Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01008619.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111579_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
706 TGGCCCGGGG
* ** *
716 TTGCCGATGGTGACCGAGACAACCGTCTGGGTT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCAACCCCCTGGGTA
*
749 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCCCTGGG-A
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCAACCCCCTGGGTA
*
781 TTGCCGATAGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
801 TCACACACAG
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 6, Indels: 1
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 19 0.41
33 27 0.59
ACGTcount: A:0.18, C:0.28, G:0.34, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCAACCCCCTGGGTA
Found at i:895 original size:101 final size:104
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Indices: 749--938 Score: 314
Period size: 101 Copynumber: 1.9 Consensus size: 104
739 CGTCTGGGTT
*
749 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCCCTGGGATTGCCGATAGTGACCGAGGCTCACACAC-A-GG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACCACCCCCTGGGATTGCCGATAGTGACCGAGGCTCACACACAAGGG
*
812 GCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCCTGGCCCGTGG
66 GCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCCTGGCCCGTGG
* * *
851 TTGCCGATGGTGACC-AGACCACCCGCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACCACCCCCTGGGATTGCCGATAGTGACCGAGGCTCACACACAAGGG
915 GCCTGATGGTGACCGAGACTCCCG
66 GCCTGATGGTGACCGAGACTCCCG
939 TACCAACGCT
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 5, Indels: 3
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
101 40 0.49
102 16 0.20
103 25 0.31
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (104 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACCACCCCCTGGGATTGCCGATAGTGACCGAGGCTCACACACAAGGG
GCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGCACCCTGGCCCGTGG
Found at i:980 original size:135 final size:130
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Indices: 649--1041 Score: 413
Period size: 135 Copynumber: 2.9 Consensus size: 130
639 CCGTCGGTTA
649 CCGAT-GTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGTTCTGTGCGGCACTCCCCGCACCATGGCCCG
1 CCGATAGTGACCGAGGCTCCCG-ACCAACG-CCGTTCTGTGCGGCACT-CCCGCACCATGGCCCG
* * **
713 GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACAACCGTCTGGGTTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCCCTG
63 GGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGG-TTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCACAAG
778 GGATTG
127 GG--TG
* ** * * * *
784 CCGATAGTGACCGAGGCTCAC-ACACAGGGCCTGAT-GGTGACCGAG-GCTCCCGCACCCTGGCC
1 CCGATAGTGACCGAGGCTCCCGAC-CAACGCC-GTTCTGTG--CG-GCACTCCCGCACCATGGCC
* *
846 CGTGGTTGCCGATGGTGACC-AGACCACCCG-CTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCA
61 CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGA-CACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC-CAC-CA
909 CAAGGG-G
123 CAAGGGTG
* *
916 CCTGATGGTGACCGAGACTCCCGTACCAACGCTCGTTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCC
1 CC-GATAGTGACCGAGGCTCCCG-ACCAACGC-CG-TTCTGTGCGGCACTCCCGCACC-ATGGCC
* *
981 CGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGGCGATGGTGACCGAGGCCACC
61 CGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACC
1042 CGCCTTTGGA
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 26, Indels: 39
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
132 3 0.01
133 37 0.17
134 36 0.17
135 88 0.41
136 48 0.23
137 1 0.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.34, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (130 bp):
CCGATAGTGACCGAGGCTCCCGACCAACGCCGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCATGGCCCGGGG
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCACAAGGGTG
Found at i:1065 original size:34 final size:33
Alignment explanation
Indices: 989--1071 Score: 105
Period size: 34 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
979 CCCGGGGTTA
* * *
989 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTG
* *
1021 GCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTTGGATTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC-TGGGATTG
1055 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
1072 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 6, Indels: 2
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
32 13 0.30
33 8 0.19
34 22 0.51
ACGTcount: A:0.16, C:0.29, G:0.36, T:0.19
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTG
Found at i:1171 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 851--1372 Score: 702
Period size: 168 Copynumber: 3.1 Consensus size: 168
841 TGGCCCGTGG
* * *
851 TTGCCGATGGTGACC-AGACCACCCG-CTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
* * * *
913 GGGCCTGATGGTGACCGAGACTCCCGTACCAACGCTCGTTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
66 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCG-TTCTGTGC-GCATTCCCGCACCAATG
978 GCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
129 GCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
*
1018 TTGGCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC-TTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACG
* * **
1083 GGGGCCTGATTGTGACCGAGGCTTCCCGCACCAAAGCTCGTACTGTGCGCATTCCCTTACC-ATG
65 GGGGCCTGATGGTGACCGAGGC-TCCCGCACCAAAGCTCGTTCTGTGCGCATTCCCGCACCAATG
1147 G-CCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCC-TCTGGGT
129 GCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
* * *
1185 TTGCCGATGGTGACCGAGGCAACCCGCCTTGGA-TACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
* * * *
1249 GGG-ATGATGGTGATCGAGGCTCCCGCACCAATGCTCGGTTCTGTGCGTCACTCCCCGCACCAAT
66 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTC-GTTCTGTGCG-CA-TTCCCGCACCAAT
* * ***
1313 GGCCCGGGGTTGCTGATGGTGACCGAGACACCCG-CTATTT
128 GGCCCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1353 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1373 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 315, Mismatches: 29, Indels: 21
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 15 0.05
164 23 0.07
165 34 0.11
166 12 0.04
167 51 0.16
168 90 0.29
169 5 0.02
170 43 0.14
171 27 0.09
172 15 0.05
ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.32, T:0.19
Consensus pattern (168 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGTTCTGTGCGCATTCCCGCACCAATGGC
CCGGGGTTACCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
Found at i:9705 original size:32 final size:32
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Indices: 9669--9889 Score: 144
Period size: 32 Copynumber: 6.6 Consensus size: 32
9659 TGACCCGGGG
*
9669 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGA
* * *
9701 TTGCCGATGGTGACCAAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGA
* * * *
9734 TTGCCGATGGTGACCGACG-CTCACGCACAAGGG-
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCG-TC-TGGGA
* * * *
9767 --GCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCC-GATGGTGACCGAGACACCCG------T---CTGGGA
*
9807 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGA
* *
9839 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGA
9872 TTGCCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
9890 GCTCACGCAC
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 21, Indels: 34
0.73 0.10 0.17
Matches are distributed among these distances:
31 4 0.03
32 59 0.39
33 59 0.39
34 3 0.02
35 1 0.01
39 3 0.02
40 1 0.01
41 18 0.12
42 3 0.02
ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGA
Found at i:9732 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 9669--9891 Score: 186
Period size: 33 Copynumber: 6.6 Consensus size: 33
9659 TGACCCGGGG
* * *
9669 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
9701 TTGCCGATGGTGACCAAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * * **
9734 TTGCCGATGGTGACCGACGCTCACGCACAAGGG-
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCCGCCTGGGA
* * *
9767 --GCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCC-GATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * *
9807 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
9839 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
9872 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
9892 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 25, Indels: 27
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
31 3 0.02
32 51 0.34
33 62 0.41
34 8 0.05
35 4 0.03
36 4 0.03
39 4 0.03
40 1 0.01
41 12 0.08
42 3 0.02
ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.35, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:9775 original size:65 final size:64
Alignment explanation
Indices: 9706--9921 Score: 213
Period size: 65 Copynumber: 3.2 Consensus size: 64
9696 TGGGTTTGCC
*
9706 GATGGTGACCAAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGACGCTCACGCACAAGGGGCCT
1 GATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGA-GCTCACGCACAAGGGGCCT
* * * * * *
9771 GATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAG-ACACCCGTC-
1 GATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGCTCACGC-ACA
*
9834 TGGGTTTGCC-
57 AGGG---GCCT
9844 GATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCT
1 GATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGA-GCTCACGCACAAGGGGCCT
9909 GATGGTGACCGAG
1 GATGGTGACCGAG
9922 ACTCCCGCAC
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 15, Indels: 32
0.72 0.09 0.19
Matches are distributed among these distances:
64 3 0.03
65 49 0.41
66 2 0.02
67 7 0.06
68 4 0.03
69 2 0.02
70 4 0.03
71 7 0.06
72 2 0.02
73 37 0.31
74 3 0.03
ACGTcount: A:0.18, C:0.31, G:0.36, T:0.15
Consensus pattern (64 bp):
GATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGCTCACGCACAAGGGGCCT
Found at i:9831 original size:138 final size:138
Alignment explanation
Indices: 9646--9934 Score: 542
Period size: 138 Copynumber: 2.1 Consensus size: 138
9636 TCTGTGCGGC
9646 ACTCCCGCACCAATGACCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
1 ACTCCCGCACCAATGACCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
9711 TGACCAAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGACGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
66 TGACCAAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGACGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
9776 TGACCGAG
131 TGACCGAG
* *
9784 GCTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
1 ACTCCCGCACCAATGACCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
* *
9849 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
66 TGACCAAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGACGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
9914 TGACCGAG
131 TGACCGAG
9922 ACTCCCGCACCAA
1 ACTCCCGCACCAA
9935 CTCTCGTTCT
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 5, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
138 146 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (138 bp):
ACTCCCGCACCAATGACCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
TGACCAAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGACGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
TGACCGAG
Found at i:9982 original size:168 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9785--10196 Score: 650
Period size: 168 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
9775 GTGACCGAGG
9785 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
9850 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACAGGGGCCTGATGG
** *
9914 TGACCGAGACTCCCGCACCAACTCTC-GTTCTGTGCGACA
131 TGACCGAGACTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGACA
9953 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* * * *
10018 GACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATTG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACAGGGGCCTGATGG
* * *
10083 TGACCGAGGCTCCCGCATCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
131 TGACCGAGACTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGACA
* * * * * *
10123 CTCCCGCACCAATGG-TCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGG
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
10187 TGACCGAGGC
65 TGACCGAGGC
10197 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 16, Indels: 4
0.92 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
168 114 0.51
169 55 0.24
170 56 0.25
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.33, T:0.18
Consensus pattern (170 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACAGGGGCCTGATGG
TGACCGAGACTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGACA
Found at i:10044 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 9975--10059 Score: 136
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
9965 TGGCCCGGGG
* *
9975 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTGGGA
*
10007 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTGGGA
10040 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
10060 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 3, Indels: 1
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 32 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.28, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTGGGA
Found at i:10169 original size:137 final size:136
Alignment explanation
Indices: 10007--10331 Score: 562
Period size: 137 Copynumber: 2.4 Consensus size: 136
9997 CCGTCTGGGT
10007 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
* *
10072 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCATCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
66 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAACCTCGG-ACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
10137 GTCGGGG
130 GTCGGGG
* *
10144 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
10209 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAACCTCGGACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGG
66 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAACCTCGGACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGG
10274 TCGGGG
131 TCGGGG
* * * *
10280 TTCCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGC
10332 CACCCGTCTT
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 10, Indels: 2
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
135 30 0.17
136 48 0.27
137 100 0.56
ACGTcount: A:0.17, C:0.32, G:0.33, T:0.18
Consensus pattern (136 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAACCTCGGACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGG
TCGGGG
Found at i:10214 original size:306 final size:306
Alignment explanation
Indices: 9606--11153 Score: 2367
Period size: 306 Copynumber: 5.1 Consensus size: 306
9596 GTTGCCGATG
* * * **
9606 GTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCCCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGACCCGGGGTT
1 GTGACCGAGGCTCCCGCACCAACTCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG-GTCGGGGTT
* * *
9671 GCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCAAGGCCACCCGCCTGGGATT
65 GCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATT
* * * *
9736 GCCGATGGTGACCGACGCTCACGCACA-AGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGG
130 GCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA-AG
* * * ** * *
9800 CCCGGGGTTGCCGATG-GTG-AC-CGAGACACC---CGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC
194 CTC--GG-TACTG-TGCG-GCACTCCCG-CACCAATGGTC-GGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGC
* * *
9859 CACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGGGGCCTGATG
252 CACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATT
* * * *
9913 GTGACCGAGACTCCCGCACCAACTCTC-GTTCTGTGCGACACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTT
1 GTGACCGAGGCTCCCGCACCAACTCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGG-TCGGGGTT
9977 GCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATT
65 GCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATT
*
10042 GCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCATCAAAGC
130 GCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGC
10107 TCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC
195 TCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC
*
10172 TTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATT
260 TTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATT
10219 GTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAC-CTCGG-ACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGTCGGGGTT
1 GTGACCGAGGCTCCCGCACC-AACTCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGTCGGGGTT
*
10282 CCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATT
65 GCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATT
* *
10347 GCCTATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGGCCTGATTGTGACCGAGGTTCCCGCACCAAAGC
130 GCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGC
*
10411 TCGGTACTGTGCGGCACTCCCACACCAATGGTC-GGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC
195 TCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCC
*
10475 TTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATT
260 TTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATT
*
10522 GTGACCGAGGCTCCCGCACCAAATCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGTCGGGGTTG
1 GTGACCGAGGCTCCCGCACCAACTCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGTCGGGGTTG
10587 CCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTG
66 CCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTG
*
10652 CCGATGGTGACCGAGGCTCACGTACACGGGGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCT
131 CCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCT
10717 CGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCT
196 CGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCT
10782 TGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATT
261 TGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATT
*
10828 GTGACCGAGGCTCCCGCACCAAATCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGTCGGGGTTG
1 GTGACCGAGGCTCCCGCACCAACTCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGTCGGGGTTG
* *
10893 CCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
66 CCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTG
* *
10958 CCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACA-C
131 CCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA-AGC
* * * * *
11022 TCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGGGTTTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGT
195 TCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGG-TCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGC
** * *
11086 C-TGTTTTTGCCGATGGTGACCGAGG-T-ATGCACACGTGGGCCTGATT
259 CTTG-GATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATT
* ** *
11132 GTGATCGACTCTCCCCCACCAA
1 GTGACCGAGGCTCCCGCACCAA
11154 ATGGCGCGGT
Statistics
Matches: 1165, Mismatches: 58, Indels: 39
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
302 5 0.00
303 113 0.10
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305 231 0.20
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ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.32, T:0.18
Consensus pattern (306 bp):
GTGACCGAGGCTCCCGCACCAACTCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGTCGGGGTTG
CCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTG
CCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCT
CGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCT
TGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATT
Found at i:10345 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10144--10499 Score: 572
Period size: 168 Copynumber: 2.1 Consensus size: 168
10134 ATGGTCGGGG
10144 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-G
*
10209 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAACCTCGG-ACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
65 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAACCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCACACCAATG
* *
10273 GTCGGGGTTCCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
130 GTC-GGGTTCCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGA
* * *
10312 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCTATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
* *
10377 GGCCTGATTGTGACCGAGGTTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCACACCAATGG
66 GGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAACCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCACACCAATGG
* * *
10442 TCGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
131 TCGGGTTCCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGA
*
10480 TTACCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
10500 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 12, Indels: 4
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
167 57 0.33
168 117 0.67
ACGTcount: A:0.17, C:0.32, G:0.32, T:0.18
Consensus pattern (168 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
GGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAACCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCACACCAATGG
TCGGGTTCCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGA
Found at i:10349 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 10283--10364 Score: 121
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
10273 GTCGGGGTTC
* *
10283 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTGGGATTG
*
10315 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTGGGATTG
*
10348 CCTATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
10365 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
32 14 0.31
33 31 0.69
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Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTGGGATTG
Found at i:10451 original size:135 final size:137
Alignment explanation
Indices: 10312--10635 Score: 546
Period size: 136 Copynumber: 2.4 Consensus size: 137
10302 CCGTCTGGGT
*
10312 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCTATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-G
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
*
10376 GGGCCTGATTGTGACCGAGGTTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCACACCAATG
66 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCACACCAATG
10441 GTC-GGG
131 GTCGGGG
* *
10447 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
* *
10512 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAATCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
66 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCACACCAATG
10577 GTCGGGG
131 GTCGGGG
* * *
10584 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGC
10636 CACCCGTCTT
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 11, Indels: 3
0.93 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
135 60 0.34
136 96 0.55
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ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.32, T:0.19
Consensus pattern (137 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCACACCAATG
GTCGGGG
Found at i:10528 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10147--10540 Score: 508
Period size: 168 Copynumber: 2.3 Consensus size: 168
10137 GTCGGGGTTG
* ** *** *
10147 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGACACGGAGGGCCTATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGG
*
10212 CCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAACCTCGGACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGTCG
66 CCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAACCTCGGACTGTGCGGCACTCCCACACCAATGGTCG
* * *
10277 GGGTTCCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTG
131 GGGTTCCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGATTA
* ** **
10315 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCTATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGG
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGACACGGAGGGCCTATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGG
* *
10379 CCTGATTGTGACCGAGGTTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCACACCAATGGTC
66 CCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAACCTCGG-ACTGTGCGGCACTCCCACACCAATGGTC
* * *
10444 -GGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
130 GGGGTTCCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTGGGATTA
* * *
10483 CCGATGGTGACCGAGGCTCACGC-ACACGG-GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCAC
1 CCGATGGTGACCGAGGC-CACCCGACACGGAGGGCCT-ATGGTGACCGAGGCTCACGCAC
10541 CAAATCTCGG
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 20, Indels: 8
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
167 61 0.30
168 137 0.68
169 4 0.02
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.18
Consensus pattern (168 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGACACGGAGGGCCTATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGG
CCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAACCTCGGACTGTGCGGCACTCCCACACCAATGGTCG
GGGTTCCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGATTA
Found at i:10649 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10447--10805 Score: 639
Period size: 169 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
10437 AATGGTCGGG
10447 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
*
10512 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAATCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
66 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
* *
10577 GTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
131 GTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGA
* * *
10616 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGTACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
10681 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
66 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
* *
10746 GTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
131 GTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGA
10786 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
10806 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 8, Indels: 1
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
169 150 0.83
170 31 0.17
ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.33, T:0.18
Consensus pattern (170 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
GTCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACACCCGCCTGGGA
Found at i:10653 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 10584--10668 Score: 136
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
10574 ATGGTCGGGG
* *
10584 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTGGGA
*
10616 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTGGGA
10649 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
10669 TCACGTACAC
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 3, Indels: 1
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 32 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.28, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTGGGA
Found at i:10784 original size:137 final size:137
Alignment explanation
Indices: 10616--10941 Score: 591
Period size: 137 Copynumber: 2.4 Consensus size: 137
10606 CCGTCTGGGT
*
10616 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGTACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
10681 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
66 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
10746 GTCGGGG
131 GTCGGGG
*
10753 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
*
10818 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAATCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
66 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
10883 GTCGGGG
131 GTCGGGG
* * *
10890 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGC
10942 CACCCGCCTT
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 7, Indels: 1
0.96 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
136 31 0.17
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ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (137 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGTCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
GTCGGGG
Found at i:10928 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10753--11110 Score: 621
Period size: 169 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
10743 ATGGTCGGGG
* *
10753 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGG
*
10818 GGGCCTGATTGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA-ATCTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAAT
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*
10882 GG-TCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
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10922 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGG
*
10987 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACACTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
66 GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACACTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
* **
11052 GCCCGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTT
131 GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
11092 TTGCCGATGGTGACCGAGG
1 TTGCCGATGGTGACCGAGG
11111 TATGCACACG
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 8, Indels: 3
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 125 0.70
170 54 0.30
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Consensus pattern (170 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGG
GGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACACTCGGTACTGTGCGGCACTCCCGCACCAATG
GCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
Found at i:10962 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 10893--10974 Score: 112
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
10883 GTCGGGGTTG
* * * *
10893 CCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGTTTG
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*
10925 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTA
1 CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
10958 CCGATGGTGACCGAGGC
1 CCGATGGTGACCGAGGC
10975 GCACGCACAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 14 0.32
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ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (33 bp):
CCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTA
Found at i:14218 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 14196--14229 Score: 68
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
14186 CGATGGGGAG
14196 CCCGCAGGCCGACGCCC
1 CCCGCAGGCCGACGCCC
14213 CCCGCAGGCCGACGCCC
1 CCCGCAGGCCGACGCCC
14230 TGAGCACGCC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 17 1.00
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Consensus pattern (17 bp):
CCCGCAGGCCGACGCCC
Found at i:24478 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 24462--24494 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
24452 CGATAATGTC
24462 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
*
24473 TCGCCGGAGCG
1 TCGCCGGAGCA
24484 TCGCCGGAGCA
1 TCGCCGGAGCA
24495 CCACCGGGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.36, G:0.39, T:0.09
Consensus pattern (11 bp):
TCGCCGGAGCA
Found at i:24917 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 24881--25101 Score: 160
Period size: 32 Copynumber: 6.6 Consensus size: 32
24871 TGGCCCGGGG
*
24881 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
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* *
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* * * * *
24946 TTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGG-
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCG-TC-TGGGA
* * * *
24979 --GCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCC-GATGGTGACCGAGACACCCG------T---CTGGGA
*
25019 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGA
* *
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1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGA
25084 TTGCCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
25102 GCTCACGCAC
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 19, Indels: 32
0.75 0.09 0.16
Matches are distributed among these distances:
31 3 0.02
32 63 0.41
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34 3 0.02
35 1 0.01
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ACGTcount: A:0.16, C:0.30, G:0.36, T:0.17
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGA
Found at i:24944 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 24881--25103 Score: 204
Period size: 33 Copynumber: 6.6 Consensus size: 33
24871 TGGCCCGGGG
* * *
24881 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
24913 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
* * **
24946 TTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGG-
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC-CACCCGCCTGGGA
* * *
24979 --GCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAATGGCCCGGGG
1 TTGCC-GATGGTGACCGAGG----C-CACC---CGCCTGGGA
* * *
25019 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
25051 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
25084 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
25104 TCACGCACAA
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 21, Indels: 27
0.76 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
31 3 0.02
32 53 0.34
33 64 0.41
34 8 0.05
35 4 0.03
36 4 0.03
39 4 0.03
40 1 0.01
41 12 0.08
42 3 0.02
ACGTcount: A:0.16, C:0.30, G:0.36, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:25043 original size:138 final size:137
Alignment explanation
Indices: 24858--25145 Score: 549
Period size: 138 Copynumber: 2.1 Consensus size: 137
24848 TCTGTGCGGC
24858 ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
1 ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
24923 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGG
66 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAA-GGGCCTGATGG
*
24988 TGACCGAG
130 TGACCAAG
*
24996 GCTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
1 ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
25061 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGCCTGATGGT
66 TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGCCTGATGGT
25126 GACCAAG
131 GACCAAG
25133 ACTCCCGCACCAA
1 ACTCCCGCACCAA
25146 CGCTCGGTTC
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 3, Indels: 1
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
137 30 0.20
138 117 0.80
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (137 bp):
ACTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGG
TGACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGCCTGATGGT
GACCAAG
Found at i:25171 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 24997--25575 Score: 1038
Period size: 168 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
24987 GTGACCGAGG
24997 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
25062 GACCGAGGCCACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
* *
25126 GACCAAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
25165 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
25230 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGG
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAC-GGGGCCTGATGG
* *
25295 TGACCGAGGCTCCCGCACCAAAGCTCGGTACTGTGCGGCA
130 TGACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
25335 CTCCCGCACCAATGG-CCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACA-CCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
* *
25398 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTACCGATGGTGACCGAGGCGCACGCACACGGGGCCTGATGGT
66 GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
25463 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
131 GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
**
25502 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGTTTTTGCCGATGGT
1 CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
25567 GACCGAGGC
66 GACCGAGGC
25576 ACGCACACGT
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 12, Indels: 7
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
167 65 0.16
168 213 0.54
169 55 0.14
170 62 0.16
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (169 bp):
CTCCCGCACCAATGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGT
GACCGAGGCCACCCGCCTTGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGCCTGATGGT
GACCGAGGCTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCA
Found at i:25256 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 25187--25271 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 33
25177 TGGCCCGGGG
* * *
25187 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
*
25219 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
25252 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
1 TTGCCGATGGTGACCGAGGC
25272 TCACGCACAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.35
33 31 0.65
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGGGA
Found at i:25391 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 25356--25437 Score: 103
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 32
25346 ATGGCCGGGG
* *
25356 TTGCCGATGGTGACCGAGACA-CCGTCTGGGT
1 TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
* *
25387 TTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTGGA
1 TTGCCGATGGTGACCGA-GACACCCGCCTGGGA
*
25420 TTACCGATGGTGACCGAG
1 TTGCCGATGGTGACCGAG
25438 GCGCACGCAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 3
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 17 0.39
32 4 0.09
33 23 0.52
ACGTcount: A:0.17, C:0.28, G:0.34, T:0.21
Consensus pattern (32 bp):
TTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGCCTGGGA
Found at i:25482 original size:306 final size:305
Alignment explanation
Indices: 24815--25406 Score: 824
Period size: 306 Copynumber: 1.9 Consensus size: 305
24805 GGGGGTTGCC
* * * * * *
24815 GATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAACGC-CGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGG
1 GATGGTGACCAAGACGCACGCACCAACGCTCGGATCGGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGG
24879 GGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGG
66 GGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGG
24944 GATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA
131 GATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA
* * * * * * *
25009 TGGCCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCAC
196 TAGCCC-GGGTTACCGATGGTGACCCAGACACCCGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACAC
*
25074 CCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGCCT
260 CCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGACCT
* * * *
25120 GATGGTGACCAAGACTCCCGCACCAACGCTCGGTTCTGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGG
1 GATGGTGACCAAGACGCACGCACCAACGCTCGGATCGGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGG
*
25185 GGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTTG
66 GGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGG
*
25250 GATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACACGGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCA
131 GATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACA-AGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCA
* * * *
25315 A-AGCTC-GG-TACTG-TGCG-GCACTCCCG-CACCAATGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGA-
195 ATAGCCCGGGTTACCGATG-GTG-AC-CCAGACACC--CGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAG
* *
25373 GACA-CCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGC
255 GACACCCGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGC
25407 CACCCGCCTT
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 17, Indels: 16
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
302 3 0.01
303 38 0.14
304 7 0.03
305 49 0.19
306 133 0.51
307 33 0.13
ACGTcount: A:0.17, C:0.32, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (305 bp):
GATGGTGACCAAGACGCACGCACCAACGCTCGGATCGGTGCGGCACTCCCGCACCAATGGCCCGG
GGTTGCCGATGGTGACCGAGACACCCGTCTGGGTTTGCCGATGGTGACCGAGGCCACCCGCCTGG
GATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGGGCCTGATGGTGACCGAGGCTCCCGCACCAA
TAGCCCGGGTTACCGATGGTGACCCAGACACCCGGCCGGGGTTGCCGATGGTGACCGAGGACACC
CGCCTGGGATTGCCGATGGTGACCGAGGCTCACGCACAAGGACCT
Found at i:32070 original size:74 final size:76
Alignment explanation
Indices: 31977--32152 Score: 221
Period size: 74 Copynumber: 2.3 Consensus size: 76
31967 ACCCCCTTGG
* * ** *
31977 GGGGGGGATCGGTTCCCTCCGAGCATACTGGAATTCTCGGAACAAAAATGTTTAGGG-GGAATCG
1 GGGGGGAATCGGTTCCCTCCGAGCATACTGGAAATCTCGGAACAAAAACATTCAGGGAGGAATCG
32041 GTTCCTCATAT
66 GTTCCTCATAT
* * * * *
32052 -GGGGGAATCGGTTACCTCCGAGCATTCTGGAAATCTCGGAGCCAAACCATTCAGGGAGGAATCG
1 GGGGGGAATCGGTTCCCTCCGAGCATACTGGAAATCTCGGAACAAAAACATTCAGGGAGGAATCG
*
32116 GTTCCTCCTAT
66 GTTCCTCATAT
*
32127 GGGGGGGAATCGGTTCCCTCTGAGCA
1 -GGGGGGAATCGGTTCCCTCCGAGCA
32153 ATCTGTAATT
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 13, Indels: 4
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
74 46 0.54
75 17 0.20
77 22 0.26
ACGTcount: A:0.23, C:0.23, G:0.31, T:0.23
Consensus pattern (76 bp):
GGGGGGAATCGGTTCCCTCCGAGCATACTGGAAATCTCGGAACAAAAACATTCAGGGAGGAATCG
GTTCCTCATAT
Done.