genome.fa.s8616.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008616.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111574_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  161314

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8654--8958	154	2.0	154	95	0	547	34	22	13	29	1.92
18970--19002	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
19045--19115	32	2.2	32	97	0	133	29	5	0	64	1.16
19059--19115	19	3.3	19	63	27	54	26	7	0	66	1.17
27120--27168	3	15.7	3	79	8	53	61	2	0	36	1.08
27124--27187	19	3.2	20	80	10	78	59	1	0	39	1.07
27172--27252	25	2.9	29	80	17	109	51	8	0	39	1.33
27172--27251	27	2.9	28	83	14	105	52	7	0	40	1.30
27925--27986	30	2.1	30	81	6	72	33	11	8	46	1.69
28059--28096	15	2.5	15	91	0	58	50	10	18	21	1.76
28091--28191	36	2.8	37	83	3	114	47	11	16	23	1.80
28214--28278	21	3.4	21	66	24	61	43	12	20	24	1.86
28205--28370	37	4.5	37	91	2	228	43	16	18	21	1.88
28072--28555	124	4.1	124	74	13	433	41	14	19	25	1.89
28205--28391	73	2.6	72	82	2	230	42	15	19	22	1.89
28406--28438	15	2.2	15	100	0	66	30	12	27	30	1.92
28421--28806	36	11.1	36	82	8	371	38	12	20	27	1.89
28193--28383	36	5.2	36	91	1	247	40	15	18	25	1.90
28074--28779	188	3.6	192	81	6	728	40	13	19	26	1.88
28563--28637	29	2.6	29	91	0	123	38	8	18	34	1.80
28621--28806	70	2.6	71	91	2	293	37	13	20	28	1.91
28642--28740	21	5.4	20	64	26	67	39	13	21	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34981--35018	3	12.3	3	84	15	51	68	0	2	28	1.03
35016--35100	36	2.4	37	80	7	104	51	3	1	43	1.26
36811--36863	21	2.5	21	71	0	52	28	33	16	20	1.95
37551--37586	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
39583--39836	21	12.2	21	81	7	304	30	22	22	24	1.99
39590--39836	104	2.4	104	96	0	449	30	21	22	24	1.99
39583--39836	83	3.0	84	80	10	297	30	22	22	24	1.99
39924--39968	5	8.6	5	92	2	63	26	53	20	0	1.46
40608--40786	42	4.2	42	80	12	195	41	21	17	19	1.90
40608--40805	21	9.3	21	76	12	142	40	22	17	19	1.91
40614--40796	86	2.1	86	93	0	312	40	21	18	19	1.91
40633--40805	42	4.1	42	90	3	274	38	22	18	20	1.93
42871--43233	130	2.8	131	81	4	394	32	11	14	41	1.81
44055--44168	2	57.0	2	73	10	90	42	6	4	47	1.48
44652--44712	21	3.0	21	69	9	54	52	1	1	44	1.20
58083--58248	47	3.6	47	88	2	246	24	22	10	42	1.85
58659--58858	95	2.1	95	86	2	276	28	25	14	32	1.94
58648--58858	96	2.2	96	85	2	282	27	25	14	32	1.94
59674--60310	81	7.9	81	87	1	904	27	23	11	37	1.89
59706--60310	321	1.9	321	90	0	960	27	23	11	37	1.89
60260--60443	67	2.7	67	88	4	273	28	25	15	30	1.96
60658--60798	55	2.6	56	85	5	173	33	21	12	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64410--64442	17	1.9	17	93	0	57	33	12	9	45	1.73
67565--67613	19	2.5	19	96	3	89	69	6	20	4	1.27
67590--67667	27	2.9	27	81	12	88	79	2	14	3	0.98
67610--67670	18	3.4	17	80	19	70	81	1	13	3	0.88
67636--67668	10	3.2	10	95	4	57	87	0	12	0	0.53
67611--67668	21	2.8	20	82	10	55	82	1	12	3	0.86
67638--67676	11	3.5	11	93	6	62	82	2	15	0	0.79
73311--73345	18	1.9	18	88	0	52	57	0	14	28	1.38
76501--76570	32	2.2	32	84	5	88	30	14	22	32	1.94
76825--77181	133	2.7	129	82	7	398	27	29	16	26	1.97
77502--77539	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
80110--80150	13	3.0	13	86	13	64	24	24	0	51	1.49
80110--80149	15	2.8	15	92	7	66	25	25	0	50	1.50
80467--80514	20	2.3	22	85	7	64	27	6	8	58	1.51
80469--80598	53	2.4	54	86	6	185	26	11	10	51	1.70
82239--82273	17	2.0	18	88	5	54	28	14	40	17	1.88
89295--89412	35	3.4	34	76	11	114	41	12	16	28	1.86
89312--89412	34	2.9	33	76	13	98	41	12	16	28	1.86
89577--89692	36	3.3	35	72	12	105	38	10	17	33	1.83
89510--89693	67	2.7	66	83	5	226	36	10	19	33	1.85
89724--89833	57	2.0	55	83	3	139	34	8	18	39	1.80
96112--96144	17	1.9	17	93	0	57	75	9	6	9	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100076--100111	16	2.3	16	90	4	56	77	0	13	8	0.98
114296--114367	23	3.1	23	69	11	74	43	2	16	37	1.63
114315--114348	11	2.8	13	82	17	54	52	0	5	41	1.25
124048--124100	18	2.8	19	77	5	63	37	20	26	15	1.92
132770--132799	15	2.0	15	93	0	51	13	43	26	16	1.85
135013--135060	23	2.1	23	92	0	78	39	8	18	33	1.81
135091--135138	23	2.1	23	84	7	62	37	10	18	33	1.85
134971--135138	87	1.9	87	93	2	293	41	11	14	32	1.83
135133--135654	198	2.6	196	79	8	540	31	16	13	38	1.87
136338--136388	18	2.6	19	90	9	77	5	33	0	60	1.21
136745--136774	15	2.0	15	93	0	51	16	50	13	20	1.78
137063--137118	24	2.4	24	77	14	64	51	8	0	39	1.33
138967--139610	182	3.6	182	87	1	884	27	16	13	43	1.84
141636--141666	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
146422--146531	3	37.7	3	89	5	172	30	2	0	67	1.05
146599--146848	79	3.2	79	83	5	294	38	10	21	29	1.87
149437--149580	45	3.5	43	72	21	137	37	10	22	29	1.87
149335--149589	79	3.2	79	89	0	368	37	10	23	29	1.88
154750--154931	95	1.9	95	82	7	226	32	21	15	30	1.94
155933--155978	24	1.9	24	100	0	92	41	15	13	30	1.85
157797--157861	31	2.1	32	85	2	87	30	13	15	40	1.86
157881--157933	17	3.1	17	76	10	54	35	13	9	41	1.76

Tables:   1

The End!