genome.fa.s9108.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009108.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112578_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85035

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 106 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4206--4264	17	3.5	17	90	9	95	10	23	47	18	1.79
4198--4222	11	2.3	11	100	0	50	16	28	40	16	1.89
4233--4274	13	3.2	13	77	9	50	4	23	52	19	1.65
4274--4312	18	2.2	18	85	0	51	25	25	33	15	1.95
6646--6810	59	2.8	59	78	10	149	44	4	17	33	1.68
7337--7384	22	2.2	22	81	7	53	45	8	0	45	1.33
13009--13111	24	4.3	24	83	8	122	20	10	17	51	1.75
13022--13109	12	7.3	12	70	5	70	18	11	18	52	1.74
13933--13984	24	2.2	24	85	0	68	17	13	19	50	1.78
13945--14015	24	3.0	24	79	6	81	19	9	19	50	1.75
18558--18616	24	2.4	25	75	8	59	16	10	20	52	1.72
20346--20400	27	2.0	27	86	6	76	50	0	1	47	1.11
20681--20718	16	2.5	15	91	4	58	71	0	5	23	1.07
20681--20723	3	14.3	3	80	9	52	69	0	4	25	1.07
21961--22028	3	22.0	3	82	5	73	69	0	0	30	0.89
21961--22037	28	2.8	28	84	5	86	70	0	0	29	0.88
22298--23048	113	6.7	112	93	2	1238	27	20	14	37	1.92
23480--23534	22	2.5	22	87	0	83	36	14	14	34	1.87
24998--25259	77	3.4	76	66	20	204	27	22	16	33	1.96
24978--25325	151	2.3	152	95	1	626	28	22	16	33	1.95
25075--25314	77	3.2	75	64	18	190	29	21	15	33	1.94
26249--26588	114	3.0	114	93	0	572	31	19	15	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28850--28899	12	4.3	11	80	10	55	0	12	4	84	0.76
29099--29283	90	2.1	90	98	0	361	27	21	16	34	1.95
29199--29351	68	2.2	68	98	0	297	28	17	19	33	1.95
31551--31602	12	3.9	12	73	22	50	57	5	11	25	1.55
31543--31600	29	2.0	28	90	3	89	60	5	12	22	1.51
31620--31707	20	4.2	20	69	12	52	55	7	15	20	1.65
31660--31717	14	4.1	14	80	12	57	56	6	17	18	1.62
33271--33324	28	2.0	27	85	3	72	61	1	5	31	1.30
34147--34179	15	2.3	15	94	5	59	69	0	3	27	1.03
35421--35488	3	22.0	3	85	5	91	66	0	2	30	1.07
35421--35485	25	2.6	25	87	4	87	66	0	3	30	1.07
35422--35491	28	2.5	28	88	4	97	67	0	2	30	1.05
35441--35499	9	6.3	10	78	7	54	71	0	0	28	0.87
35525--35568	23	1.9	23	95	0	79	13	29	15	40	1.86
40379--40439	11	5.9	10	77	9	52	14	6	1	77	1.05
40386--40467	31	2.7	29	83	12	94	17	6	1	75	1.06
40379--40439	5	11.8	5	75	13	52	14	6	1	77	1.05
43487--43537	21	2.4	21	96	0	93	31	37	3	27	1.75
44653--44859	86	2.4	86	88	0	299	30	25	21	22	1.99
44728--44861	42	3.1	42	70	16	112	31	23	21	23	1.98
44917--45497	200	2.9	199	86	3	736	33	19	20	26	1.97
46446--46502	13	4.3	13	77	18	55	26	5	0	68	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46464--46504	18	2.3	18	86	0	55	31	2	0	65	1.05
46572--46601	15	1.9	16	93	6	53	13	6	3	76	1.11
46581--46642	34	1.9	31	84	12	81	12	9	3	74	1.19
48378--48411	16	2.1	17	88	5	52	52	0	2	44	1.16
48545--48620	37	2.1	37	100	0	152	13	40	15	30	1.86
48558--48624	21	3.4	21	66	26	65	13	37	20	28	1.91
49805--49850	20	2.2	21	85	11	60	21	6	0	71	1.08
49788--49850	21	3.0	20	77	13	65	23	6	1	68	1.22
50952--51044	21	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
50949--51044	41	2.3	41	98	0	183	39	17	23	18	1.92
50952--51044	20	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
51033--51127	20	4.7	20	76	2	82	35	23	16	24	1.95
51030--51107	41	1.9	41	83	0	102	41	21	15	21	1.90
52957--53001	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
53474--53540	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
53529--53618	14	5.9	14	73	19	81	47	25	18	7	1.75
53513--53623	32	3.4	32	94	1	195	46	24	19	9	1.78
53630--53737	19	5.6	19	84	3	117	14	21	23	40	1.90
53630--53737	39	2.8	38	80	4	126	14	21	23	40	1.90
55583--55618	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
55725--55810	14	5.5	14	79	17	82	47	19	20	11	1.81
55706--55815	51	2.3	47	85	6	139	43	20	22	12	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55735--55782	18	2.6	19	93	6	89	47	16	20	14	1.82
56385--56434	18	2.8	18	100	0	100	44	18	22	16	1.87
56682--56718	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
58076--58142	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
58076--58198	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
60197--60381	19	10.1	19	77	14	174	43	22	22	12	1.86
60197--60381	33	5.1	38	81	10	174	43	22	22	12	1.86
60377--60421	19	2.4	19	92	0	72	8	15	26	48	1.74
60974--61067	20	4.7	20	77	2	80	23	17	24	35	1.95
61056--61151	41	2.3	41	98	0	147	18	23	17	39	1.92
61056--61148	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
63224--63257	15	2.1	17	89	10	54	67	0	11	20	1.21
64465--64516	14	3.5	14	86	7	68	76	1	1	19	0.97
64464--64528	20	3.2	19	79	14	60	75	1	4	18	1.05
64541--64636	35	2.7	35	93	1	156	44	7	2	45	1.43
64585--64683	40	2.5	41	83	8	123	49	5	2	43	1.36
64661--64691	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
66599--66683	25	3.4	25	95	0	152	23	15	12	48	1.79
75016--75060	7	6.6	7	85	14	67	84	2	0	13	0.72
75010--75051	12	3.3	12	87	12	50	80	2	2	14	0.90
75010--75067	19	3.1	19	87	7	82	81	1	3	13	0.91
75094--75200	50	2.2	49	89	3	169	46	5	1	45	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75139--75246	39	2.7	39	91	2	171	45	6	2	45	1.43
75206--75270	26	2.5	26	82	12	80	41	6	3	49	1.43
78143--78220	41	1.9	41	97	0	147	20	20	25	33	1.97
78147--78282	62	2.2	62	97	0	254	21	19	27	32	1.97
78209--78337	41	3.1	41	98	0	249	18	20	25	35	1.95
78168--78363	82	2.4	82	78	5	247	18	19	25	37	1.94
78147--78323	62	2.9	62	86	3	196	20	19	26	33	1.97
78321--78354	17	2.0	17	100	0	68	11	23	17	47	1.81
78352--78442	19	4.6	20	75	5	87	20	18	21	38	1.93
78372--78439	19	3.5	19	80	4	91	19	20	20	39	1.92
78352--78442	39	2.3	40	94	1	157	20	18	21	38	1.93
78519--78552	12	3.1	11	91	8	52	29	52	17	0	1.45
79155--79223	19	3.5	19	71	11	66	40	21	18	18	1.91
79155--79244	41	2.2	41	97	0	171	38	23	18	18	1.93
79173--79244	22	3.4	22	73	11	87	37	25	19	18	1.94
79155--79263	41	2.7	41	92	2	166	38	23	20	17	1.93
79208--79285	19	3.9	19	77	12	77	38	24	24	12	1.90
80986--81029	19	2.2	20	92	4	72	25	13	36	25	1.92

Tables:   1

The End!