Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01008731.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111801_pilon, whole genome shotgun sequence
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2688 ATGGGGTAAA
* *
2698 AAGACAACGTCTAAG
1 AAGAAAACGTCAAAG
2713 AAGAAAACGTCAAAG
1 AAGAAAACGTCAAAG
*
2728 AAGAAAACGTCAGAG
1 AAGAAAACGTCAAAG
2743 AAGGAAAA
1 AA-GAAAA
2751 AGAAAGCATC
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AAGAAAACGTCAAAG
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5357 AATATTTGCT
5367 TTCACTACAGAAAGAGATGCA
1 TTCACTACAGAAAGAGATGCA
5388 TTCACTACAGAAAGAGATGCA
1 TTCACTACAGAAAGAGATGCA
5409 GAAGTCAGAA
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TTCACTACAGAAAGAGATGCA
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8578 ATTTATCATA
* *
8588 AATTTATGACGGGAGCTTCAATGACGCGCAATGTAAGTCATACATGTGTGTCATAAATTTATGAC
1 AATTTATGACGGGGGCTTCAATGACGCGCAATGTAAGTCATACATGCGTGTCATAAATTTATGAC
* *
8653 GCACAAATGTGTGTCATCTT
66 ACACAAATGTGTGTCATATT
*
8673 AATTTATGACGGGGGCTTTAATGACGCGCAATGTAAGTCATACATGCGTGTCATAAATTTATGAC
1 AATTTATGACGGGGGCTTCAATGACGCGCAATGTAAGTCATACATGCGTGTCATAAATTTATGAC
8738 ACACAAATGTGTGTCATATT
66 ACACAAATGTGTGTCATATT
* * *
8758 AATTTATGACGGAGGCTTCAATGACGCGCAATGTAAGTCATACATGCGCGTCATAGATTTATGAC
1 AATTTATGACGGGGGCTTCAATGACGCGCAATGTAAGTCATACATGCGTGTCATAAATTTATGAC
8823 ACACAA
66 ACACAA
8829 TTGCGCGTCA
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AATTTATGACGGGGGCTTCAATGACGCGCAATGTAAGTCATACATGCGTGTCATAAATTTATGAC
ACACAAATGTGTGTCATATT
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12288 TGAACCGATC
12298 TGACCCGACCC-
1 TGACCCGACCCT
*
12309 -GACCCGACTCT
1 TGACCCGACCCT
12320 TGACCCGACCCT
1 TGACCCGACCCT
12332 TGACCCGACCC
1 TGACCCGACCC
12343 GATTCGACCG
Statistics
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0.86 0.06 0.09
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10 9 0.30
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TGACCCGACCCT
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12287 CTGAACCGAT
12297 CTGACCCGACCCGACC
1 CTGACCCGACCCGACC
*
12313 C-GACTCTTGACCCGACC
1 CTGAC-C-CGACCCGACC
12330 CTTGACCCGACCCGA
1 C-TGACCCGACCCGA
12345 TTCGACCGTT
Statistics
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15 3 0.12
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CTGACCCGACCCGACC
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12350 CCGTTGACCG
* ** *
12360 GGTGATATTTTGTAAATTAATTCGAAAT
1 GGTGCTATTTTGGGAATTAATTCGAAAA
*
12388 GAGTGCTATTTTGGGAATTAATTTGAAAA
1 G-GTGCTATTTTGGGAATTAATTCGAAAA
* *
12417 GGGTGCTATTTTGGGAATTTATTCAAAAA
1 -GGTGCTATTTTGGGAATTAATTCGAAAA
*
12446 GGTGCTATTTTGGGGATTTAATTCGAAAA
1 GGTGCTATTTT-GGGAATTAATTCGAAAA
*
12475 AGTGCTATTTTGGGAATTTAATTCGAAAA
1 GGTGCTATTTTGGGAA-TTAATTCGAAAA
*
12504 GGTGCTATTTTGGTAATTA
1 GGTGCTATTTTGGGAATTA
12523 TTTTAAAAAA
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0.83 0.11 0.06
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GGTGCTATTTTGGGAATTAATTCGAAAA
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12366 ATTTTGTAAA
* * *
12376 TTAATTCGAAATGAGTGCTATTTTGGGAATTAATTTGAAAAGGGTGCTATTTTGGGAAT
1 TTAATTCAAAAAG-GTGCTATTTTGGGAATTAATTTGAAAA-AGTGCTATTTTGGGAAT
* *
12435 TT-ATTCAAAAAGGTGCTATTTTGGGGATTTAATTCGAAAAAGTGCTATTTTGGGAAT
1 TTAATTCAAAAAGGTGCTATTTT-GGGAATTAATTTGAAAAAGTGCTATTTTGGGAAT
* * * *
12492 TTAATTCGAAAAGGTGCTATTTTGGTAATTATTTTAAAAAAAGTGCTATTT
1 TTAATTCAAAAAGGTGCTATTTTGGGAATTAATTT-GAAAAAGTGCTATTT
12543 CTGTAAAATG
Statistics
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0.84 0.10 0.06
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57 36 0.38
58 56 0.60
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TTAATTCAAAAAGGTGCTATTTTGGGAATTAATTTGAAAAAGTGCTATTTTGGGAAT
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12380 TTCGAAATGA
* * *
12390 GTGCTATTTTGGGAATTAATTTGAAAAGG
1 GTGCTATTTTGGGAATTATTTTCAAAAAG
*
12419 GTGCTATTTTGGGAATT-TATTCAAAAAG
1 GTGCTATTTTGGGAATTATTTTCAAAAAG
* *
12447 GTGCTATTTTGGGGATT-TAATTCGAAAAA-
1 GTGCTATTTTGGGAATTAT-TTTC-AAAAAG
* *
12476 GTGCTATTTTGGGAATT-TAATTCGAAAAG
1 GTGCTATTTTGGGAATTAT-TTTCAAAAAG
* * *
12505 GTGCTATTTTGGTAATTATTTTAAAAAAA
1 GTGCTATTTTGGGAATTATTTTCAAAAAG
12534 GTGCTATTT
1 GTGCTATTT
12543 CTGTAAAATG
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 12, Indels: 8
0.84 0.09 0.06
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28 28 0.26
29 74 0.69
30 6 0.06
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GTGCTATTTTGGGAATTATTTTCAAAAAG
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19768 TGTTGTATGT
* *
19778 ATGAGATTATATCTCCATCCTATTTCTGC
1 ATGAGATT-TATCT-CGTCCTATTTTTGC
* * * *
19807 ATGTGATTTTATCTTTGT-ATTTTTTTGC
1 ATGAGA-TTTATC-TCGTCCTATTTTTGC
19835 ATGAGATTTATCTCGTCCTATTTTTGC
1 ATGAGATTTATCTCGTCCTATTTTTGC
19862 ATGAGAT
1 ATGAGAT
19869 AATATCTCTA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 10, Indels: 8
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
26 3 0.06
27 21 0.43
28 12 0.24
29 10 0.20
30 3 0.06
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ATGAGATTTATCTCGTCCTATTTTTGC
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Period size: 659 Copynumber: 8.6 Consensus size: 659
20428 TCTTTGAAAA
* * * *
20438 GGTTTTTGAAATGTGAGGAGTTTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACAACATAAAAATCG
1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
* *
20503 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTTTATCAAAATTCCAAGTTTTAAGGAATGCGAAAATC
66 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTA--TTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATC
* * *
20568 TAAAAATCAAATTTGGGACTCGGTTACGCCTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCA-CCAAAA
129 TAGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAA
20632 CATTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAAT
194 -ATTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAAT
* * *
20697 TTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTCAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATATCATTCACC
258 TTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGCATTCACC
*
20762 CCTAGCATAAATACGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAA
323 CCTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAA
*
20827 CAATGATGCAAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGC
388 CAATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGC
* *
20892 ATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAAAATTGCCTTAGG-TTTAAAAGTAA
453 ATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAA
* * *
20956 AATACAGTCAAACAAAATTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCC
518 AATGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCC
* * * *
21021 TAAAGTGTCAAATTATGAGAATTAAAGAACCTTAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTATAATA
583 TAAAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATA
21086 TTAACCCTATTT
648 TTAACCCTATTT
* * *
21098 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTACGATTGGGACACTATAAAAATCA
1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
* *
21163 CGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATAAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
66 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
* * * * *
21228 GAAATCAAATTCAGGAGTCTGTTACGCCTAGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCA-CCAAAACA
131 GAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAA-A
* *
21292 TTGGTACCTAGTTGATTACCGTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTCAATTT
195 TTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTT
* * * *
21357 GAAAATCATTACGGAAT-TAAAGTGAAAAAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGAATTCATCC
260 GAAAATCATTACGG-ATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGCATTCACCC
* *
21421 CTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTAATGTGCCTAATAACTAAATATTGCCTCGATTTTAGAAAC
324 CTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAAC
*
21486 AATGATACGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCA
389 AATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCA
* *
21551 TACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCTTAATAAGTGAACGTTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAA
454 TACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAA
* * *
21616 ATGCACTAAAACAAATTTTCATTCGTCCCAATTAACCAAGGGTAATTTAAGGCTCTCTCTATCCT
519 ATGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCT
*
21681 AAAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACAC-ATAAATGTAGGTTCTAATA
584 AAAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAAC-CTAGAAATGTAGGTTCTAATA
**
21745 TTAACTGTATTT
648 TTAACCCTATTT
* * * *
21757 AGTTTTTGAAATGTGAGGAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTAGGACACCATAAAAATCG
1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
* * *
21822 GGTGATTTTAATAAAAATATTTTATTTTCATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATACGAAAATCTA
66 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
* * *
21887 GAAATCAAATTCGGGAATTGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
131 GAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
*
21952 TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTTGATCTTTATTTAATTTG
196 TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTG
* * **
22017 AAAATCATTACGGATGAAAAGTTAGAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATA-CTATTCACCAG
261 AAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGC-ATTCACCCC
* * * *
22081 TAGCATATATGCGAGGTATTAGCTATTGTGCCTAATAACAAAAAATTGCCTCGATTTTAGAAACA
325 TAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACA
* * * *
22146 ATGATGTGAATTTGAAAAGGATTTCAACCTATTTTGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCAT
390 ATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCAT
* * * *
22211 ACTTGTAGGAGATATACCATTATTTCCCTAATAAGTGAACAATGCCTTAGGTTATAAAAATAAAA
455 ACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAA
* * * * *
22276 TGCAGTTAAACAAATTTTCATTCGTCCAAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCCCCCTCTATCCTA
520 TGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTA
*
22341 AAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATATAGGTTCTAATATT
585 AAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATT
*
22406 AACCATATTT
650 AACCCTATTT
* * * * * *
22416 GGTTTTTAAAATATGAGGAGTCTCCAACAATCATTTAAGGTGCGAGTGGGACACCATAGAAATTG
1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
* * * *
22481 GGTGATTTTAATAAAAAAACATTTTCTTTTTATCAAACTACCAAGTTTTAATGTATGCGAAAAAC
66 GGTGATTTTAAT--AAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATC
* * * ** *
22546 TATAAATCAAATTCGGGAATCAGTTACGCGTGGGGAAATATTATAACACCCATAAGCACCCAAAA
129 TAGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAA
* * *
22611 ATTGGTACATAGTCGATTACCCTATATTTAAAATTAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTT-ATT
194 ATTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATT
* * *
22675 TGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTACAGAGCGTATTCGTTTATTAATGCTAATAG-ACTTCACC
259 TGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGCA-TTCACC
* *
22739 CCTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTACCTTGATTTTAGAAA
323 CCTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAA
* * *
22804 CAATGATACAAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAATAGTCACCCCCTGAGC
388 CAATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGC
* * * * *
22869 ATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCTCTAATAAATGGATATTGCCTTAAGTTTTAAAAATAA
453 ATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAA
* *
22934 AATACACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCAAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCC
518 AATGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCC
* * * * *
22999 TAAAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAAACTAAAGGCACAACCCGAGAAAAAGTAAGTTCTAAT
583 TAAAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAG-AAATGTAGGTTCTAAT
*
23064 ATTAACCCTATTC
647 ATTAACCCTATTT
* * * **
23077 GGTTGTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGAATGGGACACCATACAAATAT
1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
* * * *
23142 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTGTTTTTATAAAAATACCAAGTTTTAAGGAATACGAAAATCTA
66 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
* * *
23207 GAAATCAAATTTGGGACTCGGTTATGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCAAAAGCACCCAAAAAT
131 GAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
*
23272 TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTAATTTAATTTG
196 TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTG
*
23337 AAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGTTATTCATTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCT
261 AAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCT
23402 AGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAA
326 AGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAA
* * *
23467 TGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCGGTAGTCACCCACTGAGGATA
391 TGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATA
* *
23532 CTTGCAGGAGATATATCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAACT
456 CTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAAT
* **** * * *
23597 GCACACAAATTTTTTTTCTTTCATCCTAATTAACCAAGGGTGTTTTAAGGCTCTCTCTATCCTAA
521 GCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAA
* *
23662 AGTGTCGAATGATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACATAGAAATGTAGGTTCTAATATTA
586 AGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTA
23727 ACCCTATTT
651 ACCCTATTT
* * *
23736 TGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCCA-TGCGGACACCAAAAAAATC
1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTG-GGACACCATAAAAATC
* * * ** *
23800 GGGTGATTTTAATAAAAACATTTTCTTTTTATCAAACTACCATGTTTTAAGGTATGTAAAAATTT
65 GGGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCT
* *
23865 AGAAATCAAATTCGGGACTCGATTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAA
130 AGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAA
* *
23930 TTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAAAAATTTTGAGTTAGATCTTTATTTAATTT
195 TTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTT
* *
23995 GAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTTATTTATTAATGCTAATAGTATTCACCCC
260 GAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCC
* * * *
24060 TAGCATAAATGCGAGGTATTAGCTATTGTGTCTGATAACCAATTATTGCCTCGATTTTAGAAACA
325 TAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACA
* * * *
24125 ATGATACGAATTTGATAAGGATGTCGAACTATTTCGGGAATCTCCAGTAGTCACCCCCTGAGCAT
390 ATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCAT
* *
24190 ACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTACCTTGGGTTTTAAAAATAAAA
455 ACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAA
*
24255 TACACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTA
520 TGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTA
* * * * *
24320 AAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCAGAACCCGAGAAAAGTAAGTTCTAATATT
585 AAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATT
*
24385 AACCCTATTC
650 AACCCTATTT
* * * * *
24395 GGTTGTT-ATAATGTGAGAAGTCTCCACAAATCATTTAAGGTGCGAATGGGACACCATACAAATC
1 GGTTTTTGA-AATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATC
* * *
24459 TGGTGATTTTAATAAAAACATTTTTTTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGAATGCGAAAATCT
65 GGGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCT
* * *
24524 AGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTATGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCAAAAGTACCCAAAAA
130 AGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAA
*
24589 TTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCCTTATTTAATTT
195 TTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTT
* * *
24654 GAAAATAATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTATATTAATGCTAATAGCATTCACCCC
260 GAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCC
* *
24719 TAGCATAAATGCGAGATATTAGCTACTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTTGATTTTAGAAACA
325 TAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACA
* * * *
24784 ATTATGCGAATTTGAAAAGTATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCACTGAGGAT
390 ATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCAT
**
24849 ACTTGCAGGAGATATATAATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAA
455 ACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAA
*
24914 TGCACACAAA-AAATTTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCT
520 TGCACTCAAACAAA-TTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCT
* *
24978 AAAGTGTCGAATGATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACATAGAAATGTAGGTTCTAATAT
584 AAAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATAT
25043 TAACCCTATTT
649 TAACCCTATTT
* * * * * *
25054 TGTTTTTGAAATGTGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCCATTAGGACACCAAAAAAATCC
1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
* * * * *
25119 GGTGATTTTAATAAAAACA--TT-TTTTTATGAAACTACCATGTTTTAAGGTATGCAAAAATTTA
66 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
* *
25181 GAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAACT
131 GAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
* *
25246 TGGTACCTAGTTGATTACCCCATATTTAAAATCAAAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTG
196 TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTG
* *
25311 AAAATCATTACAGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGTATTCACCCCT
261 AAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCT
* * * *
25376 AGCATAAATGCGAGGTATTAGCTATTGTGCCTGATAACCAATTATTGCCTCGATTTTATAAACAA
326 AGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAA
* *
25441 TGATACGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCTCCAGTAGTCA-CCCCTGAGCATA
391 TGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATA
*
25505 CTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAAGATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAAT
456 CTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAAT
* * * *
25570 GCACTCAAACAAATTTTCATTTGTCCTAATTAACCAAGGGTAATTTAAGGCTTTCTCTATCATAA
521 GCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAA
*
25635 AGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATTTAGGTTCTAATATTA
586 AGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTA
25700 ACCCTATTT
651 ACCCTATTT
* * * *
25709 GGTTTTTGAAATATGAGAAGCCTCCACGAATCATTTAAGGTACGATTGGGACACCATAAAAATTG
1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
* * *
25774 GGTGATTTTAATAAAAACATATTCTTTTTATCAAAATACAAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
66 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
* ** *
25839 GAAATCAAATTCTGGAGACGGTTACACGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
131 GAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
* *
25904 TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGGAATTTTGAGTTTGATCTTTATTTAATTTG
196 TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTG
* * * * *
25969 AAAATCATTACGAATGTAAAGTCAAAGAAGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTTACCCCT
261 AAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCT
* *
26034 AGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCGTCAATTTTAGAAACAA
326 AGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAA
26099 TGATGCGAATTT
391 TGATGCGAATTT
26111 TCATTCGTCA
Statistics
Matches: 4550, Mismatches: 440, Indels: 48
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
655 273 0.06
656 327 0.07
657 4 0.00
658 680 0.15
659 2247 0.49
660 766 0.17
661 253 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (659 bp):
GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
GAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTG
AAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCT
AGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAA
TGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATA
CTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAAT
GCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAA
AGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTA
ACCCTATTT
Found at i:26577 original size:526 final size:525
Alignment explanation
Indices: 25581--26636 Score: 1641
Period size: 526 Copynumber: 2.0 Consensus size: 525
25571 CACTCAAACA
* * * *
25581 AATTTTCATTTGTCCTAATTAACCAAGGGTAATTTAAGGCTTTCTCTATCATAAAGTGTCGAATT
1 AATTTTCATTCGTCATAATTAACCAAGGGTAATTTAAGGCCTTCTCTATCATAAAGTATCGAATT
* *
25646 ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATTTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTGG
66 ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATATAGGTTCTAATATCAACCCTATTTGG
* * *
25711 TTTTTGAAATATGAGAAGCCTCCACGAATCATTTAAGGTACGATTGGGACACCATAAAAATTGGG
131 TTTTTGAAATATGAGAAACCTCCACCAATCATTTAAGGTACGATTGGGACACCATAAAAATCGGG
25776 TGATTTTAATAAAAACATATTCTTTTTATCAAAATACAAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAGA
196 TGATTTTAATAAAAACATATTCTTTTTATCAAAATACAAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAGA
*
25841 AATCAAATTCTGGAGACGGTTACACGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAATTG
261 AATCAAATTCGGGAGACGGTTACACGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAATTG
* * * *
25906 GTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGGAATTTTGAGTTTGATCTTTATTTAATTTGAA
326 GTACCTAGTTAATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTCATTTAATTTGAA
* * *
25971 AATCATTACGAATGTAAAGTCAAAGAAGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTTACCCCTAG
391 AATCATTACGAATATAAAGTCAAAGAAGGTATTAGTTTATTAATGCTAATAACATTTACCCCTAG
* * ** *
26036 CATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCGTCAATTTTAGAAACAATG
456 AATAAATGAGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCACAATTTTAGAAACAATA
*
26101 ATGCG
521 ATGAG
* *
26106 AATTTTCATTCGTCATAATTAACCAAGGGTTATTTAAGGCCCTT-TCTATCCTAAAGTATCGAAT
1 AATTTTCATTCGTCATAATTAACCAAGGGTAATTTAAGG-CCTTCTCTATCATAAAGTATCGAAT
*
26170 TATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGTACAAACCTAGAAATATAGGTTCTAATATCAACCCTATTTG
65 TATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATATAGGTTCTAATATCAACCCTATTTG
** ** * *
26235 GTTTTTGAAATATGAGAAATGTTTACCAATCTTTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCGG
130 GTTTTTGAAATATGAGAAACCTCCACCAATCATTTAAGGTACGATTGGGACACCATAAAAATCGG
* * * * *
26300 GTGATTTTAATAAAAATATTTTCTTTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGGAAATCTA
195 GTGATTTTAATAAAAACATATTC-TTTTTATCAAAATACAAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
* *
26365 GAAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
259 GAAATCAAATTCGGGAGACGGTTACACGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
26430 TGGTACCTAGTTAATTACCCTATATTTAAAAAT-AGAAATTTTGAGTTCGATCTTCATTTAATTT
324 TGGTACCTAGTTAATTACCCTATATTT-AAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTCATTTAATTT
* * * * *
26494 GTAAATCATTACGGATATAAAGTTAAAGATGGTATTAGTTTATTATTGCTAATAAC-TTTCACCC
388 GAAAATCATTACGAATATAAAGTCAAAGAAGGTATTAGTTTATTAATGCTAATAACATTT-ACCC
* *
26558 CTAGAATAAATGAGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAATCAAATATTGCCACGATTTTAGAAAC
452 CTAGAATAAATGAGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCACAATTTTAGAAAC
26623 AATAATGAG
517 AATAATGAG
26632 AATTT
1 AATTT
26637 GAAAAAGATG
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 46, Indels: 7
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
525 196 0.41
526 280 0.58
527 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (525 bp):
AATTTTCATTCGTCATAATTAACCAAGGGTAATTTAAGGCCTTCTCTATCATAAAGTATCGAATT
ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATATAGGTTCTAATATCAACCCTATTTGG
TTTTTGAAATATGAGAAACCTCCACCAATCATTTAAGGTACGATTGGGACACCATAAAAATCGGG
TGATTTTAATAAAAACATATTCTTTTTATCAAAATACAAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAGA
AATCAAATTCGGGAGACGGTTACACGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAATTG
GTACCTAGTTAATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTCATTTAATTTGAA
AATCATTACGAATATAAAGTCAAAGAAGGTATTAGTTTATTAATGCTAATAACATTTACCCCTAG
AATAAATGAGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCACAATTTTAGAAACAATA
ATGAG
Found at i:29181 original size:657 final size:657
Alignment explanation
Indices: 26106--30906 Score: 7150
Period size: 658 Copynumber: 7.3 Consensus size: 657
26096 CAATGATGCG
* * * *
26106 AATTTTCATTCGTCATAATTAACCAAGGGTTATTTAAGGCCCTTTCTATCCTAAAGTATCGAATT
1 AATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTATCGAATT
* * *
26171 ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGTACAAACCTAGAAATATAGGTTCTAATATCAACCCTATTTGG
66 ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTGG
* * ** *
26236 TTTTTGAAATATGAGAAATGTTTACCAATCTTTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCGGG
131 TTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCGGG
* *
26301 TGATTTTAATAAAAATATTTTCTTTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGGAAATCTAG
196 TGATTTTAATAAAAACA-TTT-TTTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAG
26366 AAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAATT
259 AAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAATT
* *
26431 GGTACCTAGTTAATTACCCTATATTTAAAAAT-AGAAATTTTGAGTTCGATCTTCATTTAATTTG
324 GGTACCTAGTTGATTACCCTATATTT-AAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTG
* * * * * *
26495 TAAATCATTACGGATATAAAGTTAAAGATGGTATT-AGTTTATTATTGCTAATAACTTTCACCCC
388 AAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCA-TTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCC
* * * *
26559 TAGAATAAATGAGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAATCAAATATTGCCACGATTTTAGAAACA
452 TAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACA
* *
26624 ATAATGAGAATTTGAAAAAGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCAT
517 ATGATGCGAATTTG-AAAAGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCAT
* * *
26689 ACTTGCAGGAGATATACAATTAATTTCCTAATAAGTGATCATTGCCTTAGG-TTTAAAAATAAAA
581 ACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAA
26753 TGCACTCAAACA
646 TGCACTCAAACA
* *
26765 AATTTTCATTCATCCTAATTAA-CAAGGGTGATTTAAGGCTTTCTCTATCCTAAAGTATCGAATT
1 AATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTATCGAATT
* *
26829 ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGCTCTAATATTAACCCTATTTTG
66 ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTGG
* * *
26894 TTTTCGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCGTTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCGAG
131 TTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCGGG
*
26959 TGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCAAAAATCTAG
196 TGATTTTAATAAAAACA-TTT-TTTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAG
* * * *
27024 AAATCAAATTTGGGAGTCGGTTACACTTGGGGAAGGATTCTAACCCCCATAAGCACCCAAAAATT
259 AAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAATT
* * * * * * *
27089 GGTTCATAGTTCATTACCCTATATTTAAAATTAGAAATTTTGACTTTGATCTTTATTTAATTTCA
324 GGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTGA
* *
27154 AAATCATTACGGATGTAAAGTTACAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCTA
389 AAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCTA
*
27219 GCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTTCCTCGATTTTAGAAACAAT
454 GCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAAT
*
27284 GATGCGAATATGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATAC
519 GATGCGAATTTGAAAA-GATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATAC
* * *
27349 TTGCAGGAGATATGCCATTAATTCCCTAATAAGTGAAAATTGCCTTAGGTTATAAAAATAAAATG
583 TTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAATG
*
27414 CAGTCAAACA
648 CACTCAAACA
* * * *
27424 AATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCCCTCTCTATCCTAAAATGTCAAATT
1 AATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTATCGAATT
* *
27489 ATGAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTATAATATTAACCCTATTTGG
66 ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTGG
* * * *
27554 TTTTT-AAATTATGAGGAGTCTCCAACAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATTGA
131 TTTTTGAAA-TATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCGG
* *
27618 GTGATTTTAATAAAAACATTTTGTTTTTTTCCAAATACCAAGTTTTAAGGTATG-AAAAATCTAG
195 GTGATTTTAATAAAAACATTTT-TTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAG
* *
27682 AAATCAAATTTGGGAGTCGGTTACGC-TAGGGGAAGGATTCTAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
259 AAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGT-GGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
* * * * * * *
27746 TGGTACATAGTTCATTTCCCTATATTTAAAATTAGAAATTTTGACTTTGATCTTTATTTAATTTC
323 TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTG
*
27811 AAAATCATTACGGATGTAAAGTTACAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCT
388 AAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCT
*
27876 AGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTACCTCGATTTTAGAAACAA
453 AGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAA
** * *
27941 TGATATGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACTAGTAGTCACACCCTGAGC--A
518 TGATGCGAATTTGAAAA-GATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATA
* * *
28004 --T-----AGATGTACCATTAATTCCCTAATAAGTGAATATTGCCTTAAGTTTTAAAAATAAAAT
582 CTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAAT
28062 GCACTCAAACA
647 GCACTCAAACA
* * * *
28073 AATTTACATTCGTCCTAACTAACCAAGGGTGAGTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTCGAATT
1 AATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTATCGAATT
* * * * * *
28138 ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAACCCGAGAAACGTAGGTTCTAATTTTAACCCTATTCGA
66 ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTGG
* * * * * *
28203 TTCTTGAAATGTGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGAATGGGAAACCATACAAATCTGG
131 TTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCGGG
* * * *
28268 TAATTTTCATAAAAACA--TTTTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGAATGCGAAAATCTAGAA
196 TGATTTTAATAAAAACATTTTTTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAGAA
* * *
28331 ATCAAATTCGGGACTCGGTTATGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCAAAAGCACCCAAAAATTGG
261 ATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAATTGG
* *
28396 TACCTAATTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCCTTATTTAATTTGAAA
326 TACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTGAAA
* *
28461 ATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTATATTAATGCTAATAGCATTCACCCCTAGC
391 ATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCTAGC
28526 ATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAATGA
456 ATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAATGA
* *
28591 TGCGAATTTGAAAAGTATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCACTGAGGATACTT
521 TGCGAATTTGAAAAG-ATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATACTT
**
28656 GCAGGAGATATATAATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAATGCA
585 GCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAATGCA
* *
28721 CACAAAAA
650 CTCAAACA
* * * *
28729 AATTTTCTTTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTTAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTCGAATG
1 AATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTATCGAATT
* *
28794 ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACATAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTTG
66 ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTGG
* * * *
28859 TTTTTGAAATGTGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCCATTAGGACACCAAAAAAATCGGG
131 TTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCGGG
* * * * *
28924 TGATTTTAATAAAAACA-TTTTTTTTATCAAACTACCATGTTTTAAGGTATGCAAAAATTTAGAA
196 TGATTTTAATAAAAACATTTTTTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAGAA
* * *
28988 ATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAACTTGG
261 ATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAATTGG
* *
29053 TACCTAGTTGATTACCCCATATTTAAAATCAAAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTGAAA
326 TACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTGAAA
* *
29118 ATCATTACAGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGTATTCACCCCTAGC
391 ATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCTAGC
* * * *
29183 ATAAATGCGAGGTATTAGCTATTGTGCCTGATAACCAATTATTGCCTCGATTTTATAAACAATGA
456 ATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAATGA
* *
29248 TACGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCTCCAGTAGTCACCCCCTGAGCATACTT
521 TGCGAATTTGAAAA-GATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATACTT
*
29313 GCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAAGATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAATGCA
585 GCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAATGCA
29378 CTCAAACA
650 CTCAAACA
* * * * *
29386 AATTTTCATTTGTCCTAATTAACCAAGGGTAATTTAAGGCTTTCTCTATCATAAAGTGTCGAATT
1 AATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTATCGAATT
*
29451 AT-AGAATTAAAGAACCT--A-GCAC-AACCTAGAAATTTAGGTTCTAATATT-ACCCTATTTGG
66 ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTGG
* * * *
29510 TTTTTGAAATATGAGAAGCCTCCA-CGATCATTTAAGGTACGATTGGGACACCATAAAAATTGGG
131 TTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCGGG
* * *
29574 TGATTTTAATAAAAACATATTCTTTTTATCAAAATACAAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAGA
196 TGATTTTAATAAAAACAT-TTTTTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAGA
* * *
29639 AATCAAATTCTGGAGACGGTTACACGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAATTG
260 AATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAATTG
* *
29704 GTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGGAATTTTGAGTTTGATCTTTATTTAATTTGAA
325 GTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTGAA
* * * *
29769 AATCATTACGAATGTAAAGTTAAAGAAGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTTACCCCTAG
390 AATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCTAG
* * *
29834 AATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACC-AATATTGCGTCAATTTTAGAAACAATG
455 CATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAATG
* *
29898 ATGCG-ATTTGAAAAAGATGTAGACCTATTTCGGAAAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATAC
520 ATGCGAATTTG-AAAAGATGTCGACCTATTTCGG-GAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATAC
* * *
29962 TTGCAGGAG--ATACCATTAATTCCCTAATAACTGAACATTCCCTTAGGTTTTAGAAATAAAATG
583 TTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAATG
30025 CACTCAAAC-
648 CACTCAAACA
* * * *
30034 AATTTTCATTCGTCATAATTAACCAAGGGTTATTTAAGGCCCTTTCTATCCTAAAGTATCGAATT
1 AATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTATCGAATT
* *
30099 ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATATAGGTTCTAATATCAACCCTATTTGG
66 ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTGG
* * ** *
30164 TTTTTGAAATATGAGAAATGTTTACCAATCTTTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCGGG
131 TTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCGGG
* *
30229 TGATTTTAATAAAAATATTTTCTTTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGGAAATCTAG
196 TGATTTTAATAAAAACA-TTT-TTTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAG
*
30294 AAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAATGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAATT
259 AAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAATT
* * *
30359 GGTACCTAGTTAATTACCCTATA-TTAAAAT-AGAAATTTTGAGTTCGATCTTCATTTAATTTGT
324 GGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTGA
* * * * *
30422 AAATCATTACGGATATAAAGTTAAAGATGG-ATT-AGTTT-TTATTGCTAATAACTTTCACCCCT
389 AAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCA-TTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCT
* * * *
30484 AGAATAAATGAGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAATCAAATATTTCCTCGATTTTAGAAACAA
453 AGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAA
*
30549 TAATGCGAATTTGAAAAAGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATA
518 TGATGCGAATTTG-AAAAGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATA
* * *
30614 CTTGCAGGAGATATACAATTAATTTCCTAATAAGTGATCATTGCCTTAGG-TTTAAAAAT-AAAT
582 CTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAAT
30677 GCACTC-AACA
647 GCACTCAAACA
* *
30687 AATTTTCATTCATCCTAATTAACCAA-GG-GATTTAAGGCTTTCTCTATCCTAAAGTATCGAATT
1 AATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTATCGAATT
* *
30750 ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGCTCTAATATTAA-CCTATTTTG
66 ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTGG
* * *
30814 TTTTCGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCGTTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCGAG
131 TTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCGGG
30879 TGATTTTAAT-AAAACATTTTATTTTTTT
196 TGATTTTAATAAAAACATTTT-TTTTTTT
30907 GGAGATATGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTATCGAATT
ATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTGG
TTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCGGG
TGATTTTAATAAAAACATTTTTTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAGAA
ATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAATTGG
TACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTGAAA
ATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCTAGC
ATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAATGA
TGCGAATTTGAAAAGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATACTTG
CAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAATGCAC
TCAAACA
Found at i:36270 original size:39 final size:39
Alignment explanation
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36206 AAGCACCCAA
36216 AAATTGGTACCTAGTTAATTACCCTATATTTAAAAATAG
1 AAATTGGTACCTAGTTAATTACCCTATATTTAAAAATAG
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1 AAATTGGTACCTAGTTAATTACCCTATATTTAAAAATAG
36294 AAATT
1 AAATT
36299 TTGAGTTCGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (39 bp):
AAATTGGTACCTAGTTAATTACCCTATATTTAAAAATAG
Found at i:36890 original size:696 final size:698
Alignment explanation
Indices: 35557--36955 Score: 2236
Period size: 696 Copynumber: 2.0 Consensus size: 698
35547 AAGCACCCAA
*
35557 AAATTGGTACCTAATTGATTACCCTATATTTAAAATCAAAAATTTTGAGTTCGATCCTTATTTAA
1 AAATTGGTACCTAATTAATTACCCTATATTTAAAATCAAAAATTTTGAGTTCGATCCTTATTTAA
* * *
35622 TTTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTATATTAATGCTAATAGCATTCAC
66 TTTGAAAATCATTACGGATATAAAGTTAAAGAGGGTATTAGTATATTAATGCTAATAACATTCAC
* *
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* * *
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196 ACAATAATGCGAATTTGAAAAGTATGTCGAACTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCACTGAG
* *
35817 GATACTTGCAGGAGATATATAAATAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATA
261 CATACTTGCAGGAGATATACAAATAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATA
*
35882 AAATGCACACAAAAAAATTTTCTTTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATC
326 AAATGCACACAAAAAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATC
* *
35947 CTAAAGTGTCGAATGATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACATAGAAATGTAGGTTATAAT
391 CTAAAGTATCGAATGATAAGAATTAAAGAACCTAAAGACACAAACATAGAAATGTAGGTTATAAT
* *
36012 ATTAACCCTATTTTGTTTTTGAAATGTGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCCATTAGGAC
456 ATTAACCCTATTTTGTTTTCGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCCATTAGGAC
* * *
36077 ACCAAAATAATCGGGTGATTTCAATAAAAATATTTTCTTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGT
521 ACCAAAATAATCGAGTGATTTCAATAAAAACATTTTATTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGT
**
36142 ATGCGGAAATCTAGAAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATA
586 ATGCAAAAATCTAGAAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATA
*
36207 AGCACCCAAAAATTGGTACCTAGTTAATTACCCTATATTTAAAAATAG
651 AGCACCCAAAAATTGGTACATAGTTAATTACCCTATATTTAAAAATAG
* *
36255 AAATTGGTACCTAGTTAATTACCCTATATTTAAAAAT-AGAAATTTTGAGTTCGAT-CTTCATTT
1 AAATTGGTACCTAATTAATTACCCTATATTT-AAAATCAAAAATTTTGAGTTCGATCCTT-ATTT
** * * * *
36318 AATTTTTAAATCATTACGGATATAAAGTTAAAGATGGTATTAGTTTATTATTGCTAATAACTTTC
64 AATTTGAAAATCATTACGGATATAAAGTTAAAGAGGGTATTAGTATATTAATGCTAATAACATTC
36383 ACCCCTAGAATAAATGAGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAG
129 ACCCCTAGAATAAATGAGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAG
* *
36448 AAACAATAATGCGAATTTGAAAAAG-ATGTCGAACTATTTCGGGAATCACCAGTGGTCACCCCCT
194 AAACAATAATGCGAATTTG-AAAAGTATGTCGAACTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCACT
* * *
36512 GAGCATACTTGCAGGAGATATACAATTAATT-TCTAATAAGTGATCATTGCCTTAGG-TTTAAAA
258 GAGCATACTTGCAGGAGATATACAAATAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAA
* * *
36575 ATAAAATGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTTTCTCT
323 ATAAAATGCACACAAAAAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCT
* * * *
36640 TTCCTAAAGTATCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGACACAAACCTAGAAATGTAGGTTCT
388 ATCCTAAAGTATCGAATGATAAGAATTAAAGAACCTAAAGACACAAACATAGAAATGTAGGTTAT
* * * *
36705 AATATTAACCCTATTTTGTTTTCGAAATATGAGAAGTCTGCACCAATCGTTTAAGGTGCGATTGG
453 AATATTAACCCTATTTTGTTTTCGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCCATTAG
36770 GACACCATAAAT-ATCGAGTGACTTT-AATAAAAACATTTTATTTTTTTCAAAATACCAAGTTTT
518 GACACCA-AAATAATCGAGTGA-TTTCAATAAAAACATTTTATTTTTTTCAAAATACCAAGTTTT
* * * *
36833 AAGGTATGCAAAAATCTAGAAATCAAATTTGGGAGTCGGTTACGCTTTGGGAAGGATTCTAACCC
581 AAGGTATGCAAAAATCTAGAAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCC
* *
36898 CCATAAGCACCCAAAAATTGGTACATAGTTCATTACCCTATATTTAAAATTAG
646 CCATAAGCACCCAAAAATTGGTACATAGTTAATTACCCTATATTTAAAAATAG
36951 AAATT
1 AAATT
36956 TTGACTTTGA
Statistics
Matches: 644, Mismatches: 52, Indels: 12
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
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697 33 0.05
698 250 0.39
699 10 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (698 bp):
AAATTGGTACCTAATTAATTACCCTATATTTAAAATCAAAAATTTTGAGTTCGATCCTTATTTAA
TTTGAAAATCATTACGGATATAAAGTTAAAGAGGGTATTAGTATATTAATGCTAATAACATTCAC
CCCTAGAATAAATGAGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAA
ACAATAATGCGAATTTGAAAAGTATGTCGAACTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCACTGAG
CATACTTGCAGGAGATATACAAATAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATA
AAATGCACACAAAAAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATC
CTAAAGTATCGAATGATAAGAATTAAAGAACCTAAAGACACAAACATAGAAATGTAGGTTATAAT
ATTAACCCTATTTTGTTTTCGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCCATTAGGAC
ACCAAAATAATCGAGTGATTTCAATAAAAACATTTTATTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGT
ATGCAAAAATCTAGAAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATA
AGCACCCAAAAATTGGTACATAGTTAATTACCCTATATTTAAAAATAG
Found at i:37546 original size:659 final size:658
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33260 TCAGGAATTT
* * * *
33270 AAACAAATTTTCATTTGTCCTAATTAACCAA-GGTAATTTAAGGCTTTCTCTATCATAAAGTGTC
1 AAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTC
33334 GAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAAT-TAGGTTCTAATATTAACCCTA
66 GAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTA
* * *
33398 TTTGGTTTTTGAAATATGAGAA-CCTCCACGAATCATTTAAGGTACGATTGGGACACCATAAAAA
131 TTTGG-TTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAA
** * *
33462 TTGGGTGATTTTAAT-AAAACA-TAT-TTTTTATC-AAA-ACAAAGTTTTAAGGTATGCGAAAAT
195 TCAGGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAAT
*
33522 CTAGAAATCAAATTCTGGAGTCGGTTAC-CGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAA
260 CTAGAAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAA
* *
33586 AATTGGTACATAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGGAATTTTGAGTTTGATCTTTATTTAAT
325 AATTGGTACATAGTTGATTACCCTATATTTAAAATTAGAAATTTTGAGTTTGATCTTTATTTAAT
* * *
33651 TTGAAAATCATTACGAATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTTGTTTATTAATGCTAATAGCATTTACC
390 TTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACC
* * *
33716 CCTAGCATAAATGCAAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCGTCAATTTTAGAAA
455 CCTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAA
**
33781 CAATGATGCGAATTTGAAAAATATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGC
520 CAATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGC
* *
33846 ATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAACTGAACATTGCCTTAGGTTTTAGAAATAA
585 ATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAA
33911 AATGCACTC
650 AATGCACTC
* * * * * *
33920 AAACAAATTTTCATTCGTCATAATTAACCAAGGGTTATTTAAGGCCCTTTCTATCTTAAAGTATC
1 AAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTC
* *
33985 GAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATATAGGTTCTAATATCAACCCTA
66 GAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTA
** * * **
34050 TTTGGTTTTTGAAATGCGAGGAGTGTTTACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAA
131 TTTGG-TTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAA
* * *
34115 T-AGGGTGATTTTAATAAAAATATTTTCTTTTTTTCAAAATA-CAAGTTTTAAGGTATGC-AGAA
195 TCA-GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGA-AA
** *
34177 ATCTAGAAATCAAATTCGGGAGTCAATTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGTACCCA
258 ATCTAGAAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCA
* * * ** *
34242 AAAATTGGTACCTAGTTAATTACCCTATATTTAAAAATAGAAATTTTGAGTTCAATCTTCATTTA
323 AAAATTGGTACATAGTTGATTACCCTATATTTAAAATTAGAAATTTTGAGTTTGATCTTTATTTA
* * * * * * * *
34307 ATTTGTAAATCATTACGGATATAAAGTTAAAGATGTTATTAGTTTATTATTGCTAATAACTTTCA
388 ATTTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCA
* * * *
34372 CCCCTAGAATAAATGAGAGATATTAGCTATTGTGCCTAGTAACCAAATATTGCCTTGATTTTAGA
453 CCCCTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGA
* * *
34437 AACAATAATGCGAATTTGAAAAAGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTGGTCACCCCCTGA
518 AACAATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGA
* * *
34502 GCATACTTGCAGGAGATATACAATTAATTTCCTAATAAGTGATCATTGCCTTAGG-TTTAAAAAT
583 GCATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAAT
34566 AAAATGCACTC
648 AAAATGCACTC
* *
34577 AAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTTTCTCTATCCTAAAGTATC
1 AAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTC
34642 GAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTA
66 GAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTA
* * *
34707 TTTTGTTTTCGAAATATGAGAAGTCTCCACTAATCGTTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAA
131 TTTGGTTTT-GAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAA
* * * *
34772 T-TGAGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTTTCAAAATACCATGTTTTAAGGTATGCAAAAA
195 TCAG-GTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAA
* * * *
34836 TCTAGAAATCAAATTTGGGAGTCGGTTACGCTTGGGGAAGGGTTCTAACCCCCATAAGCACCCAA
259 TCTAGAAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAA
* *
34901 AAATTGGTACATAGTTCATTACCCTATATTTAAAATTAGAAATTTTGACTTTGATCTTTATTTAA
324 AAATTGGTACATAGTTGATTACCCTATATTTAAAATTAGAAATTTTGAGTTTGATCTTTATTTAA
* *
34966 TTTCAAAATCATTACGGATGTAAAGTTACAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCAC
389 TTTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCAC
35031 CCCTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAA
454 CCCTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAA
35096 ACAATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAG
519 ACAATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAG
* * * *
35161 CATACTTGCAGGAGATGTACCATTAATTCCCTAATAAGTGAATATTACCTTAAGTTTTAAAAATA
584 CATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATA
35226 AAATGCACTC
649 AAATGCACTC
* **
35236 AAACAAATTTACATTCGTCCTAACAAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTC
1 AAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTC
* * * *
35301 GAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAACCCGAGAAACGTAGGTTCTAATTTTAACCCTA
66 GAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTA
* * * * *
35366 TTCGATTGTTGAAATGTGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGAATGGGACACCATACAAA
131 TTTGGTT-TTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAA
* *
35431 TCTGGTGATTTTAATAAAAACA--TT-TTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGAATGCGAAAAT
195 TCAGGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAAT
* * *
35493 CTAGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTATGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCAAAAGCACCCAAA
260 CTAGAAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAA
* * * * * *
35558 AATTGGTACCTAATTGATTACCCTATATTTAAAATCAAAAATTTTGAGTTCGATCCTTATTTAAT
325 AATTGGTACATAGTTGATTACCCTATATTTAAAATTAGAAATTTTGAGTTTGATCTTTATTTAAT
*
35623 TTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTATATTAATGCTAATAGCATTCACC
390 TTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACC
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* ** *
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** *
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585 ATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAA
*
35883 AATGCACAC
650 AATGCACTC
* *
35892 AAAAAAATTTTCTTTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTC
1 AAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTC
* * *
35957 GAATGATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACATAGAAATGTAGGTTATAATATTAACCCTA
66 GAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTA
* * * *
36022 TTTTGTTTTTGAAATGTGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCCATTAGGACACCA-AAATA
131 -TTTGGTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAA-A
* * * * * *
36086 ATCGGGTGATTTCAATAAAAATATTTTCTTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGGAAA
194 ATCAGGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAA
36151 TCTAGAAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAA
259 TCTAGAAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAA
36216 AAATTGGTACCTAGTTAATTACCCTATATTTAAAAATAGAAATTGGTACCTAGTTAATTACCCTA
324 AAATT-G------G-----TA--C-----------ATAG---TT-G-----A--T---TACCCTA
* * * ** *
36281 TATTTAAAAATAGAAATTTTGAGTTCGATCTTCATTTAATTTTTAAATCATTACGGATATAAAGT
350 TATTTAAAATTAGAAATTTTGAGTTTGATCTTTATTTAATTTGAAAATCATTACGGATGTAAAGT
* * * * * * *
36346 TAAAGATGGTATTAGTTTATTATTGCTAATAACTTTCACCCCTAGAATAAATGAGAGATATTAGC
415 TAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCTAGCATAAATGCGAGATATTAGC
* *
36411 TATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAATAATGCGAATTTGAAAAAGATG
480 TATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAATGATGCGAATTTGAAAAGGATG
* * *
36476 TCGAACTATTTCGGGAATCACCAGTGGTCACCCCCTGAGCATACTTGCAGGAGATATACAATTAA
545 TCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATACTTGCAGGAGATATACCATTAA
* *
36541 TT-TCTAATAAGTGATCATTGCCTTAGG-TTTAAAAATAAAATGCACTC
610 TTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAATGCACTC
* * *
36588 AAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTTTCTCTTTCCTAAAGTATC
1 AAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTC
*
36653 GAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGACACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTA
66 GAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTA
* * * *
36718 TTTTGTTTTCGAAATATGAGAAGTCTGCACCAATCGTTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAATA
131 TTTGGTTTT-GAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAA
* * *
36783 TC-GAGTGACTTTAATAAAAACATTTTATTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCAAAAA
195 TCAG-GTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAA
* * * *
36847 TCTAGAAATCAAATTTGGGAGTCGGTTACGCTTTGGGAAGGATTCTAACCCCCATAAGCACCCAA
259 TCTAGAAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAA
* * *
36912 AAATTGGTACATAGTTCATTACCCTATATTTAAAATTAGAAATTTTGACTTTGATATTTATTTAA
324 AAATTGGTACATAGTTGATTACCCTATATTTAAAATTAGAAATTTTGAGTTTGATCTTTATTTAA
* *
36977 TTTCAAAATCATTACGGATGTAAAGTTACAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCAC
389 TTTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCAC
*
37042 CCCTAGCATAAATGCGAGATATTAACTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAA
454 CCCTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAA
37107 ACAATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAG
519 ACAATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAG
* *
37172 CATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAAAATTGCCTTAGGTTATAAAAATA
584 CATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATA
*
37237 AAATGCAGTC
649 AAATGCACTC
*
37247 AAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCCCTCTCTATCCTAAAGTGTC
1 AAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTC
* **
37312 GAATTATGAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTAAAATATTAACCCTA
66 GAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTA
* *
37377 TTTGGTTTTTAAATTATGAGGAGTCTCC-CACAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAA
131 TTTGGTTTTGAAA-TATGAGAAGTCTCCAC-CAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAA
* *
37441 ATCACGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATAAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAA
194 ATCAGGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAA
* * *
37506 TCTAGAAATCAAATTCAGGAGTCAGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACACCCATAAGCACCCAA
259 TCTAGAAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAA
* * *
37571 AAATTGGTACATAGTTGATTACCGTATATCTAAAATTAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAA
324 AAATTGGTACATAGTTGATTACCCTATATTTAAAATTAGAAATTTTGAGTTTGATCTTTATTTAA
* *
37636 TTTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTACAGAGGGTATTCGTTTATTAATGTTAATAGCATTCAC
389 TTTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCAC
* *
37701 CACTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTACCTCGATTTTAGAA
454 CCCTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAA
** *
37766 ACAATGATATGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACACCCTGAG
519 ACAATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAG
* * * *
37831 CATACTTGCAGGAGATGTACCATTAATTCCCTAATAAGTGAATATTGCCTTAAGTTTTAAAACTA
584 CATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATA
37896 AAATGCACTC
649 AAATGCACTC
* *
37906 AAACAAATTTACATTCGTCCTAACTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTC
1 AAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTC
* * * *
37971 GAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAACCCAAGAAACGTAGGTTCTAATTTTAACCCTA
66 GAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTA
* * * * *
38036 TTCGATTATTGAAATGTGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGAATGGGACACCATACAAA
131 TTTGGTT-TTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAA
* *
38101 TCTGGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCATGTTTTAAGGTATGCGAAAAT
195 TCAGGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAAT
* * *
38166 CTAGAAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCTTGGGGAATGATTATAA-ACCCATAAGCACCCAAA
260 CTAGAAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAA
* * * * *
38230 AATTTGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCATAAATTTTGAGTTTAATCTTTATTTAAT
325 AATTGGTACATAGTTGATTACCCTATATTTAAAATTAGAAATTTTGAGTTTGATCTTTATTTAAT
* * * *
38295 TTGAAAATCATTACGGATGTATAGTTAAAGAGGGTATTCATTTACTAATGCTAATAGTATTCACC
390 TTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACC
* *
38360 CCTAGCATAAATGCGACG-TATTAGTTATTGTGCCTAATAACCAACTATTGCCTCGATTTTAGAA
455 CCTAGCATAAATGCGA-GATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAA
* * * *
38424 ACAATGATACGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTTGGGAATCACCAGTAGTTACCCCTTGAG
519 ACAATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAG
* * * *
38489 CATACTTACATGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAATATTGCCTTATGTTTTAAAAATA
584 CATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATA
38554 AAATG
649 AAATG
38559 TAGGTTCTAA
Statistics
Matches: 4184, Mismatches: 382, Indels: 138
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
650 29 0.01
651 70 0.02
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ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (658 bp):
AAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTC
GAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTA
TTTGGTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAAT
CAGGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATC
TAGAAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAA
ATTGGTACATAGTTGATTACCCTATATTTAAAATTAGAAATTTTGAGTTTGATCTTTATTTAATT
TGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCC
CTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAAC
AATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCA
TACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAA
ATGCACTC
Found at i:39050 original size:544 final size:544
Alignment explanation
Indices: 38014--39102 Score: 1722
Period size: 544 Copynumber: 2.0 Consensus size: 544
38004 CCCAAGAAAC
** *
38014 GTAGGTTCTAATTTTAACCCTATTCGATTATTGAAATGTGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGG
1 GTAGGTTCTAAAATTAACCCTATTCGATTATTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGG
* *
38079 TGCGAATGGGACACCATACAAATCTGGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACC
66 TGCGAATAGGACACCATACAAATCGGGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACC
* * *
38144 ATGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAGAAATCAAATTCGGGAGTCGGTTACGCTTGGGGAATGATT
131 ATGTCTTAAGGTATGCGAAAATCTAGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTAGGGGAATGATT
* *
38209 ATAAACCCATAAGCACCCAAAAATTTGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCATAAATTT
196 ATAAACCCATAAGCACCCAAAAATTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTT
* * *
38274 TGAGTTTAATCTTTATTTAATTTGAAAATCATTACGGATGTATAGTTAAAGAGGGTATTCATTTA
261 TGAGTTCAATCTTTATTTAATTTGAAAATCACTACGAATGTATAGTTAAAGAGGGTATTCATTTA
* * *
38339 CTAATGCTAATAGTATTCACCCCTAGCATAAATGCGACGTATTAGTTATTGTGCCTAATAACCAA
326 CTAATGCTAATAGCATTCACCCCTAGCATAAATGCGACGTATTAGCTATTGTGCCTAAAAACCAA
* *
38404 CTATTGCCTCGATTTTAGAAACAATGATACGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTTGGGAATC
391 ATATTGCCTCGATTTTAGAAACAATGATACGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATC
* * * *
38469 ACCAGTAGTTACCCCTTGAGCATACTTACATGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAATAT
456 ACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATACTTAAAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAATAT
*
38534 TGCCTTATGTTTTAAAAATAAAAT
521 TGCCTTAAGTTTTAAAAATAAAAT
* * * *
38558 GTAGGTTCTAAAATTAACCCTATTTGGTTTTTGAAATATGAGAAGTGTCCACCAATCATTTAAGG
1 GTAGGTTCTAAAATTAACCCTATTCGATTATTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGG
* * *
38623 TGCGATTAGGACACCA-A-AAATTCGGGTGATTTTAATAAAAATATTTTATTTTTATCAAACTAC
66 TGCGAATAGGACACCATACAAA-TCGGGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATAC
*
38686 TATGTCTTAAGGTATGCGAAAATCTAGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTAGGGGAA-GTA
130 CATGTCTTAAGGTATGCGAAAATCTAGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTAGGGGAATG-A
* *
38750 TTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAATTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATGAGAAA
194 TTATAA-ACCCATAAGCACCCAAAAATTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAA
* * *
38815 TTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTTAAAATCACTACGAATGTA-ATGTTAAAGAGGGTATTCG
258 TTTTGAGTTCAATCTTTATTTAATTTGAAAATCACTACGAATGTATA-GTTAAAGAGGGTATTCA
* *
38879 TTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCTAGCATAAATGTGA-GATATTAGCTATTGTGCCTAAAA
322 TTTACTAATGCTAATAGCATTCACCCCTAGCATAAATGCGACG-TATTAGCTATTGTGCCTAAAA
**
38943 ACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAATGATGTTG-ATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCG
386 ACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAATGAT-ACGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCG
39007 GGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATACTTAAAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGT
450 GGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATACTTAAAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGT
39072 GAATATTGCCTTAAGTTTTAAAAATAAAAT
515 GAATATTGCCTTAAGTTTTAAAAATAAAAT
39102 G
1 G
39103 CACTCAAACA
Statistics
Matches: 499, Mismatches: 40, Indels: 12
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
542 4 0.01
543 106 0.21
544 388 0.78
545 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (544 bp):
GTAGGTTCTAAAATTAACCCTATTCGATTATTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGG
TGCGAATAGGACACCATACAAATCGGGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACC
ATGTCTTAAGGTATGCGAAAATCTAGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTAGGGGAATGATT
ATAAACCCATAAGCACCCAAAAATTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTT
TGAGTTCAATCTTTATTTAATTTGAAAATCACTACGAATGTATAGTTAAAGAGGGTATTCATTTA
CTAATGCTAATAGCATTCACCCCTAGCATAAATGCGACGTATTAGCTATTGTGCCTAAAAACCAA
ATATTGCCTCGATTTTAGAAACAATGATACGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATC
ACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATACTTAAAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAATAT
TGCCTTAAGTTTTAAAAATAAAAT
Found at i:40887 original size:658 final size:658
Alignment explanation
Indices: 38554--41748 Score: 4928
Period size: 658 Copynumber: 4.9 Consensus size: 658
38544 TTTAAAAATA
* *
38554 AAATGTAGGTTCTAAAATTAACCCTATTTGGTTTTTGAAATATGAGAAGTGTCCACCAATCATTT
1 AAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTGGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTT
* *
38619 AAGGTGCGATTAGGACACCAAAAATTCGGGTGATTTTAATAAAAATATTTTATTTTTATCAAACT
66 AAGGTGCGATTAGGACACCAAAAATTCGGGTGATTTTAATAAAAACATTTTCTTTTTATCAAACT
* * * *
38684 ACTATGTCTTAAGGTATGCGAAAATCTAGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTAGGGGAAGT
131 ACCATGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGG
*
38749 ATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAATTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATGAGAA
196 ATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAATTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAA
* * * *
38814 ATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTTAAAATCACTACGAATGTAATGTTAAAGAGGGTATTCG
261 ATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCG
* *
38879 TTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCTAGCATAAATGTGAGATATTAGCTATTGTGCCTAAAAA
326 TTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAA
38944 CCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAATGATGTTG-ATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGG
391 CCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAATGATG-TGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGG
**
39008 GAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATACTTAAAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTG
455 GAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTG
*
39073 AATATTGCCTTAAGTTTTAAAAATAAAATGCACTCAAAC-AATTTTCATTCGTCCTAATTAACCC
520 AATATTGCCTTAAGTTTTAAAAATAAAATGCACTCAAACAAATTTTCATTCATCCTAATTAA-CC
* *
39137 AA-GGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGC
584 AAGGGTGATTTAAGACTCTCTCTATCCTAAAGTGTCGAATTATAAAAATTAAAGAACCTAAAGGC
* **
39201 ACAACCCGAG
649 ACAAACATAG
* * * *
39211 AAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTCGATTGTTGAAATGTGAGAAGTCTCCACCAATCATTT
1 AAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTGGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTT
* * * *
39276 AAGGTGCGAATGGGACACCATACAAA-TCTGGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTTATCAA
66 AAGGTGCGATTAGGACACCA-A-AAATTCGGGTGATTTTAATAAAAACATTTT-CTTTTTATCAA
* * * * * * *
39340 AATACCATGTTTTAAGGGATGCGAAAATCCAGAAATTAAATTCGGGAGTCTGTTAAGCTTGGGGA
128 ACTACCATGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGA
* * * * *
39405 ATGATTTTAA-CCCCGTAAGCACCCAAAATATT-GTACCTAGTTGATTTCCCTATACTTAAAATC
193 AGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAA-ATTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATC
* ** *
39468 ATAAATTTTGAGTTTAATCTTTATTTAATTTGAAAATCATTACGGATGTATA-TT-AAGAGGGTA
257 AGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTA
*
39531 TTC-TTTATTAATGCTAATAGTATTCACCCCTAGCATAAATGCGA-AGTATTAGCTATTGTGCCT
322 TTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCTAGCATAAATGCGAGA-TATTAGCTATTGTGCCT
* * **
39594 AATAACTAAATATTGCATCGATTTTAGAAAC-ATGATACGAATTTGAAAA-GATGTCGACCTATT
386 AATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAATGATGTGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATT
* *
39657 TCGGGAATCACAAGTAGTCACCCCCTGAGCATACTTACAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATA
451 TCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATA
* *
39722 AGTGAATATTACCTTAAGTTTTAAAAATAAAATGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTA
516 AGTGAATATTGCCTTAAGTTTTAAAAATAAAATGCACTCAAACAAATTTTCATTCATCCTAATTA
*
39787 ACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTCGAATTATAAAAATTAAAGAACCTAAA
581 ACCAAGGGTGATTTAAGACTCTCTCTATCCTAAAGTGTCGAATTATAAAAATTAAAGAACCTAAA
**
39852 GGCACAAACATTT
646 GGCACAAACATAG
* * **
39865 AAATGTAAGTTCTAATATTAACCCTATTTGGTTTTTGAAATATGGGAAGTCTTAACCAATCATTT
1 AAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTGGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTT
* *
39930 AAGGTGCGATTAGGACACCAAAAAATTTGGGTGATTTTAATAAAAATATTTTCTTTTTATCAAAC
66 AAGGTGCGATTAGGACACC-AAAAATTCGGGTGATTTTAATAAAAACATTTTCTTTTTATCAAAC
39995 TACCATGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAG
130 TACCATGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAG
* *
40060 GATTATAACCCCCAAAAGCACCCAAAAATTGATACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGA
195 GATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAATTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGA
40125 AATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTC
260 AATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTC
* * * *
40190 GTTTATTATTGATAATAGCATTCACCCGTGGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATA
325 GTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATA
* *
40255 ACCAAATATTGCCTCTATTTTAGAAACAATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGG
390 ACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAATGATGTGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGG
* * *
40320 GAATCACCAGTAGTTACCCCCTGGGCATACTTGCAGGAGATATATCATTAATTCCCTAATAAGTG
455 GAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTG
* * * * * * *
40385 AACATTGCCTTATGTTTTAAAAATAAAATTCGCACAAACAAATTTTCTTTCATCGTAATTAACCA
520 AATATTGCCTTAAGTTTTAAAAATAAAATGCACTCAAACAAATTTTCATTCATCCTAATTAACCA
* *
40450 AGGGTGATTTAAAACTCTCTCTATCCTAAAGTGTCGAATTATAAAAATTAAAGAACCTAACGGCA
585 AGGGTGATTTAAGACTCTCTCTATCCTAAAGTGTCGAATTATAAAAATTAAAGAACCTAAAGGCA
40515 CAAACATAG
650 CAAACATAG
*
40524 AAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTAATTGGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTT
1 AAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTGGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTT
40589 AAGGTGCGATTAGGACACCAAAAATTCGGGTGATTTTAATAAAAACATTTTCTTTTTATCAAACT
66 AAGGTGCGATTAGGACACCAAAAATTCGGGTGATTTTAATAAAAACATTTTCTTTTTATCAAACT
*
40654 ACCATGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAGAAATCAAATTCGGGACTCGGTAACGCTTGGGGAAGG
131 ACCATGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGG
* *
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* *
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*
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* * *
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* * * * *
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* * *
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586 GGGTGATTTAA-GACTCTCTCTATCCTAAAGTGTCGAATTATAAAAATTAAAGAACCTAAAGGCA
41173 CAAACATAG
650 CAAACATAG
*
41182 AAATGTAGGTTCTAATAATAACCCTATTTGGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTT
1 AAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTGGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTT
* * * *
41247 AACGTCCGATTGGGACACCATAAAAATT-GGGTGATTTTAATAAAAAAAAATTTAT-TTTTTATC
66 AAGGTGCGATTAGGACACC--AAAAATTCGGGTGATTTTAAT--AAAAACATTT-TCTTTTTATC
* * * * * * * * *
41310 AAAAATTCCAAGTTTTAAGGTATGCGAAATTCTACAAATCAAATT-GAGGAGTCGGTTGCGCATA
126 -AAACTACCATGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTAGAAATCAAATTCG-GGACTCGGTTACGCTTG
* * * * *
41374 GGGAAGGATTATAACACCTATAAGAACCCAAAAATTGGTACATAGTTGATTACCATATATTTAAA
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* * *
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* * *
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* *
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* * * *
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Statistics
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AAACATAG
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* *
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* **
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* * *
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* *
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* * *
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*
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*
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* * ** * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* *
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*
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* *
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* **
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* * *
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* *
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*
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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*
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* * * ** *
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*
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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*
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * *
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* *
45293 TAAAATCAGAAATTTTGAGTTTGTTCTTTATTTAATTTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAA
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* * *
45358 GTGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCGTTCACCCCTAGCATAAATTCGAGATATTAGCTATT
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*
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* * *
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585 CCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATACTTACAGGAGATATACCATTAATTCC
*
45553 CTAGTAAGTG
650 CTAATAAGTG
* * *
45563 AATATTGCATAAAGTTTTAAAAATAAAATGCACTCAAACTAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCA
1 AATATTGCCTTAAGTTTTAAAAATAAAATGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCA
45628 AGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTCGAATTATAAAAATTAAAGAACCTAAAGGCA
66 AGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAAAGTGTCGAATTATAAAAATTAAAGAACCTAAAGGCA
* * *
45693 TAAACATAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTGGTTTCTGAAATATGATAAGTCTCCAC
131 CAAACATAGAAATGTAGGTTCTAATATTAACCCTATTTGGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCAC
* * * *
45758 CAATCATTTAAGGTGCGATTAGGACACCAAACAATTCAGGTGATTTTAATAAAAATATTTTCTTT
196 CAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCAAAAAATTCGGGTGATTTTAATAAAAACATTTTCTTT
* * * *
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* *
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* * * * *
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455 GAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATT
* * *
46081 GTGCCTAAAAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAATGATGTGGATTTGAAAAGGATGTCGA
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* * **
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650 CTAATAAGTG
* *
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*
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * **
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* *
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*
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*
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*
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* *
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*
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* * *
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* *
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* * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* * *
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*
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* *
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* * *
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* * *
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* *
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*
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*
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* *
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*
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* *
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* * * *
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* *
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*
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* *
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*
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* * * *
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*
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*
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*
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* ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* ** *
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* * *
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* *
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* *
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*
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*
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*
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*
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* * *
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TCTGATACTTGACATGGATTTTGT
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*
61095 ATTCTGATCTGATACTTGACATGGATTTTGTTCTGATA-TCTGACATGG
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* * * * * *
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* *
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1 A
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* *
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TGACCCGACCCT
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** *
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* * **
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* *
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*
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* *
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* * * *
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77907 TCTTTGAAAA
* * * *
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* *
77982 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTTTATCAAAATTCCAAGTTTTAAGGAATGCGAAAATC
66 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTA--TTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATC
* *
78047 TAAAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCCTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCA-CCAAAA
129 TAGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAA
78111 CATTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAAT
194 -ATTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAAT
* *
78176 TTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTCAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATATCATTCACC
258 TTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACC
*
78241 CCTAGCATAAATACGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAA
323 CCTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAA
78306 CAATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGC
388 CAATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGC
*
78371 ATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAAAATTGCCTTAGG-TTTAAAAATAA
453 ATACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAA
* * *
78435 AATACAGTCAAACAAAATTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCC
518 AATGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCC
* * * *
78500 TAAAGTGTCAAATTATGAGAATTAAAGAACCTTAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTATAATA
583 TAAAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATA
78565 TTAACCCTATTT
648 TTAACCCTATTT
* * *
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1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
* *
78642 CGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATAAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
66 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
* * ** * *
78707 GAAATCAAATTCAGGAGTCTATTACGCCTGGGAAAGGATTATAACCCCCATAAGCA-CCAAAACA
131 GAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAA-A
* *
78771 TTGGTACCTAGTTGATTACCGTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTCAATTT
195 TTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTT
* * * * *
78836 GAAAATCATTACGGAAT-TAAAGTGAAAAAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGAATTCATCC
260 GAAAATCATTACGG-ATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCC
* *
78900 CTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTAATGTGCCTAATAACTAAATATTGCCTCGATTTTAGAAAC
324 CTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAAC
*
78965 AATGATACGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCA
389 AATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCA
* *
79030 TACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCTTAATAAGTGAACGTTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAA
454 TACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAA
* * * *
79095 ATGCACTAAAACAAATTTTCATTCGTCCCAATTAACCAAGGGTAATTTAAGGCTCTCTCTATCAT
519 ATGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCT
*
79160 AAAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACAC-ATAAATGTAGGTTCTAATA
584 AAAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAAC-CTAGAAATGTAGGTTCTAATA
**
79224 TTAACTGTATTT
648 TTAACCCTATTT
* * * *
79236 AGTTTTTGAAATGTGAGGAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTAGGACACCATAAAAATCG
1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
* * *
79301 GGTGATTTTAATAAAAATATTTTATTTTCATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATACGAAAATCTA
66 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
* *
79366 GAAATCAAATTCGGGAATTGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
131 GAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
*
79431 TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTTGATCTTTATTTAATTTG
196 TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTG
* * * **
79496 AAAATCATTACGGATGAAAAGTTAGAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATA-CTATTCACCAG
261 AAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGC-ATTCACCCC
* * * *
79560 TAGCATATATGCGAGGTATTAGCTATTGTGCCTAATAACAAAAAATTGCCTCGATTTTAGAAACA
325 TAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACA
* * * * *
79625 ATGATGTGAATTTGAAAAGTATTTCAACCTATTTTGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCAT
390 ATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCAT
* * *
79690 ACTTGTAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACAATGCCTTAGGTTATAAAAATAAAA
455 ACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAA
* * * * * *
79755 TGCAGTTAAACAAATGTTCATTCGTCCAAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCCCCCTCTATCCTA
520 TGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTA
*
79820 AAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATATAGGTTCTAATATT
585 AAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATT
*
79885 AACCATATTT
650 AACCCTATTT
* * * * ** * *
79895 GGTTTTTAAAATATGAGGAGTCTCTAACAATCATTTAAGGTGCGAGAGGGACACCATAAAATTTG
1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
* * * *
79960 GGTGATTTTAATAAAAAACATTTTCTTTTTATCAAACTACCAAGTTTTAATGTATGCGAAAAACT
66 GGTGATTTTAAT-AAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCT
* * * * ** *
80025 ATAAATCAAATTCGGGAATCAGTTACGCGTGGGGAAATATTATAACACCCATAAGCACCCAAAAA
130 AGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAA
* * *
80090 TTGGTACATAGTCGATTACCCTATATTTAAAATTAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTT-ATTT
195 TTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTT
*
80154 GAAAATCATTACGGATGTAAAGTTACAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAG-ACTTCACCC
260 GAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCA-TTCACCC
* *
80218 CTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTACCTTGATTTTAGAAAC
324 CTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAAC
* *
80283 AATGATACAAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCA
389 AATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCA
* * * *
80348 TACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCTCTAATAAATGAATATTGCCTTAAGTTTTAAAAATAAA
454 TACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAA
* *
80413 ATACACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCAAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCT
519 ATGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCT
* * * * *
80478 AAAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAAACTAAAGGCACAACCCGA-AAAAGTAAGTTCTAATAT
584 AAAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATAT
*
80542 TAACCCTATTC
649 TAACCCTATTT
* * * *
80553 GGTTGTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGAATGGGACACCATACAAATCT
1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
*
80618 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGAATGCGAAAATCTA
66 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
* * * *
80683 GAAATCAAATTTGGGACTCGGTTATGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCAAAAGCACCCAAAAAT
131 GAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
*
80748 TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTAATTTAATTTG
196 TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTG
*
80813 AAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGTTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCT
261 AAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCT
80878 AGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAA
326 AGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAA
* * *
80943 TGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCGGTAGTCACCCACTGAGGATA
391 TGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATA
* *
81008 CTTGCAGGAGATATATCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAACT
456 CTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAAT
* ** * * *
81073 GCACACAAA-ATTTTTTTCTTTCATCCTAATTAACCAAGGGTGTTTTAAGGCTCTCTCTATCCTA
521 GCACTCAAACA-AATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTA
* *
81137 AAGTGTCGAATGATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACATAGAAATGTAGGTTCTAATATT
585 AAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATT
81202 AACCCTATTT
650 AACCCTATTT
* * * *
81212 TGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCCATTCGGACACCAAAAAAAATC
1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACC-ATAAAAATC
* * * * *
81277 GGGTGATTTTAATAAAAACATTTTCTTTTTATCAAACTACCATGTTTTAAGGTATGCAAAAATTT
65 GGGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCT
*
81342 AGAAATCAAATTCGGGACTCGATTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAA
130 AGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAA
* *
81407 TTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAAAAATTTTGAGTTAGATCTTTATTTAATTT
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** *
81472 GAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTTATTTATTAATGCTAATAGTATTCACCCC
260 GAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCC
* * * *
81537 TAGCATAAATGCGAGGTATTAGCTATTGTGTCTGATAACCAATTATTGCCTCGATTTTAGAAACA
325 TAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACA
* * * *
81602 ATGATACGAATTTGATAAGGATGTCGAACTATTTCGGGAATCTCCAGTAGTCACCCCCTGAGCAT
390 ATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCAT
* * *
81667 ACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAATATTACCTTGGGTTTTAAAAATAAAA
455 ACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAA
*
81732 TACACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTA
520 TGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTA
* * * *
81797 AAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAACCCGAGAAAAGTAAGTTCTAATATT
585 AAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATT
*
81862 AACCCTATTC
650 AACCCTATTT
* * * *
81872 GGTTGTT-ATAATGTGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGAATGGGACACCATACAAATC
1 GGTTTTTGA-AATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATC
* *
81936 TGGTGATTTTAATAAAAACA--TT-TTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGAATGCGAAAATCT
65 GGGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCT
* * * *
81998 AGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTATGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCAAAAGTACCCAAAAA
130 AGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAA
*
82063 TTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCCTTATTTAATTT
195 TTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTT
* *
82128 GAAAATAATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTATATTAATGCTAATAGCATTCACCCC
260 GAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCC
82193 TAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACA
325 TAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACA
* * *
82258 ATGATGCGAATTTGAAAAGTATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCACTGAGGAT
390 ATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCAT
**
82323 ACTTGCAGGAGATATATAATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAA
455 ACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAA
* * *
82388 TGCACACAAAAAAATTTTCTTTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTA
520 TGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTA
* *
82453 AAGTGTCGAATGATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACATAGAAATGTAGGTTCTAATATT
585 AAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATT
82518 AACCCTATTT
650 AACCCTATTT
* * * * * *
82528 TGTTTTTGAAATGTGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCCATTAGGACACCAAAAAAATCC
1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
* * * * *
82593 GGTGATTTTAATAAAAACA--TT-TTTTTATGAAACTACCATGTTTTAAGGTATGCAAAAATTTA
66 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
*
82655 GAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAACT
131 GAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
*
82720 TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAAAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTG
196 TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTG
* *
82785 AAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCATTTATTAATGCTAATAGTATTCACCCCT
261 AAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCT
* * * *
82850 AGCATAAATGCGAGGTATTAGCTATTGTGCCTGATAACCAATTATTGCCTCGA-TTTATAAACAA
326 AGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAA
* *
82914 TGATACGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCTCCAGTAGTCACCCCCTGAGCATA
391 TGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATA
*
82979 CTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAAGATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAAT
456 CTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAAT
* * * *
83044 GCACTCAAACAAATTTTCATTTGTCCTAATTAACCAAGGGTAATTTAAGGCTTTCTCTATCATAA
521 GCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAA
*
83109 AGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATTTAGGTTCTAATATTA
586 AGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTA
83174 ACCCTATTT
651 ACCCTATTT
* * * *
83183 GGTTTTTGAAATATGAGAAGCCTCCACGAATCATTTAAGGTACGATTGGGACACCATAAAAATTG
1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
* * *
83248 GGTGATTTTAATAAAAACATATTCTTTTTATCAAAATACAAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
66 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
* ** * *
83313 GAAATCAAATTCTGGAGACGGTTACACGTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
131 GAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
* *
83378 TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGGAATTTTGAGTTTGATCTTTATTTAATTTG
196 TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTG
* * *
83443 AAAATCATTACGAATGTAAAGTTAAAGAAGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTTA-CCCT
261 AAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCT
*
83507 AGCATAAAT--GAGATA-TAGCTATTGTGCCTAATAA-CAAATATTG-CTCAATTTTAGAAAC-A
326 AGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAA
* *
83566 TGATGCGAATTTGAAAA-GATGTAGACCTATTTCGGAAAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGC-T
391 TGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGG-GAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCAT
* * *
83629 ACTTGCAGGAGAATATACCATTAATTCCCTAATAACTGAACATTCCCTTAGGTTTTAGAAAT-AA
455 ACTTGCAGGAG-ATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAA
* * * *
83693 ATGCACTC-AACAAA-TTTCATTCGTCATAA-TAACCAA-GGTTATTTAAGGCCCTTTCTATCCT
519 ATGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCT
* *
83754 -AAGTATCGAA-T-TAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATATAGGTTCTAATAT
584 AAAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATAT
*
83816 CAACCCTATTT
649 TAACCCTATTT
* *
83827 GGTTTTTGAAATATGAGAATGT-T-TACCAATCTTTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATC
1 GGTTTTTGAAATATGAGAA-GTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATC
* * * *
83890 GGGTAATTTTAATAAAAATATTTCT-TTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGGAAATC
65 GGGTGATTTTAATAAAAACATTT-TATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATC
* * * *
83954 TAGATATCAAATTC-GGAGTTGGTTACAGC-GGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAA
129 TAGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTAC-GCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAA
* *
84017 AATTGGTACCTAGTTAATTACCCTATATTTAAAAT-AGAAA-TTTGAGTTCGATCTTCATTTAAT
193 AATTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAAT
* * * * * * *
84080 TTGTAAATCATTACGGATAT-AAGTTAAAGATGGTATTAGTTTATTATTGCTAATAACTTTCACC
258 TTGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACC
* * *
84144 CCTAGAATAAATGAGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAATCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAA
323 CCTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAA
* *
84209 CAATAATGCG-ATTTGAAAAAGATGTCGACCTATTTC-GGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGC
388 CAATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGC
* *
84272 ATACTTGCAGGAGATATACAATTAAATT-CCTAATAAGTGATCATTGCCTTAGG-TTTAAAAAT-
453 ATACTTGCAGGAGATATACCATT-AATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATA
* *
84334 AAATG----C--ACAAATTTTCATTCATCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTTTCTCTATC
517 AAATGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATC
* *
84393 CTAAAGTATCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGCTCTAAT
582 CTAAAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAAT
84458 ATTAACCCTATTT
647 ATTAACCCTATTT
* * * * * *
84471 TGTTTTCGAAATATGAGAAGTGTCCACCAATCGTTTAAGGTGCGATTGGGACTCCATGAAAATCG
1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
* * *
84536 AGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTTTTCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCAAAAATCT
66 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTA-TTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCT
* * * *
84601 AGAAATCAAATTTGGGAGTCGGTTACGCTTGTGGAAGGATTCTAACCCCCATAAGCACCCAAAAA
130 AGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAA
* * * * *
84666 TTGGTACATAGTTCATTACCCTATATTTAAAATTAGAAATTTTGACTTTGATCTTTATTTAATTT
195 TTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTT
* *
84731 CAAAATCATTACGGATGTAAAGTTACAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCC
260 GAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCC
*
84796 TAGCATAAATGCGAGATATTAGCT-TTGTGCCTAATAACC-AATATTTCCTCGATTTTAGAAACA
325 TAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACA
84859 ATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCAT
390 ATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCAT
* * *
84924 ACTTGCAGGAGATATGCCATTAATTCCCTAATAAGTGAAAATTGCCTTAGGTTAT-AAAAT-AAA
455 ACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAA
* *
84987 TGCA-GCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCCCTCTCTATCCTA
520 TGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTA
* * *
85051 AAATGTCGAATTATGAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTATAATATT
585 AAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATT
85116 AACCCTATTT
650 AACCCTATTT
* * *
85126 GGTTTTT-AAATTATGAGGAGTCTCCAACAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATT
1 GGTTTTTGAAA-TATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATC
* * *
85190 GAGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTTTTC-CAATACCAAGTTTTAAGGTATGC-AAAATC
65 GGGTGATTTTAATAAAAACATTTTA-TTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATC
* * *
85253 TAGAAATCAAATTTGGGAGTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTCTAACCCCCATAAGCACCC-AAA
129 TAGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAA
* * * * *
85317 ATTGGTACATAGTTCATTTCCCTATATTTAAAATTAGAAATTTTGACTT-GATCTTTATTTAATT
194 ATTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATT
* *
85381 T-CAAATCATTACGGATGTAAAGTTACAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCA--C
259 TGAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCC
*
85443 CTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTACCTCGATTTTAGAAAC
324 CTAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAAC
** * *
85508 AATGATATGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACTAGTAGTCACACCCTGAGCA
389 AATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCA
* * *
85573 TACTTGCAGGAGATGTACCATTAATTCCCTAATAAGTGAATATTGCCTTAAGTTTTAAAAATAAA
454 TACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAA
* *
85638 ATGCACTCAAACAAATTTACATTCGTCCTAACTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCT
519 ATGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCT
* * *
85703 AAAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAACCCGAGAAACGTAGGTTCTAAT-T
584 AAAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATAT
*
85767 TAACCCTATTC
649 TAACCCTATTT
* * * * * *
85778 GATTGTTG-AATGTGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGAATGGGA-ACCATACAAATCT
1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
* * *
85841 GGTAATTTTCATAAAAACA--TT-TTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGAATGCGAAAATCTA
66 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
* * *
85903 GAAATCAAATTC-GGACTCGGTTATGCGTGGGGAAGGATTATAACCCCCAAAAGCACCCAAAAAT
131 GAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
* *
85967 TGGTACCTAATTGATTACCCTATATTT-AAATCAGAAATTTTTGAG-TCGATCCTTATTTAATTT
196 TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAA-TTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTT
*
86030 GAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTATATTAATGCTAATAGCATTCACCCC
260 GAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCC
86095 TAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACA
325 TAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACA
86160 ATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCA-CCCCTGAGCAT
390 ATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCAT
* * *
86224 ACTTGCAGGAGATATGCCATTAATTCCCT-ATAAGTGAAAATTGCCTTAGGTTAT-AAAA-AAAA
455 ACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAA
* * *
86286 TGCAGTCAAAC-AATTTTCATTCGTCCT-A--AACCAAGGGTGA-TTAAAGCCCTCTCTATCCTA
520 TGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTA
* * *
86346 AAATGTCGAATTATGAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAA-CTAGAAATGTAGG-TATAATATT
585 AAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATT
86409 AACCCTATTT
650 AACCCTATTT
* *
86419 GGTTTTT-AAATTATGAGGAGTCTCCAACAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAAT-
1 GGTTTTTGAAA-TATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATC
* * * *
86482 GAGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTTTCCAAATACC-AGTTTTAAGGTATGCAAAAATCT
65 GGGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCT
* * *
86546 AGAAATCAAATTTGGGAATCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTCTAA-CCCCATAAGCACCC-AAAA
130 AGAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAA
* * * * *
86609 TTGGTA--TAGTTCATTTCCCTATATTTAAAATTAGAAATTTTGACTTTGATC-TTATTTAATTT
195 TTGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTT
* *
86671 CAAAATCATTACGGATGTAAAGTTACAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCC
260 GAAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCC
*
86736 TAGCATAAATGCGAGATATTAGCTA-T-TGCCTAATAACCAAATATTACCTCGATTTTAGAAACA
325 TAGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACA
** * *
86799 ATGATATGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACTAGTA-TCACACCCTGAGCAT
390 ATGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCAT
* * *
86863 AC-TGCAGGAGATGTACCATTAATTCCCTAATAAGTGAATATTGCCTTAAGTTTTAAAAATAAAA
455 ACTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAA
* *
86927 -GCACTCAAACAAATTTACATTCGTCCTAACTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTA
520 TGCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTA
* * *
86991 AAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCT-AAGGCACAACCCGAGAAACGTAGGTTCTAAT-TT
585 AAGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATT
*
87054 AACCCTA-TC
650 AACCCTATTT
* * * * * *
87063 GATTGTTGAAATGTGAGAAG--TCCACCAATCATTTAAGGTGCGAATGGGAAACCATAAAAATCT
1 GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
* *
87126 GGT-ATTTTCATAAAAA-A---T-TTTTTATC-AAATACCAAGTTTTAAGGAATGCGAAAATCTA
66 GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
87184 GAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACG--TGGGGAA
131 GAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAA
Statistics
Matches: 7848, Mismatches: 692, Indels: 225
0.90 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
635 7 0.00
636 7 0.00
637 53 0.01
638 33 0.00
639 166 0.02
640 76 0.01
641 195 0.02
642 266 0.03
643 174 0.02
644 306 0.04
645 209 0.03
646 109 0.01
647 181 0.02
648 142 0.02
649 187 0.02
650 405 0.05
651 214 0.03
652 167 0.02
653 195 0.02
654 43 0.01
655 548 0.07
656 870 0.11
657 178 0.02
658 1036 0.13
659 1235 0.16
660 845 0.11
661 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (659 bp):
GGTTTTTGAAATATGAGAAGTCTCCACCAATCATTTAAGGTGCGATTGGGACACCATAAAAATCG
GGTGATTTTAATAAAAACATTTTATTTTTATCAAAATACCAAGTTTTAAGGTATGCGAAAATCTA
GAAATCAAATTCGGGACTCGGTTACGCTTGGGGAAGGATTATAACCCCCATAAGCACCCAAAAAT
TGGTACCTAGTTGATTACCCTATATTTAAAATCAGAAATTTTGAGTTCGATCTTTATTTAATTTG
AAAATCATTACGGATGTAAAGTTAAAGAGGGTATTCGTTTATTAATGCTAATAGCATTCACCCCT
AGCATAAATGCGAGATATTAGCTATTGTGCCTAATAACCAAATATTGCCTCGATTTTAGAAACAA
TGATGCGAATTTGAAAAGGATGTCGACCTATTTCGGGAATCACCAGTAGTCACCCCCTGAGCATA
CTTGCAGGAGATATACCATTAATTCCCTAATAAGTGAACATTGCCTTAGGTTTTAAAAATAAAAT
GCACTCAAACAAATTTTCATTCGTCCTAATTAACCAAGGGTGATTTAAGGCTCTCTCTATCCTAA
AGTGTCGAATTATAAGAATTAAAGAACCTAAAGGCACAAACCTAGAAATGTAGGTTCTAATATTA
ACCCTATTT
Done.