genome.fa.s903.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000903.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001777_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  256859

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794--923	65	2.0	68	84	13	175	49	2	1	46	1.23
1748--2046	142	2.1	142	82	8	360	35	20	19	25	1.96
4551--5047	74	6.7	74	81	2	555	41	12	12	34	1.81
4580--5048	149	3.2	148	81	6	538	40	12	12	34	1.80
6319--6463	45	3.2	45	90	1	218	31	23	6	38	1.81
6376--6449	25	3.2	24	63	24	59	31	22	8	37	1.84
7509--7601	20	5.0	20	67	15	65	35	5	15	44	1.69
7492--7607	53	2.2	51	92	5	205	31	6	14	47	1.71
12578--12669	20	4.9	20	70	15	81	32	5	17	44	1.71
12561--12676	53	2.2	51	93	3	196	27	6	17	48	1.72
13591--13763	90	1.9	89	91	1	283	45	6	10	36	1.67
19745--19786	16	2.6	16	92	0	66	40	7	26	26	1.81
24455--24528	16	4.6	16	87	0	103	41	5	25	27	1.77
24455--24528	32	2.3	32	90	0	121	41	5	25	27	1.77
26310--26385	28	2.9	25	71	28	68	43	1	5	50	1.33
26362--26404	16	2.6	16	85	3	50	46	0	2	51	1.13
26969--27013	20	2.3	20	80	3	56	48	2	2	46	1.26
40447--40489	20	2.2	20	86	0	59	58	18	4	18	1.56
47113--47152	21	1.9	21	85	10	55	57	5	5	32	1.42
47735--47844	47	2.4	45	83	7	141	34	22	5	37	1.78
47841--47883	20	2.2	20	82	0	50	58	16	4	20	1.56
60302--60368	21	3.5	20	71	23	63	53	1	1	43	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65149--65181	14	2.4	14	90	10	50	21	3	36	39	1.69
66645--66697	24	2.3	21	76	17	52	43	0	1	54	1.11
66800--66981	21	8.9	20	79	8	145	34	20	20	24	1.97
66845--66992	20	7.3	20	76	17	137	35	19	20	24	1.95
66828--66992	61	2.7	62	85	6	237	35	20	20	24	1.96
67162--67221	5	11.6	5	94	1	66	30	50	20	0	1.49
67160--67226	15	4.3	15	82	3	80	31	47	20	0	1.51
67763--68022	21	12.2	22	70	14	163	38	21	18	21	1.94
67749--68016	42	6.3	42	87	1	374	38	21	18	21	1.93
68507--68617	50	2.2	50	83	0	132	17	34	27	21	1.95
68911--69230	111	2.9	111	97	0	595	35	8	10	45	1.70
72272--72309	12	3.3	12	78	14	53	31	5	52	10	1.58
77755--77795	12	3.5	12	83	6	57	31	0	7	60	1.24
79762--79997	113	2.1	113	87	0	337	41	10	11	37	1.74
79830--79925	48	2.0	50	83	4	124	43	9	12	34	1.75
87638--87696	31	1.9	31	85	0	82	33	16	22	27	1.95
92070--92122	26	2.1	25	82	10	63	50	1	5	41	1.36
101379--101450	2	38.5	2	79	18	66	54	1	0	44	1.08
102116--103636	785	1.9	786	86	3	2146	26	25	17	30	1.97
104431--104489	27	2.1	28	84	3	75	49	20	10	20	1.77
108486--108557	36	2.0	36	100	0	144	27	27	13	30	1.94
108827--109614	182	4.3	182	91	0	1204	43	13	15	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109442--109958	162	3.1	161	81	7	545	42	14	16	25	1.87
109604--110205	180	3.3	181	87	3	897	42	14	17	26	1.87
111081--111816	201	3.7	200	92	2	1201	37	15	14	32	1.88
114645--114697	24	2.2	24	86	0	70	35	7	9	47	1.64
114655--114698	18	2.4	18	80	0	61	36	11	4	47	1.60
115930--116878	193	4.9	195	85	6	1204	37	13	16	32	1.88
120900--121218	176	1.8	178	92	1	543	39	13	15	31	1.86
121044--121545	199	2.5	200	86	4	691	38	15	14	31	1.88
121593--121755	87	1.9	87	93	0	281	32	13	11	42	1.80
121677--121721	23	2.0	23	86	0	63	37	11	8	42	1.72
145447--146821	685	2.0	684	96	0	2536	36	19	19	24	1.94
149056--150320	679	1.9	672	92	4	2127	37	19	19	24	1.94
175395--175438	20	2.3	19	81	14	54	59	0	0	40	0.98
176764--176824	18	3.3	18	90	2	95	8	34	14	42	1.76
178499--178558	31	1.9	31	86	0	84	30	16	21	31	1.96
181129--181159	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
188508--188554	19	2.5	19	85	0	58	53	17	8	21	1.70
194072--194111	3	13.3	3	100	0	80	32	0	67	0	0.91
194082--194134	18	2.9	18	86	5	63	43	0	56	0	0.99
195250--195307	2	29.5	2	96	3	109	50	0	0	50	1.00
197024--197283	126	2.0	129	97	2	490	32	15	18	33	1.92
198163--198197	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206439--206560	59	2.0	59	83	13	151	50	1	4	42	1.33
206526--206560	17	2.1	17	100	0	70	48	0	0	51	1.00
207300--207404	44	2.3	46	80	6	117	32	34	19	14	1.91
208049--208086	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
209536--209747	31	6.8	31	92	2	345	23	16	22	38	1.92
212757--212817	13	4.3	13	71	18	50	18	44	19	18	1.87
212739--212817	31	2.5	31	87	0	113	17	44	21	16	1.87
212738--212811	18	4.4	18	71	22	70	17	45	21	14	1.84
216769--216891	31	4.0	31	89	0	174	25	17	20	37	1.93
223481--223525	10	4.3	10	86	10	63	42	0	2	55	1.12
223480--223529	8	6.2	8	77	15	50	40	0	2	58	1.10
224027--224080	25	2.2	25	89	0	81	57	9	31	1	1.41
232960--233011	22	2.4	22	93	0	86	38	9	13	38	1.77
233557--233714	21	7.7	21	83	8	175	22	17	22	37	1.93
233569--233718	41	3.7	40	82	11	180	22	16	22	38	1.93
233557--233710	62	2.5	61	87	5	222	22	17	21	38	1.93
233954--234150	95	2.1	93	85	8	260	38	18	22	20	1.93
233977--234150	95	1.8	95	88	4	271	39	18	20	21	1.92
234465--234522	8	7.4	8	77	16	59	39	0	1	58	1.08
234475--234519	22	2.0	23	91	4	74	40	0	2	57	1.11
234466--234520	10	5.1	10	85	12	65	40	0	1	58	1.09
235014--235044	15	2.1	15	93	0	53	58	6	35	0	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236724--236809	45	1.9	45	85	0	118	32	29	13	24	1.94
242766--242809	21	2.1	21	91	8	72	36	20	15	27	1.93
243936--244027	29	3.2	28	87	6	114	41	5	1	52	1.32
243960--244043	28	3.1	27	85	9	77	44	2	0	53	1.13
243960--244062	29	3.6	28	77	13	93	41	2	0	54	1.22
244093--244389	29	10.3	29	79	7	291	50	1	8	39	1.40
244105--244363	59	4.5	59	79	10	268	51	0	8	39	1.36
246346--246403	2	29.5	2	96	3	109	50	0	0	50	1.00
249465--249557	35	2.7	33	80	16	109	58	8	7	25	1.55
249539--249599	24	2.8	21	73	22	61	63	16	4	14	1.46
249543--249591	24	2.0	25	92	4	82	63	16	4	16	1.46
251256--251326	29	2.5	30	82	13	96	63	2	1	32	1.18
251293--251326	17	1.9	18	88	5	52	64	5	0	29	1.17
253689--253751	30	2.0	32	85	11	87	44	0	1	53	1.10

Tables:   1

The End!