genome.fa.s8625.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008625.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111588_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  166303

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 121 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1981--2015	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
3114--3148	8	4.4	8	92	0	61	22	22	37	17	1.94
3164--3193	12	2.4	13	88	11	53	20	16	46	16	1.84
3168--3194	12	2.2	12	100	0	54	22	14	44	18	1.86
3145--3217	18	4.5	17	75	20	66	17	16	46	19	1.84
10154--10191	18	2.2	17	90	4	58	44	7	0	47	1.32
11166--11211	19	2.4	19	96	0	83	32	19	26	21	1.97
12878--12926	22	2.2	22	100	0	98	20	12	10	57	1.64
15474--15532	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
20101--20159	29	2.0	29	93	0	100	25	11	11	50	1.73
21324--21411	23	3.9	23	95	1	160	4	37	0	57	1.19
28810--28842	2	16.5	2	93	0	57	54	0	0	45	0.99
31577--31615	8	4.9	8	100	0	78	38	23	0	38	1.55
34104--34130	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
45269--45442	64	2.7	64	82	7	185	33	20	20	25	1.97
45320--45441	64	1.9	64	91	3	201	33	21	20	24	1.97
46003--46216	31	6.9	31	94	0	365	38	10	15	34	1.83
49352--49525	64	2.7	63	82	7	192	32	20	20	26	1.97
50089--50142	16	3.4	16	67	23	51	38	12	16	31	1.87
50085--50242	31	5.2	31	93	3	275	38	12	15	33	1.85
50086--50227	60	2.3	60	95	2	248	39	11	14	33	1.83
50180--50233	16	3.4	16	67	23	51	38	12	16	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51265--51540	138	2.0	137	99	0	543	29	15	29	25	1.96
51519--51566	24	2.0	24	100	0	96	54	12	25	8	1.65
60206--60333	51	2.5	50	84	1	148	18	33	29	17	1.95
66367--66413	16	3.1	15	77	22	53	63	0	6	29	1.19
66370--66413	14	2.8	17	77	22	60	65	0	4	29	1.12
66361--66407	14	3.2	14	78	18	51	59	0	6	34	1.23
66428--66468	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
66548--66654	51	2.1	50	86	8	146	19	28	32	18	1.96
67470--67521	18	2.8	19	77	11	54	25	15	5	53	1.63
71608--71694	26	3.1	27	78	13	88	42	8	9	40	1.66
74795--74820	11	2.4	11	100	0	52	46	0	0	53	1.00
76894--76942	22	2.2	22	88	0	71	34	26	18	20	1.95
79763--79793	16	1.9	16	100	0	62	61	12	0	25	1.32
81216--81260	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
82566--82693	31	4.1	31	81	7	152	26	17	21	34	1.96
83540--83569	15	2.0	15	93	0	51	40	0	3	56	1.16
85591--85638	19	2.5	19	100	0	96	41	18	20	18	1.90
85583--85659	19	3.9	19	81	5	55	37	20	20	20	1.94
85623--85707	41	2.0	41	86	6	118	37	23	21	17	1.94
85648--85711	21	3.1	21	75	4	76	37	26	18	17	1.93
86924--86967	2	24.0	2	82	17	60	52	0	0	47	1.00
86924--86969	22	2.0	23	95	4	85	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88326--88411	24	3.6	24	81	12	97	11	13	23	51	1.74
88350--88404	14	4.2	14	80	17	73	9	12	25	52	1.68
88348--88424	24	3.2	23	88	3	100	12	11	20	54	1.69
89336--89402	16	4.3	16	90	3	93	11	10	17	59	1.60
89334--89394	32	1.9	32	93	0	104	9	13	21	55	1.66
89774--89800	13	2.1	13	100	0	54	62	29	0	7	1.22
90670--90762	43	2.2	41	87	7	141	45	3	7	44	1.48
90682--90854	37	4.5	37	78	13	163	46	4	6	43	1.48
90680--90779	43	2.3	43	89	5	148	45	4	6	45	1.47
91036--91093	12	4.8	12	69	23	50	41	1	8	48	1.44
90964--91110	36	4.0	36	88	6	197	44	4	6	44	1.49
90748--91232	256	1.9	265	91	5	808	39	5	6	47	1.55
90974--91126	36	4.1	36	88	5	191	44	3	6	45	1.45
91112--91164	26	2.1	25	82	3	61	39	0	0	60	0.97
91151--91182	4	8.5	4	93	6	50	25	0	0	75	0.81
92366--92448	45	1.9	44	83	13	111	16	9	1	72	1.17
99225--99285	18	2.9	22	72	20	67	54	1	0	44	1.10
99377--99409	17	2.0	17	88	5	50	33	0	3	63	1.10
100488--100529	19	2.2	19	87	8	59	11	14	11	61	1.56
102182--102419	119	2.0	119	97	0	451	22	10	18	49	1.77
102796--102838	19	2.2	20	91	4	70	13	16	11	58	1.64
104608--104717	54	2.0	54	96	0	202	36	10	24	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109122--109151	16	1.9	16	93	6	53	36	6	26	30	1.82
110014--110066	21	2.5	21	87	0	88	33	15	22	28	1.94
111689--111723	18	1.9	18	94	0	61	20	20	34	25	1.96
112405--112447	19	2.2	20	87	4	61	16	16	11	55	1.68
119496--119567	36	2.0	36	100	0	144	30	16	30	22	1.96
128121--128162	3	14.3	3	95	5	77	66	0	0	33	0.92
128327--128827	40	11.9	41	76	13	272	24	19	33	22	1.97
128420--128787	128	2.9	128	97	0	682	24	19	32	23	1.97
128350--128740	42	9.2	42	75	13	295	24	19	32	23	1.97
128333--128879	296	1.8	294	90	3	875	24	19	32	23	1.98
129064--129242	66	2.8	63	77	8	180	37	15	21	25	1.93
129219--129312	35	2.7	35	95	3	163	34	11	23	30	1.91
129217--129347	35	3.7	35	86	5	113	36	12	19	31	1.89
129595--129636	19	2.5	16	79	20	50	42	7	26	23	1.80
129710--129879	66	2.6	64	82	6	180	42	10	16	30	1.82
129753--129879	66	1.9	66	88	1	193	44	11	14	30	1.79
130157--130223	32	2.1	31	89	8	100	37	14	10	37	1.81
130314--130520	29	7.3	28	89	4	258	44	14	12	27	1.82
130314--130520	27	7.3	27	89	6	236	44	14	12	27	1.82
130763--130894	36	3.7	35	78	9	117	33	12	20	33	1.91
130834--131066	105	2.3	101	84	6	281	37	12	19	30	1.89
133389--133475	26	3.6	26	73	17	105	34	12	27	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133415--133495	20	3.8	20	71	17	72	37	12	24	25	1.91
133385--133512	26	5.4	26	65	21	100	39	10	25	24	1.88
133371--133504	46	2.9	46	94	1	234	38	11	26	24	1.89
134898--134959	32	2.0	32	96	3	117	61	9	14	14	1.57
136426--136459	17	1.9	18	88	5	52	55	2	2	38	1.30
138779--138832	3	18.3	3	96	3	101	66	0	0	33	0.92
139239--139692	182	2.5	182	91	0	721	27	14	13	43	1.84
139601--139652	20	2.6	20	78	0	68	13	15	13	57	1.65
139565--140141	112	5.1	112	95	0	983	24	15	14	45	1.83
139565--140141	225	2.6	225	94	0	994	24	15	14	45	1.83
145722--145762	16	2.6	16	92	0	64	24	21	21	31	1.98
146340--146384	13	3.2	13	80	17	54	48	4	6	40	1.49
146419--147104	2	343.0	2	65	21	176	46	5	5	43	1.48
146416--146597	7	24.4	7	67	17	66	46	3	3	46	1.35
146416--146598	15	12.6	14	67	17	72	46	3	3	46	1.35
146428--146557	13	10.5	13	69	19	55	47	3	3	45	1.36
146417--146488	37	1.9	37	86	5	101	48	1	4	45	1.30
146312--146588	104	2.6	104	76	17	243	45	5	4	44	1.46
146630--146678	11	4.3	11	82	10	62	48	8	6	36	1.58
146630--146786	11	14.8	10	69	23	51	46	7	3	42	1.49
146630--146757	33	3.9	33	74	12	113	45	7	4	42	1.54
146990--147120	11	11.8	11	70	22	62	52	1	7	38	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146947--147004	29	1.9	29	86	6	80	43	5	5	46	1.48
146998--147104	41	2.7	38	80	13	135	53	1	5	39	1.35
147067--147128	29	2.1	29	82	11	74	56	1	6	35	1.35
147839--147908	26	2.8	26	93	4	117	27	12	5	54	1.61
148044--148123	21	3.8	21	76	0	70	21	28	8	41	1.83
148338--148444	5	21.6	5	70	19	57	13	0	7	78	1.00
148338--148385	9	5.2	9	82	10	53	16	0	4	79	0.89
148339--148372	14	2.4	14	95	0	59	17	0	0	82	0.67
148337--148433	8	11.1	8	77	15	70	12	1	6	80	0.94
148335--148435	25	4.1	24	70	26	70	11	0	7	79	0.99

Tables:   1   2