genome.fa.s8667.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008667.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111670_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  235496

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1140--1216	31	2.5	31	78	2	82	15	27	29	27	1.96
13868--14149	95	3.0	95	85	4	354	40	12	10	36	1.77
14508--14548	22	1.9	22	90	5	66	56	2	0	41	1.13
16510--16558	17	2.9	16	76	23	55	59	0	2	38	1.09
21580--21642	21	2.9	21	69	17	56	38	4	25	31	1.77
26333--26381	24	2.0	24	92	0	80	22	14	18	44	1.85
26416--26719	154	2.0	154	86	2	432	21	10	29	38	1.87
32204--32246	22	2.0	22	86	9	61	20	2	30	46	1.63
38518--38550	11	3.1	11	91	4	50	57	12	21	9	1.62
38839--39102	129	2.0	129	97	2	494	27	22	18	31	1.97
39843--39881	18	2.1	18	85	4	51	53	5	12	28	1.60
43754--43837	22	3.8	22	81	9	89	22	32	26	19	1.97
47825--47882	21	2.7	22	84	15	77	22	37	18	20	1.94
50610--50667	21	2.8	20	79	15	64	22	36	20	20	1.95
50695--50759	20	3.2	20	86	4	87	20	29	15	35	1.93
50872--50911	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
52543--52589	22	2.1	22	92	0	76	34	19	23	23	1.97
53236--53275	21	1.9	21	100	0	80	22	25	30	22	1.99
53305--53372	12	6.0	12	76	13	72	20	11	20	47	1.81
53307--53372	22	3.0	22	84	0	87	21	12	18	48	1.80
60957--60989	16	2.1	16	94	0	57	33	6	27	33	1.81
70453--70502	15	3.3	15	85	0	73	12	66	16	6	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72518--72576	22	2.7	23	74	10	61	38	1	5	54	1.33
79993--80059	22	2.8	24	82	15	84	25	29	10	34	1.89
90866--90908	18	2.4	18	84	0	50	69	0	4	25	1.07
95486--95555	12	5.8	12	76	6	70	15	12	18	52	1.74
95449--95553	48	2.2	48	82	3	122	19	15	17	48	1.81
95449--95557	24	4.5	24	77	6	105	19	14	17	48	1.81
100144--100208	12	5.4	12	76	7	69	12	15	16	55	1.69
100102--100210	24	4.5	24	75	2	103	18	16	17	47	1.83
101223--101271	25	2.0	25	100	0	98	34	20	20	24	1.96
102382--102429	21	2.3	22	79	17	57	64	6	8	20	1.43
103428--103481	27	2.0	27	88	0	81	27	11	22	38	1.88
114589--114646	24	2.5	23	75	16	57	36	20	3	39	1.70
115158--115228	19	3.8	18	87	9	97	19	29	19	30	1.97
116096--116233	35	3.9	35	75	7	145	32	19	19	28	1.96
117361--117468	10	11.3	9	77	11	99	17	25	29	26	1.98
117360--117468	19	5.7	19	92	3	141	18	25	29	26	1.98
117462--117520	17	3.5	17	95	2	102	15	44	25	15	1.85
117509--117551	7	6.4	7	84	10	63	13	32	30	23	1.93
117509--117547	13	3.0	13	96	0	69	12	33	30	23	1.92
124743--124831	10	9.3	9	76	11	79	17	25	29	26	1.98
124760--124831	19	3.8	19	92	5	119	16	26	31	25	1.96
124742--124831	38	2.3	39	86	5	121	18	25	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124825--124882	17	3.4	17	97	0	107	17	43	24	15	1.87
124872--124914	7	6.4	7	89	10	72	16	30	30	23	1.96
124872--124910	13	3.0	13	100	0	78	15	30	30	23	1.95
124872--124914	20	2.2	20	91	8	70	16	30	30	23	1.96
129041--129082	21	2.0	21	90	4	68	28	26	16	28	1.97
132743--132819	37	2.1	37	83	9	95	46	1	3	48	1.28
139148--139189	21	2.0	21	90	0	66	19	33	33	14	1.91
139151--139196	21	2.2	21	84	0	56	23	30	28	17	1.97
146712--146744	16	2.1	15	94	5	57	66	0	3	30	1.06
148192--148288	46	2.1	48	81	11	112	34	12	17	36	1.87
148582--148621	20	2.0	20	85	0	53	17	25	12	45	1.83
151061--151104	12	3.8	12	85	11	56	75	0	15	9	1.05
151029--151106	11	6.7	11	68	21	52	79	1	12	6	0.98
151035--151120	16	5.7	16	72	22	62	77	1	12	8	1.03
151061--151148	7	12.6	7	84	14	60	73	0	10	15	1.08
151103--151155	21	2.6	21	85	5	74	73	0	5	20	1.03
151103--151148	14	3.3	14	93	0	74	73	0	4	21	1.00
152626--152669	22	1.9	22	82	17	54	36	20	6	36	1.79
153008--153612	311	1.9	310	90	1	960	28	21	15	34	1.94
152996--153612	62	9.9	62	85	1	815	28	21	14	34	1.93
153794--154148	36	9.9	36	89	1	523	36	22	21	18	1.95
155541--155570	16	1.9	15	93	6	51	66	0	3	30	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156698--156791	35	2.7	34	76	15	95	42	1	1	55	1.14
156738--156789	21	2.4	22	81	12	63	42	0	0	57	0.98
159662--159695	11	3.0	11	91	4	50	47	11	0	41	1.40
160489--160527	9	4.0	9	81	18	51	23	2	0	74	0.94
160549--160587	3	12.7	3	83	5	51	28	2	2	66	1.18
160623--160705	23	3.6	22	76	15	71	15	7	3	73	1.19
162063--162106	16	2.8	16	96	0	79	22	6	38	31	1.81
165115--165296	95	1.9	95	90	2	294	31	18	20	30	1.96
166510--166688	72	2.5	72	87	3	261	29	16	12	41	1.85
166684--166762	37	2.1	37	88	0	113	30	20	12	36	1.90
166712--167103	65	5.8	65	81	9	392	29	19	12	38	1.89
166778--167103	138	2.4	138	91	0	544	28	18	13	39	1.88
166981--167139	73	2.2	73	95	0	282	26	20	13	40	1.89
167847--168026	64	2.8	62	81	9	191	27	17	26	28	1.97
167975--168024	18	2.8	18	84	6	66	26	16	34	24	1.95
174489--174528	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
176583--176633	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
176477--176684	65	3.2	64	81	11	201	27	17	25	29	1.97
176927--177114	36	5.0	36	80	11	216	23	19	14	42	1.88
176927--177114	78	2.5	73	83	9	229	23	19	14	42	1.88
177133--177250	36	3.2	37	80	8	143	23	20	16	39	1.91
177860--177893	11	3.0	11	91	4	50	47	11	0	41	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178751--178785	9	4.0	9	85	7	54	22	2	0	74	0.95
178883--178916	16	2.1	17	88	5	52	17	5	0	76	0.98
180861--180925	32	2.0	32	96	0	121	27	4	38	29	1.77
191498--191526	14	2.1	14	100	0	58	13	37	20	27	1.91
197628--197714	30	2.9	31	74	5	88	37	3	11	47	1.57
197793--197856	31	2.1	31	85	11	87	68	7	9	14	1.38
198020--198059	21	1.9	21	85	10	55	52	2	0	45	1.14
198411--198525	60	1.9	60	85	7	162	40	7	25	26	1.82
202098--202132	13	2.7	13	95	0	61	17	8	37	37	1.80
202666--202697	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
204434--205633	4	301.0	4	96	0	2192	48	25	1	25	1.61
206193--206230	18	2.1	18	90	0	58	21	10	36	31	1.87
209921--209956	16	2.2	16	100	0	72	11	41	11	36	1.76
212674--212711	18	2.1	18	90	0	58	21	10	36	31	1.87
216092--216148	28	2.0	28	86	6	80	33	17	14	35	1.90
216602--216635	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
219165--219246	31	2.6	31	88	0	110	20	15	20	42	1.89
225298--225324	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69

Tables:   1

The End!