Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01008747.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111837_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12616935
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
File 40 of 51
Found at i:10114770 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10114745--10114785 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
10114735 TTCTTATACT
10114745 TTTGGCATGTT-TTTCAGTTA
1 TTTGGCAT-TTATTTCAGTTA
*
10114765 TTTGGCATTTATTTCATTTA
1 TTTGGCATTTATTTCAGTTA
10114785 T
1 T
10114786 CTTTTTCTAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.11
20 17 0.89
ACGTcount: A:0.17, C:0.10, G:0.15, T:0.59
Consensus pattern (20 bp):
TTTGGCATTTATTTCAGTTA
Found at i:10117328 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 10117264--10117332 Score: 113
Period size: 30 Copynumber: 2.3 Consensus size: 30
10117254 AAATATTTCG
10117264 ATTTCATCCCCAAAATTTTTGAACATTCCA
1 ATTTCATCCCCAAAATTTTTGAACATTCCA
*
10117294 ATTTCATCCCCAAACTTTTTGAACATT-CA
1 ATTTCATCCCCAAAATTTTTGAACATTCCA
*
10117323 CTTTCATCCC
1 ATTTCATCCC
10117333 AACATACATA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 11 0.30
30 26 0.70
ACGTcount: A:0.29, C:0.30, G:0.03, T:0.38
Consensus pattern (30 bp):
ATTTCATCCCCAAAATTTTTGAACATTCCA
Found at i:10117631 original size:59 final size:60
Alignment explanation
Indices: 10117493--10117661 Score: 234
Period size: 59 Copynumber: 2.9 Consensus size: 60
10117483 TGATTGTGGG
* ** * * *
10117493 CAATTTAGAATGAGGGTCATAGTTAAGAGATGAAATTAGAATGTTCAAAAGTTTAAGGAC
1 CAATTTAGAATGAGGATCATAGTTTGGAGATGAAATTGGAATATTCAAATGTTTAAGGAC
*
10117553 TAATTTAGAATGAGGATCATAGTTTGGAGATGAAATTGGAATATTCAAATG-TTAAGGAC
1 CAATTTAGAATGAGGATCATAGTTTGGAGATGAAATTGGAATATTCAAATGTTTAAGGAC
* * *
10117612 CAATTTAAAATGAGAATCATAGTTTGGAGATAAAATTGGAA-ATTCAAATG
1 CAATTTAGAATGAGGATCATAGTTTGGAGATGAAATTGGAATATTCAAATG
10117662 GTAAAGACTT
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 11, Indels: 2
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
58 9 0.09
59 45 0.46
60 44 0.45
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.22, T:0.30
Consensus pattern (60 bp):
CAATTTAGAATGAGGATCATAGTTTGGAGATGAAATTGGAATATTCAAATGTTTAAGGAC
Found at i:10122113 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 10122089--10122122 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 2.5 Consensus size: 13
10122079 ACATGTTTAT
10122089 TTATCGTTTATCAA
1 TTATC-TTTATCAA
*
10122103 TTATCTTTATCGA
1 TTATCTTTATCAA
10122116 TTATCTT
1 TTATCTT
10122123 ACTTGTAGTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
13 14 0.74
14 5 0.26
ACGTcount: A:0.24, C:0.15, G:0.06, T:0.56
Consensus pattern (13 bp):
TTATCTTTATCAA
Found at i:10124284 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10124258--10124308 Score: 93
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
10124248 TTTTTAGGGA
*
10124258 GTATCGATACATGTTCTTGGG
1 GTATCGATACACGTTCTTGGG
10124279 GTATCGATACACGTTCTTGGG
1 GTATCGATACACGTTCTTGGG
10124300 GTATCGATA
1 GTATCGATA
10124309 ATTTAAAGAG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 29 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.16, G:0.27, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
GTATCGATACACGTTCTTGGG
Found at i:10124617 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 10124582--10124617 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
10124572 ATAAAATTTT
*
10124582 AGTATCGATACTCAAAGA
1 AGTATCGATACCCAAAGA
*
10124600 AGTATCGATACCCTAAGA
1 AGTATCGATACCCAAAGA
10124618 GGGAAGTACC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.19, G:0.17, T:0.22
Consensus pattern (18 bp):
AGTATCGATACCCAAAGA
Found at i:10130958 original size:282 final size:279
Alignment explanation
Indices: 10130444--10131004 Score: 1063
Period size: 282 Copynumber: 2.0 Consensus size: 279
10130434 ATCTATGAGA
10130444 GAAACAAGGTTTTATAGGTTAGGGGTATCAGTATTGTATGAACAATATTGATATTGATCATAAAA
1 GAAACAAGGTTTTATAGGTTAGGGGTATCAGTATTGTATGAACAATATTGATATTGATCATAAAA
10130509 ATAGGTAAAATGTTGAGGGATTTTTGAGGGAGTATCAATATGTTCTTGGGGCATCATATGTTCAA
66 ATAGGTAAAATGTTGAGGGATTTTTGAGGGAGTATCAATATGTTCTTGGGGCATCATATGTTCAA
10130574 GGAGTATCGATACTCAGGGCTTAGTATCAATACTAGTAAATTATTTTAGATTCCAATAGAAAAAA
131 GGAGTATCGATACTCAGGGCTTAGTATCAATACTAGTAAATTATTTTAGATTCCAATAGAAAAAA
10130639 TTTGATACTGGTACTCAAGAAAGTACTGATACATAGAGGCTAATATCGATACTCTAGATAAGAGT
196 TTTGATACTGGTACTCAAGAAAGTACTGATACATAGAGGCTAATATCGATACTCTAGATAAGAGT
10130704 ATTGGTAATCGAATATTTT
261 ATTGGTAATCGAATATTTT
10130723 GAAACAAGGTTTTATAGGTTAGGGGTATCA-TATTGTATGAACAATATTGATATTGATCATAAAA
1 GAAACAAGGTTTTATAGGTTAGGGGTATCAGTATTGTATGAACAATATTGATATTGATCATAAAA
10130787 ATAGGTAAAATGTTGAGGGATTTTGTGAGGGAGTATCAATACATGTTCTTGGGGCATCATATTGT
66 ATAGGTAAAATGTTGAGGGATTTT-TGAGGGAGTATCAAT--ATGTTCTTGGGGCATCATA-TGT
10130852 TCAAGGAGTATCGATACTCAGGGCTTAGTATCAATACTAGTAAATTATTTTAGATTCCAATAGAA
127 TCAAGGAGTATCGATACTCAGGGCTTAGTATCAATACTAGTAAATTATTTTAGATTCCAATAGAA
10130917 AAAATTTGATACTGGTACTC-AGAAAGTACTGATACCATAGAGGCTAATATCGATACTCTAGATA
192 AAAATTTGATACTGGTACTCAAGAAAGTACTGATA-CATAGAGGCTAATATCGATACTCTAGATA
10130981 AGAGTATTGGTAATCGAATATTTT
256 AGAGTATTGGTAATCGAATATTTT
10131005 TCCAAACATC
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 0, Indels: 7
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
278 58 0.21
279 45 0.16
281 33 0.12
282 141 0.51
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (279 bp):
GAAACAAGGTTTTATAGGTTAGGGGTATCAGTATTGTATGAACAATATTGATATTGATCATAAAA
ATAGGTAAAATGTTGAGGGATTTTTGAGGGAGTATCAATATGTTCTTGGGGCATCATATGTTCAA
GGAGTATCGATACTCAGGGCTTAGTATCAATACTAGTAAATTATTTTAGATTCCAATAGAAAAAA
TTTGATACTGGTACTCAAGAAAGTACTGATACATAGAGGCTAATATCGATACTCTAGATAAGAGT
ATTGGTAATCGAATATTTT
Found at i:10131052 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 10131026--10131060 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
10131016 AATGCAATTT
10131026 TAGTACCGATACTAGGG
1 TAGTACCGATACTAGGG
* *
10131043 TAGTATCGATATTAGGG
1 TAGTACCGATACTAGGG
10131060 T
1 T
10131061 GATAGTATCG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.29, T:0.31
Consensus pattern (17 bp):
TAGTACCGATACTAGGG
Found at i:10140419 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 10140374--10140469 Score: 115
Period size: 30 Copynumber: 3.1 Consensus size: 31
10140364 ATGTTAATGG
10140374 TGATGAT-GATGGTGGTGGTAGAGAAGATGA
1 TGATGATGGATGGTGGTGGTAGAGAAGATGA
* * *
10140404 TGGTGGTGG-TGGTGGTGGTAGAAAAGATGA
1 TGATGATGGATGGTGGTGGTAGAGAAGATGA
*
10140434 TGATGATGGAATGTGATTGTGGTAGAGAAGATGA
1 TGATGATGG-ATG-G-TGGTGGTAGAGAAGATGA
10140468 TG
1 TG
10140470 TGAAGGAATG
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 7, Indels: 6
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
30 32 0.59
31 1 0.02
32 2 0.04
33 1 0.02
34 18 0.33
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.44, T:0.28
Consensus pattern (31 bp):
TGATGATGGATGGTGGTGGTAGAGAAGATGA
Found at i:10140543 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 10140497--10140543 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
10140487 GTGAAGGTGA
* *
10140497 AGATAATCATAGAATGAGT
1 AGATAATAAAAGAATGAGT
*
10140516 AGATGATAAAAGAATGA-T
1 AGATAATAAAAGAATGAGT
10140534 AGGATAATAA
1 A-GATAATAA
10140544 GATGAAGGTG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 2
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.09
19 21 0.91
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.21, T:0.23
Consensus pattern (19 bp):
AGATAATAAAAGAATGAGT
Found at i:10145222 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 10145102--10145264 Score: 326
Period size: 81 Copynumber: 2.0 Consensus size: 81
10145092 TTGATTTGAA
10145102 TACTAGACAAACAGTGTGTAAATTGAGAAAAAACTCTTTATGGACTAAAACAGTCCCCAAGAGCT
1 TACTAGACAAACAGTGTGTAAATTGAGAAAAAACTCTTTATGGACTAAAACAGTCCCCAAGAGCT
10145167 TGGATTGGGAACAGAG
66 TGGATTGGGAACAGAG
10145183 TACTAGACAAACAGTGTGTAAATTGAGAAAAAACTCTTTATGGACTAAAACAGTCCCCAAGAGCT
1 TACTAGACAAACAGTGTGTAAATTGAGAAAAAACTCTTTATGGACTAAAACAGTCCCCAAGAGCT
10145248 TGGATTGGGAACAGAG
66 TGGATTGGGAACAGAG
10145264 T
1 T
10145265 CAAGGTGATC
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
81 82 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.22, T:0.23
Consensus pattern (81 bp):
TACTAGACAAACAGTGTGTAAATTGAGAAAAAACTCTTTATGGACTAAAACAGTCCCCAAGAGCT
TGGATTGGGAACAGAG
Found at i:10146733 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 10146661--10146784 Score: 221
Period size: 62 Copynumber: 2.0 Consensus size: 62
10146651 TATTTTTATA
*
10146661 AAAACAAACATTAAAATTTTTTAAAGCCTTGATCAGCACCTCATGAGAAGGGTTACAAGCCT
1 AAAACAAACATTAAAATTTTTTAAAGCCTTGATCAACACCTCATGAGAAGGGTTACAAGCCT
* *
10146723 AAAACAAACATTACAATTTTTTAAAGCCTTGATCAACACCTCATGAGATGGGTTACAAGCCT
1 AAAACAAACATTAAAATTTTTTAAAGCCTTGATCAACACCTCATGAGAAGGGTTACAAGCCT
10146785 CTTATGCCAC
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 3, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
62 59 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.20, G:0.14, T:0.27
Consensus pattern (62 bp):
AAAACAAACATTAAAATTTTTTAAAGCCTTGATCAACACCTCATGAGAAGGGTTACAAGCCT
Found at i:10152601 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 10152557--10152672 Score: 169
Period size: 29 Copynumber: 4.0 Consensus size: 29
10152547 CCTTTATTCG
*
10152557 TTTACTCAACAGTGTTTAACCGTTCATCT
1 TTTACTCAACAATGTTTAACCGTTCATCT
* * *
10152586 TATACTCAACAGTGTTTAACCTTTCATCT
1 TTTACTCAACAATGTTTAACCGTTCATCT
* *
10152615 TTTACTCAACAATGTTTAACCTTTCATAT
1 TTTACTCAACAATGTTTAACCGTTCATCT
*
10152644 TTTACTCAACAATGTTTAATCGTTCATCT
1 TTTACTCAACAATGTTTAACCGTTCATCT
10152673 AACTGGCATA
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 8, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 79 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.22, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (29 bp):
TTTACTCAACAATGTTTAACCGTTCATCT
Found at i:10153143 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 10153061--10153287 Score: 321
Period size: 47 Copynumber: 4.8 Consensus size: 47
10153051 TTAATTTCAC
* *
10153061 TTATGGCATCTTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAG
1 TTATAGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAG
* * *
10153108 TTA-AGCATCCTTTTCATGCCTTAATGGATCTGTTCATGTATTTTTAG
1 TTATAGCATCC-TTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAG
* *
10153155 TTATAGCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGCTCATGCATTTTTAG
1 TTATAGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAG
* * * *
10153202 TTATGGCATCCTTTCATGTCTTAATGCACCCGTTCATGTATTTTTAG
1 TTATAGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAG
* *
10153249 TTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGC
1 TTATAGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGC
10153288 CTTAATGCAC
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 18, Indels: 4
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
46 5 0.03
47 148 0.93
48 7 0.04
ACGTcount: A:0.20, C:0.22, G:0.15, T:0.43
Consensus pattern (47 bp):
TTATAGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAG
Found at i:10153284 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10153261--10153304 Score: 79
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
10153251 ATGGCATCAT
*
10153261 TTCATGCCTTAATGCATCCG
1 TTCATGCCTTAATGCACCCG
10153281 TTCATGCCTTAATGCACCCG
1 TTCATGCCTTAATGCACCCG
10153301 TTCA
1 TTCA
10153305 AGCATTTTTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 23 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.32, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (20 bp):
TTCATGCCTTAATGCACCCG
Found at i:10153286 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 10153207--10153354 Score: 224
Period size: 67 Copynumber: 2.2 Consensus size: 67
10153197 TTTAGTTATG
* * * *
10153207 GCATCCTTTCATGTCTTAATGCACCCGTTCATGTATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTA
1 GCATCCGTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCAAGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTA
10153272 AT
66 AT
* *
10153274 GCATCCGTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCAAGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATTCCTTA
1 GCATCCGTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCAAGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTA
10153339 AT
66 AT
**
10153341 GCATTTGTTCATGC
1 GCATCCGTTCATGC
10153355 ATTTTTAGTT
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 8, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 73 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.24, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (67 bp):
GCATCCGTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCAAGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTA
AT
Found at i:10153290 original size:114 final size:114
Alignment explanation
Indices: 10153160--10153397 Score: 388
Period size: 114 Copynumber: 2.1 Consensus size: 114
10153150 TTTAGTTATA
* *
10153160 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGCTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGT-CTT
1 GCATCCGTTCATGCCTTAATGCACCCGCTCAAGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCAT-TCCTT
*
10153224 AATGCACCCGTTCATGTATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAAT
65 AATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAAT
*
10153274 GCATCCGTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCAAGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATTCCTTA
1 GCATCCGTTCATGCCTTAATGCACCCGCTCAAGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATTCCTTA
***
10153339 ATGCATTTGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAAT
66 ATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAAT
*
10153388 GCACCCGTTC
1 GCATCCGTTC
10153398 TTGCATTTTT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 8, Indels: 2
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
113 1 0.01
114 114 0.99
ACGTcount: A:0.20, C:0.25, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (114 bp):
GCATCCGTTCATGCCTTAATGCACCCGCTCAAGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATTCCTTA
ATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAAT
Found at i:10153314 original size:161 final size:161
Alignment explanation
Indices: 10153120--10153434 Score: 477
Period size: 161 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
10153110 AAGCATCCTT
* * * * *
10153120 TTCATGCCTTAATGGATCTGTTCATGTATTTTTAGTTATAGCATCCTTTCATGCCTTAATGCACC
1 TTCATGCCTTAATGCACCCGTTCAAGCATTTTTAGTTATAGCATCCTTTCATGCCTTAATGCACC
* * *
10153185 CGCTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGTCTTAATGCACCCGTTCATGTATTTTTAGT
66 CGCTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGT
10153250 TATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCG
131 TATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCG
* * **
10153281 TTCATGCCTTAATGCACCCGTTCAAGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATTCCTTAATGCATT
1 TTCATGCCTTAATGCACCCGTTCAAGCATTTTTAGTTATAGCATCCTTTCATGCCTTAATGCACC
* * *
10153346 TGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCTTGCATTTTTAGT
66 CGCTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGT
* *
10153411 TATGGCATCCTTTTATGCCTTAAT
131 TATGGCATCATTTCATGCCTTAAT
10153435 AAACCTATTC
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 17, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
161 137 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.22, G:0.14, T:0.43
Consensus pattern (161 bp):
TTCATGCCTTAATGCACCCGTTCAAGCATTTTTAGTTATAGCATCCTTTCATGCCTTAATGCACC
CGCTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGT
TATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCG
Found at i:10153325 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 10153274--10153683 Score: 604
Period size: 47 Copynumber: 8.7 Consensus size: 47
10153264 ATGCCTTAAT
* *
10153274 GCATCCGTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCAAGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* ***
10153321 GCATCCTTTCATTCCTTAATGCATTTGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* *
10153368 GCATCATTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCTTGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* ** **
10153415 GCATCCTTTTATGCCTTAATAAACCTATTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* *
10153462 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCATTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
10153509 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* * * *
10153556 GCATCATTTCATGTCTTAATGTATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* * *
10153603 GCATCTTTTCATGCCATAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
**
10153650 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATTCGTTCATGC
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGC
10153684 CTTAATGCAT
Statistics
Matches: 326, Mismatches: 37, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 326 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.22, G:0.14, T:0.43
Consensus pattern (47 bp):
GCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
Found at i:10153455 original size:208 final size:206
Alignment explanation
Indices: 10153073--10153811 Score: 632
Period size: 208 Copynumber: 3.4 Consensus size: 206
10153063 ATGGCATCTT
* *
10153073 TTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTA-AGCATCCTTTTCATGCCTTAATGGAT
1 TTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCC-TTTCATGCCTTAATGCAT
* * * * *
10153137 CTGTTCATGTATTTTTAGTTATAGCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGCTCATGCATTTTTAG
65 CCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAG
* * * * * *
10153202 TTATGGCATCCTTTCATGTCTTAATGCACCCGTTCATGTATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATG
130 TTATGGCATCCTTTTATGCCTTAAT-AAACCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATG
10153267 CCTTAATGCATCCG
194 CCTTAATGCAT-CG
* * * *
10153281 TTCATGCCTTAATGCACCCGTTCAAGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATTCCTTAATGCATT
1 TTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATC
* *
10153346 TGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCTTGCATTTTTAGT
66 CGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGT
*
10153411 TATGGCATCCTTTTATGCCTTAATAAACCTATTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGC
131 TATGGCATCCTTTTATGCCTTAATAAACC-GTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGC
*
10153476 CTTAATGCATCCA
195 CTTAATGCAT-CG
* * * ** ** *
10153489 TTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCAT-GCATTTTTAGTT
1 TTCATGC---CTTA---AT-GCATCCGTTCATGCATT--TTTA---GTT-ATGGCATCCTT--TC
* *
10153553 ATGGCATCATTTCATGTCTTAATGTATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCTTTTCATGCC
51 AT-GC--C--TTAATG-C-------ATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCC
* * * * **
10153618 ATAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATTCGTTCATG
103 TTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTTATGCCTTAAT-AAACCGTTCATG
* * * *
10153683 C---CTTA---AT-GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCT
167 CATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGC---CTTA---AT-GCAT-CG
* * * *
10153724 TTCATGCCTTAGTGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGACATCATTTCATTCCTTAATGCATC
1 TTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATC
10153789 CGTTCATGCATTTTTAGTTATGG
66 CGTTCATGCATTTTTAGTTATGG
10153812 ATTCGGTTTA
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 58, Indels: 78
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
207 3 0.01
208 211 0.49
209 6 0.01
211 3 0.01
214 2 0.00
215 14 0.03
216 5 0.01
217 2 0.00
218 1 0.00
220 10 0.02
221 5 0.01
222 5 0.01
223 9 0.02
225 1 0.00
226 2 0.00
227 5 0.01
228 29 0.07
229 3 0.01
231 3 0.01
232 6 0.01
234 2 0.00
235 105 0.24
236 2 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.22, G:0.14, T:0.43
Consensus pattern (206 bp):
TTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATC
CGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGT
TATGGCATCCTTTTATGCCTTAATAAACCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCC
TTAATGCATCG
Found at i:10153487 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10153462--10153542 Score: 63
Period size: 20 Copynumber: 3.7 Consensus size: 20
10153452 TTTAGTTATG
10153462 GCATCCTTTCATGCCTTAAT
1 GCATCCTTTCATGCCTTAAT
* *
10153482 GCATCCATTCATGCATTTTTAGTTAT
1 GCATCCTTTCATGC---CTTA---AT
10153508 GGCATCCTTTCATGCCTTAAT
1 -GCATCCTTTCATGCCTTAAT
* *
10153529 GCACCCGTTCATGC
1 GCATCCTTTCATGC
10153543 ATTTTTAGTT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 6, Indels: 14
0.71 0.09 0.21
Matches are distributed among these distances:
20 25 0.52
21 2 0.04
23 3 0.06
24 3 0.06
26 2 0.04
27 13 0.27
ACGTcount: A:0.20, C:0.28, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (20 bp):
GCATCCTTTCATGCCTTAAT
Found at i:10153633 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10153610--10153703 Score: 73
Period size: 20 Copynumber: 4.3 Consensus size: 20
10153600 ATGGCATCTT
10153610 TTCATGCCATAATGCATCCG
1 TTCATGCCATAATGCATCCG
*
10153630 TTCATG-CATTTTTAGTTATGGCATCCT
1 TTCATGCCA----TA---AT-GCATCCG
* *
10153657 TTCATGCCTTAATGCATTCG
1 TTCATGCCATAATGCATCCG
*
10153677 TTCATGCCTTAATGCATCCG
1 TTCATGCCATAATGCATCCG
10153697 TTCATGC
1 TTCATGC
10153704 ATTTTTAGTT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 5, Indels: 18
0.72 0.06 0.22
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.03
20 37 0.62
21 2 0.03
23 2 0.03
24 2 0.03
26 2 0.03
27 12 0.20
28 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.26, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (20 bp):
TTCATGCCATAATGCATCCG
Found at i:10153681 original size:114 final size:114
Alignment explanation
Indices: 10153563--10153797 Score: 389
Period size: 114 Copynumber: 2.1 Consensus size: 114
10153553 ATGGCATCAT
* * *
10153563 TTCATGTCTTAATGTATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCTTTTCATGCCATAATGCATC
1 TTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCATAATGCATC
* * *
10153628 CGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATTCG
66 CGTTCATGCATTTTTAGTTATGACATCATTTCATGCCTTAATGCATCCG
* *
10153677 TTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAGTGCATC
1 TTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCATAATGCATC
*
10153742 CGTTCATGCATTTTTAGTTATGACATCATTTCATTCCTTAATGCATCCG
66 CGTTCATGCATTTTTAGTTATGACATCATTTCATGCCTTAATGCATCCG
10153791 TTCATGC
1 TTCATGC
10153798 ATTTTTAGTT
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 9, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
114 112 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.23, G:0.14, T:0.43
Consensus pattern (114 bp):
TTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCATAATGCATC
CGTTCATGCATTTTTAGTTATGACATCATTTCATGCCTTAATGCATCCG
Found at i:10153683 original size:161 final size:161
Alignment explanation
Indices: 10153516--10153811 Score: 511
Period size: 161 Copynumber: 1.8 Consensus size: 161
10153506 ATGGCATCCT
* *
10153516 TTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGTCTTAATGTATC
1 TTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATC
* *
10153581 CGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCTTTTCATGCCATAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGT
66 CGTTCATGCATTTTTAGTTATGACATCATTTCATGCCATAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGT
10153646 TATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATTCG
131 TATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATTCG
* * *
10153677 TTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAGTGCATC
1 TTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATC
* *
10153742 CGTTCATGCATTTTTAGTTATGACATCATTTCATTCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGT
66 CGTTCATGCATTTTTAGTTATGACATCATTTCATGCCATAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGT
10153807 TATGG
131 TATGG
10153812 ATTCGGTTTA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 9, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
161 126 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.22, G:0.15, T:0.43
Consensus pattern (161 bp):
TTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATC
CGTTCATGCATTTTTAGTTATGACATCATTTCATGCCATAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGT
TATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATTCG
Found at i:10153690 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 10153610--10153750 Score: 255
Period size: 67 Copynumber: 2.1 Consensus size: 67
10153600 ATGGCATCTT
*
10153610 TTCATGCCATAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATT
1 TTCATGCCATAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATC
10153675 CG
66 CG
* *
10153677 TTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAGTGCATC
1 TTCATGCCATAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATC
10153742 CG
66 CG
10153744 TTCATGC
1 TTCATGC
10153751 ATTTTTAGTT
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 3, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 71 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.25, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (67 bp):
TTCATGCCATAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATC
CG
Found at i:10153728 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 10153690--10153811 Score: 85
Period size: 27 Copynumber: 5.0 Consensus size: 27
10153680 ATGCCTTAAT
10153690 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* *
10153717 GCATCCTTTCATGC---CTTAG---T-
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
10153737 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* * *
10153764 ACAT-CATT--T-CATTCCTTA---AT-
1 GCATCCGTTCATGCATT-TTTAGTTATG
10153784 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
10153811 G
1 G
10153812 ATTCGGTTTA
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 10, Indels: 32
0.62 0.09 0.29
Matches are distributed among these distances:
20 16 0.23
21 6 0.09
23 12 0.17
24 12 0.17
26 6 0.09
27 17 0.25
ACGTcount: A:0.20, C:0.21, G:0.16, T:0.43
Consensus pattern (27 bp):
GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
Found at i:10153728 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 10153677--10153811 Score: 234
Period size: 47 Copynumber: 2.9 Consensus size: 47
10153667 AATGCATTCG
*
10153677 TTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCT
1 TTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCAT
* *
10153724 TTCATGCCTTAGTGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGACATCAT
1 TTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCAT
*
10153771 TTCATTCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGG
1 TTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGG
10153812 ATTCGGTTTA
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 6, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 82 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.21, G:0.15, T:0.44
Consensus pattern (47 bp):
TTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCAT
Found at i:10154238 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10154213--10154267 Score: 65
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20
10154203 TGGCCCTTTA
*
10154213 GTATCGATACCCCTATTATG
1 GTATCGATACCCCTATTAGG
*
10154233 GTATCGATATTACCCTATTAGG
1 GTATCGATA--CCCCTATTAGG
*
10154255 GTATCGACACCCC
1 GTATCGATACCCC
10154268 CTTCATGTAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 4
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.41
22 17 0.59
ACGTcount: A:0.25, C:0.27, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (20 bp):
GTATCGATACCCCTATTAGG
Found at i:10156191 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 10156184--10156208 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
10156174 CCATAAAAGC
10156184 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
10156209 CTTTCTGACA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:10158087 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 10158043--10158187 Score: 238
Period size: 29 Copynumber: 5.0 Consensus size: 29
10158033 CCTTTATTCG
*
10158043 TTTACTCAACAGTGTTTAACCGTTCATCT
1 TTTACTCAACAGTGTTTAACCTTTCATCT
* *
10158072 TATACTCAACAGTGTTAAACCTTTCATCT
1 TTTACTCAACAGTGTTTAACCTTTCATCT
10158101 TTTACTCAACAGTGTTTAACCTTTCATCT
1 TTTACTCAACAGTGTTTAACCTTTCATCT
*
10158130 TTTACTCAATAGTGTTTAACCTTTCATCT
1 TTTACTCAACAGTGTTTAACCTTTCATCT
10158159 TTTACTCAACAGTGTTTAA-CTGTTCATCT
1 TTTACTCAACAGTGTTTAACCT-TTCATCT
10158188 AACTGACATA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 7, Indels: 2
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
28 2 0.02
29 106 0.98
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (29 bp):
TTTACTCAACAGTGTTTAACCTTTCATCT
Found at i:10158634 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 10158579--10158803 Score: 351
Period size: 47 Copynumber: 4.8 Consensus size: 47
10158569 TTAATTTCAC
* * * *
10158579 TTATGGCATCTTTTCATACCTTAATCCATCCATTCATGCATTTTTAG
1 TTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAG
*
10158626 TTATGGCATCCTCTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAG
1 TTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAG
*
10158673 TTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAG
1 TTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAG
* * *
10158720 TTTTGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATTCATTTTTAG
1 TTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAG
* *
10158767 TTATGGCATCCTTTCATACCTTAATGCATCCTTTCAT
1 TTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCAT
10158804 ACCTTAATGC
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 15, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 163 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.24, G:0.12, T:0.43
Consensus pattern (47 bp):
TTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAG
Found at i:10158643 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 10158605--10158691 Score: 80
Period size: 27 Copynumber: 3.5 Consensus size: 26
10158595 TACCTTAATC
10158605 CATCCATTCATGCATTTTTAGTTATGG
1 CATCC-TTCATGCATTTTTAGTTATGG
*
10158632 CATCCTCTCATGC---CTTA---AT-G
1 CATCCT-TCATGCATTTTTAGTTATGG
10158652 CATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGG
1 CATCC-TTCATGCATTTTTAGTTATGG
10158679 CATCCTTTCATGC
1 CATCC-TTCATGC
10158692 CTTAATGCAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 3, Indels: 18
0.70 0.04 0.26
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.25
21 3 0.06
23 3 0.06
24 3 0.06
26 3 0.06
27 24 0.50
ACGTcount: A:0.20, C:0.25, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (26 bp):
CATCCTTCATGCATTTTTAGTTATGG
Found at i:10158662 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10158639--10158711 Score: 56
Period size: 20 Copynumber: 3.3 Consensus size: 20
10158629 TGGCATCCTC
10158639 TCATGCCTTAATGCATCCGT
1 TCATGCCTTAATGCATCCGT
* *
10158659 TCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTT
1 TCATGC---CTTA---AT-GCATCCGT
*
10158686 TCATGCCTTAATGCACCCGT
1 TCATGCCTTAATGCATCCGT
10158706 TCATGC
1 TCATGC
10158712 ATTTTTAGTT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 5, Indels: 14
0.68 0.08 0.23
Matches are distributed among these distances:
20 18 0.44
21 2 0.05
23 3 0.07
24 3 0.07
26 2 0.05
27 13 0.32
ACGTcount: A:0.19, C:0.27, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (20 bp):
TCATGCCTTAATGCATCCGT
Found at i:10158662 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 10158584--10158870 Score: 219
Period size: 67 Copynumber: 4.2 Consensus size: 67
10158574 TTCACTTATG
* * *
10158584 GCATCTTTTCATACCTTAATCCATCCATTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTCTCATGCCTTA
1 GCATCCTTTCATACCTTAATGCATCCATTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTA
10158649 AT
66 AT
* ** * * * *
10158651 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGC---CTTA---AT-GCACCCGTTCA
1 GCATCCTTTCAT--A-CCTTA---AT-GCATCCATTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCA
* *
10158709 TGCATTTTTAGTTTT
59 TGC---CTTA---AT
* * * * *
10158724 GGCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATTCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATACCTT
1 G-CATCCTTTCATACCTTAATGCATCCATTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTT
10158789 AAT
65 AAT
* *
10158792 GCATCCTTTCATACCTTAATGCATCCATTCATGCATTTTTAGTTATTGCATCATTTCATGCCTTA
1 GCATCCTTTCATACCTTAATGCATCCATTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTA
10158857 AT
66 AT
*
10158859 GCATCCATTCAT
1 GCATCCTTTCAT
10158871 GTATTTTTAG
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 33, Indels: 42
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
67 103 0.62
68 6 0.04
69 1 0.01
70 9 0.05
71 9 0.05
73 6 0.04
74 32 0.19
ACGTcount: A:0.22, C:0.25, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (67 bp):
GCATCCTTTCATACCTTAATGCATCCATTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTA
AT
Found at i:10158797 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10158772--10158823 Score: 95
Period size: 20 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20
10158762 TTTAGTTATG
10158772 GCATCCTTTCATACCTTAAT
1 GCATCCTTTCATACCTTAAT
10158792 GCATCCTTTCATACCTTAAT
1 GCATCCTTTCATACCTTAAT
*
10158812 GCATCCATTCAT
1 GCATCCTTTCAT
10158824 GCATTTTTAG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 31 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.31, G:0.06, T:0.38
Consensus pattern (20 bp):
GCATCCTTTCATACCTTAAT
Found at i:10158809 original size:114 final size:114
Alignment explanation
Indices: 10158678--10158917 Score: 385
Period size: 114 Copynumber: 2.1 Consensus size: 114
10158668 TTTAGTTATG
* *
10158678 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTT-TTGGCATCATTTCATGCCTT
1 GCATCCTTTCATACCTTAATGCACCCATTCATGCATTTTTAGTTATT-GCATCATTTCATGCCTT
*
10158742 AATGCATCCGTTCAT-TCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATACCTTAAT
65 AATGCATCCATTCATGT-ATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATACCTTAAT
*
10158792 GCATCCTTTCATACCTTAATGCATCCATTCATGCATTTTTAGTTATTGCATCATTTCATGCCTTA
1 GCATCCTTTCATACCTTAATGCACCCATTCATGCATTTTTAGTTATTGCATCATTTCATGCCTTA
* *
10158857 ATGCATCCATTCATGTATTTTTAGTTATGTCATCCTTTCATTCCTTAAT
66 ATGCATCCATTCATGTATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATACCTTAAT
*
10158906 GCATCCGTTCAT
1 GCATCCTTTCAT
10158918 GCATTTTTAG
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 7, Indels: 4
0.91 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
114 114 0.97
115 3 0.03
ACGTcount: A:0.21, C:0.24, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (114 bp):
GCATCCTTTCATACCTTAATGCACCCATTCATGCATTTTTAGTTATTGCATCATTTCATGCCTTA
ATGCATCCATTCATGTATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATACCTTAAT
Found at i:10158842 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 10158792--10159731 Score: 1486
Period size: 47 Copynumber: 20.0 Consensus size: 47
10158782 ATACCTTAAT
* * *
10158792 GCATCCTTTCATACCTTAATGCATCCATTCATGCATTTTTAGTTATT
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* * *
10158839 GCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCATTCATGTATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* * *
10158886 TCATCCTTTCATTCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTGTG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* *
10158933 GCATCCTTTTATGCCTTAGTGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* *
10158980 GCATCATTTCATGCCTTAATGCATTCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* *
10159027 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATA
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
10159074 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCA-CTCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATC-CGTTCATGCATTTTTAGTTATG
*
10159121 GCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* *
10159168 GCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATT
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* **
10159215 GCATCCTTTTATGCCTTAATGCATGTGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* *
10159262 GCATTCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATTCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
*
10159309 GCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* * *
10159356 GCATCCTTTTATGCCTTAATGTACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* * * * *
10159403 GCATACTTTCACGCCTTAATTCACCCGTTCATGGATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
*
10159450 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
10159497 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
*
10159544 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCTGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* * * *
10159591 ACATCATTTCATTCCTTAATGCATCCGTTCGTGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* * *
10159638 GTATCCTTTTATGCCTTAAGGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
*
10159685 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATTCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
10159732 AATTCGGTTT
Statistics
Matches: 820, Mismatches: 71, Indels: 4
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
46 1 0.00
47 818 1.00
48 1 0.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.22, G:0.14, T:0.44
Consensus pattern (47 bp):
GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
Found at i:10158905 original size:161 final size:161
Alignment explanation
Indices: 10158631--10158964 Score: 506
Period size: 161 Copynumber: 2.1 Consensus size: 161
10158621 TTTAGTTATG
* * * *
10158631 GCATCCTCTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTA
1 GCATCCTTTCATACCTTAATGCATCCATTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTA
* * *
10158696 ATGCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTTTGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATTCAT
66 ATGCACCCATTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCAT
10158761 TTTTAGTTATGGCATCCTTTCATACCTTAAT
131 TTTTAGTTATGGCATCCTTTCATACCTTAAT
*
10158792 GCATCCTTTCATACCTTAATGCATCCATTCATGCATTTTTAGTTATTGCATCATTTCATGCCTTA
1 GCATCCTTTCATACCTTAATGCATCCATTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTA
* * * * *
10158857 ATGCATCCATTCATGTATTTTTAGTTATGTCATCCTTTCATTCCTTAATGCATCCGTTCATGCAT
66 ATGCACCCATTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCAT
* * * *
10158922 TTTTAGTTGTGGCATCCTTTTATGCCTTAGT
131 TTTTAGTTATGGCATCCTTTCATACCTTAAT
*
10158953 GCATCCGTTCAT
1 GCATCCTTTCAT
10158965 GCATTTTTAG
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 18, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
161 155 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.24, G:0.13, T:0.43
Consensus pattern (161 bp):
GCATCCTTTCATACCTTAATGCATCCATTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTA
ATGCACCCATTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCGTTCATGCAT
TTTTAGTTATGGCATCCTTTCATACCTTAAT
Found at i:10158936 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 10158906--10159361 Score: 158
Period size: 27 Copynumber: 19.2 Consensus size: 27
10158896 ATTCCTTAAT
*
10158906 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTGTG
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* * *
10158933 GCATCCTTTTATGC---CTTAG---T-
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
10158953 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
** *
10158980 GCATCATTTCATGC---CTTA---AT-
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
*
10159000 GCATTCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* *
10159027 GCATCCTTTCATGC---CTTA---AT-
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* *
10159047 GCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTATA
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* *
10159074 GCATCCTTTCATGC---CTTA---AT-
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
10159094 GCA-CTCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATC-CGTTCATGCATTTTTAGTTATG
** *
10159121 GCATCATTTCATGC---CTTA---AT-
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
10159141 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
** *
10159168 GCATCATTTCATGC---CTTA---AT-
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
*
10159188 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATT
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* * *
10159215 GCATCCTTTTATGC---CTTA---AT-
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
**
10159235 GCATGTGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
* * *
10159262 GCATTCTTTCATGC---CTTA---AT-
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
*
10159282 GCATCCGTTCATTCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
** *
10159309 GCATCATTTCATGC---CTTA---AT-
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
10159329 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
1 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
10159356 GCATCC
1 GCATCC
10159362 TTTTATGCCT
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 59, Indels: 130
0.62 0.12 0.26
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.00
20 103 0.34
21 17 0.06
23 28 0.09
24 28 0.09
26 17 0.06
27 110 0.36
28 1 0.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.21, G:0.15, T:0.44
Consensus pattern (27 bp):
GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTATG
Found at i:10159151 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10159128--10159201 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 3.4 Consensus size: 20
10159118 ATGGCATCAT
10159128 TTCATGCCTTAATGCATCCG
1 TTCATGCCTTAATGCATCCG
* **
10159148 TTCATGCATTTTTAGTTATGGCATCAT
1 TTCATGC---CTTA---AT-GCATCCG
10159175 TTCATGCCTTAATGCATCCG
1 TTCATGCCTTAATGCATCCG
10159195 TTCATGC
1 TTCATGC
10159202 ATTTTTAGTT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 6, Indels: 14
0.67 0.10 0.23
Matches are distributed among these distances:
20 19 0.46
21 2 0.05
23 3 0.07
24 3 0.07
26 2 0.05
27 12 0.29
ACGTcount: A:0.20, C:0.24, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (20 bp):
TTCATGCCTTAATGCATCCG
Found at i:10159522 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10159450--10159577 Score: 69
Period size: 20 Copynumber: 5.7 Consensus size: 20
10159440 TTTAGTTATG
10159450 GCATCCTTTCATGCCTTAAT
1 GCATCCTTTCATGCCTTAAT
* * *
10159470 GCACCCGTTCATGCATTTTTAGTTAT
1 GCATCCTTTCATGC---CTTA---AT
10159496 GGCATCCTTTCATGCCTTAAT
1 -GCATCCTTTCATGCCTTAAT
* *
10159517 GCATCCGTTCATGCATTTTTAGTTAT
1 GCATCCTTTCATGC---CTTA---AT
10159543 GGCATCCTTTCATGCCTTAAT
1 -GCATCCTTTCATGCCTTAAT
10159564 GCAT-CTGTTCATGC
1 GCATCCT-TTCATGC
10159578 ATTTTTAGTT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 10, Indels: 30
0.67 0.08 0.24
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.02
20 36 0.43
21 4 0.05
23 6 0.07
24 6 0.07
26 4 0.05
27 25 0.30
ACGTcount: A:0.19, C:0.26, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (20 bp):
GCATCCTTTCATGCCTTAAT
Found at i:10160157 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10160132--10160228 Score: 77
Period size: 22 Copynumber: 4.7 Consensus size: 20
10160122 TGGCCCTTCA
*
10160132 GTATCGATACCCCTACTATG
1 GTATCGATACCCCTACTAGG
* *
10160152 GTATCGATACTACCGTATTAGG
1 GTATCGATAC--CCCTACTAGG
* **
10160174 GTATCAATACCCCTACTATA
1 GTATCGATACCCCTACTAGG
* *
10160194 CTATCGATACTACCCTATTAGG
1 GTATCGATAC--CCCTACTAGG
*
10160216 GTATCAATACCCC
1 GTATCGATACCCC
10160229 CTTCATGTAT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 15, Indels: 8
0.72 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 27 0.47
22 31 0.53
ACGTcount: A:0.29, C:0.28, G:0.13, T:0.30
Consensus pattern (20 bp):
GTATCGATACCCCTACTAGG
Found at i:10160191 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 10160132--10160228 Score: 158
Period size: 42 Copynumber: 2.3 Consensus size: 42
10160122 TGGCCCTTCA
* ** *
10160132 GTATCGATACCCCTACTATGGTATCGATACTACCGTATTAGG
1 GTATCAATACCCCTACTATACTATCGATACTACCCTATTAGG
10160174 GTATCAATACCCCTACTATACTATCGATACTACCCTATTAGG
1 GTATCAATACCCCTACTATACTATCGATACTACCCTATTAGG
10160216 GTATCAATACCCC
1 GTATCAATACCCC
10160229 CTTCATGTAT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 4, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 51 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.28, G:0.13, T:0.30
Consensus pattern (42 bp):
GTATCAATACCCCTACTATACTATCGATACTACCCTATTAGG
Found at i:10161729 original size:130 final size:131
Alignment explanation
Indices: 10161578--10161945 Score: 533
Period size: 131 Copynumber: 2.8 Consensus size: 131
10161568 ACAATATTGA
* * * ** * * *
10161578 AAATAGT-ATTATCTTTTCATTTCGGTTGGTGTAATAAATGACTTTTTTAAGGCATGATATGACA
1 AAATAGTGA-TATCTCTTCATTTCGATTGGAGTAATAAATGACTACTTTAAGGCATGAGAGGTCA
* * *
10161642 TTTATTCTCGATTAGAAATAATTAGATATTATCATTTTCTCTCGAATCAATATTG-ATTTTAAGA
65 TTTATTCTCGATTGGAAATAATTAGATATTATCGTTTTCTCTCGAATAAATATTGAATTTTAAGA
10161706 CG
130 CG
* * * * *
10161708 CAATAGTGATATCTCTTCATTTCAATTGGAGTAATAAATGACTGCTTTAAGGCATAAGAGGTCAA
1 AAATAGTGATATCTCTTCATTTCGATTGGAGTAATAAATGACTACTTTAAGGCATGAGAGGTCAT
* * *
10161773 TTATTCTCGATTGGAAATCATTAGATATTATCGTTTTCACTCGAATAAATATTGAATTTTAAGGC
66 TTATTCTCGATTGGAAATAATTAGATATTATCGTTTTCTCTCGAATAAATATTGAATTTTAAGAC
10161838 G
131 G
*
10161839 AAATAGTGATATCTCTTCATTTCGATTAGAGTAATAAATGACTACTTTAAGGCATGAGAGGTCAT
1 AAATAGTGATATCTCTTCATTTCGATTGGAGTAATAAATGACTACTTTAAGGCATGAGAGGTCAT
10161904 TTATTCTCGATTGGAAATAATTAGATATTATCGTTTTCTCTC
66 TTATTCTCGATTGGAAATAATTAGATATTATCGTTTTCTCTC
10161946 TTAAAATTAT
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 26, Indels: 3
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
130 100 0.48
131 110 0.52
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (131 bp):
AAATAGTGATATCTCTTCATTTCGATTGGAGTAATAAATGACTACTTTAAGGCATGAGAGGTCAT
TTATTCTCGATTGGAAATAATTAGATATTATCGTTTTCTCTCGAATAAATATTGAATTTTAAGAC
G
Found at i:10162916 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 10162910--10163016 Score: 143
Period size: 3 Copynumber: 37.0 Consensus size: 3
10162900 TTCCATTTGG
*
10162910 TTA TTA TTA TTA TTA TTA -TA TTA -TA TTA -TA TTA TTA TTA TT- TAA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
* *
10162954 TTA TTA TTCT TTA TTA GTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
1 TTA TTA TT-A TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
10163000 TTA -TA TTA TTA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA
10163017 CAGGCCCAAA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 6, Indels: 12
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
2 9 0.10
3 81 0.88
4 2 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.01, G:0.01, T:0.64
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:10164633 original size:155 final size:154
Alignment explanation
Indices: 10164446--10164767 Score: 363
Period size: 154 Copynumber: 2.1 Consensus size: 154
10164436 TTTTATATAT
* * * *
10164446 TAAATAAAAATCCTA-TTTAATAAA-ATATATATATTTGATTTCATTTTA-TATAAATTACTTTT
1 TAAATAAATATCATACTTTTATAAATATATATATA-TTAATTT-ATTTTATTATAAATTA-TTTT
* *
10164508 ATGAA-AAATAATCATATTTTAATATTTATTTA-TTTTTAATATTAAGAAAAGGG-TTGTCTTAA
63 A--AAGAAAT-AT-ATA-ATTAATATTTATTTATTTTTTAATATTAAG-AAAGGGACTGTCTTAA
* *
10164570 AGCAACTAGAAG-CATTTTTTGATATTTTTAAA
122 AGCAACTAGAAGTCATTTTCTGATATTTCTAAA
* * *
10164602 TAACTAAATATCATACTTTTATAAAT-TATATATATTAATTTATTTTATTTTTTAATTATTTTAA
1 TAAATAAATATCATACTTTTATAAATATATATATATTAATTTATTTTA-TTATAAATTATTTTAA
* *
10164666 AGAAATGTTTAATTAATATTTATTTATTTTTTTAATATTAAGAAAGGGACTGTCTTAAAGCAACT
65 AGAAATATATAATTAATATTTATTTA-TTTTTTAATATTAAGAAAGGGACTGTCTTAAAGCAACT
*
10164731 AGAAGTCATTTTCTGATATTTCTAAG
129 AGAAGTCATTTTCTGATATTTCTAAA
10164757 TAAATAAATAT
1 TAAATAAATAT
10164768 TTTATTTATA
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 15, Indels: 19
0.81 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
152 14 0.10
153 8 0.06
154 37 0.26
155 37 0.26
156 23 0.16
157 23 0.16
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (154 bp):
TAAATAAATATCATACTTTTATAAATATATATATATTAATTTATTTTATTATAAATTATTTTAAA
GAAATATATAATTAATATTTATTTATTTTTTAATATTAAGAAAGGGACTGTCTTAAAGCAACTAG
AAGTCATTTTCTGATATTTCTAAA
Found at i:10165316 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 10165299--10165336 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 3.2 Consensus size: 12
10165289 TTTCATAATA
10165299 TTTATTATATTT
1 TTTATTATATTT
10165311 TTTATTA-ATGTT
1 TTTATTATAT-TT
*
10165323 TTTATTTTATTT
1 TTTATTATATTT
10165335 TT
1 TT
10165337 AGATATTAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 4
0.82 0.04 0.14
Matches are distributed among these distances:
11 2 0.09
12 19 0.83
13 2 0.09
ACGTcount: A:0.21, C:0.00, G:0.03, T:0.76
Consensus pattern (12 bp):
TTTATTATATTT
Found at i:10172338 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 10172324--10172349 Score: 52
Period size: 9 Copynumber: 2.9 Consensus size: 9
10172314 TTCTTTATAC
10172324 TTTACATTT
1 TTTACATTT
10172333 TTTACATTT
1 TTTACATTT
10172342 TTTACATT
1 TTTACATT
10172350 CATTATTTCT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 17 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.12, G:0.00, T:0.65
Consensus pattern (9 bp):
TTTACATTT
Found at i:10175863 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10175839--10175895 Score: 80
Period size: 17 Copynumber: 3.6 Consensus size: 16
10175829 ATTATGCTTG
*
10175839 AAGAAGAAAAATG-AA
1 AAGAAAAAAAATGAAA
10175854 AAGAAAAAAAATGAAA
1 AAGAAAAAAAATGAAA
*
10175870 AAAAAGAAAAAATGAAA
1 AAGAA-AAAAAATGAAA
10175887 AAGAAAAAA
1 AAGAAAAAA
10175896 TATATATATA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 3, Indels: 3
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 12 0.32
16 10 0.27
17 15 0.41
ACGTcount: A:0.81, C:0.00, G:0.14, T:0.05
Consensus pattern (16 bp):
AAGAAAAAAAATGAAA
Found at i:10175871 original size:10 final size:9
Alignment explanation
Indices: 10175852--10175881 Score: 51
Period size: 9 Copynumber: 3.2 Consensus size: 9
10175842 AAGAAAAATG
10175852 AAAAGAAAA
1 AAAAGAAAA
10175861 AAAATGAAAA
1 AAAA-GAAAA
10175871 AAAAGAAAA
1 AAAAGAAAA
10175880 AA
1 AA
10175882 TGAAAAAGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
9 11 0.55
10 9 0.45
ACGTcount: A:0.87, C:0.00, G:0.10, T:0.03
Consensus pattern (9 bp):
AAAAGAAAA
Found at i:10175874 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 10175845--10175896 Score: 59
Period size: 15 Copynumber: 3.4 Consensus size: 14
10175835 CTTGAAGAAG
10175845 AAAAATGAAAAGAAA
1 AAAAATGAAAA-AAA
10175860 AAAAATGAAAAAAAAGA
1 AAAAATG--AAAAAA-A
*
10175877 AAAAATGAAAAAGA
1 AAAAATGAAAAAAA
10175891 AAAAAT
1 AAAAAT
10175897 ATATATATAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 7
0.80 0.02 0.17
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.21
15 12 0.36
16 2 0.06
17 12 0.36
ACGTcount: A:0.81, C:0.00, G:0.12, T:0.08
Consensus pattern (14 bp):
AAAAATGAAAAAAA
Found at i:10176279 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 10176256--10176311 Score: 103
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
10176246 CAAGTTTATC
10176256 TTTTCAAAATTCAATTTA
1 TTTTCAAAATTCAATTTA
10176274 TTTTCAAAATTCAATTTA
1 TTTTCAAAATTCAATTTA
*
10176292 TTTTCGAAATTCAATTTA
1 TTTTCAAAATTCAATTTA
10176310 TT
1 TT
10176312 CTTTTATATA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 37 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (18 bp):
TTTTCAAAATTCAATTTA
Found at i:10176962 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10176934--10177018 Score: 125
Period size: 22 Copynumber: 3.9 Consensus size: 22
10176924 ACATTTACAT
*
10176934 TCTTCAAAGATGACAGATTCTC
1 TCTTCAAAGATGATAGATTCTC
10176956 TCTTCAAAGATGATAGATTCTC
1 TCTTCAAAGATGATAGATTCTC
*
10176978 TCTTTAAAGATGATAGATTCTC
1 TCTTCAAAGATGATAGATTCTC
* * *
10177000 TTTTCAAAGAAGAAAGATT
1 TCTTCAAAGATGATAGATT
10177019 TATTGAATTT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 6, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 57 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (22 bp):
TCTTCAAAGATGATAGATTCTC
Found at i:10177612 original size:122 final size:122
Alignment explanation
Indices: 10177395--10178242 Score: 1100
Period size: 122 Copynumber: 6.9 Consensus size: 122
10177385 CACCCGATGG
* * * *
10177395 ATCAACATTTTCAGAAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATATGAAGAAGGATAAGAAGTTCATAA
1 ATCAACATTTCCAGAAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGGAGGAGAAGAAGTTCATAA
*
10177460 TGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGTTCGATTCTATCACAGAAGGAGATAGATCAAC
66 TGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTCGATTCTATCACAGAAGGAGATAGATCAAC
* *
10177517 ATCAACATTTCCAGAAGTA-TTCATAATGAGAAGAACTTATATGAAGGAGGAGAAGAAGTTCATA
1 ATCAACATTTCCAGAAG-AGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGGAGGAGAAGAAGTTCATA
* * * *
10177581 ATGAGAAGAACTTATTCTACTTTTTGTTCGATTCTATCACATAAGGAGATAGATCAAC
65 ATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTCGATTCTATCACAGAAGGAGATAGATCAAC
* * * *
10177639 ATCAACATTTCCAGAAGTGTTCATAATGAGAATAACTCATCTGAAGAAGGAGGAGAAGTTCATAA
1 ATCAACATTTCCAGAAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGGAGGAGAAGAAGTTCATAA
* * *
10177704 TGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGTTCGATTCTATCATAGAAGGAGATAGATCAGC
66 TGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTCGATTCTATCACAGAAGGAGATAGATCAAC
* * * *
10177761 AT-ACACTTTTCCAG-AGAAGTTCATAATGAGAAGAACTTATCTTAA-GATGAAGAAGAAGTTCA
1 ATCA-ACATTTCCAGAAG-AGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGGA-GGAGAAGAAGTTCA
* * * *
10177823 TAATGAGAAGAACTTGTTCAACCTTTTGCTAGACTCTATCACAGAAGGAGATAAATCAAC
63 TAATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTCGATTCTATCACAGAAGGAGATAGATCAAC
*
10177883 ATCAACATATT-CAGAATAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAA-GAGGAAGAAGAAGTTCAT
1 ATCAACAT-TTCCAGAAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGGAGG-AGAAGAAGTTCAT
* * * * * * * * *
10177946 AATGAGGAGAATTTGTTTAACCTTTTGCTAGACTCTATCACAGAAGAAGATAGATTAGC
64 AATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTCGATTCTATCACAGAAGGAGATAGATCAAC
* *
10178005 ATCAACATTTTCAGAAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAA-GATGAAGAAGAAGTTCATA
1 ATCAACATTTCCAGAAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGGA-GGAGAAGAAGTTCATA
* * ** * **
10178069 ATGAGAAGAATTTGTTCAACCTTTTGCTCGACGCTATCACAGAAGAAGATAGATCAGT
65 ATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTCGATTCTATCACAGAAGGAGATAGATCAAC
* * *
10178127 ATCAACATTTCCAGAAAGAGTTCATAATGAGAATAACTCATCTGAAGAAGGAGAAGAATTTCATA
1 ATCAACATTTCCAG-AAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGGAGGAGAAGAAGTTCATA
* * *
10178192 ATGAGAAGAATTTGTTCACCTTTTTGCTAGATTAC-ATCACAGAAGGAGATA
65 ATGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTCGATT-CTATCACAGAAGGAGATA
10178243 AATTATCATC
Statistics
Matches: 648, Mismatches: 64, Indels: 27
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
121 7 0.01
122 546 0.84
123 93 0.14
124 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (122 bp):
ATCAACATTTCCAGAAGAGTTCATAATGAGAAGAACTCATCTGAAGGAGGAGAAGAAGTTCATAA
TGAGAAGAACTTGTTCAACTTTTTGCTCGATTCTATCACAGAAGGAGATAGATCAAC
Found at i:10177833 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 10177775--10177834 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
10177765 ACTTTTCCAG
10177775 AGAAGTTCATAATGAGA
1 AGAAGTTCATAATGAGA
* *
10177792 AGAACTTATCTTAAGATGAAGA
1 AGAA-GT-TCAT-A-ATG-AGA
10177814 AGAAGTTCATAATGAGA
1 AGAAGTTCATAATGAGA
10177831 AGAA
1 AGAA
10177835 CTTGTTCAAC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 10
0.71 0.08 0.21
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.32
18 4 0.12
19 4 0.12
20 4 0.12
21 4 0.12
22 7 0.21
ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.22, T:0.23
Consensus pattern (17 bp):
AGAAGTTCATAATGAGA
Found at i:10177841 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10177779--10177842 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 3.2 Consensus size: 20
10177769 TTCCAGAGAA
10177779 GTTCATAATGAGAAGAACTT
1 GTTCATAATGAGAAGAACTT
* * ***
10177799 -ATCTTAA-GATGAAGAAGAA
1 GTTCATAATGA-GAAGAACTT
10177818 GTTCATAATGAGAAGAACTT
1 GTTCATAATGAGAAGAACTT
10177838 GTTCA
1 GTTCA
10177843 ACCTTTTGCT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 10, Indels: 6
0.66 0.21 0.13
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.06
19 11 0.35
20 16 0.52
21 2 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (20 bp):
GTTCATAATGAGAAGAACTT
Found at i:10178437 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 10178429--10178512 Score: 107
Period size: 3 Copynumber: 27.0 Consensus size: 3
10178419 CATTTGGCTT
*
10178429 TTA TTA TTA TTA TTTA TT- TTA CTA TTA TTA CTTA TTA TTA TTA TTTA
1 TTA TTA TTA TTA -TTA TTA TTA TTA TTA TTA -TTA TTA TTA TTA -TTA
*
10178476 TTA TTCT TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
1 TTA TT-A TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
10178513 CATGCCCAAA
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 4, Indels: 10
0.84 0.05 0.12
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.03
3 59 0.82
4 11 0.15
ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:10186587 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 10186576--10190951 Score: 5723
Period size: 6 Copynumber: 747.7 Consensus size: 6
10186566 TGACACATTC
10186576 ATATGT ATATGT ATGTATGT ATATG- -TATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT A--TATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10186624 ATATGT ATATGT ATATGT ATATG- -TATGT ATATGT ATA-GT ATAATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT AT-ATGT
10186670 ATATGT ATATG- -TATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGTAT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG--T ATATGT
10186718 ATATGT ATATG- -TATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* *
10186764 ATATGT ATATGT ATATGT ATTAGATGT ATATGT ATATAT ATATG- -TAGGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT A-T--ATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
*
10186813 ATATGT ATATGT ATGTATAT ATATGT ATATG- -TATG- ATATGT ATATG-
1 ATATGT ATATGT A--TATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10186859 ATATGT ATATG- -TAT-T ATATGT ATATGT ATATGT A-ATG- -TATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10186901 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG- -TATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10186947 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGTT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG-T ATATGT
10186996 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATAT-T ATATGT ATATGT -TATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10187042 ATATGT ATATGT ATATGT ATAT-T ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
*
10187089 ATATGT ATATGT AT-TGT ATATGT ATATGT CTATG- -TATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10187134 -TATGT ATATGT ATATGT ATA-G- -TATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10187178 ATATGT ATATG- --ATGT ATATGT ATATGT ATA--T ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10187221 -TATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATA--T ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10187266 ATATGT A-ATGT ATATGT ATA-GT ATATGT ATATG- -TATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
*
10187310 ATATGGT ATATGT ATATTT ATATGT -TATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATAT-GT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10187358 ATATGT ATATGT ATATGT A-ATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10187405 ATATG- ATAT-T ATATGT ATATGT ATATGT ATGTATGT ATATG- -TAT-T
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT A--TATGT ATATGT ATATGT
**
10187450 ATATGT ATATGT ATGGGT ATATGT ATATG- -TATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10187496 ATA--T ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10187542 ATATGT ATA--T ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10187588 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATA--T ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* *
10187634 ATAT-T ATATGT ATAT-T ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT AGATAAT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATAT-GT
*
10187681 ATATGT ATATG- ATATGT ATATAT ATATGT AT-TGT ATATGT ATATG-
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* *
10187726 -TATGT ATATG- -TATGT ATATGT ATA-GT ATATG- -CATGT ATATGC
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* * * *
10187768 ATATGT ATA--C ATATGC ATATGC ATATGC ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10187814 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT AATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT -ATATGT ATATGT
* *
10187863 ATATGC ATATGC ATATG- -TATGT AT-TGT ATATGT ATA-G- -TATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
*
10187905 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT GTATGT ATATGT AT-TGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
*
10187952 ATATG- -TATGT ATATGT ATATGAT GTATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATG-T ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10187999 ATATGT -TATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10188046 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG- ATATG- ATA-GT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
*
10188091 AT-TGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATAT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
*
10188138 ATATGT ATATG- -TATGT -TATGT ATATGT ATATGT ATATCT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* * * * * *
10188183 ATATGT ATATGTAT ATATGC ATATGC ATATGC ATATGG ATATGC ATATGC
1 ATATGT ATATG--T ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
***
10188233 ATGCAT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG- -TATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10188279 ATATGT ATATG- -TATGT ATATGT ATATGT ATATGT -TATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10188324 ATATGT ATATG- -TATGT ATATG- -TATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
*
10188368 ATATGT AGATGT ATA-GT ATATGT ATA-GT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
*
10188414 ATATGT ATATG- CTATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG-
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10188460 -TATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* * * * *
10188507 ATATGT CATATGT ATATGC ATATG- -CATGC ATATGC ATATGC ATATGT
1 ATATGT -ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* * *
10188554 ATATGG ATATGG ATATGT ATATGT ATATGT ATATG- -TATGT ATATGG
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* * *
10188600 ATATGT ATATGG ATATGG ATATGG ATATGT ATATG- -TATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
*
10188646 A-ATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGC
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10188693 ATATGT ATATGT AGTATGT ATATGT ATGTATGT ATATG- -TATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT A-TATGT ATATGT A--TATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* *
10188742 ATATGTCT ATGTGT ATAGGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATG--T ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10188792 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10188840 ATATGT ATATGT ATATGT A-A--T ATATGT ATATGT ATATGT ATATGTT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG-T
10188886 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATA--T ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10188932 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATA-G- -TATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10188977 ATATG- -TATGT A-ATGT ATATAGT ATA-GT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATAT-GT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
*
10189022 ATATGT ATATGG ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATGGATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT AT--ATGT
* * * *
10189072 ATATGG ATATGT ATGTATGC ATA-GC ATATGT ATATGT ATATGG ATATGAT
1 ATATGT ATATGT A--TATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG-T
* *
10189122 ATGCATGC ATATGC ATATGTAT ATATGT ATATGT ATATG- -TATGT ATATGT
1 AT--ATGT ATATGT ATATG--T ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* * *
10189172 ATATGT ATATGT ATA--T ATATG- ATATGT ATATGC ATATGC ATATGC
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* *
10189217 ATATGC ATATGC ATATGT ATATGT ATA--T ATATGT ATATGT ATATGTT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG-T
* * * * *
10189264 ATATGT ATATAT GTATGC ATATGC ATATGC ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
*
10189312 ATATGT ATATGT ATGTATAT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT A--TATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* * * *
10189362 ATA-GC AT-TGT -TATGC ATATGC ATATGC ATATGCATT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG---T ATATGT ATATGT
10189410 ATATGT ATATGT ATA-GT ATATGT ATATG- -TATGT ATAT-T ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10189454 ATATGT ATATG- -TATGT ATATGT AT-TGT ATATGT ATATGT -TATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* * *
10189498 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATAT GTATAT -TATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* *
10189545 ATA--T ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATAT-T ATATGC ATATGC
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* * * *
10189590 ATATGC ATATGC ATATGG ATATGC ATATGCAT ATATGT ATA-GT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG--T ATATGT ATATGT ATATGT
10189639 ATATGT AT-TGTAT ATATGT ATATGT ATATGT -TATGT ATATGT ATATG-
1 ATATGT ATATG--T ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10189686 -TATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10189733 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG-
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
*
10189780 -TATGT ATATGTAT ATATGT ATATGT ATATGT ATGTGT ATGTATGT ATATGT
1 ATATGT ATATG--T ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT A--TATGT ATATGT
*
10189831 ATATGT ATATGT ATATGT ATATG- -TATGG ATATGT -TATGTAT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG--T ATATGT
* *
10189878 ATATGG ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGG
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* *
10189926 ATATGT ATATGG ATATGG ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* * * *
10189974 ATATGG ATATGT ATATGG ATATGG ATATGG ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
*
10190022 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGG ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
*
10190070 ATATGT ATATGT ATATGT AT-TGG ATATGTAT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG--T ATATGT ATATGT ATATGT
10190119 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATTGT ATA-G- -TATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATA-TGT ATATGT ATATGT ATATGT
10190165 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATA--T ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10190211 ATGTATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG-
1 A--TATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10190260 -TATG- ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10190306 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG- -TA-GT ATATGTAT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG--T ATATGT
** **
10190353 ATATGT ATATAC ATATAC ATATGT ATATGT ATATGTAT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATG--T ATATGT ATATGT
10190403 ATATGT ATATGTAT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATG--T ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10190453 ATATGT ATATG- ATATGT ATATGTAT ATATGT ATATG- -TATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATG--T ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
*
10190500 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGG
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* *
10190548 ATAT-T ATATGT ATATGT ATATGT ATGGATAT GTATG- ATATGT AT-TGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT AT--ATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* * *
10190595 ATATGG ATAGTTGG ATATGG AT-TGGAT ATGATGT ATATGT ATA-GT ATATGT
1 ATATGT ATA--TGT ATATGT ATAT-G-T AT-ATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* *
10190646 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGC ATATGC
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* * * *
10190694 ATATGT ATATGC ATATGC ATATGT ATATGC ATATG- -CATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
10190740 ATATG- -TATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* * *
10190786 ATATGC ATATGT ATATGT ATATGC ATATGT ATATGT ATATGT ATATTT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* * * * * *
10190834 ATATGC ATATGC ATATGC ATATGC ATATGC ATATGT ATATGT ATATGC
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* * * * *
10190882 ATATGC ATATGC ATATGT ATATGT ATATGC ATATGC ATATGC ATATGT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT ATATGT
* * *
10190930 ATATGT TTATGC ATATGC ATAT
1 ATATGT ATATGT ATATGT ATAT
10190952 ATCCTCTCGT
Statistics
Matches: 3974, Mismatches: 146, Indels: 500
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
3 14 0.00
4 201 0.05
5 275 0.07
6 3260 0.82
7 78 0.02
8 132 0.03
9 14 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.18, T:0.48
Consensus pattern (6 bp):
ATATGT
Found at i:10195484 original size:130 final size:129
Alignment explanation
Indices: 10195168--10195528 Score: 512
Period size: 129 Copynumber: 2.8 Consensus size: 129
10195158 TCAATATTGA
* * * * *
10195168 AAATAGTAATATCTTTTCATTTCGGA-TGGAGTAATAACTTACTGCTTTAAGGCATGAGAGGTTA
1 AAATAGTGATATC-TCTCATTTC-GATTGGAGTAATAAATGACTGCTTTAAGGCATGAGAGGTCA
* *
10195232 TTTATTCTCGATTGGAAATAATTAGATATTATCG-TTTCTCTCGAATCAATATTGATATAAAGAC
64 TTTATTCTCGATTGGAAATAATTAGATATTATCGTTTTCACTCGAATCAATATTGATATAAAGAA
10195296 G
129 G
* * *
10195297 CAATAGTGATATCTCTTCATTTCGATTGGAGTAAGAAATGACTGCTTTAAGGCATGAGATGTCAT
1 AAATAGTGATATCTC-TCATTTCGATTGGAGTAATAAATGACTGCTTTAAGGCATGAGAGGTCAT
* ** * *
10195362 TTATTCTCGATTGGAAATCATTAGATATTATCGTTTTCACTTTAATCAATATTGAATTTTAAGAA
65 TTATTCTCGATTGGAAATAATTAGATATTATCGTTTTCACTCGAATCAATATTG-ATATAAAGAA
10195427 G
129 G
*
10195428 AAATAGTGATATCTCTCATTTCGATTGGAGTAATAAATGACTGCTTTAAGGCATGAGAGGTCCTT
1 AAATAGTGATATCTCTCATTTCGATTGGAGTAATAAATGACTGCTTTAAGGCATGAGAGGTCATT
*
10195493 TATTC-AGATTGGAAATAATTAGATATTATCGTTTTC
66 TATTCTCGATTGGAAATAATTAGATATTATCGTTTTC
10195529 TCTCATAAAA
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 21, Indels: 8
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
128 3 0.01
129 113 0.55
130 69 0.33
131 22 0.11
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (129 bp):
AAATAGTGATATCTCTCATTTCGATTGGAGTAATAAATGACTGCTTTAAGGCATGAGAGGTCATT
TATTCTCGATTGGAAATAATTAGATATTATCGTTTTCACTCGAATCAATATTGATATAAAGAAG
Found at i:10195747 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10195726--10195762 Score: 65
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 16
10195716 ATGAGATCTT
10195726 AAATTAAATTAGACTC
1 AAATTAAATTAGACTC
10195742 AAATTAAATTAGACTC
1 AAATTAAATTAGACTC
*
10195758 GAATT
1 AAATT
10195763 CTTAAGTTTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 20 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.11, G:0.08, T:0.32
Consensus pattern (16 bp):
AAATTAAATTAGACTC
Found at i:10195921 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 10195896--10195938 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
10195886 AAATTTTTTG
*
10195896 TTTTAATTAAAATGAATATT
1 TTTTAAATAAAA--AATATT
*
10195916 TTTTAAATGAAAAATATT
1 TTTTAAATAAAAAATATT
10195934 TTTTA
1 TTTTA
10195939 GGTGCCCAAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.52
20 10 0.48
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.05, T:0.51
Consensus pattern (18 bp):
TTTTAAATAAAAAATATT
Found at i:10196925 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 10196851--10196946 Score: 149
Period size: 50 Copynumber: 1.9 Consensus size: 50
10196841 TAATGTTATA
10196851 ATAAGGCACACGCATAAGAATCTTTAAGAATGAAG-CTTCATATTCAGCCT
1 ATAAGGCACACGCATAAGAATCTTTAAGAATG-AGCCTTCATATTCAGCCT
* * *
10196901 ATAAGGCGCACGCATCAGAATCTTTAAGAGTGAGCCTTCATATTCA
1 ATAAGGCACACGCATAAGAATCTTTAAGAATGAGCCTTCATATTCA
10196947 CACTAACTAT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 3, Indels: 2
0.89 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
49 2 0.05
50 40 0.95
ACGTcount: A:0.35, C:0.21, G:0.18, T:0.26
Consensus pattern (50 bp):
ATAAGGCACACGCATAAGAATCTTTAAGAATGAGCCTTCATATTCAGCCT
Found at i:10197879 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 10197820--10197919 Score: 148
Period size: 51 Copynumber: 2.0 Consensus size: 51
10197810 ATTTTTACTT
* * *
10197820 TTATTTTTTATATTTTATTATAGTTTCAACTGA-TATAATTCATATATAATA
1 TTATTTTTTAAAATTTATTATAGTTTAAACTGATTA-AATTCATATATAATA
*
10197871 TTATTTTTTAAAATTTATTATAGTTTAAATTGATTAAATTCATATATAA
1 TTATTTTTTAAAATTTATTATAGTTTAAACTGATTAAATTCATATATAA
10197920 GTGTAGATAT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 4, Indels: 2
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
51 42 0.95
52 2 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.04, G:0.04, T:0.54
Consensus pattern (51 bp):
TTATTTTTTAAAATTTATTATAGTTTAAACTGATTAAATTCATATATAATA
Found at i:10199842 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 10199714--10199920 Score: 319
Period size: 75 Copynumber: 2.8 Consensus size: 75
10199704 GCATATGTTG
* * *
10199714 CATTT-GTATCAGTACTTTTTGTA-TTTTCGGTACTATGTGTGCATCCATTGTATTCATAATGAG
1 CATTTCGTATCAGTACTTTGTGTACTTTT-GGCACTATGTGTGCATCCATGGTATTCATAATGAG
10199777 TTGTGAATTAC
65 TTGTGAATTAC
*
10199788 CATTTCGTATCAGTACTTTGTGTACTTTTGGCACTATATGTGCATCCATGGTATTCATAATGAGT
1 CATTTCGTATCAGTACTTTGTGTACTTTTGGCACTATGTGTGCATCCATGGTATTCATAATGAGT
10199853 TGTGAATTAC
66 TGTGAATTAC
* * * *
10199863 CATTTCGTATCAGTACTTTGTGTACTTTCGACACTCTGTATGCATCCATGGTATTCAT
1 CATTTCGTATCAGTACTTTGTGTACTTTTGGCACTATGTGTGCATCCATGGTATTCAT
10199921 GAGTCTATGA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 9, Indels: 3
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
74 5 0.04
75 113 0.93
76 4 0.03
ACGTcount: A:0.23, C:0.17, G:0.17, T:0.43
Consensus pattern (75 bp):
CATTTCGTATCAGTACTTTGTGTACTTTTGGCACTATGTGTGCATCCATGGTATTCATAATGAGT
TGTGAATTAC
Found at i:10201546 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 10201520--10201551 Score: 57
Period size: 13 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
10201510 TCATTAAGTC
10201520 AACTCAACTGAGTT
1 AACTCAACTGAGTT
10201534 AACTCAA-TGAGTT
1 AACTCAACTGAGTT
10201547 AACTC
1 AACTC
10201552 GTTGACATTG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
13 11 0.61
14 7 0.39
ACGTcount: A:0.38, C:0.22, G:0.12, T:0.28
Consensus pattern (14 bp):
AACTCAACTGAGTT
Found at i:10202473 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 10202426--10202485 Score: 70
Period size: 27 Copynumber: 2.2 Consensus size: 28
10202416 GAAATAACTG
* *
10202426 AAATACCCTTAAACTACAAAATGA-CCA
1 AAATACCCCTAAACTACAAAATAATCCA
*
10202453 AAATACCCCTAAA-TAGTAAAATAATCCA
1 AAATACCCCTAAACTA-CAAAATAATCCA
10202481 AAATA
1 AAATA
10202486 TCTCTAAGCC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 3
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
26 2 0.07
27 18 0.64
28 8 0.29
ACGTcount: A:0.55, C:0.22, G:0.03, T:0.20
Consensus pattern (28 bp):
AAATACCCCTAAACTACAAAATAATCCA
Found at i:10202693 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 10202686--10202725 Score: 80
Period size: 2 Copynumber: 20.0 Consensus size: 2
10202676 ACACAGATGA
10202686 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
10202726 TGTACCATCT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 38 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:10205496 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10205472--10205510 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
10205462 ATAGGCTTTG
*
10205472 AAGTTTCGAAAC-TTCACAA
1 AAGTTTCAAAACTTTCACAA
10205491 AAGTTTCAAAACTTTCACAA
1 AAGTTTCAAAACTTTCACAA
10205511 GTGTTTCAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.61
20 7 0.39
ACGTcount: A:0.44, C:0.21, G:0.08, T:0.28
Consensus pattern (20 bp):
AAGTTTCAAAACTTTCACAA
Found at i:10205678 original size:211 final size:204
Alignment explanation
Indices: 10205321--10205883 Score: 934
Period size: 211 Copynumber: 2.8 Consensus size: 204
10205311 ATAATATATA
10205321 TGTGTGTGTG-TG-TG-TGTATGTATGTCAGAAATATCATTAAAAATCTTTAGAACAATTTTCAA
1 TGTGTGTGTGTTGTTGTTGTATGTATGTCAGAAATATCATTAAAAATCTTTAGAACAATTTTCAA
*
10205383 AGTCTTATCTTTATCAAAATATCAAAAATTATCTTTTAAAACAAGCTTTGACCGAAAGTTTCGAA
66 AGTCTTATCTTTCTCAAAATATCAAAAATTATCTTTTAAAACAAGCTTTGACCGAAAGTTTCGAA
10205448 ACTCTACCAAAACAATAGGCTTTGAAGTTTCGAAACTTCACAAAAGTTTCAAAACTTTCACAAGT
131 ACTCTACCAAAACAATAGGCTTTGAAGTTTCGAAACTTCACAAAAGTTTCAAAACTTTCACAAGT
10205513 GTTTCAATGTGTG
196 GTTTCAA----TG
10205526 TGTGTGTGTGTATGTATGTATGTATGTATGTCAGAAATATCATTAAAAATCTTTAGAACAATTTT
1 TGTGTGTGTGT-TGT-TGT-TGTATGTATGTCAGAAATATCATTAAAAATCTTTAGAACAATTTT
*
10205591 CAAAGTCTTATCTTTCTCAAAATATCAAAAATTATCTTTTAAAACAAGCTTTGACCGAAAGTTTT
63 CAAAGTCTTATCTTTCTCAAAATATCAAAAATTATCTTTTAAAACAAGCTTTGACCGAAAGTTTC
*
10205656 GAAACTCTACCAAAATAATAGGCTTTGAAGTTTCGAAACTTCACAAAAGTTTCAAAACTTTCACA
128 GAAACTCTACCAAAACAATAGGCTTTGAAGTTTCGAAACTTCACAAAAGTTTCAAAACTTTCACA
10205721 AGTGTTTCAATG
193 AGTGTTTCAATG
*
10205733 TGTGTGTGTG-TG-TG-TG--TG--TG--AGAAATATCATTAAAAATCGTTAGAACAATTTTCAA
1 TGTGTGTGTGTTGTTGTTGTATGTATGTCAGAAATATCATTAAAAATCTTTAGAACAATTTTCAA
10205789 AGTCTTATCTTTCTCAAAATATCAAAAATTATCTTTTAAAACAAGCTTTGACCGAAAGTTTCGAA
66 AGTCTTATCTTTCTCAAAATATCAAAAATTATCTTTTAAAACAAGCTTTGACCGAAAGTTTCGAA
*
10205854 ACTCAACCAAAACAATAGGCTTTGAAGTTT
131 ACTCTACCAAAACAATAGGCTTTGAAGTTT
10205884 TGTGTGTGTG
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 7, Indels: 22
0.92 0.02 0.06
Matches are distributed among these distances:
195 127 0.37
197 2 0.01
199 2 0.01
201 2 0.01
203 2 0.01
205 12 0.03
207 14 0.04
209 2 0.01
211 182 0.53
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (204 bp):
TGTGTGTGTGTTGTTGTTGTATGTATGTCAGAAATATCATTAAAAATCTTTAGAACAATTTTCAA
AGTCTTATCTTTCTCAAAATATCAAAAATTATCTTTTAAAACAAGCTTTGACCGAAAGTTTCGAA
ACTCTACCAAAACAATAGGCTTTGAAGTTTCGAAACTTCACAAAAGTTTCAAAACTTTCACAAGT
GTTTCAATG
Found at i:10205707 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10205683--10205721 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
10205673 ATAGGCTTTG
*
10205683 AAGTTTCGAAAC-TTCACAA
1 AAGTTTCAAAACTTTCACAA
10205702 AAGTTTCAAAACTTTCACAA
1 AAGTTTCAAAACTTTCACAA
10205722 GTGTTTCAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.61
20 7 0.39
ACGTcount: A:0.44, C:0.21, G:0.08, T:0.28
Consensus pattern (20 bp):
AAGTTTCAAAACTTTCACAA
Found at i:10205893 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 10205884--10206143 Score: 378
Period size: 4 Copynumber: 65.2 Consensus size: 4
10205874 TTTGAAGTTT
10205884 TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG
1 TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG
* * *
10205932 TTTG TGTG -GTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG CGCG TGTG
1 TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG
* * * * * * * * *
10205979 TGTG TGCG TGTG CGTG CGTG TGCG TGCG TGTG CGTG CGTG TGCG TGCG
1 TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG
***
10206027 TGTG CACG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG
1 TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG
10206075 TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG
1 TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG
10206123 TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG T
1 TGTG TGTG TGTG TGTG TGTG T
10206144 ATGTATGTAT
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 22, Indels: 2
0.91 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
3 3 0.01
4 230 0.99
ACGTcount: A:0.00, C:0.05, G:0.49, T:0.45
Consensus pattern (4 bp):
TGTG
Found at i:10205895 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 10205884--10206143 Score: 378
Period size: 6 Copynumber: 43.5 Consensus size: 6
10205874 TTTGAAGTTT
10205884 TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG
1 TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG
* * *
10205932 TTTGTG TG-GTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGCG CGTGTG
1 TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG
* * * * * * * * *
10205979 TGTGTG CGTGTG CGTGCG TGTGCG TGCGTG TGCGTG CGTGTG CGTGCG
1 TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG
** *
10206027 TGTGCA CGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG
1 TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG
10206075 TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG
1 TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGTGTG
10206123 TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGT
1 TGTGTG TGTGTG TGTGTG TGT
10206144 ATGTATGTAT
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 20, Indels: 2
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
5 5 0.02
6 228 0.98
ACGTcount: A:0.00, C:0.05, G:0.49, T:0.45
Consensus pattern (6 bp):
TGTGTG
Found at i:10205899 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 10205884--10206143 Score: 378
Period size: 10 Copynumber: 26.1 Consensus size: 10
10205874 TTTGAAGTTT
10205884 TGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
10205894 TGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
10205904 TGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
10205914 TGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
*
10205924 TGTGTGTGTT
1 TGTGTGTGTG
10205934 TGTGTG-GTG
1 TGTGTGTGTG
10205943 TGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
10205953 TGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
*
10205963 TGTGTGTGCG
1 TGTGTGTGTG
*
10205973 CGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
* *
10205983 TGCGTGTGCG
1 TGTGTGTGTG
* *
10205993 TGCGTGTGCG
1 TGTGTGTGTG
* *
10206003 TGCGTGTGCG
1 TGTGTGTGTG
* *
10206013 TGCGTGTGCG
1 TGTGTGTGTG
* **
10206023 TGCGTGTGCA
1 TGTGTGTGTG
*
10206033 CGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
10206043 TGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
10206053 TGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
10206063 TGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
10206073 TGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
10206083 TGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
10206093 TGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
10206103 TGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
10206113 TGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
10206123 TGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
10206133 TGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTG
10206143 T
1 T
10206144 ATGTATGTAT
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 14, Indels: 2
0.94 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
9 8 0.03
10 227 0.97
ACGTcount: A:0.00, C:0.05, G:0.49, T:0.45
Consensus pattern (10 bp):
TGTGTGTGTG
Found at i:10206303 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10206278--10206317 Score: 80
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
10206268 AACAATAGGC
10206278 TTCACAAGTGTTTCAAAACT
1 TTCACAAGTGTTTCAAAACT
10206298 TTCACAAGTGTTTCAAAACT
1 TTCACAAGTGTTTCAAAACT
10206318 CCTCTTTTAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 20 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.20, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (20 bp):
TTCACAAGTGTTTCAAAACT
Found at i:10208862 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 10208834--10208872 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.5 Consensus size: 15
10208824 ATAAACAAAA
10208834 AAATATTATGATATAAT
1 AAATA-TAT-ATATAAT
*
10208851 ATATATATATATAAT
1 AAATATATATATAAT
10208866 AAATATA
1 AAATATA
10208873 ATAACGAAAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 13 0.65
16 3 0.15
17 4 0.20
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.03, T:0.41
Consensus pattern (15 bp):
AAATATATATATAAT
Found at i:10208914 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10208893--10208930 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
10208883 AATAATAATT
10208893 TAATAAAGTAAAATAA
1 TAATAAAGTAAAATAA
* *
10208909 TAATAATGTAATATAA
1 TAATAAAGTAAAATAA
10208925 T-ATAAA
1 TAATAAA
10208931 TACATGAAAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.21
16 15 0.79
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.05, T:0.32
Consensus pattern (16 bp):
TAATAAAGTAAAATAA
Found at i:10208915 original size:24 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10208861--10208921 Score: 68
Period size: 24 Copynumber: 2.6 Consensus size: 22
10208851 ATATATATAT
*
10208861 ATAATAAATATAATAACGAAAAA
1 ATAAT-AATATAATAAAGAAAAA
*
10208884 ATAATAATTTAATAAAGTAAAATA
1 ATAATAATATAATAAAG-AAAA-A
*
10208908 ATAATAATGTAATA
1 ATAATAATATAATA
10208922 TAATATAAAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 3
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
22 10 0.30
23 9 0.27
24 14 0.42
ACGTcount: A:0.64, C:0.02, G:0.05, T:0.30
Consensus pattern (22 bp):
ATAATAATATAATAAAGAAAAA
Found at i:10209044 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 10209013--10209045 Score: 57
Period size: 12 Copynumber: 2.8 Consensus size: 12
10209003 TAAAAAAAGT
*
10209013 AAAAATAAAATA
1 AAAAATATAATA
10209025 AAAAATATAATA
1 AAAAATATAATA
10209037 AAAAATATA
1 AAAAATATA
10209046 TATATAATGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 20 1.00
ACGTcount: A:0.79, C:0.00, G:0.00, T:0.21
Consensus pattern (12 bp):
AAAAATATAATA
Found at i:10209180 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 10209096--10209181 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 7.3 Consensus size: 11
10209086 TTATATACGT
*
10209096 TAATAGTAAAA
1 TAATATTAAAA
*
10209107 TAATAATAAATA
1 TAATATTAAA-A
10209119 TAATAGTTATAAA
1 TAATA-TTA-AAA
10209132 TATATATATATATAA
1 TA-ATAT-TA-A-AA
10209147 TAACT-TTAAAA
1 TAA-TATTAAAA
*
10209158 -AACATTAAAA
1 TAATATTAAAA
*
10209168 TAATATTAGAA
1 TAATATTAAAA
10209179 TAA
1 TAA
10209182 AAATAATTAA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 5, Indels: 18
0.73 0.06 0.21
Matches are distributed among these distances:
10 8 0.13
11 22 0.36
12 7 0.11
13 8 0.13
14 11 0.18
15 5 0.08
ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.03, T:0.35
Consensus pattern (11 bp):
TAATATTAAAA
Found at i:10209697 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 10209627--10209726 Score: 121
Period size: 35 Copynumber: 2.8 Consensus size: 36
10209617 GTGCTTGTGG
* * *
10209627 ATCCTATCTTTAGGAGTTTAAAACATAGCAAAATTCT
1 ATCCTAT-TTTAGGAGTTTGAATCCTAGCAAAATTCT
*
10209664 ATCCTATTTTAGGAG-TTGAATCCTAGCATAATTCT
1 ATCCTATTTTAGGAGTTTGAATCCTAGCAAAATTCT
* *
10209699 ATCATATTTTTGAGAGTTTGAATCCTAG
1 ATCCTATTTTAG-GAGTTTGAATCCTAG
10209727 TAGGACGAAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 6, Indels: 4
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
35 26 0.47
36 11 0.20
37 18 0.33
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (36 bp):
ATCCTATTTTAGGAGTTTGAATCCTAGCAAAATTCT
Found at i:10210493 original size:106 final size:105
Alignment explanation
Indices: 10210187--10210746 Score: 535
Period size: 109 Copynumber: 5.3 Consensus size: 105
10210177 AATATTGTTC
* * *
10210187 CGAGTCCAATATCCTCCGCTGTGAAGTTGAAATTGGTTCTAAAACTGGGAAATTGTTTGTTGACA
1 CGAGTCCAATATCCTCCGCTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAA-TGGAAAATTGTTTGTTGACA
** * * * *
10210252 GTCAGCCGCCCCTTCGCTGTGAAGTTGAGCTTGTGCTGTCT
65 ACCAGCCGTCCCTTCGTTGTGAAGTTGAACTTGTGTTGTCT
* * * * * *
10210293 CGAGTCTAATATCCTTCGCTGTGAAGATGAAATTGACTCTG-AA-CG-AAA-T-CTTGTTGACAA
1 CGAGTCCAATATCCTCCGCTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATGGAAAATTGTTTGTTGACAA
* * *
10210353 TCAGCCGTCCCTTCATTATGAAGTTGAACTTGTGTTGTCT
66 CCAGCCGTCCCTTCGTTGTGAAGTTGAACTTGTGTTGTCT
* * * *
10210393 CGAGTCCAATATCCTTCGCTGCGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATTTGAAAAATGTTTGTTGACA
1 CGAGTCCAATATCCTCCGCTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAA-TGGAAAATTGTTTGTTGACA
10210458 ACCAGCCGTCCCTTCGTTGTGAAGTTGAACTTGTGTTGTCT
65 ACCAGCCGTCCCTTCGTTGTGAAGTTGAACTTGTGTTGTCT
* * * ** *
10210499 CGAGTGGCACGATATCCTCCG-TCGTGGAGTTGAAA-TCGCGAATGAAACT-GAAAAGTTGTTCG
1 CGAGT--C-CAATATCCTCCGCT-GTGAAGTTGAAATTGGC-TCTGAAA-TGGAAAA-TTGTTTG
* * * * *
10210561 TTGATAACCAGCCATTCCTTCGTTATGAAGTTAAACTTGTGTTGTCT
59 TTGACAACCAGCCGTCCCTTCGTTGTGAAGTTGAACTTGTGTTGTCT
* * * * * * * *
10210608 CGGGTAGCACGATATCCTCCG-TCGTGGAGTTGAAATCGGCTATGGAATTGGGAAATTGTTTATT
1 CGAGT--C-CAATATCCTCCGCT-GTGAAGTTGAAATTGGCTCT-GAAATGGAAAATTGTTTGTT
* *
10210672 GACAACCAGCCGTCTCTTCGCTGTGAAGTTGAACTTGTGTTGTCT
61 GACAACCAGCCGTCCCTTCGTTGTGAAGTTGAACTTGTGTTGTCT
*
10210717 CGAGTCCAATATCCTTCGCTGTGAAGTTGA
1 CGAGTCCAATATCCTCCGCTGTGAAGTTGA
10210747 GTTTGTCGAC
Statistics
Matches: 379, Mismatches: 59, Indels: 32
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
100 80 0.21
101 3 0.01
102 3 0.01
103 2 0.01
104 3 0.01
105 3 0.01
106 106 0.28
107 2 0.01
108 10 0.03
109 158 0.42
110 9 0.02
ACGTcount: A:0.23, C:0.20, G:0.24, T:0.33
Consensus pattern (105 bp):
CGAGTCCAATATCCTCCGCTGTGAAGTTGAAATTGGCTCTGAAATGGAAAATTGTTTGTTGACAA
CCAGCCGTCCCTTCGTTGTGAAGTTGAACTTGTGTTGTCT
Found at i:10211011 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 10210747--10211050 Score: 547
Period size: 160 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
10210737 GTGAAGTTGA
*
10210747 GTTTGTCGACAGTCAGTCGCCCCTTCGCTGTGAAGTTGAGCTTGTGCTGTCTTGGGTCCAATATC
1 GTTTGTCGACAGTCAGCCGCCCCTTCGCTGTGAAGTTGAGCTTGTGCTGTCTTGGGTCCAATATC
10210812 CTTCGATGTGAAGTTAAAATTGGCCCTGAAACTGGGAAATTATTGTTGACAACCAGCCGTCCCTT
66 CTTCGATGTGAAGTTAAAATTGGCCCTGAAACTGGGAAATTATTGTTGACAACCAGCCGTCCCTT
10210877 CGTTGTGAAGTTGAGATTGGCTCCACAATT
131 CGTTGTGAAGTTGAGATTGGCTCCACAATT
*
10210907 GTTTGTCGACAGTCAGCCGCCCCTTTGCTGTGAAGTTGAGCTTGTGCTGTCTTGGGTCCAATATC
1 GTTTGTCGACAGTCAGCCGCCCCTTCGCTGTGAAGTTGAGCTTGTGCTGTCTTGGGTCCAATATC
* * *
10210972 CTTC-ATTGTGAAGTTAAAATTTGCCCTGAAACTGGGAAATTATTTTTGACAACCAGTCGTCCCT
66 CTTCGA-TGTGAAGTTAAAATTGGCCCTGAAACTGGGAAATTATTGTTGACAACCAGCCGTCCCT
10211036 TCGTTGTGAAGTTGA
130 TCGTTGTGAAGTTGA
10211051 ACTTGTGTTG
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 5, Indels: 2
0.95 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.01
160 137 0.99
ACGTcount: A:0.21, C:0.21, G:0.24, T:0.33
Consensus pattern (160 bp):
GTTTGTCGACAGTCAGCCGCCCCTTCGCTGTGAAGTTGAGCTTGTGCTGTCTTGGGTCCAATATC
CTTCGATGTGAAGTTAAAATTGGCCCTGAAACTGGGAAATTATTGTTGACAACCAGCCGTCCCTT
CGTTGTGAAGTTGAGATTGGCTCCACAATT
Found at i:10211533 original size:104 final size:103
Alignment explanation
Indices: 10211417--10211646 Score: 259
Period size: 103 Copynumber: 2.2 Consensus size: 103
10211407 ATTTTGTTTT
* * * *
10211417 AAGA-AAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAACTTAGTTCCAAAAGAAATTGTCTCACGGGGAGATGA
1 AAGAGAAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAACTTAGTTCCAAAAGAAACTGTCTCA-AGAGAGACGA
10211481 AATT-AGTTCCAAGGAAAACATATTCAAAGATGATGCTTC
65 AATTCA-TTCCAAGGAAAACATATTCAAAGATGATGCTTC
* * * * *
10211520 AAGAGAAAACTGTCTCAAGGGAGACAAAATTTTGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACGAA
1 AAGAGAAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAACTTAGTTCCAAAAGAAACTGTCTCAAGAGAGACGAA
* * * * * * * *
10211585 ATTCATTTCAAGGGAAACGTTTTCAATGTTTATGTTTC
66 ATTCATTCCAAGGAAAACATATTCAAAGATGATGCTTC
*
10211623 AAGAG-AAACTATCTCAAGAGAGAC
1 AAGAGAAAACTGTCTCAAGAGAGAC
10211647 GAAATTCATT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 19, Indels: 5
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
102 17 0.16
103 45 0.42
104 44 0.42
ACGTcount: A:0.41, C:0.15, G:0.20, T:0.24
Consensus pattern (103 bp):
AAGAGAAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAACTTAGTTCCAAAAGAAACTGTCTCAAGAGAGACGAA
ATTCATTCCAAGGAAAACATATTCAAAGATGATGCTTC
Found at i:10211602 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 10211517--10211602 Score: 102
Period size: 37 Copynumber: 2.3 Consensus size: 37
10211507 AAGATGATGC
* * **
10211517 TTCAAGAGAAAACTGTCTCAAGGGAGACAAAATTTTGT
1 TTCAAG-GGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATTTCAT
* *
10211555 TTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACGAAA-TTCAT
1 TTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATTTCAT
10211591 TTCAAGGGAAAC
1 TTCAAGGGAAAC
10211603 GTTTTCAATG
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 7, Indels: 2
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
36 14 0.34
37 21 0.51
38 6 0.15
ACGTcount: A:0.41, C:0.15, G:0.21, T:0.23
Consensus pattern (37 bp):
TTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATTTCAT
Found at i:10211656 original size:65 final size:65
Alignment explanation
Indices: 10211552--10211733 Score: 301
Period size: 65 Copynumber: 2.8 Consensus size: 65
10211542 GACAAAATTT
10211552 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACGAAATTCATTTCAAGGGAAACGTTTTCAATGTTTA
1 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACGAAATTCATTTCAAGGGAAACGTTTTCAATGTTTA
* *
10211617 TGTTTCAAGAGAAACTATCTCAAGAGAGACGAAATTCATTTCAAGGGAAATGTTTTCAATGTTTA
1 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACGAAATTCATTTCAAGGGAAACGTTTTCAATGTTTA
* * **
10211682 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGGGAGACAAAATTTTGTTTCAAGGGAAAC
1 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACGAAA-TTCATTTCAAGGGAAAC
10211734 TATCTCAAGA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 8, Indels: 1
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
65 94 0.87
66 14 0.13
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (65 bp):
TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACGAAATTCATTTCAAGGGAAACGTTTTCAATGTTTA
Found at i:10211723 original size:102 final size:102
Alignment explanation
Indices: 10211617--10211954 Score: 595
Period size: 102 Copynumber: 3.3 Consensus size: 102
10211607 TCAATGTTTA
* *
10211617 TGTTTCAAGAGAAACTATCTCAAGAGAGACGAAATTCATTTCAAGGGAAATGTTTTCAATGTTTA
1 TGTTTCAAGGGAAACTATCTCAAGAGAGACAAAATTCATTTCAAGGGAAATGTTTTCAATGTTTA
10211682 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGGGAGACAAAATTT
66 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGGGAGACAAAATTT
*
10211719 TGTTTCAAGGGAAACTATCTCAAGAGAGACAAAATTCATTTCAAGGGAAATGTTTCCAATGTTTA
1 TGTTTCAAGGGAAACTATCTCAAGAGAGACAAAATTCATTTCAAGGGAAATGTTTTCAATGTTTA
* **
10211784 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAATGGAGACGGAATTT
66 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGGGAGACAAAATTT
*
10211821 TGTTTCAAGGGAAACTATCTCAAGAGAGACAAAACTCATTTCAAGGGAAATGTTTTCAATGTTTA
1 TGTTTCAAGGGAAACTATCTCAAGAGAGACAAAATTCATTTCAAGGGAAATGTTTTCAATGTTTA
*
10211886 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGGGAGAAAAAATTT
66 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGGGAGACAAAATTT
*
10211923 TGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGACAA
1 TGTTTCAAGGGAAACTATCTCAAGAGAGACAA
10211955 TGGTGAGCAC
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 13, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
102 223 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.20, T:0.29
Consensus pattern (102 bp):
TGTTTCAAGGGAAACTATCTCAAGAGAGACAAAATTCATTTCAAGGGAAATGTTTTCAATGTTTA
TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGGGAGACAAAATTT
Found at i:10211733 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 10211682--10211954 Score: 176
Period size: 37 Copynumber: 7.9 Consensus size: 37
10211672 TCAATGTTTA
* *
10211682 TGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGGGAGACAAAATTT
1 TGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATTT
*
10211719 TGTTTCAAGGGAAACTATCTCAAGAGAGACAAAA-TT
1 TGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATTT
** * **
10211755 CATTTCAAGGGAAA-TGTTTC--------CAATGTTT
1 TGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATTT
* **
10211783 ATGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAATG-GAGACGGAATTT
1 -TGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAA-GAGAGACAAAATTT
* *
10211821 TGTTTCAAGGGAAACTATCTCAAGAGAGACAAAA-CT
1 TGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATTT
** * *
10211857 CATTTCAAGGGAAA-TGTTTTC-A-A-TG------TTT
1 TGTTTCAAGGGAAACTG-TCTCAAGAGAGACAAAATTT
* * *
10211885 ATGTTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGGGAGAAAAAATTT
1 -TGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATTT
10211923 TGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGACAA
1 TGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGACAA
10211955 TGGTGAGCAC
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 37, Indels: 50
0.67 0.14 0.19
Matches are distributed among these distances:
27 3 0.02
28 3 0.02
29 25 0.14
30 8 0.05
32 1 0.01
33 1 0.01
34 1 0.01
35 6 0.03
36 31 0.18
37 88 0.51
38 7 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (37 bp):
TGTTTCAAGGGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATTT
Found at i:10211894 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 10211738--10211897 Score: 124
Period size: 50 Copynumber: 3.2 Consensus size: 50
10211728 GGAAACTATC
* *
10211738 TCAAGAGAGACAAAATTCATTTCAAGGGAAATGTTTCCAATGTTTATGTT
1 TCAAGAGAGACAAAACTCATTTCAAGGGAAATGTTTTCAATGTTTATGTT
* *** * ** * * * * *** * *
10211788 TCAAGAGAAAC-TGTCTCAATGGAGACGGAATTTTGTTTCAAGGGAAACTATC
1 TCAAGAGAGACAAAACTCATTTCA-AGGGAAATGT-TTTCAATGTTTA-TGTT
10211840 TCAAGAGAGACAAAACTCATTTCAAGGGAAATGTTTTCAATGTTTATGTT
1 TCAAGAGAGACAAAACTCATTTCAAGGGAAATGTTTTCAATGTTTATGTT
10211890 TCAAGAGA
1 TCAAGAGA
10211898 AACTGTCTCA
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 34, Indels: 8
0.63 0.30 0.07
Matches are distributed among these distances:
49 5 0.07
50 27 0.38
51 15 0.21
52 19 0.26
53 6 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.20, T:0.31
Consensus pattern (50 bp):
TCAAGAGAGACAAAACTCATTTCAAGGGAAATGTTTTCAATGTTTATGTT
Found at i:10212846 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10212821--10212871 Score: 93
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
10212811 TTGTGTTTGG
10212821 TCAAAGGTTTGGCATTTGATGC
1 TCAAAGGTTTGGCATTTGATGC
*
10212843 TCAAAGGTTTGGTATTTGATGC
1 TCAAAGGTTTGGCATTTGATGC
10212865 TCAAAGG
1 TCAAAGG
10212872 ATTGATGGGG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 28 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.12, G:0.27, T:0.35
Consensus pattern (22 bp):
TCAAAGGTTTGGCATTTGATGC
Found at i:10213513 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10213481--10213539 Score: 70
Period size: 21 Copynumber: 2.9 Consensus size: 21
10213471 TTTTGTCCCT
*
10213481 TTTTTTATT-TTGTTCTTT-C
1 TTTTTTGTTCTTGTTCTTTCC
*
10213500 TTTTTTGTTCTTGTTTTTTCC
1 TTTTTTGTTCTTGTTCTTTCC
10213521 TTTTTTGCTTCTT-TTCTTT
1 TTTTTTG-TTCTTGTTCTTT
10213540 TTTCTTTTTG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 4
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.24
20 8 0.24
21 13 0.38
22 5 0.15
ACGTcount: A:0.02, C:0.14, G:0.07, T:0.78
Consensus pattern (21 bp):
TTTTTTGTTCTTGTTCTTTCC
Found at i:10213550 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10213496--10213548 Score: 72
Period size: 23 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
10213486 TATTTTGTTC
10213496 TTTCTTTTTTG-TTCTTGTTTT
1 TTTCTTTTTTGCTTCTTGTTTT
* *
10213517 TTCCTTTTTTGCTTCTTTTCTTT
1 TTTCTTTTTTGCTTCTTGT-TTT
10213540 TTTCTTTTT
1 TTTCTTTTT
10213549 GCCCTTTTTG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.37
22 6 0.22
23 11 0.41
ACGTcount: A:0.00, C:0.15, G:0.06, T:0.79
Consensus pattern (22 bp):
TTTCTTTTTTGCTTCTTGTTTT
Found at i:10216906 original size:21 final size:24
Alignment explanation
Indices: 10216870--10216929 Score: 63
Period size: 24 Copynumber: 2.6 Consensus size: 24
10216860 ATATATATAT
* *
10216870 ATAATAAATATAATAACG-AAAA-A
1 ATAAT-AATGTAATAAAGTAAAATA
*
10216893 A-AATAATTTAATAAAGTAAAATA
1 ATAATAATGTAATAAAGTAAAATA
10216916 ATAATAATGTAATA
1 ATAATAATGTAATA
10216930 TAATATAAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 5
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.32
22 7 0.23
23 3 0.10
24 11 0.35
ACGTcount: A:0.65, C:0.02, G:0.05, T:0.28
Consensus pattern (24 bp):
ATAATAATGTAATAAAGTAAAATA
Found at i:10216922 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10216901--10216938 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
10216891 AAAAATAATT
10216901 TAATAAAGTAAAATAA
1 TAATAAAGTAAAATAA
* *
10216917 TAATAATGTAATATAA
1 TAATAAAGTAAAATAA
10216933 T-ATAAA
1 TAATAAA
10216939 TACATGAAAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.21
16 15 0.79
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.05, T:0.32
Consensus pattern (16 bp):
TAATAAAGTAAAATAA
Found at i:10217186 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 10217102--10217187 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 7.3 Consensus size: 11
10217092 TTATATACGT
*
10217102 TAATAGTAAAA
1 TAATATTAAAA
*
10217113 TAATAATAAATA
1 TAATATTAAA-A
10217125 TAATAGTTATAAA
1 TAATA-TTA-AAA
10217138 TATATATATATATAA
1 TA-ATAT-TA-A-AA
10217153 TAACT-TTAAAA
1 TAA-TATTAAAA
*
10217164 -AACATTAAAA
1 TAATATTAAAA
*
10217174 TAATATTAGAA
1 TAATATTAAAA
10217185 TAA
1 TAA
10217188 AAATAATTAA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 5, Indels: 18
0.73 0.06 0.21
Matches are distributed among these distances:
10 8 0.13
11 22 0.36
12 7 0.11
13 8 0.13
14 11 0.18
15 5 0.08
ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.03, T:0.35
Consensus pattern (11 bp):
TAATATTAAAA
Found at i:10217701 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 10217631--10217730 Score: 130
Period size: 35 Copynumber: 2.8 Consensus size: 36
10217621 GTGCTTGTGG
* * *
10217631 ATCCTATCTTTAGGAGTTTAAAACATAGCAAAATTCT
1 ATCCTAT-TTTAGGAGTTTGAATCCTAGCAAAATTCT
*
10217668 ATCCTATTTTAGGAG-TTGAATCCTAGCAGAATTCT
1 ATCCTATTTTAGGAGTTTGAATCCTAGCAAAATTCT
*
10217703 ATCCTATTTTTGAGAGTTTGAATCCTAG
1 ATCCTATTTTAG-GAGTTTGAATCCTAG
10217731 TAGGACGAAA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 5, Indels: 4
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
35 27 0.48
36 11 0.20
37 18 0.32
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (36 bp):
ATCCTATTTTAGGAGTTTGAATCCTAGCAAAATTCT
Found at i:10219193 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 10219157--10219194 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
10219147 TTCTAAATCA
10219157 TTTTTCAAAGTTTCATTTTG
1 TTTTTCAAAG-TTCATTTTG
10219177 TTTTTCAAA-TTCAATTTT
1 TTTTTCAAAGTTC-ATTTT
10219195 TACTTTCAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 3
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.18
19 5 0.29
20 9 0.53
ACGTcount: A:0.24, C:0.11, G:0.05, T:0.61
Consensus pattern (19 bp):
TTTTTCAAAGTTCATTTTG
Found at i:10224851 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10224820--10224858 Score: 71
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
10224810 GATACCAAAG
10224820 TAAGAGAAGTATCGATACTCT
1 TAAGAGAAGTATCGATACTCT
10224841 TAAGA-AAGTATCGATACT
1 TAAGAGAAGTATCGATACT
10224859 ACCAATTGCT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 13 0.72
21 5 0.28
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (21 bp):
TAAGAGAAGTATCGATACTCT
Found at i:10235609 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 10235542--10236044 Score: 634
Period size: 53 Copynumber: 9.5 Consensus size: 53
10235532 CATATCATAA
* * * *
10235542 AATATCATGGATGCACACATAGTGTTGAAATGGTATTTCACAAACTTATTATG
1 AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
* * *
10235595 AATACTATGGATGCACACATAGT-TCCAAAATGGTAATTCACAAGCTCATTATG
1 AATACCATGGATGCACACATAGTGT-CGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
* * *
10235648 AATACCATGGATGCACACATAGTGCCGAAATGATAATTCACAAACTCATCATG
1 AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
* *
10235701 AATACCATGGATGCACACATAGTGCCGAAAGGGTAATTCACAAACTCATTATG
1 AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
* * * *
10235754 AATACCATGGATGCACACATAGTGCCAAAAAGCTAATTCACAAACTCATTATG
1 AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
* * ** *
10235807 AATACAATGGATGCACACATAGTGACGAAATACTAATTCGCAAACTCATTATG
1 AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
* * * * * *
10235860 AATACCATGGATGAACACATTGTGCCAAAATGGTAATTAACAAACTCATTATA
1 AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
** * * *
10235913 AATACCATGGATGTGCACATAGTGTCAAAATAGT-ATATCTCAAACTCATTATG
1 AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAAT-TCACAAACTCATTATG
* * *
10235966 AATACCATAGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCAAAAACTCATTA-C
1 AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
*
10236018 AGATACCATTGATGCACACATAGTGTC
1 A-ATACCATGGATGCACACATAGTGTC
10236045 AAAAGTACGC
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 52, Indels: 10
0.86 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
52 4 0.01
53 387 0.98
54 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.19, G:0.15, T:0.26
Consensus pattern (53 bp):
AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
Found at i:10240448 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10240422--10240466 Score: 56
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
10240412 TAATCACTTC
10240422 TTGTGAAAATCAACTC-ATCCATG
1 TTGTGAAAA-CAAC-CAATCCATG
*
10240445 TTGTGGAAACAACCAATCCATG
1 TTGTGAAAACAACCAATCCATG
10240467 ACAAAAATAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.05
22 11 0.55
23 8 0.40
ACGTcount: A:0.36, C:0.22, G:0.16, T:0.27
Consensus pattern (22 bp):
TTGTGAAAACAACCAATCCATG
Found at i:10242614 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 10242546--10242999 Score: 662
Period size: 53 Copynumber: 8.6 Consensus size: 53
10242536 CATATCATAA
* * * * *
10242546 AATATCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATAGTAATTGATAAACTTATTATG
1 AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
* *
10242599 AATACCATGGATGCACACATAGTG-CTGAAATGGAAATTCACAAACTCATTACG
1 AATACCATGGATGCACACATAGTGTC-GAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
* * * * *
10242652 AATACCATGGATGCACATATACT-TCCAAAATGGTATTTTACAAACTCATTATG
1 AATACCATGGATGCACACATAGTGT-CGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
* *
10242705 AATACCATGGATGCACACATAGTGAT-GAAATGGTAATTCACAAACTCAGTGTG
1 AATACCATGGATGCACACATAGTG-TCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
10242758 AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
1 AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
*
10242811 AATACCATGGATTCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
1 AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
* **
10242864 AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGATAATTCACAAGTTCATTATG
1 AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
*
10242917 AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTTTG
1 AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
* * *
10242970 AATACCATGGATGCATATATAGTTTCGAAA
1 AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAA
10243000 GTACACATAG
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 35, Indels: 12
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
52 2 0.01
53 356 0.99
54 1 0.00
55 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (53 bp):
AATACCATGGATGCACACATAGTGTCGAAATGGTAATTCACAAACTCATTATG
Found at i:10242781 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 10242703--10242782 Score: 69
Period size: 26 Copynumber: 3.0 Consensus size: 26
10242693 AAACTCATTA
10242703 TGAATACCATGGATGCACACATAGTG
1 TGAATACCATGGATGCACACATAGTG
* *
10242729 ATG-A-A--ATGGTAATTCACAAACTCAGTG
1 -TGAATACCATGG--ATGCACACA-T-AGTG
10242756 TGAATACCATGGATGCACACATAGTG
1 TGAATACCATGGATGCACACATAGTG
10242782 T
1 T
10242783 CGAAATGGTA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 4, Indels: 17
0.66 0.06 0.27
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.10
25 8 0.20
26 9 0.22
27 8 0.20
28 8 0.20
30 4 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (26 bp):
TGAATACCATGGATGCACACATAGTG
Found at i:10245384 original size:21 final size:19
Alignment explanation
Indices: 10245334--10245383 Score: 100
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
10245324 AAGGGGAAGA
10245334 TTGATATATATAAATGATT
1 TTGATATATATAAATGATT
10245353 TTGATATATATAAATGATT
1 TTGATATATATAAATGATT
10245372 TTGATATATATA
1 TTGATATATATA
10245384 TTTATATATG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 31 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.10, T:0.48
Consensus pattern (19 bp):
TTGATATATATAAATGATT
Found at i:10246891 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 10246884--10246944 Score: 122
Period size: 2 Copynumber: 30.5 Consensus size: 2
10246874 CCCGGTTTAT
10246884 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
10246926 TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
10246945 TAAATTTATA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 59 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:10247010 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 10246954--10247056 Score: 115
Period size: 39 Copynumber: 2.7 Consensus size: 39
10246944 TTAAATTTAT
* *
10246954 ATTCATAA-TTCTCAAATTATTTCACTC-TAAT-ATTCAAA
1 ATTCCTAATTTCTTAAATTATTTCAC-CAT-ATCATTCAAA
* *
10246992 ATTCCTAATTTCTTAAATT-TTACCACCATATCATTCTAA
1 ATTCCTAATTTCTTAAATTATT-TCACCATATCATTCAAA
10247031 ATTCCTAATTTCTTAAATTATTTCAC
1 ATTCCTAATTTCTTAAATTATTTCAC
10247057 ATTAAACATT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 5, Indels: 9
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
38 12 0.22
39 41 0.75
40 2 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.20, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (39 bp):
ATTCCTAATTTCTTAAATTATTTCACCATATCATTCAAA
Found at i:10247220 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 10247213--10247259 Score: 78
Period size: 2 Copynumber: 24.0 Consensus size: 2
10247203 AAATTTTAGA
*
10247213 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AA AT A-
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
10247254 AT AT AT
1 AT AT AT
10247260 TTAAAGAAGA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 2
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.02
2 41 0.98
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:10249289 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 10249282--10249313 Score: 64
Period size: 2 Copynumber: 16.0 Consensus size: 2
10249272 AGTAGCATTT
10249282 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
10249314 AGTGGCGATG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 30 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:10249604 original size:67 final size:66
Alignment explanation
Indices: 10249525--10249660 Score: 227
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 66
10249515 GCCAGAGAAA
* * * *
10249525 ATGAGTTGCCAAATGTAAATTATTCTAAGATTGCTTTATAAAAAATATTATTATATTAATAAGAA
1 ATGAGTTGCCAAATGCAAATTATTATAAGATTACTTTAT-AAAAATATTATTAAATTAATAAGAA
10249590 TG
65 TG
10249592 ATGAGTTGCCAAATGCAAATTATTATAAGATTACTTTATAAAAATATTATTAAATTAATAAGAAT
1 ATGAGTTGCCAAATGCAAATTATTATAAGATTACTTTATAAAAATATTATTAAATTAATAAGAAT
10249657 G
66 G
10249658 ATG
1 ATG
10249661 TATGTATTTT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 4, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
66 29 0.45
67 36 0.55
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (66 bp):
ATGAGTTGCCAAATGCAAATTATTATAAGATTACTTTATAAAAATATTATTAAATTAATAAGAAT
G
Found at i:10250099 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 10250061--10250119 Score: 68
Period size: 26 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
10250051 TATTATACAT
*
10250061 ATTT-AATATTAAATTTA-AATAAAG
1 ATTTAAATATTAAA-TTAGAATAAAA
10250085 ATTTAAATAATTAAATTAGAATAAAA
1 ATTTAAAT-ATTAAATTAGAATAAAA
10250111 ATTTTAAAT
1 A-TTTAAAT
10250120 GAAATAAAAG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 5
0.83 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
24 4 0.13
25 6 0.20
26 13 0.43
27 7 0.23
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.03, T:0.41
Consensus pattern (25 bp):
ATTTAAATATTAAATTAGAATAAAA
Found at i:10255400 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 10255353--10255402 Score: 66
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
10255343 ATAATATATT
* *
10255353 TATTAACATTTTCAAATATATAAAA
1 TATTAACATTTTAAAATAAATAAAA
10255378 TATTAACA-TTTAAAATAAAATAAAA
1 TATTAACATTTTAAAAT-AAATAAAA
10255403 AAGAGTTGCT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
24 7 0.32
25 15 0.68
ACGTcount: A:0.58, C:0.06, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (25 bp):
TATTAACATTTTAAAATAAATAAAA
Found at i:10257416 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 10257381--10257441 Score: 113
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
10257371 TACAGTCTCT
10257381 CAACATTTAGTCTATTTGCAATATGGTCCCC
1 CAACATTTAGTCTATTTGCAATATGGTCCCC
*
10257412 CAACATTTAGTCTATTTGCATTATGGTCCC
1 CAACATTTAGTCTATTTGCAATATGGTCCC
10257442 TGACCGTTTG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 29 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.25, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (31 bp):
CAACATTTAGTCTATTTGCAATATGGTCCCC
Found at i:10261981 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 10261976--10262002 Score: 54
Period size: 2 Copynumber: 13.5 Consensus size: 2
10261966 ATTACTAGGA
10261976 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
10262003 GGAAAATGTA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 25 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:10264675 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 10264655--10264684 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
10264645 TGAGTACGTA
10264655 TGACCCCTTGTTACC
1 TGACCCCTTGTTACC
10264670 TGACCCCTTGTTACC
1 TGACCCCTTGTTACC
10264685 ACCTTATTAC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.40, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (15 bp):
TGACCCCTTGTTACC
Found at i:10264738 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10264713--10264755 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
10264703 ACATATCCTC
*
10264713 AGCTTCGAAATTGATTTTGAAA
1 AGCTT-GAAATTGATTCTGAAA
*
10264735 AGCTTGTAATTGATTCTGAAA
1 AGCTTGAAATTGATTCTGAAA
10264756 CCGGAAGACA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 14 0.74
22 5 0.26
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (21 bp):
AGCTTGAAATTGATTCTGAAA
Found at i:10264947 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 10264838--10264981 Score: 166
Period size: 35 Copynumber: 4.1 Consensus size: 36
10264828 GAAGGTGAAT
10264838 AAGAAGAACGAAAGGAAGCATCGGCACTTTCGATTC
1 AAGAAGAACGAAAGGAAGCATCGGCACTTTCGATTC
** * * * *
10264874 AA-CTGAACGGAAGGAAGCATCGACACTTTCAACTC
1 AAGAAGAACGAAAGGAAGCATCGGCACTTTCGATTC
10264909 AAGAAGAACGAAAGGAAGCATCGGCACTTTCGATTC
1 AAGAAGAACGAAAGGAAGCATCGGCACTTTCGATTC
* ** * **
10264945 AAG-TGAACGGGATGAAGCATAAGCACTTTCGATTC
1 AAGAAGAACGAAAGGAAGCATCGGCACTTTCGATTC
10264980 AA
1 AA
10264982 TTGTTCATCT
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 18, Indels: 3
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
35 57 0.64
36 32 0.36
ACGTcount: A:0.38, C:0.20, G:0.24, T:0.18
Consensus pattern (36 bp):
AAGAAGAACGAAAGGAAGCATCGGCACTTTCGATTC
Found at i:10264972 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 10264838--10264974 Score: 222
Period size: 71 Copynumber: 1.9 Consensus size: 71
10264828 GAAGGTGAAT
*
10264838 AAGAAGAACGAAAGGAAGCATCGGCACTTTCGATTCAACTGAACGGAAGGAAGCATCGACACTTT
1 AAGAAGAACGAAAGGAAGCATCGGCACTTTCGATTCAACTGAACGGAAGGAAGCATAGACACTTT
10264903 CAACTC
66 CAACTC
* * *
10264909 AAGAAGAACGAAAGGAAGCATCGGCACTTTCGATTCAAGTGAACGGGATGAAGCATA-AGCACTT
1 AAGAAGAACGAAAGGAAGCATCGGCACTTTCGATTCAACTGAACGGAAGGAAGCATAGA-CACTT
10264973 TC
65 TC
10264975 GATTCAATTG
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 4, Indels: 2
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
70 1 0.02
71 60 0.98
ACGTcount: A:0.38, C:0.20, G:0.24, T:0.18
Consensus pattern (71 bp):
AAGAAGAACGAAAGGAAGCATCGGCACTTTCGATTCAACTGAACGGAAGGAAGCATAGACACTTT
CAACTC
Found at i:10266474 original size:63 final size:63
Alignment explanation
Indices: 10266401--10266520 Score: 222
Period size: 63 Copynumber: 1.9 Consensus size: 63
10266391 CCATGATTAC
*
10266401 GTTTATAAGATTCATGATGTATACAATATATTATTGATACACTATTATGCTTGTAAATGATAT
1 GTTTATAAGATTCATGATGTATACAATAGATTATTGATACACTATTATGCTTGTAAATGATAT
*
10266464 GTTTATAAGATTCATGATGTATACATTAGATTATTGATACACTATTATGCTTGTAAA
1 GTTTATAAGATTCATGATGTATACAATAGATTATTGATACACTATTATGCTTGTAAA
10266521 GTTCAATGAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
63 55 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.13, T:0.42
Consensus pattern (63 bp):
GTTTATAAGATTCATGATGTATACAATAGATTATTGATACACTATTATGCTTGTAAATGATAT
Found at i:10267802 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 10267775--10267836 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 2.6 Consensus size: 24
10267765 TTGTAACGCT
* *
10267775 TTTTCTCTGCTCTTATGGCAATCA
1 TTTTCTCTGCTCTTATGACAATAA
10267799 TTTTCTCTGCTCTTATGACAATAA
1 TTTTCTCTGCTCTTATGACAATAA
10267823 TTTTCTCTGCTCTT
1 TTTTCTCTGCTCTT
10267837 GCGGCACGAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 36 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.24, G:0.10, T:0.50
Consensus pattern (24 bp):
TTTTCTCTGCTCTTATGACAATAA
Found at i:10271190 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 10271144--10271184 Score: 57
Period size: 9 Copynumber: 4.7 Consensus size: 9
10271134 TATAAAAATA
10271144 ATATATTAT
1 ATATATTAT
* *
10271153 ATATTTTAA
1 ATATATTAT
10271162 ATAT-TTAT
1 ATATATTAT
10271170 ATATATTAT
1 ATATATTAT
10271179 ATATAT
1 ATATAT
10271185 ATTATAATTA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 2
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
8 7 0.25
9 21 0.75
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (9 bp):
ATATATTAT
Found at i:10278811 original size:23 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10278762--10278824 Score: 81
Period size: 21 Copynumber: 2.9 Consensus size: 21
10278752 TTTTGGTGCA
* *
10278762 GAGGGAATCGATCCCCCCCTT
1 GAGGGAACCGATTCCCCCCTT
*
10278783 GAGGGAACCGATTCCCCCTTT
1 GAGGGAACCGATTCCCCCCTT
10278804 GAAGGGGAACCGATTCCCCCC
1 G-A-GGGAACCGATTCCCCCC
10278825 ACAGGGGAAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 2
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 19 0.53
22 1 0.03
23 16 0.44
ACGTcount: A:0.21, C:0.37, G:0.25, T:0.17
Consensus pattern (21 bp):
GAGGGAACCGATTCCCCCCTT
Found at i:10282347 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 10282319--10282365 Score: 76
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
10282309 TAGTAATTTT
*
10282319 AAAATTTATTTTTAAAAAAATTA
1 AAAATTTATTTATAAAAAAATTA
*
10282342 AAAATTTATTTATAAAAAACTTA
1 AAAATTTATTTATAAAAAAATTA
10282365 A
1 A
10282366 TTTATCTATA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 22 1.00
ACGTcount: A:0.57, C:0.02, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (23 bp):
AAAATTTATTTATAAAAAAATTA
Done.