genome.fa.s8590.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008590.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111539_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  253679

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2005--2048	21	2.2	20	87	4	61	31	27	25	15	1.96
3080--3122	15	2.9	14	74	12	50	34	6	18	39	1.78
3703--3769	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
5794--5886	14	6.6	14	69	15	50	70	5	5	18	1.25
5821--5925	41	2.4	43	85	7	142	66	4	6	21	1.34
8547--8607	24	2.5	24	72	2	59	31	1	11	55	1.45
9036--9080	14	3.1	14	87	3	63	37	17	4	40	1.70
9036--9089	28	1.9	28	85	7	74	35	18	3	42	1.68
19691--19715	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
20785--20814	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
20813--20976	3	55.0	3	98	1	321	66	0	33	0	0.92
23177--23383	68	3.0	68	99	0	405	35	17	19	27	1.94
24997--25089	11	8.2	11	78	7	96	31	23	22	22	1.99
24997--25057	23	2.7	23	100	0	122	29	24	22	22	1.99
25003--25089	34	2.5	34	90	1	138	32	24	21	21	1.98
25092--25164	31	2.4	31	80	15	82	21	13	19	45	1.85
26408--26457	14	3.6	14	91	0	82	56	0	0	44	0.99
26405--26462	28	2.1	28	90	0	89	53	0	0	46	1.00
27028--27160	60	2.2	59	88	4	187	31	18	17	32	1.94
27483--27537	13	3.7	15	71	22	53	47	3	0	49	1.19
31328--31382	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
33229--33286	26	2.2	26	93	3	98	24	17	15	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33255--33359	39	2.7	39	98	0	201	25	20	12	41	1.87
34788--34866	32	2.5	31	81	4	95	36	13	24	25	1.92
35450--35525	18	4.1	18	71	8	53	53	0	1	44	1.08
35281--35654	183	2.0	184	93	2	637	42	2	7	46	1.47
45016--45057	22	2.0	21	86	13	59	28	0	7	64	1.20
45954--45998	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
47675--47741	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
50815--50859	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
52552--52618	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
53649--53797	76	2.0	75	81	7	176	28	3	12	55	1.52
54762--54804	19	2.3	19	100	0	86	46	20	13	18	1.83
56440--56469	16	1.9	16	93	6	53	6	0	10	83	0.81
71535--71575	16	2.5	17	80	15	50	73	2	7	17	1.17
73597--74056	105	4.4	105	96	0	848	23	18	25	32	1.97
85292--85388	4	25.0	4	69	10	51	68	3	8	20	1.30
85341--85365	10	2.5	10	100	0	50	80	0	8	12	0.92
88598--88665	35	1.9	35	85	5	93	47	17	17	17	1.84
111089--111173	13	7.2	13	76	22	98	22	0	40	37	1.54
111094--111204	6	17.8	6	77	7	114	23	0	41	35	1.55
111094--111198	19	5.6	19	87	2	158	23	0	40	35	1.55
111094--111198	37	2.8	38	86	2	140	23	0	40	35	1.55
111089--111216	56	2.3	56	91	1	202	25	0	38	35	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114006--114065	29	1.9	32	83	12	81	11	13	5	70	1.33
114663--114704	18	2.5	17	85	14	52	28	4	0	66	1.12
119534--119697	82	2.0	82	100	0	328	20	17	21	40	1.91
121074--121111	18	2.2	18	90	4	60	21	10	5	63	1.46
122498--122541	22	2.0	22	100	0	88	36	13	4	45	1.64
130307--130374	33	2.1	33	100	0	136	22	13	23	41	1.89
149475--149652	50	3.6	49	84	5	216	49	10	10	29	1.71
152761--152790	15	2.0	15	93	0	51	20	6	3	70	1.25
152966--153101	68	2.0	68	95	0	245	11	9	20	58	1.61
152984--153090	35	3.1	35	65	20	98	11	9	18	60	1.56
156091--156189	49	2.0	49	94	0	171	32	14	10	43	1.78
159695--159763	31	2.2	31	100	0	138	28	13	18	39	1.88
161217--161315	23	4.3	23	81	1	108	12	9	17	61	1.55
161251--161291	13	3.4	13	74	19	52	9	9	19	60	1.55
161217--161314	46	2.1	47	84	1	126	12	9	17	61	1.56
162443--162489	20	2.3	21	82	10	62	42	25	14	17	1.87
162477--162567	19	4.7	19	88	2	137	37	18	12	31	1.88
162477--162567	38	2.3	40	94	3	159	37	18	12	31	1.88
162705--162742	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
163295--163328	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
165775--165810	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
166096--166134	20	2.0	20	100	0	78	43	25	15	15	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166133--166235	54	1.9	54	82	7	129	23	21	19	35	1.96
166199--166248	20	2.5	20	90	0	73	16	16	22	46	1.84
166995--167081	39	2.2	39	93	0	147	48	21	12	17	1.80
167252--167289	20	1.9	20	88	0	58	42	23	18	15	1.89
167313--167350	20	1.9	20	88	0	58	50	18	13	18	1.78
167458--167579	65	1.9	64	85	6	169	49	18	0	31	1.54
168943--168983	21	2.0	21	90	4	66	26	24	29	19	1.98
168950--169006	21	2.7	22	83	8	73	24	22	29	22	1.99
171141--171181	20	2.1	20	90	4	66	43	21	17	17	1.87
171636--171835	40	5.0	41	82	7	227	21	16	22	40	1.91
171636--171835	60	3.3	60	89	4	280	21	16	22	40	1.91
171636--171802	20	8.4	20	85	4	221	20	16	22	40	1.91
171645--171841	59	3.3	59	88	5	209	22	15	22	39	1.92
171820--171875	20	2.8	21	78	8	71	30	14	28	26	1.95
173744--173799	17	3.6	17	63	22	50	50	23	0	26	1.50
173749--173802	29	2.0	28	85	10	76	51	20	0	27	1.47
174796--174842	20	2.2	22	85	7	62	42	0	2	55	1.12
180581--180655	10	7.8	9	71	19	53	20	26	25	28	1.99
180581--180655	29	2.5	30	83	12	93	20	26	25	28	1.99
180656--180710	22	2.5	22	96	0	101	18	49	21	10	1.78
180679--180717	17	2.3	17	100	0	78	17	46	23	12	1.83
180707--180751	7	6.4	7	94	0	81	15	31	28	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187229--187293	10	6.8	9	75	13	58	18	26	27	27	1.98
187229--187286	19	2.9	21	85	10	77	18	25	25	29	1.98
187250--187293	19	2.3	19	100	0	88	15	27	31	25	1.96
187230--187299	9	7.3	9	78	12	59	17	28	27	27	1.97
187295--187333	17	2.3	17	100	0	78	17	46	23	12	1.83
187323--187367	7	6.4	7	89	0	72	15	28	28	26	1.96
190464--190508	21	2.1	20	80	15	54	53	11	0	35	1.37
191761--191793	17	1.9	17	93	0	57	57	0	3	39	1.14
191764--191807	17	2.6	17	82	3	54	61	0	2	36	1.09
196730--196796	34	1.9	34	82	14	84	47	20	11	19	1.81
203241--203289	3	16.7	3	79	12	57	34	0	2	63	1.06
203241--203289	18	2.8	18	90	9	75	34	0	2	63	1.06
205294--205457	88	1.9	87	90	1	265	32	15	10	41	1.81
210341--210482	37	3.8	37	75	12	137	32	13	14	39	1.85
210353--210530	76	2.3	77	83	6	211	31	14	12	41	1.83
210531--210751	39	5.8	39	83	4	238	28	17	17	36	1.93
210661--210800	74	1.9	73	85	4	192	27	22	14	36	1.92
210775--210850	15	4.7	15	71	17	53	27	25	11	35	1.91
210538--210839	39	8.1	36	77	11	175	26	20	15	37	1.92
211433--211465	13	2.5	13	85	14	50	36	0	0	63	0.95
213483--213657	88	2.0	87	91	3	280	31	16	12	39	1.86
217266--217292	12	2.2	12	100	0	54	29	0	7	62	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224650--224684	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
225987--226057	18	4.2	18	77	17	80	14	18	49	18	1.80
225999--226034	13	2.8	13	100	0	72	16	16	50	16	1.79
225987--226052	31	2.1	31	91	0	105	15	18	48	18	1.81
229821--229855	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
231124--231178	8	6.5	8	81	12	58	25	23	34	16	1.95
231142--231175	15	2.3	15	94	0	59	26	23	35	14	1.94
231166--231223	18	3.2	18	90	0	98	12	17	51	18	1.75
235002--235036	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
236333--236390	18	3.2	18	95	0	107	12	20	50	17	1.78

Tables:   1   2