genome.fa.s911.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000911.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001810_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  162015

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2344--2412	33	2.1	33	86	2	93	39	17	2	40	1.64
6744--6794	26	2.1	25	82	17	63	49	1	1	47	1.24
7679--7710	16	1.9	17	93	6	57	28	0	31	40	1.57
10537--10568	2	15.5	2	93	6	55	46	3	0	50	1.17
11346--11400	23	2.4	23	90	0	83	18	25	25	30	1.98
13099--13221	39	3.2	39	77	4	131	24	30	7	38	1.82
19319--19578	140	1.9	140	85	1	369	38	15	13	32	1.87
22623--22680	24	2.4	24	97	0	107	32	15	24	27	1.95
24348--24655	85	3.6	85	87	0	411	33	16	19	30	1.94
24348--24655	170	1.8	170	88	1	474	33	16	19	30	1.94
25789--25867	37	2.2	36	81	6	88	67	5	5	22	1.31
26947--26974	8	3.5	8	100	0	56	78	0	10	10	0.96
26947--26985	16	2.4	16	86	4	51	74	0	15	10	1.07
27058--27119	12	5.0	12	72	20	56	46	8	1	43	1.42
26994--27280	36	7.8	36	72	14	160	46	6	3	42	1.47
27148--27261	41	2.9	39	84	12	137	49	6	2	42	1.41
27192--27298	38	2.9	37	86	6	137	45	6	5	42	1.53
27883--28582	165	4.3	165	84	3	822	25	20	23	30	1.98
27883--28640	330	2.3	328	84	2	953	25	19	24	30	1.98
27880--28976	249	4.4	246	81	4	1009	25	19	24	30	1.98
27879--28989	414	2.7	413	82	5	1268	25	19	24	30	1.98
28537--28982	165	2.7	164	86	1	606	24	19	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30111--30331	95	2.5	84	76	16	214	31	19	18	30	1.95
30159--30354	95	2.1	94	85	3	268	32	18	15	33	1.92
32388--32430	11	3.9	11	81	0	50	0	0	32	67	0.91
32908--32970	28	2.3	28	84	10	78	74	1	1	22	0.99
32905--32982	31	2.5	32	81	8	81	71	1	1	25	1.01
32964--33037	32	2.5	29	74	18	71	45	4	2	47	1.35
32994--33289	39	7.5	39	84	10	290	44	7	4	44	1.50
33128--33482	39	8.4	44	72	23	266	44	7	3	44	1.49
33253--33316	25	2.4	27	89	10	114	46	7	4	40	1.53
33280--33482	38	5.3	37	91	8	279	43	8	3	43	1.53
33224--33352	63	2.1	61	90	10	199	46	7	3	41	1.51
33177--33481	102	2.8	101	79	19	318	44	7	3	43	1.50
32998--33482	77	6.4	76	77	16	467	44	7	3	44	1.51
34552--34584	16	2.1	16	94	0	57	21	6	33	39	1.78
34925--35166	117	2.0	120	80	10	275	44	4	6	45	1.48
34996--35089	43	2.3	43	87	9	133	45	4	4	45	1.42
35055--35079	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
35039--35177	37	3.7	39	83	12	184	41	5	7	45	1.55
35143--35200	25	2.3	24	82	8	71	46	5	5	43	1.48
35168--35386	34	6.7	32	74	16	141	42	3	8	46	1.49
35042--35386	33	10.4	33	70	18	170	41	3	8	46	1.51
35397--35443	18	2.6	19	86	10	71	21	6	4	68	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35390--35453	15	4.5	15	72	14	55	20	4	3	71	1.17
36948--37003	26	2.2	26	83	0	67	19	5	3	71	1.21
38204--38236	17	1.9	17	93	0	57	9	12	9	69	1.36
38859--38904	19	2.5	19	89	3	67	10	10	8	69	1.37
41939--43434	164	9.0	164	88	2	1949	29	24	21	24	1.99
41926--43408	85	17.9	84	78	5	1344	29	24	21	24	1.99
44032--44349	38	8.6	37	77	14	261	43	5	6	44	1.52
44172--44196	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
44158--44491	33	9.9	31	75	17	164	41	4	8	46	1.54
44278--44491	96	2.2	94	81	11	249	41	4	8	46	1.53
44046--44512	38	13.4	34	72	16	207	42	4	7	46	1.50
44515--44577	4	16.8	4	75	9	53	19	4	3	73	1.15
44515--44579	12	5.8	11	73	10	60	18	4	3	73	1.13
45208--45258	25	1.9	28	84	11	72	56	29	3	9	1.49
45189--45260	26	2.6	27	76	12	76	55	31	4	8	1.49
47635--47679	20	2.4	18	85	7	54	75	0	6	17	1.01
47645--47692	13	4.1	11	82	17	53	77	2	2	18	0.97
47648--47694	18	2.6	18	83	9	60	76	2	2	19	0.99
47919--47950	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
47950--47991	2	21.0	2	100	0	84	0	0	50	50	1.00
48982--49047	19	3.3	20	75	12	57	59	4	1	34	1.27
49043--49320	39	7.1	39	89	5	427	44	6	2	46	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49042--49307	76	3.4	75	89	7	399	43	6	3	46	1.45
52685--52744	11	5.1	11	80	11	57	73	1	1	23	1.01
52782--52834	26	2.0	26	85	0	70	26	7	24	41	1.81
53169--53384	108	2.0	108	100	0	432	34	4	6	54	1.47
54186--54251	26	2.5	25	88	9	89	30	27	21	21	1.98
54467--54636	43	3.9	42	73	9	137	25	14	8	51	1.70
58331--59213	440	2.0	440	96	0	1631	27	22	15	34	1.94
62080--62141	28	2.2	28	97	0	115	30	3	25	40	1.72
64726--65062	79	4.3	79	92	0	568	28	24	10	37	1.88
65086--65408	68	4.8	68	91	0	502	28	24	15	31	1.95
65760--66025	59	4.5	59	92	0	426	31	21	15	32	1.94
66406--66592	94	2.0	96	91	2	306	24	26	15	33	1.95
67127--67212	43	2.0	43	97	0	163	36	16	32	15	1.90
69235--69291	29	2.1	28	81	15	66	50	1	0	47	1.11
71655--71717	11	5.9	11	76	12	51	46	4	1	47	1.33
71633--71723	31	2.9	31	88	4	130	49	4	1	45	1.29
72205--72322	35	3.3	36	85	5	150	33	6	18	41	1.77
73514--73545	15	2.1	15	94	0	55	53	15	25	6	1.65
76839--76934	21	5.2	21	64	31	76	30	5	20	43	1.74
76831--76984	35	4.3	36	93	4	242	31	5	19	44	1.73
81339--81378	15	2.7	15	84	7	55	30	0	5	65	1.14
83110--83168	26	2.3	26	100	0	118	32	15	15	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95530--96507	54	17.9	55	83	3	1003	30	19	26	23	1.98
96700--96739	15	2.7	15	84	7	55	27	0	7	65	1.20
96715--96753	18	2.2	17	90	4	60	28	0	12	58	1.34
96764--96791	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
112814--112839	12	2.2	12	100	0	52	34	0	26	38	1.57
121385--121419	18	1.9	18	88	0	52	14	0	20	65	1.26
121759--121822	3	21.3	3	96	0	119	67	1	0	31	1.00
122004--122489	130	3.7	130	83	1	551	31	18	20	30	1.96
122378--122495	45	2.6	45	75	10	107	33	21	17	27	1.96
123778--123825	15	3.4	15	86	13	59	2	16	0	81	0.79
123774--123825	19	2.8	18	80	11	61	3	15	0	80	0.85
126014--126049	18	2.0	18	100	0	72	38	33	5	22	1.77
135100--135149	11	4.2	12	78	12	50	70	14	0	16	1.18
137124--137178	25	2.2	24	83	3	65	9	18	43	29	1.80
145973--146195	44	5.2	42	90	3	338	31	23	26	17	1.97
145972--146195	87	2.6	85	88	6	342	32	23	26	17	1.97
146664--146725	27	2.3	27	83	5	72	40	0	0	59	0.97
146649--146712	3	21.7	3	87	9	87	35	0	0	64	0.94
148285--148327	20	2.2	20	86	0	59	32	0	2	65	1.06
159601--159688	15	6.1	15	76	19	80	80	0	18	1	0.77
159605--159678	33	2.3	32	84	9	96	83	0	14	1	0.71
159605--159687	40	2.1	39	84	6	105	83	0	15	1	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159612--159688	27	2.9	27	86	7	97	81	0	18	0	0.68
160375--160580	113	1.9	109	86	4	295	33	16	20	30	1.95
161293--162013	109	6.5	112	76	14	606	37	14	18	29	1.90
161669--161962	102	2.8	102	78	14	307	38	11	19	30	1.88

Tables:   1

The End!