Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01000888.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001735_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 87289
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.16, T:0.35
Found at i:1994 original size:29 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1946--2005 Score: 68
Period size: 28 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
1936 AATTAAGACT
1946 AATATGGACTAAATCAAAATTAAATAAA
1 AATATGGACTAAATCAAAA-TAAATAAA
* *
1974 AATATGTGCCTAAAT-ACAAATAAATTAA
1 AATATG-GACTAAATCA-AAATAAATAAA
2002 AATA
1 AATA
2006 AAAGGTGCAG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 4
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
28 18 0.64
29 10 0.36
ACGTcount: A:0.58, C:0.08, G:0.07, T:0.27
Consensus pattern (27 bp):
AATATGGACTAAATCAAAATAAATAAA
Found at i:3264 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 3194--4066 Score: 1149
Period size: 33 Copynumber: 26.2 Consensus size: 33
3184 GTAAAAATTG
* * * * *
3194 ATGTTGATCCAGCTCCTTCTGTGATAGA-TTAA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
** *
3226 GATGTCGATCCATATCTTTCTGTGATGAATTTGA
1 -ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
* *
3260 ATGTCAATCCGCCTCTTTCTGTGATGGATTTGAA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG-A
3294 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
* * ***
3327 ATGTTGATTCACCTCTTTCTGTGATGGATCAAA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
*
3360 ATGTCAATCCACCT-TTTCTGTGATGGATTTGA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
3392 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
* * *
3425 ACGTCGATCCACCTCTTTCTCTTATGGATTTGA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
* * *
3458 ACGTCGATCCACCTCTTTCTCTTATGGATTTGA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
*
3491 TTGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
* * * *
3524 ATATCGATCCATCTCCTTCTATGATGGATTTGAA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG-A
*
3558 ATGTCGATCCACCTCCTTCTGTGATGGATTTGAA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG-A
3592 AT-TCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG-A
3625 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
* * *
3658 ATGTTGATCCACCTCCTTCTGTGATGAATTTGAA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG-A
* *
3692 ATATCGATCCACCTCCTTCTGTGATGGATTTGA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
* *
3725 ATGTCGATACACCTCTTTCTATGATGGATTTGA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
*
3758 ACGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
* * *
3791 ATGTCAATCCACCTCTTTCTGTGATGAATTTAA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
* * * * *
3824 ATATCGATCGACCTCCTTCTATGATGGATTTAAA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT-GA
* *
3858 ATGTCGATCCACCTCTTTCTATGATGGATTTAAA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT-GA
*
3892 ATGTCGATCCACCTCTTTTTGTGATGGATTTGA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
*
3925 ATGTCAATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG-A
3959 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
* * *
3992 ATGTCAATCCACCTCTTTCTGTGATGAATATGAA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG-A
* * *
4026 ATGTTGATCCACCTCCTTCTGGGATGGATTTGA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
4059 ATGTCGAT
1 ATGTCGAT
4067 TCTGATCTAC
Statistics
Matches: 747, Mismatches: 84, Indels: 18
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 28 0.04
33 471 0.63
34 248 0.33
ACGTcount: A:0.22, C:0.21, G:0.19, T:0.39
Consensus pattern (33 bp):
ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
Found at i:3317 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 3194--4066 Score: 1197
Period size: 67 Copynumber: 13.1 Consensus size: 67
3184 GTAAAAATTG
* * * * ** *
3194 ATGTTGATCCAGCTCCTTCTGTGATAGA-TT-AAGATGTCGATCCATATCTTTCTGTGATGAATT
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAA-ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATT
3257 TGA
65 TGA
* *
3260 ATGTCAATCCGCCTCTTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
3325 GA
66 GA
* * ** *
3327 ATGTTGATTCACCTCTTTCTGTGATGGA-TCAAAATGTCAATCCACCT-TTTCTGTGATGGATTT
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
3390 GA
66 GA
* * *
3392 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG-AACGTCGATCCACCTCTTTCTCTTATGGATTT
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
3456 GA
66 GA
* * * *
3458 ACGTCGATCCACCTCTTTCTCTTATGGATTTG-ATTGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
3522 GA
66 GA
* * * * *
3524 ATATCGATCCATCTCCTTCTATGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCCTTCTGTGATGGATTT
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
3589 GAA
66 G-A
3592 AT-TCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
3656 GA
66 GA
* * * * *
3658 ATGTTGATCCACCTCCTTCTGTGATGAATTTGAAATATCGATCCACCTCCTTCTGTGATGGATTT
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
3723 GA
66 GA
* * *
3725 ATGTCGATACACCTCTTTCTATGATGGATTTG-AACGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
3789 GA
66 GA
* * * * * *
3791 ATGTCAATCCACCTCTTTCTGTGATGAATTT-AAATATCGATCGACCTCCTTCTATGATGGATTT
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
*
3855 AAA
66 -GA
* * *
3858 ATGTCGATCCACCTCTTTCTATGATGGATTTAAAATGTCGATCCACCTCTTTTTGTGATGGATTT
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
3923 GA
66 GA
*
3925 ATGTCAATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
3990 GA
66 GA
* * * * * *
3992 ATGTCAATCCACCTCTTTCTGTGATGAATATGAAATGTTGATCCACCTCCTTCTGGGATGGATTT
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
4057 GA
66 GA
4059 ATGTCGAT
1 ATGTCGAT
4067 TCTGATCTAC
Statistics
Matches: 712, Mismatches: 85, Indels: 19
0.87 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
65 57 0.08
66 228 0.32
67 394 0.55
68 33 0.05
ACGTcount: A:0.22, C:0.21, G:0.19, T:0.39
Consensus pattern (67 bp):
ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
GA
Found at i:3622 original size:100 final size:99
Alignment explanation
Indices: 3194--4066 Score: 1149
Period size: 100 Copynumber: 8.7 Consensus size: 99
3184 GTAAAAATTG
* * * * * ** *
3194 ATGTTGATCCAGCTCCTTCTGTGATAGA-TTAAGATGTCGATCCATATCTTTCTGTGATGAATTT
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA-ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
* *
3258 GAATGTCAATCCGCCTCTTTCTGTGATGGATTTGAA
65 GAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG-A
* * ***
3294 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTTGATTCACCTCTTTCTGTGATGGATCAA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG
*
3359 AATGTCAATCCACCT-TTTCTGTGATGGATTTGA
66 AATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
* * *
3392 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAACGTCGATCCACCTCTTTCTCTTATGGATTTG
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG
* * *
3457 AACGTCGATCCACCTCTTTCTCTTATGGATTTGA
66 AATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
* * * * *
3491 TTGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATATCGATCCATCTCCTTCTATGATGGATTTG
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG
*
3556 AAATGTCGATCCACCTCCTTCTGTGATGGATTTGAA
66 -AATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG-A
3592 AT-TCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG-AATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
* * *
3656 GAATGTTGATCCACCTCCTTCTGTGATGAATTTGAA
65 GAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG-A
* * * *
3692 ATATCGATCCACCTCCTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATACACCTCTTTCTATGATGGATTTG
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG
*
3757 AACGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
66 AATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
* * * * * * *
3791 ATGTCAATCCACCTCTTTCTGTGATGAATTTAAATATCGATCGACCTCCTTCTATGATGGATTTA
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT-
* * *
3856 AAATGTCGATCCACCTCTTTCTATGATGGATTTAAA
65 GAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT-GA
* *
3892 ATGTCGATCCACCTCTTTTTGTGATGGATTTGAATGTCAATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG
3957 AAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
66 -AATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
* * * * * *
3992 ATGTCAATCCACCTCTTTCTGTGATGAATATGAAATGTTGATCCACCTCCTTCTGGGATGGATTT
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG-AATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTT
4057 GAATGTCGAT
65 GAATGTCGAT
4067 TCTGATCTAC
Statistics
Matches: 679, Mismatches: 84, Indels: 20
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
98 71 0.10
99 147 0.22
100 283 0.42
101 178 0.26
ACGTcount: A:0.22, C:0.21, G:0.19, T:0.39
Consensus pattern (99 bp):
ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG
AATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGA
Found at i:3789 original size:267 final size:268
Alignment explanation
Indices: 3227--4063 Score: 1227
Period size: 267 Copynumber: 3.1 Consensus size: 268
3217 ATAGATTAAG
** * *
3227 ATGTCGATCCATATCTTTCTGTGATGAATTTGAATGTCAATCCGCCTCTTTCTGTGATGGATTTG
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCAATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG
* * *
3292 AAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG-AATGTTGATTCACCTCTTTCTGTGATGGA-
66 AAATGTCGATCCACCTCCTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGAT
* *
3355 TCAAAATGTCAATCCACCT-TTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGG
131 TTAAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGG
* * * * * *
3419 ATTTG-AACGTCGATCCACCTCTTTCTCTTATGGATTTGAACGTCGATCCACCTCTTTCTCTTAT
196 ATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATCCACCTCTTTCTATGAT
3483 GGATTTGA
261 GGATTTGA
* * * * * *
3491 TTGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATATCGATCCATCTCCTTCTATGATGGATTTG
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCAATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG
3556 AAATGTCGATCCACCTCCTTCTGTGATGGATTTGAAAT-TCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGAT
66 AAATGTCGATCCACCTCCTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGAT
* * * *
3620 TTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTTGATCCACCTCCTTCTGTGATGA
131 TTAAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGG
* * *
3685 ATTTGAAATATCGATCCACCTCCTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATACACCTCTTTCTATGAT
196 ATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATCCACCTCTTTCTATGAT
3750 GGATTTGA
261 GGATTTGA
* *
3758 ACGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCAATCCACCTCTTTCTGTGATGAATTT-
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCAATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG
* * * * *
3822 AAATATCGATCGACCTCCTTCTATGATGGATTTAAAATGTCGATCCACCTCTTTCTATGATGGAT
66 AAATGTCGATCCACCTCCTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGAT
* *
3887 TTAAAATGTCGATCCACCTCTTTTTGTGATGGATTTGAATGTCAATCCACCTCTTTCTGTGATGG
131 TTAAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGG
* *
3952 ATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCAATCCACCTCTTTCTGTGAT
196 ATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATCCACCTCTTTCTATGAT
* *
4017 GAATATGAA
261 GGATTTG-A
* * *
4026 ATGTTGATCCACCTCCTTCTGGGATGGATTTGAATGTC
1 ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTC
4064 GATTCTGATC
Statistics
Matches: 509, Mismatches: 58, Indels: 8
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
264 111 0.22
265 19 0.04
266 81 0.16
267 263 0.52
268 35 0.07
ACGTcount: A:0.22, C:0.21, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (268 bp):
ATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCAATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTG
AAATGTCGATCCACCTCCTTCTGTGATGGATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGAT
TTAAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGG
ATTTGAAATGTCGATCCACCTCTTTCTGTGATGGATTTGAATGTCGATCCACCTCTTTCTATGAT
GGATTTGA
Found at i:6257 original size:16 final size:14
Alignment explanation
Indices: 6236--6320 Score: 82
Period size: 14 Copynumber: 5.7 Consensus size: 14
6226 CTTGATTCAA
6236 TTTCTTTTGTTCTTCT
1 TTTCTTTT-TTCTT-T
*
6252 TTTCTTTTCTCTTTT
1 TTTCTTTTTTC-TTT
*
6267 TTTTTTTTTTCTTT
1 TTTCTTTTTTCTTT
6281 TTTCTTTTTTCCTTCT
1 TTTCTTTTTT-CTT-T
*
6297 TTTCTCTCTTT-TTT
1 TTTCT-TTTTTCTTT
6311 TTTCTTTTTT
1 TTTCTTTTTT
6321 TTCTGATGGA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 6, Indels: 11
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
13 4 0.07
14 18 0.31
15 17 0.29
16 16 0.27
17 4 0.07
ACGTcount: A:0.00, C:0.18, G:0.01, T:0.81
Consensus pattern (14 bp):
TTTCTTTTTTCTTT
Found at i:6300 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 6236--6321 Score: 122
Period size: 45 Copynumber: 1.9 Consensus size: 45
6226 CTTGATTCAA
*
6236 TTTCTTTTGTTCTTCTTTTCTTTTCTCTTTTTTT-TTTTTTTCTTT
1 TTTCTTTTGTTCTTCTTTTC-TCTCTCTTTTTTTCTTTTTTTCTTT
*
6281 TTTCTTTT-TTCCTTCTTTTCTCTCTTTTTTTTTCTTTTTTT
1 TTTCTTTTGTT-CTTCTTTTCTCTCTCTTTTTTTCTTTTTTT
6322 TCTGATGGAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 4
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
44 13 0.35
45 24 0.65
ACGTcount: A:0.00, C:0.17, G:0.01, T:0.81
Consensus pattern (45 bp):
TTTCTTTTGTTCTTCTTTTCTCTCTCTTTTTTTCTTTTTTTCTTT
Found at i:6626 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 6619--6645 Score: 54
Period size: 2 Copynumber: 13.5 Consensus size: 2
6609 ACAACAATGG
6619 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
6646 AGATAAATGA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 25 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:13302 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13269--13303 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
13259 ATACTAAAAT
13269 TAAAAAAATTACAAATAA
1 TAAAAAAATTACAAATAA
13287 TAAAGAAAATTA-AAATA
1 TAAA-AAAATTACAAATA
13304 TACGAGGATC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.56
19 7 0.44
ACGTcount: A:0.71, C:0.03, G:0.03, T:0.23
Consensus pattern (18 bp):
TAAAAAAATTACAAATAA
Found at i:13334 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 13241--13339 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 6.1 Consensus size: 16
13231 AAATAAATTT
*
13241 ATAAAA-TAAATTA-A
1 ATAAAATTAAAATATA
*
13255 ATAAATACTAAAAT-TA
1 ATAAA-ATTAAAATATA
*
13271 AAAAAATTACAAATAATAA
1 ATAAAATTA-AAAT-AT-A
*
13290 AGAAAATTAAAATATA
1 ATAAAATTAAAATATA
** **
13306 CGAGGATCT-AAATATA
1 ATAAAAT-TAAAATATA
13322 ATAAAATTAAAATATA
1 ATAAAATTAAAATATA
13338 AT
1 AT
13340 GACTAAATTG
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 11, Indels: 16
0.71 0.12 0.17
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.08
15 5 0.08
16 38 0.58
17 3 0.05
18 5 0.08
19 9 0.14
ACGTcount: A:0.65, C:0.04, G:0.04, T:0.27
Consensus pattern (16 bp):
ATAAAATTAAAATATA
Found at i:13466 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 13435--13495 Score: 72
Period size: 28 Copynumber: 2.2 Consensus size: 28
13425 AATTAAGACT
*
13435 AATAAG-GGCTAAAT-CAAAATAAAATAAA
1 AATAAGTGCCTAAATAC-AAAT-AAATAAA
*
13463 AATATGTGCCTAAATACAAATAAATAAA
1 AATAAGTGCCTAAATACAAATAAATAAA
13491 AATAA
1 AATAA
13496 AAGGTACATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 4
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
28 16 0.57
29 11 0.39
30 1 0.04
ACGTcount: A:0.62, C:0.08, G:0.08, T:0.21
Consensus pattern (28 bp):
AATAAGTGCCTAAATACAAATAAATAAA
Found at i:14612 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 14592--14622 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
14582 CATCCTTACG
14592 TTTACATT-TGCATTT
1 TTTACATTATGCATTT
14607 TTTACATTATGCATTT
1 TTTACATTATGCATTT
14623 GCATTTTGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.53
16 7 0.47
ACGTcount: A:0.23, C:0.13, G:0.06, T:0.58
Consensus pattern (16 bp):
TTTACATTATGCATTT
Found at i:16361 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 16310--16361 Score: 52
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
16300 TGGCAATCAT
16310 TTTATATATTTTTACATTC
1 TTTAT-TATTTTTACATTC
*
16329 TTTATCATTCTTTACATT-
1 TTTATTATT-TTTACATTC
16347 TATTATTATTATTTA
1 T-TTATTATT-TTTA
16362 TTTATTTTAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 4
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.14
19 24 0.86
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.00, T:0.63
Consensus pattern (18 bp):
TTTATTATTTTTACATTC
Found at i:17961 original size:370 final size:370
Alignment explanation
Indices: 17280--17971 Score: 1116
Period size: 370 Copynumber: 1.9 Consensus size: 370
17270 CATATCTTCT
* * *
17280 TTCAATTCGTGCATCATACGATAACGAGTCATTGAACTTTAGTTTTTCCAGATGAGTATTTAATG
1 TTCAATTCATGCATCAGACGATAACGAGTCATTGAACTTTAGTTTTTCCAGATGAGGATTTAATG
*
17345 TGTCTCAATCAAAGAGGTTATTGCTTCAAAAGATGAATCATGGAAGTTATCTCAATAGAGCATCT
66 TGTCTCAATCAAAGAGGATATTGCTTCAAAAGATGAATCATGGAAGTTATCTCAATAGAGCATCT
* *
17410 AATGCTTTGGGATAAGAATTTGGGGTAATGATGATTACTTCAGAAGATGTTTGTTACCATTTCAC
131 AATGCTTTGAGATAAGAATTTGGGGTAATGATGATTACTTCAGAAGATGTATGTTACCATTTCAC
* *
17475 AAGCAGACCATAGTTATTTTTCACTGACAACAAGGCAGAATTTGAGGCTTGCATTTTGGGGATAA
196 AAGAAGACCATAGTTATTTTTCACTGACAACAAGGCAGAATTTGAGGCTTGCACTTTGGGGATAA
* * *
17540 GAGTAGTTATGGAAAGAAGATTTCAGTGCTGAAAGCATGTGGAAGTTCCTCGTTAGTAGTCTCTC
261 GAGCAATTATGGAAAGAAGATTTCAATGCTGAAAGCATGTGGAAGTTCCTCGTTAGTAGTCTCTC
17605 AACCACTAGGATAATGAGAATTTAATGTGTCGTACAAGATCGACA
326 AACCACTAGGATAATGAGAATTTAATGTGTCGTACAAGATCGACA
17650 TTCAATTCATGCATCAGACGATAACGAGTCATTGAACTTTAGTTTTTCCAGATGAGGATTTAATG
1 TTCAATTCATGCATCAGACGATAACGAGTCATTGAACTTTAGTTTTTCCAGATGAGGATTTAATG
* * * * *
17715 TGTCTCAATTAAAGAGGATATTTCTTCAAAAGATTAATCATGGAATTTATCTCGATAGAGCATCT
66 TGTCTCAATCAAAGAGGATATTGCTTCAAAAGATGAATCATGGAAGTTATCTCAATAGAGCATCT
* * * * * *
17780 AATTCTTTGAGATAAGAATTTGGGGTAGTGGTGATTGCTTTAGAAGATGTATGTTACCCTTTCAC
131 AATGCTTTGAGATAAGAATTTGGGGTAATGATGATTACTTCAGAAGATGTATGTTACCATTTCAC
* * * * *
17845 AAGAAGACCATAGTTCTTTTTCACTGACAACATGGCATAATTTTAGGCTTGCGCTTTGGGGATAA
196 AAGAAGACCATAGTTATTTTTCACTGACAACAAGGCAGAATTTGAGGCTTGCACTTTGGGGATAA
*
17910 GTGCAATCT-TGGAAAGAAGATTTCAATGCTGAAAGCATGTGGAAGTTCCTCGTTAGTAGTCT
261 GAGCAAT-TATGGAAAGAAGATTTCAATGCTGAAAGCATGTGGAAGTTCCTCGTTAGTAGTCT
17972 GTTAACTAAG
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 28, Indels: 2
0.91 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
370 292 1.00
371 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (370 bp):
TTCAATTCATGCATCAGACGATAACGAGTCATTGAACTTTAGTTTTTCCAGATGAGGATTTAATG
TGTCTCAATCAAAGAGGATATTGCTTCAAAAGATGAATCATGGAAGTTATCTCAATAGAGCATCT
AATGCTTTGAGATAAGAATTTGGGGTAATGATGATTACTTCAGAAGATGTATGTTACCATTTCAC
AAGAAGACCATAGTTATTTTTCACTGACAACAAGGCAGAATTTGAGGCTTGCACTTTGGGGATAA
GAGCAATTATGGAAAGAAGATTTCAATGCTGAAAGCATGTGGAAGTTCCTCGTTAGTAGTCTCTC
AACCACTAGGATAATGAGAATTTAATGTGTCGTACAAGATCGACA
Found at i:21312 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 21280--21312 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
21270 GCAAAATTTG
21280 AAAACTAATTTTGAAA
1 AAAACTAATTTTGAAA
21296 AAAAC-AATGTTTGAAA
1 AAAACTAAT-TTTGAAA
21312 A
1 A
21313 TCAATATGTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 3 0.19
16 13 0.81
ACGTcount: A:0.58, C:0.06, G:0.09, T:0.27
Consensus pattern (16 bp):
AAAACTAATTTTGAAA
Found at i:21406 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 21391--21415 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 2.5 Consensus size: 10
21381 TTTTTTTTTG
21391 AAATTAACAA
1 AAATTAACAA
21401 AAATTAACAA
1 AAATTAACAA
21411 AAATT
1 AAATT
21416 GTGTGTTTTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 15 1.00
ACGTcount: A:0.68, C:0.08, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (10 bp):
AAATTAACAA
Found at i:21840 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 21811--21884 Score: 60
Period size: 21 Copynumber: 3.4 Consensus size: 21
21801 CAAGGACTGC
*
21811 ATCGGTGCACTTTCATAGTGT
1 ATCGATGCACTTTCATAGTGT
* *
21832 ATCGATGCACATTCA-AGGGATGC
1 ATCGATGCACTTTCATA--G-TGT
* * *
21855 ATCGGTACACTATCATAGTGT
1 ATCGATGCACTTTCATAGTGT
21876 ATCGATGCA
1 ATCGATGCA
21885 TTACGCATAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 10, Indels: 8
0.68 0.18 0.14
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.03
21 22 0.56
22 2 0.05
23 13 0.33
24 1 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (21 bp):
ATCGATGCACTTTCATAGTGT
Found at i:21882 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 21768--21884 Score: 175
Period size: 44 Copynumber: 2.7 Consensus size: 44
21758 CGAGGAGTGT
* *
21768 ATCGGTACACTAT-AGAGTGTATCGATACACATTCAAGGACTGC
1 ATCGGTACACTATCATAGTGTATCGATGCACATTCAAGGACTGC
* *
21811 ATCGGTGCACTTTCATAGTGTATCGATGCACATTCAAGGGA-TGC
1 ATCGGTACACTATCATAGTGTATCGATGCACATTCAA-GGACTGC
21855 ATCGGTACACTATCATAGTGTATCGATGCA
1 ATCGGTACACTATCATAGTGTATCGATGCA
21885 TTACGCATAA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 6, Indels: 3
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
43 11 0.17
44 52 0.79
45 3 0.05
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (44 bp):
ATCGGTACACTATCATAGTGTATCGATGCACATTCAAGGACTGC
Found at i:33744 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 33720--33776 Score: 87
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
33710 TATGAACAGT
* * *
33720 AACCTACTACAGTGCTATAGC
1 AACCTGCTACAGTGCTACAAC
33741 AACCTGCTACAGTGCTACAAC
1 AACCTGCTACAGTGCTACAAC
33762 AACCTGCTACAGTGC
1 AACCTGCTACAGTGC
33777 ATCGATGCAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 33 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.32, G:0.16, T:0.21
Consensus pattern (21 bp):
AACCTGCTACAGTGCTACAAC
Found at i:33790 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 33766--33807 Score: 75
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
33756 TACAACAACC
*
33766 TGCTACAGTGCATCGATGCAT
1 TGCTACAGTGCACCGATGCAT
33787 TGCTACAGTGCACCGATGCAT
1 TGCTACAGTGCACCGATGCAT
33808 AAAACTTATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 20 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.26, G:0.24, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
TGCTACAGTGCACCGATGCAT
Found at i:34441 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 34406--34480 Score: 84
Period size: 24 Copynumber: 3.2 Consensus size: 24
34396 AGCTTGTATA
*
34406 AATTTGTACCGAAGTGCCACGTAG
1 AATTTGTCCCGAAGTGCCACGTAG
*
34430 AATTTGTCCCGAAG-GACCGCGTAG
1 AATTTGTCCCGAAGTG-CCACGTAG
*
34454 AA-ATG-CACCGAAGTGCCACGTAG
1 AATTTGTC-CCGAAGTGCCACGTAG
34477 AATT
1 AATT
34481 GCACCGTAGT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 8
0.76 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
22 1 0.02
23 18 0.43
24 23 0.55
ACGTcount: A:0.31, C:0.23, G:0.25, T:0.21
Consensus pattern (24 bp):
AATTTGTCCCGAAGTGCCACGTAG
Found at i:34475 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 34413--34494 Score: 96
Period size: 23 Copynumber: 3.5 Consensus size: 23
34403 ATAAATTTGT
34413 ACCGAAGTGCCACGTAGAATTTGTC
1 ACCGAAGTGCCACGTAGAA-TTG-C
* *
34438 -CCGAAG-GACCGCGTAGAAATGC
1 ACCGAAGTG-CCACGTAGAATTGC
34460 ACCGAAGTGCCACGTAGAATTGC
1 ACCGAAGTGCCACGTAGAATTGC
*
34483 ACCGTAGTGCCA
1 ACCGAAGTGCCA
34495 TATAATATGT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 5, Indels: 8
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
22 1 0.02
23 32 0.65
24 16 0.33
ACGTcount: A:0.29, C:0.27, G:0.27, T:0.17
Consensus pattern (23 bp):
ACCGAAGTGCCACGTAGAATTGC
Found at i:34772 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 34736--34798 Score: 99
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
34726 TCATATCGTG
* *
34736 TAGACATATTATTTCCATACATTTATCACA
1 TAGACATATCATTTACATACATTTATCACA
*
34766 TAGACATATCATTTACATACCTTTATCACA
1 TAGACATATCATTTACATACATTTATCACA
34796 TAG
1 TAG
34799 CTCATATAAC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 30 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.21, G:0.05, T:0.38
Consensus pattern (30 bp):
TAGACATATCATTTACATACATTTATCACA
Found at i:36338 original size:138 final size:138
Alignment explanation
Indices: 36019--36411 Score: 518
Period size: 138 Copynumber: 2.8 Consensus size: 138
36009 GATGTTACAT
* *
36019 CCTCCATTTTATGCTTAATTTCAAACTTAGTCCTTAAATTTATGGA-AATTTTTAATTTGGCCCT
1 CCTCCATTTTAAGCTTAATTTCAAACTTAGTCCTTAAATTTA-GGAGAATTTTTAATTTGGTCCT
* * **
36083 CGTTTTTGCTCGAGGTTTCATTTTAATTATTCGAATCAAATAATTGATTAAAATTGACTAGGTTG
65 CGTTTTTGCTCGAGGTTACATTTTAATTATTCGAATC-AATAATTGATTAAAATTGAATAGGTAA
36148 ATAATTAGAG
129 ATAATTAGAG
* * * * *
36158 CATCCATTTTAGGCTTAATTTCAAATTTAATCCTTAAATTTAGGAGAATTTTTAATTTGGTCGTC
1 CCTCCATTTTAAGCTTAATTTCAAACTTAGTCCTTAAATTTAGGAGAATTTTTAATTTGGTCCTC
* *
36223 GCTTTTGCTCGAGGTTACATTTTAATTATTCGAATCAATAATTGATTGAAATTGAATAGGTAAAT
66 GTTTTTGCTCGAGGTTACATTTTAATTATTCGAATCAATAATTGATTAAAATTGAATAGGTAAAT
**
36288 GTTTAGAG
131 AATTAGAG
* * * * *
36296 CCTCCACTTTAAGCTTAATTTCACACTTAGTCCTTTAATTTAGGAGAATTGTTGATTTGGTCCTC
1 CCTCCATTTTAAGCTTAATTTCAAACTTAGTCCTTAAATTTAGGAGAATTTTTAATTTGGTCCTC
* * * * * * *
36361 TTTTTTGCTCGAGATTCCATTTTTATTATTTGAATCAATATTTTATTAAAA
66 GTTTTTGCTCGAGGTTACATTTTAATTATTCGAATCAATAATTGATTAAAA
36412 AATGACTTGG
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 33, Indels: 3
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
138 131 0.60
139 89 0.40
ACGTcount: A:0.29, C:0.13, G:0.14, T:0.44
Consensus pattern (138 bp):
CCTCCATTTTAAGCTTAATTTCAAACTTAGTCCTTAAATTTAGGAGAATTTTTAATTTGGTCCTC
GTTTTTGCTCGAGGTTACATTTTAATTATTCGAATCAATAATTGATTAAAATTGAATAGGTAAAT
AATTAGAG
Found at i:43926 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 43897--43979 Score: 130
Period size: 21 Copynumber: 4.0 Consensus size: 21
43887 ACATTTATGA
* *
43897 ACAGTAACCTACTACAGTGCT
1 ACAGCAACCTGCTACAGTGCT
*
43918 ATAGCAACCTGCTACAGTGCT
1 ACAGCAACCTGCTACAGTGCT
43939 ACAGCAACCTGCTACAGTGCT
1 ACAGCAACCTGCTACAGTGCT
*
43960 ACAACAACCTGCTACAGTGC
1 ACAGCAACCTGCTACAGTGC
43980 ATCGATGCAT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 5, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 57 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.31, G:0.17, T:0.20
Consensus pattern (21 bp):
ACAGCAACCTGCTACAGTGCT
Found at i:43993 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 43969--44010 Score: 75
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
43959 TACAACAACC
*
43969 TGCTACAGTGCATCGATGCAT
1 TGCTACAGTGCACCGATGCAT
43990 TGCTACAGTGCACCGATGCAT
1 TGCTACAGTGCACCGATGCAT
44011 AAAACTTATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 20 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.26, G:0.24, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
TGCTACAGTGCACCGATGCAT
Found at i:44644 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 44609--44683 Score: 84
Period size: 24 Copynumber: 3.2 Consensus size: 24
44599 AGCTTGTATA
*
44609 AATTTGTACCGAAGTGCCACGTAG
1 AATTTGTCCCGAAGTGCCACGTAG
*
44633 AATTTGTCCCGAAG-GACCGCGTAG
1 AATTTGTCCCGAAGTG-CCACGTAG
*
44657 AA-ATG-CACCGAAGTGCCACGTAG
1 AATTTGTC-CCGAAGTGCCACGTAG
44680 AATT
1 AATT
44684 GCACCGTAGT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 8
0.76 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
22 1 0.02
23 18 0.43
24 23 0.55
ACGTcount: A:0.31, C:0.23, G:0.25, T:0.21
Consensus pattern (24 bp):
AATTTGTCCCGAAGTGCCACGTAG
Found at i:44678 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 44616--44697 Score: 96
Period size: 23 Copynumber: 3.5 Consensus size: 23
44606 ATAAATTTGT
44616 ACCGAAGTGCCACGTAGAATTTGTC
1 ACCGAAGTGCCACGTAGAA-TTG-C
* *
44641 -CCGAAG-GACCGCGTAGAAATGC
1 ACCGAAGTG-CCACGTAGAATTGC
44663 ACCGAAGTGCCACGTAGAATTGC
1 ACCGAAGTGCCACGTAGAATTGC
*
44686 ACCGTAGTGCCA
1 ACCGAAGTGCCA
44698 TATAATATGT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 5, Indels: 8
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
22 1 0.02
23 32 0.65
24 16 0.33
ACGTcount: A:0.29, C:0.27, G:0.27, T:0.17
Consensus pattern (23 bp):
ACCGAAGTGCCACGTAGAATTGC
Found at i:44975 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 44939--45001 Score: 99
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
44929 TCATATCGTG
* *
44939 TAGACATATTATTTCCATACATTTATCACA
1 TAGACATATCATTTACATACATTTATCACA
*
44969 TAGACATATCATTTACATACCTTTATCACA
1 TAGACATATCATTTACATACATTTATCACA
44999 TAG
1 TAG
45002 CTCATATAAC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 30 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.21, G:0.05, T:0.38
Consensus pattern (30 bp):
TAGACATATCATTTACATACATTTATCACA
Found at i:46508 original size:137 final size:136
Alignment explanation
Indices: 46217--46607 Score: 487
Period size: 137 Copynumber: 2.8 Consensus size: 136
46207 GATGTTACAT
* *
46217 CCTCCATTTTATGCTTAATTTCAAACTTAGTCCTTAAATTTATGGA-AATTTTTAATTTGGCCCT
1 CCTCCATTTTAAGCTTAATTTCAAACTTAGTCCTTAAATTTA-GGAGAATTTTTAATTTGGTCCT
* * *
46281 CGTTTTTGCTCGAGGTTTCATTTTAATTATTCGAATCAAATAATTGATTAAAATTGACTAGGTGA
65 CG-TTTTGCTCGAGGTTACATTTTAATTATTCGAATC-AATAATTGATTAAAATTGAATAGGTAA
46346 TAATTAGAG
128 TAATTAGAG
* * * * *
46355 CATCCATTTTAGGCTTAATTTCAAATTTAATCCTTAAATTTAGGAGAATTTTTAATTTGGTCGTC
1 CCTCCATTTTAAGCTTAATTTCAAACTTAGTCCTTAAATTTAGGAGAATTTTTAATTTGGTCCTC
* * * *
46420 GCTTTGCTCGAGGTTACATTTTAAATATTCGAATCAATAATTGATTGAAATTGAATAGGTAAATG
66 GTTTTGCTCGAGGTTACATTTTAATTATTCGAATCAATAATTGATTAAAATTGAATAGGT-AATA
*
46485 TTTAGAG
130 ATTAGAG
* * * * *
46492 CCTCCACTTTAAGCTTAATTTCACACTTAGTCCTTTAATTTAGGAGAATTATTGATTTGGTCCTC
1 CCTCCATTTTAAGCTTAATTTCAAACTTAGTCCTTAAATTTAGGAGAATTTTTAATTTGGTCCTC
* * * * * * *
46557 TTTTTTGCTCGAGATTCCATTTTTATTATTTGAATCAATATTTTATTAAAA
66 -GTTTTGCTCGAGGTTACATTTTAATTATTCGAATCAATAATTGATTAAAA
46608 AATGACTTGG
Statistics
Matches: 216, Mismatches: 34, Indels: 6
0.84 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
136 23 0.11
137 97 0.45
138 96 0.44
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.14, T:0.43
Consensus pattern (136 bp):
CCTCCATTTTAAGCTTAATTTCAAACTTAGTCCTTAAATTTAGGAGAATTTTTAATTTGGTCCTC
GTTTTGCTCGAGGTTACATTTTAATTATTCGAATCAATAATTGATTAAAATTGAATAGGTAATAA
TTAGAG
Found at i:54122 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 54093--54175 Score: 130
Period size: 21 Copynumber: 4.0 Consensus size: 21
54083 ACATTTATGA
* *
54093 ACAGTAACCTACTACAGTGCT
1 ACAGCAACCTGCTACAGTGCT
*
54114 ATAGCAACCTGCTACAGTGCT
1 ACAGCAACCTGCTACAGTGCT
54135 ACAGCAACCTGCTACAGTGCT
1 ACAGCAACCTGCTACAGTGCT
*
54156 ACAACAACCTGCTACAGTGC
1 ACAGCAACCTGCTACAGTGC
54176 ATCGATGCAT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 5, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 57 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.31, G:0.17, T:0.20
Consensus pattern (21 bp):
ACAGCAACCTGCTACAGTGCT
Found at i:54189 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 54165--54206 Score: 75
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
54155 TACAACAACC
*
54165 TGCTACAGTGCATCGATGCAT
1 TGCTACAGTGCACCGATGCAT
54186 TGCTACAGTGCACCGATGCAT
1 TGCTACAGTGCACCGATGCAT
54207 AAAACTTATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 20 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.26, G:0.24, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
TGCTACAGTGCACCGATGCAT
Found at i:54840 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 54805--54879 Score: 84
Period size: 24 Copynumber: 3.2 Consensus size: 24
54795 AGCTTGTATA
*
54805 AATTTGTACCGAAGTGCCACGTAG
1 AATTTGTCCCGAAGTGCCACGTAG
*
54829 AATTTGTCCCGAAG-GACCGCGTAG
1 AATTTGTCCCGAAGTG-CCACGTAG
*
54853 AA-ATG-CACCGAAGTGCCACGTAG
1 AATTTGTC-CCGAAGTGCCACGTAG
54876 AATT
1 AATT
54880 GCACCGTAGT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 8
0.76 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
22 1 0.02
23 18 0.43
24 23 0.55
ACGTcount: A:0.31, C:0.23, G:0.25, T:0.21
Consensus pattern (24 bp):
AATTTGTCCCGAAGTGCCACGTAG
Found at i:54874 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 54812--54893 Score: 96
Period size: 23 Copynumber: 3.5 Consensus size: 23
54802 ATAAATTTGT
54812 ACCGAAGTGCCACGTAGAATTTGTC
1 ACCGAAGTGCCACGTAGAA-TTG-C
* *
54837 -CCGAAG-GACCGCGTAGAAATGC
1 ACCGAAGTG-CCACGTAGAATTGC
54859 ACCGAAGTGCCACGTAGAATTGC
1 ACCGAAGTGCCACGTAGAATTGC
*
54882 ACCGTAGTGCCA
1 ACCGAAGTGCCA
54894 TATAATATGT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 5, Indels: 8
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
22 1 0.02
23 32 0.65
24 16 0.33
ACGTcount: A:0.29, C:0.27, G:0.27, T:0.17
Consensus pattern (23 bp):
ACCGAAGTGCCACGTAGAATTGC
Found at i:55171 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 55135--55197 Score: 108
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
55125 TCATATCGTG
* *
55135 TAGACATATTATTTCCATACCTTTATCACA
1 TAGACATATCATTTACATACCTTTATCACA
55165 TAGACATATCATTTACATACCTTTATCACA
1 TAGACATATCATTTACATACCTTTATCACA
55195 TAG
1 TAG
55198 CTCATATAAC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 31 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.22, G:0.05, T:0.38
Consensus pattern (30 bp):
TAGACATATCATTTACATACCTTTATCACA
Found at i:56737 original size:138 final size:138
Alignment explanation
Indices: 56418--56810 Score: 509
Period size: 138 Copynumber: 2.8 Consensus size: 138
56408 GATGTTACAT
* *
56418 CCTCCATTTTATGCTTAATTTCAAACTTAGTCCTTAAATTTATGGA-AATTTTTAATTTGGCCCT
1 CCTCCATTTTAAGCTTAATTTCAAACTTAGTCCTTAAATTTA-GGAGAATTTTTAATTTGGTCCT
* * **
56482 CGTTTTTGCTCGAGGTTTCATTTTAATTATTCGAATCAAATAATTGATTAAAATTGACTAGGTTG
65 CGTTTTTGCTCGAGGTTACATTTTAATTATTCGAATC-AATAATTGATTAAAATTGAATAGGTAA
56547 ATAATTAGAG
129 ATAATTAGAG
* * * * *
56557 CATCCATTTTAGGCTTAATTTCAAATTTAATCCTTAAATTTAGGAGAATTTTTAATTTGGTCGTC
1 CCTCCATTTTAAGCTTAATTTCAAACTTAGTCCTTAAATTTAGGAGAATTTTTAATTTGGTCCTC
* * *
56622 GCTTTTGCTCGAGGTTACATTTTAAATATTCGAATCAATAATTGATTGAAATTGAATAGGTAAAT
66 GTTTTTGCTCGAGGTTACATTTTAATTATTCGAATCAATAATTGATTAAAATTGAATAGGTAAAT
**
56687 GTTTAGAG
131 AATTAGAG
* * * * *
56695 CCTCCACTTTAAGCTTAATTTCACACTTAGTCCTTTAATTTAGGAGAATTATTGATTTGGTCCTC
1 CCTCCATTTTAAGCTTAATTTCAAACTTAGTCCTTAAATTTAGGAGAATTTTTAATTTGGTCCTC
* * * * * * *
56760 TTTTTTGCTCGAGATTCCATTTTTATTATTTGAATCAATATTTTATTAAAA
66 GTTTTTGCTCGAGGTTACATTTTAATTATTCGAATCAATAATTGATTAAAA
56811 AATGACTTGG
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 35, Indels: 3
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
138 130 0.60
139 88 0.40
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.13, T:0.44
Consensus pattern (138 bp):
CCTCCATTTTAAGCTTAATTTCAAACTTAGTCCTTAAATTTAGGAGAATTTTTAATTTGGTCCTC
GTTTTTGCTCGAGGTTACATTTTAATTATTCGAATCAATAATTGATTAAAATTGAATAGGTAAAT
AATTAGAG
Found at i:58631 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 58606--58662 Score: 80
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 22
58596 CAACCGAAAC
*
58606 TGTGTCA-AAGAGGTAGAAAAAA
1 TGTGTCATAA-AGGCAGAAAAAA
58628 TGTGTCATAAAGGCAGAAAAAA
1 TGTGTCATAAAGGCAGAAAAAA
*
58650 TGTGCCATAAAGG
1 TGTGTCATAAAGG
58663 AGGAAGAATA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
22 30 0.94
23 2 0.06
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.26, T:0.19
Consensus pattern (22 bp):
TGTGTCATAAAGGCAGAAAAAA
Found at i:59113 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 59104--61862 Score: 5088
Period size: 4 Copynumber: 693.5 Consensus size: 4
59094 TTATAATGTA
59104 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59152 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59200 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59248 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59296 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59344 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59392 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59440 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59488 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59536 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59584 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59632 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59680 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59728 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59776 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59824 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59872 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59920 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
59968 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60016 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60064 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60112 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60160 TATG TAT- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60207 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60255 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60303 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60351 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60399 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60445 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60493 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60541 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60588 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60636 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60684 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60732 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60780 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60828 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60876 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60924 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
60972 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
61018 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
61066 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
61114 TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
61160 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TTATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG -TATG TATG TATG
61209 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
61257 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
61305 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
61353 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
61401 --TG TATG TATG T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
61446 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
61494 TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
61540 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
61588 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
61636 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* *
61684 TATG TTAT- AAT- TAATG TAATG TA-- TATG TATG TATG -ATA TAT- TATG
1 TATG -TATG TATG T-ATG T-ATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
* * * *
61729 AATTG ATATG -ATA TAT- TATG AATTG ATATG TATG TAT- AATG TAT-
1 TA-TG -TATG TATG TATG TATG TA-TG -TATG TATG TATG TATG TATG
* * * * *
61773 AATG ATATG TATG AAT- TA-A TATG TATG TA-G -AGTA TATG GATG TATG
1 TATG -TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-TG TATG TATG TATG
* *
61819 TAT- AATG TATG TATG TATG TATG ATAATG ATATG CATG TATG TA
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG -T-ATG -TATG TATG TATG TA
61863 CATATGATAG
Statistics
Matches: 2694, Mismatches: 23, Indels: 76
0.96 0.01 0.03
Matches are distributed among these distances:
2 13 0.00
3 31 0.01
4 2614 0.97
5 29 0.01
6 7 0.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.25, T:0.50
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:62767 original size:287 final size:286
Alignment explanation
Indices: 62183--62821 Score: 721
Period size: 287 Copynumber: 2.2 Consensus size: 286
62173 TCCCTGTGTA
* *
62183 TTGTTTAATTTATTTAAATTCCAATTTGAAACTTCT-TGTTTGTTCAATTTAGTCCTTAAAATTA
1 TTGTTTAATTTATTTAAATT-TAATTTGTAACTT-TATGTTTGTTCAATTTAGTCCTTAAAATTA
* * * * *
62247 TATTTTTATCCAAAATTGACTCATGTTGATTTATATTTTTGTAATTTACTTCAAACCTTATAAAT
64 CATTTTTAACCAAAATTGACTCATGTTGA-TTATATTTTTGTAATTTACTCCAAACCCTATAAAC
* *
62312 CACATCATAAACTTCATTTCAAATCCTATAAATTATATAATAATCTTTGATACCTTATAAACTGT
128 CACATCATAAACTTCATTTCAAATCCTATAAATTATATAATAATCTTTGAAACCCTATAAACTGT
* * *
62377 TGTTCACCAACTTCTTAAATGAACGCAATTTAGTCCACTTTTATATTAATTTCAGTTTCACATTT
193 TGTCCACCAACTTCTTAAATGAACGCAATATAGTCCACTTTTATATTAATTTCAGCTTCACATTT
* *
62442 TACAATTATTTGGATTTAATCCCTGTGTG
258 TACAATTATTTGGATTTAATCCATGCGTG
* *
62471 TTATTTAATTTATTTAAATTTAATTTTTTAA-TTTATGTTTGTTCAATTTAGTCCTTAAAATTAC
1 TTGTTTAATTTATTTAAATTTAA-TTTGTAACTTTATGTTTGTTCAATTTAGTCCTTAAAATTAC
*
62535 ATTTTTAACCAAAATTG-GTCCATAGTT-A-TAT-TTTTT-TAATTTACTCCAAACCCTATAAAC
65 ATTTTTAACCAAAATTGACT-CAT-GTTGATTATATTTTTGTAATTTACTCCAAACCCTATAAAC
* * *
62595 CACATCATAAACTTCCTTTCAAACTCACTA-AATTTATATCAT-A-CTTT-AAACCCTATAAACT
128 CACATCATAAACTTCATTTCAAA-TC-CTATAAATTATATAATAATCTTTGAAACCCTATAAACT
* * * * *
62656 TTTGTCCACCAACCTT-TTAAATG-ATGCAATATAGT-TATTTTTTATATTAATTTTAGCTTCAC
191 GTTGTCCACCAA-CTTCTTAAATGAACGCAATATAGTCCA-CTTTTATATTAATTTCAGCTTCAC
* *
62718 ATTTTACAATTGTTTCGATTTGATTTCTCATCCATGCGTG
254 ATTTTACAATTATTT-G----GA-TT-TAATCCATGCGTG
* * * * **
62758 TTGTTTAATTTATTTAAATTTCAGTTTGTAATTTTACGTTTATTCAATTTAGTATTTAAAATTA
1 TTGTTTAATTTATTTAAATTT-AATTTGTAACTTTATGTTTGTTCAATTTAGTCCTTAAAATTA
62822 TATGTTTATC
Statistics
Matches: 300, Mismatches: 34, Indels: 34
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
279 1 0.00
280 45 0.15
281 30 0.10
282 7 0.02
283 44 0.15
284 17 0.06
285 8 0.03
286 4 0.01
287 88 0.29
288 56 0.19
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (286 bp):
TTGTTTAATTTATTTAAATTTAATTTGTAACTTTATGTTTGTTCAATTTAGTCCTTAAAATTACA
TTTTTAACCAAAATTGACTCATGTTGATTATATTTTTGTAATTTACTCCAAACCCTATAAACCAC
ATCATAAACTTCATTTCAAATCCTATAAATTATATAATAATCTTTGAAACCCTATAAACTGTTGT
CCACCAACTTCTTAAATGAACGCAATATAGTCCACTTTTATATTAATTTCAGCTTCACATTTTAC
AATTATTTGGATTTAATCCATGCGTG
Found at i:63408 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 63357--63409 Score: 90
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26
63347 CTATGACACT
63357 AGTACACGTTGAAATGTTTTGAAATG
1 AGTACACGTTGAAATGTTTTGAAATG
*
63383 AGTACACGTTGGAATG-TTTGAAATG
1 AGTACACGTTGAAATGTTTTGAAATG
63408 AG
1 AG
63410 GCCATTACTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
25 11 0.42
26 15 0.58
ACGTcount: A:0.34, C:0.08, G:0.26, T:0.32
Consensus pattern (26 bp):
AGTACACGTTGAAATGTTTTGAAATG
Found at i:65079 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 65061--65091 Score: 62
Period size: 13 Copynumber: 2.4 Consensus size: 13
65051 TACCAATAAG
65061 TCAACAGAAACAA
1 TCAACAGAAACAA
65074 TCAACAGAAACAA
1 TCAACAGAAACAA
65087 TCAAC
1 TCAAC
65092 TCCATCTGAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 18 1.00
ACGTcount: A:0.58, C:0.26, G:0.06, T:0.10
Consensus pattern (13 bp):
TCAACAGAAACAA
Found at i:65299 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 65292--65339 Score: 57
Period size: 2 Copynumber: 25.0 Consensus size: 2
65282 GGCATTCATG
*
65292 TA TA TA TA TA TA TA TA -A T- TA TA TA TA TA T- TGA GA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T-A TA TA TA TA
65332 TA TA TA TA
1 TA TA TA TA
65340 GGAAACAGCA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 8
0.80 0.04 0.16
Matches are distributed among these distances:
1 3 0.08
2 37 0.93
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.04, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:65315 original size:14 final size:16
Alignment explanation
Indices: 65293--65340 Score: 64
Period size: 14 Copynumber: 3.0 Consensus size: 16
65283 GCATTCATGT
65293 ATATATATATATATA-
1 ATATATATATATATAG
65308 AT-TATATATATATTGAG
1 ATATATATATATA-T-AG
65325 ATATATATATATATAG
1 ATATATATATATATAG
65341 GAAACAGCAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.34
15 3 0.10
16 3 0.10
17 3 0.10
18 10 0.34
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.06, T:0.46
Consensus pattern (16 bp):
ATATATATATATATAG
Found at i:71626 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 71586--71685 Score: 164
Period size: 36 Copynumber: 2.8 Consensus size: 36
71576 CTTTGGTATT
* * *
71586 GGGTGTCTATATGTGACAAAGGAGAATTGTTTACTA
1 GGGTGTCTATGTGTGACAAAGGAAAATTGTTTACCA
71622 GGGTGTCTATGTGTGACAAAGGAAAATTGTTTACCA
1 GGGTGTCTATGTGTGACAAAGGAAAATTGTTTACCA
*
71658 GGGTGTCTATGTGTGGCAAAGGAAAATT
1 GGGTGTCTATGTGTGACAAAGGAAAATT
71686 ATCTTTCGGG
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 4, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 60 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.30, T:0.31
Consensus pattern (36 bp):
GGGTGTCTATGTGTGACAAAGGAAAATTGTTTACCA
Found at i:76068 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 76039--76116 Score: 120
Period size: 21 Copynumber: 3.7 Consensus size: 21
76029 TAGGGGCATA
76039 GTCCCGAAGGACCACATATAT
1 GTCCCGAAGGACCACATATAT
* * *
76060 GTTCTGAAGGACCACATAGAT
1 GTCCCGAAGGACCACATATAT
76081 GTCCCGAAGGACCACATATAT
1 GTCCCGAAGGACCACATATAT
*
76102 ATCCCGAAGGACCAC
1 GTCCCGAAGGACCAC
76117 TCCTTAAGGA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 7, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 50 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.28, G:0.21, T:0.18
Consensus pattern (21 bp):
GTCCCGAAGGACCACATATAT
Found at i:77765 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 77740--77769 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
77730 AGTCTCCAGA
77740 CTTTTCTTTCCTTT
1 CTTTTCTTTCCTTT
77754 CTTTTCCTTTCCTTT
1 CTTTT-CTTTCCTTT
77769 C
1 C
77770 ATCCCCATGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.33
15 10 0.67
ACGTcount: A:0.00, C:0.33, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (14 bp):
CTTTTCTTTCCTTT
Found at i:80082 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 80077--80139 Score: 126
Period size: 2 Copynumber: 31.5 Consensus size: 2
80067 TTTTATGTCT
80077 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
80119 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
80140 TTCCATCATA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 61 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:81368 original size:63 final size:63
Alignment explanation
Indices: 81292--81451 Score: 189
Period size: 63 Copynumber: 2.5 Consensus size: 63
81282 TTCCCTTGAA
* * *
81292 GTGCATC-ATGCACTACCCATGCATCGATACACAAATCACCTTCGATATTTTCA-TTTTAAGGG
1 GTGCATCGATGCACT-CCTATGCATCGATACACAAATCACATTCGATATTTCCATTTTTAAGGG
* * ** * *
81354 GTGCATCGATGCACTCCTTATGCATCGATGCACTAATTGCATTCGATGTTTCCATTTTTAATGG
1 GTGCATCGATGCACTCC-TATGCATCGATACACAAATCACATTCGATATTTCCATTTTTAAGGG
*
81418 GTGCATCGATGCACTTCCTGTGCATCGATACACA
1 GTGCATCGATGCAC-TCCTATGCATCGATACACA
81452 CTGAACAATT
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 12, Indels: 6
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
62 9 0.11
63 35 0.43
64 35 0.43
65 3 0.04
ACGTcount: A:0.25, C:0.25, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (63 bp):
GTGCATCGATGCACTCCTATGCATCGATACACAAATCACATTCGATATTTCCATTTTTAAGGG
Found at i:83299 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 83259--83299 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
83249 ATCATCGATA
*
83259 TACTCATTCTTAAACTCT
1 TACTCAATCTTAAACTCT
*
83277 TA-TCAATCTTCAACT-T
1 TACTCAATCTTAAACTCT
83293 TACTCAA
1 TACTCAA
83300 ATATACAAAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 3
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.15
17 15 0.75
18 2 0.10
ACGTcount: A:0.32, C:0.27, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (18 bp):
TACTCAATCTTAAACTCT
Found at i:84858 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 84824--84892 Score: 93
Period size: 23 Copynumber: 3.0 Consensus size: 23
84814 CACCACAGCT
*
84824 CGTATAAATGCACCGAAGTGCCA
1 CGTAGAAATGCACCGAAGTGCCA
* * * *
84847 CGTAGAATTGCACCGTAGTCCCG
1 CGTAGAAATGCACCGAAGTGCCA
84870 CGTAGAAATGCACCGAAGTGCCA
1 CGTAGAAATGCACCGAAGTGCCA
84893 TATAAGGTTA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 9, Indels: 0
0.80 0.20 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 37 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.28, G:0.25, T:0.17
Consensus pattern (23 bp):
CGTAGAAATGCACCGAAGTGCCA
Found at i:85286 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 85281--85311 Score: 55
Period size: 2 Copynumber: 16.0 Consensus size: 2
85271 TTATGTATTT
85281 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T- TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
85312 ATCCATCATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.04
2 27 0.96
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:85361 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 85354--85385 Score: 64
Period size: 2 Copynumber: 16.0 Consensus size: 2
85344 TTCATCTTCC
85354 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
85386 ATTTTTCCTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 30 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:86553 original size:65 final size:62
Alignment explanation
Indices: 86482--86643 Score: 175
Period size: 65 Copynumber: 2.5 Consensus size: 62
86472 TTCCCTTGAA
* *
86482 GTGCATCGATGCACTACCCATGCATCGATACACAAAT-CACCTCGATGTTTTCATTTTAAGGAGG
1 GTGCATCGATGCACT-CCTATGCATCGATACACAAATGCA-CTCGATGTTTCCATTTTAA--AGG
86546 G
62 G
* * * * *
86547 GTGCATCGATGCACTCCTTATGCATCGATGCACTAATTGCATTCGATGTTTCCATTTTTAATGG
1 GTGCATCGATGCACTCC-TATGCATCGATACAC-AAATGCACTCGATGTTTCCATTTTAAAGGG
*
86611 GTGC-TCGATGCACTTCCTGTGCATCGATACACA
1 GTGCATCGATGCAC-TCCTATGCATCGATACACA
86644 CTGAACAATT
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 9, Indels: 11
0.81 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
62 1 0.01
63 22 0.26
64 12 0.14
65 28 0.33
66 19 0.23
67 2 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.25, G:0.20, T:0.31
Consensus pattern (62 bp):
GTGCATCGATGCACTCCTATGCATCGATACACAAATGCACTCGATGTTTCCATTTTAAAGGG
Done.