genome.fa.s8604.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008604.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111560_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  305402

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3203--3262	31	1.9	31	89	0	93	63	8	1	26	1.32
5503--5622	30	4.0	30	86	2	170	25	29	16	28	1.97
5504--5619	60	1.9	60	94	3	207	25	30	15	28	1.96
5504--5647	30	4.8	30	82	5	116	25	29	15	29	1.96
6213--6257	23	2.0	23	82	8	56	42	0	13	44	1.43
7179--7250	20	3.6	20	98	0	135	37	26	13	22	1.92
7161--7256	40	2.4	40	79	6	131	36	28	15	19	1.93
7307--7500	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
7303--7500	40	5.0	39	81	4	200	35	26	19	19	1.95
7307--7499	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
7882--7952	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
8073--8127	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
8073--8143	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
8161--8264	14	6.7	14	78	20	109	8	25	23	42	1.82
8175--8272	33	3.0	33	93	0	178	9	25	21	43	1.82
8154--8264	47	2.4	46	85	8	136	9	26	22	42	1.83
9381--9509	19	7.3	19	74	17	116	11	17	24	46	1.81
9397--9453	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
9381--9472	33	2.8	33	93	0	157	11	19	21	46	1.82
11422--11457	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
11564--11664	19	5.6	19	82	15	142	43	17	23	14	1.87
11655--11927	52	5.2	52	82	11	183	15	20	17	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11671--11994	33	9.5	33	78	14	181	13	20	18	46	1.83
11671--11908	85	2.8	83	88	6	343	14	21	18	46	1.83
11693--11966	52	5.2	52	93	4	423	13	21	17	47	1.82
14267--14291	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
14463--14509	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
15193--15561	20	18.5	20	86	4	458	20	18	26	34	1.96
22621--22665	22	2.0	23	82	4	56	37	0	0	62	0.96
24357--24398	22	1.9	22	95	0	75	42	7	23	26	1.80
31014--31065	23	2.3	23	80	16	63	30	5	0	63	1.18
32828--32864	14	2.4	16	86	13	51	59	5	0	35	1.20
65956--66016	28	2.2	28	88	5	88	39	1	6	52	1.37
76993--77027	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
78374--78423	21	2.4	21	100	0	100	34	22	20	24	1.97
79201--79257	3	19.0	3	100	0	114	66	0	0	33	0.92
84533--84575	22	2.0	22	100	0	86	9	23	48	18	1.76
87149--87200	22	2.3	24	80	12	65	15	25	5	53	1.63
99094--99131	12	3.0	13	84	7	51	26	0	2	71	1.00
99827--99857	15	2.1	15	100	0	62	32	0	38	29	1.57
102038--102074	18	2.1	18	94	0	65	24	16	5	54	1.63
103773--103816	22	2.0	22	95	0	79	27	6	13	52	1.66
107152--107347	41	4.8	41	96	0	356	37	20	19	22	1.95
108516--108545	13	2.2	14	94	5	53	40	13	26	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110682--110997	150	2.1	149	95	1	562	34	21	17	26	1.95
111482--111519	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
117626--117941	150	2.1	149	95	1	562	34	21	17	26	1.95
118427--118467	20	2.0	20	85	0	55	14	31	29	24	1.95
125888--125951	33	1.9	33	100	0	128	34	6	12	46	1.67
128658--128714	29	2.0	29	96	3	107	35	14	10	40	1.80
130759--130783	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
131568--131618	21	2.4	21	77	6	59	50	27	0	21	1.48
131900--131928	14	2.1	14	100	0	58	20	20	13	44	1.85
131992--132016	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
135806--135856	22	2.2	22	79	6	57	49	9	15	25	1.75
141452--141484	15	2.1	16	88	5	50	45	15	27	12	1.81
141468--141535	31	2.2	31	81	2	84	41	11	23	23	1.87
147098--147130	15	2.1	16	88	5	50	9	24	15	51	1.72
147880--147914	16	2.1	17	94	5	63	34	25	8	31	1.86
150534--150583	14	3.3	16	74	23	54	62	4	0	34	1.14
150900--150958	30	1.9	31	86	6	84	47	5	0	47	1.24
152949--153015	18	3.9	18	86	5	77	56	0	0	43	0.99
158616--158731	15	7.5	15	66	5	52	22	23	25	29	1.99
158618--158692	30	2.5	30	88	0	114	24	24	24	28	2.00
158673--158710	18	2.1	18	90	0	58	26	18	26	28	1.98
158702--158872	63	2.7	63	86	6	218	20	26	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163414--163445	12	2.7	12	100	0	64	21	0	0	78	0.76
164479--164523	21	2.2	21	84	4	56	26	28	13	31	1.94
165611--165647	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
167001--167112	42	2.7	41	76	8	118	22	18	36	22	1.95
167595--167661	20	3.3	20	93	0	107	35	22	20	20	1.96
167694--167756	19	3.3	19	86	4	83	11	15	26	46	1.80
167728--167790	33	1.9	33	93	0	108	9	22	20	47	1.78
167704--167829	19	6.9	19	77	14	113	10	19	22	47	1.79
167893--168272	94	4.1	94	93	1	611	47	17	12	22	1.81
175141--175180	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
179566--179647	20	4.2	20	80	9	96	46	18	21	13	1.83
179564--179640	40	1.9	39	86	2	109	45	19	22	12	1.84
179653--179759	19	5.7	19	71	14	71	11	17	21	49	1.78
179696--179751	21	2.7	21	83	8	62	12	19	19	48	1.80
179703--179774	20	3.5	20	81	5	74	13	15	18	52	1.74
180286--180458	20	8.6	20	79	5	195	19	19	24	36	1.94
180288--180458	40	4.2	41	90	1	265	19	18	24	37	1.94
180288--180499	81	2.6	80	85	4	266	19	18	25	37	1.94
183927--184104	89	2.0	89	93	0	302	38	10	17	33	1.84
193338--193435	49	2.0	49	97	0	187	23	14	27	34	1.93
194394--194452	31	1.9	31	89	0	91	49	5	13	32	1.64
195686--195798	60	1.9	60	81	0	136	36	10	10	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204389--204521	60	2.2	59	81	9	153	36	9	15	39	1.78
215564--215605	21	2.0	21	85	0	57	14	23	19	42	1.87
218890--218935	23	1.9	25	86	8	69	56	0	2	41	1.11
242289--242326	15	2.6	15	91	4	60	15	23	7	52	1.69
243241--243379	72	1.9	73	98	1	271	23	21	17	37	1.94
247153--247220	2	34.0	2	96	0	127	48	1	0	50	1.10
253461--253498	19	2.0	19	89	0	58	23	15	0	60	1.35
257605--257675	29	2.4	29	97	0	133	29	18	15	36	1.92
263065--263127	25	2.4	25	84	7	72	69	0	4	25	1.07
272398--272467	22	3.2	22	91	4	106	30	14	7	48	1.70
284604--284682	38	2.1	38	92	0	131	15	21	10	53	1.71
288899--288938	21	1.9	21	89	0	62	30	0	20	50	1.49
290160--290203	21	2.1	21	91	0	70	29	2	0	68	1.02
290157--290206	24	2.1	24	85	7	66	28	2	0	70	0.99
290166--290207	3	14.0	3	80	9	50	33	2	0	64	1.07
290841--290877	16	2.3	16	100	0	74	48	16	27	8	1.74
291815--292193	140	2.7	140	92	3	626	37	6	8	48	1.59
291909--291985	40	1.9	40	83	2	100	38	0	3	57	1.17
292048--292125	41	1.9	41	81	5	95	38	0	3	57	1.17
298887--298928	18	2.3	18	84	8	59	14	57	28	0	1.38

Tables:   1

The End!