genome.fa.s8854.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008854.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112071_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  279653

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2937--3012	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
8969--9025	29	1.9	30	85	3	80	15	15	21	47	1.82
9906--9949	21	2.1	21	83	8	54	29	0	15	54	1.42
12049--12113	31	2.1	31	94	0	112	46	12	21	20	1.83
13732--13762	15	2.1	15	93	0	53	58	25	3	12	1.50
14893--14969	37	2.1	36	85	4	102	38	20	3	36	1.71
26213--26256	3	14.3	3	81	13	54	34	0	2	63	1.07
26217--26305	9	9.7	9	72	15	51	37	2	1	59	1.17
26214--26294	25	3.2	25	69	19	62	37	2	1	59	1.19
29070--29102	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
32363--32438	32	2.4	32	80	12	93	13	13	23	50	1.76
32709--32760	16	3.2	16	80	0	59	13	17	23	46	1.83
34456--34555	42	2.3	43	84	5	130	28	22	8	42	1.81
37936--37988	24	2.2	24	96	0	97	30	16	13	39	1.87
38219--38275	30	1.9	30	96	0	105	8	33	22	35	1.85
38406--38442	14	2.6	14	100	0	74	56	5	0	37	1.22
38387--38413	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
51401--51427	12	2.2	12	100	0	54	14	0	7	77	0.97
51394--51467	29	2.5	29	78	6	78	14	6	2	75	1.12
51418--51584	5	32.2	5	70	16	58	17	5	2	73	1.14
51515--51591	21	3.7	20	73	20	59	24	3	0	71	1.03
54270--54467	99	2.0	99	90	2	308	33	16	17	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55642--56400	84	8.9	84	80	5	693	34	23	17	23	1.96
55642--56395	168	4.4	168	80	6	778	34	23	17	24	1.96
56207--56420	85	2.5	85	80	3	250	34	24	16	24	1.96
56233--56478	85	2.9	85	81	3	219	33	23	16	25	1.96
58095--58151	18	3.2	18	78	9	62	22	3	1	71	1.10
58246--58304	31	1.9	31	83	13	77	23	6	0	69	1.12
61398--61482	10	8.1	10	75	14	66	76	2	17	3	1.04
61397--61482	12	6.8	12	69	22	52	76	2	17	3	1.03
61408--61465	14	4.2	13	77	18	55	79	3	13	3	0.99
65450--65511	14	3.9	17	74	21	55	22	6	1	69	1.20
65559--65584	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
65597--65662	22	2.8	23	75	11	62	22	9	0	68	1.18
79368--79450	37	2.3	37	89	2	123	33	10	22	32	1.89
79385--79475	36	2.5	36	83	5	103	37	10	19	31	1.87
79474--79553	27	2.9	28	90	7	128	23	7	18	50	1.73
79471--79561	27	3.3	27	86	13	123	25	6	16	51	1.68
79471--79582	56	2.0	57	80	15	126	25	8	16	50	1.73
81463--81488	12	2.2	12	100	0	52	26	26	0	46	1.53
88447--88613	21	7.8	21	78	12	153	21	19	20	38	1.94
88456--88617	63	2.5	63	94	2	279	21	18	20	38	1.93
88437--88626	42	4.5	42	77	12	149	23	18	21	36	1.95
89217--89246	5	6.0	5	100	0	60	0	60	20	20	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89252--89294	6	7.5	6	97	2	72	0	16	53	30	1.43
89384--89487	21	5.0	21	89	2	156	28	23	23	25	1.99
89384--89487	42	2.5	42	93	3	174	28	23	23	25	1.99
89503--89671	21	8.1	21	82	10	195	24	19	26	30	1.98
89471--89655	61	3.0	61	81	7	214	27	19	23	29	1.98
95418--95445	10	2.8	10	100	0	56	82	17	0	0	0.68
106223--106282	23	2.8	21	87	7	77	21	33	26	18	1.96
106669--106720	25	2.0	25	85	10	70	53	3	3	38	1.37
114218--114342	35	3.7	34	71	11	114	20	17	21	40	1.91
127485--127527	20	2.2	20	91	0	68	32	20	13	32	1.92
127791--127834	22	1.9	24	90	9	74	38	9	6	45	1.63
128153--128231	25	3.2	24	82	10	88	59	1	6	32	1.31
128164--128235	25	2.8	25	91	2	108	55	1	6	36	1.35
133571--133759	94	2.0	93	83	7	240	50	12	4	32	1.60
133351--133975	311	2.0	303	85	4	842	51	12	3	32	1.56
154730--155000	83	3.3	83	83	1	357	34	17	16	31	1.92
159531--159558	11	2.5	11	100	0	56	60	14	17	7	1.55
159910--159980	35	2.1	34	91	2	115	35	11	15	38	1.83
160494--160518	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
161842--161889	21	2.3	21	92	0	78	20	20	31	27	1.98
162243--162282	19	2.2	18	86	8	55	47	2	10	40	1.50
164148--164172	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164651--164693	19	2.2	19	87	8	59	30	18	30	20	1.97
169778--169822	20	2.2	20	84	8	54	51	6	6	35	1.55
172879--173172	54	5.4	54	87	0	417	28	18	17	35	1.94
172879--173172	163	1.8	163	87	0	444	28	18	17	35	1.94
172885--173198	109	2.9	108	84	4	409	30	18	16	34	1.93
178066--178106	21	2.0	21	85	0	55	48	2	24	24	1.63
179918--180263	54	6.4	54	92	1	559	28	18	17	34	1.94
181417--181455	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
181936--181973	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
203170--203216	11	4.4	11	97	2	87	8	25	8	57	1.57
206273--206353	23	3.6	22	72	14	76	29	22	27	20	1.99
212194--212284	45	2.0	46	91	2	148	27	19	25	27	1.99
212304--212341	20	1.9	20	88	0	58	21	15	31	31	1.94
214227--214268	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
214432--214491	29	2.0	31	90	6	97	41	16	6	35	1.75
225339--225795	42	11.0	42	78	6	430	41	8	13	36	1.76
225761--225822	33	1.9	32	83	9	81	48	9	12	29	1.73
231859--231897	16	2.4	17	86	4	53	33	0	2	64	1.08
231869--231903	3	12.3	3	88	11	56	31	0	0	68	0.90
232402--232439	16	2.3	17	86	4	60	57	0	0	42	0.98
232410--232663	134	1.9	133	82	5	309	47	7	7	37	1.61
234340--235055	76	9.4	76	96	0	1261	34	21	19	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235059--235380	166	1.9	166	93	3	558	37	12	14	34	1.84
235895--235949	22	2.5	22	93	0	101	40	14	10	34	1.81
238490--238712	114	2.0	113	90	0	356	33	21	13	31	1.93
245524--245571	25	1.9	25	83	8	62	60	0	4	35	1.16
246040--246077	16	2.3	17	86	4	60	57	0	0	42	0.98
247822--247874	15	3.7	15	73	12	58	75	0	0	24	0.80
247822--247873	12	4.0	13	76	13	54	75	0	0	25	0.81
250741--250821	9	9.4	9	71	12	55	72	1	6	19	1.12
250729--250821	18	5.3	18	73	12	70	70	1	7	20	1.17
250743--250793	22	2.4	21	84	12	68	74	1	1	21	1.02
250741--250872	15	9.5	13	67	20	65	72	2	5	19	1.14
252046--252298	37	6.9	36	74	15	164	44	6	2	46	1.42
252057--252194	71	1.9	72	86	10	201	44	8	2	44	1.47
252080--252298	36	6.0	34	70	20	99	44	7	2	45	1.44
252325--252544	38	6.0	38	82	9	260	44	7	3	44	1.48
252164--252436	139	2.0	140	83	7	351	43	6	3	45	1.47
253504--253909	88	4.7	85	84	5	478	23	19	21	35	1.96
259293--259371	17	4.6	17	76	19	58	72	0	5	22	1.04
259305--259429	8	16.2	8	72	19	63	74	1	4	19	1.08
259307--259375	20	3.3	20	78	20	70	76	0	2	20	0.91
259323--259461	14	9.6	14	73	12	93	75	2	4	17	1.07
259334--259461	15	9.2	14	72	17	60	75	2	4	17	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259310--259376	23	3.0	23	81	18	79	76	0	2	20	0.92
259311--259410	53	1.9	53	85	6	141	76	1	5	18	1.03
259311--259436	53	2.4	52	80	6	130	74	1	4	19	1.08
259524--259567	23	1.9	23	86	9	63	72	0	4	22	1.02
260656--261239	39	15.6	39	76	16	424	42	6	3	47	1.47
260735--261239	154	3.3	150	79	11	521	42	6	3	46	1.46
261156--261300	74	2.0	73	81	9	170	46	8	4	40	1.55
270298--270360	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
273634--273680	20	2.2	21	78	17	53	44	6	12	36	1.68
277890--278006	58	2.0	58	94	0	207	48	13	9	28	1.73

Tables:   1

The End!