genome.fa.s8761.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008761.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111853_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  337887

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3448--3550	52	2.0	52	98	0	197	21	23	13	41	1.88
4992--5042	23	2.2	23	86	6	68	52	17	21	7	1.69
13574--18353	4	1213.2	4	95	4	8796	25	0	25	49	1.50
18428--18472	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
18567--18598	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
24793--24854	31	2.0	31	96	0	115	22	14	38	24	1.91
25227--25400	85	2.1	84	92	7	291	32	10	18	37	1.86
28232--28277	19	2.3	21	92	7	78	45	15	0	39	1.46
37296--37354	2	29.5	2	96	0	109	47	0	0	52	1.00
43849--44040	83	2.4	80	83	10	248	32	17	21	29	1.96
52153--52458	121	2.5	121	83	2	382	32	16	5	44	1.72
52670--52715	19	2.4	19	77	0	56	47	0	10	41	1.38
55255--55299	19	2.2	21	84	7	58	44	0	2	53	1.13
59948--60052	54	1.9	54	96	0	192	40	21	9	28	1.85
87543--87629	31	2.8	31	85	3	113	39	10	11	39	1.76
90912--90948	18	2.2	18	85	9	51	37	0	0	62	0.96
91009--91048	14	2.6	16	84	15	57	60	15	0	25	1.35
103257--103285	12	2.4	12	100	0	58	48	0	0	51	1.00
103295--103425	64	2.0	64	91	0	208	22	7	29	39	1.82
111064--111116	22	2.4	22	78	6	54	56	3	3	35	1.35
111754--112149	196	2.0	198	98	1	762	29	13	21	36	1.91
114029--114060	15	2.1	16	88	11	50	46	31	0	21	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114035--114088	21	2.4	22	87	9	74	48	31	1	18	1.59
120511--120553	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
120511--120681	67	2.6	67	86	4	222	28	27	26	17	1.98
121045--121103	30	2.0	30	93	0	100	38	3	23	33	1.72
121317--121362	23	2.0	23	95	4	85	19	26	28	26	1.99
121317--121370	23	2.4	23	90	3	74	20	24	25	29	1.99
127624--127678	2	28.0	2	96	3	103	49	0	0	50	1.00
127997--128031	18	1.9	18	88	0	52	51	0	2	45	1.16
129400--129438	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
129542--129567	9	2.9	9	100	0	52	23	7	23	46	1.78
129886--130014	60	2.2	59	82	10	158	30	19	5	44	1.73
134666--134991	163	2.0	163	100	0	652	36	19	18	25	1.95
144423--144557	65	2.0	66	90	4	209	40	11	25	22	1.87
169381--169416	19	1.9	18	88	5	54	30	2	0	66	1.06
173542--173616	30	2.5	30	97	2	141	18	29	21	30	1.97
176150--176178	14	2.0	15	93	6	51	31	6	34	27	1.83
210068--210113	18	2.5	19	96	3	85	30	4	28	36	1.76
210434--210471	20	1.9	20	88	0	58	39	0	7	52	1.31
214461--214513	21	2.5	21	87	0	79	20	24	20	33	1.97
214503--214635	20	6.7	20	88	1	117	31	22	20	25	1.98
214542--214635	40	2.3	40	88	0	152	27	25	21	25	1.99
214809--214851	22	2.0	22	100	0	86	25	41	13	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215040--215065	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
215251--215337	20	4.4	20	86	4	115	12	14	22	49	1.78
217221--217268	20	2.4	20	89	0	69	33	25	20	20	1.97
217311--217366	20	2.8	20	81	10	69	19	17	23	39	1.92
217867--217970	21	5.0	21	75	3	84	22	34	19	24	1.96
217864--217974	42	2.6	42	78	5	118	21	36	18	23	1.95
219583--219644	14	4.3	14	75	6	61	37	1	16	45	1.57
219757--219795	20	2.0	20	100	0	78	46	23	20	10	1.81
219838--219968	20	6.8	20	76	10	103	26	18	21	33	1.96
219798--219968	74	2.3	74	83	4	211	24	18	21	35	1.96
220135--220169	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
220148--220176	12	2.5	12	94	5	51	17	6	20	55	1.65
223294--223357	23	2.8	23	78	4	76	29	25	25	20	1.99
223373--223590	103	2.1	103	94	1	384	37	22	13	26	1.91
226253--226360	20	5.4	20	93	0	171	25	19	27	27	1.99
226344--226399	20	2.8	20	97	0	103	26	21	16	35	1.94
226254--226399	40	3.7	40	86	3	134	25	19	23	30	1.98
226396--226441	21	2.2	21	88	0	65	39	19	23	17	1.92
227005--227040	17	2.1	17	89	0	54	41	2	2	52	1.30
227791--227855	27	2.5	24	80	12	67	64	6	0	29	1.17
227795--227855	13	4.6	13	72	25	56	65	6	0	27	1.17
228539--228577	17	2.3	17	81	0	51	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228814--228908	31	3.0	31	80	4	84	49	7	5	37	1.53
228920--228961	21	2.0	22	90	4	68	50	7	0	42	1.30
232187--232234	22	2.2	22	82	14	55	58	6	0	35	1.23
235156--235271	59	2.0	57	85	6	155	45	6	9	38	1.61
244933--244978	18	2.6	18	89	0	74	17	47	17	17	1.83
244969--245002	17	2.0	17	100	0	68	17	47	23	11	1.81
246309--246343	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
247851--247984	63	2.1	63	80	10	150	17	26	28	28	1.97
250132--250366	116	2.0	115	97	0	443	32	14	15	36	1.89
251350--251376	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
256393--256949	278	2.0	278	100	0	1114	32	16	23	27	1.96
266605--266641	6	6.2	6	96	0	65	13	67	0	18	1.23
270915--270987	24	3.1	24	86	3	96	58	8	12	20	1.59
270930--271002	24	3.1	24	84	5	87	57	9	12	20	1.62
272310--272352	18	2.3	19	88	4	61	44	9	2	44	1.49
273040--273071	13	2.5	13	94	0	55	46	0	0	53	1.00
277551--277878	21	15.7	21	70	6	119	12	39	21	26	1.88
277537--277764	42	5.5	42	77	3	190	15	39	20	24	1.91
277679--277868	62	3.0	62	83	3	177	11	38	20	29	1.87
277616--277847	104	2.2	102	79	8	234	11	40	19	27	1.86
294686--294843	21	7.8	20	70	7	77	37	24	17	19	1.93
294811--295004	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294811--295004	40	4.8	39	82	3	199	35	25	19	19	1.95
294811--295003	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
295384--295454	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
295575--295634	14	3.9	14	74	19	57	45	23	23	8	1.80
295550--295645	33	2.9	33	87	1	120	44	22	22	9	1.81
295641--295738	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
295663--295752	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
295646--295760	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
297457--297835	92	4.1	93	98	0	735	22	12	18	46	1.83
297457--297837	185	2.1	185	97	1	737	22	12	18	46	1.82
297879--298007	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
297915--298007	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
297879--298007	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
298003--298137	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
298025--298081	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
298008--298100	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
300035--300070	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
300177--300259	19	4.6	19	80	17	113	43	18	24	14	1.87
300288--300561	19	15.4	19	81	15	354	13	21	17	46	1.83
300266--300533	52	5.0	52	93	4	455	14	22	16	46	1.83
300266--300533	109	2.5	105	91	6	459	14	22	16	46	1.83
303042--303088	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303765--304154	20	19.5	20	84	5	457	20	18	25	35	1.95
308474--308526	24	2.1	25	82	6	63	58	13	11	16	1.63
310207--310265	29	2.0	29	96	0	109	28	3	44	23	1.70
315639--315778	59	2.4	59	79	2	156	31	24	9	35	1.87
319275--319312	15	2.5	15	83	8	51	26	2	2	68	1.16
330654--330706	19	2.8	19	70	0	52	41	3	1	52	1.30
330715--330759	15	3.0	15	83	6	56	42	4	2	51	1.34
332008--332081	15	4.9	15	76	0	67	22	47	13	16	1.81

Tables:   1

The End!