genome.fa.s8599.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008599.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111550_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  235039

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75--393	52	6.3	50	82	11	289	46	18	21	13	1.83
102--388	19	16.7	19	79	18	321	46	17	21	13	1.83
158--410	33	7.5	33	81	13	204	46	18	21	14	1.84
417--518	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
621--655	14	2.6	14	95	4	63	42	22	0	34	1.54
2620--2691	14	4.6	14	77	20	63	47	22	19	11	1.80
2601--2691	33	2.8	33	91	3	150	47	21	19	10	1.80
2564--2696	19	7.6	19	76	17	110	45	24	18	11	1.82
2692--2820	19	7.3	19	73	17	116	8	16	28	46	1.76
2692--2783	33	2.8	33	91	3	141	7	17	28	46	1.75
2852--3313	90	5.0	93	95	3	857	46	19	12	21	1.83
2852--3313	183	2.5	182	96	2	849	46	19	12	21	1.83
5012--5101	14	5.7	14	73	23	72	43	23	24	8	1.82
5005--5118	33	3.5	33	92	1	194	45	21	23	9	1.81
5008--5123	19	6.9	18	70	24	85	43	21	24	10	1.83
5135--5189	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
5119--5189	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
5130--5211	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
5142--5230	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
5309--5379	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
5561--5614	21	2.5	22	78	3	65	20	16	38	24	1.92
5760--5952	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5760--5952	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
6008--6059	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
7231--7306	20	3.8	20	92	0	116	40	22	17	19	1.91
7212--7306	40	2.3	40	83	1	118	38	22	18	20	1.93
7293--7379	20	4.3	20	94	0	147	31	25	19	24	1.98
10709--10782	20	3.7	20	83	7	96	39	24	21	14	1.91
10814--10867	14	3.5	14	73	22	54	11	24	20	44	1.83
10792--10887	33	2.9	34	92	3	149	13	23	20	41	1.88
10993--11030	14	2.7	15	84	12	53	47	18	0	34	1.49
12554--12600	20	2.3	20	88	0	67	23	17	27	31	1.96
12594--12700	20	5.3	20	86	2	160	20	19	20	39	1.93
12574--12700	40	3.2	38	79	13	139	21	18	22	37	1.94
12697--12742	21	2.2	21	88	0	65	41	17	23	17	1.90
14962--15153	23	9.0	21	78	12	135	20	19	22	36	1.95
14968--15159	42	4.5	42	81	12	194	21	19	22	35	1.96
14980--15146	23	7.7	23	78	11	192	20	19	22	37	1.94
14980--15150	65	2.6	65	95	0	306	20	19	22	37	1.94
15236--15266	6	5.2	6	100	0	62	35	32	0	32	1.58
15903--16046	21	7.0	21	86	1	193	31	21	21	25	1.98
15906--16065	42	3.9	42	86	2	209	32	21	21	25	1.98
15902--16065	63	2.7	63	83	4	201	31	20	21	26	1.98
16055--16128	21	3.5	21	88	0	103	22	20	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18027--18052	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
20439--20498	13	4.8	13	76	15	72	26	0	1	71	0.95
20439--20502	20	3.3	20	73	22	66	26	0	1	71	0.94
20429--20502	37	2.0	37	89	0	112	25	0	4	70	1.05
20443--20485	16	2.7	16	88	0	59	25	0	2	72	0.97
20752--20801	20	2.5	19	87	12	73	76	0	0	24	0.80
20752--20814	28	2.3	27	83	2	81	73	1	0	25	0.93
20768--20805	15	2.5	15	91	4	58	73	0	0	26	0.83
29324--29415	38	2.4	38	96	0	166	34	14	16	34	1.89
32332--32418	31	2.8	30	80	11	97	44	0	3	51	1.18
32334--32416	11	8.1	10	71	17	55	43	0	3	53	1.18
32365--32407	20	2.2	20	87	8	61	44	0	2	53	1.13
34190--34229	6	6.7	6	100	0	80	35	0	65	0	0.93
34723--34768	21	2.2	21	100	0	92	30	23	30	15	1.95
34817--34912	41	2.4	41	84	6	119	28	23	32	15	1.95
34899--34998	29	3.4	29	93	2	157	17	30	30	23	1.96
35071--35160	46	2.0	46	93	0	153	25	44	10	20	1.82
35214--35275	29	2.1	29	93	0	106	17	32	32	17	1.94
37749--37827	38	2.1	38	100	0	158	40	15	5	39	1.69
48411--48486	23	3.3	23	88	0	116	26	15	14	43	1.85
48531--48573	22	2.0	21	82	8	52	30	18	25	25	1.98
50337--50361	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55299--55327	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
55978--56011	16	2.1	17	88	5	52	38	5	20	35	1.77
69388--69545	84	1.9	84	87	0	235	44	19	28	7	1.78
69500--69654	27	5.7	27	85	1	175	47	16	28	7	1.74
69500--69647	55	2.7	55	84	1	163	47	16	28	8	1.75
69500--69654	82	1.9	81	82	1	193	47	16	28	7	1.74
74371--74413	14	3.1	14	83	6	61	41	0	0	58	0.98
74833--74869	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
77575--77620	13	3.4	13	82	17	58	39	4	0	56	1.19
79060--79112	19	2.8	18	83	8	61	32	15	30	22	1.94
79637--79667	14	2.3	14	94	5	55	35	3	25	35	1.72
81006--81086	24	3.2	24	63	27	58	27	1	29	41	1.63
85737--85786	26	1.9	26	83	0	64	66	14	2	18	1.35
89297--89333	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
89560--89613	2	27.5	2	96	3	101	51	0	0	48	1.00
89893--89944	27	1.9	27	84	0	68	19	51	5	23	1.67
90073--90129	24	2.4	24	80	8	62	35	1	1	61	1.17
93239--93776	56	9.7	56	84	4	691	35	18	10	36	1.84
93245--93749	219	2.3	220	86	3	687	36	18	10	35	1.84
94204--94241	20	1.9	20	88	0	58	18	39	13	28	1.88
97174--97213	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
107864--107979	57	2.0	57	94	0	205	27	14	24	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107960--107987	4	7.0	4	100	0	56	25	0	50	25	1.50
115292--115419	68	1.9	69	83	4	170	45	2	4	47	1.36
115310--115420	34	3.2	33	73	15	91	46	1	3	47	1.30
117733--117841	31	3.5	31	80	9	116	32	24	10	33	1.89
121650--121678	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
123128--123152	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
130097--130128	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
129922--130362	218	2.0	219	90	1	695	34	14	14	37	1.86
130454--130493	13	3.0	13	82	7	53	60	0	2	37	1.11
130990--131041	26	2.0	26	92	3	88	19	7	30	42	1.79
130995--131049	26	2.2	25	83	3	65	18	10	25	45	1.82
132732--132788	29	2.0	29	89	6	89	24	35	29	10	1.89
132942--132987	22	2.1	22	87	0	65	13	26	39	21	1.90
133852--133901	23	2.1	24	96	3	93	28	8	16	48	1.74
134065--134123	10	5.8	10	82	4	64	69	0	3	27	1.04
134652--134710	10	5.7	10	80	4	55	22	8	3	66	1.34
134642--134700	11	5.4	11	81	8	59	25	8	3	62	1.39
134937--134989	26	2.0	26	85	0	70	41	0	0	58	0.98
134955--134979	10	2.5	10	100	0	50	32	0	0	68	0.90
138735--138804	18	3.9	18	84	0	86	42	10	14	32	1.78
144572--144604	17	1.9	17	88	11	50	63	0	3	33	1.10
153170--153412	50	4.8	51	87	3	341	45	15	14	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153163--153412	101	2.5	102	86	3	346	46	15	14	24	1.83
155730--156083	171	2.0	172	94	5	622	33	16	18	32	1.93
156024--156048	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
156626--156710	42	2.0	42	97	0	161	31	22	18	27	1.97
161206--161307	50	2.0	50	94	0	177	32	11	12	43	1.79
180355--180421	34	1.9	34	82	14	84	46	19	13	20	1.83
183514--183538	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
213689--213805	60	2.0	60	85	0	162	30	11	18	38	1.87
214305--214339	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
222585--222610	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89

Tables:   1   2