAGAG
*
364967 AAATGAACATGAGAGA
1 AAATGAACATTAGAGA
364983 TATATGCTTC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.06, G:0.24, T:0.15
Consensus pattern (17 bp):
AAATGAACATTAGAGAG
Found at i:367034 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 367002--367055 Score: 74
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
366992 TTAAAAAATT
*
367002 ACAATTAATATTATAAATATAATAA
1 ACAAATAATATTAT-AATATAATAA
*
367027 A-AAATAATATTATAATATTATAA
1 ACAAATAATATTATAATATAATAA
367050 ACAAAT
1 ACAAAT
367056 TTTATACATA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
23 10 0.38
24 15 0.58
25 1 0.04
ACGTcount: A:0.61, C:0.04, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (24 bp):
ACAAATAATATTATAATATAATAA
Found at i:367043 original size:32 final size:29
Alignment explanation
Indices: 366982--367050 Score: 84
Period size: 32 Copynumber: 2.3 Consensus size: 29
366972 ATAACCAAAA
*
366982 ATTATAAATATTAAAAAATTACAATTAAT
1 ATTATAAATATTAAAAAATAACAATTAAT
* *
367011 ATTATAAATATAATAAAAAATAATATTATAAT
1 ATTATAAATAT--TAAAAAATAACAAT-TAAT
367043 ATTATAAA
1 ATTATAAA
367051 CAAATTTTAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 3
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
29 11 0.32
31 11 0.32
32 12 0.35
ACGTcount: A:0.61, C:0.01, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (29 bp):
ATTATAAATATTAAAAAATAACAATTAAT
Found at i:368092 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 368054--368113 Score: 111
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
368044 GATTTAAGCA
368054 AACAATCTACATTCCTTAACGAACGAAGATG
1 AACAATCTACATTCCTTAACGAACGAAGATG
*
368085 AACAATCTACATTCCTTAATGAACGAAGA
1 AACAATCTACATTCCTTAACGAACGAAGA
368114 CGAATAAAAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 28 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.22, G:0.12, T:0.23
Consensus pattern (31 bp):
AACAATCTACATTCCTTAACGAACGAAGATG
Found at i:371012 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 370980--371033 Score: 74
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
370970 TTAAAAAATT
*
370980 ACAATTAATATTATAAATATAATAA
1 ACAAATAATATTAT-AATATAATAA
*
371005 A-AAATAATATTATAATATTATAA
1 ACAAATAATATTATAATATAATAA
371028 ACAAAT
1 ACAAAT
371034 TTTATACATA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
23 10 0.38
24 15 0.58
25 1 0.04
ACGTcount: A:0.61, C:0.04, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (24 bp):
ACAAATAATATTATAATATAATAA
Found at i:371021 original size:32 final size:29
Alignment explanation
Indices: 370960--371028 Score: 84
Period size: 32 Copynumber: 2.3 Consensus size: 29
370950 ATAACCAAAA
*
370960 ATTATAAATATTAAAAAATTACAATTAAT
1 ATTATAAATATTAAAAAATAACAATTAAT
* *
370989 ATTATAAATATAATAAAAAATAATATTATAAT
1 ATTATAAATAT--TAAAAAATAACAAT-TAAT
371021 ATTATAAA
1 ATTATAAA
371029 CAAATTTTAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 3
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
29 11 0.32
31 11 0.32
32 12 0.35
ACGTcount: A:0.61, C:0.01, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (29 bp):
ATTATAAATATTAAAAAATAACAATTAAT
Found at i:372066 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 372028--372087 Score: 111
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
372018 GATTTAAGCA
372028 AACAATCTACATTCCTTAACGAACGAAGATG
1 AACAATCTACATTCCTTAACGAACGAAGATG
*
372059 AACAATCTACATTCCTTAATGAACGAAGA
1 AACAATCTACATTCCTTAACGAACGAAGA
372088 CGAATAAAAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 28 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.22, G:0.12, T:0.23
Consensus pattern (31 bp):
AACAATCTACATTCCTTAACGAACGAAGATG
Found at i:374171 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 374130--374172 Score: 52
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
374120 GTAACTAAAT
* *
374130 AAAAATGAGTTCTATAACATA
1 AAAAATAAGATCTATAACATA
374151 AAAAATAAGATCT-TAAGCATA
1 AAAAATAAGATCTATAA-CATA
374172 A
1 A
374173 TGCAGATTAC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.16
21 16 0.84
ACGTcount: A:0.56, C:0.09, G:0.09, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
AAAAATAAGATCTATAACATA
Found at i:379496 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 379481--379526 Score: 64
Period size: 8 Copynumber: 5.0 Consensus size: 10
379471 ATAATTGCTT
379481 TAAAATCTTC
1 TAAAATCTTC
379491 TAAAAT-TT-
1 TAAAATCTTC
379499 TAAAATCTTC
1 TAAAATCTTC
379509 TAAAAT-TT-
1 TAAAATCTTC
379517 TAAAATCTTC
1 TAAAATCTTC
379527 GATCCTTAAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 8
0.80 0.00 0.20
Matches are distributed among these distances:
8 12 0.38
9 8 0.25
10 12 0.38
ACGTcount: A:0.43, C:0.13, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (10 bp):
TAAAATCTTC
Found at i:379502 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 379479--379526 Score: 96
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
379469 GTATAATTGC
379479 TTTAAAATCTTCTAAAAT
1 TTTAAAATCTTCTAAAAT
379497 TTTAAAATCTTCTAAAAT
1 TTTAAAATCTTCTAAAAT
379515 TTTAAAATCTTC
1 TTTAAAATCTTC
379527 GATCCTTAAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 30 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
TTTAAAATCTTCTAAAAT
Found at i:384641 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 384629--385090 Score: 875
Period size: 7 Copynumber: 67.0 Consensus size: 7
384619 GTTGCTATTT
384629 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384636 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384643 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384650 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384657 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384664 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384671 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384678 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384685 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384692 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384699 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384706 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384713 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384720 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384727 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384734 GTCT-GG
1 GTCTGGG
384740 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384747 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384754 GTCT-GG
1 GTCTGGG
384760 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384767 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384774 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384781 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384788 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384795 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384802 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384809 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384816 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384823 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384830 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384837 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384844 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384851 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384858 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384865 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384872 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384879 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384886 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384893 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384900 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384907 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384914 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384921 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384928 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384935 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384942 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384949 GTCT-GG
1 GTCTGGG
384955 GTCT-GG
1 GTCTGGG
384961 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384968 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384975 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384982 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384989 GTCTGGG
1 GTCTGGG
384996 GTCTGGG
1 GTCTGGG
385003 GTCT--G
1 GTCTGGG
385008 GTCTGGG
1 GTCTGGG
385015 GTCTGGG
1 GTCTGGG
385022 GTCTGGG
1 GTCTGGG
385029 GTCTGGG
1 GTCTGGG
385036 GTCTGGG
1 GTCTGGG
385043 GTCT-GG
1 GTCTGGG
385049 GTCTGGG
1 GTCTGGG
385056 GTCTGGG
1 GTCTGGG
385063 GTCTGGG
1 GTCTGGG
385070 GTCTGGG
1 GTCTGGG
385077 GTCTGGG
1 GTCTGGG
385084 GTCTGGG
1 GTCTGGG
385091 TTTAGGGTTT
Statistics
Matches: 449, Mismatches: 0, Indels: 12
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
5 5 0.01
6 30 0.07
7 414 0.92
ACGTcount: A:0.00, C:0.15, G:0.56, T:0.29
Consensus pattern (7 bp):
GTCTGGG
Found at i:385098 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 385088--396338 Score: 17251
Period size: 7 Copynumber: 1646.9 Consensus size: 7
385078 TCTGGGGTCT
385088 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385095 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385102 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385109 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385116 GGG-TTA
1 GGGTTTA
385122 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385129 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385136 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385143 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385150 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385157 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385164 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385171 GGG-TTA
1 GGGTTTA
385177 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385184 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385191 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385198 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385205 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385212 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385219 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385226 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385233 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385240 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385247 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385254 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385261 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385268 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385275 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385282 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385289 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385296 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385303 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385310 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385317 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385324 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385331 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385338 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385345 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385352 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385359 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385366 -GGTTTA
1 GGGTTTA
385372 -GGTTTA
1 GGGTTTA
385378 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385385 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385392 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385399 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385406 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385413 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385420 -GGTTTA
1 GGGTTTA
385426 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385433 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385440 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385447 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385454 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385461 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385468 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385475 -GGTTTA
1 GGGTTTA
385481 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385488 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385495 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385502 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385509 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385516 GGG-TTA
1 GGGTTTA
385522 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385529 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385536 GGG-TTA
1 GGGTTTA
385542 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385549 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385556 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385563 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385570 -GGTTTA
1 GGGTTTA
385576 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385583 GGG-TTA
1 GGGTTTA
385589 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385596 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385603 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385610 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385617 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385624 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385631 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385638 GGG-TTA
1 GGGTTTA
385644 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385651 GGG-TTA
1 GGGTTTA
385657 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385664 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385671 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385678 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385685 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385692 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385699 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385706 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385713 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385720 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385727 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385734 -GGTTTA
1 GGGTTTA
385740 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385747 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385754 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385761 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385768 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385775 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385782 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385789 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385796 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385803 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385810 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385817 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385824 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385831 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385838 GGG-TTA
1 GGGTTTA
385844 GGG-TTA
1 GGGTTTA
385850 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385857 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385864 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385871 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385878 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385885 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385892 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385899 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385906 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385913 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385920 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385927 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385934 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385941 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385948 GGG-TTA
1 GGGTTTA
385954 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385961 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385968 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385975 GGGTTTA
1 GGGTTTA
385982 GGGTTT-
1 GGGTTTA
385988 GGG-TTA
1 GGGTTTA
385994 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386001 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386008 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386015 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386022 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386029 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386036 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386043 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386050 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386057 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386064 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386071 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386078 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386085 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386092 GGG-TTA
1 GGGTTTA
386098 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386105 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386112 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386119 GGG-TTA
1 GGGTTTA
386125 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386132 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386139 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386146 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386153 GGG-TTA
1 GGGTTTA
386159 GGG-TT-
1 GGGTTTA
386164 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386171 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386178 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386185 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386192 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386199 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386206 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386213 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386220 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386227 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386234 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386241 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386248 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386255 GGG-TTA
1 GGGTTTA
386261 -GG-TTA
1 GGGTTTA
386266 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386273 GGG-TTA
1 GGGTTTA
386279 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386286 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386293 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386300 GGG-TTA
1 GGGTTTA
386306 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386313 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386320 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386327 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386334 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386341 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386348 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386355 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386362 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386369 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386376 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386383 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386390 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386397 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386404 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386411 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386418 GGG-TTA
1 GGGTTTA
386424 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386431 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386438 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386445 -GGTTTA
1 GGGTTTA
386451 GGG-TTA
1 GGGTTTA
386457 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386464 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386471 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386478 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386485 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386492 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386499 -GGTTTA
1 GGGTTTA
386505 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386512 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386519 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386526 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386533 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386540 GGG-TTA
1 GGGTTTA
386546 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386553 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386560 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386567 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386574 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386581 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386588 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386595 GGG-TTA
1 GGGTTTA
386601 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386608 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386615 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386622 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386629 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386636 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386643 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386650 GGG-TTA
1 GGGTTTA
386656 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386663 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386670 GGG-TTA
1 GGGTTTA
386676 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386683 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386690 GGG-TTA
1 GGGTTTA
386696 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386703 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386710 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386717 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386724 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386731 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386738 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386745 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386752 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386759 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386766 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386773 -GGTTTA
1 GGGTTTA
386779 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386786 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386793 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386800 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386807 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386814 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386821 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386828 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386835 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386842 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386849 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386856 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386863 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386870 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386877 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386884 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386891 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386898 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386905 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386912 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386919 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386926 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386933 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386940 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386947 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386954 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386961 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386968 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386975 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386982 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386989 GGGTTTA
1 GGGTTTA
386996 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387003 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387010 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387017 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387024 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387031 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387038 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387045 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387052 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387059 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387066 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387073 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387080 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387087 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387094 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387101 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387108 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387115 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387122 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
387130 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387137 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387144 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387151 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387158 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387165 GGG-TTA
1 GGGTTTA
387171 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387178 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387185 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387192 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387199 -GGTTTA
1 GGGTTTA
387205 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387212 -GGTTTA
1 GGGTTTA
387218 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387225 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387232 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387239 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387246 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387253 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387260 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387267 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387274 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387281 GGG-TTA
1 GGGTTTA
387287 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387294 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387301 GGG--TA
1 GGGTTTA
387306 -GGTTTA
1 GGGTTTA
387312 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387319 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387326 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387333 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387340 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387347 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387354 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387361 GGG-TTA
1 GGGTTTA
387367 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387374 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387381 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387388 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387395 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387402 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387409 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387416 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387423 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387430 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387437 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387444 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387451 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387458 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387465 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387472 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387479 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387486 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387493 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387500 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387507 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387514 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387521 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387528 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387535 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387542 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387549 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387556 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387563 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387570 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387577 GGG-TTA
1 GGGTTTA
387583 GGGTTT-
1 GGGTTTA
387589 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
387597 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387604 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387611 -GGTTTA
1 GGGTTTA
387617 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387624 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387631 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387638 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387645 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387652 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387659 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387666 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387673 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387680 GGG-TTA
1 GGGTTTA
387686 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387693 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387700 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387707 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387714 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387721 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387728 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387735 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387742 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387749 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387756 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
387764 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387771 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387778 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387785 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387792 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387799 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387806 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387813 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387820 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387827 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387834 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387841 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387848 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387855 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387862 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387869 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387876 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387883 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387890 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387897 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387904 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387911 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387918 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387925 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387932 GGG-TTA
1 GGGTTTA
387938 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387945 GGG-TTA
1 GGGTTTA
387951 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387958 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387965 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387972 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387979 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387986 GGGTTTA
1 GGGTTTA
387993 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388000 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388007 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388014 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388021 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388028 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388035 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388042 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388049 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388056 GGG-TTA
1 GGGTTTA
388062 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388069 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388076 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388083 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388090 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388097 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388104 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388111 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388118 -GGTTTA
1 GGGTTTA
388124 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388131 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388138 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388145 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388152 GGG-TTA
1 GGGTTTA
388158 -GGTTTA
1 GGGTTTA
388164 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388171 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388178 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388185 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388192 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388199 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388206 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388213 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388220 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388227 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388234 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388241 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388248 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388255 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388262 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388269 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388276 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388283 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388290 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388297 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388304 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388311 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388318 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388325 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388332 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388339 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388346 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388353 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388360 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388367 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388374 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388381 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388388 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388395 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388402 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388409 GGG-TTA
1 GGGTTTA
388415 -GGTTT-
1 GGGTTTA
388420 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388427 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388434 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388441 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388448 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388455 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388462 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388469 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388476 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388483 GGG-TTA
1 GGGTTTA
388489 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388496 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388503 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388510 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388517 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388524 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388531 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388538 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388545 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388552 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388559 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388566 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388573 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388580 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388587 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388594 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388601 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388608 GGG-TTA
1 GGGTTTA
388614 GGG-TTA
1 GGGTTTA
388620 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388627 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388634 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388641 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388648 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388655 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388662 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388669 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388676 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388683 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388690 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388697 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388704 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388711 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388718 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388725 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388732 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388739 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388746 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388753 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388760 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388767 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388774 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388781 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388788 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388795 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388802 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388809 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388816 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388823 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388830 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388837 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388844 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388851 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388858 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388865 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388872 GGG-TTA
1 GGGTTTA
388878 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388885 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388892 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388899 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388906 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388913 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388920 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388927 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388934 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388941 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388948 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388955 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388962 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388969 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388976 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388983 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388990 GGGTTTA
1 GGGTTTA
388997 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389004 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389011 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389018 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389025 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389032 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389039 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389046 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389053 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389060 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389067 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389074 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389081 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389088 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389095 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389102 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389109 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389116 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389123 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389130 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389137 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389144 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389151 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389158 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389165 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389172 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389179 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389186 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389193 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389200 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389207 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389214 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389221 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389228 GGG-TTA
1 GGGTTTA
389234 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389241 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389248 GGGTTT-
1 GGGTTTA
389254 GGG-TT-
1 GGGTTTA
389259 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
389268 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389275 -GGTTTA
1 GGGTTTA
389281 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389288 GGG-TTA
1 GGGTTTA
389294 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389301 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389308 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389315 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389322 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389329 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
389337 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389344 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389351 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389358 -GGTTTA
1 GGGTTTA
389364 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389371 GGG-TTA
1 GGGTTTA
389377 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389384 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
389392 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
389400 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389407 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389414 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389421 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389428 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389435 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389442 GGGTTTA
1 GGGTTTA
****
389449 GGGGGGGGG
1 --GGGTTTA
389458 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389465 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389472 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
389479 GGAGGGTTA
1 -G-GGTTTA
389488 GGG-TTA
1 GGGTTTA
389494 -GG-TTA
1 GGGTTTA
389499 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389506 --GTTTA
1 GGGTTTA
389511 GGG-TT-
1 GGGTTTA
389516 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389523 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389530 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389537 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389544 -GGTTTA
1 GGGTTTA
389550 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389557 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389564 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389571 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389578 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389585 GGGTTTA
1 GGGTTTA
* *
389592 GGGGTTG
1 GGGTTTA
*
389599 GGTTCGTTTT
1 GG---GTTTA
389609 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389616 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389623 GGG-TTA
1 GGGTTTA
389629 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389636 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389643 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389650 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389657 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389664 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
389672 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389679 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
389687 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389694 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389701 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389708 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
389716 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389723 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389730 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389737 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389744 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389751 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389758 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389765 -GGTTTA
1 GGGTTTA
389771 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389778 GGG-TTA
1 GGGTTTA
389784 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
389792 GGG-TTA
1 GGGTTTA
389798 -GGTTTA
1 GGGTTTA
389804 -GGTTTA
1 GGGTTTA
389810 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
389818 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389825 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389832 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389839 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389846 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389853 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389860 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389867 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389874 -GGTTTA
1 GGGTTTA
389880 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389887 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389894 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389901 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389908 GGG-TTA
1 GGGTTTA
389914 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389921 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389928 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389935 GGG-TTA
1 GGGTTTA
389941 -GGTTTA
1 GGGTTTA
389947 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389954 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389961 GGG-TTA
1 GGGTTTA
389967 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389974 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389981 GGGTTTA
1 GGGTTTA
389988 -GGTTTA
1 GGGTTTA
389994 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
390002 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390009 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390016 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390023 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390030 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390037 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390044 GGG--T-
1 GGGTTTA
390048 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390055 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390062 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390069 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390076 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390083 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390090 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390097 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390104 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
390111 GGGTTTG
1 GGGTTTA
390118 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390125 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390132 GGG-TTA
1 GGGTTTA
390138 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390145 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390152 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390159 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390166 GGG-TT-
1 GGGTTTA
390171 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390178 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390185 GGG-TTA
1 GGGTTTA
390191 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390198 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390205 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390212 -GGTTTA
1 GGGTTTA
390218 GGGTTT-
1 GGGTTTA
390224 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390231 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390238 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390245 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
390252 GGGTTTC
1 GGGTTTA
390259 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390266 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390273 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390280 -GG-TTA
1 GGGTTTA
390285 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390292 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390299 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390306 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390313 GGG-TTA
1 GGGTTTA
390319 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
390326 GGGTTTC
1 GGGTTTA
390333 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390340 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390347 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390354 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
390362 GGGTGTTA
1 GGGT-TTA
390370 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390377 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390384 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390391 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390398 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390405 GGGTTT-
1 GGGTTTA
390411 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390418 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390425 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390432 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390439 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390446 -GGTTTA
1 GGGTTTA
390452 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390459 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390466 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390473 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390480 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390487 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390494 GGG-TTA
1 GGGTTTA
390500 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390507 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390514 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390521 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390528 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390535 -GGTTTA
1 GGGTTTA
390541 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390548 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390555 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
390563 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390570 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390577 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390584 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390591 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390598 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
390606 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390613 -GGTTTA
1 GGGTTTA
390619 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390626 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
390632 CGGTTTA
1 GGGTTTA
390639 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390646 GGG-TT-
1 GGGTTTA
390651 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390658 -GGTTTA
1 GGGTTTA
390664 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390671 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390678 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390685 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390692 -GG-TT-
1 GGGTTTA
390696 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390703 -GGTTTA
1 GGGTTTA
390709 GGG--TA
1 GGGTTTA
390714 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390721 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390728 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390735 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390742 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390749 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390756 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390763 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390770 GGG-TTA
1 GGGTTTA
390776 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390783 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390790 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390797 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390804 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390811 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390818 -GGTTTA
1 GGGTTTA
*
390824 GGG-TGA
1 GGGTTTA
390830 -GGTTTA
1 GGGTTTA
390836 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
390843 GGGTTTC
1 GGGTTTA
390850 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390857 -GGTTTA
1 GGGTTTA
390863 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390870 GGG-TTA
1 GGGTTTA
390876 GGG-TTA
1 GGGTTTA
390882 GGGGGTTTA
1 --GGGTTTA
390891 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390898 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390905 -GGTTTA
1 GGGTTTA
390911 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390918 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390925 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390932 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
390941 -GG-TTA
1 GGGTTTA
390946 -GG-TTA
1 GGGTTTA
390951 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390958 -GGTTTA
1 GGGTTTA
390964 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390971 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390978 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390985 GGGTTTA
1 GGGTTTA
390992 --G-TTA
1 GGGTTTA
390996 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391003 GGGTTT-
1 GGGTTTA
391009 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391016 -GGTTTA
1 GGGTTTA
391022 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391029 -GGTTTA
1 GGGTTTA
391035 -GGTTTA
1 GGGTTTA
391041 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
391048 GGGTTTC
1 GGGTTTA
391055 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391062 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
391070 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391077 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391084 -GGTTTA
1 GGGTTTA
391090 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391097 -GG-TTA
1 GGGTTTA
391102 -GG-TTA
1 GGGTTTA
391107 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391114 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391121 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391128 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391135 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391142 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391149 -GGTTTA
1 GGGTTTA
391155 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391162 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391169 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391176 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391183 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391190 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
391197 GGGTTTC
1 GGGTTTA
391204 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391211 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391218 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391225 -GG-TTA
1 GGGTTTA
391230 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391237 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391244 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391251 GGG-TTA
1 GGGTTTA
391257 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391264 GGG-TTA
1 GGGTTTA
*
391270 GGGTTTC
1 GGGTTTA
391277 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391284 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391291 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
391298 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
391305 GGTTTTA
1 GGGTTTA
391312 -GGTTTA
1 GGGTTTA
391318 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391325 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391332 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
391339 GGGTTTC
1 GGGTTTA
391346 GGG-TTA
1 GGGTTTA
391352 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391359 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391366 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391373 GGG-TTA
1 GGGTTTA
391379 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391386 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391393 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391400 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391407 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391414 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391421 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
391429 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391436 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391443 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391450 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
391457 GGTTTTA
1 GGGTTTA
391464 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391471 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391478 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391485 -GGTTT-
1 GGGTTTA
391490 -GGTTTA
1 GGGTTTA
391496 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
391503 GGG--TC
1 GGGTTTA
391508 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391515 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391522 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391529 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
391536 GGTTTTA
1 GGGTTTA
391543 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391550 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391557 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391564 -GGTTTA
1 GGGTTTA
391570 -GGTTTA
1 GGGTTTA
*
391576 GGGTTTC
1 GGGTTTA
391583 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391590 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391597 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391604 -GGTTTA
1 GGGTTTA
391610 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391617 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391624 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391631 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391638 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391645 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
391651 CGGTTTA
1 GGGTTTA
391658 -GGTTTA
1 GGGTTTA
391664 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391671 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391678 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391685 -GGTTTA
1 GGGTTTA
391691 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391698 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
391706 -GGTTTA
1 GGGTTTA
*
391712 TGGTTTA
1 GGGTTTA
391719 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391726 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391733 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391740 -GGTTTA
1 GGGTTTA
391746 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391753 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391760 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391767 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391774 GGG-TTA
1 GGGTTTA
391780 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391787 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391794 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391801 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391808 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391815 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
391822 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
391829 GGGTTTC
1 GGGTTTA
391836 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391843 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391850 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
391857 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
391864 GGGTTTC
1 GGGTTTA
391871 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391878 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391885 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
391893 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391900 -GGTTTA
1 GGGTTTA
391906 -GGTTTA
1 GGGTTTA
391912 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391919 GGG-TTA
1 GGGTTTA
391925 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391932 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391939 -GGTTTA
1 GGGTTTA
391945 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391952 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391959 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391966 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391973 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391980 GGGTTTA
1 GGGTTTA
391987 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
391995 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392002 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392009 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392016 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392023 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392030 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392037 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
392043 CGGTTTA
1 GGGTTTA
392050 -GGTTTA
1 GGGTTTA
392056 GGGTTGGTTA
1 GGG-T--TTA
392066 GGG-TTA
1 GGGTTTA
392072 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392079 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392086 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
392094 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392101 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392108 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392115 GGGTTT-
1 GGGTTTA
392121 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392128 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
392135 GGGTTTT
1 GGGTTTA
392142 GGG-TTA
1 GGGTTTA
392148 GGG-TT-
1 GGGTTTA
392153 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392160 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392167 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392174 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392181 GGG-TTA
1 GGGTTTA
392187 GGGTTT-
1 GGGTTTA
392193 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392200 -GGTTT-
1 GGGTTTA
392205 GGGTTT-
1 GGGTTTA
392211 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
392218 GGGTTTC
1 GGGTTTA
392225 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392232 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392239 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392246 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392253 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392260 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392267 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392274 GGG-TTA
1 GGGTTTA
392280 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392287 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392294 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
392302 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
392310 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392317 -GGTTTA
1 GGGTTTA
392323 -GGTTTA
1 GGGTTTA
392329 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
392336 GGGTTTC
1 GGGTTTA
392343 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392350 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392357 CGGGTTTA
1 -GGGTTTA
392365 -GGTTTA
1 GGGTTTA
392371 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392378 GGGTTT-
1 GGGTTTA
392384 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392391 -GGTTTA
1 GGGTTTA
392397 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392404 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392411 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392418 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
392425 GGGTTTC
1 GGGTTTA
392432 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392439 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392446 GGG-TTA
1 GGGTTTA
392452 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392459 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392466 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392473 -GGTTTA
1 GGGTTTA
392479 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392486 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392493 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392500 GGG-TTA
1 GGGTTTA
392506 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392513 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392520 -GGTTTA
1 GGGTTTA
392526 GGG-TTA
1 GGGTTTA
392532 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392539 GGG-TTA
1 GGGTTTA
392545 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392552 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392559 -GGTTT-
1 GGGTTTA
392564 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392571 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392578 -GGTTTA
1 GGGTTTA
*
392584 GGGTTGA
1 GGGTTTA
392591 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392598 -GG-TTA
1 GGGTTTA
*
392603 GGGTTTC
1 GGGTTTA
392610 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392617 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392624 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392631 -GGTTTA
1 GGGTTTA
392637 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392644 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392651 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392658 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392665 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392672 GGGTTT-
1 GGGTTTA
392678 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392685 -GGTTTA
1 GGGTTTA
392691 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392698 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392705 -GGTTTA
1 GGGTTTA
*
392711 -GTTTTA
1 GGGTTTA
392717 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392724 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392731 -GGTTTA
1 GGGTTTA
392737 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392744 -GGTTTA
1 GGGTTTA
392750 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392757 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392764 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
392771 GGGGTT-
1 GGGTTTA
*
392777 CGGTTTA
1 GGGTTTA
392784 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392791 GGGTTGGGTA
1 GGGTT---TA
392801 -GGTTTA
1 GGGTTTA
392807 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392814 GGGTTT-
1 GGGTTTA
392820 -GGTTTA
1 GGGTTTA
392826 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392833 -GGTTTA
1 GGGTTTA
392839 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392846 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392853 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392860 -GGTTTA
1 GGGTTTA
392866 GGGTTT-
1 GGGTTTA
392872 --GTTTA
1 GGGTTTA
*
392877 GGGTTTC
1 GGGTTTA
392884 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392891 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
392898 -GGTTTC
1 GGGTTTA
392904 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392911 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392918 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392925 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392932 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392939 GGGTTTA
1 GGGTTTA
392946 GGG-TTA
1 GGGTTTA
392952 GGGTTT-
1 GGGTTTA
392958 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
392964 CGGTTTA
1 GGGTTTA
392971 --GTTTA
1 GGGTTTA
392976 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
392985 GGGTTT-
1 GGGTTTA
392991 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
392998 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393005 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393012 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
393019 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393026 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393033 GGGTTT-
1 GGGTTTA
393039 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393046 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393053 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393060 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
393067 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393074 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393081 GGGTTTA
1 GGGTTTA
**
393088 TTG-TTA
1 GGGTTTA
393094 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393101 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
393107 TGGTTTA
1 GGGTTTA
*
393114 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393121 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
393127 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393134 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393141 -GGTTTA
1 GGGTTTA
393147 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
393153 CGGTTTA
1 GGGTTTA
393160 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393167 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393174 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393181 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393188 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
*
393196 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
393203 GGTTTTA
1 GGGTTTA
393210 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393217 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393224 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
393231 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393238 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393245 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
393252 GGGTTTG
1 GGGTTTA
393259 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
393266 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393273 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
393280 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393287 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393294 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393301 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393308 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393315 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393322 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393329 GGG-TTA
1 GGGTTTA
393335 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393342 -GGTTTA
1 GGGTTTA
393348 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393355 -GGTTTA
1 GGGTTTA
393361 GGG-TTA
1 GGGTTTA
*
393367 GGGGTTTC
1 -GGGTTTA
393375 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393382 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393389 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393396 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393403 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393410 -GGTTTA
1 GGGTTTA
393416 GGG-TTA
1 GGGTTTA
393422 -GGTTTA
1 GGGTTTA
393428 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393435 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
393441 CGGTTTA
1 GGGTTTA
393448 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
393455 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393462 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393469 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393476 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393483 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393490 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
393497 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
393504 GGGTTTCGGG
1 GGGTTT---A
393514 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393521 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393528 -GGTTT-
1 GGGTTTA
* *
393533 TGGTTTC
1 GGGTTTA
393540 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393547 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393554 GGG-TTA
1 GGGTTTA
*
393560 GGGTTTTG
1 GGG-TTTA
393568 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
393575 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
393582 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393589 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
*
393597 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
393604 GGGTTTT
1 GGGTTTA
*
393611 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393618 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
393625 GGGTTTCG
1 GGGTTT-A
*
393633 GGGTTTCGG
1 GGGTTT--A
*
393642 GGGTTTT
1 GGGTTTA
393649 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393656 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
393662 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393669 GGTGTTT-
1 GG-GTTTA
393676 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393683 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393690 GGGTTT-
1 GGGTTTA
393696 GGGTTT-
1 GGGTTTA
393702 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
393708 CGGTTTA
1 GGGTTTA
*
393715 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393722 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393729 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
393735 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
393742 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393749 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393756 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
393763 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
393770 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393777 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393784 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
393791 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393798 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
393804 CGGTTTC
1 GGGTTTA
393811 GGG-TT-
1 GGGTTTA
393816 GGG-TT-
1 GGGTTTA
393821 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393828 GGG-TTA
1 GGGTTTA
393834 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
*
393842 -GGTTTC
1 GGGTTTA
393848 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
393854 CGGTTTC
1 GGGTTTA
*
393861 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393868 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
393874 CGGTTTC
1 GGGTTTA
393881 GGG-TTA
1 GGGTTTA
393887 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393894 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
393901 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
393908 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393915 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
*
393923 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393930 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
393936 CGGTTTA
1 GGGTTTA
393943 GGGTTTA
1 GGGTTTA
393950 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
393957 -GGTTTC
1 GGGTTTA
*
393963 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
393970 GGGTTTC
1 GGGTTTA
393977 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
393983 CGG-TTA
1 GGGTTTA
*
393989 -GGTTTC
1 GGGTTTA
*
393995 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394002 GGGTTTCG
1 GGGTTT-A
*
394010 GGTGTTTC
1 GG-GTTTA
394018 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
394025 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394032 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394039 GGG-TTA
1 GGGTTTA
394045 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
394051 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394058 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394065 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
394072 GGGGGTTTC
1 --GGGTTTA
394081 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
394087 CGGTTTA
1 GGGTTTA
394094 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
394100 TGGTTTC
1 GGGTTTA
394107 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
394114 -GGTTTCG
1 GGGTTT-A
* *
394121 GGGGTTC
1 GGGTTTA
*
394128 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394135 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394142 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394149 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
394156 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394163 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394170 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
394176 CGGTTT-
1 GGGTTTA
394182 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
394189 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394196 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
394203 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394210 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394217 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394224 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
394231 -GGTTTC
1 GGGTTTA
394237 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394244 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
394251 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394258 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394265 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
394271 CGGTTT-
1 GGGTTTA
*
394277 CGGTTTA
1 GGGTTTA
394284 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
394290 CGGTTT-
1 GGGTTTA
*
394296 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394303 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394310 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
394316 CGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394323 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394330 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
394336 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394343 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394350 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394357 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394364 -GGTTTA
1 GGGTTTA
*
394370 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394377 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394384 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394391 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
394398 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394405 GGG-TT-
1 GGGTTTA
*
394410 CGGTTTA
1 GGGTTTA
394417 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
394424 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394431 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
394437 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394444 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394451 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394458 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394465 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394472 GGGTTTA
1 GGGTTTA
* *
394479 GGTTTTC
1 GGGTTTA
*
394486 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394493 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394500 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
394506 CGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394513 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394520 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
394526 CGGTTTC
1 GGGTTTA
394533 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
394540 GGG-TTC
1 GGGTTTA
394546 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394553 -GGTTTA
1 GGGTTTA
394559 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
394565 CGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394572 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394579 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394586 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394593 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394600 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394607 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
394614 -GGTTTC
1 GGGTTTA
394620 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394627 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394634 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394641 GGG-TTA
1 GGGTTTA
394647 GGG-TTA
1 GGGTTTA
394653 -GGTTT-
1 GGGTTTA
394658 -GGTTTA
1 GGGTTTA
394664 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394671 GGG-TTA
1 GGGTTTA
394677 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394684 -GGTTTA
1 GGGTTTA
394690 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394697 GGG-TTA
1 GGGTTTA
*
394703 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394710 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394717 GGGTTT-
1 GGGTTTA
394723 -GGTTTA
1 GGGTTTA
394729 -GGTTTA
1 GGGTTTA
394735 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394742 GGGTTT-
1 GGGTTTA
394748 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
394755 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394762 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394769 GGTTGGTTTA
1 -G--GGTTTA
*
394779 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394786 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394793 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394800 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
394807 GGG-TTC
1 GGGTTTA
394813 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394820 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394827 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
394833 CGGTTT-
1 GGGTTTA
394839 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394846 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394853 GGGTTT-
1 GGGTTTA
394859 --GTTTA
1 GGGTTTA
394864 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394871 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394878 GGG-TTA
1 GGGTTTA
394884 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
394891 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394898 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394905 GGG-TTA
1 GGGTTTA
394911 GGGTTT-
1 GGGTTTA
394917 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394924 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
394931 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
394938 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394945 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394952 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394959 GGG-TT-
1 GGGTTTA
*
394964 GGGTTTC
1 GGGTTTA
394971 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394978 GGG-TTA
1 GGGTTTA
394984 GGGTTTA
1 GGGTTTA
394991 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
394997 CGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395004 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395011 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395018 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
395024 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395031 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395038 GGGTTT-
1 GGGTTTA
395044 GGG-TTA
1 GGGTTTA
*
395050 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
395057 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395064 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
395070 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395077 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395084 GGGTTT-
1 GGGTTTA
395090 GGG-TTA
1 GGGTTTA
395096 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395103 GGG-TT-
1 GGGTTTA
*
395108 GGG-TTC
1 GGGTTTA
395114 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
395120 CGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395127 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395134 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395141 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
395148 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395155 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395162 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
395168 CGGTTTC
1 GGGTTTA
395175 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395182 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395189 GGG-TTA
1 GGGTTTA
395195 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395202 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395209 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395216 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395223 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395230 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395237 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395244 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395251 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395258 GGG-TTA
1 GGGTTTA
395264 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395271 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395278 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
395286 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395293 GGGGGTTTA
1 --GGGTTTA
*
395302 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395309 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395316 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395323 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395330 GGG-TTA
1 GGGTTTA
395336 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395343 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395350 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395357 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395364 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395371 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395378 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395385 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395392 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395399 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395406 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395413 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395420 -GG-TTA
1 GGGTTTA
395425 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395432 GGG-TTA
1 GGGTTTA
395438 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395445 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395452 GGG-TTA
1 GGGTTTA
395458 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395465 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395472 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395479 -GGTTT-
1 GGGTTTA
*
395484 CGGTTTA
1 GGGTTTA
395491 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395498 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395505 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395512 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395519 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395526 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395533 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395540 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395547 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395554 -GGTTTC
1 GGGTTTA
395560 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395567 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395574 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395581 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395588 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395595 GGG-TTC
1 GGGTTTA
395601 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395608 GGGTTGTTTA
1 -GG--GTTTA
395618 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395625 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395632 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395639 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395646 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395653 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395660 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395667 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395674 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395681 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395688 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395695 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395702 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395709 -GGTTTA
1 GGGTTTA
395715 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395722 -GG-TTA
1 GGGTTTA
395727 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395734 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
395741 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395748 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395755 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395762 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395769 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395776 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395783 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395790 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395797 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395804 GGG-TTA
1 GGGTTTA
395810 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395817 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395824 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395831 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395838 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395845 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395852 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
395859 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395866 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395873 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395880 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395887 GGG-TTC
1 GGGTTTA
*
395893 GGGTTTC
1 GGGTTTA
395900 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395907 GGGGTTTCG
1 -GGGTTT-A
395916 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395923 GGG-TT-
1 GGGTTTA
395928 GGG-TTA
1 GGGTTTA
395934 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395941 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395948 GGGTTTG
1 GGGTTTA
395955 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395962 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
395969 GGGTCGGTTT
1 GGGT---TTA
395979 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395986 GGGTTTA
1 GGGTTTA
395993 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
395999 CGG-TTA
1 GGGTTTA
396005 GGGTTTA
1 GGGTTTA
396012 GGGTTTA
1 GGGTTTA
396019 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
396025 GGGTTTC
1 GGGTTTA
396032 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
396040 GGGTTTA
1 GGGTTTA
396047 GGGTTTA
1 GGGTTTA
396054 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
396061 GGGTTTC
1 GGGTTTA
396068 GGG-TTA
1 GGGTTTA
*
396074 GGG-TTC
1 GGGTTTA
396080 GGGTTT-
1 GGGTTTA
396086 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
396093 GGGTTTC
1 GGGTTTA
396100 GGGTTTA
1 GGGTTTA
396107 GGGTTTA
1 GGGTTTA
396114 GGG-TTA
1 GGGTTTA
396120 GGG-TT-
1 GGGTTTA
396125 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
396133 GGGTTT-
1 GGGTTTA
396139 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
396145 GGGTTTC
1 GGGTTTA
396152 GGGTTTA
1 GGGTTTA
396159 GGG-TT-
1 GGGTTTA
*
396164 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
396171 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
396178 GGGTTTC
1 GGGTTTA
396185 GGGTTTA
1 GGGTTTA
396192 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
396199 GGGGTTTC
1 -GGGTTTA
396207 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
396213 CGGTTTA
1 GGGTTTA
396220 GGGTTT-
1 GGGTTTA
396226 GGG-TT-
1 GGGTTTA
* *
396231 CGGTTTC
1 GGGTTTA
396238 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
396245 GGGTTTC
1 GGGTTTA
**
396252 GGGTTCG
1 GGGTTTA
*
396259 GGGTTTC
1 GGGTTTA
396266 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
396273 GGGTTTC
1 GGGTTTA
396280 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
396287 GGGTTTC
1 GGGTTTA
396294 GGGTTTA
1 GGGTTTA
396301 -GGTTTA
1 GGGTTTA
396307 GGGTTTA
1 GGGTTTA
396314 GGGTTTA
1 GGGTTTA
396321 -GGTTTA
1 GGGTTTA
396327 GGGTTT-
1 GGGTTTA
396333 GGGTTT
1 GGGTTT
Statistics
Matches: 10544, Mismatches: 302, Indels: 797
0.91 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
4 16 0.00
5 167 0.02
6 1527 0.14
7 8486 0.80
8 253 0.02
9 59 0.01
10 36 0.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.02, G:0.43, T:0.43
Consensus pattern (7 bp):
GGGTTTA
Done.