Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01000881.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001714_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 53049
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.17, T:0.34
Found at i:1408 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1391--1424 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
1381 TTGTTTTAAG
1391 TTTAAATCTTTATA
1 TTTAAATCTTTATA
* *
1405 TTTATATGTTTATA
1 TTTAAATCTTTATA
1419 TTTAAA
1 TTTAAA
1425 ATCAACCTAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 17 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.03, G:0.03, T:0.59
Consensus pattern (14 bp):
TTTAAATCTTTATA
Found at i:8139 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 8114--8162 Score: 64
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
8104 ATAATTTACT
* *
8114 TTTATCCTT-ACAGTTTTATAAA
1 TTTATCCTTAAAATTTTTA-AAA
8136 TTTATCCTTAAAATTTTTAAAA
1 TTTATCCTTAAAATTTTTAAAA
8158 TTTAT
1 TTTAT
8163 TTCTTAACCT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
22 17 0.71
23 7 0.29
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.02, T:0.53
Consensus pattern (22 bp):
TTTATCCTTAAAATTTTTAAAA
Found at i:11723 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 11661--11741 Score: 72
Period size: 24 Copynumber: 3.4 Consensus size: 23
11651 ATTTGAATTC
*
11661 TGTTATGATACGTGACATGGATTT
1 TGTTATGATAC-TGACATGGATTA
* * *
11685 TGTTCTAATACCTGACCTGGATTA
1 TGTTATGATA-CTGACATGGATTA
* *
11709 TGTTATGATATCTGACTTGAATTA
1 TGTTATGATA-CTGACATGGATTA
*
11733 TGTTTTGAT
1 TGTTATGAT
11742 TTTTGATATA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 10, Indels: 2
0.79 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
24 45 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.11, G:0.20, T:0.44
Consensus pattern (23 bp):
TGTTATGATACTGACATGGATTA
Found at i:15914 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 15887--15954 Score: 100
Period size: 24 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
15877 TTCGAATTGA
15887 ATTCTGTTATGATACCTGACATGG
1 ATTCTGTTATGATACCTGACATGG
* *
15911 ATTCTGTTCTAATACCTGACATGG
1 ATTCTGTTATGATACCTGACATGG
* *
15935 ATTTTGTTATGATATCTGAC
1 ATTCTGTTATGATACCTGAC
15955 CTGAATTATA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 6, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 38 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.16, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (24 bp):
ATTCTGTTATGATACCTGACATGG
Found at i:18193 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18172--18202 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
18162 TGTTCATCTT
18172 TCAAATGGTACCACTC
1 TCAAATGGTACCACTC
18188 TCAAATGGTACCACT
1 TCAAATGGTACCACT
18203 ATGCCTATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.29, G:0.13, T:0.26
Consensus pattern (16 bp):
TCAAATGGTACCACTC
Found at i:25767 original size:318 final size:321
Alignment explanation
Indices: 25177--25819 Score: 1124
Period size: 318 Copynumber: 2.0 Consensus size: 321
25167 TTTTAATCCT
25177 AAATACAATCAAAATAAAATAAGTCTAGTCATCCATAGTAGGATCGGGAGGCGGAGGAGGAAATC
1 AAATACAATCAAAATAAAATAAGTCTAGTCATCCATAGTAGGATCGGGAGGCGGAGGAGGAAATC
*
25242 GGGCTTGCATCTCAAGAGAGAGAGCATCCATGCATGAAAGCATCTCCCTTTGAAACTCCATCTGA
66 GGGCTTGCATCTCAAGAGAGAGAGCATCCATGCATCAAAGCATCTCCCTTTGAAACTCCATCTGA
25307 CGAGCTTCCAAAGTGTCTAGCGTTGATTTACTGCTTCGTGAGTAGCAGTCAATTGGGATTCGATG
131 CGAGCTTCCAAAGTGTCTAGCGTTGATTTACTGCTTCGTGAGTAGCAGTCAATTGGGATTCGATG
25372 GAAGCATACCGTAGATCAAAATGTCTCCAAAAACGAACGAAACTATGGAGGCATTTGATCCTTGT
196 GAAGCATACCGTAGATCAAAATGTCTCCAAAAACGAACGAAACTATGGAGGCATTTGATCCTTGT
25437 GGAGATGGTTCCAGTACAGGCT-C-C-TCGGGTACTGATCATCGATGTCTTGCATAAGATGTTG
261 GGAGATGGTTCCAGTACAGGCTCCTCATCGGGTAC-G-TCATC-ATGTCTTGCATAAGATGTTG
25498 AAATACAATC-AAATAAAATAAGTCTAGTCATCCATAGTAGGATCGGGAGGCGGAGGAGGAAATC
1 AAATACAATCAAAATAAAATAAGTCTAGTCATCCATAGTAGGATCGGGAGGCGGAGGAGGAAATC
25562 GGGCTTGCATCTC-A-AGAGAGAGCATCCATGCATCAAAGCATCTCCCTTTGAAACTCCATCTGA
66 GGGCTTGCATCTCAAGAGAGAGAGCATCCATGCATCAAAGCATCTCCCTTTGAAACTCCATCTGA
25625 CGAGCTTCCAAAGTGTCTAAGCGTTGATTTACTGCTTCGTGAGTAGCAGTCAATTGGGATTCGAT
131 CGAGCTTCCAAAGTGTCT-AGCGTTGATTTACTGCTTCGTGAGTAGCAGTCAATTGGGATTCGAT
*
25690 GGAAGCATACCGTAGATC-AAATGTCTCC-AAAACGAGCGAAACTATGGAGGCA-TTGATCCTCT
195 GGAAGCATACCGTAGATCAAAATGTCTCCAAAAACGAACGAAACTATGGAGGCATTTGAT-C-CT
* * *
25752 TGTGGAGATGGTTCCAGTGCAGGCTCCTCATCGGGTACGTGATCATGTCTTGCATAAGCTGTTG
258 TGTGGAGATGGTTCCAGTACAGGCTCCTCATCGGGTACGTCATCATGTCTTGCATAAGATGTTG
25816 AAAT
1 AAAT
25820 TCAGGATCAT
Statistics
Matches: 311, Mismatches: 5, Indels: 15
0.94 0.02 0.05
Matches are distributed among these distances:
316 5 0.02
317 24 0.08
318 125 0.40
319 70 0.23
320 69 0.22
321 18 0.06
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.25, T:0.25
Consensus pattern (321 bp):
AAATACAATCAAAATAAAATAAGTCTAGTCATCCATAGTAGGATCGGGAGGCGGAGGAGGAAATC
GGGCTTGCATCTCAAGAGAGAGAGCATCCATGCATCAAAGCATCTCCCTTTGAAACTCCATCTGA
CGAGCTTCCAAAGTGTCTAGCGTTGATTTACTGCTTCGTGAGTAGCAGTCAATTGGGATTCGATG
GAAGCATACCGTAGATCAAAATGTCTCCAAAAACGAACGAAACTATGGAGGCATTTGATCCTTGT
GGAGATGGTTCCAGTACAGGCTCCTCATCGGGTACGTCATCATGTCTTGCATAAGATGTTG
Found at i:29529 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 29495--29529 Score: 61
Period size: 12 Copynumber: 2.9 Consensus size: 12
29485 ATGATGGTTC
*
29495 TCTAACGTCAAG
1 TCTAACGTCATG
29507 TCTAACGTCATG
1 TCTAACGTCATG
29519 TCTAACGTCAT
1 TCTAACGTCAT
29530 TTGTATTTAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 22 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.26, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (12 bp):
TCTAACGTCATG
Found at i:31365 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 31326--31366 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
31316 GAGTTTATTT
31326 TCATTTTTCAATTTTGAAAAA
1 TCATTTTTCAATTTTGAAAAA
31347 TCATTTTT-ATATTTT-AAAAA
1 TCATTTTTCA-ATTTTGAAAAA
31367 CAATTTATCA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.32
21 13 0.68
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.02, T:0.51
Consensus pattern (21 bp):
TCATTTTTCAATTTTGAAAAA
Found at i:44406 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 44392--44445 Score: 69
Period size: 3 Copynumber: 18.7 Consensus size: 3
44382 TAATTTGTAT
*
44392 TAA TAT TAA TAA TAAA TAA TAA TAA T-A TAA T-A TAA TAA TAA TAA
1 TAA TAA TAA TAA T-AA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
44436 TAA T-A TAA TA
1 TAA TAA TAA TA
44446 TTATATCCTG
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 2, Indels: 8
0.82 0.04 0.15
Matches are distributed among these distances:
2 6 0.13
3 36 0.80
4 3 0.07
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:44446 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 44392--44446 Score: 87
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 23
44382 TAATTTGTAT
*
44392 TAATATTA-ATAATAAATAATAA
1 TAATATAATATAATAAATAATAA
44414 TAATATAATATAAT-AATAATAA
1 TAATATAATATAATAAATAATAA
44436 TAATATAATAT
1 TAATATAATAT
44447 TATATCCTGG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 2
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
22 26 0.84
23 5 0.16
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
TAATATAATATAATAAATAATAA
Found at i:48719 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 48710--49332 Score: 1015
Period size: 4 Copynumber: 161.5 Consensus size: 4
48700 CCCATGGGGC
48710 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
48758 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
48806 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT A-GT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
48851 ATGT ATGT AT-T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AT-T
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
48897 ATGT ATGT ATGT ATGT AT-T ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
48943 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT A--T ATGT ATGTT AT-T
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG-T ATGT
48988 ATGT AT-T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
49033 ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT AT-T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
49078 -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
49123 ATG- ATGT ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT AT-T ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
49168 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
49216 ATGT ATGT AGGT ATGT ACGT A-CT ACGT ACGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
49263 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
49311 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AT
49333 ATTTAATTTC
Statistics
Matches: 586, Mismatches: 8, Indels: 50
0.91 0.01 0.08
Matches are distributed among these distances:
2 10 0.02
3 41 0.07
4 532 0.91
5 3 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.01, G:0.24, T:0.50
Consensus pattern (4 bp):
ATGT
Done.