genome.fa.s9047.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009047.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112458_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  186478

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244--269	13	2.0	13	100	0	52	15	30	15	38	1.88
272--323	21	2.5	21	81	3	61	40	17	21	21	1.91
272--359	20	4.3	21	71	9	74	39	18	19	22	1.92
295--413	41	2.9	41	86	5	152	36	21	19	21	1.95
312--465	20	7.7	20	72	8	89	33	24	17	24	1.96
309--482	41	4.4	40	76	7	142	34	23	17	24	1.96
352--476	38	3.2	38	78	12	119	33	25	16	24	1.95
646--688	22	2.0	22	95	0	77	20	44	16	18	1.87
966--1008	20	2.2	20	91	0	68	11	18	16	53	1.72
2286--2332	17	2.7	18	90	3	78	27	44	12	14	1.82
2873--2917	20	2.3	20	84	3	65	37	20	24	17	1.93
2901--2997	19	5.6	19	68	22	79	46	21	19	12	1.83
2901--2992	33	2.8	33	89	0	139	47	21	18	11	1.80
3034--3108	20	3.8	19	78	13	80	18	24	20	37	1.94
3444--3489	20	2.3	20	92	0	74	36	30	23	8	1.85
3492--3581	41	2.2	42	81	2	110	23	38	14	23	1.91
3521--3611	41	2.2	42	82	2	103	24	37	17	20	1.94
4981--5019	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
5156--5223	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
5250--5297	20	2.4	20	96	0	87	14	20	27	37	1.92
5511--5602	20	4.6	20	73	2	76	20	18	21	39	1.93
5587--5638	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6423--6476	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
6651--6675	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
8967--9058	19	5.4	19	66	24	78	44	19	20	15	1.86
8967--9078	33	3.4	33	86	9	174	42	19	23	14	1.88
9073--9149	19	4.3	19	71	15	65	15	19	19	45	1.85
9086--9149	33	1.9	33	93	6	112	12	21	20	45	1.84
10967--11151	91	2.0	91	89	8	286	47	17	11	22	1.80
12838--12945	20	5.8	19	73	14	91	46	18	22	12	1.83
12863--12928	33	2.0	34	84	3	89	42	21	24	12	1.86
12838--12950	19	6.1	19	75	13	101	45	18	23	13	1.84
12946--12992	19	2.5	19	92	0	76	8	14	25	51	1.71
13510--13581	20	3.5	20	83	5	74	20	20	22	36	1.96
13571--13746	21	8.5	21	69	11	78	33	18	20	27	1.96
13571--13746	41	4.3	41	68	9	115	33	18	20	27	1.96
13550--13766	103	2.1	103	82	6	262	30	19	20	29	1.97
20179--20438	129	2.0	130	96	0	477	24	17	18	39	1.92
26001--26044	21	2.1	21	86	0	61	47	18	2	31	1.61
30081--30197	51	2.2	52	80	11	123	60	5	5	28	1.42
30747--30775	13	2.2	13	100	0	58	6	62	31	0	1.22
31488--31599	3	37.7	3	82	8	140	60	1	0	37	1.07
31726--32445	76	9.5	76	95	1	1250	36	19	21	22	1.95
35545--35726	83	2.2	83	96	0	337	35	21	13	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44091--44119	13	2.2	13	100	0	58	6	62	31	0	1.22
44833--44944	3	37.7	3	82	8	140	60	1	0	37	1.07
49548--52103	239	10.7	240	94	1	4413	39	9	12	39	1.75
49548--52103	721	3.6	713	96	1	4467	39	9	12	39	1.75
52339--52433	41	2.3	41	94	0	163	18	16	25	38	1.92
52362--52426	19	3.3	19	69	12	58	18	20	23	38	1.93
52340--52411	22	3.4	22	71	11	78	18	18	26	37	1.93
53140--53225	21	4.2	21	70	4	77	34	24	16	24	1.95
57027--57063	20	1.9	19	89	10	58	18	16	10	54	1.71
59831--59885	24	2.3	23	81	6	56	50	5	1	41	1.36
65739--65799	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91
66607--66795	97	1.9	98	94	1	335	32	11	19	36	1.88
66622--66820	97	2.1	97	83	5	251	36	11	17	34	1.86
67144--67185	21	2.0	21	85	0	57	28	9	9	52	1.65
69711--70217	55	9.3	55	85	5	466	31	25	16	27	1.96
69711--70196	110	4.4	110	85	5	590	30	25	16	27	1.96
69711--70202	221	2.2	221	85	5	658	30	25	16	27	1.97
71446--71531	45	1.9	45	85	4	120	12	29	19	38	1.89
71543--71605	14	4.3	14	73	16	56	6	17	1	74	1.10
71540--71615	27	2.8	26	77	12	73	5	15	1	77	1.01
71618--71652	16	2.3	16	90	9	56	11	17	0	71	1.14
71592--71710	27	4.8	25	72	15	79	9	15	0	73	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71540--71696	54	2.9	55	79	11	157	8	17	1	73	1.14
71685--71727	10	4.6	9	85	2	50	6	11	0	81	0.87
71681--71727	18	2.7	18	78	21	55	8	10	0	80	0.89
79814--79906	46	2.0	47	89	2	143	39	21	8	30	1.83
85012--85075	20	3.2	20	81	0	83	42	20	18	18	1.90
85059--85102	20	2.2	20	91	0	70	34	15	25	25	1.95
85095--85135	20	2.0	20	95	0	73	26	17	17	39	1.91
85114--85249	57	2.4	58	90	2	222	29	14	18	37	1.91
85154--85387	77	3.0	77	82	7	321	30	13	19	36	1.90
85230--85269	20	2.0	20	90	0	62	30	12	17	40	1.86
85288--85333	20	2.3	20	96	0	83	34	15	19	30	1.93
85439--85479	20	2.0	20	95	0	73	41	19	14	24	1.89
85516--85556	20	2.0	20	90	0	64	39	19	14	26	1.90
85399--85611	77	2.8	77	95	0	381	37	19	14	28	1.91
85613--85660	20	2.4	20	92	0	87	16	18	20	43	1.88
85399--85649	77	3.3	76	81	7	276	34	20	15	29	1.93
91271--91568	150	2.0	149	84	4	386	43	6	10	39	1.65
101697--101731	18	1.9	18	94	0	61	31	22	20	25	1.98
102074--102113	21	1.9	21	94	0	71	32	20	35	12	1.90
102235--102335	54	2.0	49	82	9	121	25	4	5	63	1.38
124181--124251	36	2.0	36	97	0	133	16	19	26	36	1.94
125190--125478	36	8.0	36	84	7	334	29	23	28	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125190--125478	69	4.0	72	82	5	334	29	23	28	19	1.98
125190--125452	105	2.4	108	86	5	343	30	23	28	17	1.97
130063--130173	57	1.9	57	98	0	213	30	3	22	43	1.70
136397--136440	2	22.5	2	90	4	72	47	0	2	50	1.13
138144--138192	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
138821--138877	30	1.9	30	82	7	71	31	31	8	28	1.87
147062--147138	37	2.1	37	85	4	102	48	1	3	46	1.28
147282--147342	18	3.3	18	86	4	68	24	27	8	39	1.84
150848--150905	27	2.1	27	90	0	89	29	17	18	34	1.94
150848--150916	27	2.6	28	82	13	85	34	17	18	28	1.94
152887--153051	82	2.0	82	98	0	321	46	17	14	21	1.83
157806--157839	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
161566--161629	27	2.4	26	84	7	92	45	0	0	54	0.99
167018--167049	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
174344--174376	13	2.5	13	95	0	57	81	0	18	0	0.68
174341--174378	7	5.4	7	84	9	51	78	0	21	0	0.74
175687--175985	83	3.6	83	92	2	507	26	12	22	39	1.89
175687--175985	163	1.8	166	93	3	525	26	12	22	39	1.89
175941--176253	116	2.7	116	89	4	478	33	13	21	31	1.92
176929--178040	343	3.3	342	94	2	1897	37	14	19	28	1.91
176929--178040	113	9.8	112	89	4	1655	37	14	19	28	1.91
178017--178077	17	3.6	17	72	16	63	49	8	18	24	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177983--178074	34	2.6	36	91	5	152	50	9	19	20	1.76
177869--178178	139	2.2	148	83	8	426	41	14	18	25	1.88
177759--178272	255	2.0	260	81	9	608	40	15	18	25	1.90
178418--178481	27	2.4	27	87	7	94	46	0	0	53	1.00
178894--178924	13	2.4	13	94	0	53	74	16	9	0	1.07
179825--179868	23	1.9	23	86	9	63	38	0	0	61	0.96
183899--183949	25	2.2	23	80	16	61	31	0	7	60	1.25
185109--185137	13	2.1	14	93	6	51	68	3	6	20	1.27
185159--185220	13	4.8	13	78	7	63	75	0	11	12	1.04
185159--185220	26	2.4	25	82	15	81	75	0	11	12	1.04

Tables:   1   2