genome.fa.s8876.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008876.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112114_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1683876

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2982--3080	10	10.3	9	73	12	81	15	26	28	30	1.96
2982--3080	19	5.2	19	77	13	80	15	26	28	30	1.96
2981--3080	29	3.4	30	82	9	118	16	26	28	30	1.96
3077--3119	22	2.0	22	100	0	86	18	48	23	9	1.76
5285--5403	49	2.4	49	80	6	125	14	32	31	21	1.93
5708--5756	16	3.3	15	77	11	55	24	2	6	67	1.24
10311--10360	17	3.1	16	82	8	57	58	4	0	38	1.17
15439--15511	24	3.0	24	88	4	67	10	15	24	49	1.76
15449--15504	14	4.3	14	82	17	75	8	14	25	51	1.70
15450--15524	24	3.1	23	90	3	96	12	12	21	54	1.69
16252--16326	10	7.7	10	69	21	61	9	12	21	57	1.62
16258--16322	16	4.1	16	95	0	121	7	12	23	56	1.61
17307--17346	15	2.7	15	100	0	80	27	5	12	55	1.58
25487--25532	21	2.1	22	80	8	58	36	15	13	34	1.86
25493--25560	21	3.2	21	75	8	66	32	17	17	32	1.94
27057--27218	30	5.4	30	96	0	263	30	25	21	22	1.98
27081--27277	30	6.5	30	91	2	117	32	22	21	23	1.98
27060--27243	90	2.0	90	87	2	262	31	25	21	21	1.98
27204--27300	31	3.1	31	82	8	124	35	21	19	23	1.96
27948--27989	22	2.0	22	85	4	59	33	26	0	40	1.56
28436--28480	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
30225--30274	21	2.4	21	80	6	66	22	26	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30264--30315	21	2.5	21	87	3	70	36	19	23	21	1.95
30305--30418	20	5.7	20	80	6	131	31	26	19	22	1.98
30301--30438	41	3.4	41	80	6	154	34	23	18	22	1.96
30303--30438	61	2.2	60	78	7	150	33	24	19	22	1.97
30595--30645	22	2.3	22	96	0	93	19	45	15	19	1.86
30976--31059	20	4.2	20	86	7	82	41	22	21	14	1.89
30996--31067	20	3.6	20	90	0	108	40	22	22	15	1.91
30977--31064	40	2.2	39	85	2	113	40	22	21	14	1.90
31085--31115	14	2.2	14	94	0	53	51	22	19	6	1.69
31127--31199	32	2.2	33	87	4	103	13	20	19	46	1.83
31184--31259	20	3.8	20	87	0	107	14	21	22	42	1.89
32519--32586	18	3.8	18	98	0	127	27	47	11	13	1.78
33133--33200	20	3.5	20	73	2	66	38	22	23	16	1.93
33244--33294	19	2.7	19	93	0	93	13	21	19	45	1.85
33244--33334	19	4.7	19	84	4	92	14	23	20	41	1.89
33717--33786	21	3.3	20	74	4	59	25	38	15	20	1.92
33733--33808	21	3.6	21	68	7	55	25	32	21	21	1.97
33710--33798	42	2.1	42	89	0	133	23	40	14	21	1.90
35321--35359	20	2.0	20	94	0	69	46	30	10	12	1.75
35404--35509	19	5.7	19	79	13	132	16	21	16	46	1.84
35410--35519	53	2.1	53	96	0	202	14	22	16	46	1.83
35424--35542	53	2.2	53	89	0	175	16	22	18	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35514--35622	20	5.4	20	77	12	109	16	22	25	34	1.95
35424--35644	53	4.0	53	77	13	162	16	23	20	38	1.92
35514--35622	40	2.7	40	85	0	146	16	22	25	34	1.95
38111--38165	24	2.3	24	84	3	76	43	18	16	21	1.88
38911--38999	20	4.4	20	91	0	106	24	19	31	24	1.98
38988--39060	21	3.5	21	92	1	112	21	23	16	38	1.93
38987--39075	41	2.1	42	79	2	99	25	21	17	34	1.96
39050--39102	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
40257--40302	22	2.1	22	87	0	65	34	15	13	36	1.86
42107--42144	15	2.4	16	86	4	51	60	5	2	31	1.33
42229--42281	25	2.2	25	82	3	63	32	1	24	41	1.66
42486--42542	7	8.8	6	84	7	51	56	5	3	35	1.39
43201--43249	16	3.0	16	85	11	64	36	10	16	36	1.82
53488--53536	14	3.6	14	76	15	57	40	4	2	53	1.32
58279--58304	10	2.6	10	100	0	52	92	0	0	7	0.39
59543--59603	32	1.9	32	96	0	113	50	11	9	27	1.70
59768--59825	29	2.0	28	90	3	89	50	5	13	31	1.64
59842--60006	29	5.7	29	85	1	197	50	7	2	38	1.44
59800--60006	115	1.8	115	82	8	269	50	7	3	38	1.48
59842--60013	86	2.0	87	85	3	231	51	7	2	38	1.45
64708--64756	24	2.0	24	84	7	64	65	2	0	32	1.04
66325--66389	31	2.2	31	89	8	100	43	4	7	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68691--68729	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
68888--68956	30	2.3	30	94	0	120	40	20	7	31	1.80
69342--69458	51	2.3	50	82	5	128	30	21	0	47	1.51
83546--83829	138	2.1	139	97	0	543	42	20	8	28	1.81
86053--86115	22	2.9	22	97	0	117	39	23	12	23	1.89
88016--88105	46	2.0	46	97	0	171	40	11	21	27	1.87
91120--91148	13	2.3	13	94	5	51	44	0	0	55	0.99
95860--95909	14	3.5	14	83	8	57	50	0	2	48	1.12
97436--97772	167	2.0	168	97	2	642	21	30	12	34	1.91
101510--101557	23	2.1	23	84	0	60	37	6	16	39	1.74
102183--102626	181	2.5	181	86	2	619	29	14	12	44	1.81
102501--103060	111	5.1	111	87	5	786	25	13	14	46	1.82
102501--103060	220	2.6	217	90	2	847	25	13	14	46	1.82
105881--105992	57	1.9	58	85	5	156	33	16	14	35	1.89
111479--111514	3	11.3	3	88	11	54	33	0	0	66	0.92
111475--111513	7	5.9	7	93	6	55	33	0	0	66	0.92
111673--111699	13	2.1	13	100	0	54	48	22	14	14	1.81
119913--119955	19	2.3	18	88	11	61	16	18	20	44	1.87
123409--123529	7	15.4	8	71	25	57	60	0	0	39	0.97
123444--123527	2	46.5	2	72	19	51	59	0	0	40	0.97
123406--123528	28	4.4	27	77	16	108	61	0	0	38	0.96
128944--128978	15	2.3	15	100	0	70	28	0	22	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129752--129875	60	2.1	60	100	0	248	37	15	24	22	1.93
130184--130547	43	8.6	43	74	12	261	28	16	6	49	1.69
130123--130548	128	3.3	126	80	9	386	27	16	6	49	1.69
130173--130637	85	5.6	86	74	13	312	27	16	5	50	1.68
130554--130734	42	4.3	41	76	8	152	25	15	4	54	1.61
130473--130623	76	2.0	77	85	8	211	27	18	5	49	1.69
130443--130664	120	1.9	120	81	3	277	27	17	4	50	1.66
136395--136458	31	2.1	31	91	2	103	39	3	9	48	1.51
141190--141243	14	3.6	14	72	18	54	57	5	0	37	1.22
141168--141631	32	16.4	32	72	25	372	53	12	0	34	1.39
141151--141608	54	8.3	54	69	18	171	52	12	0	34	1.40
141232--141274	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
141055--141468	86	4.9	86	84	11	583	53	11	0	35	1.37
141234--141282	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
141055--141467	166	2.5	167	95	3	744	53	11	0	35	1.37
141356--141409	14	3.6	14	72	18	54	57	5	0	37	1.22
141398--141440	22	2.0	22	100	0	86	51	9	0	39	1.34
141400--141448	22	2.2	22	85	3	62	57	10	0	32	1.32
141190--141737	220	2.6	213	89	8	844	52	11	0	35	1.38
141452--141494	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
141454--141502	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
141055--141631	166	3.5	163	87	6	670	53	12	0	34	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141420--141678	80	3.2	80	87	10	348	53	12	0	34	1.39
141508--141582	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
141678--141748	22	3.5	22	69	25	75	47	8	0	43	1.33
141577--141700	47	2.7	47	96	1	223	54	9	0	36	1.34
141678--141795	37	3.4	37	87	11	178	48	5	0	46	1.24
141577--141795	15	13.5	15	68	19	111	51	6	0	42	1.29
146752--146902	83	1.8	81	81	8	189	29	21	15	33	1.94
147263--147389	51	2.5	50	80	3	148	15	34	29	19	1.93
149412--149534	47	2.5	49	80	5	151	29	24	21	24	1.99
153433--153467	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6