genome.fa.s9085.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009085.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112529_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  220511

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130--2232	35	3.2	35	64	25	100	40	0	11	47	1.40
2067--2252	59	3.1	59	96	1	345	39	0	13	45	1.48
2187--2281	48	2.0	49	93	2	165	41	0	10	48	1.38
2288--2314	7	3.9	7	100	0	54	55	14	14	14	1.70
2310--2447	26	5.5	26	74	14	103	44	2	10	42	1.50
2320--2456	11	11.5	11	69	19	64	45	2	9	43	1.48
2444--2476	8	4.2	8	84	7	50	36	0	12	51	1.39
2310--2527	97	2.2	98	95	2	395	43	1	10	44	1.48
2381--2527	26	5.9	26	75	9	121	42	2	9	45	1.48
2478--2568	26	3.6	26	76	5	89	41	1	6	50	1.35
2392--2579	26	7.8	23	67	17	71	42	2	7	47	1.44
2666--2743	14	6.2	13	79	14	51	39	6	8	44	1.61
5061--5182	39	3.1	38	74	21	117	49	12	0	38	1.41
5309--5353	12	3.9	12	94	5	76	0	40	0	60	0.97
5522--5615	48	2.0	48	93	4	163	23	19	39	18	1.92
5661--5752	28	3.3	28	92	3	141	22	32	30	14	1.93
5740--5810	32	2.2	32	87	2	108	7	30	30	30	1.84
5825--5862	19	2.0	19	100	0	76	10	21	36	31	1.87
6779--6827	24	2.0	24	100	0	98	28	16	26	28	1.97
12927--12999	22	3.1	22	82	7	83	43	0	1	54	1.08
12939--12995	8	7.5	8	75	9	57	43	0	0	56	0.99
13113--13166	22	2.3	23	81	6	65	46	1	0	51	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13773--14045	43	6.3	43	77	8	236	52	7	15	24	1.68
13938--14046	42	2.5	46	82	12	115	55	7	11	26	1.61
14248--14367	46	2.6	46	90	0	186	44	7	7	40	1.61
16496--16554	30	2.0	30	93	0	100	30	22	11	35	1.90
16866--16892	3	9.0	3	100	0	54	33	33	33	0	1.58
20762--20801	20	2.0	20	85	0	53	35	7	12	45	1.70
26645--26875	95	2.4	95	90	2	358	36	9	15	37	1.81
26780--26953	74	2.5	71	80	7	194	36	9	14	39	1.79
26922--26975	26	2.0	27	92	3	92	33	11	16	38	1.84
26949--27116	74	2.4	71	85	7	211	35	8	17	39	1.80
26738--27403	168	3.9	169	80	13	778	36	9	15	38	1.79
27076--27231	79	2.0	79	88	5	235	39	9	15	35	1.80
27160--27382	91	2.4	93	92	3	369	35	9	15	39	1.80
27391--27422	17	1.9	17	93	6	57	53	3	0	43	1.16
27995--28024	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
28078--28123	19	2.4	19	82	10	58	69	2	0	28	1.00
28170--28273	38	2.7	38	76	20	117	48	0	14	37	1.44
29101--29125	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
30847--30893	24	2.0	24	87	4	69	17	6	0	76	0.98
30847--30922	22	3.3	23	75	13	68	18	5	2	73	1.14
33051--33095	19	2.3	19	84	3	54	53	0	6	40	1.27
33078--33154	30	2.6	29	78	10	75	55	0	6	37	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33232--33293	25	2.5	26	86	5	83	50	1	3	45	1.27
33232--33307	25	3.0	24	83	9	82	48	2	3	44	1.35
33232--33307	26	3.0	23	80	16	80	48	2	3	44	1.35
33922--33946	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
40420--40477	27	2.1	28	81	9	66	43	6	0	50	1.29
53290--53373	39	2.1	40	91	6	136	22	5	36	34	1.79
54700--54844	36	4.1	36	89	4	213	18	23	20	37	1.94
54700--54844	72	2.0	71	93	1	245	18	23	20	37	1.94
58298--58336	18	2.2	18	90	4	62	64	2	2	30	1.21
59067--59105	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
77342--77702	179	2.0	179	98	0	704	41	10	10	37	1.75
78279--78449	42	4.0	42	76	8	141	26	19	5	47	1.70
81292--81557	133	2.0	133	90	0	415	37	18	19	24	1.94
82269--82313	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
82818--82864	23	2.0	24	91	4	78	44	0	21	34	1.52
83139--83294	31	5.0	31	91	1	233	20	21	22	35	1.96
86588--86632	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
87137--87183	23	2.0	24	91	4	78	44	0	21	34	1.52
87139--87191	23	2.2	24	83	6	63	45	1	20	32	1.62
87454--87609	31	5.0	31	89	1	224	20	20	22	36	1.95
92181--92257	37	2.1	38	87	2	111	31	19	10	38	1.85
92268--92354	37	2.4	37	86	1	113	26	19	13	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92181--92631	102	4.4	102	83	5	505	31	19	10	38	1.86
92369--92457	36	2.5	36	94	0	151	30	20	11	38	1.87
92181--92961	101	7.6	101	78	11	565	30	19	11	39	1.86
92282--93107	137	6.1	130	74	12	436	30	19	10	39	1.86
92369--92757	173	2.2	173	86	2	550	29	19	10	40	1.86
92472--92627	36	4.3	36	85	3	172	29	20	9	40	1.84
92653--92755	35	2.9	35	92	4	170	29	18	12	39	1.87
92882--93001	36	3.5	36	76	10	124	27	20	10	40	1.86
92931--92993	32	2.0	32	93	0	108	22	22	11	44	1.84
92983--93059	29	2.7	30	82	8	97	38	19	5	36	1.74
92853--93164	163	1.9	161	79	7	344	28	20	10	40	1.85
95667--95768	50	2.0	50	100	0	204	56	15	1	25	1.50
95945--96010	30	2.2	30	97	0	123	18	39	22	19	1.92
106192--106264	3	24.3	3	80	8	78	57	0	0	42	0.98
106180--106268	12	6.0	15	69	30	59	56	0	0	43	0.99
106440--107415	76	12.9	76	97	0	1798	37	21	19	22	1.95
109652--109724	35	2.1	34	87	2	101	34	20	10	34	1.88
110579--110791	114	1.9	114	94	0	381	32	18	14	34	1.91
119368--119443	3	25.3	3	81	7	84	57	0	0	42	0.98
119356--119420	15	4.5	15	78	18	75	56	0	0	43	0.99
119356--119443	21	4.2	20	86	13	108	56	0	0	43	0.99
119368--119443	24	3.3	24	87	10	106	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120746--120788	21	2.1	21	86	4	61	41	32	0	25	1.56
120740--120808	28	2.5	27	79	11	70	44	24	0	30	1.54
125274--125353	35	2.3	36	87	8	112	43	22	0	33	1.53
125274--125369	35	2.7	35	82	3	95	41	27	1	30	1.63
125610--125649	14	2.9	14	96	0	71	57	7	7	27	1.53
126326--126403	35	2.3	35	88	2	113	29	1	23	46	1.60
131481--131557	35	2.2	35	93	4	129	40	16	15	27	1.89
140681--140723	17	2.6	18	82	17	58	55	0	6	37	1.27
140985--141014	9	3.4	9	95	4	53	26	6	20	46	1.75
142529--142674	75	1.9	75	97	0	274	32	21	13	32	1.92
144343--144458	60	2.0	60	84	1	153	25	25	20	28	1.99
148103--148180	29	2.7	29	95	0	138	47	21	8	21	1.78
149121--149159	19	2.1	19	85	0	51	56	7	2	33	1.41
151407--151453	15	3.0	16	75	6	51	63	2	4	29	1.25
155807--155840	4	8.5	4	93	0	59	23	23	0	52	1.47
160268--160307	18	2.4	17	87	8	55	27	0	0	72	0.85
161020--161182	69	2.3	70	86	10	208	44	2	1	52	1.22
161040--161182	69	2.0	73	89	8	222	44	2	1	51	1.24
165492--165562	37	1.9	37	97	0	133	28	30	15	25	1.96
173318--173377	15	4.0	15	84	0	75	30	6	23	40	1.80
173495--173545	24	2.1	24	92	0	84	23	25	21	29	1.99
173540--173602	24	2.7	24	82	2	83	23	19	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173922--173948	9	3.0	9	100	0	54	44	11	33	11	1.75
199412--199500	31	2.8	31	87	1	124	35	17	0	46	1.49
202283--202314	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
202783--202840	23	2.5	24	72	8	57	56	5	0	37	1.21
204386--205824	454	3.2	454	99	0	2824	38	10	18	32	1.85
213184--213215	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
217147--217198	19	2.6	20	87	6	79	25	19	25	30	1.98
217225--217279	21	2.6	21	94	0	92	30	20	20	29	1.97
219294--219476	15	12.2	15	92	0	312	30	32	22	14	1.93
220169--220327	64	2.5	64	84	9	200	27	19	19	33	1.96

Tables:   1

The End!