genome.fa.s8602.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008602.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111557_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  277273

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4146--4207	30	2.0	32	87	6	92	46	17	17	17	1.84
6164--6220	23	2.5	23	78	16	64	50	5	5	38	1.47
6200--6272	25	3.1	25	88	7	109	41	0	0	58	0.98
6247--6286	18	2.3	19	83	12	50	42	2	0	55	1.13
6730--6841	35	3.2	35	85	0	152	42	20	0	35	1.58
7890--7998	34	3.2	33	84	7	130	33	0	21	44	1.59
7905--7998	34	2.7	34	88	1	134	31	1	23	43	1.61
9954--9991	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
13156--13310	60	2.6	60	79	13	167	49	3	12	34	1.56
13411--13445	18	2.1	17	89	10	54	51	5	0	42	1.25
23575--23612	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
27267--27316	20	2.5	21	80	9	59	70	4	0	26	1.05
27615--27652	4	9.5	4	83	11	51	26	0	73	0	0.83
33650--33690	6	6.8	6	100	0	82	17	31	34	17	1.93
33791--33835	15	3.0	15	83	6	56	42	6	2	48	1.41
38115--38166	21	2.5	21	93	0	86	46	28	3	21	1.69
44103--44135	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
45365--45408	21	2.1	21	87	8	63	31	9	15	43	1.79
51839--52075	63	3.7	64	80	4	264	35	11	13	40	1.81
52118--52273	64	2.5	63	80	6	165	32	17	12	36	1.88
55302--55345	14	3.2	14	81	12	56	50	0	0	50	1.00
60604--60634	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60978--61024	24	2.0	24	87	8	69	38	14	8	38	1.77
61042--61085	20	2.3	19	88	4	61	59	0	4	36	1.18
61463--61585	58	2.1	55	81	14	133	36	10	16	36	1.83
67582--67641	27	2.3	27	81	16	65	33	30	20	16	1.94
70974--70998	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
71364--71730	183	2.0	183	92	0	617	41	11	13	33	1.80
83198--83380	91	2.0	91	97	1	350	30	10	13	45	1.77
87569--87617	14	3.7	14	77	20	52	71	0	2	26	0.97
87583--87620	17	2.2	18	85	4	51	76	0	0	23	0.79
87985--88046	26	2.4	26	75	17	67	58	3	0	38	1.15
88323--88488	84	2.0	83	87	1	242	30	15	7	46	1.72
88800--88837	19	2.1	19	85	14	53	47	2	0	50	1.15
92248--92322	18	3.9	18	80	13	87	30	33	18	17	1.94
95252--95343	37	2.5	37	84	7	116	10	11	38	39	1.77
95053--95531	233	2.0	235	89	2	750	27	12	19	40	1.88
96828--96889	29	2.1	29	82	5	72	25	4	3	66	1.27
97804--97833	13	2.3	13	94	0	51	43	0	0	56	0.99
97935--97964	16	1.9	15	93	6	51	56	6	3	33	1.42
101393--101445	22	2.5	22	84	3	81	28	3	5	62	1.35
113208--113267	31	2.0	31	90	3	95	33	15	26	25	1.95
113215--113284	30	2.3	31	85	2	88	35	11	24	28	1.90
114336--114395	31	2.1	30	81	12	72	35	13	25	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114345--114424	31	2.6	30	84	3	97	31	11	28	28	1.91
116667--116733	35	1.9	34	90	3	107	44	17	14	22	1.86
126402--126427	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
128294--128362	12	5.8	12	71	10	52	53	18	11	15	1.72
128292--128385	24	4.0	24	78	2	91	51	18	10	20	1.75
128340--128397	24	2.4	24	79	0	71	46	17	13	22	1.83
129357--129415	25	2.3	25	82	11	66	18	10	20	50	1.75
130062--130134	36	2.0	36	94	0	128	28	19	9	42	1.82
130740--130785	13	3.3	13	83	16	65	13	21	45	19	1.84
130739--130803	29	2.2	28	78	10	69	13	23	43	20	1.87
133810--134560	146	5.1	146	87	2	1024	28	11	22	37	1.89
133810--134553	294	2.5	290	86	3	1033	28	11	22	37	1.88
134465--134508	23	1.9	23	85	0	61	27	9	18	45	1.79
136371--136448	23	3.3	23	85	1	102	33	23	19	24	1.97
136458--136672	103	2.1	103	97	0	403	36	24	13	26	1.92
141412--141489	23	3.3	23	78	1	75	34	20	17	26	1.95
141499--141707	103	2.1	97	91	5	328	36	23	12	26	1.91
141820--141872	24	2.2	24	80	9	56	41	20	3	33	1.70
147614--147667	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
148087--148114	13	2.2	13	100	0	56	39	7	7	46	1.59
149887--149927	21	2.0	21	85	9	57	58	0	9	31	1.31
151028--151301	144	1.9	144	95	0	494	33	10	17	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157063--157108	18	2.6	18	89	3	67	36	6	26	30	1.82
157586--157621	18	2.0	18	94	0	63	38	47	5	8	1.57
159374--159408	17	2.1	17	100	0	70	31	5	22	40	1.78
159552--159611	14	4.1	14	73	12	57	71	0	1	26	0.95
160912--160950	20	2.0	20	94	0	69	69	2	0	28	1.02
162187--162232	18	2.6	18	85	0	65	26	23	15	34	1.94
165794--165850	29	1.9	29	82	10	71	26	17	7	49	1.72
165817--166280	44	10.6	42	76	10	355	25	19	6	48	1.73
165934--166126	94	2.1	92	89	5	289	23	21	5	49	1.70
166917--166959	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
167092--167129	19	2.1	19	90	5	60	76	2	5	15	1.08
168635--168807	88	2.0	88	98	0	337	35	13	17	32	1.90
168908--168937	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
171659--171684	10	2.6	10	100	0	52	11	61	26	0	1.30
172444--172519	3	25.3	3	94	0	134	63	0	2	34	1.09
172842--173492	113	5.8	113	95	0	1142	29	18	13	38	1.90
174303--174881	83	7.0	83	96	0	1011	36	21	13	27	1.92
175939--175971	7	4.9	7	88	7	50	9	3	0	87	0.63
175924--175973	9	5.3	9	81	9	55	6	8	0	86	0.72
175940--175974	13	2.8	12	87	12	52	8	2	0	88	0.61
187567--187608	15	2.8	15	82	7	50	0	23	2	73	0.94
188160--188241	3	27.3	3	94	0	146	63	0	2	34	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194462--194552	42	2.2	42	93	0	155	27	17	24	30	1.97
194478--194563	42	2.0	42	84	2	109	30	19	24	25	1.98
196750--196808	30	2.0	30	86	0	82	35	23	28	11	1.91
203925--204036	21	5.3	22	82	3	108	40	19	37	2	1.66
203949--204031	42	2.0	42	90	4	132	37	21	37	3	1.71
204372--204554	43	4.3	42	76	5	154	32	21	19	26	1.97
204430--204641	43	4.9	43	78	4	167	28	23	18	29	1.98
219549--219604	27	2.0	28	89	3	87	16	35	8	39	1.80
221674--222412	378	2.0	376	81	5	877	25	23	16	33	1.96
222052--223473	399	3.6	393	75	10	1252	26	23	17	32	1.96
225900--225945	24	1.9	24	95	0	83	2	39	8	50	1.46
231020--231065	24	1.9	24	95	0	83	2	39	8	50	1.46
236207--236259	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
256246--256393	68	2.2	68	98	0	287	32	13	16	37	1.88
259732--259764	17	2.0	17	88	5	50	39	15	6	39	1.72
263372--263404	17	1.9	17	93	0	57	12	21	6	60	1.53

Tables:   1

The End!