Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01008655.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111649_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 378222
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.17, T:0.33
File 1 of 3
Found at i:97 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 56--122 Score: 99
Period size: 19 Copynumber: 3.8 Consensus size: 19
46 GAAATGAAAA
56 TCGCATTGCGATTTTC---
1 TCGCATTGCGATTTTCATT
72 TCG--TTGCGATTTTCATT
1 TCGCATTGCGATTTTCATT
89 TCGCATTGCGATTTTCATT
1 TCGCATTGCGATTTTCATT
108 TCGCATTGCGATTTT
1 TCGCATTGCGATTTT
123 GTCGTTGCGA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 0, Indels: 7
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
14 11 0.24
16 3 0.07
17 3 0.07
19 29 0.63
ACGTcount: A:0.13, C:0.21, G:0.18, T:0.48
Consensus pattern (19 bp):
TCGCATTGCGATTTTCATT
Found at i:99 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 37--151 Score: 122
Period size: 52 Copynumber: 2.2 Consensus size: 52
27 AACGAGAAAA
* ***
37 TCGCAATGCGAAATGAAAATCGCATTGCGATTTTCTCGTTGCGATTTTCATT
1 TCGCATTGCGAAATGAAAATCGCATTGCGATTTTCTCGTTGCGATAGCCATT
** ** ** *
89 TCGCATTGCGATTTTCATTTCGCATTGCGATTTTGTCGTTGCGATAGCCATT
1 TCGCATTGCGAAATGAAAATCGCATTGCGATTTTCTCGTTGCGATAGCCATT
*
141 TCGCGTTGCGA
1 TCGCATTGCGA
152 TAGTCTGTTT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 12, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
52 51 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.21, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (52 bp):
TCGCATTGCGAAATGAAAATCGCATTGCGATTTTCTCGTTGCGATAGCCATT
Found at i:259 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 240--276 Score: 56
Period size: 14 Copynumber: 2.6 Consensus size: 14
230 CATCAATTAA
240 ACAAATCAACATTT
1 ACAAATCAACATTT
* *
254 ACAAATCATCTTTT
1 ACAAATCAACATTT
268 ACAAATCAA
1 ACAAATCAA
277 TTAAACAATC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 20 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.22, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (14 bp):
ACAAATCAACATTT
Found at i:2125 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2101--2166 Score: 96
Period size: 19 Copynumber: 3.5 Consensus size: 19
2091 GAAACTTAAA
2101 ATCGCAACGCGAAATGACT
1 ATCGCAACGCGAAATGACT
*
2120 ATCGCAACGCGAAATGGCT
1 ATCGCAACGCGAAATGACT
* **
2139 ATCGCAATGCGAAATGAAA
1 ATCGCAACGCGAAATGACT
2158 ATCGCAACG
1 ATCGCAACG
2167 ACAAAATCGC
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 6, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 41 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.24, G:0.23, T:0.15
Consensus pattern (19 bp):
ATCGCAACGCGAAATGACT
Found at i:2174 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 2155--2212 Score: 71
Period size: 14 Copynumber: 3.9 Consensus size: 14
2145 ATGCGAAATG
2155 AAAATCGCAACGAC
1 AAAATCGCAACGAC
*
2169 AAAATCGCAACGCGAA
1 AAAATCGCAA--CGAC
2185 ATGAAATCGCAACGAC
1 A--AAATCGCAACGAC
2201 AAAATCGCAACG
1 AAAATCGCAACG
2213 CGAAACACAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 8
0.79 0.04 0.17
Matches are distributed among these distances:
14 21 0.55
16 8 0.21
18 9 0.24
ACGTcount: A:0.48, C:0.26, G:0.17, T:0.09
Consensus pattern (14 bp):
AAAATCGCAACGAC
Found at i:2197 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 2098--2217 Score: 143
Period size: 32 Copynumber: 3.5 Consensus size: 32
2088 CACGAAACTT
*
2098 AAAATCGCAACGCGAAATGACTATCGCAACG-C
1 AAAATCGCAACGCGAAATGA-AATCGCAACGAC
*
2130 GAAATGGCTATCGCAATGCGAAATGAAAATCGCAACGAC
1 -AAA-----ATCGCAACGCGAAATG-AAATCGCAACGAC
2169 AAAATCGCAACGCGAAATGAAATCGCAACGAC
1 AAAATCGCAACGCGAAATGAAATCGCAACGAC
2201 AAAATCGCAACGCGAAA
1 AAAATCGCAACGCGAAA
2218 CACAAATCAC
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 3, Indels: 15
0.81 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
32 30 0.39
33 18 0.23
38 27 0.35
39 2 0.03
ACGTcount: A:0.44, C:0.24, G:0.20, T:0.12
Consensus pattern (32 bp):
AAAATCGCAACGCGAAATGAAATCGCAACGAC
Found at i:2263 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 2240--2303 Score: 76
Period size: 14 Copynumber: 4.4 Consensus size: 14
2230 TGCGATTTTC
2240 ATTTTG-CGTTGCG
1 ATTTTGTCGTTGCG
2253 ATTTTGTCGTTGCG
1 ATTTTGTCGTTGCG
*
2267 ATTTCATTTCGCATTGCG
1 ATTT--TGTCG--TTGCG
2285 ATTTTGTCGTTGCG
1 ATTTTGTCGTTGCG
2299 ATTTT
1 ATTTT
2304 CATTTCGCAT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 2, Indels: 9
0.80 0.04 0.16
Matches are distributed among these distances:
13 6 0.14
14 21 0.48
16 8 0.18
18 9 0.20
ACGTcount: A:0.11, C:0.16, G:0.23, T:0.50
Consensus pattern (14 bp):
ATTTTGTCGTTGCG
Found at i:2310 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 2229--2319 Score: 157
Period size: 32 Copynumber: 2.8 Consensus size: 33
2219 ACAAATCACA
* *
2229 TTGCGATTTTCATTTTGCGTTGCGATTTTGTCG
1 TTGCGATTTTCATTTCGCATTGCGATTTTGTCG
2262 TTGCGA-TTTCATTTCGCATTGCGATTTTGTCG
1 TTGCGATTTTCATTTCGCATTGCGATTTTGTCG
2294 TTGCGATTTTCATTTCGCATTGCGAT
1 TTGCGATTTTCATTTCGCATTGCGAT
2320 AGCCATTTTC
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 2, Indels: 2
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
32 30 0.55
33 25 0.45
ACGTcount: A:0.12, C:0.18, G:0.22, T:0.48
Consensus pattern (33 bp):
TTGCGATTTTCATTTCGCATTGCGATTTTGTCG
Found at i:2331 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 2306--2366 Score: 104
Period size: 20 Copynumber: 3.0 Consensus size: 20
2296 GCGATTTTCA
*
2306 TTTCGCATTGCGATAGCCAT
1 TTTCGCGTTGCGATAGCCAT
2326 TTTCGCGTTGCGATAGCCAT
1 TTTCGCGTTGCGATAGCCAT
*
2346 TTTCGCGTTGCGATAGTCAT
1 TTTCGCGTTGCGATAGCCAT
2366 T
1 T
2367 CGTGTTGCAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 39 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.23, G:0.23, T:0.38
Consensus pattern (20 bp):
TTTCGCGTTGCGATAGCCAT
Found at i:4517 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 4490--4533 Score: 70
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
4480 GATGGAGATA
*
4490 GACGGATTTCGCCGGAGATGGG
1 GACGGATTTCACCGGAGATGGG
*
4512 GACGGATTTCATCGGAGATGGG
1 GACGGATTTCACCGGAGATGGG
4534 TGAGAGAGTG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 20 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.16, G:0.43, T:0.20
Consensus pattern (22 bp):
GACGGATTTCACCGGAGATGGG
Found at i:4795 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 4699--4796 Score: 133
Period size: 41 Copynumber: 2.4 Consensus size: 41
4689 CGCTTTGAAA
* *
4699 ATCGCATTGCGATTATGTATTATCGCGTTGCGAAAGTAAGT
1 ATCGCATTGCGATTTTGTATTATCGCATTGCGAAAGTAAGT
* * * * *
4740 ATCTCGTTGTGATTTTGTATTATCGCATTGCGATAGTCAGT
1 ATCGCATTGCGATTTTGTATTATCGCATTGCGAAAGTAAGT
4781 ATCGCATTGCGATTTT
1 ATCGCATTGCGATTTT
4797 CCCAATTCGC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 10, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 47 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.15, G:0.22, T:0.40
Consensus pattern (41 bp):
ATCGCATTGCGATTTTGTATTATCGCATTGCGAAAGTAAGT
Found at i:4811 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4782--4874 Score: 100
Period size: 20 Copynumber: 4.5 Consensus size: 21
4772 ATAGTCAGTA
4782 TCGCATTGCGATTTTCCCAAT
1 TCGCATTGCGATTTTCCCAAT
* * **
4803 TCGCGTTGCGA-TTTACTTAT
1 TCGCATTGCGATTTTCCCAAT
4823 TCGCATTGCGATTTTCCCAAT
1 TCGCATTGCGATTTTCCCAAT
* * **
4844 TCGCGTTGCGA-TTTACTTAT
1 TCGCATTGCGATTTTCCCAAT
4864 TCGCATTGCGA
1 TCGCATTGCGA
4875 ATTGGGAAAA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 13, Indels: 3
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 32 0.55
21 26 0.45
ACGTcount: A:0.17, C:0.25, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
TCGCATTGCGATTTTCCCAAT
Found at i:4812 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 4782--4874 Score: 150
Period size: 41 Copynumber: 2.3 Consensus size: 41
4772 ATAGTCAGTA
* *
4782 TCGCATTGCGATTTTCCCAATTCGCGTTGCGATTTACTTAT
1 TCGCATTGCGATTTTCCCAATTCGCGTTGCGATTCACGTAT
* *
4823 TCGCATTGCGATTTTCCCAATTCGCGTTGCGATTTACTTAT
1 TCGCATTGCGATTTTCCCAATTCGCGTTGCGATTCACGTAT
4864 TCGCATTGCGA
1 TCGCATTGCGA
4875 ATTGGGAAAA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 52 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.25, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (41 bp):
TCGCATTGCGATTTTCCCAATTCGCGTTGCGATTCACGTAT
Found at i:5675 original size:67 final size:68
Alignment explanation
Indices: 5560--5694 Score: 263
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 68
5550 ATTCATTTAC
5560 CCAATGTTTCTTTTCCTTTTATTTTTTTCATGTTAAATATTAGTGAAGATAAGGATTAAATTAAA
1 CCAATGTTTCTTTTCCTTTTATTTTTTTCATGTTAAATATTAGTGAAGATAAGGATTAAATTAAA
5625 CAA
66 CAA
5628 CCAATGTTTCTTTTCCTTTTA-TTTTTTCATGTTAAATATTAGTGAAGATAAGGATTAAATTAAA
1 CCAATGTTTCTTTTCCTTTTATTTTTTTCATGTTAAATATTAGTGAAGATAAGGATTAAATTAAA
5692 CAA
66 CAA
5695 ATGGTGAACT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 0, Indels: 1
0.99 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
67 46 0.69
68 21 0.31
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (68 bp):
CCAATGTTTCTTTTCCTTTTATTTTTTTCATGTTAAATATTAGTGAAGATAAGGATTAAATTAAA
CAA
Found at i:8332 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 8310--8345 Score: 72
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
8300 AATCATTCTA
8310 TTTTAATTTAGTATAAT
1 TTTTAATTTAGTATAAT
8327 TTTTAATTTAGTATAAT
1 TTTTAATTTAGTATAAT
8344 TT
1 TT
8346 GACATTTTTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 19 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.06, T:0.61
Consensus pattern (17 bp):
TTTTAATTTAGTATAAT
Found at i:12106 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 12095--12159 Score: 123
Period size: 2 Copynumber: 33.0 Consensus size: 2
12085 TAGAAACTTC
12095 TA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
12136 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
12160 GAAAAATGGT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 0, Indels: 2
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.02
2 61 0.98
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:15448 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 15373--15470 Score: 103
Period size: 21 Copynumber: 4.7 Consensus size: 21
15363 GGTGTTTGAG
*
15373 TGCATGGATGCACTGCATGG-
1 TGCATGGATGCACTGCAGGGA
*
15393 TGCATCGATGCACTAGTGCA-GG-
1 TGCATGGATGCAC---TGCAGGGA
*
15415 TGAATGGATGCACTGCAGGGA
1 TGCATGGATGCACTGCAGGGA
* *
15436 TGCATGTATGCACTGCAGGGG
1 TGCATGGATGCACTGCAGGGA
15457 TGCATGGATGCACT
1 TGCATGGATGCACT
15471 TTGACACCCT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 7, Indels: 9
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.06
20 14 0.21
21 31 0.47
22 13 0.20
23 4 0.06
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.35, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
TGCATGGATGCACTGCAGGGA
Found at i:15464 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 15372--15470 Score: 114
Period size: 42 Copynumber: 2.4 Consensus size: 41
15362 CGGTGTTTGA
*
15372 GTGCATGGATGCACTGCATGGTGCATCGATGCACTAGTGCAG
1 GTGCATGGATGCACTGCAGGGTGCATCGATGCACTAGTG-AG
*
15414 GTGAATGGATGCACTGCAGGGATGCAT-GTATGCACTGCAG-G-G
1 GTGCATGGATGCACTGCAGGG-TGCATCG-ATGCACT--AGTGAG
15456 GTGCATGGATGCACT
1 GTGCATGGATGCACT
15471 TTGACACCCT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 3, Indels: 8
0.82 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
42 35 0.70
43 12 0.24
44 1 0.02
45 2 0.04
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.35, T:0.23
Consensus pattern (41 bp):
GTGCATGGATGCACTGCAGGGTGCATCGATGCACTAGTGAG
Found at i:19006 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18931--19070 Score: 142
Period size: 21 Copynumber: 6.7 Consensus size: 21
18921 GGTGTTTGAG
* *
18931 TGCATGGATGCACTACATGG-
1 TGCATGGATGCACTGCAGGGA
*
18951 TGCATCGATGCACTAGTGCA-GG-
1 TGCATGGATGCAC---TGCAGGGA
* *
18973 TGTATGGATGCACCGCAGGGA
1 TGCATGGATGCACTGCAGGGA
* *
18994 TGCATGTATGCACTGCATGGA
1 TGCATGGATGCACTGCAGGGA
* *
19015 TGCATGTATGCACTGCAGGGG
1 TGCATGGATGCACTGCAGGGA
*
19036 TGCATGGATGCACTGCAGGGG
1 TGCATGGATGCACTGCAGGGA
19057 TGCATGGATGCACT
1 TGCATGGATGCACT
19071 TTGACACCCT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 12, Indels: 9
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
19 3 0.03
20 14 0.14
21 70 0.68
22 13 0.13
23 3 0.03
ACGTcount: A:0.22, C:0.20, G:0.34, T:0.24
Consensus pattern (21 bp):
TGCATGGATGCACTGCAGGGA
Found at i:19013 original size:63 final size:62
Alignment explanation
Indices: 18931--19070 Score: 169
Period size: 63 Copynumber: 2.2 Consensus size: 62
18921 GGTGTTTGAG
*
18931 TGCATGGATGCACTACATGG-TGCATCG-ATGCACTAGTGCA-GGTGTATGGATGCACCGCAGGG
1 TGCATGGATGCACTACATGGATGCAT-GTATGCAC---TGCAGGGTGCATGGATGCACCGCAGGG
18993 A
62 A
* * * *
18994 TGCATGTATGCACTGCATGGATGCATGTATGCACTGCAGGGGTGCATGGATGCACTGCAGGGG
1 TGCATGGATGCACTACATGGATGCATGTATGCACTGCA-GGGTGCATGGATGCACCGCAGGGA
19057 TGCATGGATGCACT
1 TGCATGGATGCACT
19071 TTGACACCCT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 6, Indels: 8
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
61 4 0.06
63 52 0.78
64 11 0.16
ACGTcount: A:0.22, C:0.20, G:0.34, T:0.24
Consensus pattern (62 bp):
TGCATGGATGCACTACATGGATGCATGTATGCACTGCAGGGTGCATGGATGCACCGCAGGGA
Found at i:19579 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 19558--19596 Score: 78
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
19548 AACATTAGGA
19558 ACTTCAAGTATTCAAG
1 ACTTCAAGTATTCAAG
19574 ACTTCAAGTATTCAAG
1 ACTTCAAGTATTCAAG
19590 ACTTCAA
1 ACTTCAA
19597 CAATCATTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 23 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.21, G:0.10, T:0.31
Consensus pattern (16 bp):
ACTTCAAGTATTCAAG
Found at i:19595 original size:8 final size:9
Alignment explanation
Indices: 19558--19596 Score: 50
Period size: 8 Copynumber: 4.8 Consensus size: 9
19548 AACATTAGGA
19558 ACTTCAAGT
1 ACTTCAAGT
19567 A-TTCAAG-
1 ACTTCAAGT
19574 ACTTCAAGT
1 ACTTCAAGT
19583 A-TTCAAG-
1 ACTTCAAGT
19590 ACTTCAA
1 ACTTCAA
19597 CAATCATTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 7
0.79 0.00 0.21
Matches are distributed among these distances:
7 2 0.07
8 23 0.85
9 2 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.21, G:0.10, T:0.31
Consensus pattern (9 bp):
ACTTCAAGT
Found at i:19818 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 19810--19854 Score: 63
Period size: 3 Copynumber: 15.0 Consensus size: 3
19800 ACTAATACTA
* * *
19810 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ACT ATT GTT ATT ATT TTT ATT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
19855 TACATGTTAC
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 36 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.02, G:0.02, T:0.67
Consensus pattern (3 bp):
ATT
Found at i:20641 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 20585--20667 Score: 91
Period size: 23 Copynumber: 3.8 Consensus size: 22
20575 TCGTAATTTT
*
20585 CACCGAAGTGCCACATA-ATTG
1 CACCGAAGTGCCACATAGGTTG
*
20606 TC-TCGAAG-GACCACATAGGTTG
1 -CACCGAAGTG-CCACATAGGTTG
20628 CACCGAAGTGCCACATAGGTTTG
1 CACCGAAGTGCCACATAGG-TTG
*
20651 CACCAAAGTGCCACATA
1 CACCGAAGTGCCACATA
20668 TTTGTCCCAA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 4, Indels: 9
0.80 0.06 0.14
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.02
21 13 0.25
22 18 0.35
23 20 0.38
ACGTcount: A:0.31, C:0.28, G:0.22, T:0.19
Consensus pattern (22 bp):
CACCGAAGTGCCACATAGGTTG
Found at i:20677 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 20653--20710 Score: 82
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 21
20643 TAGGTTTGCA
*
20653 CCAAAGTG-CCACATATTTGTC
1 CCAAAG-GACCACATAATTGTC
20674 CCAAAGGACCACATAATTGTC
1 CCAAAGGACCACATAATTGTC
*
20695 TCAAAGGACCACATAA
1 CCAAAGGACCACATAA
20711 GACCCTCGAC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.03
21 33 0.97
ACGTcount: A:0.38, C:0.28, G:0.14, T:0.21
Consensus pattern (21 bp):
CCAAAGGACCACATAATTGTC
Found at i:25026 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 25002--25043 Score: 84
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
24992 TCTATGGAGT
25002 TAAACCAGGTAATTCATCCGG
1 TAAACCAGGTAATTCATCCGG
25023 TAAACCAGGTAATTCATCCGG
1 TAAACCAGGTAATTCATCCGG
25044 AAATACTTAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 21 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.24, G:0.19, T:0.24
Consensus pattern (21 bp):
TAAACCAGGTAATTCATCCGG
Found at i:27624 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 27525--27633 Score: 118
Period size: 22 Copynumber: 5.0 Consensus size: 22
27515 ATCTCGTAAT
*
27525 TTGCACCGAAGTGCCACATA-A
1 TTGCACCGAAGTGCCACATAGG
27546 TT--ATCCTGAAG-GACCACATAGG
1 TTGCA-CC-GAAGTG-CCACATAGG
*
27568 TTGCACCGAAGTGCCATATAGG
1 TTGCACCGAAGTGCCACATAGG
*
27590 TTACACCGAAGTGCCACATAGG
1 TTGCACCGAAGTGCCACATAGG
*
27612 TTTGCACCAAAGTGCCACATAG
1 -TTGCACCGAAGTGCCACATAG
27634 AGTCTTTTCA
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 6, Indels: 14
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.01
20 3 0.04
21 13 0.18
22 34 0.46
23 22 0.30
24 1 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.26, G:0.22, T:0.21
Consensus pattern (22 bp):
TTGCACCGAAGTGCCACATAGG
Found at i:30264 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 30203--30264 Score: 72
Period size: 32 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
30193 TCCTTATATT
** *
30203 TATTTTATATTTATTTTTTGGTTGTTTTTAC
1 TATTTTATATTTATTTTTTAATTGATTTTAC
30234 TATTTTATTATTTATTTTTTAAATT-ATTTTA
1 TATTTTA-TATTTATTTTTT-AATTGATTTTA
30265 ATCAAGTTTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 3
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
31 7 0.27
32 17 0.65
33 2 0.08
ACGTcount: A:0.23, C:0.02, G:0.05, T:0.71
Consensus pattern (31 bp):
TATTTTATATTTATTTTTTAATTGATTTTAC
Found at i:34841 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 34832--42813 Score: 15034
Period size: 4 Copynumber: 2023.8 Consensus size: 4
34822 ACCCAAATTA
34832 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
34880 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
34928 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
34976 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35024 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35072 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35120 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35168 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35216 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35264 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35312 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35360 TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35406 TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35452 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35500 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35548 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35596 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35644 TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35690 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35738 TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35784 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35832 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35880 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35928 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
35976 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36022 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36070 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36118 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36166 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36214 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36260 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36308 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36356 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36404 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36452 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36500 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36548 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36595 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36642 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36690 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36738 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36784 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36830 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36878 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36926 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
36974 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37022 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37070 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37118 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37166 TATG TATG TATG TATG TATGG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37213 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37260 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37308 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37356 TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37402 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37450 TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37497 TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37544 TATG TATG TA-G TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37588 TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37632 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAGTG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG
37681 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37728 TATG TAGTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TA-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37777 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37825 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATGG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G
37874 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37922 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
37970 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38018 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38066 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38113 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38161 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38207 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38255 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38301 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38349 TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38395 TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38441 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38489 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38537 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38583 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38631 --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38677 TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38723 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38771 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TA-- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
38815 TATA TGTG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38861 TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38907 TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
38953 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39001 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39048 TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39094 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39142 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39190 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAGTG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG
39239 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39287 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA--
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39333 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39381 TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39428 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39476 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39524 TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TA-- TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39567 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39615 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA--
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39661 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39707 TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39753 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39800 TA-- TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39844 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39892 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39940 TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39987 TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40033 TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40079 TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40123 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40171 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40217 TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40263 -ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
40310 TATG TATG TATG TATG TATG TATA TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40358 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40406 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40454 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40502 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40548 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40596 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40644 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40692 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40738 TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40784 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40832 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40880 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40928 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40975 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41023 TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41069 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41117 TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41163 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41211 TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41257 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41305 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41353 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TAGTG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG
41401 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41449 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41497 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41545 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41593 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG T-TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41640 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41688 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41734 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41782 --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATGG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT-G TATG TATG TATG TATG
41829 TATG TATG TATG TATG TATG TATG -ATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41876 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41924 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41970 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42018 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42066 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42114 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42162 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42210 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42258 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42306 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42354 TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42401 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42449 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42497 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42545 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42593 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42641 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42687 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42735 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42783 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT
42814 ACAATAAAGC
Statistics
Matches: 7845, Mismatches: 6, Indels: 254
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
2 100 0.01
3 60 0.01
4 7658 0.98
5 27 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.25, T:0.50
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:44418 original size:67 final size:64
Alignment explanation
Indices: 44242--44541 Score: 318
Period size: 66 Copynumber: 4.7 Consensus size: 64
44232 ACAATTTTTA
* *** * *
44242 CTTGAAACAAAGTTCTTCTCCCTTGAGGTTGTTTCTCTTGAAACACAAATCTTTGAAAACATTTC
1 CTTGAAACAAA-TTTTTCTCCCTTGAGACAGTTTCTCTTGAAACA-AAAACTTTGAAAACGTTTC
44307 C
64 C
* *
44308 CTTGAAACAAATTTCGTCTCCCTTGAGACAGTTTCTCTTGAAACAAAAATCTTTG-AACCTGTTT
1 CTTGAAACAAATTT-TTCTCCCTTGAGACAGTTTCTCTTGAAACAAAAA-CTTTGAAAAC-GTTT
44372 CC
63 CC
* *
44374 CTTGAAACAAAATTTTGTCTCCCTTGAGATAGTTTCTCTTGAAACATAAACTTTGAAAACGTTTC
1 CTTGAAAC-AAATTTT-TCTCCCTTGAGACAGTTTCTCTTGAAACAAAAACTTTGAAAACGTTTC
44439 C
64 C
* * *
44440 CTTGAAACGAA-TTTTCTCTCTTGAGACAGTTTCCCTTGAAAC--AAA-TTT-----C-TTCTCC
1 CTTGAAACAAATTTTTCTCCCTTGAGACAGTTTCTCTTGAAACAAAAACTTTGAAAACGTT-TCC
44495 CTTGAAACAAATTTCTTCTCCCTT-AGACAGTTTCTCTTGAAACAAAA
1 CTTGAAACAAATTT-TTCTCCCTTGAGACAGTTTCTCTTGAAACAAAA
44542 TTTGTCTCCC
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 19, Indels: 30
0.81 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
54 2 0.01
55 14 0.07
56 20 0.10
57 8 0.04
58 2 0.01
60 3 0.01
61 3 0.01
63 25 0.12
64 3 0.01
65 10 0.05
66 74 0.36
67 40 0.20
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (64 bp):
CTTGAAACAAATTTTTCTCCCTTGAGACAGTTTCTCTTGAAACAAAAACTTTGAAAACGTTTCC
Found at i:44497 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 44471--44518 Score: 96
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
44461 TGAGACAGTT
44471 TCCCTTGAAACAAATTTCTTC
1 TCCCTTGAAACAAATTTCTTC
44492 TCCCTTGAAACAAATTTCTTC
1 TCCCTTGAAACAAATTTCTTC
44513 TCCCTT
1 TCCCTT
44519 AGACAGTTTC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 27 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.31, G:0.04, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
TCCCTTGAAACAAATTTCTTC
Found at i:44535 original size:56 final size:55
Alignment explanation
Indices: 44437--44555 Score: 161
Period size: 56 Copynumber: 2.1 Consensus size: 55
44427 TGAAAACGTT
* * *
44437 TCCCTTGAAACGAATTTTCTCTCTTGAGACAGTTTCCCTTGAAAC-AAATTTCTTC
1 TCCCTTGAAACAAATTTTCTCCCTTGAGACAGTTTCCCTTGAAACAAAATTT-GTC
*
44492 TCCCTTGAAACAAATTTCTTCTCCCTT-AGACAGTTTCTCTTGAAACAAAATTTGTC
1 TCCCTTGAAACAAA-TT-TTCTCCCTTGAGACAGTTTCCCTTGAAACAAAATTTGTC
44548 TCCCTTGA
1 TCCCTTGA
44556 GACAGTTTCC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 4, Indels: 5
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
55 13 0.23
56 30 0.53
57 14 0.25
ACGTcount: A:0.26, C:0.26, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (55 bp):
TCCCTTGAAACAAATTTTCTCCCTTGAGACAGTTTCCCTTGAAACAAAATTTGTC
Found at i:44559 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 44492--44574 Score: 125
Period size: 36 Copynumber: 2.3 Consensus size: 36
44482 AAATTTCTTC
*
44492 TCCCTTGAAAC-AAATTTCTTCTCCCTTAGACAGTT
1 TCCCTTGAAACAAAATTTCGTCTCCCTTAGACAGTT
*
44527 TCTCTTGAAACAAAATTT-GTCTCCCTTGAGACAGTT
1 TCCCTTGAAACAAAATTTCGTCTCCCTT-AGACAGTT
44563 TCCCTTGAAACA
1 TCCCTTGAAACA
44575 CTAACCTTTA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 3, Indels: 3
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
35 18 0.42
36 25 0.58
ACGTcount: A:0.28, C:0.27, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (36 bp):
TCCCTTGAAACAAAATTTCGTCTCCCTTAGACAGTT
Found at i:44887 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 44869--44913 Score: 72
Period size: 3 Copynumber: 15.0 Consensus size: 3
44859 AATAATAATA
* *
44869 ATT ATT ATA ATA ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
44914 TACATGTTAC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 40 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.00, T:0.62
Consensus pattern (3 bp):
ATT
Found at i:45270 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 45265--45295 Score: 53
Period size: 2 Copynumber: 15.0 Consensus size: 2
45255 TTATATTCAA
45265 AT AT AT GAT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT -AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
45296 GTATTTTTTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
2 26 0.93
3 2 0.07
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:48098 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 48055--48112 Score: 73
Period size: 26 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26
48045 TAGCATTGTT
* *
48055 TTTTAG-AAGGGTTGTTGAAAAGTAC
1 TTTTAGAAAGAGTTGTTGAAAAGAAC
*
48080 TTTTAGAAAGAGTTTTTGAAAAGAAC
1 TTTTAGAAAGAGTTGTTGAAAAGAAC
*
48106 TTCTAGA
1 TTTTAGA
48113 TTATTTGATG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 1
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
25 6 0.21
26 22 0.79
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.22, T:0.36
Consensus pattern (26 bp):
TTTTAGAAAGAGTTGTTGAAAAGAAC
Found at i:53509 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 53477--53563 Score: 79
Period size: 29 Copynumber: 3.1 Consensus size: 28
53467 CTTTTTCATC
53477 TAAATATTTAAATTACTTTTTAATTAAAA
1 TAAATATTTAAATTA-TTTTTAATTAAAA
* * *
53506 TAAATATAT-AATT-TTTTTTATCAAAA
1 TAAATATTTAAATTATTTTTAATTAAAA
** * *
53532 TAGGTATTTAAAATAATTTTTGATTAAAA
1 TAAATATTT-AAATTATTTTTAATTAAAA
53561 TAA
1 TAA
53564 GTACCTAAAG
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 10, Indels: 6
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
26 17 0.38
28 7 0.16
29 21 0.47
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (28 bp):
TAAATATTTAAATTATTTTTAATTAAAA
Found at i:54426 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 54397--54449 Score: 70
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
54387 ATTCTGACTA
54397 TCGCATTGCGATTTCCCAAAT
1 TCGCATTGCGATTTCCCAAAT
* * *
54418 TCGCGTTGCGATTTTCCTAAT
1 TCGCATTGCGATTTCCCAAAT
*
54439 TCGCAATGCGA
1 TCGCATTGCGA
54450 ATACGTAAAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 27 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.26, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (21 bp):
TCGCATTGCGATTTCCCAAAT
Found at i:54464 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 54439--54532 Score: 134
Period size: 20 Copynumber: 4.7 Consensus size: 20
54429 TTTTCCTAAT
54439 TCGCAATGCGAATACGTAAA
1 TCGCAATGCGAATACGTAAA
* *
54459 TCGCAACGCGATTACGTAAA
1 TCGCAATGCGAATACGTAAA
* * *
54479 TCGCAATACGAATTAGGAAAA
1 TCGCAATGCGAA-TACGTAAA
54500 TCGCAATGCGAATACGTAAA
1 TCGCAATGCGAATACGTAAA
54520 TCGCAATGCGAAT
1 TCGCAATGCGAAT
54533 CTGACTATCG
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 10, Indels: 2
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 46 0.73
21 17 0.27
ACGTcount: A:0.39, C:0.20, G:0.20, T:0.20
Consensus pattern (20 bp):
TCGCAATGCGAATACGTAAA
Found at i:54470 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 54439--54532 Score: 134
Period size: 41 Copynumber: 2.3 Consensus size: 40
54429 TTTTCCTAAT
*
54439 TCGCAATGCGAATACGTAAATCGCAACGCGATTACGTAAA
1 TCGCAATGCGAATACGAAAATCGCAACGCGATTACGTAAA
* * * *
54479 TCGCAATACGAATTAGGAAAATCGCAATGCGAATACGTAAA
1 TCGCAATGCGAA-TACGAAAATCGCAACGCGATTACGTAAA
54520 TCGCAATGCGAAT
1 TCGCAATGCGAAT
54533 CTGACTATCG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 6, Indels: 2
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
40 12 0.26
41 35 0.74
ACGTcount: A:0.39, C:0.20, G:0.20, T:0.20
Consensus pattern (40 bp):
TCGCAATGCGAATACGAAAATCGCAACGCGATTACGTAAA
Found at i:55146 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 55085--55184 Score: 136
Period size: 21 Copynumber: 4.9 Consensus size: 21
55075 TTCTAAACTT
55085 AAAATCGCAAC-ATGA-AAATG
1 AAAATCGCAACGA-GAGAAATG
55105 AAAATCGCAAC-ACGA-AAATG
1 AAAATCGCAACGA-GAGAAATG
**
55125 ACTATCGCAACGAGAGAAATG
1 AAAATCGCAACGAGAGAAATG
55146 AAAATCGCAACGAGAGAAATG
1 AAAATCGCAACGAGAGAAATG
55167 AAAATCGCAACGAGAGAA
1 AAAATCGCAACGAGAGAA
55185 TCGCAACGCG
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 5, Indels: 3
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 30 0.41
21 43 0.59
ACGTcount: A:0.52, C:0.17, G:0.20, T:0.11
Consensus pattern (21 bp):
AAAATCGCAACGAGAGAAATG
Found at i:55251 original size:33 final size:35
Alignment explanation
Indices: 55209--55308 Score: 105
Period size: 33 Copynumber: 2.8 Consensus size: 35
55199 CAAAATCGCA
* *
55209 TTGCGATTTTCATTTCGCGTTGCGATTC-T-CTCG
1 TTGCGATTTTCATTTCTCGTTGCGATTCTTCCGCG
* *
55242 TTGCGATTTTAATTTCTCGTTACGATAGTCATTTCCGCG
1 TTGCGATTTTCATTTCTCGTTGCGAT--TC--TTCCGCG
55281 TTGCGATTTTCATTCTCTCGTTGCGATT
1 TTGCGATTTTCATT-TCTCGTTGCGATT
55309 TTCATTTCAA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 6, Indels: 9
0.78 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
33 23 0.43
35 2 0.04
38 2 0.04
39 16 0.30
40 11 0.20
ACGTcount: A:0.13, C:0.22, G:0.19, T:0.46
Consensus pattern (35 bp):
TTGCGATTTTCATTTCTCGTTGCGATTCTTCCGCG
Found at i:55293 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 55209--55316 Score: 109
Period size: 20 Copynumber: 5.8 Consensus size: 19
55199 CAAAATCGCA
*
55209 TTGCGATTTTCATTTCGCG
1 TTGCGATTTTCATTTCTCG
55228 TTGCGA--TTC---TCTCG
1 TTGCGATTTTCATTTCTCG
*
55242 TTGCGATTTTAATTTCTCG
1 TTGCGATTTTCATTTCTCG
* ** *
55261 TTACGATAGTCATTTCCGCG
1 TTGCGATTTTCATTT-CTCG
55281 TTGCGATTTTCATTCTCTCG
1 TTGCGATTTTCATT-TCTCG
55301 TTGCGATTTTCATTTC
1 TTGCGATTTTCATTTC
55317 AACCAAAAGA
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 11, Indels: 14
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.14
16 2 0.03
17 3 0.04
19 24 0.34
20 31 0.44
21 1 0.01
ACGTcount: A:0.13, C:0.22, G:0.18, T:0.47
Consensus pattern (19 bp):
TTGCGATTTTCATTTCTCG
Found at i:57216 original size:94 final size:93
Alignment explanation
Indices: 57006--57379 Score: 605
Period size: 94 Copynumber: 4.1 Consensus size: 93
56996 TAGATTGCTT
* * *
57006 AGTAAATTTATTCGGCTGCTGCCAATACTGCTAAAC--TGT-TT-ATTAACACTGTGAAGTTAGT
1 AGTAAATTTATTCGGTTGCTGCCAATTCTGCTAAACTGTGTATTCTTTAACACTGTGAAGTTAGT
*
57067 ATTTGTCTTT-TGTTGTCTTTTGGTTGA
66 ATTTGTCTTTGTTTTGTCTTTTGGTTGA
57094 AGTAAATTTATTCGGTTGCTGCCAATTCTGCTAAACTGTGTATTCTTTAACACTGTGAAGTTAGT
1 AGTAAATTTATTCGGTTGCTGCCAATTCTGCTAAACTGTGTATTCTTTAACACTGTGAAGTTAGT
57159 ATTTGTCTTTGTTTTGTCTTTTGGTTGAA
66 ATTTGTCTTTGTTTTGTCTTTTGGTTG-A
* *
57188 AGTAAATTTGTTCGGTTGCTGCCAATTCTGCTAAAGTGTGTATTCTTTAACACTGTGAAGTTAGT
1 AGTAAATTTATTCGGTTGCTGCCAATTCTGCTAAACTGTGTATTCTTTAACACTGTGAAGTTAGT
57253 ATTTGTCTTTGTTTTGTCTTTTGGTTGAA
66 ATTTGTCTTTGTTTTGTCTTTTGGTTG-A
* * * *
57282 AGTAAATTTGTTCGTTTGCTGCCAATTCTGCTAAACTGTGTATTCTTTAATACTCTGAAGTTAGT
1 AGTAAATTTATTCGGTTGCTGCCAATTCTGCTAAACTGTGTATTCTTTAACACTGTGAAGTTAGT
57347 ATTTGTCTTTGTTTTGTCTTTTGGTTGA
66 ATTTGTCTTTGTTTTGTCTTTTGGTTGA
57375 AGTAA
1 AGTAA
57380 TGCAATCCAT
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 10, Indels: 7
0.94 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
88 34 0.13
90 3 0.01
91 2 0.01
92 29 0.11
93 21 0.08
94 181 0.67
ACGTcount: A:0.21, C:0.13, G:0.20, T:0.47
Consensus pattern (93 bp):
AGTAAATTTATTCGGTTGCTGCCAATTCTGCTAAACTGTGTATTCTTTAACACTGTGAAGTTAGT
ATTTGTCTTTGTTTTGTCTTTTGGTTGA
Found at i:57497 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 57470--57565 Score: 103
Period size: 19 Copynumber: 5.3 Consensus size: 19
57460 TCTTTTGGTT
*
57470 GAAATGAAAATCGCAACGC
1 GAAACGAAAATCGCAACGC
57489 GAAACGAAAATCGCAACGC
1 GAAACGAAAATCGCAACGC
*
57508 GAAATGAAAATCGCAA--C
1 GAAACGAAAATCGCAACGC
57525 G--AC-AAAATCGCAACGC
1 GAAACGAAAATCGCAACGC
* * *
57541 GAAACCAAAAATCACAATGC
1 GAAA-CGAAAATCGCAACGC
57561 GAAAC
1 GAAAC
57566 TATAATCGAG
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 5, Indels: 12
0.80 0.06 0.14
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.15
15 1 0.02
16 2 0.03
17 2 0.03
18 1 0.02
19 35 0.53
20 15 0.23
ACGTcount: A:0.50, C:0.24, G:0.18, T:0.08
Consensus pattern (19 bp):
GAAACGAAAATCGCAACGC
Found at i:57512 original size:38 final size:33
Alignment explanation
Indices: 57470--57544 Score: 105
Period size: 33 Copynumber: 2.1 Consensus size: 33
57460 TCTTTTGGTT
57470 GAAATGAAAATCGCAACGCGAAACGAAAATCGCAACGC
1 GAAATGAAAATCGCAA--CG--AC-AAAATCGCAACGC
57508 GAAATGAAAATCGCAACGACAAAATCGCAACGC
1 GAAATGAAAATCGCAACGACAAAATCGCAACGC
57541 GAAA
1 GAAA
57545 CCAAAAATCA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 5
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
33 17 0.46
34 2 0.05
36 2 0.05
38 16 0.43
ACGTcount: A:0.49, C:0.23, G:0.20, T:0.08
Consensus pattern (33 bp):
GAAATGAAAATCGCAACGACAAAATCGCAACGC
Found at i:57597 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 57575--57711 Score: 114
Period size: 19 Copynumber: 7.6 Consensus size: 19
57565 CTATAATCGA
57575 GTTGCGATTTTCATTTCGC
1 GTTGCGATTTTCATTTCGC
*
57594 GTTGCGA--TTC---TCTC
1 GTTGCGATTTTCATTTCGC
57608 GTTGCGATTTTCATTTCGC
1 GTTGCGATTTTCATTTCGC
*
57627 GTTGCGA--TTC---TCTC
1 GTTGCGATTTTCATTTCGC
*
57641 GTTGCGATTTTCGTTTCGC
1 GTTGCGATTTTCATTTCGC
* * *
57660 ATTGCAATTTTCATTCTCTC
1 GTTGCGATTTTCATT-TCGC
*
57680 GTTGCGATTTTCATTTTTCAC
1 GTTGCGATTTTCA--TTTCGC
57701 GTTGCGATTTT
1 GTTGCGATTTT
57712 AAGTTCCAGA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 11, Indels: 24
0.73 0.09 0.19
Matches are distributed among these distances:
14 20 0.21
16 6 0.06
17 6 0.06
19 32 0.34
20 14 0.15
21 14 0.15
22 2 0.02
ACGTcount: A:0.11, C:0.22, G:0.19, T:0.48
Consensus pattern (19 bp):
GTTGCGATTTTCATTTCGC
Found at i:57612 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 57593--57649 Score: 60
Period size: 14 Copynumber: 3.7 Consensus size: 14
57583 TTTCATTTCG
57593 CGTTGCGATTCTCT
1 CGTTGCGATTCTCT
*
57607 CGTTGCGATTTTCATTTCG
1 CGTTGCGA--TTC---TCT
57626 CGTTGCGATTCTCT
1 CGTTGCGATTCTCT
57640 CGTTGCGATT
1 CGTTGCGATT
57650 TTCGTTTCGC
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 10
0.75 0.04 0.21
Matches are distributed among these distances:
14 20 0.56
16 3 0.08
17 3 0.08
19 10 0.28
ACGTcount: A:0.09, C:0.25, G:0.23, T:0.44
Consensus pattern (14 bp):
CGTTGCGATTCTCT
Found at i:57617 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 57575--57709 Score: 162
Period size: 33 Copynumber: 3.8 Consensus size: 33
57565 CTATAATCGA
57575 GTTGCGATTTTCATTTCGCGTTGCGATTCTCTC
1 GTTGCGATTTTCATTTCGCGTTGCGATTCTCTC
57608 GTTGCGATTTTCATTTCGCGTTGCGATTCTCTC
1 GTTGCGATTTTCATTTCGCGTTGCGATTCTCTC
* * *
57641 GTTGCGATTTTCGTTTCGCATTGCAATTTTCATTCTCTC
1 GTTGCGATTTTCATTTCGCGTTGC------GATTCTCTC
*
57680 GTTGCGATTTTCATTTTTCACGTTGCGATT
1 GTTGCGATTTTCA--TTTCGCGTTGCGATT
57710 TTAAGTTCCA
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 7, Indels: 14
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
33 55 0.63
35 3 0.03
39 20 0.23
41 9 0.10
ACGTcount: A:0.11, C:0.22, G:0.19, T:0.47
Consensus pattern (33 bp):
GTTGCGATTTTCATTTCGCGTTGCGATTCTCTC
Found at i:57705 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 57640--57711 Score: 74
Period size: 21 Copynumber: 3.6 Consensus size: 20
57630 GCGATTCTCT
* *
57640 CGTTGCGATTTTC-GTTTCG
1 CGTTGCGATTTTCATTTTCA
* * * *
57659 CATTGCAATTTTCATTCTCT
1 CGTTGCGATTTTCATTTTCA
57679 CGTTGCGATTTTCATTTTTCA
1 CGTTGCGATTTTCA-TTTTCA
57700 CGTTGCGATTTT
1 CGTTGCGATTTT
57712 AAGTTCCAGA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 9, Indels: 2
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.26
20 15 0.36
21 16 0.38
ACGTcount: A:0.12, C:0.21, G:0.17, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
CGTTGCGATTTTCATTTTCA
Found at i:58188 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 58164--58230 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 3.2 Consensus size: 21
58154 TCATTCCTCG
58164 AGAGTCCCCTCCCACCGTTCA
1 AGAGTCCCCTCCCACCGTTCA
* * ** * *
58185 AGAGGCCACTGTCATCGTTGA
1 AGAGTCCCCTCCCACCGTTCA
*
58206 AGAGGT-CCCTCCCACCATTCA
1 AGA-GTCCCCTCCCACCGTTCA
58227 AGAG
1 AGAG
58231 CCCGATTCAC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 13, Indels: 3
0.67 0.27 0.06
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.03
21 30 0.94
22 1 0.03
ACGTcount: A:0.24, C:0.36, G:0.21, T:0.19
Consensus pattern (21 bp):
AGAGTCCCCTCCCACCGTTCA
Found at i:58188 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 58112--58230 Score: 109
Period size: 42 Copynumber: 2.8 Consensus size: 42
58102 GACTCGCCTG
* * * * *
58112 TCATCTCTC-AAGAGTCCACTCCTATCGTTGAAGAGGCCCCTA
1 TCATC-CTCGAAGAGTCCCCTCCCACCGTTCAAGAGGCCACTA
*
58154 TCATTCCTCG-AGAGTCCCCTCCCACCGTTCAAGAGGCCACTG
1 TCA-TCCTCGAAGAGTCCCCTCCCACCGTTCAAGAGGCCACTA
* * *
58196 TCATCGTTGAAGAGGT-CCCTCCCACCATTCAAGAG
1 TCATCCTCGAAGA-GTCCCCTCCCACCGTTCAAGAG
58231 CCCGATTCAC
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 9, Indels: 8
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.06
42 56 0.88
43 4 0.06
ACGTcount: A:0.23, C:0.35, G:0.18, T:0.24
Consensus pattern (42 bp):
TCATCCTCGAAGAGTCCCCTCCCACCGTTCAAGAGGCCACTA
Found at i:59601 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 59582--59617 Score: 63
Period size: 14 Copynumber: 2.6 Consensus size: 14
59572 ATTGTTTAAT
59582 TGATTTGTAAAAGA
1 TGATTTGTAAAAGA
*
59596 TGATTTGTAAAAGT
1 TGATTTGTAAAAGA
59610 TGATTTGT
1 TGATTTGT
59618 TTAATTGATG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 21 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.22, T:0.44
Consensus pattern (14 bp):
TGATTTGTAAAAGA
Found at i:59740 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 59716--59808 Score: 59
Period size: 19 Copynumber: 5.2 Consensus size: 18
59706 TTGAAGGCAA
* *
59716 AAATGACTATCGTAATGCG
1 AAATGAC-ATCGCAACGCG
59735 AAATGAACATCGCAACGCG
1 AAATG-ACATCGCAACGCG
*
59754 AAATGAAAATCGCAA--CG
1 AAATG-ACATCGCAACGCG
** *
59771 -AGGGA-ATCGCAAAGCG
1 AAATGACATCGCAACGCG
*
59787 AAATGAAAATCGCAACGCG
1 AAATG-ACATCGCAACGCG
59806 AAA
1 AAA
59809 CTAAATTCGC
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 8, Indels: 12
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.12
15 1 0.02
16 4 0.07
17 4 0.07
18 1 0.02
19 41 0.68
20 2 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.19, G:0.23, T:0.13
Consensus pattern (18 bp):
AAATGACATCGCAACGCG
Found at i:59818 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 59732--59808 Score: 74
Period size: 19 Copynumber: 4.3 Consensus size: 19
59722 CTATCGTAAT
* *
59732 GCGAAATGAACATCGCAAC
1 GCGAAATGAAAATCGCAAA
59751 GCGAAATGAAAATCGC-AA
1 GCGAAATGAAAATCGCAAA
**
59769 -CG--A-GGGAATCGCAAA
1 GCGAAATGAAAATCGCAAA
*
59784 GCGAAATGAAAATCGCAAC
1 GCGAAATGAAAATCGCAAA
59803 GCGAAA
1 GCGAAA
59809 CTAAATTCGC
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 7, Indels: 10
0.73 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.15
15 3 0.07
16 2 0.04
17 2 0.04
18 2 0.04
19 30 0.65
ACGTcount: A:0.45, C:0.21, G:0.25, T:0.09
Consensus pattern (19 bp):
GCGAAATGAAAATCGCAAA
Found at i:59836 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 59814--59944 Score: 103
Period size: 19 Copynumber: 7.7 Consensus size: 19
59804 CGAAACTAAA
*
59814 TTCGCGTTGCGATTTTCAT
1 TTCGCATTGCGATTTTCAT
* *
59833 TTCGCTTTGCGA--TTC-C
1 TTCGCATTGCGATTTTCAT
*
59849 CTCG--TTGCGATTTTCAT
1 TTCGCATTGCGATTTTCAT
59866 TTCGCATTGCGA--TTC--
1 TTCGCATTGCGATTTTCAT
*
59881 -TCTCATTGCGATTTTCAT
1 TTCGCATTGCGATTTTCAT
59899 TTCGCATTGCGA--TTC-T
1 TTCGCATTGCGATTTTCAT
*
59915 CTCG--TTGCGATTTTCAT
1 TTCGCATTGCGATTTTCAT
59932 TTCGCATTGCGAT
1 TTCGCATTGCGAT
59945 AGTCATTTTC
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 9, Indels: 30
0.69 0.07 0.24
Matches are distributed among these distances:
14 22 0.25
16 16 0.18
17 16 0.18
19 34 0.39
ACGTcount: A:0.12, C:0.24, G:0.18, T:0.45
Consensus pattern (19 bp):
TTCGCATTGCGATTTTCAT
Found at i:59860 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 59818--59944 Score: 227
Period size: 33 Copynumber: 3.8 Consensus size: 33
59808 ACTAAATTCG
* *
59818 CGTTGCGATTTTCATTTCGCTTTGCGATTCCCT
1 CGTTGCGATTTTCATTTCGCATTGCGATTCTCT
59851 CGTTGCGATTTTCATTTCGCATTGCGATTCTCT
1 CGTTGCGATTTTCATTTCGCATTGCGATTCTCT
*
59884 CATTGCGATTTTCATTTCGCATTGCGATTCTCT
1 CGTTGCGATTTTCATTTCGCATTGCGATTCTCT
59917 CGTTGCGATTTTCATTTCGCATTGCGAT
1 CGTTGCGATTTTCATTTCGCATTGCGAT
59945 AGTCATTTTC
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 4, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 90 1.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.24, G:0.18, T:0.45
Consensus pattern (33 bp):
CGTTGCGATTTTCATTTCGCATTGCGATTCTCT
Found at i:59889 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 59870--59926 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 3.7 Consensus size: 14
59860 TTTCATTTCG
59870 CATTGCGATTCTCT
1 CATTGCGATTCTCT
*
59884 CATTGCGATTTTCATTTCG
1 CATTGCGA--TTC---TCT
59903 CATTGCGATTCTCT
1 CATTGCGATTCTCT
*
59917 CGTTGCGATT
1 CATTGCGATT
59927 TTCATTTCGC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 10
0.73 0.06 0.21
Matches are distributed among these distances:
14 19 0.54
16 3 0.09
17 3 0.09
19 10 0.29
ACGTcount: A:0.14, C:0.25, G:0.18, T:0.44
Consensus pattern (14 bp):
CATTGCGATTCTCT
Found at i:59950 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 59884--59971 Score: 60
Period size: 19 Copynumber: 4.8 Consensus size: 19
59874 GCGATTCTCT
**
59884 CATTGCGATTTTCATTTCG
1 CATTGCGATAGTCATTTCG
*
59903 CATTGCGAT--TC-TCTCG
1 CATTGCGATAGTCATTTCG
**
59919 --TTGCGATTTTCATTTCG
1 CATTGCGATAGTCATTTCG
59936 CATTGCGATAGTCATTTTCG
1 CATTGCGATAGTCA-TTTCG
* * *
59956 CGTTGTGATAGACATT
1 CATTGCGATAGTCATT
59972 AAGATGATTG
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 7, Indels: 12
0.75 0.09 0.16
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.12
16 6 0.11
17 6 0.11
19 21 0.38
20 16 0.29
ACGTcount: A:0.17, C:0.20, G:0.19, T:0.43
Consensus pattern (19 bp):
CATTGCGATAGTCATTTCG
Found at i:59956 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 59931--59971 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
59921 GCGATTTTCA
*
59931 TTTCGCATTGCGATAGTCAT
1 TTTCGCATTGCGATAGACAT
* *
59951 TTTCGCGTTGTGATAGACAT
1 TTTCGCATTGCGATAGACAT
59971 T
1 T
59972 AAGATGATTG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 18 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.17, G:0.22, T:0.41
Consensus pattern (20 bp):
TTTCGCATTGCGATAGACAT
Found at i:63411 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 63377--63543 Score: 126
Period size: 20 Copynumber: 8.3 Consensus size: 20
63367 AGAATCTCGT
63377 TGCGATTAC-TAAATCGCAA
1 TGCGATTACGTAAATCGCAA
63396 TGCGATTACGTAAATCGCAA
1 TGCGATTACGTAAATCGCAA
* *
63416 TGCGAATACGT-AATCGCAT
1 TGCGATTACGTAAATCGCAA
* * * *
63435 TGCGATTTTCCTAATTCGCAT
1 TGCGA-TTACGTAAATCGCAA
*
63456 TGCGATTTACGT-AATCGCAT
1 TGCGA-TTACGTAAATCGCAA
* *
63476 TGCGATTTACGT-ATTCGCAT
1 TGCGA-TTACGTAAATCGCAA
* *
63496 TGCGATTTAGGAAAATCGCAA
1 TGCGA-TTACGTAAATCGCAA
* ** *
63517 CGCGAATTTGGGAAATCGCAA
1 TGCG-ATTACGTAAATCGCAA
63538 TGCGAT
1 TGCGAT
63544 AGTTAGAATC
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 18, Indels: 9
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
19 21 0.17
20 61 0.49
21 42 0.34
22 1 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.21, T:0.30
Consensus pattern (20 bp):
TGCGATTACGTAAATCGCAA
Found at i:63454 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 63376--63504 Score: 146
Period size: 20 Copynumber: 6.5 Consensus size: 21
63366 CAGAATCTCG
*
63376 TTGCGA-TTAC-TAAATCGCA
1 TTGCGATTTACGTAATTCGCA
* *
63395 ATGCGA-TTACGTAAATCGCA
1 TTGCGATTTACGTAATTCGCA
* *
63415 ATGCGA-ATACGTAA-TCGCA
1 TTGCGATTTACGTAATTCGCA
* *
63434 TTGCGATTTTCCTAATTCGCA
1 TTGCGATTTACGTAATTCGCA
63455 TTGCGATTTACGTAA-TCGCA
1 TTGCGATTTACGTAATTCGCA
63475 TTGCGATTTACGT-ATTCGCA
1 TTGCGATTTACGTAATTCGCA
63495 TTGCGATTTA
1 TTGCGATTTA
63505 GGAAAATCGC
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 8, Indels: 7
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
19 20 0.20
20 60 0.61
21 18 0.18
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (21 bp):
TTGCGATTTACGTAATTCGCA
Found at i:63454 original size:60 final size:61
Alignment explanation
Indices: 63385--63544 Score: 171
Period size: 61 Copynumber: 2.6 Consensus size: 61
63375 GTTGCGATTA
63385 CTAAATCGCAATGCGA-TTACGTAAATCGCAATGCGA-ATACGTAATCGCATTGCGATTTTC
1 CTAAATCGCAATGCGATTTACGT-AATCGCAATGCGATATACGTAATCGCATTGCGATTTTC
* * * * * **
63445 CTAATTCGCATTGCGATTTACGTAATCGCATTGCGATTTACGTATTCGCATTGCGATTTAG
1 CTAAATCGCAATGCGATTTACGTAATCGCAATGCGATATACGTAATCGCATTGCGATTTTC
** * ** *
63506 GAAAATCGCAACGCGAATTTGGGAAATCGCAATGCGATA
1 CTAAATCGCAATGCG-ATTTACGTAATCGCAATGCGATA
63545 GTTAGAATCG
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 17, Indels: 4
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
60 26 0.32
61 36 0.45
62 18 0.22
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (61 bp):
CTAAATCGCAATGCGATTTACGTAATCGCAATGCGATATACGTAATCGCATTGCGATTTTC
Found at i:63504 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 63376--63502 Score: 161
Period size: 40 Copynumber: 3.2 Consensus size: 40
63366 CAGAATCTCG
* *
63376 TTGCGATTAC-TAAATCGCAATGCGA-TTACGTAAATCGCA
1 TTGCGATTACGT-AATCGCATTGCGATTTACGTAATTCGCA
* * * *
63415 ATGCGAATACGTAATCGCATTGCGATTTTCCTAATTCGCA
1 TTGCGATTACGTAATCGCATTGCGATTTACGTAATTCGCA
63455 TTGCGATTTACGTAATCGCATTGCGATTTACGT-ATTCGCA
1 TTGCGA-TTACGTAATCGCATTGCGATTTACGTAATTCGCA
63495 TTGCGATT
1 TTGCGATT
63503 TAGGAAAATC
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 10, Indels: 6
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
39 22 0.29
40 30 0.40
41 23 0.31
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (40 bp):
TTGCGATTACGTAATCGCATTGCGATTTACGTAATTCGCA
Found at i:63530 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 63500--63542 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
63490 TCGCATTGCG
63500 ATTTAGGAAAATCGCAACGCGA
1 ATTTAGG-AAATCGCAACGCGA
* *
63522 ATTTGGGAAATCGCAATGCGA
1 ATTTAGGAAATCGCAACGCGA
63543 TAGTTAGAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 13 0.68
22 6 0.32
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.26, T:0.21
Consensus pattern (21 bp):
ATTTAGGAAATCGCAACGCGA
Found at i:68581 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 68575--68622 Score: 71
Period size: 3 Copynumber: 16.0 Consensus size: 3
68565 TTTACCCATT
*
68575 TTA TTA TTA TTA -TA TTA TTA TTA TAA TTA TTA TATA TTA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T-TA TTA TTA TTA
68620 TTA
1 TTA
68623 AAAAAATAAA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 2, Indels: 4
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.05
3 36 0.88
4 3 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.00, T:0.62
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:70068 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 70039--70076 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
70029 AATTTATATT
*
70039 TATTTTTTTAATTATTTTAA
1 TATTTATTTAATTATTTTAA
*
70059 TATTTATTTATTTATTTT
1 TATTTATTTAATTATTTT
70077 TCAACATCGA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.00, T:0.74
Consensus pattern (20 bp):
TATTTATTTAATTATTTTAA
Found at i:74129 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 74111--74142 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
74101 GATCAATACC
74111 TTTTGCATACATGCA
1 TTTTGCATACATGCA
*
74126 TTTTGCATACATTCA
1 TTTTGCATACATGCA
74141 TT
1 TT
74143 ATTCATTGCA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 16 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (15 bp):
TTTTGCATACATGCA
Found at i:82771 original size:93 final size:93
Alignment explanation
Indices: 82612--82801 Score: 328
Period size: 93 Copynumber: 2.0 Consensus size: 93
82602 AGAAGACCCA
*
82612 ATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGATTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCCTAAAAACCAA
1 ATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCCTAAAAACCAA
*
82677 TCATTAAATTTGGAAGATGAATGTGCTC
66 TCATTAAATTTGAAAGATGAATGTGCTC
82705 ATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCAC-AAAAACCA
1 ATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACC-CTAAAAACCA
**
82769 ATCATTGGATTTGAAAGATGAATGTGCTC
65 ATCATTAAATTTGAAAGATGAATGTGCTC
82798 ATAG
1 ATAG
82802 TAGAAATAAG
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 4, Indels: 2
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
93 91 0.99
94 1 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.21, T:0.35
Consensus pattern (93 bp):
ATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCCTAAAAACCAA
TCATTAAATTTGAAAGATGAATGTGCTC
Found at i:82855 original size:208 final size:209
Alignment explanation
Indices: 82496--82916 Score: 765
Period size: 208 Copynumber: 2.0 Consensus size: 209
82486 CGTAGAACCA
82496 ATAGCATCTTCTGGAAGTATTCTTTGAATTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCTAAAAAAAACA
1 ATAGCATCTTCTGGAAGTATTCTTTGAATTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCTAAAAAAAACA
82561 ATCATTGGATTTGAAAGATGAATGTGCTCATAGTAGAAATAAGAAGACCCAATAGCATCTTCTGG
66 ATCATTGGATTTGAAAGATGAATGTGCTCATAGTAGAAATAAGAAGACCCAATAGCATCTTCTGG
*
82626 AAGTGTTCTTTGATTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACC-CTAAAAACCAATCATTAAATTTGG
131 AAGTGTTCTTTGATTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCAC-AAAAACCAATCATTAAATTTGA
82690 AAGATGAATGTGCTC
195 AAGATGAATGTGCTC
* * * *
82705 ATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACC-ACAAAAACCA
1 ATAGCATCTTCTGGAAGTATTCTTTGAATTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCTAAAAAAAACA
82769 ATCATTGGATTTGAAAGATGAATGTGCTCATAGTAGAAATAAGAAGACCCAATAGCATCTTCTGG
66 ATCATTGGATTTGAAAGATGAATGTGCTCATAGTAGAAATAAGAAGACCCAATAGCATCTTCTGG
*
82834 AAGTGTTCTTTGATTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAAAAACCAATCATTAGATTTGAA
131 AAGTGTTCTTTGATTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAAAAACCAATCATTAAATTTGAA
82899 AGATGAATGTGCTC
196 AGATGAATGTGCTC
82913 ATAG
1 ATAG
82917 TAGAAATAAG
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 6, Indels: 3
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
208 152 0.74
209 53 0.26
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (209 bp):
ATAGCATCTTCTGGAAGTATTCTTTGAATTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCTAAAAAAAACA
ATCATTGGATTTGAAAGATGAATGTGCTCATAGTAGAAATAAGAAGACCCAATAGCATCTTCTGG
AAGTGTTCTTTGATTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAAAAACCAATCATTAAATTTGAA
AGATGAATGTGCTC
Found at i:83043 original size:114 final size:115
Alignment explanation
Indices: 82705--83018 Score: 560
Period size: 115 Copynumber: 2.7 Consensus size: 115
82695 GAATGTGCTC
82705 ATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAAAAACCAA
1 ATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAAAAACCAA
82770 TCATTGGATTTGAAAGATGAATGTGCTCATAGTAGAAATAAGAAGACCCA
66 TCATTGGATTTGAAAGATGAATGTGCTCATAGTAGAAATAAGAAGACCCA
*
82820 ATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGATTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAAAAACCAA
1 ATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAAAAACCAA
*
82885 TCATTAGATTTGAAAGATGAATGTGCTCATAGTAGAAATAAGAAGACCCA
66 TCATTGGATTTGAAAGATGAATGTGCTCATAGTAGAAATAAGAAGACCCA
* *
82935 ATAGCATCTT-TGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTAGGAACCAC-AGAACCAA
1 ATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAAAAACCAA
* *
82998 TCATTGGAATTAAAAGATGAA
66 TCATTGGATTTGAAAGATGAA
83019 CTGCATGATC
Statistics
Matches: 191, Mismatches: 8, Indels: 2
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
113 25 0.13
114 43 0.23
115 123 0.64
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.21, T:0.31
Consensus pattern (115 bp):
ATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAAAAACCAA
TCATTGGATTTGAAAGATGAATGTGCTCATAGTAGAAATAAGAAGACCCA
Found at i:84004 original size:113 final size:112
Alignment explanation
Indices: 83735--84681 Score: 1103
Period size: 113 Copynumber: 8.4 Consensus size: 112
83725 CAGCTTTTCC
* * * *
83735 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAATTTGTTCAACCTTTTGTTTAAATTCATCATTTGATGGATTA
1 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTTAAATTCATCA-TTGATGGATCA
* * * *
83800 ACATTGCCAGGTAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCATCTGAAGAAGGA
65 GCTTTTCCAGTTAGAGTTCATAATGAGAAGAA--C-TCATCTGAAGAAGGA
* * *
83851 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTTGAATTCATGATTCAATGGATCA
1 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTTAAATTCATCATT-GATGGATCA
* *
83916 GCGTTTCCAGTTCGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGAAGGA
65 GCTTTTCCAGTTAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGAAGGA
* ** * * *
83964 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAGCTTACTCAACTTTTTGCTTGAATTCATGATTCAATGGATCA
1 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTTAAATTCATCATT-GATGGATCA
* * * *
84029 GCGTTACCAGTTCGAGTTCATATTGAGAAGAACTCATCTGAAGAAGGA
65 GCTTTTCCAGTTAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGAAGGA
* * *
84077 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGATCAAATCCATCACTTGATGGATCA
1 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTTAAATTCATCA-TTGATGGATCA
* ** *
84142 GTTTTTCCAGAGAAAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGAA-GA
65 GCTTTTCCAGTTAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGAAGGA
* *
84189 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGATTGAATTCATCATTTGATGGATCA
1 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTTAAATTCATCA-TTGATGGATCA
* * *
84254 GTTTTTCAAG--AGAAGTTCATAATGAGAA-AACTCATTTGAAGAAGGA
65 GCTTTTCCAGTTAG-AGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGAAGGA
* * * *
84300 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAATTTGTTCAACCTTTTGTTTAAATTCATCATTTGATGGATTA
1 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTTAAATTCATCA-TTGATGGATCA
* * * * *
84365 ACATTGCCAGGTAGAGTTCATAATAAGAAGAACTCATCATCTGAAGAAGGA
65 GCTTTTCCAGTTAGAGTTCATAATGAGAAGAA--C-TCATCTGAAGAAGGA
* * * * * * *
84416 AGAAGAAATTCATAATGAGAAGAATTTGTTCAACCTTTTGCTCAAATCCATCGCTTGATGGATTA
1 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTTAAATTCATC-ATTGATGGATCA
* * * *
84481 GCTTTTTCAATTTGAGATCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGAAGGA
65 GCTTTTCCAGTTAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGAAGGA
* * * *
84529 AGAATAAGTTCATAATGAGAAGAATTTGTTCAACTTTTTGCTCAAATCCATCACTTGATGGATCA
1 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTTAAATTCATCA-TTGATGGATCA
* *** * * *
84594 GTTTTTCCAAAAAAAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGGAGAA
65 GCTTTTCCAGTTAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGAAGGA
* *
84642 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAGA-TTATTCAACCTTTTG
1 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGA-ACTTGTTCAACTTTTTG
84682 AATGACTCTA
Statistics
Matches: 734, Mismatches: 84, Indels: 29
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
110 15 0.02
111 82 0.11
112 86 0.12
113 365 0.50
114 5 0.01
115 3 0.00
116 178 0.24
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (112 bp):
AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTTAAATTCATCATTGATGGATCAG
CTTTTCCAGTTAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGAAGGA
Found at i:84581 original size:452 final size:453
Alignment explanation
Indices: 83735--84682 Score: 1325
Period size: 452 Copynumber: 2.1 Consensus size: 453
83725 CAGCTTTTCC
* *
83735 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAATTTGTTCAACCTTTTGTTTAAATTCATCATTTGATGGATTA
1 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAA-TTGTTCAACCTTTTGATTAAATTCATCATTTGATGGATCA
*
83800 ACATTGCCAGGTAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCATCTGAAGAAGGAAGAAGAAGTTCATA
65 ACATTGCAAGGTAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCAT-ATCTGAAGAAGGAAGAAGAAGTTCATA
* * * * * * * *
83865 ATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTTGAATTCATGATTCAATGGATCAGCGTTTCCAGTTCG
129 ATGAGAAGAACTTGTTCAACCTTTTGCTTAAATTCATCATTCAATGGATCAACATTGCCAGGTAG
* * *
83930 AGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGAAGGAAGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAGCTTACTC
194 AGTTCATAATAAGAAGAACTCATCTGAAGAAGGAAGAAGAAATTCATAATGAGAAGAACTTACTC
* ** * * * *
83995 AACTTTTTGCTTGAATTCATGATTCAATGGATCAGCGTTACCAGTTCGAGTTCATATTGAGAAGA
259 AACCTTTTGCTCAAATCCATGATTCAATGGATCAGCGTTACCAATTCGAGATCATAATGAGAAGA
84060 ACTCATCTGAAGAAGGAAGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGATCAAATC
324 ACTCATCTGAAGAAGGAAGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGATCAAATC
* *
84125 CATCACTTGATGGATCAGTTTTTCCAGAGAAAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGAAG-A
389 CATCACTTGATGGATCAGTTTTTCCAAAAAAAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGAAGAA
* *
84189 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGATTGAATTCATCATTTGATGGATCA
1 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAA-TTGTTCAACCTTTTGATTAAATTCATCATTTGATGGATCA
*** *
84254 GTTTTTCAA-G-AGAAGTTCATAATGAGAA-AACTCAT-T-TGAAGAAGGAAGAAGAAGTTCATA
65 ACATTGCAAGGTAG-AGTTCATAATGAGAAGAACTCATATCTGAAGAAGGAAGAAGAAGTTCATA
* * ** *
84314 ATGAGAAGAATTTGTTCAACCTTTTGTTTAAATTCATCATTTGATGGATTAACATTGCCAGGTAG
129 ATGAGAAGAACTTGTTCAACCTTTTGCTTAAATTCATCATTCAATGGATCAACATTGCCAGGTAG
* *
84379 AGTTCATAATAAGAAGAACTCATCATCTGAAGAAGGAAGAAGAAATTCATAATGAGAAGAATTTG
194 AGTTCATAATAAGAAGAA--C-TCATCTGAAGAAGGAAGAAGAAATTCATAATGAGAAGAACTTA
* * * * * ** *
84444 TTCAACCTTTTGCTCAAATCCATCGCTT-GATGGATTAGCTTTTTCAATTTGAGATCATAATGAG
256 CTCAACCTTTTGCTCAAATCCAT-GATTCAATGGATCAGCGTTACCAATTCGAGATCATAATGAG
* * *
84508 AAGAACTCATCTGAAGAAGGAAGAATAAGTTCATAATGAGAAGAATTTGTTCAACTTTTTGCTCA
320 AAGAACTCATCTGAAGAAGGAAGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGATCA
*
84573 AATCCATCACTTGATGGATCAGTTTTTCCAAAAAAAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGG
385 AATCCATCACTTGATGGATCAGTTTTTCCAAAAAAAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGA
84638 AGAA
450 AGAA
*
84642 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAGATTATTCAACCTTTTGA
1 AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGA-ATTGTTCAACCTTTTGA
84683 ATGACTCTAT
Statistics
Matches: 436, Mismatches: 51, Indels: 15
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
449 93 0.21
450 1 0.00
451 1 0.00
452 219 0.50
453 57 0.13
454 65 0.15
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (453 bp):
AGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAATTGTTCAACCTTTTGATTAAATTCATCATTTGATGGATCAA
CATTGCAAGGTAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATATCTGAAGAAGGAAGAAGAAGTTCATAAT
GAGAAGAACTTGTTCAACCTTTTGCTTAAATTCATCATTCAATGGATCAACATTGCCAGGTAGAG
TTCATAATAAGAAGAACTCATCTGAAGAAGGAAGAAGAAATTCATAATGAGAAGAACTTACTCAA
CCTTTTGCTCAAATCCATGATTCAATGGATCAGCGTTACCAATTCGAGATCATAATGAGAAGAAC
TCATCTGAAGAAGGAAGAAGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGATCAAATCCA
TCACTTGATGGATCAGTTTTTCCAAAAAAAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGAAGAA
Found at i:84912 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 84906--84950 Score: 65
Period size: 3 Copynumber: 15.0 Consensus size: 3
84896 TTTACCCATT
*
84906 TTA TTA TTA TTA TAA TTA TTA TTA -TA TTA TTA TATA TTA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T-TA TTA TTA TTA
84951 AAATAATAAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 4
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.05
3 33 0.87
4 3 0.08
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.00, T:0.62
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:84958 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 84952--84978 Score: 54
Period size: 3 Copynumber: 9.0 Consensus size: 3
84942 TTATTATTAA
84952 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
84979 TACAAACAGG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 24 1.00
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:87980 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 87953--87998 Score: 56
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
87943 CATCACAGCT
* *
87953 CGTATAAAATACACCGAAGTGCTG
1 CGTAGAAAATACACCAAAGTGCTG
* *
87977 CGTAGAATATGCACCAAAGTGC
1 CGTAGAAAATACACCAAAGTGC
87999 CATATAGAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 4, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 18 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.22, G:0.22, T:0.20
Consensus pattern (24 bp):
CGTAGAAAATACACCAAAGTGCTG
Found at i:88115 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 88091--88154 Score: 85
Period size: 21 Copynumber: 3.0 Consensus size: 21
88081 AGGACAAAAC
88091 ATATATCTCGAAGGATCACAT
1 ATATATCTCGAAGGATCACAT
*
88112 ATATAT-TCCCAAGGATCACAT
1 ATATATCT-CGAAGGATCACAT
* *
88133 ATATATCCCGAAGGACCACAT
1 ATATATCTCGAAGGATCACAT
88154 A
1 A
88155 GAACCCTCGA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 4
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.03
21 36 0.97
ACGTcount: A:0.39, C:0.23, G:0.12, T:0.25
Consensus pattern (21 bp):
ATATATCTCGAAGGATCACAT
Found at i:88126 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 88060--88154 Score: 120
Period size: 42 Copynumber: 2.3 Consensus size: 42
88050 ATTGTCCCAT
* *
88060 AGGACCACATATATGTTCCAAAGGA-CAAAACATATATCTCGA
1 AGGACCACATATATATTCCAAAGGATC-AAACATATATCCCGA
* * * *
88102 AGGATCACATATATATTCCCAAGGATCACATATATATCCCGA
1 AGGACCACATATATATTCCAAAGGATCAAACATATATCCCGA
88144 AGGACCACATA
1 AGGACCACATA
88155 GAACCCTCGA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 7, Indels: 2
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 44 0.98
43 1 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.23, G:0.14, T:0.22
Consensus pattern (42 bp):
AGGACCACATATATATTCCAAAGGATCAAACATATATCCCGA
Found at i:88891 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 88845--88913 Score: 97
Period size: 35 Copynumber: 2.0 Consensus size: 35
88835 CATTCTAAAA
88845 ATGGTACCGATACCT-CCAAATT-GGTATCGATACCC
1 ATGGTACCGATA-CTACC-AATTCGGTATCGATACCC
*
88880 ATGGTACCGATACTACCACTTCGGTATCGATACC
1 ATGGTACCGATACTACCAATTCGGTATCGATACC
88914 TTAAGAAGAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 4
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
34 5 0.16
35 26 0.84
ACGTcount: A:0.28, C:0.29, G:0.17, T:0.26
Consensus pattern (35 bp):
ATGGTACCGATACTACCAATTCGGTATCGATACCC
Found at i:93339 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 93314--93351 Score: 67
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
93304 GTTAAGGTTG
93314 GTTAAAGCTGTTAGCAGGAT
1 GTTAAAGCTGTTAGCAGGAT
*
93334 GTTAAATCTGTTAGCAGG
1 GTTAAAGCTGTTAGCAGG
93352 GAGTTGAAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 17 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.29, T:0.32
Consensus pattern (20 bp):
GTTAAAGCTGTTAGCAGGAT
Found at i:109211 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 109204--109236 Score: 66
Period size: 2 Copynumber: 16.5 Consensus size: 2
109194 TATTCCGAAT
109204 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
109237 TAATTAAAAG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 31 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:111598 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 111578--111609 Score: 64
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
111568 TACATCTGTC
111578 ATCCATTATGATGTG
1 ATCCATTATGATGTG
111593 ATCCATTATGATGTG
1 ATCCATTATGATGTG
111608 AT
1 AT
111610 GCTAATCTCT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 17 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.12, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (15 bp):
ATCCATTATGATGTG
Found at i:112776 original size:59 final size:60
Alignment explanation
Indices: 112713--112840 Score: 195
Period size: 59 Copynumber: 2.1 Consensus size: 60
112703 CAAAGTAGAC
* * *
112713 AAATGGTCCCCTAACTATAGAATGTTGTTTTATTGAGTC-CTCGACTATTAAAAGTTACA
1 AAATGGTCACCTAACTATAGAATATTGCTTTATTGAGTCACTCGACTATTAAAAGTTACA
* * *
112772 AAATGATCACCTAACTATAGGATATTGCTTTCTTGAGTCACTCGACTATTAAAAGTTACA
1 AAATGGTCACCTAACTATAGAATATTGCTTTATTGAGTCACTCGACTATTAAAAGTTACA
112832 AAATGGTCA
1 AAATGGTCA
112841 TCCGGTTATT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 7, Indels: 1
0.88 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
59 33 0.54
60 28 0.46
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (60 bp):
AAATGGTCACCTAACTATAGAATATTGCTTTATTGAGTCACTCGACTATTAAAAGTTACA
Found at i:113165 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 113101--113231 Score: 203
Period size: 29 Copynumber: 4.6 Consensus size: 29
113091 TCAGAGACTA
113101 TTTGTAACTTTTAAT-ATCGA-GTGATCAT
1 TTTGTAACTTTTAATAATCGATG-GATCAT
*
113129 TTTGTAACTTTTAATAATAGATGGATCAT
1 TTTGTAACTTTTAATAATCGATGGATCAT
* *
113158 TTTATAACTTTTAATAGTCGATGGATCAT
1 TTTGTAACTTTTAATAATCGATGGATCAT
*
113187 TTTGTAACTTTTAATAGTCGATGGATCAT
1 TTTGTAACTTTTAATAATCGATGGATCAT
113216 TTTGTAACTTTTAATA
1 TTTGTAACTTTTAATA
113232 TTTGGGATAC
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 5, Indels: 3
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
28 15 0.16
29 80 0.83
30 1 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.09, G:0.14, T:0.47
Consensus pattern (29 bp):
TTTGTAACTTTTAATAATCGATGGATCAT
Found at i:115924 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 115916--115950 Score: 70
Period size: 3 Copynumber: 11.7 Consensus size: 3
115906 TTCGTCTCGC
115916 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TA
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TA
115951 ATTCTCTTTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 32 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.00, T:0.66
Consensus pattern (3 bp):
TAT
Found at i:117145 original size:31 final size:30
Alignment explanation
Indices: 117073--117253 Score: 245
Period size: 30 Copynumber: 6.0 Consensus size: 30
117063 TCATTTTTCC
* * * *
117073 ACCATATTTTATTCAACAGCACATGCCACA
1 ACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
*
117103 ACCATTTTTTATGCAACATCCCATGCCACT
1 ACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
* *
117133 ACCTTTTTTTTATTCAACATCCCATGGCACT
1 ACC-ATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
117164 ACCATTTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
1 ACCA-TTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
117195 ACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
1 ACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
* * * *
117225 GCCATCTTATATTCAATATCCCATGCCAC
1 ACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCAC
117254 CATCGTGCCC
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 14, Indels: 4
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
30 79 0.59
31 56 0.41
ACGTcount: A:0.28, C:0.32, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (30 bp):
ACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
Found at i:117203 original size:61 final size:60
Alignment explanation
Indices: 117073--117253 Score: 245
Period size: 61 Copynumber: 3.0 Consensus size: 60
117063 TCATTTTTCC
* * * * *
117073 ACCATATTTTATTCAACAGCACATGCCACAACCATTTTTTATGCAACATCCCATGCCACT
1 ACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACTACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
* *
117133 ACCTTTTTTTTATTCAACATCCCATGGCACTACCATTTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
1 ACC-ATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACTACCA-TTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
* * * *
117195 ACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACTGCCATCTTATATTCAATATCCCATGCCAC
1 ACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACTACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCAC
117254 CATCGTGCCC
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 13, Indels: 4
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
60 25 0.24
61 53 0.50
62 28 0.26
ACGTcount: A:0.28, C:0.32, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (60 bp):
ACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACTACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
Found at i:118663 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 118638--118688 Score: 66
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
118628 TTTTAGCCCA
*
118638 TATTTATTTTGCCTTCTTAC
1 TATTTATTTTACCTTCTTAC
* * *
118658 TATTTATTTAACCTTTTTAT
1 TATTTATTTTACCTTCTTAC
118678 TATTTATTTTA
1 TATTTATTTTA
118689 AATTAGTTAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 5, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 26 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.12, G:0.02, T:0.65
Consensus pattern (20 bp):
TATTTATTTTACCTTCTTAC
Found at i:131096 original size:97 final size:97
Alignment explanation
Indices: 130922--131445 Score: 757
Period size: 97 Copynumber: 5.4 Consensus size: 97
130912 TGAGAAGAAC
* * *
130922 TTGTCATTCTTGCTCGATTCCATCACATAAGGAGTTGGAACAACTCCAATACTTGGCTCATCTAT
1 TTGTCATTCTTGCTCGATTCCATCACATACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCATCCAT
* * *
130987 CGCATACAGAGTTGGATCAACATCATCAAATA
66 CGTATACGGAGTTGGATCAACATCATCAAACA
* * *
131019 TTGTCGTTCTTGCTCGATTCCATCACATACAGAGTTGGAACAACACCAATACATGGCTCATCCAT
1 TTGTCATTCTTGCTCGATTCCATCACATACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCATCCAT
*
131084 CGTATACGGAGTTGGATCAACATCATCAAATA
66 CGTATACGGAGTTGGATCAACATCATCAAACA
* *
131116 TTGT-ATTTCTTGCTCGATTCCATCACATACGAAGTTGGAACAACACTAATACTTGGCTCATCCA
1 TTGTCA-TTCTTGCTCGATTCCATCACATACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCATCCA
* *
131180 TCGCATACGGAGTTGGATCAACATAATCAAACA
65 TCGTATACGGAGTTGGATCAACATCATCAAACA
* * * * *
131213 TTATCATTCTGGCTCGATTCCATCACATACGGAGTTGTATCAGA-ACCAATACTTGGCTTATCCA
1 TTGTCATTCTTGCTCGATTCCATCACATACGGAGTTGGAACA-ACACCAATACTTGGCTCATCCA
131277 TCGTATACGGAGTTGGATCAACATCATCAAACA
65 TCGTATACGGAGTTGGATCAACATCATCAAACA
* * *
131310 TTGTCATTCTTGCTCGATTCCATCATATACGGAGTTGGAATAGCACCAATACTTGGCTCATCCAT
1 TTGTCATTCTTGCTCGATTCCATCACATACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCATCCAT
* * * *
131375 -TTCATACAGAGTTGGATCAGCATAATCAAACA
66 CGT-ATACGGAGTTGGATCAACATCATCAAACA
*
131407 TTGTCATTCTTGCTTGATTCCATCACATACGGAGTTGGA
1 TTGTCATTCTTGCTCGATTCCATCACATACGGAGTTGGA
131446 TCAGCATAAT
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 39, Indels: 10
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
96 1 0.00
97 380 0.99
98 2 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.16, T:0.30
Consensus pattern (97 bp):
TTGTCATTCTTGCTCGATTCCATCACATACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCATCCAT
CGTATACGGAGTTGGATCAACATCATCAAACA
Found at i:131454 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 131377--131500 Score: 203
Period size: 55 Copynumber: 2.3 Consensus size: 55
131367 TCATCCATTT
* * ** *
131377 CATACAGAGTTGGATCAGCATAATCAAACATTGTCATTCTTGCTTGATTCCATCA
1 CATACGGAGTTGGATCAGCATAATCAAACATTATCATTCTTGCTCAATTCCATAA
131432 CATACGGAGTTGGATCAGCATAATCAAACATTATCATTCTTGCTCAATTCCATAA
1 CATACGGAGTTGGATCAGCATAATCAAACATTATCATTCTTGCTCAATTCCATAA
131487 CATACGGAGTTGGA
1 CATACGGAGTTGGA
131501 ACAACACCAA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 5, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
55 64 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.21, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (55 bp):
CATACGGAGTTGGATCAGCATAATCAAACATTATCATTCTTGCTCAATTCCATAA
Found at i:131482 original size:152 final size:151
Alignment explanation
Indices: 131281--131602 Score: 482
Period size: 152 Copynumber: 2.1 Consensus size: 151
131271 TATCCATCGT
* * * * *
131281 ATACGGAGTTGGATCAACATCATCAAACATTGTCATTCTTGCTCGATTCCATCATATACGGAGTT
1 ATACGGAGTTGGATCAACATAATCAAACATTATCATTCTTGCTCAATTCCATAACATACGGAGTT
* * **
131346 GGAATAGCACCAATACTTGGCTCATCCATTTCATACAGAGTTGGATCAGCATAATCAAACATTGT
66 GGAACAACACCAATACTTGGCTCATCCATCGCATACAGAGTTGGATCAGCATAATC-AACATTGT
* *
131411 CATTCTTGCTTGATTCCATCAC
130 CATTCTTGCTCGATTCAATCAC
*
131433 ATACGGAGTTGGATCAGCATAATCAAACATTATCATTCTTGCTCAATTCCATAACATACGGAGTT
1 ATACGGAGTTGGATCAACATAATCAAACATTATCATTCTTGCTCAATTCCATAACATACGGAGTT
* *
131498 GGAACAACACCAATACTTGGCTCATCCATCGCATACGGAGTTGGATCAGCATCATCAACATTGTC
66 GGAACAACACCAATACTTGGCTCATCCATCGCATACAGAGTTGGATCAGCATAATCAACATTGTC
131563 ATTCTTGCTCGATTCAATCAC
131 ATTCTTGCTCGATTCAATCAC
* * *
131584 ATACGAAGATGGAACAACA
1 ATACGGAGTTGGATCAACA
131603 CCAATACTTG
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 18, Indels: 1
0.89 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
151 43 0.28
152 109 0.72
ACGTcount: A:0.32, C:0.23, G:0.16, T:0.29
Consensus pattern (151 bp):
ATACGGAGTTGGATCAACATAATCAAACATTATCATTCTTGCTCAATTCCATAACATACGGAGTT
GGAACAACACCAATACTTGGCTCATCCATCGCATACAGAGTTGGATCAGCATAATCAACATTGTC
ATTCTTGCTCGATTCAATCAC
Found at i:131534 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 131487--131638 Score: 117
Period size: 42 Copynumber: 3.3 Consensus size: 42
131477 AATTCCATAA
131487 CATACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCATCCATCG
1 CATACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCATCCATCG
* * * *
131529 CATACGGAGTTGGATCAGCATCATCAACATTGTCATTCTT-GCTCGATTCAATCA
1 CATACGGAGTTGGA--A-CA--A-CACCA-----ATACTTGGCTC-A-TCCATCG
* * *
131583 CATACGAAGATGGAACAACACCAATACTTGGATCATCCATCG
1 CATACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCATCCATCG
131625 CATACGGAGTTGGA
1 CATACGGAGTTGGA
131639 TCAGCATCAT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 13, Indels: 28
0.67 0.10 0.23
Matches are distributed among these distances:
42 31 0.37
43 6 0.07
44 4 0.05
45 2 0.02
47 1 0.01
48 8 0.10
49 1 0.01
51 2 0.02
52 5 0.06
53 6 0.07
54 17 0.20
ACGTcount: A:0.32, C:0.25, G:0.19, T:0.24
Consensus pattern (42 bp):
CATACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCATCCATCG
Found at i:131599 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 131425--131786 Score: 458
Period size: 97 Copynumber: 3.8 Consensus size: 96
131415 CTTGCTTGAT
* * *
131425 TCCATCACATACGGAGTTGGATCAGCATAATCAAACATTATCATTCTTGCTCAATTCCATAACAT
1 TCCATCACATACGGAGTTGGATCAGCATAATC-AACATTATCATTCTTGCTCGATTCAATCACAT
131490 ACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCA
65 ACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCA
* * *
131522 TCCATCGCATACGGAGTTGGATCAGCATCATCAACATTGTCATTCTTGCTCGATTCAATCACATA
1 TCCATCACATACGGAGTTGGATCAGCATAATCAACATTATCATTCTTGCTCGATTCAATCACATA
* * *
131587 CGAAGATGGAACAACACCAATACTTGGATCA
66 CGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCA
* * * * * * *
131618 TCCATCGCATACGGAGTTGGATCAGCATCATTAAACATTGTCATTTTTGCTTGATTCCATCACAT
1 TCCATCACATACGGAGTTGGATCAGCAT-AATCAACATTATCATTCTTGCTCGATTCAATCACAT
131683 ACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCA
65 ACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCA
* * * * * * * *
131715 TCCAACACATAAGAAGTTGGTTTAGCATAATCAATATTATCATT-TTCGTTCGATTC-ATCGCAT
1 TCCATCACATACGGAGTTGGATCAGCATAATCAACATTATCATTCTT-GCTCGATTCAATCACAT
*
131778 ATGGAGTTG
65 ACGGAGTTG
131787 AATCAATAAC
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 32, Indels: 6
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
95 16 0.07
96 104 0.45
97 111 0.48
ACGTcount: A:0.31, C:0.23, G:0.16, T:0.29
Consensus pattern (96 bp):
TCCATCACATACGGAGTTGGATCAGCATAATCAACATTATCATTCTTGCTCGATTCAATCACATA
CGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCA
Found at i:131709 original size:97 final size:97
Alignment explanation
Indices: 131425--131718 Score: 464
Period size: 97 Copynumber: 3.0 Consensus size: 97
131415 CTTGCTTGAT
* * * * * *
131425 TCCATCACATACGGAGTTGGATCAGCATAATCAAACATTATCATTCTTGCTCAATTCCATAACAT
1 TCCATCGCATACGGAGTTGGATCAGCATCATTAAACATTGTCATTCTTGCTCGATTCCATCACAT
131490 ACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCA
66 ACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCA
* *
131522 TCCATCGCATACGGAGTTGGATCAGCATCA-TCAACATTGTCATTCTTGCTCGATTCAATCACAT
1 TCCATCGCATACGGAGTTGGATCAGCATCATTAAACATTGTCATTCTTGCTCGATTCCATCACAT
* * *
131586 ACGAAGATGGAACAACACCAATACTTGGATCA
66 ACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCA
* *
131618 TCCATCGCATACGGAGTTGGATCAGCATCATTAAACATTGTCATTTTTGCTTGATTCCATCACAT
1 TCCATCGCATACGGAGTTGGATCAGCATCATTAAACATTGTCATTCTTGCTCGATTCCATCACAT
131683 ACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCA
66 ACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCA
131715 TCCA
1 TCCA
131719 ACACATAAGA
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 18, Indels: 2
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
96 87 0.49
97 91 0.51
ACGTcount: A:0.32, C:0.25, G:0.16, T:0.28
Consensus pattern (97 bp):
TCCATCGCATACGGAGTTGGATCAGCATCATTAAACATTGTCATTCTTGCTCGATTCCATCACAT
ACGGAGTTGGAACAACACCAATACTTGGCTCA
Found at i:131998 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 131964--132112 Score: 199
Period size: 30 Copynumber: 5.0 Consensus size: 30
131954 CATTTTTTCC
* *
131964 ACCATATTTTATTCAACATCACATGCCACT
1 ACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
* *
131994 ACCATTTTTTATGCAAAATCCCATGCCACT
1 ACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
* *
132024 ACCTTTTTTTATTCAACATCCCATGCCATT
1 ACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
132054 ACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
1 ACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
* * * * *
132084 ACTATCTTATATTCAATATCCCATACCAC
1 ACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCAC
132113 CACCGTGCCC
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 15, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 104 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.31, G:0.03, T:0.36
Consensus pattern (30 bp):
ACCATTTTTTATTCAACATCCCATGCCACT
Found at i:132190 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 132144--132210 Score: 98
Period size: 34 Copynumber: 1.9 Consensus size: 34
132134 ACCATAATCT
* * *
132144 ACAGATTCCAAGATCATCTCTACGCCCATGCCTCC
1 ACAGATTCCAAG-TCAGCTCCACACCCATGCCTCC
132179 ACAGATTCCAAGTCAGCTCCACACCCATGCCT
1 ACAGATTCCAAGTCAGCTCCACACCCATGCCT
132211 TGATGCTCTA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 1
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
34 17 0.59
35 12 0.41
ACGTcount: A:0.27, C:0.40, G:0.12, T:0.21
Consensus pattern (34 bp):
ACAGATTCCAAGTCAGCTCCACACCCATGCCTCC
Found at i:133561 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 133536--133586 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
133526 TTTTAACCCA
*
133536 TATTTACTTTGCCTTCTTAC
1 TATTTACTTTACCTTCTTAC
* * *
133556 TATTTATTTTACCTTTTTAT
1 TATTTACTTTACCTTCTTAC
*
133576 TATTTATTTTA
1 TATTTACTTTA
133587 AATTAGTTAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 27 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.14, G:0.02, T:0.65
Consensus pattern (20 bp):
TATTTACTTTACCTTCTTAC
Found at i:135863 original size:131 final size:131
Alignment explanation
Indices: 135688--136024 Score: 365
Period size: 131 Copynumber: 2.6 Consensus size: 131
135678 TCAGTATGAG
* * *
135688 TAATAAATGAATAC-TCTAAGGCATGAGAGGTCATTTATTTTCGATTGGAAATAATACGATATGA
1 TAATAAATGACTACTTC-AAGGCATGAGAGGTCATTTATTCTCGATTGGAAATAATACGATATTA
* * * * * * * *
135752 TCATTTTCTCTCGAATTAATAGTGATTTTTAGGATGGATTAGTGATATCTCTTCATTTCAATCGG
65 TCATTTTCTCTAGAATCAATAGTGAATTTTAAGATGAAATAGTAATATATCTTCATTTCAATCGG
135817 AA
130 AA
* * * * *
135819 TAATAAATGACTACTTCAAGGTATGAGAGATCATTTCTTCTCGATTGAAAATCAT-CAGATATTA
1 TAATAAATGACTACTTCAAGGCATGAGAGGTCATTTATTCTCGATTGGAAATAATAC-GATATTA
** * * * * * *
135883 TTGTTTTCACTAGAATCGATATTGAATTTTAAGATGAAATAGTAATATATCTTCGTTTCGATTGG
65 TCATTTTCTCTAGAATCAATAGTGAATTTTAAGATGAAATAGTAATATATCTTCATTTCAATCGG
*
135948 AG
130 AA
* * * *
135950 TAATAAATGACCATTTCAAGACATGAAAGGTCATTTATTCTCGATTGGAAATAATTA-GATATTA
1 TAATAAATGACTACTTCAAGGCATGAGAGGTCATTTATTCTCGATTGGAAATAA-TACGATATTA
136014 TCATTTTCTCT
65 TCATTTTCTCT
136025 TTTAAAATTA
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 37, Indels: 8
0.79 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
130 1 0.01
131 161 0.98
132 3 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (131 bp):
TAATAAATGACTACTTCAAGGCATGAGAGGTCATTTATTCTCGATTGGAAATAATACGATATTAT
CATTTTCTCTAGAATCAATAGTGAATTTTAAGATGAAATAGTAATATATCTTCATTTCAATCGGA
A
Found at i:136402 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 136375--136421 Score: 76
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 17
136365 AGTTTGTTGT
136375 TTTTAATTAAAATTAATA
1 TTTT-ATTAAAATTAATA
136393 TTTTATTAAAATTAATA
1 TTTTATTAAAATTAATA
*
136410 TTTTATCAAAAT
1 TTTTATTAAAAT
136422 GACAAATACA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
17 24 0.86
18 4 0.14
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (17 bp):
TTTTATTAAAATTAATA
Found at i:139568 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 139533--139731 Score: 92
Period size: 14 Copynumber: 13.4 Consensus size: 14
139523 CCTGAAGAAT
139533 GAAAGAAAAG-AAAA
1 GAAA-AAAAGAAAAA
*
139547 GAAGAAAAAAGAAGAA
1 G-A-AAAAAAGAAAAA
139563 GAAAAAAAGGGCAAAAA
1 GAAAAAAA--G-AAAAA
139580 GAAAATAAAG-AAAA
1 GAAAA-AAAGAAAAA
139594 GAAAAAGAA-AAAAA
1 GAAAAA-AAGAAAAA
139608 GAAAAAAAAGAAAAAAA
1 G-AAAAAAAG--AAAAA
*
139625 GAAAAAATGAAAAA
1 GAAAAAAAGAAAAA
139639 -ATGAAAAAAG-AAAA
1 GA--AAAAAAGAAAAA
*
139653 G-AAAAATGAAAAA
1 GAAAAAAAGAAAAA
139666 TGAAAAAAAAATGAAATAA
1 -G--AAAAAAA-GAAA-AA
* *
139685 TGAAATAATG--AAA
1 -GAAAAAAAGAAAAA
139698 -AAAAAAAGAAAAA
1 GAAAAAAAGAAAAA
*
139711 GAAAAAGAGAATAAA
1 GAAAAAAAGAA-AAA
*
139726 CAAAAA
1 GAAAAA
139732 GAGGTCTCCA
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 12, Indels: 53
0.69 0.06 0.25
Matches are distributed among these distances:
11 6 0.04
12 6 0.04
13 11 0.08
14 45 0.31
15 26 0.18
16 16 0.11
17 25 0.17
18 7 0.05
19 4 0.03
ACGTcount: A:0.78, C:0.01, G:0.16, T:0.06
Consensus pattern (14 bp):
GAAAAAAAGAAAAA
Found at i:139569 original size:23 final size:21
Alignment explanation
Indices: 139534--139658 Score: 110
Period size: 23 Copynumber: 5.7 Consensus size: 21
139524 CTGAAGAATG
*
139534 AAAGAAAAG-AAAAGAAGAAA
1 AAAGAAAAGAAAAAAAAGAAA
* *
139554 AAAGAAGAAGAAAAAAAGGGCAA
1 AAAGAA-AAGAAAAAAA-AGAAA
* *
139577 AAAGAAAATAAAGAAAAGAAAA
1 AAAGAAAAGAAAAAAAAG-AAA
*
139599 AGAAAAAAAGAAAAAAAAGAAAA
1 A-AAGAAAAGAAAAAAAAG-AAA
139622 AAAGAAAA-AATGAAAAAATGAAA
1 AAAGAAAAGAA--AAAAAA-GAAA
139645 AAAGAAAAGAAAAA
1 AAAGAAAAGAAAAA
139659 TGAAAAATGA
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 11, Indels: 16
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.07
21 6 0.07
22 25 0.29
23 45 0.53
24 3 0.04
ACGTcount: A:0.80, C:0.01, G:0.17, T:0.02
Consensus pattern (21 bp):
AAAGAAAAGAAAAAAAAGAAA
Found at i:139602 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 139533--139721 Score: 120
Period size: 37 Copynumber: 5.1 Consensus size: 36
139523 CCTGAAGAAT
* * *
139533 GAAAGAAAAGAAAAGAAGAAAAAAGAAGAAGAAAAAAA
1 GAAAAAAAAGAAAA-AA-AGAAAAGAAAAAGAAAAAAA
***
139571 GGGCAAAAAGAAAATAAAGAAAAGAAAAAGAAAAAAA
1 GAAAAAAAAGAAAA-AAAGAAAAGAAAAAGAAAAAAA
139608 GAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAATGAAAAA-ATGAAAAAA
1 GAAAAAAAAGAAAAAAAG--AAAA-GAAAAAGA--AAAAAA
* * *
139648 GAAAAGAAAA-ATGAAAAATGAAAA-AAAAATGAAATAAT
1 GAAAA-AAAAGA--AAAAAAGAAAAGAAAAA-GAAAAAAA
* * *
139686 G-AAATAATG-AAAAAA-AAAAGAAAAAGAAAAAGA
1 GAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAGAAAAAGAAAAAAA
139719 GAA
1 GAA
139722 TAAACAAAAA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 19, Indels: 30
0.71 0.11 0.18
Matches are distributed among these distances:
33 10 0.08
34 11 0.09
36 6 0.05
37 32 0.27
38 27 0.23
39 6 0.05
40 17 0.14
41 4 0.03
42 6 0.05
ACGTcount: A:0.78, C:0.01, G:0.16, T:0.05
Consensus pattern (36 bp):
GAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAGAAAAAGAAAAAAA
Found at i:139637 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 139525--139710 Score: 161
Period size: 52 Copynumber: 3.5 Consensus size: 53
139515 GTACTTTGCC
* * ** *
139525 TGAAGAATGAAAGAAAAGAAAAGAAG-AAAAAAGAAGAAGAA-AAAAAGGGCAAAAA
1 TGAA-AAT-AAAGAAAA-AAAA-AAGAAAAAAAGAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAA
*
139580 -GAAAATAAAGAAAAGAAAAAGAAAAAAAGAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAA
1 TGAAAATAAAGAAAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAA
* * * *
139632 TGAAAA-AATGAAAAAAGAAAAG-AAAAATGAAAAATGAAA-AAAAAATGAAATAA
1 TGAAAATAAAGAAAAAA-AAAAGAAAAAAAGAAAAA--AAAGAAAAAAAGAAAAAA
*
139685 TG-AAATAATGAAAAAAAAAAGAAAAA
1 TGAAAATAAAGAAAAAAAAAAGAAAAA
139711 GAAAAAGAGA
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 11, Indels: 18
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
50 3 0.03
51 16 0.14
52 46 0.41
53 41 0.37
54 6 0.05
ACGTcount: A:0.77, C:0.01, G:0.16, T:0.06
Consensus pattern (53 bp):
TGAAAATAAAGAAAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAA
Found at i:139645 original size:61 final size:58
Alignment explanation
Indices: 139538--139674 Score: 101
Period size: 53 Copynumber: 2.4 Consensus size: 58
139528 AGAATGAAAG
* ** *
139538 AAAAGAAAAGAAGAAA-AAAGAAGAAGAAAAAAAGGGCAAAAAGAAAATAA--AGAAAAG-A
1 AAAAGAAAAGAA-AAAGAAA-AA-AAGAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAA-AATGAAAAAAGAA
* *
139596 AAAAGAAAA-AAAGA-AAAAAAAG-AAAAAAAGAAAAAATGAAAAAATGAAAAAAGAA
1 AAAAGAAAAGAAAAAGAAAAAAAGAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAATGAAAAAAGAA
*
139651 AAGAA-AAATGAAAAATGAAAAAAA
1 AA-AAGAAAAGAAAAA-GAAAAAAA
139675 AATGAAATAA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 8, Indels: 14
0.74 0.09 0.16
Matches are distributed among these distances:
52 2 0.03
53 16 0.25
54 9 0.14
55 8 0.12
56 11 0.17
57 2 0.03
58 16 0.25
ACGTcount: A:0.80, C:0.01, G:0.16, T:0.04
Consensus pattern (58 bp):
AAAAGAAAAGAAAAAGAAAAAAAGAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAATGAAAAAAGAA
Found at i:139675 original size:45 final size:42
Alignment explanation
Indices: 139534--139716 Score: 144
Period size: 45 Copynumber: 4.2 Consensus size: 42
139524 CTGAAGAATG
* * **
139534 AAAGAAAAGAAAAGAAGAAAAAA-G-AAGAAGAAAAAAAGGGCAA
1 AAAGAAAA-AAAA-ATGAAAAAATGAAAAAAGAAAAAAAAAG-AA
*
139577 AAAGAAAATAAAGAA--AAGAAAAAGAAAAAA-AGAAAAAAAAGAA
1 AAAGAAAA-AAA-AATGAA-AAAATGAAAAAAGA-AAAAAAAAGAA
*
139620 AAA-AAGAAAAAATGAAAAAATGAAAAAAGAAAAGAAAAATGAA
1 AAAGAAAAAAAAATGAAAAAATGAAAAAAGAAAA-AAAAA-GAA
* *
139663 AAATGAAAAAAAAATGAAATAATGAAATAATGAAAAAAAAAAGAA
1 AAA-GAAAAAAAAATGAAAAAATGAAA-AAAG-AAAAAAAAAGAA
139708 AAAGAAAAA
1 AAAGAAAAA
139717 GAGAATAAAC
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 9, Indels: 27
0.76 0.06 0.18
Matches are distributed among these distances:
40 2 0.02
41 19 0.16
42 15 0.13
43 25 0.21
44 18 0.15
45 26 0.22
46 8 0.07
47 4 0.03
ACGTcount: A:0.79, C:0.01, G:0.15, T:0.05
Consensus pattern (42 bp):
AAAGAAAAAAAAATGAAAAAATGAAAAAAGAAAAAAAAAGAA
Found at i:139709 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 139533--139721 Score: 107
Period size: 8 Copynumber: 22.4 Consensus size: 8
139523 CCTGAAGAAT
139533 GAAAGAAAA
1 GAAA-AAAA
*
139542 GAAAAGAA
1 GAAAAAAA
139550 G-AAAAAA
1 GAAAAAAA
*
139557 G--AAGAA
1 GAAAAAAA
139563 GAAAAAAA
1 GAAAAAAA
**
139571 GGGCAAAAA
1 -GAAAAAAA
139580 GAAAATAAA
1 GAAAA-AAA
139589 GAAAAGAAAAA
1 G--AA-AAAAA
139600 GAAAAAAA
1 GAAAAAAA
139608 GAAAAAAAA
1 G-AAAAAAA
139617 GAAAAAAA
1 GAAAAAAA
*
139625 GAAAAAAT
1 GAAAAAAA
*
139633 GAAAAAAT
1 GAAAAAAA
139641 GAAAAAAGA
1 GAAAAAA-A
*
139650 AAAGAAAAA
1 GAA-AAAAA
139659 TGAAAAATGAA
1 -GAAAAA--AA
139670 -AAAAAAA
1 GAAAAAAA
* *
139677 TGAAATAAT
1 -GAAAAAAA
* *
139686 GAAATAAT
1 GAAAAAAA
139694 GAAAAAAA
1 GAAAAAAA
*
139702 AAAGAAAAA
1 GAA-AAAAA
*
139711 GAAAAAGA
1 GAAAAAAA
139719 GAA
1 GAA
139722 TAAACAAAAA
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 19, Indels: 33
0.74 0.10 0.17
Matches are distributed among these distances:
6 5 0.03
7 8 0.06
8 69 0.48
9 47 0.32
10 6 0.04
11 8 0.06
12 2 0.01
ACGTcount: A:0.78, C:0.01, G:0.16, T:0.05
Consensus pattern (8 bp):
GAAAAAAA
Found at i:141194 original size:134 final size:132
Alignment explanation
Indices: 140894--141418 Score: 567
Period size: 134 Copynumber: 3.9 Consensus size: 132
140884 GCAAATCAAA
* * * * * * *
140894 CTCGATTCAATCTTCCCTGAGTGACAGTGAAATGAATAAACATCCCCATATATGATTTTCCCTCA
1 CTCGATTCAATCTTCCCTAAATAATAGTG-AATGAATCAACATCCCCAGATCTGATTTTCCCTCA
* * * * *
140959 AGAAGAAGTGCAAA-AATCCCTCTCTTTCAAGATTTGATATTCACTGAGTAATAGTAGAACAAGT
65 AGAAGAAGCG-AAATAATCCATCTCTTTCAAGATTTGATATTCCCTGAGTAACAGTGGAACAAGT
*
141023 CTAC
129 CTGC
* * * * *
141027 CTCGATTCAATCTTCCTTGAGTGATAGTGGAATGAATCAGCATCCCCAGATCTGATTTTCCCTCA
1 CTCGATTCAATCTTCCCTAAATAATAGT-GAATGAATCAACATCCCCAGATCTGATTTTCCCTCA
* * *
141092 AGAAAAAGCGAAATAGATCCATCGT-TTTCAAGATTTGATATTCCCTGAGTAACAGTGGAGCAAT
65 AGAAGAAGCGAAATA-ATCCATC-TCTTTCAAGATTTGATATTCCCTGAGTAACAGTGGAACAAG
141156 TCTGC
128 TCTGC
* * *
141161 CTCGATTCAATATTCCCTAAATAATAATAGAATGAATCAACGTCCCCAGATCTGATTTTCCCTCA
1 CTCGATTCAATCTTCCCTAAATAATAGT-GAATGAATCAACATCCCCAGATCTGATTTTCCCTCA
* **
141226 AGAAGAAGCGGAACAT-AT-CAT-TCTCTTCAAAGATTTGATATTCCCTAAGTAATTGTGGAACA
65 AGAAGAAGC-GAA-ATAATCCATCTCT-TTC-AAGATTTGATATTCCCTGAGTAACAGTGGAACA
* *
141288 AGTCGGA
126 AGTCTGC
* * * *
141295 CTCGATTCAATCTTCCCTAAAGAATAGTGAAATTAATCAACGTCCCCAGATCTGATTTTCCCTTA
1 CTCGATTCAATCTTCCCTAAATAATAGTG-AATGAATCAACATCCCCAGATCTGATTTTCCCTCA
* * *
141360 GGAAGAAGCAGAACAT-ATCCCTCTCTTTCAAGATTTGATATTCCCTGATTAACAGTGGA
65 AGAAGAAGC-GAA-ATAATCCATCTCTTTCAAGATTTGATATTCCCTGAGTAACAGTGGA
141419 TTAAATCAAC
Statistics
Matches: 336, Mismatches: 44, Indels: 23
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
131 1 0.00
132 4 0.01
133 73 0.22
134 244 0.73
135 9 0.03
136 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.16, T:0.30
Consensus pattern (132 bp):
CTCGATTCAATCTTCCCTAAATAATAGTGAATGAATCAACATCCCCAGATCTGATTTTCCCTCAA
GAAGAAGCGAAATAATCCATCTCTTTCAAGATTTGATATTCCCTGAGTAACAGTGGAACAAGTCT
GC
Found at i:141391 original size:268 final size:266
Alignment explanation
Indices: 140924--141418 Score: 649
Period size: 268 Copynumber: 1.8 Consensus size: 266
140914 GTGACAGTGA
* * *
140924 AATGAATAAACATCCCCATATATGATTTTCCCTCAAGAAGAAGTGCAAAAATCCCTCTCTTTCAA
1 AATGAATAAACATCCCCAGATATGATTTTCCCTCAAGAAGAAGCGCAAAAATCACTCTCTTTCAA
* * ** *
140989 GATTTGATATTCACTGAGTAATAGTAGAACAAGTCTACCTCGATTCAATCTTCCTTGAGTGATAG
66 GATTTGATATTCACTAAGTAATAGTAGAACAAGTCGACCTCGATTCAATCTTCCTAAAGTAATAG
* *
141054 TGGAATGAATCAGCATCCCCAGATCTGATTTTCCCTCAAGAAAAAGCGAAATAGATCCATCGTTT
131 TGAAATGAATCAACATCCCCAGATCTGATTTTCCCTCAAGAAAAAGCGAAATA-ATCCATCGTTT
141119 TCAAGATTTGATATTCCCTGAGTAACAGTGGAGCAATTCTGCCTCGATTCAATATTCCCTAAATA
195 TCAAGATTTGATATTCCCTGAGTAACAGTGGAGCAATTCTGCCTCGATTCAATATTCCCTAAATA
141184 ATAATAG
260 ATAATAG
* * * * * *
141191 AATGAATCAACGTCCCCAGATCTGATTTTCCCTCAAGAAGAAGCGGAACATATCATTCTC-TTCA
1 AATGAATAAACATCCCCAGATATGATTTTCCCTCAAGAAGAAGCGCAA-AAATCACTCTCTTTC-
* * *
141255 AAGATTTGATATTCCCTAAGTAATTGTGGAACAAGTCGGA-CTCGATTCAATCTTCCCTAAAG-A
64 AAGATTTGATATTCACTAAGTAATAGTAGAACAAGTC-GACCTCGATTCAATCTT-CCTAAAGTA
* * * * * *
141318 ATAGTGAAATTAATCAACGTCCCCAGATCTGATTTTCCCTTAGGAAGAAGCAGAACAT-ATCCCT
127 ATAGTGAAATGAATCAACATCCCCAGATCTGATTTTCCCTCAAGAAAAAGC-GAA-ATAATCCAT
*
141382 C-TCTTTCAAGATTTGATATTCCCTGATTAACAGTGGA
190 CGT-TTTCAAGATTTGATATTCCCTGAGTAACAGTGGA
141419 TTAAATCAAC
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 26, Indels: 13
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
267 46 0.24
268 138 0.71
269 9 0.05
270 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.15, T:0.30
Consensus pattern (266 bp):
AATGAATAAACATCCCCAGATATGATTTTCCCTCAAGAAGAAGCGCAAAAATCACTCTCTTTCAA
GATTTGATATTCACTAAGTAATAGTAGAACAAGTCGACCTCGATTCAATCTTCCTAAAGTAATAG
TGAAATGAATCAACATCCCCAGATCTGATTTTCCCTCAAGAAAAAGCGAAATAATCCATCGTTTT
CAAGATTTGATATTCCCTGAGTAACAGTGGAGCAATTCTGCCTCGATTCAATATTCCCTAAATAA
TAATAG
Found at i:141607 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 141599--141655 Score: 62
Period size: 3 Copynumber: 18.7 Consensus size: 3
141589 TTCTTCCCTC
* *
141599 TAT TAT TA- TATT TATT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAC TAA TAT TAT
1 TAT TAT TAT TA-T TA-T TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
*
141645 TAT TAA TAT TA
1 TAT TAT TAT TA
141656 ATACTCTTTT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 5, Indels: 4
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.04
3 39 0.83
4 6 0.13
ACGTcount: A:0.37, C:0.02, G:0.00, T:0.61
Consensus pattern (3 bp):
TAT
Found at i:144025 original size:130 final size:130
Alignment explanation
Indices: 143689--144050 Score: 340
Period size: 131 Copynumber: 2.8 Consensus size: 130
143679 CTACATTGAG
* *
143689 AATAATAATATCTTTTCATTTCAATCT-GAGTAATAAATGACT-TCTCTAAGGCATGAGAGGTCA
1 AATAATAATATCTCTTCATTTCAAT-TGGAGTAATAAATGACTAT-TTTAAGGCATGAGAGGTCA
* * ** * * * * *
143752 TTTATTCAT-GATTGGAAATAATATGATTTTATTATTCCCTCTCGAATTAATATTGATTTTTAGG
64 TTTATTC-TCGATTGGAAATAATAT-ATATTATTGTTTTCACTAGAATCAATATTGATTTTAAGA
*
143816 ATGG
127 ATGA
* * * * * * * * * **
143820 AATAATGATATATCTTCATTTCGATCGAAATCATAAATGACTACTTCAAGATATGAGAGGTCATT
1 AATAATAATATCTCTTCATTTCAATTGGAGTAATAAATGACTATTTTAAGGCATGAGAGGTCATT
* * * *
143885 CATT-TGCGATTGGAAATCATCATATATTATTGTTTTCACTAGAATCGATATTGGTTTTAAGAAT
66 TATTCT-CGATTGGAAATAAT-ATATATTATTGTTTTCACTAGAATCAATATTGATTTTAAGAAT
143949 -A
129 GA
* *
143950 AATAGTAATATCTCTTCATTTCAATTGGAGTAATAAATGA-TAATTTTAAGGCATGAAAGGTCAT
1 AATAATAATATCTCTTCATTTCAATTGGAGTAATAAATGACT-ATTTTAAGGCATGAGAGGTCAT
*
144014 TTATTCTCGATTGGAAATAATTAGATATTATTGTTTT
65 TTATTCTCGATTGGAAATAA-TATATATTATTGTTTT
144051 TTCTCTTAAA
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 43, Indels: 17
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
129 2 0.01
130 79 0.44
131 97 0.54
132 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (130 bp):
AATAATAATATCTCTTCATTTCAATTGGAGTAATAAATGACTATTTTAAGGCATGAGAGGTCATT
TATTCTCGATTGGAAATAATATATATTATTGTTTTCACTAGAATCAATATTGATTTTAAGAATGA
Found at i:146358 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 146318--146358 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
146308 AGTCATAGTT
**
146318 TCAATAAAAAAATAGCCCCC
1 TCAATAAAAAAATAAACCCC
146338 TCAATAAAAAAAATAAACCCC
1 TCAAT-AAAAAAATAAACCCC
146359 ATATAATCAC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.28
21 13 0.72
ACGTcount: A:0.56, C:0.27, G:0.02, T:0.15
Consensus pattern (20 bp):
TCAATAAAAAAATAAACCCC
Found at i:153763 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 153743--153797 Score: 110
Period size: 15 Copynumber: 3.7 Consensus size: 15
153733 GGCTAGACCG
153743 TAATGAATTTAACTT
1 TAATGAATTTAACTT
153758 TAATGAATTTAACTT
1 TAATGAATTTAACTT
153773 TAATGAATTTAACTT
1 TAATGAATTTAACTT
153788 TAATGAATTT
1 TAATGAATTT
153798 CAATGCTTGA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 40 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (15 bp):
TAATGAATTTAACTT
Found at i:155481 original size:50 final size:51
Alignment explanation
Indices: 155421--155521 Score: 177
Period size: 51 Copynumber: 2.0 Consensus size: 51
155411 AAAAATCATG
155421 TAAGTACGTGTT-TTTATAAATGTTTGGCTTAATACAAAAAAATGTTCAAA
1 TAAGTACGTGTTATTTATAAATGTTTGGCTTAATACAAAAAAATGTTCAAA
* *
155471 TAAGTACGTGTTATTTGTAAATGTTTGGCTTAATACAAAAAAGTGTTCAAA
1 TAAGTACGTGTTATTTATAAATGTTTGGCTTAATACAAAAAAATGTTCAAA
155522 CTATATCTTT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 2, Indels: 1
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
50 12 0.25
51 36 0.75
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (51 bp):
TAAGTACGTGTTATTTATAAATGTTTGGCTTAATACAAAAAAATGTTCAAA
Found at i:155767 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 155724--155769 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
155714 ACCTTAATTT
155724 TCTAAAAT-TATAAAAAAC
1 TCTAAAATCTATAAAAAAC
**
155742 TAAAAAATCTA-AAAAAATC
1 TCTAAAATCTATAAAAAA-C
155761 TCTAAAATC
1 TCTAAAATC
155770 AACACTAAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 4, Indels: 3
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.55
19 10 0.45
ACGTcount: A:0.61, C:0.13, G:0.00, T:0.26
Consensus pattern (19 bp):
TCTAAAATCTATAAAAAAC
Found at i:155998 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 155946--156002 Score: 78
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
155936 TTCGTTGGGG
* * **
155946 ACTTTGGGTTCATCTTTCTGTCAGGTGAT
1 ACTTTAGGTTCATCTTGCCATCAGGTGAT
155975 ACTTTAGGTTCATCTTGCCATCAGGTGA
1 ACTTTAGGTTCATCTTGCCATCAGGTGA
156003 AGGTTCTGAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 24 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.19, G:0.23, T:0.40
Consensus pattern (29 bp):
ACTTTAGGTTCATCTTGCCATCAGGTGAT
Found at i:159951 original size:22 final size:19
Alignment explanation
Indices: 159901--159973 Score: 67
Period size: 22 Copynumber: 3.6 Consensus size: 19
159891 CTAATTTCGA
159901 TATCGATACCATAAGGGAG
1 TATCGATACCATAAGGGAG
* *
159920 TATTGGTACCATAGAAGGGTAG
1 TATCGATACCAT--AAGGG-AG
*
159942 TATCGATACCACGTAAAGG-G
1 TATCGATACCA--TAAGGGAG
159962 TATCGATACCAT
1 TATCGATACCAT
159974 GAAACATCGA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 11
0.73 0.08 0.18
Matches are distributed among these distances:
18 1 0.02
19 10 0.23
20 12 0.27
21 5 0.11
22 15 0.34
24 1 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.25, T:0.25
Consensus pattern (19 bp):
TATCGATACCATAAGGGAG
Found at i:160039 original size:95 final size:96
Alignment explanation
Indices: 159860--160041 Score: 217
Period size: 95 Copynumber: 1.9 Consensus size: 96
159850 GATTCCATTG
* * * *
159860 AAAGGGTATCGATACCAAGCAAACATCGAATCTAATTTCGATATCGATACCATAAGGGAGTATTG
1 AAAGGGTATCGATACCAAGCAAACATCGAACCTAATTTCGATATCAATACCAGAAGGGAGTATCG
* * *
159925 GTACCATAGAAGGGTAGTATCGATACCACGT
66 ATACCATAGAAGAGAAGTATCGATACCACGT
* * *
159956 AAAGGGTATCGATACCATG-AAACATCGAACCTAATTTTGGTATCAATACCAGGAAGGG-GTATC
1 AAAGGGTATCGATACCAAGCAAACATCGAACCTAATTTCGATATCAATACCA-GAAGGGAGTATC
* *
160019 GATACCCTAG-TGTAGAAGTATCG
65 GATACCATAGAAG-AGAAGTATCG
160042 GTACTAGGGT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 12, Indels: 5
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
94 1 0.01
95 48 0.67
96 23 0.32
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.23, T:0.24
Consensus pattern (96 bp):
AAAGGGTATCGATACCAAGCAAACATCGAACCTAATTTCGATATCAATACCAGAAGGGAGTATCG
ATACCATAGAAGAGAAGTATCGATACCACGT
Found at i:160053 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 160014--160066 Score: 61
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
160004 CCAGGAAGGG
*
160014 GTATCGATACCCTAGTGTAGAA
1 GTATCGATA--CTAGGGTAGAA
* *
160036 GTATCGGTACTAGGGTAGTA
1 GTATCGATACTAGGGTAGAA
160056 GTATCGATACT
1 GTATCGATACT
160067 TTGGAATCAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 2
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
20 19 0.70
22 8 0.30
ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.26, T:0.30
Consensus pattern (20 bp):
GTATCGATACTAGGGTAGAA
Found at i:160888 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 160469--160867 Score: 611
Period size: 79 Copynumber: 5.1 Consensus size: 79
160459 AAAACGAATG
*
160469 AAAAGAATAATGCATTTGGGTGCATTATTGGCATGAAAGGATGCCATAGCTGAAATGTATATGGG
1 AAAAGAATAATGCATATGGGTGCATTATTGGCATGAAAGGATGCCATAGCTGAAATGTATATGGG
160534 TACATTGTCAACAT
66 TACATTGTCAACAT
* * * *
160548 ATAAGAATAATGCATATGGGTGCATTATTGGCATGAAATGATGTCATAGCTGAAATATATATGGG
1 AAAAGAATAATGCATATGGGTGCATTATTGGCATGAAAGGATGCCATAGCTGAAATGTATATGGG
*
160613 TACATTGTCAGCAT
66 TACATTGTCAACAT
* * *
160627 AAAAGAATAATGCATATGAGTGCATTATTGGCATGAAAGGATGCCATAACTAAAATGTATATGGG
1 AAAAGAATAATGCATATGGGTGCATTATTGGCATGAAAGGATGCCATAGCTGAAATGTATATGGG
*
160692 TACATTGTCAGCAT
66 TACATTGTCAACAT
* * * *
160706 AAAAGAATAATGCATATGGGTGCATTATTGGCATGGAAGGATGCAATAGCTGAAATGTTTATGTG
1 AAAAGAATAATGCATATGGGTGCATTATTGGCATGAAAGGATGCCATAGCTGAAATGTATATGGG
160771 TACATTGTCAACAT
66 TACATTGTCAACAT
* * *
160785 AAAAGAATAATGCATATGGGTGCATT-TTGGCATGAAAGGTTGCCATAGCTGAAATGCATATGAG
1 AAAAGAATAATGCATATGGGTGCATTATTGGCATGAAAGGATGCCATAGCTGAAATGTATATGGG
* * *
160849 TGCATTATCATCAT
66 TACATTGTCAACAT
160863 AAAAG
1 AAAAG
160868 TATATTTTAT
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 30, Indels: 1
0.90 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
78 48 0.17
79 242 0.83
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.23, T:0.29
Consensus pattern (79 bp):
AAAAGAATAATGCATATGGGTGCATTATTGGCATGAAAGGATGCCATAGCTGAAATGTATATGGG
TACATTGTCAACAT
Found at i:166341 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 166321--166354 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
166311 TAATGAATGA
166321 TTAAGTA-TGTCTTTG
1 TTAAGTATTGT-TTTG
166336 TTAAGTATTGTTTTG
1 TTAAGTATTGTTTTG
166351 TTAA
1 TTAA
166355 TTGTTTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
15 15 0.83
16 3 0.17
ACGTcount: A:0.24, C:0.03, G:0.18, T:0.56
Consensus pattern (15 bp):
TTAAGTATTGTTTTG
Done.