Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01009129.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112626_pilon, whole genome shotgun sequence
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2061 ATAACAACTC
* *
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1 TCACACTCTCATGCATACAA
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TCACACTCTCATGCATACAA
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6132 TAATAAAAAT
6142 AATTAAATACAAAC
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1 AATTAAATACAAAC
* *
6169 GA-TACAATTCAAAC
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AATTAAATACAAAC
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6681 ACCATGCGGT
* *
6691 GGTGGCATATGAATCAGCTGT
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GGTGGCATATGAATCAGATGC
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6673 TCATAAAAAC
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1 CATGCGGTGGTGGCATATGAAT
*
6705 CA-GCTGTGGTGGCATATGAA
1 CATGCGGTGGTGGCATATGAA
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CATGCGGTGGTGGCATATGAAT
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11401 ATATATAATT
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1 TTTTATTTAAA-AAAATAAAA
*
11431 TTTTATTTAAAAAGATAAAA
1 TTTTATTTAAAAAAATAAAA
11451 AAATATAATT
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TTTTATTTAAAAAAATAAAA
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12393 TCCGCCCTTC
12403 CTCTCTCCATTTTCTCTCCTATT
1 CTCT-TCC-TTTTCTCTCCTATT
*
12426 CTCTTCCTTTTC-CTTCACAATT
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12448 C-CTT-CTTTCTCTCTCCTAT
1 CTCTTCCTTT-TCTCTCCTAT
12467 GTTTCCACCT
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CTCTTCCTTTTCTCTCCTATT
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18248 GAGGGAGTGC
*
18258 AACATGTTGTACTAGATTCTTCTACCCATAGATA
1 AACATGTTGTACCAGATTCTTCTACCCATAGATA
18292 AACATGTTGTACCAGATTCTTCTACCCATAGATA
1 AACATGTTGTACCAGATTCTTCTACCCATAGATA
18326 TAGTTTGGAA
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AACATGTTGTACCAGATTCTTCTACCCATAGATA
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24209 TTCACAAAAA
*
24219 AAATTGATATATAAATT
1 AAATTAATATATAAATT
24236 -AATTAATA-ATAAATT
1 AAATTAATATATAAATT
24251 AAATTAA
1 AAATTAA
24258 AAATTTATAT
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AAATTAATATATAAATT
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25817 TATTTTAGAG
25827 AAATATTAATTTAA-CCCTA
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25846 AAATATTAATTTAACCCCTA
1 AAATATTAATTTAACCCCTA
25866 AA
1 AA
25868 CTATAGATAA
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AAATATTAATTTAACCCCTA
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31356 ATAAAGTACA
*
31366 ATAACATACTAGGTAGCGCTTAT
1 ATAACATAATAGGTAGCGCTTAT
**
31389 ATAATGTAATAGGTAGCGCTTAT
1 ATAACATAATAGGTAGCGCTTAT
31412 AT
1 AT
31414 TTACCTATTT
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ATAACATAATAGGTAGCGCTTAT
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31797 ATAACCACTG
31807 CCTATTACATTATATAAACGATA
1 CCTATTACATTATATAAACGATA
** *
31830 CCTATTACATTATATAAGGGCTA
1 CCTATTACATTATATAAACGATA
*
31853 CCTATTACATCATAT
1 CCTATTACATTATAT
31868 GTTTACCTAT
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CCTATTACATTATATAAACGATA
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32215 ACACTTTACA
*
32225 ATATAACCACTACCTATTACATT
1 ATATAAACA-TACCTATTACATT
32248 ATATAAACGATACCTATTACATT
1 ATATAAAC-ATACCTATTACATT
32271 ATATAA
1 ATATAA
32277 GGGCTACCTA
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ATATAAACATACCTATTACATT
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32225 ATATAACCAC
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1 TACCTATTACATTATATAAACGA
** *
32258 TACCTATTACATTATATAAGGGC
1 TACCTATTACATTATATAAACGA
*
32281 TACCTATTACATCATAT
1 TACCTATTACATTATAT
32298 GTTTACCTAT
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TACCTATTACATTATATAAACGA
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32645 GACACTTACA
* *
32655 ATATAACCACTACCTATTACATT
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*
32678 ATA-AAACGATACCTATACATT
1 ATATAAACGCTACCTATACATT
** *
32699 ATATAAGGGCTACCTATACATC
1 ATATAAACGCTACCTATACATT
32721 ATAT
1 ATAT
32725 GTTTACCTAT
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ATATAAACGCTACCTATACATT
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33071 ACACTTTACA
*
33081 ATATAACCACTACCTATTACATT
1 ATATAAACA-TACCTATTACATT
33104 ATATAAACGATACCTATTACATT
1 ATATAAAC-ATACCTATTACATT
33127 ATATAA
1 ATATAA
33133 GGGCTACCTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 2
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23 26 0.96
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ATATAAACATACCTATTACATT
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33081 ATATAACCAC
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1 TACCTATTACATTATATAAACGA
** *
33114 TACCTATTACATTATATAAGGGC
1 TACCTATTACATTATATAAACGA
*
33137 TACCTATTACATCATAT
1 TACCTATTACATTATAT
33154 GTTTACCTAT
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TACCTATTACATTATATAAACGA
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33458 TCCACAGTGA
* *
33468 AAAAAGTATGGACACTTTAT
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1 AAAAAGGATAGACACTTTA
33507 CAATATAACC
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AAAAAGGATAGACACTTTAT
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33509 ATATAACCAC
33519 TACCTATTACATTATATAAACGA
1 TACCTATTACATTATATAAACGA
** *
33542 TACCTATTACA-TATATAAGGGC
1 TACCTATTACATTATATAAACGA
*
33564 TACCTATTACATCATAT
1 TACCTATTACATTATAT
33581 GTTTACCTAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 2
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22 19 0.56
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TACCTATTACATTATATAAACGA
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33921 ACACTTTACA
*
33931 ATATAACCACTACCTATTACATT
1 ATATAACCACTACATATTACATT
*
33954 ATATAACGA-TACATATTACATT
1 ATATAACCACTACATATTACATT
33976 ATATAA
1 ATATAA
33982 GGGCTACCTA
Statistics
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22 18 0.69
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33921 ACACTTTACA
*
33931 ATATAACCACTACCTATTACATT
1 ATATAA-CGCTACCTATTACATT
* *
33954 ATATAACGATACATATTACATT
1 ATATAACGCTACCTATTACATT
* *
33976 ATATAAGGGCTACCTATTACATC
1 ATATAA-CGCTACCTATTACATT
33999 ATAT
1 ATAT
34003 GTTTACCTAT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 7, Indels: 2
0.82 0.14 0.04
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22 19 0.46
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31515 GGATCGATAC
31525 TTTAACAGTGTTTCATGTTTTCCACCTACAATATTAATTTAATAATTTCATTTGCACAAAAAATT
1 TTTAACAGTGTTTCATGTTTTCCACCTACAATATTAATTTAATAATTTCATTTGCACAAAAAATT
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131 GTAACGTAAAAAATAAATCATTAGACGCCTATAATTACTAAATTAATATCTTAAAACTCACTCAA
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196 AAGATAACCTTAAATTAATGTTTTCCACAGTGAAAAAAGTATGGACACTTTTATAAAAAGGATAG
*
31785 ACACTTTACAATATAACCACTGCCTATTACATTATATAAACGATACCTATTACATTATATAAGGG
261 ACACTTTACAATATAACCACTACCTATTACATTATATAAACGATACCTATTACATTATATAAGGG
31850 CTACCTATTACATCATATGTTTACCTATTATATTGAAAGTGTCCATACTTTTTATAAAAAGGATC
326 CTACCTATTACATCATATGTTTACCTATTATATTGAAAGTGTCCATACTTTTTATAAAAAGGATC
31915 GATACTTTTTTTAAAAGTTATGTAATTTATGTTTCAATTTT
391 GATACTTTTTTTAAAAGTTATGTAATTTATGTTTCAATTTT
31956 TTTAACAGTGTTTCATGTTTTCCACCTACAATATTAATTTAATAATTTCATTTGCACAAAAAATT
1 TTTAACAGTGTTTCATGTTTTCCACCTACAATATTAATTTAATAATTTCATTTGCACAAAAAATT
32021 ATTTGATTGTTTTGATATTTTATAAAATAATATTTAGAA-TTTTAATTTAATAATAATATATATC
66 ATTTGATTGTTTTGATATTTTATAAAATAATATTTAGAATTTTTAATTTAATAATAATATATATC
32085 GTAACGTAAAAAATAAATCATTAGACGCCTATAATTACTAAATTAATATCTTAAAACTCACTCAA
131 GTAACGTAAAAAATAAATCATTAGACGCCTATAATTACTAAATTAATATCTTAAAACTCACTCAA
32150 AAGATAACCTTAAATTAATGTTTTCCACAGTGAAAAAAGTATGGACACTTTTATAAAAAGGATAG
196 AAGATAACCTTAAATTAATGTTTTCCACAGTGAAAAAAGTATGGACACTTTTATAAAAAGGATAG
32215 ACACTTTACAATATAACCACTACCTATTACATTATATAAACGATACCTATTACATTATATAAGGG
261 ACACTTTACAATATAACCACTACCTATTACATTATATAAACGATACCTATTACATTATATAAGGG
32280 CTACCTATTACATCATATGTTTACCTATTATATTGAAAGTGTCCATACTTTTTATAAAAAGGATC
326 CTACCTATTACATCATATGTTTACCTATTATATTGAAAGTGTCCATACTTTTTATAAAAAGGATC
32345 GATACTTTTTTTAAAAGTTATGTAATTTATGTTTCAATTTT
391 GATACTTTTTTTAAAAGTTATGTAATTTATGTTTCAATTTT
32386 TTTAACAGTGTTTCATGTTTTCCACCTACAATATTAATTTAATAATTTCATTTGCACAAAAAATT
1 TTTAACAGTGTTTCATGTTTTCCACCTACAATATTAATTTAATAATTTCATTTGCACAAAAAATT
32451 ATTTGATTGTTTTGATATTTTATAAAATAATATTTAGAATTTTTAATTTAATAATAATATATATC
66 ATTTGATTGTTTTGATATTTTATAAAATAATATTTAGAATTTTTAATTTAATAATAATATATATC
32516 GTAACGTAAAAAATAAATCATTAGACGCCTATAATTACTAAATTAATATCTTAAAACTCACTCAA
131 GTAACGTAAAAAATAAATCATTAGACGCCTATAATTACTAAATTAATATCTTAAAACTCACTCAA
32581 AAGATAACCTTAAATTAATGTTTTCCACAGTGAAAAAAGTATGGACACTTTTATAAAAAGGATAG
196 AAGATAACCTTAAATTAATGTTTTCCACAGTGAAAAAAGTATGGACACTTTTATAAAAAGGATAG
32646 ACAC-TTACAATATAACCACTACCTATTACATTATA-AAACGATACCTA-TACATTATATAAGGG
261 ACACTTTACAATATAACCACTACCTATTACATTATATAAACGATACCTATTACATTATATAAGGG
32708 CTACCTA-TACATCATATGTTTACCTATTATATTGAAAGTGTCCATACTTTTTATAAAAAGGATC
326 CTACCTATTACATCATATGTTTACCTATTATATTGAAAGTGTCCATACTTTTTATAAAAAGGATC
32772 GATACTTTTTTTAAAAGTTATGTAATTTATGTTTCAATTTT
391 GATACTTTTTTTAAAAGTTATGTAATTTATGTTTCAATTTT
32813 TTTAACAGTGTTTCATGTTTTCCACCTACAATATTAATTTAATAATTTCATTTGCACAAAAAATT
1 TTTAACAGTGTTTCATGTTTTCCACCTACAATATTAATTTAATAATTTCATTTGCACAAAAAATT
32878 ATTTGATTGTTTTGATATTTTATAAAATAATATTTAGAATTTTTAATTTAATAATAATATATATC
66 ATTTGATTGTTTTGATATTTTATAAAATAATATTTAGAATTTTTAATTTAATAATAATATATATC
32943 GTAACGT-AAAAATAAATCATTAGACGCCTATAATTACTAAATTAATATCTTAAAACTCACTCAA
131 GTAACGTAAAAAATAAATCATTAGACGCCTATAATTACTAAATTAATATCTTAAAACTCACTCAA
33007 AAGATAACCTTAAATTAATGTTTTCCACAGTG-AAAAAGTATGGACACTTTTATAAAAAGGATAG
196 AAGATAACCTTAAATTAATGTTTTCCACAGTGAAAAAAGTATGGACACTTTTATAAAAAGGATAG
33071 ACACTTTACAATATAACCACTACCTATTACATTATATAAACGATACCTATTACATTATATAAGGG
261 ACACTTTACAATATAACCACTACCTATTACATTATATAAACGATACCTATTACATTATATAAGGG
33136 CTACCTATTACATCATATGTTTACCTATTATATTGAAAGTGTCCATACTTTTTATAAAAAGGATC
326 CTACCTATTACATCATATGTTTACCTATTATATTGAAAGTGTCCATACTTTTTATAAAAAGGATC
33201 GATACTTTTTTTAAAAGTTATGTAATTTATGTTTCAATTTT
391 GATACTTTTTTTAAAAGTTATGTAATTTATGTTTCAATTTT
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
34924 TTATGTATCAA-TTT
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34938 TTTAACAGTGTTTCATGTTTTCCACCTACAATATTAATTTAATAATTTCATTTGCACAAAAAATT
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66 ATTTGATTGTTTTGATATTTTATAAAATAATATTTAGAATTTTTAATTT-ATAATAATATATATC
35068 GTAACGTAAAAAATAAATCATTAGACGCCTATAATTACTAAATTAATATCTTAAAACTCACTCAA
130 GTAACGTAAAAAATAAATCATTAGACGCCTATAATTACTAAATTAATATCTTAAAACTCACTCAA
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195 AAGATAACCTTAAATTAATGTTTTCCACAGTGAAAAAAGTATGGACACTTTTATAAAAAGGATAG
35198 ACACTTTACAATATAACCACTACCTATTACATTATATAAACGATACCTATTACATTATATAAGGG
260 ACACTTTACAATATAACCACTACCTATTACATTATATAAACGATACCTATTACATTATATAAGGG
35263 CTACCTATTACATCATATGTTTACCTATTATATTGAAAGTGTCCA
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Statistics
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AGATAACCTTAAATTAATGTTTTCCACAGTGAAAAAAGTATGGACACTTTTATAAAAAGGATAGA
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TTATGTTTCAATTTT
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* *
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*
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** *
34826 ATAT-AGGGCTACCTATTACATC
1 ATATAAACGCTACCTATTACATT
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1 ATAT
34852 GTTTACCTAT
Statistics
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ATATAAACGCTACCTATTACATT
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35198 ACACTTTACA
*
35208 ATATAACCACTACCTATTACATT
1 ATATAAACA-TACCTATTACATT
35231 ATATAAACGATACCTATTACATT
1 ATATAAAC-ATACCTATTACATT
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1 ATATAA
35260 GGGCTACCTA
Statistics
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ATATAAACATACCTATTACATT
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35208 ATATAACCAC
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** *
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1 TACCTATTACATTATATAAACGA
*
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1 TACCTATTACATTATAT
35281 GTTTACCTAT
Statistics
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TACCTATTACATTATATAAACGA
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36148 TTTAAATTAG
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1 TATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGTATA
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* *
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66 ATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGGGAT
* **
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131 CGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCCTGTTTTCCATTCATTCTGGAAAA
36542 AAA
196 AAA
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1 TATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGTATA
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66 ATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGGGAT
* **
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131 CGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCCTGTTTTCCATTCATTCTGG-AAA
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195 AAAA
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1 TATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGTATA
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66 ATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGGGAT
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131 CGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCCTGTTTTCCATTCATTCTGG-AAA
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195 AAAA
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1 TATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGTATA
*
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66 ATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGG-GTTCGATGATTTTGGGA
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130 TCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCCTGTTTTCCATTCATTCTGGAAA
37137 AAAA
195 AAAA
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1 TATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGTATA
* *
37204 ATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGTTTTCGATGTTTTTGGGA
66 ATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGG-GTTCGATGATTTTGGGA
*
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37316 GGCCATATTG
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TATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGTATA
ATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGGGAT
CGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCCTGTTTTCCATTCATTCTGGAAAA
AAA
Found at i:36954 original size:397 final size:395
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36148 TTTAAATTAG
36158 TATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGTATA
1 TATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGTATA
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66 ATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGGGAT
*
36287 CGACAC-TTTT-TATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCTTGTTTTCCATTCATTCTGG--GA
131 CGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCTTGTTTTCCATTCATTCTGGAAAA
36348 AAATATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGT
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* *
36474 GATCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCTTGTTTTCCATTCATTCTGGG
326 GATCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCCTG-TTTCCATTCATTCTGGA
*
36539 GAAAAA
390 AAAAAA
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66 ATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGGGAT
**
36675 CGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCTTGTTTTTAATTCATTCTGGAAAA
131 CGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCTTGTTTTCCATTCATTCTGG-AAA
36740 AAAATATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGG
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325 GGATCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCCTGTTTCCATTCATTCTGG-
36935 AAAAAAA
389 AAAAAAA
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1 TATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGTATA
*
37007 ATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGTTTTCGATGATTTTGGGA
66 ATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGG-GTTCGATGATTTTGGGA
*
37072 TCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCCTGTTTTCCATTCATTCTGGAAA
130 TCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCTTGTTTTCCATTCATTCTGGAAA
37137 AAAATATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATA-T-TCTCATAAAACCGG
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* *
37200 TATAATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGTTTTCGATGTTTTT
260 TATAATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGG-GTTCGATGATTTT
*
37265 GGGATTGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCCTGTT
324 GGGATCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCCTGTT
37316 GGCCATATTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGTATA
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CGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCTTGTTTTCCATTCATTCTGGAAAA
AAATATCGACACAAACTATATTAGTGTCGACACATTATTTAGACATATTCTCTCATAAAACCGGT
ATAATTGTACCGGTTAGATTGAAAAATTACATATTACATTATACTTTTGGGTTCGATGATTTTGG
GATCGACACTTTTTATATATGGATCGACACTTTATGGGTGCACCCTGTTTCCATTCATTCTGGAA
AAAAA
Found at i:37463 original size:19 final size:19
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Indices: 37431--37478 Score: 80
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37421 TTATATTCAC
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*
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1 ATACAAAATTA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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* *
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*
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1 CGACTCT
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Indices: 41622--41663 Score: 68
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1 TATCA-TTGTTACCGGTTT
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1 TATCAT
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Done.