genome.fa.s9076.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009076.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112509_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109738

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 108 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1630--1690	14	4.4	14	82	15	65	32	0	0	67	0.91
1625--1671	22	2.1	22	85	14	62	31	0	0	68	0.90
1681--1741	27	2.2	27	85	2	77	42	0	3	54	1.17
1849--2109	135	1.9	134	82	11	320	40	6	6	47	1.54
2604--2667	24	2.7	24	79	11	69	29	4	1	64	1.23
2559--2646	30	3.0	30	71	14	76	31	6	0	61	1.22
3115--3148	17	2.0	17	94	0	59	14	0	2	82	0.79
10615--10774	75	2.1	75	87	0	221	30	14	21	33	1.93
12098--12150	22	2.4	22	90	0	79	37	16	15	30	1.90
12510--12962	112	4.0	112	88	6	605	37	15	19	26	1.92
12744--13043	123	2.4	123	85	4	410	41	15	19	24	1.90
12886--12949	20	3.2	20	67	20	62	40	9	23	26	1.85
13271--13310	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
15692--15909	116	1.9	114	89	3	339	26	20	17	35	1.95
15822--16274	91	5.0	91	91	2	714	23	22	16	36	1.94
16532--16857	36	9.4	36	75	12	288	37	14	21	26	1.92
16567--16824	65	3.8	65	78	9	284	39	14	19	26	1.90
16530--16722	101	1.9	102	83	3	255	37	14	21	26	1.92
16683--16741	20	3.2	20	68	26	65	45	16	18	18	1.85
16534--16854	137	2.3	138	88	3	475	38	14	20	26	1.92
16532--16857	65	4.7	71	74	13	277	37	14	21	26	1.92
16829--16878	21	2.4	21	89	0	73	38	8	26	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16691--17014	159	2.0	159	87	0	468	40	12	19	27	1.87
16792--16902	57	1.9	58	85	1	152	41	11	20	26	1.87
16798--16914	57	2.0	58	83	1	146	40	11	22	26	1.87
17003--17073	34	2.1	34	82	10	83	33	11	8	46	1.70
17037--17219	101	1.8	102	82	5	237	40	13	15	30	1.86
17446--17485	20	2.0	20	95	0	71	30	27	25	17	1.97
18473--18564	13	6.3	14	72	20	73	2	14	5	78	1.02
18466--18568	31	3.5	28	75	18	86	1	15	5	76	1.06
18488--18578	41	2.2	40	81	14	98	2	14	4	79	0.99
18741--18789	25	2.0	25	83	0	62	24	14	16	44	1.84
20336--20526	30	6.4	30	76	10	176	20	12	9	57	1.63
20380--20429	14	3.3	15	71	18	50	16	8	10	66	1.44
20336--20489	60	2.6	60	88	6	231	18	11	10	59	1.59
20330--20525	90	2.2	90	81	8	238	20	12	9	57	1.63
20329--20517	60	3.2	60	80	8	197	20	11	10	58	1.61
20799--20829	5	6.2	5	92	0	53	22	0	0	77	0.77
23146--23260	20	5.7	20	82	8	115	31	25	19	24	1.98
23143--23260	62	1.9	61	85	1	164	33	24	18	23	1.97
23778--23825	19	2.5	19	77	12	53	45	27	16	10	1.80
23821--23999	19	10.1	19	71	19	136	12	24	20	43	1.85
23821--23933	52	2.2	52	93	0	190	11	23	21	43	1.85
23887--23974	33	2.6	33	98	1	167	11	26	22	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23895--23950	14	3.6	14	74	21	58	10	25	25	39	1.87
24063--24117	25	2.2	26	80	9	69	18	7	20	54	1.66
26097--26294	42	4.7	42	79	2	184	23	36	17	22	1.95
26228--26294	21	3.2	21	64	6	55	25	35	19	19	1.95
26089--26260	84	2.0	84	96	0	317	22	36	16	23	1.94
26089--26294	84	2.5	84	89	1	288	23	35	17	23	1.95
27651--27686	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
27793--27839	19	2.5	19	96	0	85	44	21	21	12	1.85
27868--27994	33	3.9	32	81	8	157	17	22	17	43	1.88
27860--27989	66	2.0	66	93	0	224	18	21	16	43	1.88
30287--30311	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
30486--30539	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
31325--31376	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
31361--31452	20	4.6	20	73	2	76	39	21	18	20	1.93
31666--31733	20	3.4	20	72	8	75	39	23	20	16	1.91
31760--31827	19	3.8	19	85	12	92	13	19	17	50	1.78
31822--31859	20	1.9	20	88	0	58	18	18	23	39	1.92
31964--32000	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
33399--33496	21	4.8	20	70	10	72	19	18	40	21	1.91
33869--33936	20	3.5	20	78	9	68	39	22	22	16	1.92
33925--34014	14	5.9	14	69	19	63	48	22	17	11	1.78
33909--34012	32	3.2	32	90	1	172	48	21	18	12	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33909--34030	65	1.9	65	86	6	176	46	22	18	11	1.81
34048--34105	14	3.9	14	75	16	62	12	17	22	48	1.80
34031--34121	32	2.8	33	91	3	157	13	18	20	47	1.82
34106--34149	20	2.2	20	88	4	63	18	25	20	36	1.95
34182--34373	99	1.9	99	100	0	384	52	16	11	19	1.74
34741--34785	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
36096--36154	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
36628--36741	20	5.7	20	84	6	122	23	19	25	31	1.98
36628--36744	61	1.9	61	87	0	171	23	18	24	33	1.97
36628--36762	61	2.2	61	82	2	164	22	20	24	32	1.98
47686--47732	18	2.7	18	93	3	78	31	8	31	27	1.87
53183--53209	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
53992--54049	17	3.4	17	69	21	57	36	10	8	44	1.69
54004--54065	21	3.3	21	62	29	57	37	11	6	45	1.66
53990--54078	35	2.5	35	100	0	178	37	12	8	41	1.74
54009--54067	18	3.3	18	69	21	61	37	10	6	45	1.65
54062--54237	68	2.6	68	85	0	235	39	7	13	39	1.72
54151--54226	39	1.9	39	89	0	116	40	6	11	40	1.68
62632--62699	3	22.7	3	87	0	91	58	0	1	39	1.07
62921--63393	116	4.1	115	84	4	598	30	18	13	38	1.89
62922--63393	230	2.1	230	95	0	838	29	18	13	38	1.89
64214--64594	83	4.6	83	98	0	717	37	23	14	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64702--65017	158	2.0	158	98	0	605	33	19	15	31	1.93
78571--78647	3	25.7	3	83	0	100	58	0	1	40	1.06
82281--82405	63	2.0	63	84	3	162	40	2	24	32	1.68
82246--82405	42	3.8	42	80	4	164	43	2	22	31	1.67
82240--82405	21	7.9	21	75	5	147	42	2	23	31	1.67
84017--84068	18	2.7	18	79	8	50	28	26	1	42	1.66
83993--84133	21	6.9	21	81	6	137	30	25	2	41	1.67
83993--84137	42	3.5	42	79	4	161	30	24	2	42	1.66
84000--84137	63	2.2	60	85	3	177	29	26	2	42	1.67
87009--87051	3	14.7	3	85	4	61	60	2	0	37	1.10
87188--87481	105	2.8	105	83	4	340	23	19	16	40	1.91
87409--87464	16	3.3	16	68	22	51	19	23	8	48	1.77
87401--87837	225	2.0	222	87	4	628	26	21	15	36	1.94
88699--88739	19	2.2	19	91	8	66	9	14	0	75	1.04
88718--88754	15	2.5	16	87	12	53	10	13	0	75	1.04
95861--96154	105	2.8	105	83	4	340	23	19	16	40	1.91
96082--96137	16	3.3	16	68	22	51	19	23	8	48	1.77
96074--96510	225	2.0	222	87	4	637	26	21	15	36	1.94
97371--97429	21	2.8	20	78	21	66	10	13	0	76	1.02
97391--97440	16	3.2	16	83	8	59	8	12	2	78	1.05

Tables:   1

The End!