genome.fa.s8828.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008828.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112010_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  258892

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1555--1616	31	1.9	33	90	6	101	38	16	11	33	1.84
6329--6396	21	3.2	21	69	23	54	47	1	0	51	1.09
6524--6582	27	2.3	27	80	8	70	50	0	1	47	1.11
7108--7191	43	2.0	43	92	0	141	40	14	8	36	1.76
8785--8866	36	2.3	36	100	0	164	50	6	4	39	1.49
17334--17471	59	2.3	59	92	0	222	35	11	21	31	1.89
23943--24032	2	46.0	2	83	8	114	47	2	1	48	1.21
23949--24035	17	5.1	17	80	12	81	45	2	1	50	1.21
31787--31826	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
32104--32271	60	2.8	59	77	13	173	31	18	5	44	1.74
32431--32575	60	2.4	60	84	2	184	38	4	22	33	1.76
35053--35088	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
37623--37671	24	2.0	24	100	0	98	30	12	16	40	1.85
42486--42520	17	1.9	18	88	11	54	37	2	11	48	1.54
43787--43832	22	2.0	23	83	4	58	47	0	17	34	1.48
55838--55880	21	2.0	23	86	9	63	39	9	9	41	1.69
58079--58147	23	3.0	23	79	6	86	20	23	24	31	1.98
59093--59261	90	1.9	92	87	2	252	32	16	14	36	1.89
72769--72818	24	2.1	24	85	7	66	24	2	14	60	1.45
75128--75557	123	3.5	122	86	2	569	41	15	16	26	1.88
75128--75581	243	1.9	244	84	2	624	40	14	17	27	1.88
75415--76174	119	6.4	119	86	3	872	41	14	19	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75504--76174	237	2.8	237	87	2	884	41	14	19	24	1.89
75399--76174	356	2.2	356	84	3	988	41	14	19	25	1.89
79487--79568	41	2.0	41	100	0	164	24	12	31	31	1.92
80317--80341	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
80314--80349	12	3.1	11	88	11	54	72	0	2	25	0.98
87875--87914	21	1.9	21	85	10	55	40	12	7	40	1.71
94736--94774	19	2.1	19	95	0	69	25	20	15	38	1.92
95001--95057	3	18.7	3	92	3	96	3	29	0	66	1.08
101843--101885	2	21.0	2	95	4	77	48	2	0	48	1.14
108584--108634	24	2.1	24	92	3	84	13	3	19	62	1.46
114943--114981	7	6.0	6	91	5	51	82	0	2	15	0.79
114940--114981	14	3.0	14	89	6	59	80	0	2	16	0.81
114940--114981	20	2.0	20	90	9	66	80	0	2	16	0.81
125587--125630	21	2.1	21	95	0	79	9	34	18	38	1.82
125541--125683	74	1.9	74	90	2	225	16	29	19	34	1.94
125608--125760	53	2.9	53	96	0	270	19	28	20	30	1.97
126260--126610	42	8.2	42	67	17	168	29	21	19	29	1.97
126115--126601	122	3.9	121	82	7	546	29	21	18	29	1.97
126396--126459	22	3.0	21	68	17	60	31	21	18	28	1.97
126455--126479	13	1.9	13	100	0	50	24	20	24	32	1.98
126333--126602	135	2.0	135	89	0	414	28	21	18	31	1.97
132839--132886	6	8.0	6	95	0	87	47	16	18	16	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135429--135459	14	2.2	14	94	0	53	83	0	0	16	0.64
135866--135902	17	2.1	18	90	5	58	51	16	0	32	1.45
136970--137006	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
137051--137104	21	2.6	21	76	5	56	27	22	20	29	1.98
137113--137162	20	2.5	20	90	0	73	24	28	22	26	1.99
137975--138034	24	2.5	24	78	10	77	26	18	16	38	1.92
140354--140636	140	2.0	140	95	0	512	28	13	14	43	1.83
140607--140753	54	2.7	54	88	1	224	36	23	15	23	1.94
140703--140775	19	3.8	20	92	5	123	31	24	19	24	1.98
140609--140850	54	4.6	53	75	14	223	33	22	17	25	1.96
140607--140775	20	9.1	20	74	16	150	35	23	15	25	1.94
140856--140902	19	2.4	19	85	3	67	14	14	21	48	1.80
140840--140916	20	3.9	20	79	3	75	14	15	23	46	1.82
142406--142523	21	5.6	21	75	0	110	22	17	36	22	1.95
142406--142528	42	2.9	42	80	2	140	23	17	36	21	1.95
143003--143046	20	2.2	20	91	0	70	50	20	13	15	1.78
143033--143085	20	2.7	19	80	8	70	41	24	20	13	1.88
143801--145420	810	2.0	809	96	0	2963	33	20	16	29	1.95
145847--145902	20	2.8	20	86	0	76	50	21	16	12	1.78
145923--145966	19	2.3	19	88	7	63	47	25	13	13	1.79
146356--146428	22	3.3	22	96	0	128	20	15	43	20	1.87
146604--146667	20	3.2	20	76	12	67	25	17	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146571--146667	41	2.4	41	83	0	122	27	17	22	31	1.97
146682--146727	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
146693--146729	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
147421--147469	21	2.4	22	83	10	59	32	12	4	51	1.58
148475--148517	16	2.6	17	78	10	54	23	4	18	53	1.63
148287--148952	198	3.4	194	83	5	757	37	4	10	46	1.60
148830--148884	22	2.6	21	80	5	58	40	3	9	47	1.53
148606--148959	184	1.9	187	87	2	518	39	4	10	45	1.58
150054--150090	10	3.7	10	92	0	65	35	13	0	51	1.41
150051--150090	20	2.0	20	100	0	80	35	15	0	50	1.44
151728--151769	15	2.6	17	82	14	54	38	0	0	61	0.96
153680--153721	17	2.5	17	88	3	59	47	11	4	35	1.61
155877--155997	62	2.0	62	93	3	208	26	13	18	42	1.87
167719--167823	5	20.8	5	69	19	51	21	4	1	71	1.14
170112--170151	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
174769--174850	21	3.9	21	78	7	76	14	23	36	25	1.93
175581--175684	31	3.3	30	71	20	104	35	20	20	24	1.96
175580--175707	64	2.0	64	100	0	256	34	18	21	25	1.96
178726--178765	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
189131--189165	18	1.9	18	88	0	52	60	25	5	8	1.49
192477--192521	20	2.1	21	84	8	56	20	8	15	55	1.66
193317--193376	24	2.5	24	83	0	84	25	18	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193566--193602	14	2.5	15	86	8	58	54	21	18	5	1.64
195626--195660	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
195863--196072	34	5.9	34	81	10	181	37	22	20	20	1.94
195951--196139	92	2.0	94	89	4	294	38	22	17	20	1.93
195838--196131	20	15.7	20	77	12	241	37	22	19	21	1.95
196190--196300	54	2.0	55	94	1	197	52	15	3	28	1.59
196250--196329	30	2.4	34	80	20	114	55	15	3	26	1.57
196265--196332	30	2.3	30	100	0	136	55	13	2	27	1.52
197724--197816	42	2.2	42	80	3	107	22	16	39	21	1.92
198302--198367	20	3.4	20	89	4	91	37	27	16	18	1.92
198411--198476	20	3.3	20	91	0	105	18	21	24	36	1.95
200395--200468	20	3.7	20	87	0	94	43	24	16	16	1.87
201016--201169	20	7.7	20	79	5	123	25	21	21	31	1.98
201018--201193	40	4.4	40	88	1	219	25	21	21	32	1.97
201078--201189	20	5.6	20	70	16	88	23	20	18	37	1.94
205941--206049	4	26.5	4	70	20	57	70	2	4	22	1.18
205959--205995	17	2.2	17	90	0	56	78	2	2	16	0.98
205941--206021	31	2.6	32	81	15	89	72	2	3	20	1.11
205947--206050	13	8.0	13	66	17	56	71	2	3	22	1.16
205984--206045	23	2.7	22	87	12	81	69	3	4	22	1.22
213006--213098	18	4.9	18	79	10	105	26	30	21	21	1.98
213005--213098	38	2.5	38	87	0	143	26	29	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213005--213101	20	5.1	20	80	8	121	26	28	21	22	1.99
213064--213107	20	2.2	20	83	0	52	27	34	18	20	1.96
220414--220473	30	2.0	31	83	9	79	40	26	0	33	1.57
228699--228816	60	2.0	60	100	0	236	47	5	20	27	1.71
230517--230546	6	5.0	6	91	0	51	66	0	13	20	1.24
232066--232124	22	2.8	21	84	7	66	25	18	25	30	1.98
232066--232126	21	2.9	20	85	7	68	26	18	26	29	1.98
235388--235528	70	2.0	70	97	0	264	31	7	19	41	1.79
237407--237452	22	2.1	22	87	0	65	30	19	19	30	1.97
240379--240445	33	2.0	33	100	0	134	34	23	11	29	1.91

Tables:   1   2