genome.fa.s8922.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008922.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112226_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  568381

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
563--598	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
705--757	14	3.4	14	77	22	61	47	20	20	11	1.81
686--763	33	2.4	33	88	0	111	41	21	23	14	1.89
715--751	19	1.9	19	88	0	56	51	16	21	10	1.74
763--820	20	2.9	20	94	0	98	15	20	24	39	1.91
1874--1927	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
2102--2126	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
4413--4510	19	5.7	19	69	22	90	43	19	24	12	1.85
4413--4506	33	2.8	33	98	0	179	43	19	24	12	1.85
4506--4548	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
4534--4567	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
4689--4725	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
6081--6203	42	2.9	42	80	9	117	22	17	36	23	1.94
8205--8268	20	3.2	20	76	8	58	46	17	23	12	1.81
8230--8326	33	2.9	33	87	1	131	40	23	24	11	1.88
8327--8374	20	2.5	20	79	3	62	10	16	25	47	1.78
8889--8941	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
8951--9004	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
8890--9007	62	1.9	62	85	0	164	23	17	24	33	1.96
9075--9115	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
15570--15603	9	3.9	9	88	3	52	52	0	0	47	1.00
21477--21520	18	2.4	20	78	21	60	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36907--37210	161	1.9	162	85	10	424	45	10	11	32	1.75
47001--47140	46	3.0	46	97	0	262	43	10	12	32	1.78
48554--48598	25	1.9	22	82	13	54	48	2	2	46	1.26
52569--52605	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
58248--58646	79	5.0	81	76	7	311	25	13	20	41	1.87
60242--60267	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
62646--62735	45	2.0	44	87	6	128	42	13	20	24	1.87
62766--62792	12	2.2	12	100	0	54	74	0	0	25	0.83
67509--67730	42	5.2	41	73	12	144	49	5	18	27	1.69
82414--82454	21	2.0	21	90	0	64	17	21	17	43	1.87
82486--82580	20	4.8	20	88	0	100	28	27	21	23	1.99
82487--82580	40	2.3	40	88	0	143	27	27	21	23	1.99
83229--83269	20	2.0	20	90	0	64	12	14	14	58	1.63
83233--83276	20	2.2	20	83	0	52	13	13	15	56	1.67
87057--87089	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
93544--93598	26	2.1	26	100	0	110	41	14	25	18	1.88
94445--94498	2	28.5	2	89	10	87	50	0	0	50	1.00
94445--94498	17	2.9	19	89	10	94	50	0	0	50	1.00
94498--94533	2	19.0	2	88	11	58	47	0	52	0	1.00
95828--95907	3	26.3	3	93	5	135	66	1	0	32	1.00
96480--96520	20	2.2	17	87	12	55	53	2	2	41	1.27
99454--99491	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104610--104684	32	2.3	34	84	11	95	30	0	5	64	1.16
104855--104908	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
106412--106459	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
106463--106556	21	4.5	21	90	5	136	18	35	26	20	1.95
107079--107176	34	2.9	34	89	0	142	55	4	4	36	1.38
107565--108317	128	5.9	128	94	1	1257	33	18	24	23	1.97
107565--108317	255	3.0	255	94	1	1273	33	18	24	23	1.97
112873--112945	20	3.6	19	77	17	67	56	2	1	39	1.22
122954--123132	60	3.0	60	81	5	184	34	20	12	31	1.91
125038--125162	51	2.5	51	88	3	173	14	36	32	17	1.90
125222--125262	10	4.1	10	84	12	57	31	31	0	36	1.58
125387--125607	110	2.0	111	90	0	354	36	9	8	45	1.67
126794--126828	15	2.4	15	95	4	63	37	25	31	5	1.80
130486--130600	48	2.3	48	78	14	119	20	32	30	17	1.95
131216--131256	3	13.7	3	85	10	57	65	0	34	0	0.93
131216--131256	12	3.4	12	89	0	64	65	0	34	0	0.93
135557--135596	16	2.6	15	80	4	53	70	0	2	27	1.01
139989--140055	35	1.9	35	90	0	107	25	4	19	50	1.66
149430--149458	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
153048--153124	33	2.3	32	82	8	93	46	33	7	11	1.69
153056--153124	32	2.1	31	84	12	86	46	33	7	13	1.70
155051--155077	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159174--159402	123	1.9	123	96	0	422	37	16	17	27	1.91
160779--160825	22	2.1	23	92	4	78	21	8	8	61	1.51
161927--161990	33	1.9	33	93	6	112	23	39	12	25	1.90
162087--162163	29	2.7	29	91	0	127	20	25	35	18	1.95
164002--164053	25	2.1	25	86	13	72	40	7	5	46	1.57
169910--169951	3	14.7	3	85	9	61	33	0	2	64	1.07
169910--169951	11	3.7	12	87	9	61	33	0	2	64	1.07
172855--172921	16	4.3	16	90	3	93	10	11	19	58	1.62
172983--173015	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
174077--174133	20	2.8	21	94	5	98	43	0	15	40	1.47
187779--187809	15	2.1	15	100	0	62	25	35	0	38	1.56
189078--189143	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
190737--192420	849	2.0	839	96	2	3030	37	13	18	29	1.90
192557--192615	30	2.0	29	90	3	91	42	1	1	54	1.20
197296--197366	26	2.7	26	93	4	117	22	32	25	19	1.98
197306--197355	16	3.5	16	70	30	58	24	34	22	20	1.97
198065--198126	28	2.2	29	82	2	72	29	4	22	43	1.74
199093--199150	21	2.8	21	83	0	80	17	8	29	44	1.78
199398--199458	29	2.1	30	84	3	79	37	4	22	34	1.76
201293--201354	33	1.9	32	83	9	81	32	14	30	22	1.94
202856--202916	20	3.0	20	92	0	104	19	37	29	13	1.90
205053--205086	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206579--206616	17	2.2	18	90	4	60	15	18	5	60	1.53
211190--211241	27	1.9	27	84	7	70	40	0	3	55	1.18
219351--219471	60	2.0	60	80	0	134	33	19	3	43	1.68
220255--220305	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
220255--220509	20	12.6	20	76	6	120	38	19	22	19	1.93
220359--220507	40	3.7	40	81	2	172	34	16	25	22	1.95
220359--220507	60	2.4	60	78	3	172	34	16	25	22	1.95
220496--220539	20	2.2	20	91	0	70	54	15	18	11	1.70
221335--221383	6	8.5	6	97	2	84	0	16	53	30	1.43
221461--221504	20	2.2	20	91	0	70	11	18	15	54	1.70
221491--221768	20	13.6	20	75	8	130	18	23	19	38	1.93
221493--221623	40	3.2	40	81	5	172	18	27	18	35	1.94
221506--221664	63	2.6	63	85	3	207	20	27	18	34	1.95
225345--225705	92	3.9	92	84	2	438	30	18	11	40	1.85
225345--225686	183	1.9	183	85	1	470	30	18	11	40	1.85
225345--225694	46	7.6	46	83	1	398	30	18	10	40	1.85
226486--226529	21	2.2	20	84	8	54	45	20	4	29	1.71
228635--228669	18	1.9	18	94	0	61	14	11	20	54	1.70
228637--228676	18	2.2	18	86	0	53	12	17	15	55	1.70
240166--240217	24	2.1	26	89	7	81	15	13	17	53	1.72
247024--247064	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
247180--247304	51	2.5	51	93	0	205	20	29	4	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248232--248281	20	2.5	20	83	0	64	28	32	12	28	1.92
248289--248339	21	2.5	21	83	3	68	29	19	15	35	1.93
248330--248414	20	4.2	20	90	0	134	38	23	17	20	1.93
248330--248414	40	2.1	40	95	0	152	38	23	17	20	1.93
248542--248592	22	2.3	22	79	0	57	25	39	9	25	1.86
250616--250665	21	2.4	21	93	0	91	16	16	34	34	1.90
250888--250929	4	10.5	4	89	0	66	28	0	0	71	0.86
251099--251130	15	2.1	15	94	0	55	21	28	28	21	1.99
252579--252618	14	2.9	14	80	0	53	30	0	17	52	1.45
253132--253167	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55

Tables:   1   2   3