Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01008828.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112010_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 258892
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
File 2 of 2
Found at i:241120 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 241083--241146 Score: 128
Period size: 33 Copynumber: 1.9 Consensus size: 33
241073 ATCCAATCTC
241083 ATCACACAATCATCTTCACCATGAAATTGTGGT
1 ATCACACAATCATCTTCACCATGAAATTGTGGT
241116 ATCACACAATCATCTTCACCATGAAATTGTG
1 ATCACACAATCATCTTCACCATGAAATTGTG
241147 ATACCAAATG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 31 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.25, G:0.11, T:0.30
Consensus pattern (33 bp):
ATCACACAATCATCTTCACCATGAAATTGTGGT
Found at i:241604 original size:698 final size:699
Alignment explanation
Indices: 240262--242337 Score: 3430
Period size: 698 Copynumber: 3.0 Consensus size: 699
240252 ATGCATGTAC
*
240262 AATTAATTTTAATCATCATACATGCTTTAGAAATAATCACTAACATCAAAAACATAAAAATCCTT
1 AATTAATTTTAATCATCATACACGCTTTAGAAATAATCACTAACATCAAAAACATAAAAATCCTT
240327 CATCAATTCTTCAAGATCACTAAACCTCCTTAAACCCTAATCATCCAATCTCATCACACAATCAT
66 CATCAATTCTTCAAGATCACTAAACCTCCTTAAA-CCTAATCATCCAATCTCATCACACAATCAT
240392 CTTCACCATGAAATTGTGGTATCACACAATCATCTTCACCATGAAATTGTGGTACCAAATAATAG
130 CTTCACCATGAAATTGTGGTATCACACAATCATCTTCACCATGAAATTGTGGTACCAAATAATAG
*
240457 AGAATTTCATGTAGATTAATTCTCTATTTAATAGCTAAACTCAAAAATCAACTATATAGCTAAAA
195 AGAATTTCATGTAGATTAATTCTCTATCTAATAGCTAAACTCAAAAATCAACTATATAGCT----
* *
240522 AAATCAAAATAAAAATCCTTACCTTCGAGAACTTGTAAATTCGACCTTGAAGAAAAAAGAAGCTG
256 AAATCAAAATAAAAATCCTTACCTTGGAGAACTTGTAAATTCGACCTTGAAGAAGAAAGAAGCTG
240587 ATAATGGCTTAATTTTATTGATTATTCTAGTATATAAAAGATAAAATACATGGCAATTTTTTAAT
321 ATAATGGCTTAATTTTATTGATTATTCTAGTATATAAAAGATAAAATACATGGCAATTTTTTAAT
240652 TAATTGAATTTAATATTCAATTAATGAGAATTCTCAAAAATACCCTTAATAAATCTTGAAAATTA
386 TAATTGAATTTAATATTCAATTAATGAGAATTCTCAAAAATACCCTTAATAAATCTTGAAAATTA
240717 CAAATGCCATTGTATTATCTTCCATTAAAATATTCCTTGGTTAAAGATGAATCAACTTGGCTTTG
451 CAAATGCCATTGTATTATCTTCCATTAAAATATTCCTTGGTTAAAGATGAATCAACTTGGCTTTG
* * *
240782 ACTTTCGGATTTGGCCATGAAATTTTCAAAATTTGCATTTTAGTCACTAAAATTCCACTATTTCA
516 ACTTTCGAATTTGGTCATGAAATTTTCAAAATTTGCATTTTAGTCACTAAAATTCCACTGTTTCA
* * * *
240847 GTCAAATTTGAACAATTGCACTATTCTGAACCAAATTTTTCTGATCTAAAATATGAAAATAATAT
581 GTCAAATATGAACAATTGCACTGTTCTGAGCCAAATTTCTCTGATCTAAAATATGAAAATAATAT
*
240912 TTCCAACCATTTTCTAACCTCCTTCAAATTTTTGTAAAATTTCGATTTGATCCG
646 TTCCAACCATTTTCTAACCTCCTTCAAATTTTTGTAAAATTTCGATTCGATCCG
240966 AATTAATTTTAATCATCATACACGCTTTAGAAATAATCACTAACATCAAAAACATAAAAATCCTT
1 AATTAATTTTAATCATCATACACGCTTTAGAAATAATCACTAACATCAAAAACATAAAAATCCTT
241031 CATCAATTCTTCAAGATCACTAAACCTCCTTAAACCTTAATCATCCAATCTCATCACACAATCAT
66 CATCAATTCTTCAAGATCACTAAACCTCCTTAAACC-TAATCATCCAATCTCATCACACAATCAT
* *
241096 CTTCACCATGAAATTGTGGTATCACACAATCATCTTCACCATGAAATTGTGATACCAAATGATAG
130 CTTCACCATGAAATTGTGGTATCACACAATCATCTTCACCATGAAATTGTGGTACCAAATAATAG
241161 AGAATTTCATGTAGATTAATTCTCTATCTAATAGCTAAACTCAAAAATCAACTATATAGCT-AAT
195 AGAATTTCATGTAGATTAATTCTCTATCTAATAGCTAAACTCAAAAATCAACTATATAGCTAAAT
*
241225 -AAAATCAAAATCCTTACCTTGGAGAACTTGTAAATTCGACCTTGAAGAAGAAAGAAGCTGATAA
260 CAAAATAAAAATCCTTACCTTGGAGAACTTGTAAATTCGACCTTGAAGAAGAAAGAAGCTGATAA
241289 TGGCTTAATTTTATTGATTATTCTAGTATATAAAAGATAAAATACATGGCAATTTTTTAATTAAT
325 TGGCTTAATTTTATTGATTATTCTAGTATATAAAAGATAAAATACATGGCAATTTTTTAATTAAT
*
241354 TGAATTTACTATTCAATTAATGAGAATTCTCAAAAATACCCTTAATAAATCTTGAAAATTACAAA
390 TGAATTTAATATTCAATTAATGAGAATTCTCAAAAATACCCTTAATAAATCTTGAAAATTACAAA
* * *
241419 TGTCATTGTATTATCTTCCATTAAAATATTCCTTGGTTAAAGAAGAATCAACTTAGCTTTGACTT
455 TGCCATTGTATTATCTTCCATTAAAATATTCCTTGGTTAAAGATGAATCAACTTGGCTTTGACTT
* * * * *
241484 TCGAATTTGGTCATGAAATTTTTAAAATTTACATTTTAGTCACTAAAATTCTAGTGTTTCGGTCA
520 TCGAATTTGGTCATGAAATTTTCAAAATTTGCATTTTAGTCACTAAAATTCCACTGTTTCAGTCA
*
241549 AATATGAACAATTGCACTGTTCTGAGCCAAATTTCTCTGATCTAAAATATGAAAATAATTTTTCC
585 AATATGAACAATTGCACTGTTCTGAGCCAAATTTCTCTGATCTAAAATATGAAAATAATATTTCC
*
241614 AACCATTTTCTAACCTCCTTCAAATTTTTGTAAAATTTTGATTCGATCCG
650 AACCATTTTCTAACCTCCTTCAAATTTTTGTAAAATTTCGATTCGATCCG
*
241664 AATTATTTTTAATCATCATACACGCTTTAGAAATAATCACTAACATCAAAAACATAAAAATCCTT
1 AATTAATTTTAATCATCATACACGCTTTAGAAATAATCACTAACATCAAAAACATAAAAATCCTT
241729 CATCAATTCTTCAAGATCACTAAACCTCCTTAAACC----C-T--AA--TCAT--C-C-A--ATC
66 CATCAATTCTTCAAGATCACTAAACCTCCTTAAACCTAATCATCCAATCTCATCACACAATCATC
*
241779 -T---C-----------G--TCACACAATCATCTTCACCATGAAATTTTGGTACCAAATAATAGA
131 TTCACCATGAAATTGTGGTATCACACAATCATCTTCACCATGAAATTGTGGTACCAAATAATAGA
* * *
241827 GAATTTCATGTAGATTAATTCTCTATCTAATAGTTAAACTAAAAAATCAAGTATATAGCTTAAAA
196 GAATTTCATGTAGATTAATTCTCTATCTAATAGCTAAACTCAAAAATCAACTATATAGC-T---A
241892 AATCAAAATAAAAATCCTTACCTTGGAGAACTTGTAAATTCGACCTTGAAGAAGAAAGAAGCTGA
257 AATCAAAATAAAAATCCTTACCTTGGAGAACTTGTAAATTCGACCTTGAAGAAGAAAGAAGCTGA
* * *
241957 TAATGGCTTAATTTTACTGATTATTCTAGTATATAAAAGATAAAACACATGACAATTTTTTAATT
322 TAATGGCTTAATTTTATTGATTATTCTAGTATATAAAAGATAAAATACATGGCAATTTTTTAATT
242022 AATTGAATTTAATATTCAATTAATGAGAATTCTCAAAAATACCCTTAATAAATCTTGAAAATTAC
387 AATTGAATTTAATATTCAATTAATGAGAATTCTCAAAAATACCCTTAATAAATCTTGAAAATTAC
*
242087 AAATGCCATTGTATTATCTTCTATTAAAATATTCCTTGGTTAAAGATGAATCAACTTGGCTTTGA
452 AAATGCCATTGTATTATCTTCCATTAAAATATTCCTTGGTTAAAGATGAATCAACTTGGCTTTGA
* * * *
242152 CTTTCGAATTTGGTCATGAAATTTTCAAAATTTGCATTTTAGTTAATTAAATTCCACTGTTTCCG
517 CTTTCGAATTTGGTCATGAAATTTTCAAAATTTGCATTTTAGTCACTAAAATTCCACTGTTTCAG
*
242217 TCAAATATGAAAAATTGCACTGTT-TAGAGCCAAATTTCTCTGATCTAAAATATGAAAATAATAT
582 TCAAATATGAACAATTGCACTGTTCT-GAGCCAAATTTCTCTGATCTAAAATATGAAAATAATAT
* *
242281 TTCCAACCATTTTATAACCTCCTTCAAATTTTTGTAAAATTCCGATTCGATCCG
646 TTCCAACCATTTTCTAACCTCCTTCAAATTTTTGTAAAATTTCGATTCGATCCG
242335 AAT
1 AAT
242338 ATTCGATTTC
Statistics
Matches: 1309, Mismatches: 55, Indels: 49
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
665 98 0.07
666 1 0.00
667 1 0.00
670 4 0.00
671 418 0.32
678 1 0.00
681 1 0.00
682 3 0.00
684 1 0.00
685 1 0.00
686 1 0.00
688 4 0.00
690 2 0.00
692 1 0.00
693 1 0.00
698 517 0.39
699 3 0.00
703 2 0.00
704 249 0.19
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.09, T:0.35
Consensus pattern (699 bp):
AATTAATTTTAATCATCATACACGCTTTAGAAATAATCACTAACATCAAAAACATAAAAATCCTT
CATCAATTCTTCAAGATCACTAAACCTCCTTAAACCTAATCATCCAATCTCATCACACAATCATC
TTCACCATGAAATTGTGGTATCACACAATCATCTTCACCATGAAATTGTGGTACCAAATAATAGA
GAATTTCATGTAGATTAATTCTCTATCTAATAGCTAAACTCAAAAATCAACTATATAGCTAAATC
AAAATAAAAATCCTTACCTTGGAGAACTTGTAAATTCGACCTTGAAGAAGAAAGAAGCTGATAAT
GGCTTAATTTTATTGATTATTCTAGTATATAAAAGATAAAATACATGGCAATTTTTTAATTAATT
GAATTTAATATTCAATTAATGAGAATTCTCAAAAATACCCTTAATAAATCTTGAAAATTACAAAT
GCCATTGTATTATCTTCCATTAAAATATTCCTTGGTTAAAGATGAATCAACTTGGCTTTGACTTT
CGAATTTGGTCATGAAATTTTCAAAATTTGCATTTTAGTCACTAAAATTCCACTGTTTCAGTCAA
ATATGAACAATTGCACTGTTCTGAGCCAAATTTCTCTGATCTAAAATATGAAAATAATATTTCCA
ACCATTTTCTAACCTCCTTCAAATTTTTGTAAAATTTCGATTCGATCCG
Found at i:243398 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 243377--243407 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
243367 TATAATATTG
243377 AAACTTGAACTCAAAA
1 AAACTTGAACT-AAAA
243393 AAACTTGAACTAAAA
1 AAACTTGAACTAAAA
243408 GAAATTATAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.27
16 11 0.73
ACGTcount: A:0.58, C:0.16, G:0.06, T:0.19
Consensus pattern (15 bp):
AAACTTGAACTAAAA
Done.