genome.fa.s8921.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008921.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112225_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  578760

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5--18978	7	2748.3	7	96	3	34943	42	43	0	14	1.45
18975--19063	13	6.5	13	77	12	70	11	79	7	1	0.98
18995--19182	7	27.1	7	88	7	116	24	61	13	0	1.35
18982--19063	20	4.2	20	81	9	89	10	79	8	1	1.00
18978--19070	44	2.1	44	81	0	105	11	78	8	1	1.01
18985--19105	37	3.1	37	80	5	107	17	71	10	0	1.19
18976--19012	1	37.0	1	91	0	56	2	94	0	2	0.36
18975--19049	24	3.2	24	80	15	86	9	82	6	1	0.89
19009--19224	21	10.6	20	83	8	181	26	58	13	0	1.42
19041--19186	7	21.5	6	89	8	121	28	56	14	0	1.38
19196--19225	7	4.3	7	91	0	51	30	53	16	0	1.44
19026--19225	14	14.5	14	80	11	209	28	56	14	1	1.45
21452--21609	64	2.5	63	81	6	176	35	19	18	25	1.95
22095--22130	14	2.4	16	82	17	51	41	5	13	38	1.68
22264--22358	31	3.1	31	80	3	111	26	17	21	34	1.95
25710--25768	17	3.4	17	88	4	91	45	37	0	16	1.48
25712--25757	9	5.2	9	78	5	58	43	39	0	17	1.49
25710--25785	35	2.2	35	87	0	107	46	38	1	14	1.53
29181--29337	62	2.5	63	83	7	187	34	19	20	25	1.96
29826--29861	17	2.0	19	89	10	58	44	5	11	38	1.63
29995--30102	31	3.5	31	79	3	103	24	18	22	35	1.96
30017--30123	31	3.5	30	79	6	90	24	18	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33442--33500	17	3.4	17	88	4	91	45	37	0	16	1.48
33444--33489	9	5.2	9	78	5	58	43	39	0	17	1.49
33442--33517	35	2.2	35	88	4	109	47	38	0	14	1.44
42281--42346	23	2.9	23	90	0	105	25	21	31	21	1.98
42365--42685	103	3.1	103	96	0	597	37	24	12	25	1.91
49336--49388	23	2.3	23	80	0	70	26	22	32	18	1.97
49407--49717	103	3.0	103	96	0	568	37	23	12	26	1.91
50250--50292	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
53123--53155	14	2.4	14	100	0	66	21	21	30	27	1.98
66115--66208	30	3.1	30	83	3	100	34	28	20	17	1.95
66169--66263	31	3.1	31	80	3	111	34	21	17	26	1.95
67285--67445	64	2.5	63	86	8	209	26	20	18	34	1.96
68462--68657	102	1.9	99	87	7	279	45	13	6	34	1.69
69171--69212	17	2.5	17	84	7	59	26	28	26	19	1.98
72253--72281	12	2.4	12	100	0	58	41	6	27	24	1.80
76995--77048	22	2.5	23	84	6	60	31	0	1	66	1.02
77010--77060	22	2.2	24	89	6	79	29	0	1	68	1.00
80109--80194	38	2.2	38	80	10	95	77	0	12	9	0.98
80127--80201	8	9.8	8	78	5	66	81	0	8	10	0.88
80171--80201	15	2.1	15	100	0	62	87	0	0	12	0.55
80195--80224	13	2.2	13	94	5	51	70	0	26	3	1.03
80130--80215	38	2.2	39	76	21	92	77	0	12	9	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82258--82425	42	4.0	42	91	0	255	29	17	29	23	1.97
82457--82569	42	2.7	42	83	6	142	26	21	23	29	1.99
82506--82569	20	3.2	20	71	4	56	28	23	20	28	1.99
82999--83157	36	4.4	36	81	4	178	25	18	15	40	1.90
83017--83155	71	1.9	72	89	1	217	23	20	15	41	1.90
83037--83278	75	3.3	75	77	9	205	28	20	12	38	1.89
83622--83865	134	1.8	133	88	2	373	30	22	19	27	1.98
83842--83888	23	2.0	23	95	0	85	42	17	23	17	1.88
91520--91670	45	3.4	45	84	1	205	13	25	18	41	1.88
93306--93358	26	2.0	26	100	0	106	26	11	7	54	1.62
93479--93602	10	11.9	10	67	21	60	72	0	8	17	1.14
93531--93603	25	2.7	26	83	12	78	75	0	6	17	1.02
93654--93696	15	3.1	13	81	15	50	76	0	0	23	0.78
93658--93690	10	3.5	10	92	8	52	75	0	0	24	0.80
94944--95012	2	36.5	2	83	11	92	50	0	1	47	1.09
95793--95854	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
95801--95882	20	3.9	22	88	6	75	45	4	3	46	1.42
96715--96752	19	2.0	19	100	0	76	26	31	31	10	1.90
97809--98631	84	9.8	84	84	1	1004	24	19	24	31	1.98
119874--119963	39	2.3	39	88	5	137	31	21	26	21	1.98
126696--126748	22	2.3	23	81	12	65	43	5	0	50	1.25
127516--127548	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127548--127639	2	46.0	2	100	0	184	50	0	50	0	1.00
128624--128711	35	2.5	36	92	1	151	17	25	19	38	1.92
136819--136861	10	4.3	10	87	0	59	2	11	2	83	0.83
137142--137208	34	1.9	34	85	14	93	19	13	19	47	1.82
138729--138785	25	2.3	25	93	0	96	33	10	35	21	1.87
140553--140612	22	2.6	22	86	5	75	26	16	26	30	1.97
140573--140630	22	2.6	22	86	0	71	27	17	25	29	1.97
141194--141234	19	2.2	19	100	0	82	58	0	31	9	1.31
144505--144571	34	1.9	34	82	14	84	20	13	19	46	1.83
145526--145561	18	2.0	18	100	0	72	38	5	27	27	1.79
145870--146082	113	1.9	113	98	0	408	27	25	14	31	1.95
150351--150832	182	2.7	182	90	1	727	41	12	18	27	1.86
150864--151342	197	2.4	197	81	6	524	38	12	15	33	1.85
151337--151500	87	1.9	87	96	0	301	31	15	12	40	1.84
151421--151465	23	2.0	23	90	0	72	35	22	8	33	1.85
164812--165204	139	2.8	139	91	1	628	25	21	17	35	1.95
165805--165993	55	3.5	55	82	7	219	41	13	11	33	1.80
167320--167352	17	1.9	17	88	11	50	15	12	24	48	1.78
167948--168039	9	10.8	9	70	20	56	2	17	1	79	0.89
167942--168032	29	3.1	30	86	10	109	3	16	1	79	0.93
167950--168057	34	3.5	31	83	15	127	2	14	2	79	0.96
167945--168039	40	2.4	40	81	10	115	3	16	1	78	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167947--168059	17	6.9	17	72	19	71	2	15	3	78	0.99
167957--168057	31	3.2	30	83	12	98	2	13	2	80	0.95
184464--184503	3	13.0	3	89	5	53	37	0	0	62	0.95
196276--196416	64	2.2	63	82	7	169	31	18	24	25	1.97
196404--196461	20	2.7	20	84	10	71	31	18	22	27	1.97
207683--207735	21	2.5	21	93	0	97	49	11	18	20	1.78
211850--211903	27	2.0	27	96	0	99	27	18	20	33	1.96
212157--212408	89	2.8	89	96	0	459	27	17	14	41	1.87
212902--213016	33	3.5	33	84	0	158	25	6	46	20	1.75
213025--213077	21	2.5	21	93	0	88	28	7	50	13	1.68
221549--221613	29	2.2	29	91	0	112	38	21	12	27	1.89
229935--230188	43	5.9	41	75	11	199	51	7	15	25	1.69
229935--230160	85	2.6	84	81	7	242	50	6	16	25	1.69
230125--230233	44	2.4	45	86	7	143	59	6	6	27	1.47
230345--230381	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
231840--231867	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
233108--233147	17	2.2	19	86	8	57	70	2	0	27	1.01
233108--233150	20	2.4	17	84	11	50	69	2	0	27	1.00
258626--258700	36	2.1	36	100	0	150	30	5	29	34	1.80
264101--264141	16	2.6	16	88	3	57	34	21	7	36	1.82
278401--278444	23	1.9	23	90	9	72	65	6	2	25	1.28
279344--279402	18	3.2	18	73	21	68	25	8	11	54	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279354--279415	21	3.2	21	73	21	80	29	11	9	50	1.70
279335--279415	37	2.2	37	97	2	155	28	11	9	50	1.70
279339--279396	16	3.3	16	74	21	62	27	10	12	50	1.72
283355--283403	18	2.7	18	96	0	89	34	10	28	26	1.89
291359--291403	17	2.6	18	92	3	74	40	8	22	28	1.84
291976--292048	38	1.9	38	94	2	130	39	35	10	13	1.80
298371--298408	17	2.2	17	100	0	76	23	10	34	31	1.89
302523--302731	42	4.9	42	83	2	258	32	20	23	24	1.98
303707--303890	80	2.3	80	84	3	228	33	19	15	32	1.93
303739--303921	80	2.3	80	79	2	197	32	20	15	30	1.94

Tables:   1   2   3