Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01000909.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001807_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 71751
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.34
Found at i:4852 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 4834--4863 Score: 51
Period size: 13 Copynumber: 2.3 Consensus size: 13
4824 ATAAATGAAC
*
4834 ATATATGAAAATG
1 ATATATCAAAATG
4847 ATATATCAAAATG
1 ATATATCAAAATG
4860 ATAT
1 ATAT
4864 TAAAAGTGGT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 16 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (13 bp):
ATATATCAAAATG
Found at i:5716 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 5683--5742 Score: 86
Period size: 28 Copynumber: 2.1 Consensus size: 28
5673 TTTTTGAAAA
* *
5683 AAAATAAATTATTTA-AAATTTAAAATAT
1 AAAATAAAATATTCATAAATTT-AAATAT
5711 AAAATAAAATATTCATAAATTTAAATAT
1 AAAATAAAATATTCATAAATTTAAATAT
5739 AAAA
1 AAAA
5743 ATACTGAAAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
28 23 0.79
29 6 0.21
ACGTcount: A:0.63, C:0.02, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (28 bp):
AAAATAAAATATTCATAAATTTAAATAT
Found at i:5743 original size:29 final size:27
Alignment explanation
Indices: 5682--5745 Score: 83
Period size: 29 Copynumber: 2.3 Consensus size: 27
5672 TTTTTTGAAA
* *
5682 AAAAATAAATTATTTAAAATTTAAAAT
1 AAAAATAAAATATTCAAAATTTAAAAT
5709 ATAAAATAAAATATTCATAAATTTAAATAT
1 A-AAAATAAAATATTCA-AAATTTAAA-AT
5739 AAAAATA
1 AAAAATA
5746 CTGAAATTTA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
27 1 0.03
28 13 0.41
29 15 0.47
30 3 0.09
ACGTcount: A:0.64, C:0.02, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (27 bp):
AAAAATAAAATATTCAAAATTTAAAAT
Found at i:16353 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 16334--16375 Score: 57
Period size: 14 Copynumber: 2.9 Consensus size: 14
16324 ATCTACTTTA
16334 CTTTTTCACTTCAC
1 CTTTTTCACTTCAC
*
16348 CTTTTTCACTTTAC
1 CTTTTTCACTTCAC
16362 CTTCTTTCATCTTC
1 CTT-TTTCA-CTTC
16376 TTCTTCCCTC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
14 16 0.67
15 5 0.21
16 3 0.12
ACGTcount: A:0.12, C:0.33, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (14 bp):
CTTTTTCACTTCAC
Found at i:18422 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 18408--18436 Score: 51
Period size: 6 Copynumber: 5.0 Consensus size: 6
18398 CCCACATAAA
18408 AAAAT- AAAATG AAAATG AAAATG AAAATG
1 AAAATG AAAATG AAAATG AAAATG AAAATG
18437 GATGGAAATG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
5 5 0.22
6 18 0.78
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.14, T:0.17
Consensus pattern (6 bp):
AAAATG
Found at i:23310 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 23273--23318 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
23263 TCAAAATAAT
* *
23273 TTTTCAAATCTTCATTTTAG
1 TTTTCAAATATTCAATTTAG
23293 TTTTCAAA-ATTCAATTTAG
1 TTTTCAAATATTCAATTTAG
*
23312 CTTTCAA
1 TTTTCAA
23319 GAAAAAATCA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 15 0.65
20 8 0.35
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.04, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
TTTTCAAATATTCAATTTAG
Found at i:35426 original size:27 final size:29
Alignment explanation
Indices: 35396--35452 Score: 75
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
35386 CATTCTATAG
35396 TTTAATA-TTTATTTTA-T-TTTTAAAATA
1 TTTAATAGTTT-TTTTAGTATTTTAAAATA
*
35423 TTTAATAGTTTTTTTAGTATTTTAATATA
1 TTTAATAGTTTTTTTAGTATTTTAAAATA
35452 T
1 T
35453 ATATATATAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 4
0.84 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
27 12 0.46
28 4 0.15
29 10 0.38
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.04, T:0.63
Consensus pattern (29 bp):
TTTAATAGTTTTTTTAGTATTTTAAAATA
Found at i:35452 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 35447--35476 Score: 60
Period size: 2 Copynumber: 15.0 Consensus size: 2
35437 TAGTATTTTA
35447 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
35477 TTAATTTTTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 28 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:35497 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 35485--35536 Score: 70
Period size: 7 Copynumber: 7.4 Consensus size: 7
35475 ATTTAATTTT
35485 TTTAATA
1 TTTAATA
35492 TTTAATA
1 TTTAATA
35499 TTTAATA
1 TTTAATA
*
35506 TTTAATT
1 TTTAATA
*
35513 TTTTATA
1 TTTAATA
35520 TTTGAATA
1 TTT-AATA
35528 TTT-ATA
1 TTTAATA
35534 TTT
1 TTT
35537 TCAATAAATT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 3
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
6 6 0.15
7 28 0.70
8 6 0.15
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.02, T:0.63
Consensus pattern (7 bp):
TTTAATA
Found at i:35508 original size:30 final size:28
Alignment explanation
Indices: 35467--35536 Score: 97
Period size: 29 Copynumber: 2.4 Consensus size: 28
35457 ATATATATAT
*
35467 ATATATATATTTAATTTTTTTAATATTT-A
1 ATATTTATATTTAA-TTTTTT-ATATTTGA
35496 ATATTTAATATTTAATTTTTTATATTTGA
1 ATATTT-ATATTTAATTTTTTATATTTGA
35525 ATATTTATATTT
1 ATATTTATATTT
35537 TCAATAAATT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 1, Indels: 5
0.86 0.02 0.11
Matches are distributed among these distances:
28 12 0.32
29 18 0.47
30 8 0.21
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.01, T:0.63
Consensus pattern (28 bp):
ATATTTATATTTAATTTTTTATATTTGA
Found at i:44457 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 44422--44480 Score: 100
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
44412 AATTATACAA
44422 ATGAAAGTTTGAATTTGATTCAGTTGTACCC
1 ATGAAAGTTTGAATTTGATTCAGTTGTACCC
* *
44453 ATGAAAGTTTGATTTTGATTCATTTGTA
1 ATGAAAGTTTGAATTTGATTCAGTTGTA
44481 GACATTTAAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 26 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.08, G:0.19, T:0.44
Consensus pattern (31 bp):
ATGAAAGTTTGAATTTGATTCAGTTGTACCC
Found at i:45890 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 45866--45910 Score: 72
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
45856 TCGATAAAAA
* *
45866 TTTATTTAAAATATTATTATT
1 TTTATTTAAAATATCAATATT
45887 TTTATTTAAAATATCAATATT
1 TTTATTTAAAATATCAATATT
45908 TTT
1 TTT
45911 TAATATTTTC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 22 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.02, G:0.00, T:0.60
Consensus pattern (21 bp):
TTTATTTAAAATATCAATATT
Found at i:45962 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 45936--45984 Score: 80
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
45926 AGTACCTAAT
45936 AATAATAAAATCGGTAGAAAA
1 AATAATAAAATCGGTAGAAAA
* *
45957 AATAATAAAATGGGTAGAAAT
1 AATAATAAAATCGGTAGAAAA
45978 AATAATA
1 AATAATA
45985 TTTTTGGTAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 26 1.00
ACGTcount: A:0.61, C:0.02, G:0.14, T:0.22
Consensus pattern (21 bp):
AATAATAAAATCGGTAGAAAA
Found at i:47667 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 47644--47690 Score: 67
Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
47634 CGATATACCA
47644 GGTAAAAATATGATAAAACC
1 GGTAAAAA-ATGATAAAACC
*
47664 GGTATCAAAATGATAAAACC
1 GGTA-AAAAATGATAAAACC
47684 GGTAAAA
1 GGTAAAA
47691 CGTTACCGGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.08
20 19 0.79
21 3 0.12
ACGTcount: A:0.53, C:0.11, G:0.17, T:0.19
Consensus pattern (19 bp):
GGTAAAAAATGATAAAACC
Found at i:47724 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 47432--47903 Score: 676
Period size: 180 Copynumber: 2.6 Consensus size: 180
47422 GATCCAAATT
* * * * **
47432 AAAAATGTGTCGATCCAAAACGATATAACAGTTAAAACTATGACAAAACCGGTATTGAAATGATA
1 AAAAATGTATCGATCCAAAACGATATAACAGGTAAAAATATGATAAAACCGGTATCAAAATGATA
* * * * *
47497 AAACCGCTAAAGCGCTACCGGATATATTTAAAGTGTCGGTACTTTAATATAAGGATCAACACTTC
66 AAACCGGTAAAACGATACCGGATATATTGAAAGTGTCGATACTTT-ATATAAGGATCAACACTTC
* *
47562 GTGAATTTAAAAGAGAAGCAGTTTTAAATCTTATAAAGTGTCGACACTTTTA
130 GTGAATTTAAAAGAGAAGCAGTTTTAAAGCCTATAAAGTGTCGACAC-TTTA
*
47614 AAAAATGTATCGATCCAAAACGATATACCAGGTAAAAATATGATAAAACCGGTATCAAAATGATA
1 AAAAATGTATCGATCCAAAACGATATAACAGGTAAAAATATGATAAAACCGGTATCAAAATGATA
* * *
47679 AAACCGGTAAAACGTTACCGGATATATTGAAAGTGTCGATACTTTATATAAGGATCGACACTTTG
66 AAACCGGTAAAACGATACCGGATATATTGAAAGTGTCGATACTTTATATAAGGATCAACACTTCG
* ** * *
47744 TGAATTTAAAAGAGAATCAGTTTTAGCGCCTATAATGTGTCGATACTTTA
131 TGAATTTAAAAGAGAAGCAGTTTTAAAGCCTATAAAGTGTCGACACTTTA
** * *
47794 AAAAAAATATCGAT-CAACAACGATATAACATGTAAAAATATGATAAAACCGGTATCAAAATAAT
1 AAAAATGTATCGATCCAA-AACGATATAACAGGTAAAAATATGATAAAACCGGTATCAAAATGAT
47858 AAAACCGGTAAAACGATACCGGATATATTGAAAGTGTCGATACTTT
65 AAAACCGGTAAAACGATACCGGATATATTGAAAGTGTCGATACTTT
47904 CGTAAGTACG
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 27, Indels: 4
0.89 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.01
180 104 0.40
181 57 0.22
182 98 0.37
ACGTcount: A:0.43, C:0.14, G:0.16, T:0.27
Consensus pattern (180 bp):
AAAAATGTATCGATCCAAAACGATATAACAGGTAAAAATATGATAAAACCGGTATCAAAATGATA
AAACCGGTAAAACGATACCGGATATATTGAAAGTGTCGATACTTTATATAAGGATCAACACTTCG
TGAATTTAAAAGAGAAGCAGTTTTAAAGCCTATAAAGTGTCGACACTTTA
Found at i:48374 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 48284--48416 Score: 257
Period size: 58 Copynumber: 2.3 Consensus size: 58
48274 GACCGATTGC
48284 AGGTAGAAAGTGATATTGAAGGTAAAATATAAATGTCGATACTTTTATTAAATATTAT
1 AGGTAGAAAGTGATATTGAAGGTAAAATATAAATGTCGATACTTTTATTAAATATTAT
48342 AGGTAGAAAGTGATATTGAAGGTAAAATATAAATGTCGATACTTTTATTAAATATTAT
1 AGGTAGAAAGTGATATTGAAGGTAAAATATAAATGTCGATACTTTTATTAAATATTAT
*
48400 AGGTAGAAAATGATATT
1 AGGTAGAAAGTGATATT
48417 ATAGGTTGTA
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
58 74 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.03, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (58 bp):
AGGTAGAAAGTGATATTGAAGGTAAAATATAAATGTCGATACTTTTATTAAATATTAT
Found at i:50183 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 50157--50221 Score: 103
Period size: 21 Copynumber: 3.1 Consensus size: 21
50147 AAGACAATCA
*
50157 AGAGTCGAAGAGAAACTTGAT
1 AGAGTCGAAGAGAAACTTGAG
50178 AGAGTCGAAGAGAAACTTGAG
1 AGAGTCGAAGAGAAACTTGAG
* *
50199 AGAGTCGAAGATACACTTGAG
1 AGAGTCGAAGAGAAACTTGAG
50220 AG
1 AG
50222 GCATAAGGGG
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 41 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.31, T:0.17
Consensus pattern (21 bp):
AGAGTCGAAGAGAAACTTGAG
Found at i:50294 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 50255--50320 Score: 105
Period size: 33 Copynumber: 2.0 Consensus size: 33
50245 AAATAGATGG
*
50255 AGTGGTGAAAGAAGTAGAGGTGTTGAGGGGTGA
1 AGTGGTGAAAGAAGTAGAGGTGTTAAGGGGTGA
* *
50288 AGTGGTGAAAGAAGTTGGGGTGTTAAGGGGTGA
1 AGTGGTGAAAGAAGTAGAGGTGTTAAGGGGTGA
50321 TATTAAGATG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 30 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.48, T:0.23
Consensus pattern (33 bp):
AGTGGTGAAAGAAGTAGAGGTGTTAAGGGGTGA
Found at i:52120 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 52096--52144 Score: 89
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
52086 AATGTAGGGT
52096 TAATTTTGTATAAGATTTA
1 TAATTTTGTATAAGATTTA
*
52115 TAATTTTGTATACGATTTA
1 TAATTTTGTATAAGATTTA
52134 TAATTTTGTAT
1 TAATTTTGTAT
52145 GTGAATATAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 29 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.10, T:0.55
Consensus pattern (19 bp):
TAATTTTGTATAAGATTTA
Found at i:52721 original size:200 final size:200
Alignment explanation
Indices: 52378--53920 Score: 2435
Period size: 200 Copynumber: 7.8 Consensus size: 200
52368 AATTTACAAT
* *
52378 ATGGCAAACAGGGTGCAACCATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGGT-GATCCCATAAACA
1 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGT-GTCGATCCGATAAACA
* *
52442 TCGAAACCCAAAAATATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTT
65 TCGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTT
52507 TATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAGTTTGTGTCGATATTTTTGGTCCA
130 TATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAGTTTGTGTCGATATTTTTGGTCCA
52572 GAATGA
195 GAATGA
52578 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCGATAAACAT
1 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCGATAAACAT
52643 CGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTT
66 CGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTT
* *
52708 ATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGATACTTTTTTAGTTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAG
131 ATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAGTTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAG
52773 AATGA
196 AATGA
*
52778 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCAATCTC-ATAAACA
1 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATC-CGATAAACA
52842 TCGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTT
65 TCGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTT
*
52907 TATGAGAGAATATGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAGTTTGTGTCGATATTTTTGGTCCA
130 TATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAGTTTGTGTCGATATTTTTGGTCCA
52972 GAATGA
195 GAATGA
52978 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCGATAAACAT
1 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCGATAAACAT
*
53043 CGAAACCCATAAGTATAATGCAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTT
66 CGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTT
* *
53108 ATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGATACTTTTTTAGTTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAG
131 ATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAGTTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAG
53173 AATGA
196 AATGA
* *
53178 ATGGAAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCATAAACAT
1 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCGATAAACAT
*
53243 CGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATATAACCGGTACAAGTATACCGGTTTT
66 CGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTT
53308 ATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAGTTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAG
131 ATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAGTTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAG
53373 AATGA
196 AATGA
53378 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCGATAAACAT
1 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCGATAAACAT
53443 CGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTT
66 CGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTT
* * *
53508 ATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTGTCGACACTTTTTTAGTTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAT
131 ATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAGTTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAG
53573 AATGA
196 AATGA
* *
53578 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCAATCC---CAT---AA--G-C-AT-CG--AAAC--
1 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCGATAAACAT
* ** * *** * *
53628 CCATAA-GTATAATGTA-ATAGGTAATTTTTCAA--TCT-AACCGGT-A-C-----AAGTATACC
66 CGA-AACCCATAA-GTATA-ATGTAATAGGT-AATTTTTCAATC--TAACCGGTACAAGTATACC
* *
53681 GGTTTTATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTGTCGACACTTTTGTAGTTTGTGTCAATATTTTTG
125 GGTTTTATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAGTTTGTGTCGATATTTTTG
53746 GTCCAGAATGA
190 GTCCAGAATGA
* * *
53757 ATGGAAAACAGGGTGCAACCATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCATAAACAT
1 ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCGATAAACAT
* * * *
53822 CGAAACCCAAAAGTATAATGTATTAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTATAAGTATACCAGTTTT
66 CGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTT
* * *
53887 ATGGGAGAATTGGTATATAAT-ATGTATCGACACT
131 ATGAGAGAATAGGTCTA-AATAATGTATCGACACT
53921 GTTTAATGTT
Statistics
Matches: 1244, Mismatches: 62, Indels: 74
0.90 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 114 0.09
182 2 0.00
184 4 0.00
185 12 0.01
186 13 0.01
187 7 0.01
188 1 0.00
189 4 0.00
190 3 0.00
191 1 0.00
192 7 0.01
193 12 0.01
194 11 0.01
195 4 0.00
197 2 0.00
199 3 0.00
200 1040 0.84
201 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (200 bp):
ATGGCAAACAGGGTGCAACAATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCGATAAACAT
CGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAAGTATACCGGTTTT
ATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTATCGACACTTTTGTAGTTTGTGTCGATATTTTTGGTCCAG
AATGA
Found at i:53652 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 53421--53791 Score: 670
Period size: 179 Copynumber: 2.1 Consensus size: 179
53411 CCATATATAA
*
53421 AAAGTGTCGATCCGATAAACATCGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAA
1 AAAGTGTCGATCCCATAAACATCGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAA
*
53486 CCGGTACAAGTATACCGGTTTTATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTGTCGACACTTTTTTAGTT
66 CCGGTACAAGTATACCGGTTTTATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTGTCGACACTTTTGTAGTT
* * *
53551 TGTGTCGATATTTTTGGTCCATAATGAATGGCAAACAGGGTGCAACAAT
131 TGTGTCAATATTTTTGGTCCAGAATGAATGGAAAACAGGGTGCAACAAT
* *
53600 AAAGTGTCAATCCCATAAGCATCGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAA
1 AAAGTGTCGATCCCATAAACATCGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAA
53665 CCGGTACAAGTATACCGGTTTTATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTGTCGACACTTTTGTAGTT
66 CCGGTACAAGTATACCGGTTTTATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTGTCGACACTTTTGTAGTT
*
53730 TGTGTCAATATTTTTGGTCCAGAATGAATGGAAAACAGGGTGCAACCAT
131 TGTGTCAATATTTTTGGTCCAGAATGAATGGAAAACAGGGTGCAACAAT
53779 AAAGTGTCGATCC
1 AAAGTGTCGATCC
53792 ATATATAAAA
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 9, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
179 183 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.20, T:0.31
Consensus pattern (179 bp):
AAAGTGTCGATCCCATAAACATCGAAACCCATAAGTATAATGTAATAGGTAATTTTTCAATCTAA
CCGGTACAAGTATACCGGTTTTATGAGAGAATAGGTCTAAATAATGTGTCGACACTTTTGTAGTT
TGTGTCAATATTTTTGGTCCAGAATGAATGGAAAACAGGGTGCAACAAT
Found at i:56987 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 56774--57016 Score: 441
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 120
56764 CGGAACCCAA
56774 AATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATATAACCGGTATAAATATACCGGTTTTATGAGCGAAT
1 AATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATATAACCGGTATAAATATACCGGTTTTATGAGCGAAT
* * *
56839 TGGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAATTTTGTGTTGGTACTTTATGTCCAG
66 AGGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAG
* *
56894 AATTATAATGTACTAGATAATTTTGTAATATAACCGGTATAAGTATACCGGTTTTATGAGCGAAT
1 AATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATATAACCGGTATAAATATACCGGTTTTATGAGCGAAT
56959 AGGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAG
66 AGGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAG
57014 AAT
1 AAT
57017 GGAAGAAAAA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 5, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
120 118 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (120 bp):
AATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATATAACCGGTATAAATATACCGGTTTTATGAGCGAAT
AGGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAG
Found at i:57222 original size:303 final size:303
Alignment explanation
Indices: 56675--57484 Score: 1530
Period size: 303 Copynumber: 2.7 Consensus size: 303
56665 CAAAGTTTTC
56675 ACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATGGAAGAAAAATGTGTCGATACCTTGT
1 ACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATGGAAGAAAAATGTGTCGATACCTTGT
*
56740 CAAAAAGTGTCGACATTTACACATCGGAACCCAAAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATAT
66 CAAAAAGTGTCGACATTTACACATCGGAACCCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATAT
*
56805 AACCGGTATAAATATACCGGTTTTATGAGCGAATTGGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAAT
131 AACCGGTATAAATATACCGGTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAAT
* *
56870 TTTGTGTTGGTACTTTATGTCCAGAATTATAATGTACTAGATAATTTTGTAATATAACCGGTATA
196 TTTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATTATAATGTACTAGATAATTTTGTAATATAACCGATATA
56935 AGTATACCGGTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCG
261 AGTATACCGGTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCG
56978 ACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATGGAAGAAAAATGTGTCGATACCTTGT
1 ACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATGGAAGAAAAATGTGTCGATACCTTGT
57043 CAAAAAGTGTCGACATTTACACATCGGAACCCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATAT
66 CAAAAAGTGTCGACATTTACACATCGGAACCCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATAT
*
57108 AACTGGTATAAATATACCGGTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAAT
131 AACCGGTATAAATATACCGGTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAAT
57173 TTTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATTATAATGTACTAGATAATTTTGTAATATAACCGATATA
196 TTTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATTATAATGTACTAGATAATTTTGTAATATAACCGATATA
* *
57238 AGTATACCGGTTTTATTAGCGAATAGGTCTACAACCTATGTCG
261 AGTATACCGGTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCG
57281 ACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATGGAAGAAAAATGTGTCGATACCTTGT
1 ACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATGGAAGAAAAATGTGTCGATACCTTGT
57346 CAAAAAGTGTCGACATTTACACATCGGAACCCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATAT
66 CAAAAAGTGTCGACATTTACACATCGGAACCCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATAT
* *
57411 AACCGGTATAAATATACCGTTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAATCTATATCGACACTTTTTAAT
131 AACCGGTATAAATATACCGGTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAAT
*
57476 ATTGTGTCG
196 TTTGTGTCG
57485 CTAATTTTAA
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 11, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
303 496 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (303 bp):
ACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATGGAAGAAAAATGTGTCGATACCTTGT
CAAAAAGTGTCGACATTTACACATCGGAACCCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATAT
AACCGGTATAAATATACCGGTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAAT
TTTGTGTCGGTACTTTATGTCCAGAATTATAATGTACTAGATAATTTTGTAATATAACCGATATA
AGTATACCGGTTTTATGAGCGAATAGGTCTACAACCTATATCG
Found at i:57286 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 57073--57319 Score: 431
Period size: 120 Copynumber: 2.1 Consensus size: 120
57063 ACATCGGAAC
* *
57073 CCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATATAACTGGTATAAATATACCGGTTTTATGAGC
1 CCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATATAACCGATATAAATATACCGGTTTTATGAGC
*
57138 GAATAGGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAATTTTGTGTCGGTACTTTATGT
66 GAATAGGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGT
* * *
57193 CCAGAATTATAATGTACTAGATAATTTTGTAATATAACCGATATAAGTATACCGGTTTTATTAGC
1 CCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATATAACCGATATAAATATACCGGTTTTATGAGC
*
57258 GAATAGGTCTACAACCTATGTCGACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGT
66 GAATAGGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGT
57313 CCAGAAT
1 CCAGAAT
57320 GGAAGAAAAA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 7, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
120 120 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (120 bp):
CCAGAATTATAATGTAATAGATAATTTTGTAATATAACCGATATAAATATACCGGTTTTATGAGC
GAATAGGTCTACAACCTATATCGACACTTTTTAATATTGTGTCGGTACTTTATGT
Found at i:60865 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 60793--60857 Score: 103
Period size: 23 Copynumber: 2.8 Consensus size: 23
60783 ATACTTTACA
*
60793 ATATAAGCACTACCTATTACATT
1 ATATAAGCGCTACCTATTACATT
**
60816 ATATAAATGCTACCTATTACATT
1 ATATAAGCGCTACCTATTACATT
60839 ATATAAGCGCTACCTATTA
1 ATATAAGCGCTACCTATTA
60858 TATCATATTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 5, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 37 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.20, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (23 bp):
ATATAAGCGCTACCTATTACATT
Found at i:60942 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 60883--60943 Score: 70
Period size: 22 Copynumber: 2.8 Consensus size: 22
60873 TATTATATTG
*
60883 AAAGTGTCCATATTTTTTATAA
1 AAAGTGTCCATACTTTTTATAA
* * *
60905 AAAGTATCTATCCTTTTTAT-A
1 AAAGTGTCCATACTTTTTATAA
*
60926 AAAGTGTCCATAGTTTTT
1 AAAGTGTCCATACTTTTT
60944 TCACTGTGAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 8, Indels: 1
0.77 0.20 0.03
Matches are distributed among these distances:
21 15 0.48
22 16 0.52
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (22 bp):
AAAGTGTCCATACTTTTTATAA
Found at i:61349 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 61318--61390 Score: 119
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
61308 ATAGGTAAAA
*
61318 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
61341 ATATAATGTAATAGGTAGCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
61364 ATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
61387 ATAT
1 ATAT
61391 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 46 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.05, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:61840 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 61814--61878 Score: 94
Period size: 23 Copynumber: 2.8 Consensus size: 23
61804 AAATATGATG
61814 TAATAGGTAGTGCTTATATAATA
1 TAATAGGTAGTGCTTATATAATA
* * *
61837 TAATAGGTAGCGTTTATATAATG
1 TAATAGGTAGTGCTTATATAATA
*
61860 TAATATGTAGTGCTTATAT
1 TAATAGGTAGTGCTTATAT
61879 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 36 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.05, G:0.18, T:0.42
Consensus pattern (23 bp):
TAATAGGTAGTGCTTATATAATA
Found at i:61882 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 61806--61883 Score: 86
Period size: 23 Copynumber: 3.5 Consensus size: 22
61796 ATAGGTAAAA
61806 ATATGATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATAT-ATGTAATAGGTAGTGCTT
* * *
61829 ATATAATATAATAGGTAGCGTTT
1 ATAT-ATGTAATAGGTAGTGCTT
*
61852 ATATAATGTAATATGTAGTGCTT
1 ATAT-ATGTAATAGGTAGTGCTT
61875 ATAT-TGTAA
1 ATATATGTAA
61884 AGTATCTATC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 8, Indels: 2
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.11
23 42 0.89
ACGTcount: A:0.36, C:0.04, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (22 bp):
ATATATGTAATAGGTAGTGCTT
Found at i:62277 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 62233--62277 Score: 54
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
62223 ATTACATAAC
**
62233 TTTAAAAAAAGTATCGATTCTT
1 TTTAAAAAAAGTATCGACACTT
* *
62255 TTTATAAAAAGTATGGACACTT
1 TTTAAAAAAAGTATCGACACTT
62277 T
1 T
62278 CAATATAATA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 19 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (22 bp):
TTTAAAAAAAGTATCGACACTT
Found at i:62326 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 62295--62367 Score: 119
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
62285 ATAGGTAAAA
*
62295 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
62318 ATATAATGTAATAGGTAGCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
62341 ATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
62364 ATAT
1 ATAT
62368 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 46 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.05, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:62381 original size:489 final size:490
Alignment explanation
Indices: 60905--71751 Score: 19159
Period size: 489 Copynumber: 22.4 Consensus size: 490
60895 TTTTTTATAA
* *
60905 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATAGTTTTTTCACTGTGAAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
60970 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
*
61035 ACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
*
61100 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
* *
61165 TAATTTTTTTATGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTATT-
261 TAA-TTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTA
61229 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT-AAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
325 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
* *
61293 GACTCTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
390 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
61358 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
455 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
* * *
61394 AAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTAGAAAATATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
*
61459 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATATTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
*
61524 ACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATA-TACATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
61588 TCTTTGGTT-ATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
*
61652 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATAAAACACTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
*
61717 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTCAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
326 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
* * *
61782 ACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGTGCTTATATAATATAATAGGTAG
391 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
*
61847 CGTTTATATAATGTAATATGTAGTGCTTATATTGT
456 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
*
61882 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAATGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
61947 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
*
62012 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTATATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
*
62077 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
* * * *
62142 TAATTTTTTATGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGAAGGTGGAAAACATAAAACACTATTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
*
62207 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT-AAAAAAAGTATCGATTCTTTTTATAAAAAGTATGG
326 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
*
62271 ACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
391 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
62336 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
456 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
62371 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
62436 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTA-TTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
* *
62500 ACGTTACG--GTATATTATTATTAAATTAAAAAAAATAAACATATATATTACATA-TTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
62562 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTAT-AAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
*
62626 TAA-TTTTT-TGTAAATGTAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACA-TGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-A
62688 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCC-TTTTATAAAAAGTATG
325 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
* *
62752 GGCACTTTCAATATAATAGGT-AAAA-AT-ATGTAATAGGTAGCGCTTA-AAAATGTAATATGTA
390 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
62813 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
455 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
* * *
62849 AAAGTATCTATCATTTCTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAATATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
*
62914 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTCGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
62979 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
*
63044 TCTTTGGATAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
63109 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
*
63174 AAAAATTAAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
326 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
*
63239 GCAGTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
391 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
63304 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
456 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
* * *
63339 AAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTCTATACTTTTTTCATTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
63404 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTA-TTTTT
* *
63469 TACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTACT
130 TACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATT
63534 ATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAA
195 ATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAA
* *
63599 ATAGTTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTA
260 ATAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-
63664 AAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTAT
324 AAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTAT
*
63729 GGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAGTGTAATAGGT
389 GGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGT
63794 AGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
454 AGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
*
63831 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATATTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
63896 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
*
63961 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTATATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
*
64026 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
* * * *
64091 TAATTTTTTATGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGAAGGTGGAAAACATAAAACACTATTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
64156 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT-AAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
326 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
*
64220 ACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
391 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
64285 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
456 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
64320 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
64385 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
* *
64450 ACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAAAAAAAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
64515 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
* *
64580 TAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAGCACTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-A
*
64645 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCATTTTTATAAAAAGTATG
325 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
* *
64710 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTA-AAAATGTAATATGTA
390 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
64774 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
455 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
* * * *
64810 AAAGTATCTATCATTTCTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCATTGTGGAAAATATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
64875 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
64940 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
65005 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
*
65070 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACAGTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-A
*
65135 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTCAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
325 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
* * *
65200 GACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGTGCTTATATAATATAATAGGTA
390 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
65265 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
455 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
*
65301 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAATGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
65366 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
*
65431 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTATATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
*
65496 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
* * * *
65561 TAATTTTTTATGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGAAGGTGG-AAACATAAAACACTATTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
*
65625 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT-AAAAAAAGTATCGATTCTTTTTATAAAAAGTATGG
326 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
*
65689 ACACTTTC-ATAT-ATAGGT-AAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
391 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
65751 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
456 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
65786 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
65851 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
*
65916 ACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAAAAA-AATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
65980 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
*
66045 TAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
*
66110 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTGTGG
326 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
* * *
66175 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTAAAAAATGTAATATGTAG
391 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
66240 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
456 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
* * *
66275 AAAGTATCTATCATTTCTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAATATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
66340 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGA-TTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66404 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATT-AAAACAATAAACATATATATTACATA-TTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
*
66467 TCTTTGGATAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
66532 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-A
*
66597 AAAAAATTAAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
325 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
*
66662 GGCAGTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
390 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
66727 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
455 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
* * *
66763 AAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTCTATAC-TTTTTCATTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
66827 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
* *
66892 ACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTACTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
66957 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
* * *
67022 TAGTTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAAAACTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-A
67087 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
325 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
*
67152 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAGTGTAATAGGTA
390 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
67217 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
455 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
*
67253 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATATTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
67318 TTATCTTTTGAGTGAG-TTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTA-TTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
*
67381 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTATATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
*
67446 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
* * * *
67511 TAATTTTTTATGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGAAGGTGGAAAACATAAAACACTATTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
67576 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT-AAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
326 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
*
67640 ACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCG-TTATATAATGTAATAGGTAG
391 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
67704 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
456 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
67739 -AAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
67803 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
* *
67868 ACGTTACG--GTATATTATTATTAAATTAAAAA-AATAAACATATATATTACGTATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
67930 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
67995 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
68060 AAAAATT-AAA-ATAAATTACATAACTTT-AAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
326 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
* *
68122 GCAGTTTCAATAAAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
391 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
68187 CG-TT-TATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
456 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
* * *
68220 AAAGTATCTATCATTTTTAT-AAAGTGTCTATACTTTTTTCATTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
68284 TTATC-TTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
*
68348 ACGTTACGGTATATATTATTATTAAATT-AAAA-AATAAAC--ATATATTACATA--T-TTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
68406 TCTTTGGTT-ATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
* *
68470 TAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACATTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
*
68535 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTGTGG
326 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
* * *
68600 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTAAAAAATGTAATATGTAG
391 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
68665 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
456 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
* * *
68700 AAAGTATCTATCATTTCTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAATATT-ATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
68764 TTATC-TTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
68828 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
*
68893 TCTTTGGATAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
68958 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-A
*
69023 AAAAAATTAAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
325 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
*
69088 GGCAGTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
390 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
69153 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
455 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
* * *
69189 AAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTCTATACTTTTTTCATTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
69254 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
* *
69319 ACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTACTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
69384 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAA-AATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
* * *
69448 TAGTTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAAAACTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
69513 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT-AAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
326 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
* *
69577 ACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAGTGTAATAGGTAG
391 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
69642 CGTTTATAT-ATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
456 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
*
69676 AAAGTATCTATCC-TTTTAT-AAAGTGTCCATATTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
69739 TTATCTTTTGAGTGAG-TTT-AGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGA-TTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
*
69801 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTATATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
*
69866 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
* * *
69931 TAA-TTTTTATGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGAAGGTGGAAAACAT-AAAC-CTATTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
69993 AAAAATTGAAACATAAA-TACATAACTTT-AAAAAAAGTATCGATCCTTTTTAT-AAAAGTATGG
326 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
*
70055 ACACTTTC-A-ATAA-AGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
391 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
70117 CGTTTATATAATGTAATA-GTAGTGCTTATATTGT
456 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
70151 AAAGTATCTATCC-TTTTATAAAAGTGTCCATAC-TTTTTCACTGTGG-AAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
70213 TTATC-TTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTT-GTAATTATAGGCGTCTAATGA-TT-TTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
*
70274 AC-TTACGGTATATATTA-TATTAAATT-AAAA-AA-AAACATATATATTACATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
70334 TCTTTGGTT--TATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
* *
70397 TAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAATT-AT-TTGTAGGTGGAAAACATGAAGCACTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-A
70460 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCC-TTTTATAAAAAGTATG
325 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
* * *
70524 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTAAAAAATGTAATATGTA
390 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
70589 GCG-TT-TATAATGT-ATAGGTA-TGCTTATATTGT
455 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
* * *
70621 AAAGTATCTATCATTTCTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAATATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
70686 TTATC-TTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
70750 ACGTTACGATATATATTATTATT-AATTAAAAACAATAAAC--ATATA-TACATA-TTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
70810 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATC-AAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
70874 TAA-TTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-A
*
70938 AAAAAATTAAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
325 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
* * *
71003 GGCAGTTTCAATAAAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATAT-ATGTACTAGGTA
390 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
71067 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
455 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
* * *
71103 AAAGTATCTAT-CATTTTATAAAAGTGTCTATACTTTTTTCATTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
71167 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTA-TTTTT
* * *
71232 TATGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTTATTAC
130 TACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATA-TTTATTAT
71297 TATCTTTGGTTAA-ATTGTTAAATTT-AAATCTAAAT-A-ATTTT-TAAAATATCAAAACAATCA
194 TATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCA
* * * *
71357 AATAGTTTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAATTAATATTCTAGGTGGAAAACATGAAACATTGT
259 AATA-ATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGT
71422 TAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTA
323 TAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTA
71487 TGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATAT-ATGTAATA-G
388 TGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGG
71550 TAGCG-TT-TAT-ATGTAATAGGTAGTGCTTA-ATTGT
453 TAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
*
71584 AAAGTATCTATCCTTTCTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGG-AAACATT-ATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
71647 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTA--TTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
*
71710 ACGTTAC-A-ATATATGATTATT-AATTAAAAAC-ATAAACATATA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATA
Statistics
Matches: 9948, Mismatches: 304, Indels: 228
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
465 16 0.00
466 61 0.01
467 29 0.00
468 55 0.01
469 19 0.00
470 65 0.01
471 40 0.00
472 33 0.00
473 124 0.01
474 78 0.01
475 256 0.03
476 94 0.01
477 69 0.01
478 427 0.04
479 148 0.01
480 318 0.03
481 258 0.03
482 578 0.06
483 164 0.02
484 367 0.04
485 614 0.06
486 416 0.04
487 535 0.05
488 942 0.09
489 1613 0.16
490 1337 0.13
491 1008 0.10
492 284 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (490 bp):
AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGT
Found at i:62843 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 62779--62845 Score: 91
Period size: 23 Copynumber: 3.0 Consensus size: 23
62769 AGGTAAAAAT
*
62779 ATGTAATAGGTAGCGCTTA-AAA
1 ATGTAATAGGTAGCGCTTATATA
* *
62801 ATGTAATATGTAGCGTTTATATA
1 ATGTAATAGGTAGCGCTTATATA
*
62824 ATGTAATAGGTAGTGCTTATAT
1 ATGTAATAGGTAGCGCTTATAT
62846 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 6, Indels: 1
0.84 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
22 17 0.45
23 21 0.55
ACGTcount: A:0.36, C:0.06, G:0.21, T:0.37
Consensus pattern (23 bp):
ATGTAATAGGTAGCGCTTATATA
Found at i:63294 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 63263--63335 Score: 119
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
63253 ATAGGTAAAA
*
63263 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
63286 ATATAATGTAATAGGTAGCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
63309 ATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
63332 ATAT
1 ATAT
63336 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 46 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.05, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:63787 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 63755--63827 Score: 110
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
63745 ATAGGTAAAA
*
63755 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
* *
63778 ATATAGTGTAATAGGTAGCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
63801 ATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
63824 ATAT
1 ATAT
63828 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 44 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.23, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:64275 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 64244--64316 Score: 119
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
64234 ATAGGTAAAA
*
64244 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
64267 ATATAATGTAATAGGTAGCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
64290 ATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
64313 ATAT
1 ATAT
64317 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 46 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.05, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:64791 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 64735--64806 Score: 92
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
64725 ATAGGTAAAA
*
64735 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
* * *
64758 A-AAAATGTAATATGTAGCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
64780 ATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
64803 ATAT
1 ATAT
64807 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 8, Indels: 2
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 18 0.45
23 22 0.55
ACGTcount: A:0.36, C:0.06, G:0.21, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:65259 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 65233--65297 Score: 103
Period size: 23 Copynumber: 2.8 Consensus size: 23
65223 AAATATGATG
65233 TAATAGGTAGTGCTTATATAATA
1 TAATAGGTAGTGCTTATATAATA
* * *
65256 TAATAGGTAGCGTTTATATAATG
1 TAATAGGTAGTGCTTATATAATA
65279 TAATAGGTAGTGCTTATAT
1 TAATAGGTAGTGCTTATAT
65298 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 5, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 37 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.05, G:0.20, T:0.40
Consensus pattern (23 bp):
TAATAGGTAGTGCTTATATAATA
Found at i:65301 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 65225--65302 Score: 95
Period size: 23 Copynumber: 3.5 Consensus size: 22
65215 ATAGGTAAAA
65225 ATATGATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATAT-ATGTAATAGGTAGTGCTT
* * *
65248 ATATAATATAATAGGTAGCGTTT
1 ATAT-ATGTAATAGGTAGTGCTT
65271 ATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATAT-ATGTAATAGGTAGTGCTT
65294 ATAT-TGTAA
1 ATATATGTAA
65303 AGTATCTATC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 7, Indels: 2
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.10
23 43 0.90
ACGTcount: A:0.36, C:0.04, G:0.21, T:0.40
Consensus pattern (22 bp):
ATATATGTAATAGGTAGTGCTT
Found at i:65695 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 65651--65695 Score: 54
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
65641 ATTACATAAC
**
65651 TTTAAAAAAAGTATCGATTCTT
1 TTTAAAAAAAGTATCGACACTT
* *
65673 TTTATAAAAAGTATGGACACTT
1 TTTAAAAAAAGTATCGACACTT
65695 T
1 T
65696 CATATATAGG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 19 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (22 bp):
TTTAAAAAAAGTATCGACACTT
Found at i:65741 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 65710--65782 Score: 119
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
65700 TATAGGTAAA
*
65710 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
65733 ATATAATGTAATAGGTAGCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
65756 ATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
65779 ATAT
1 ATAT
65783 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 46 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.05, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:66269 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 66199--66271 Score: 92
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
66189 ATAGGTAAAA
*
66199 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
* * * *
66222 AAAAAATGTAATATGTAGCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
66245 ATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
66268 ATAT
1 ATAT
66272 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 10, Indels: 0
0.80 0.20 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 40 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.05, G:0.21, T:0.37
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:66718 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 66687--66759 Score: 119
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
66677 ATAGGTAAAA
*
66687 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
66710 ATATAATGTAATAGGTAGCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
66733 ATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
66756 ATAT
1 ATAT
66760 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 46 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.05, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:67123 original size:977 final size:980
Alignment explanation
Indices: 60905--71751 Score: 19240
Period size: 977 Copynumber: 11.2 Consensus size: 980
60895 TTTTTTATAA
* *
60905 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATAGTTTTTTCACTGTGAAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
60970 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
*
61035 ACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
*
61100 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
* *
61165 TAATTTTTTTATGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTATT-
261 TAA-TTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTA
61229 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT-AAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
325 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
* *
61293 GACTCTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
390 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
61358 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTC
455 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTC
* *
61423 CATACTTTTTTCACTGTAGAAAATATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTA
520 CATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTA
*
61488 ATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATATTTTACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTA
585 ATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTA
61553 AAAACAATAAACATATATA-TACATATTTATTATTATCTTTGGTT-ATATTGTTAAATTTAAAAT
650 AAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAAT
*
61616 CTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAA
715 CTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAA
*
61681 TTAATATTGTAGGTGGAAAACATAAAACACTGTTAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT
780 TTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT
* *
61746 CAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATG
845 AAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATG
* * *
61811 ATGTAATAGGTAGTGCTTATATAATATAATAGGTAGCGTTTATATAATGTAATATGTAGTGCTTA
910 ATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTA
61876 TATTGT
975 TATTGT
*
61882 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAATGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
61947 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
*
62012 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTATATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
*
62077 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
* * * *
62142 TAATTTTTTATGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGAAGGTGGAAAACATAAAACACTATTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
*
62207 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT-AAAAAAAGTATCGATTCTTTTTATAAAAAGTATGG
326 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
*
62271 ACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
391 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
*
62336 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCC
456 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTCC
62401 ATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAA
521 ATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAA
62466 TTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTA-TTTTTACGTTACGG--TATATTATTATTAAATTAA
586 TTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAA
*
62528 AAAAAATAAACATATATATTACATA-TTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATC
651 AAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATC
62592 TAAATAATATTTTAT-AAATATCAAAACAATCAAATAA-TTTTT-TGTAAATGTAATTATTAAAT
716 TAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAAT
62654 TAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACA-TGTTAAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT
781 TAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-AAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT
62718 AAAAAAAAGTATCGATCC-TTTTATAAAAAGTATGGGCACTTTCAATATAATAGGT-AAAA-AT-
845 AAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATG
* *
62779 ATGTAATAGGTAGCGCTTA-AAAATGTAATATGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTA
910 ATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTA
62843 TATTGT
975 TATTGT
* * *
62849 AAAGTATCTATCATTTCTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAATATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
*
62914 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTCGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
62979 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
*
63044 TCTTTGGATAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
63109 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
*
63174 AAAAATTAAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
326 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
*
63239 GCAGTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
391 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
*
63304 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTCT
456 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTCC
*
63369 ATACTTTTTTCATTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAA
521 ATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAA
63434 TTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTTACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTA
586 TTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTA-TTTTTTACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTA
*
63499 AAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTACTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAAT
650 AAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAAT
*
63564 CTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAGTTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAA
715 CTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAA
63629 TTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTT
780 TTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-AAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTT
63694 TAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATAT
844 TAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATAT
*
63759 GATGTAATAGGTAGCGCTTATATAGTGTAATAGGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
909 GATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
63824 ATATTGT
974 ATATTGT
*
63831 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATATTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
63896 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
*
63961 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTATATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
*
64026 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
* * * *
64091 TAATTTTTTATGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGAAGGTGGAAAACATAAAACACTATTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
64156 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT-AAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
326 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
*
64220 ACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
391 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
*
64285 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCC
456 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTCC
64350 ATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAA
521 ATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAA
64415 TTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAA
586 TTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAA
*
64480 AAAAAATAAACATATATATTACATATTTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATC
651 AAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATC
64545 TAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAAT
716 TAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAAT
*
64610 TAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAGCACTGTTAAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT
781 TAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-AAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT
*
64675 AAAAAAAAGTATCGATCATTTTTATAAAAAGTATGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATG
845 AAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATG
* *
64740 ATGTAATAGGTAGCGCTTA-AAAATGTAATATGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTA
910 ATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTA
64804 TATTGT
975 TATTGT
* * * *
64810 AAAGTATCTATCATTTCTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCATTGTGGAAAATATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
64875 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
64940 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
65005 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
*
65070 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACAGTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-A
*
65135 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTCAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
325 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
* * *
65200 GACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGTGCTTATATAATATAATAGGTA
390 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
* *
65265 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAATGTC
455 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTC
65330 CATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTA
520 CATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTA
*
65395 ATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGATATATATTATTATTAAATTA
585 ATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTA
* *
65460 AAAACAATAAACATATATATTATATATTTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATT
650 AAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAAT
* *
65525 CTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTATGTAAATGAAATTATTAAA
715 CTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAA
* * *
65590 TTAATATTGAAGGTGG-AAACATAAAACACTATTAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT
780 TTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT
* *
65654 -AAAAAAAGTATCGATTCTTTTTATAAAAAGTATGGACACTTTC-ATAT-ATAGGT-AAAATATG
845 AAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATG
65715 ATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTA
910 ATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTA
65780 TATTGT
975 TATTGT
65786 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
65851 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
*
65916 ACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAAAAA-AATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
65980 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
*
66045 TAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
*
66110 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTGTGG
326 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
* * *
66175 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTAAAAAATGTAATATGTAG
391 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
*
66240 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCATTTCTATAAAAGTGTCC
456 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTCC
*
66305 ATACTTTTTTCACTGTGGAAAATATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAA
521 ATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAA
*
66370 TTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGA-TTATTTTTTACGTTACGATATATATTATTATTAAATT-A
586 TTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAA
*
66433 AAACAATAAACATATATATTACATA-TTATTATTATCTTTGGATAATATTGTTAAATTTAAAATC
651 AAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATC
*
66497 TAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAAT
716 TAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAAT
*
66562 TAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAAAAAAAATTAAAACATAAATTACATAACTTT
781 TAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-AAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT
*
66627 AAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGGCAGTTTCAATATAATAGGTAAAAATATG
845 AAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATG
66692 ATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTA
910 ATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTA
66757 TATTGT
975 TATTGT
* * *
66763 AAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTCTATAC-TTTTTCATTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
66827 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
* *
66892 ACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTACTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
66957 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
* * *
67022 TAGTTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAAAACTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-A
67087 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
325 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
*
67152 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAGTGTAATAGGTA
390 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
*
67217 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTC
455 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTC
*
67282 CATATTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAG-TTTAAGATATTA
520 CATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTA
*
67346 ATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTA-TTTTTACGTTACGATATATATTATTATTAAATTA
585 ATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTA
* *
67410 AAAACAATAAACATATATATTATATATTTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATT
650 AAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAAT
* *
67475 CTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTATGTAAATGAAATTATTAAA
715 CTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAA
* * *
67540 TTAATATTGAAGGTGGAAAACATAAAACACTATTAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT
780 TTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT
*
67605 -AAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATG
845 AAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATG
67669 ATGTAATAGGTAGCG-TTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTA
910 ATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTA
67733 TATTGT
975 TATTGT
67739 -AAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
67803 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
* *
67868 ACGTTACG--GTATATTATTATTAAATTAAAAA-AATAAACATATATATTACGTATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
67930 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
67995 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
68060 AAAAATT-AAA-ATAAATTACATAACTTT-AAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
326 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
* *
68122 GCAGTTTCAATAAAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
391 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
*
68187 CG-TT-TATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCATTTTTAT-AAAGTGTCT
456 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTCC
*
68249 ATACTTTTTTCATTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATC-TTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAA
521 ATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAA
68313 TTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGGTATATATTATTATTAAATT-A
586 TTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAA
68377 AAA-AATAAAC--ATATATTACATA--T-TTATTATCTTTGGTT-ATATTGTTAAATTTAAAATC
651 AAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATC
68435 TAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAAT
716 TAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAAT
*
68500 TAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACATTGTTAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTA
781 TAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTA
*
68565 AAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTGTGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGA
846 AAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGA
* * *
68630 TGTAATAGGTAGCGCTTAAAAAATGTAATATGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTAT
911 TGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTAT
68695 ATTGT
976 ATTGT
* * *
68700 AAAGTATCTATCATTTCTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAATATT-ATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
68764 TTATC-TTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
68828 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
*
68893 TCTTTGGATAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
68958 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-A
*
69023 AAAAAATTAAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
325 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
*
69088 GGCAGTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
390 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
69153 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTC
455 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTC
* *
69218 TATACTTTTTTCATTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTA
520 CATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTA
69283 ATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTA
585 ATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTA
*
69348 AAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTACTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAAT
650 AAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAAT
*
69413 CTAAA-AATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAGTTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAA
715 CTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAA
*
69477 TTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAAAACTGTTAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT
780 TTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT
*
69542 -AAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATG
845 AAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATG
*
69606 ATGTAATAGGTAGCGCTTATATAGTGTAATAGGTAGCGTTTATAT-ATGTAATAGGTAGTGCTTA
910 ATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTA
69670 TATTGT
975 TATTGT
*
69676 AAAGTATCTATCC-TTTTAT-AAAGTGTCCATATTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
69739 TTATCTTTTGAGTGAG-TTT-AGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGA-TTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
*
69801 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTATATATTTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
*
69866 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
* * *
69931 TAA-TTTTTATGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGAAGGTGGAAAACAT-AAAC-CTATTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
69993 AAAAATTGAAACATAAA-TACATAACTTT-AAAAAAAGTATCGATCCTTTTTAT-AAAAGTATGG
326 AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
*
70055 ACACTTTC-A-ATAA-AGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
391 GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
*
70117 CGTTTATATAATGTAATA-GTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATC-CTTTTATAAAAGTGTCC
456 CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTCC
70180 ATAC-TTTTTCACTGTGG-AAACATTAATTTAAGGTTATC-TTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAA
521 ATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAA
70242 TTT-GTAATTATAGGCGTCTAATGA-TT-TTTTTTAC-TTACGGTATATATTA-TATTAAATT-A
586 TTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAA
70301 AAA-AA-AAACATATATATTACATATTTATTATTATCTTTGGTT--TATTGTTAAATTTAAAATC
651 AAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATC
70362 TAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAAT
716 TAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAAT
*
70427 T-AT-TTGTAGGTGGAAAACATGAAGCACTGTTAAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT
781 TAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-AAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTT
70490 AAAAAAAAGTATCGATCC-TTTTATAAAAAGTATGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATG
845 AAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATG
* * *
70554 ATGTAATAGGTAGCGCTTAAAAAATGTAATATGTAGCG-TT-TATAATGT-ATAGGTA-TGCTTA
910 ATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTA
70615 TATTGT
975 TATTGT
* * *
70621 AAAGTATCTATCATTTCTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAATATTAATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
70686 TTATC-TTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
70750 ACGTTACGATATATATTATTATT-AATTAAAAACAATAAAC--ATATA-TACATA-TTATTATTA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
70810 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATC-AAACAATCAAA
196 TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
70874 TAA-TTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
261 TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTT-A
*
70938 AAAAAATTAAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
325 AAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATG
* * *
71003 GGCAGTTTCAATAAAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATAT-ATGTACTAGGTA
390 GGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTA
71067 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCA-TTTTATAAAAGTGTC
455 GCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTC
* *
71131 TATACTTTTTTCATTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTA
520 CATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTA
*
71196 ATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTTATGTTACGGTATATATTATTATTAAATT
585 ATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTA-TTTTTTACGTTACGGTATATATTATTATTAAATT
*
71261 AAAAACAATAAACATATATATTACATATTTTATTACTATCTTTGGTTAA-ATTGTTAAATTT-AA
649 AAAAACAATAAACATATATATTACATA-TTTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAA
*
71324 ATCTAAAT-A-ATTTT-TAAAATATCAAAACAATCAAATAGTTTTTTTGTGTAAATGTAATTATT
713 ATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATA-ATTTTTTGTGTAAATGTAATTATT
* *
71386 AAATTAATATTCTAGGTGGAAAACATGAAACATTGTTAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAAC
777 AAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAAC
71451 TTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAAT
842 TTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAAT
71516 ATGATGTAATAGGTAGCGCTTATAT-ATGTAATA-GTAGCG-TT-TAT-ATGTAATAGGTAGTGC
907 ATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGC
71576 TTA-ATTGT
972 TTATATTGT
*
71584 AAAGTATCTATCCTTTCTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGG-AAACATT-ATTTAAGG
1 AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
71647 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTA--TTTT
66 TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
*
71710 ACGTTAC-A-ATATATGATTATT-AATTAAAAAC-ATAAACATATA
131 ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATA
Statistics
Matches: 9508, Mismatches: 258, Indels: 226
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
943 60 0.01
944 65 0.01
945 33 0.00
946 48 0.01
947 93 0.01
948 210 0.02
949 125 0.01
950 37 0.00
951 35 0.00
952 86 0.01
953 21 0.00
954 36 0.00
955 35 0.00
956 23 0.00
957 29 0.00
958 49 0.01
959 174 0.02
960 197 0.02
961 107 0.01
962 192 0.02
963 340 0.04
964 97 0.01
965 140 0.01
966 137 0.01
967 593 0.06
968 286 0.03
969 168 0.02
970 88 0.01
971 249 0.03
972 236 0.02
973 425 0.04
974 501 0.05
975 298 0.03
976 669 0.07
977 1119 0.12
978 509 0.05
979 549 0.06
980 357 0.04
981 703 0.07
982 389 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (980 bp):
AAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGG
TTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTT
ACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTA
TCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAA
TAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAA
AAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGG
GCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAG
CGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTATATTGTAAAGTATCTATCATTTTTATAAAAGTGTCC
ATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAA
TTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGGTATATATTATTATTAAATTAA
AAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAAATC
TAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGTAAATGTAATTATTAAAT
TAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTGTTAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTA
AAAAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGGCACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGA
TGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTAGCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTGCTTAT
ATTGT
Found at i:67209 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 67177--67249 Score: 110
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
67167 ATAGGTAAAA
*
67177 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
* *
67200 ATATAGTGTAATAGGTAGCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
67223 ATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
67246 ATAT
1 ATAT
67250 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 44 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.23, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:67694 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 67664--67735 Score: 110
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
67654 ATAGGTAAAA
*
67664 ATATGATGTAATAGGTAGCG-TT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
67686 ATATAATGTAATAGGTAGCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
67709 ATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
67732 ATAT
1 ATAT
67736 TGTAAGTATC
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 1
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
22 19 0.41
23 27 0.59
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.22, T:0.39
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:68177 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 68146--68216 Score: 110
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
68136 ATAGGTAAAA
*
68146 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
68169 ATATAATGTAATAGGTAGCG-TT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
68191 -TATAATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
68213 ATAT
1 ATAT
68217 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 2, Indels: 4
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 18 0.41
22 4 0.09
23 22 0.50
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.23, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:68196 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 68151--68221 Score: 97
Period size: 21 Copynumber: 3.3 Consensus size: 21
68141 TAAAAATATG
68151 ATGTAATAGGTAGCGCTTATATA
1 ATGTAATAGGTAGCG-TT-TATA
68174 ATGTAATAGGTAGCGTTTATA
1 ATGTAATAGGTAGCGTTTATA
* *
68195 ATGTAATAGGTAGTGCTTATA
1 ATGTAATAGGTAGCGTTTATA
*
68216 TTGTAA
1 ATGTAA
68222 AGTATCTATC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 28 0.62
22 2 0.04
23 15 0.33
ACGTcount: A:0.34, C:0.06, G:0.23, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
ATGTAATAGGTAGCGTTTATA
Found at i:68694 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 68624--68696 Score: 92
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
68614 ATAGGTAAAA
*
68624 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
* * * *
68647 AAAAAATGTAATATGTAGCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
68670 ATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
68693 ATAT
1 ATAT
68697 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 10, Indels: 0
0.80 0.20 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 40 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.05, G:0.21, T:0.37
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:69144 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 69113--69185 Score: 119
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
69103 ATAGGTAAAA
*
69113 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
69136 ATATAATGTAATAGGTAGCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
69159 ATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
69182 ATAT
1 ATAT
69186 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 46 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.05, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:69658 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 69601--69677 Score: 111
Period size: 23 Copynumber: 3.5 Consensus size: 22
69591 ATAGGTAAAA
69601 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATAT-ATGTAATAGGTAGCGCTT
*
69624 ATATAGTGTAATAGGTAGCGTTT
1 ATATA-TGTAATAGGTAGCGCTT
*
69647 ATATATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATATGTAATAGGTAGCGCTT
69669 ATAT-TGTAA
1 ATATATGTAA
69678 AGTATCTATC
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 3, Indels: 4
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.10
22 20 0.40
23 25 0.50
ACGTcount: A:0.32, C:0.05, G:0.23, T:0.39
Consensus pattern (22 bp):
ATATATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:70107 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 70076--70147 Score: 110
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
70066 AAAGGTAAAA
*
70076 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
70099 ATATAATGTAATAGGTAGCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
*
70122 ATATAATGTAATA-GTAGTGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
70144 ATAT
1 ATAT
70148 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 1
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
22 11 0.24
23 34 0.76
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.21, T:0.39
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:71087 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 71028--71104 Score: 102
Period size: 23 Copynumber: 3.5 Consensus size: 22
71018 ATAGGTAAAA
71028 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATAT-ATGTAATAGGTAGCGCTT
* *
71051 ATATATGTACTAGGTAGCGTTT
1 ATATATGTAATAGGTAGCGCTT
*
71073 ATATAATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATAT-ATGTAATAGGTAGCGCTT
71096 ATAT-TGTAA
1 ATATATGTAA
71105 AGTATCTATC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 4
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.10
22 20 0.42
23 23 0.48
ACGTcount: A:0.32, C:0.06, G:0.22, T:0.39
Consensus pattern (22 bp):
ATATATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:71554 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 71514--71585 Score: 91
Period size: 20 Copynumber: 3.5 Consensus size: 22
71504 ATAGGTAAAA
71514 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATAT-ATGTAATAGGTAGCGCTT
71537 ATATATGTAATA-GTAGCG-TT
1 ATATATGTAATAGGTAGCGCTT
*
71557 -TATATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATATGTAATAGGTAGCGCTT
71578 A-AT-TGTAA
1 ATATATGTAA
71586 AGTATCTATC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 1, Indels: 9
0.82 0.02 0.16
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.24
20 12 0.27
21 10 0.22
22 8 0.18
23 4 0.09
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.22, T:0.39
Consensus pattern (22 bp):
ATATATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:71562 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 71514--71589 Score: 81
Period size: 19 Copynumber: 3.7 Consensus size: 21
71504 ATAGGTAAAA
71514 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATAT-ATGTAATA-GTAGCGCTT
71537 ATATATGTAATAGTAGCG-TT
1 ATATATGTAATAGTAGCGCTT
*
71557 -TATATGTAATAGGTAGTGCTT
1 ATATATGTAATA-GTAGCGCTT
71578 A-AT-TGTAA-AGTA
1 ATATATGTAATAGTA
71590 TCTATCCTTT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 1, Indels: 11
0.80 0.02 0.18
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.06
19 12 0.24
20 12 0.24
21 10 0.20
22 8 0.16
23 4 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.05, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
ATATATGTAATAGTAGCGCTT
Done.