genome.fa.s8657.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008657.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111651_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  148917

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11234--11279	21	2.2	21	100	0	92	43	19	4	32	1.71
14617--15091	181	2.6	182	89	4	710	41	14	15	28	1.87
15012--15057	20	2.3	19	82	10	65	52	10	17	19	1.74
17180--17227	15	3.2	15	96	0	87	18	2	62	16	1.42
17314--17353	21	1.9	21	84	0	53	42	12	25	20	1.86
17387--17452	33	2.0	33	90	0	105	31	0	45	22	1.53
19274--19319	19	2.4	19	92	0	74	34	0	8	56	1.30
19850--20310	201	2.3	201	89	3	687	34	14	17	33	1.90
21786--21820	12	2.9	12	91	0	52	37	5	31	25	1.80
22497--22545	20	2.5	20	80	12	64	46	2	12	38	1.53
25119--25820	200	3.5	197	82	7	736	39	13	15	30	1.87
26175--26212	20	1.9	20	89	10	60	50	0	0	50	1.00
26238--26297	31	2.0	31	90	3	95	41	13	11	33	1.80
30315--30372	15	4.1	14	74	20	50	68	3	1	25	1.14
30843--30878	18	2.0	18	88	0	54	27	19	27	25	1.99
32539--32579	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
35054--35087	13	2.5	14	90	4	52	23	8	5	61	1.47
35851--35909	19	3.3	19	68	18	63	32	6	10	50	1.62
35851--35921	34	2.1	34	100	0	142	35	8	8	47	1.64
36814--36840	14	1.9	14	100	0	54	25	7	0	66	1.17
36932--36962	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
39314--39371	28	2.1	28	83	0	71	17	17	13	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41275--41308	10	3.1	11	84	16	52	55	26	0	17	1.42
41705--42077	37	10.5	37	69	16	229	31	19	9	39	1.84
41705--41892	75	2.5	75	87	0	268	31	18	10	38	1.85
41705--42073	75	5.2	75	74	18	233	32	18	9	39	1.84
41819--42073	100	2.5	102	91	3	415	32	18	8	40	1.80
42059--42088	15	2.0	15	93	0	51	36	20	3	40	1.69
42061--42258	66	3.0	65	87	5	265	34	18	8	38	1.82
42291--42398	40	2.9	36	68	16	85	32	19	8	39	1.81
42291--42434	76	1.9	75	83	11	186	31	20	9	38	1.83
42402--42524	39	3.2	39	83	6	151	31	14	16	37	1.89
42531--42716	52	3.6	52	84	2	230	29	9	19	41	1.83
42823--42941	41	2.9	42	78	2	132	26	17	21	34	1.96
42810--42922	42	2.7	41	80	4	136	27	17	21	33	1.96
42898--43204	144	2.1	144	90	2	492	27	26	16	29	1.97
43187--43329	42	3.4	42	82	8	177	24	23	21	30	1.99
43187--43259	20	3.5	20	78	7	83	21	23	24	30	1.99
44438--44807	139	2.7	139	80	6	409	36	17	19	26	1.94
44315--44776	140	3.3	140	80	5	442	35	17	20	26	1.95
46223--46287	27	2.4	27	97	0	121	26	12	13	47	1.78
48776--48813	6	6.3	6	100	0	76	0	18	47	34	1.49
50586--50637	27	1.9	27	100	0	104	34	5	15	44	1.70
51672--51739	21	3.2	20	93	4	109	29	30	20	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51754--51807	21	2.5	22	85	8	76	22	22	27	27	1.99
51968--52039	21	3.4	21	78	14	94	33	25	22	19	1.97
51977--52047	19	3.5	19	76	14	79	33	21	22	22	1.97
51957--52055	42	2.4	42	96	3	184	36	20	21	22	1.95
51959--52028	23	3.2	23	76	15	94	35	20	22	21	1.96
51966--52055	19	4.4	20	72	13	76	36	22	21	20	1.95
52059--52099	21	2.0	21	90	0	64	19	17	29	34	1.94
56790--56977	20	9.3	20	81	4	137	28	21	19	29	1.98
57798--57851	24	2.2	24	83	0	63	20	20	20	38	1.93
58040--58076	14	2.6	14	91	4	56	51	21	21	5	1.68
60112--60146	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
60206--60469	140	1.9	140	97	0	501	29	13	14	42	1.84
60446--60703	20	13.8	20	73	14	201	33	21	18	26	1.97
60446--60590	54	2.7	54	89	0	218	34	23	17	24	1.96
60491--60704	94	2.3	94	85	1	286	32	21	20	25	1.97
60582--60684	54	1.9	54	87	0	152	33	19	20	27	1.97
60562--60744	74	2.5	74	90	0	285	34	20	19	25	1.96
60602--60738	34	3.9	34	75	11	130	35	20	19	24	1.96
60747--60799	20	2.7	20	82	8	65	11	15	28	45	1.80
60903--60957	29	1.9	28	85	3	74	47	14	0	38	1.45
60921--60959	14	2.8	14	88	0	60	46	12	0	41	1.42
62351--62462	42	2.7	42	77	5	111	22	17	38	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62950--63013	20	3.3	18	83	12	74	37	26	18	17	1.93
62958--63013	20	2.8	19	91	5	85	37	25	17	19	1.94
63055--63099	20	2.2	20	88	0	63	17	17	26	37	1.93
63250--63299	18	2.8	18	100	0	100	42	6	20	32	1.76
65022--65089	20	3.5	20	85	2	93	50	23	14	11	1.76
65694--65747	20	2.7	20	85	0	72	25	22	24	27	2.00
65763--65813	21	2.4	22	83	6	77	35	15	27	21	1.94
66080--66115	17	2.1	18	89	5	56	38	0	0	61	0.96
69850--70190	116	2.9	114	81	8	354	30	16	21	32	1.95
73938--74051	20	5.7	20	89	0	165	26	25	21	26	2.00
74228--74270	22	2.0	22	95	0	77	23	41	16	18	1.89
74656--74762	20	5.4	20	79	3	83	16	15	20	46	1.84
74726--74769	20	2.2	20	87	0	61	11	11	20	56	1.64
76672--76717	20	2.3	20	92	0	74	41	28	15	15	1.87
76760--76806	20	2.5	19	86	6	60	17	19	25	38	1.92
77323--77414	42	2.2	42	82	3	105	25	35	17	21	1.95
78808--78869	14	4.3	14	77	6	61	38	0	14	46	1.45
79064--79322	20	13.9	20	73	16	225	24	18	23	33	1.96
79104--79160	14	3.6	14	71	24	51	14	21	24	40	1.90
79085--79220	34	3.8	34	85	11	168	22	18	23	35	1.96
79015--79322	54	5.6	54	74	10	248	24	18	22	34	1.96
79293--79562	140	1.9	140	96	0	495	43	15	12	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79629--79658	12	2.5	12	88	0	51	16	6	26	50	1.70
81692--81728	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
82768--82834	20	3.3	20	91	0	98	25	20	28	25	1.99
83628--83675	24	2.0	23	84	11	62	33	0	2	64	1.05
83628--83664	8	4.8	8	84	15	51	32	0	2	64	1.07
83928--83963	13	2.7	13	95	4	63	19	5	0	75	1.00
88071--88114	16	2.9	16	86	6	65	18	20	13	47	1.82
97456--97672	108	2.0	109	98	1	420	41	17	20	21	1.91
100474--100526	21	2.5	21	100	0	106	35	9	26	28	1.87
102775--102808	17	2.1	16	94	5	59	52	0	2	44	1.16
103327--103383	20	2.8	20	97	0	105	15	42	15	26	1.87
103535--103572	16	2.3	17	90	4	60	34	21	18	26	1.96
103562--103614	21	2.6	21	81	3	54	26	24	20	28	1.99
105026--105059	15	2.3	15	90	10	52	55	0	2	41	1.15
105028--105065	16	2.4	17	78	13	53	52	0	2	44	1.14
119123--119176	6	9.0	6	100	0	108	33	0	66	0	0.92
122653--122708	7	7.0	8	86	11	55	75	3	0	21	0.96
122654--122705	23	2.2	24	80	16	65	75	3	0	21	0.97
122667--122708	7	5.6	7	88	8	57	80	2	0	16	0.81
124272--124330	21	2.6	22	78	10	66	16	0	30	52	1.44
124516--125365	59	14.4	59	87	1	1186	26	15	29	29	1.96
126389--126432	11	4.3	10	83	11	54	0	13	0	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126394--126439	12	3.9	12	82	2	58	2	13	0	84	0.71
126394--126439	11	4.0	11	86	8	65	2	13	0	84	0.71
126388--126438	13	4.0	13	78	19	54	1	15	0	82	0.76
126392--126438	22	2.0	24	92	8	80	2	14	0	82	0.75
126389--126432	21	2.2	20	91	4	70	0	13	0	86	0.57
130814--130850	19	1.9	19	100	0	74	10	18	27	43	1.83
134329--134391	31	2.0	31	100	0	126	22	3	38	36	1.70
141297--141419	31	4.0	31	95	0	219	22	6	34	36	1.80
144555--144603	23	2.2	23	96	3	91	14	0	34	51	1.43
145212--145255	12	3.6	12	81	6	52	22	2	34	40	1.67

Tables:   1

The End!