Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01009149.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112673_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1143513
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.18, T:0.33
File 6 of 6
Found at i:1045016 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1044990--1045053 Score: 101
Period size: 23 Copynumber: 2.8 Consensus size: 23
1044980 CAGCTCATAT
1044990 AATTGCACCGAAGTGCCACGTAG
1 AATTGCACCGAAGTGCCACGTAG
* *
1045013 AATTGCACCGGAGTGCCGCGTAG
1 AATTGCACCGAAGTGCCACGTAG
*
1045036 AATTGCACCGTAGTGCCA
1 AATTGCACCGAAGTGCCA
1045054 TATAATAATG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 37 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.27, G:0.28, T:0.19
Consensus pattern (23 bp):
AATTGCACCGAAGTGCCACGTAG
Found at i:1045240 original size:103 final size:103
Alignment explanation
Indices: 1045069--1045286 Score: 391
Period size: 103 Copynumber: 2.1 Consensus size: 103
1045059 TAATGTCCAT
* *
1045069 AAGGACCACATATCATTCCTTAAGAATCATATACATATACTAGGGATCAAGTATGTGTCTCACCA
1 AAGGACCACATATCATTCCTTAAGAATCATATACATATACCAAGGATCAAGTATGTGTCTCACCA
*
1045134 GACTTCACACATGTTCCAAAGAATACATATATGTCCCG
66 GACTTCACACATGTTCCAAAGAATACATATATATCCCG
*
1045172 AAGGACCACATATCATTCCTTAAGAATCATATACATATGCCAAGGATCAAGTATGTGTCTCACCA
1 AAGGACCACATATCATTCCTTAAGAATCATATACATATACCAAGGATCAAGTATGTGTCTCACCA
*
1045237 GACTTCATACATGTTCCAAAGAATACATATATATCCCG
66 GACTTCACACATGTTCCAAAGAATACATATATATCCCG
1045275 AAGGACCACATA
1 AAGGACCACATA
1045287 GACCCTCGAC
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 5, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
103 110 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.23, G:0.13, T:0.26
Consensus pattern (103 bp):
AAGGACCACATATCATTCCTTAAGAATCATATACATATACCAAGGATCAAGTATGTGTCTCACCA
GACTTCACACATGTTCCAAAGAATACATATATATCCCG
Found at i:1046146 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 1046038--1046258 Score: 225
Period size: 64 Copynumber: 3.5 Consensus size: 64
1046028 TAATGAAGGT
* * * * * * *
1046038 ATGCATCGATGCACTACTGATGCATCGGTACATAAAATGTATTCGATGTTGT-ATTATTACTGGG
1 ATGCATCGATGCACTACTTATGCATCGATGCACAAATTGCATTCGATGTT-TCATTATTAATGGG
* * * *
1046102 ATGCATTGATGCA-TGCCTTATGCATCGATGCACTAATTGCATTCGATGTTTCCTTATTAATGGG
1 ATGCATCGATGCACT-ACTTATGCATCGATGCACAAATTGCATTCGATGTTTCATTATTAATGGG
* * **
1046166 ATGCATCGTTGCACTACTTATGCATCGATGCACAAATTGCATTCGATGTATTTATT-TTAA-AAG
1 ATGCATCGATGCACTACTTATGCATCGATGCACAAATTGCATTCGATGT-TTCATTATTAATGGG
**
1046229 AGTGCATCGATGCACTACCAATGCATCGAT
1 A-TGCATCGATGCACTACTTATGCATCGAT
1046259 ACACCTTCAA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 22, Indels: 10
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
63 4 0.03
64 121 0.93
65 5 0.04
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (64 bp):
ATGCATCGATGCACTACTTATGCATCGATGCACAAATTGCATTCGATGTTTCATTATTAATGGG
Found at i:1047958 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 1047874--1047988 Score: 221
Period size: 55 Copynumber: 2.1 Consensus size: 55
1047864 AAAATCAGAT
1047874 ATTGAAGAAGGCTATAGCCAACATGGAAGCTCCATATCAGTTCTGCCAGTATGAG
1 ATTGAAGAAGGCTATAGCCAACATGGAAGCTCCATATCAGTTCTGCCAGTATGAG
*
1047929 ATTGAAGAAGGCTATAGCCAACATGGAAGCTTCATATCAGTTCTGCCAGTATGAG
1 ATTGAAGAAGGCTATAGCCAACATGGAAGCTCCATATCAGTTCTGCCAGTATGAG
1047984 ATTGA
1 ATTGA
1047989 TGCTGAATTA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
55 59 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (55 bp):
ATTGAAGAAGGCTATAGCCAACATGGAAGCTCCATATCAGTTCTGCCAGTATGAG
Found at i:1048483 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 1048438--1048483 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 2.9 Consensus size: 15
1048428 TATTGCAAAG
**
1048438 TTTGCATTTTTATTT
1 TTTGCATTTACATTT
1048453 TTTGCATTTATGCATTT
1 TTTGCATTTA--CATTT
1048470 TTTGCATTTACATT
1 TTTGCATTTACATT
1048484 CATATTTATA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 4
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
15 13 0.48
17 14 0.52
ACGTcount: A:0.17, C:0.11, G:0.09, T:0.63
Consensus pattern (15 bp):
TTTGCATTTACATTT
Found at i:1052305 original size:40 final size:41
Alignment explanation
Indices: 1052241--1052352 Score: 129
Period size: 40 Copynumber: 2.7 Consensus size: 41
1052231 TCACATCAAC
* *
1052241 ATGAAAATATTGGGACATTTTGAAGACTCATTTCA-ACTAGAA
1 ATGAAAATGTTGGG-CATTTTGAAGGCTCATTTCAGAC-AGAA
*
1052283 AT-AAAATGTTGGGCATTTTGAAGGCCCATTTCAGACAGAA
1 ATGAAAATGTTGGGCATTTTGAAGGCTCATTTCAGACAGAA
***
1052323 ATGATCCGTGTTGGGCATTTTGAAGGCTCA
1 ATGA-AAATGTTGGGCATTTTGAAGGCTCA
1052353 CATCAACAAG
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 7, Indels: 6
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
40 24 0.40
41 13 0.22
42 23 0.38
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.22, T:0.30
Consensus pattern (41 bp):
ATGAAAATGTTGGGCATTTTGAAGGCTCATTTCAGACAGAA
Found at i:1054309 original size:249 final size:250
Alignment explanation
Indices: 1053613--1054598 Score: 1419
Period size: 249 Copynumber: 3.9 Consensus size: 250
1053603 CAAGTTGTTT
* * * * * **
1053613 TGAAAATAAGAAAACGATTTCCAAAGTTTCTTATTTAATCTTTTTTA-AAAATGAAATTTTTGAA
1 TGAAAATGAGAAAGCGATTTTCAAAGTTTCTCATTTAAT-TGTTCAAGAAAATGAAATTTTTGAA
* * * *
1053677 AAGTAAGACGTTTCTAACCCAGTAAATTATTTCCCACAAATTTGTAAATCCTTCGGGTCATCTGT
65 AAGTAAAAAGTTTCTTACCCAATAAATTATTTCCCACAAATTTGTAAATCCTTCGGGTCATCTGT
* * * **
1053742 CAGTCTTTTGAGCATGATGTTTAAAACCTTAGGGTCATCTGTTTGTTTTTTGATTAAGATGATAA
130 CAGTCTTTAGAGCATGATGTTTAAAACCTTAGGGTCATCTGTTAGTCTTTTGAGCAAGATGATAA
*
1053807 GTCCTTAGGGTCATCCATCAGACCTTTGGGTAGGATGTTTACATATGATTTTCACA
195 GTCCTTAGGGCCATCCATCAGACCTTTGGGTAGGATGTTTACATATGATTTTCACA
* * * * *
1053863 TGAAATTGAGAAAGCGATTTTTAAAGTTTCTCATTTAATCTTGTCTAAAAAAAATGAAATTTTTA
1 TGAAAATGAGAAAGCGATTTTCAAAGTTTCTCATTTAA--TTGT-TCAAGAAAATGAAATTTTTG
* ** *
1053928 AAAAGTAAGAAG-TTCTTACCCAATAAATTATTT-CCACAAATTTGTAAATCCTTTATGGTCACC
63 AAAAGTAAAAAGTTTCTTACCCAATAAATTATTTCCCACAAATTTGTAAATCC-TTCGGGTCATC
* *
1053991 TGTCAGTCTTTAGAGCATAATGTTTAAAACCTTAGGGTCATCTGTCAGTCTTTTGAGCAAGATGA
127 TGTCAGTCTTTAGAGCATGATGTTTAAAACCTTAGGGTCATCTGTTAGTCTTTTGAGCAAGATGA
*** * *
1054056 TAAGTCCTTAGGGCCATTTGTCAGTCCTTTGGGTAGGATGTTTACATACGATTTTCACA
192 TAAGTCCTTAGGGCCATCCATCAGACCTTTGGGTAGGATGTTTACATATGATTTTCACA
*
1054115 TGAAAATGAGAAAGCGATTTTCAAAGTTTCTCATTTAA-TGTTCAAGAAAATGAATTTTTTGAAA
1 TGAAAATGAGAAAGCGATTTTCAAAGTTTCTCATTTAATTGTTCAAGAAAATGAAATTTTTGAAA
*
1054179 ATTAAAAAGTTTCTTACCCAATAAATTATTTCCCACAAATTTGTAAATCCTTCGGGTCATCTGTC
66 AGTAAAAAGTTTCTTACCCAATAAATTATTTCCCACAAATTTGTAAATCCTTCGGGTCATCTGTC
*
1054244 AGTCTTTAGAGCATGATGTTTAAAACCTTAGGGTCATCTGTTAGTCTTTTGAGCAAGACGATAAG
131 AGTCTTTAGAGCATGATGTTTAAAACCTTAGGGTCATCTGTTAGTCTTTTGAGCAAGATGATAAG
* * * * *
1054309 TCTTTAGGGACATACATCAGACCTTTGGGTAAGATGTTTACACATGATTTTCACA
196 TCCTTAGGGCCATCCATCAGACCTTTGGGTAGGATGTTTACATATGATTTTCACA
*
1054364 TGAAAATGAGAAAGAGATTTTCAAAGTTTCTCATTTAA-TGTTCAAGAAAATGAAATTTTTGAAA
1 TGAAAATGAGAAAGCGATTTTCAAAGTTTCTCATTTAATTGTTCAAGAAAATGAAATTTTTGAAA
* *
1054428 AGTAAAAAGTTTCTTA-CCAGTAAATTATTTCCCACAAATTTGTAAATCCTTCGGGTCATGTGTC
66 AGTAAAAAGTTTCTTACCCAATAAATTATTTCCCACAAATTTGTAAATCCTTCGGGTCATCTGTC
* * *
1054492 AGTCCTTCGAGTATGATGTTTAAATA-CTTAGGGTCATCTGTTAGTCTTTTGAGCAAGATGATAA
131 AGTCTTTAGAGCATGATGTTTAAA-ACCTTAGGGTCATCTGTTAGTCTTTTGAGCAAGATGATAA
* * *
1054556 GTCCTTAGGGCCATCCGTCATACCTTTGGTTAGGATGTTTACA
195 GTCCTTAGGGCCATCCATCAGACCTTTGGGTAGGATGTTTACA
1054599 CTCTTTATTG
Statistics
Matches: 660, Mismatches: 68, Indels: 18
0.88 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
248 166 0.25
249 222 0.34
250 50 0.08
251 20 0.03
252 177 0.27
253 25 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (250 bp):
TGAAAATGAGAAAGCGATTTTCAAAGTTTCTCATTTAATTGTTCAAGAAAATGAAATTTTTGAAA
AGTAAAAAGTTTCTTACCCAATAAATTATTTCCCACAAATTTGTAAATCCTTCGGGTCATCTGTC
AGTCTTTAGAGCATGATGTTTAAAACCTTAGGGTCATCTGTTAGTCTTTTGAGCAAGATGATAAG
TCCTTAGGGCCATCCATCAGACCTTTGGGTAGGATGTTTACATATGATTTTCACA
Found at i:1054775 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1054761--1054808 Score: 53
Period size: 3 Copynumber: 16.3 Consensus size: 3
1054751 ATCCGTTCCC
* * * *
1054761 ATT ATT AAT ATT ATT ATT ATT ATT TTT A-T ATT AAT ATT GTT ATT ATT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
1054808 A
1 A
1054809 CAAGCCCAAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 8, Indels: 2
0.78 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.06
3 34 0.94
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (3 bp):
ATT
Found at i:1058584 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 1058510--1058660 Score: 185
Period size: 37 Copynumber: 4.1 Consensus size: 37
1058500 CTATGCCATT
* * * * *
1058510 ATTGGGTTTACCATCCCAATGGATAAACCATTTGGTA
1 ATTGGGTTTATCATCCTAACGGATAAACCAGTCGGTA
* * * * * *
1058547 ATTAGATTTATCATCATAATGGATAAAACAATCGGTA
1 ATTGGGTTTATCATCCTAACGGATAAACCAGTCGGTA
*
1058584 ATTGGGTTTATCATCCTAACGGATGAACCAGTCGGTA
1 ATTGGGTTTATCATCCTAACGGATAAACCAGTCGGTA
*
1058621 ATTGGGTTTATCATCCTAACGGATGAACCAGTCGGTA
1 ATTGGGTTTATCATCCTAACGGATAAACCAGTCGGTA
1058658 ATT
1 ATT
1058661 CGGTCACCTC
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 15, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 99 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.20, T:0.32
Consensus pattern (37 bp):
ATTGGGTTTATCATCCTAACGGATAAACCAGTCGGTA
Found at i:1061004 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1060985--1061068 Score: 58
Period size: 14 Copynumber: 6.6 Consensus size: 14
1060975 AATATGTTAG
1060985 TTTATGTTCGTTCA
1 TTTATGTTCGTTCA
* *
1060999 TTTATGTTTGGTCA
1 TTTATGTTCGTTCA
1061013 TTTA---T-GTTCA
1 TTTATGTTCGTTCA
* *
1061023 TTTATGTTCATTCG
1 TTTATGTTCGTTCA
*
1061037 TTTATGTTTGTT--
1 TTTATGTTCGTTCA
*
1061049 TATATG--CGTTCA
1 TTTATGTTCGTTCA
1061061 TTTATGTT
1 TTTATGTT
1061069 TATCTCAATC
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 10, Indels: 16
0.67 0.13 0.21
Matches are distributed among these distances:
10 11 0.21
11 1 0.02
12 10 0.19
13 1 0.02
14 29 0.56
ACGTcount: A:0.15, C:0.10, G:0.15, T:0.60
Consensus pattern (14 bp):
TTTATGTTCGTTCA
Found at i:1061025 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 1061010--1061034 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 2.5 Consensus size: 10
1061000 TTATGTTTGG
1061010 TCATTTATGT
1 TCATTTATGT
1061020 TCATTTATGT
1 TCATTTATGT
1061030 TCATT
1 TCATT
1061035 CGTTTATGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 15 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.12, G:0.08, T:0.60
Consensus pattern (10 bp):
TCATTTATGT
Found at i:1061040 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 1060994--1061044 Score: 66
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
1060984 GTTTATGTTC
**
1060994 GTTCATTTATGTTTGGTCATTTAT
1 GTTCATTTATGTTCAGTCATTTAT
* *
1061018 GTTCATTTATGTTCATTCGTTTAT
1 GTTCATTTATGTTCAGTCATTTAT
1061042 GTT
1 GTT
1061045 TGTTTATATG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 23 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.10, G:0.16, T:0.59
Consensus pattern (24 bp):
GTTCATTTATGTTCAGTCATTTAT
Found at i:1061050 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 1061010--1061071 Score: 70
Period size: 24 Copynumber: 2.6 Consensus size: 24
1061000 TTATGTTTGG
* * *
1061010 TCATTTATGTTCATTTATGTTCAT
1 TCATTTATGTTTATTTATATGCAT
* * *
1061034 TCGTTTATGTTTGTTTATATGCGT
1 TCATTTATGTTTATTTATATGCAT
1061058 TCATTTATGTTTAT
1 TCATTTATGTTTAT
1061072 CTCAATCACT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 8, Indels: 0
0.79 0.21 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 30 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.10, G:0.13, T:0.60
Consensus pattern (24 bp):
TCATTTATGTTTATTTATATGCAT
Found at i:1061060 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 1060985--1061068 Score: 105
Period size: 38 Copynumber: 2.2 Consensus size: 38
1060975 AATATGTTAG
* * *
1060985 TTTATGTTCGTTCATTTATGTTTGGTCATTTATGTTCA
1 TTTATGTTCATTCATTTATGTTTGGTCATATACGTTCA
* * * *
1061023 TTTATGTTCATTCGTTTATGTTTGTTTATATGCGTTCA
1 TTTATGTTCATTCATTTATGTTTGGTCATATACGTTCA
1061061 TTTATGTT
1 TTTATGTT
1061069 TATCTCAATC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 7, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 39 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.10, G:0.15, T:0.60
Consensus pattern (38 bp):
TTTATGTTCATTCATTTATGTTTGGTCATATACGTTCA
Found at i:1064436 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1064408--1064452 Score: 63
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
1064398 AGGAATACAT
1064408 TGCACCATCATCACATACATGCA
1 TGCACCATCATCACATACATGCA
** *
1064431 TGCACCATTTTCATATACATGC
1 TGCACCATCATCACATACATGC
1064453 CATAAAATGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 19 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.31, G:0.09, T:0.29
Consensus pattern (23 bp):
TGCACCATCATCACATACATGCA
Found at i:1067934 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 1067925--1068059 Score: 51
Period size: 4 Copynumber: 30.5 Consensus size: 4
1067915 GTATGCATCA
* *
1067925 ATAC ATAC ATAT ATAC ATAC ATGC ATATC ATTATC ATTATC ATTATC ATTATC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATA-C A-TA-C A-TA-C A-TA-C A-TA-C
* *
1067978 ATAC ATAC ATAC ATAC AT-T ATAC ATAC ACTTTAC ATAC ATATC GATTC
1 ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC A---TAC ATAC ATA-C -ATAC
**
1068026 ATAC ATATC AATTT ATA- ATAC AT-C ATAC ATAC AT
1 ATAC ATA-C -ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC ATAC AT
1068060 TTTTTTTGAA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 11, Indels: 24
0.76 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
3 8 0.07
4 62 0.57
5 7 0.06
6 27 0.25
7 4 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.20, G:0.01, T:0.36
Consensus pattern (4 bp):
ATAC
Found at i:1067942 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 1067925--1068033 Score: 63
Period size: 12 Copynumber: 9.0 Consensus size: 12
1067915 GTATGCATCA
1067925 ATACATACATAT
1 ATACATACATAT
1067937 ATACATACATGCAT
1 ATACATACAT--AT
1067951 AT-CATTATCAT-T
1 ATACA-TA-CATAT
1067963 AT-CATTATCAT-T
1 ATACA-TA-CATAT
*
1067975 AT-CATACATAC
1 ATACATACATAT
1067986 ATACATACAT-T
1 ATACATACATAT
1067997 ATACATACACT-T
1 ATACATACA-TAT
1068009 -TACATACATAT
1 ATACATACATAT
*
1068020 CGATTCATACATAT
1 --ATACATACATAT
1068034 CAATTTATAA
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 3, Indels: 20
0.78 0.03 0.19
Matches are distributed among these distances:
10 4 0.05
11 22 0.27
12 36 0.43
13 2 0.02
14 16 0.19
15 3 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.20, G:0.02, T:0.37
Consensus pattern (12 bp):
ATACATACATAT
Found at i:1067961 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 1067950--1067979 Score: 60
Period size: 6 Copynumber: 5.0 Consensus size: 6
1067940 CATACATGCA
1067950 TATCAT TATCAT TATCAT TATCAT TATCAT
1 TATCAT TATCAT TATCAT TATCAT TATCAT
1067980 ACATACATAC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 24 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (6 bp):
TATCAT
Found at i:1070343 original size:63 final size:63
Alignment explanation
Indices: 1070264--1070390 Score: 245
Period size: 63 Copynumber: 2.0 Consensus size: 63
1070254 CCCAATTCCA
*
1070264 TGTCCTAATGCATTTGATGCACCATCAAAATGCATTTTCCAGGTATTGCAAGTGGAAGTACTT
1 TGTCCTAATGCATTTGATGCACCATCAAAATGCATTTTCCAGGTATTACAAGTGGAAGTACTT
1070327 TGTCCTAATGCATTTGATGCACCATCAAAATGCATTTTCCAGGTATTACAAGTGGAAGTACTT
1 TGTCCTAATGCATTTGATGCACCATCAAAATGCATTTTCCAGGTATTACAAGTGGAAGTACTT
1070390 T
1 T
1070391 CTTCTTCTAA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
63 63 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (63 bp):
TGTCCTAATGCATTTGATGCACCATCAAAATGCATTTTCCAGGTATTACAAGTGGAAGTACTT
Found at i:1077239 original size:40 final size:38
Alignment explanation
Indices: 1077188--1077278 Score: 128
Period size: 38 Copynumber: 2.3 Consensus size: 38
1077178 TTAAAACAAA
* *
1077188 ATATATTATATAATTTTGAAAATGATTTTTGAATATATAT
1 ATATATAATATAATTTTGAAAA-CA-TTTTGAATATATAT
*
1077228 ATATATAATATAGTTTTGAAAACATTTTGAATATATAT
1 ATATATAATATAATTTTGAAAACATTTTGAATATATAT
1077266 ATATATATATATA
1 ATATATA-ATATA
1077279 TATATATATA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 3, Indels: 3
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
38 21 0.45
39 6 0.13
40 20 0.43
ACGTcount: A:0.45, C:0.01, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (38 bp):
ATATATAATATAATTTTGAAAACATTTTGAATATATAT
Found at i:1077265 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1077258--1077294 Score: 67
Period size: 2 Copynumber: 19.0 Consensus size: 2
1077248 AACATTTTGA
1077258 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT -T AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1077295 TGTTTTGAAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 33 0.97
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1077300 original size:56 final size:55
Alignment explanation
Indices: 1077220--1077333 Score: 158
Period size: 56 Copynumber: 2.1 Consensus size: 55
1077210 TGATTTTTGA
*
1077220 ATATATATATATATAATATAGTTTTGAAAA-CATTTTGAATATATATATATATATAT
1 ATATATATATATATAATATAGTTTTGAAAATCATTTTGAA-AAATATATATA-ATAT
* * * *
1077276 ATATATATATATATTATATTGTTTTGAAAATGATTTTTAAAAATATATATAATAT
1 ATATATATATATATAATATAGTTTTGAAAATCATTTTGAAAAATATATATAATAT
1077331 ATA
1 ATA
1077334 GTTTTGAAAA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 5, Indels: 3
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
55 7 0.13
56 38 0.73
57 7 0.13
ACGTcount: A:0.46, C:0.01, G:0.05, T:0.47
Consensus pattern (55 bp):
ATATATATATATATAATATAGTTTTGAAAATCATTTTGAAAAATATATATAATAT
Found at i:1077332 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 1077280--1077445 Score: 205
Period size: 38 Copynumber: 4.4 Consensus size: 38
1077270 ATATATATAT
* * * *
1077280 ATATATATATTATATTGTTTTGAAAATGATTTTTAAAA
1 ATATATATAATATATAGTTTTGAAAATCATTTTTGAAA
1077318 ATATATATAATATATAGTTTTGAAAA-CA-TTTTGAAA
1 ATATATATAATATATAGTTTTGAAAATCATTTTTGAAA
* *
1077354 ATATATATAATATATATTTTTGAAAAT-ATGCTTTGAAA
1 ATATATATAATATATAGTTTTGAAAATCAT-TTTTGAAA
* * *
1077392 ATATATATAATATATAATTTT-AAAAACATTTTTGAAT
1 ATATATATAATATATAGTTTTGAAAATCATTTTTGAAA
1077429 ATATATATATATATATA
1 ATATATATA-ATATATA
1077446 TATATATATA
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 10, Indels: 10
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
36 33 0.29
37 20 0.18
38 60 0.53
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.06, T:0.46
Consensus pattern (38 bp):
ATATATATAATATATAGTTTTGAAAATCATTTTTGAAA
Found at i:1077349 original size:94 final size:95
Alignment explanation
Indices: 1077188--1077370 Score: 298
Period size: 96 Copynumber: 1.9 Consensus size: 95
1077178 TTAAAACAAA
* *
1077188 ATATATTATATAATTTTGAAAATGATTTTTGAATATATATATATATAATATAGTTTTGAAAACAT
1 ATATATTATATAATTTTGAAAATGATTTTTAAAAATATATATATATAATATAGTTTTGAAAACAT
*
1077253 TTTGAATATATATATATATATATATATATAT
66 TTTGAAAATATATATA-ATATATATATATAT
**
1077284 ATATATTATATTGTTTTGAAAATGATTTTTAAAAATATATATA-AT-ATATAGTTTTGAAAACAT
1 ATATATTATATAATTTTGAAAATGATTTTTAAAAATATATATATATAATATAGTTTTGAAAACAT
1077347 TTTGAAAATATATATAATATATAT
66 TTTGAAAATATATATAATATATAT
1077371 TTTTGAAAAT
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 5, Indels: 3
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
93 8 0.10
94 33 0.40
95 2 0.02
96 39 0.48
ACGTcount: A:0.45, C:0.01, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (95 bp):
ATATATTATATAATTTTGAAAATGATTTTTAAAAATATATATATATAATATAGTTTTGAAAACAT
TTTGAAAATATATATAATATATATATATAT
Found at i:1077375 original size:74 final size:76
Alignment explanation
Indices: 1077280--1077446 Score: 234
Period size: 74 Copynumber: 2.2 Consensus size: 76
1077270 ATATATATAT
* * * *
1077280 ATATATATATTATAT-TGTTTTGAAAATGAT-TTTTAAAAATATATATAATATATAGTTTTGAAA
1 ATATATATAATATATATGTTTTGAAAAT-ATGCTTTAAAAATATATATAATATATAATTTTAAAA
1077343 ACA-TTTTGAAA
65 ACATTTTTGAAA
*
1077354 ATATATATAATATATAT-TTTTGAAAATATGCTTTGAAAATATATATAATATATAATTTTAAAAA
1 ATATATATAATATATATGTTTTGAAAATATGCTTTAAAAATATATATAATATATAATTTTAAAAA
*
1077418 CATTTTTGAAT
66 CATTTTTGAAA
1077429 ATATATATATATATATAT
1 ATATATATA-ATATATAT
1077447 ATATATATAT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 6, Indels: 6
0.87 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
73 2 0.02
74 56 0.67
75 17 0.20
76 8 0.10
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.06, T:0.46
Consensus pattern (76 bp):
ATATATATAATATATATGTTTTGAAAATATGCTTTAAAAATATATATAATATATAATTTTAAAAA
CATTTTTGAAA
Found at i:1077434 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1077427--1077456 Score: 60
Period size: 2 Copynumber: 15.0 Consensus size: 2
1077417 ACATTTTTGA
1077427 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1077457 TAGTTCTAAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 28 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1077503 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 1077489--1077541 Score: 72
Period size: 12 Copynumber: 4.6 Consensus size: 11
1077479 AGTTTTTATA
1077489 TTATTATTA-TT
1 TTATT-TTATTT
1077500 TTATTTTATTT
1 TTATTTTATTT
1077511 TTATCTTTATTT
1 TTAT-TTTATTT
1077523 TTATTTTATTTT
1 TTATTTTA-TTT
1077535 TTATTTT
1 TTATTTT
1077542 TTAGGTTTAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 0, Indels: 5
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
10 3 0.08
11 15 0.38
12 21 0.54
ACGTcount: A:0.19, C:0.02, G:0.00, T:0.79
Consensus pattern (11 bp):
TTATTTTATTT
Found at i:1077503 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 1077472--1077531 Score: 68
Period size: 28 Copynumber: 2.1 Consensus size: 28
1077462 CTAAAACATA
1077472 TTATAGTAGTTTTTAT-ATTATTATTATT
1 TTATAGTA-TTTTTATCATTATTATTATT
** * *
1077500 TTATTTTATTTTTATCTTTATTTTTATT
1 TTATAGTATTTTTATCATTATTATTATT
1077528 TTAT
1 TTAT
1077532 TTTTTATTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 2
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
27 7 0.26
28 20 0.74
ACGTcount: A:0.23, C:0.02, G:0.03, T:0.72
Consensus pattern (28 bp):
TTATAGTATTTTTATCATTATTATTATT
Found at i:1077532 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1077481--1077534 Score: 81
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
1077471 ATTATAGTAG
1077481 TTTTTATATTATTATTATTTTATTTTA
1 TTTTTATATTATTATTATTTTATTTTA
* *
1077508 TTTTTATCTTTATTTTTATTTTATTTT
1 TTTTTAT-ATTATTATTATTTTATTTT
1077535 TTATTTTTTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 1
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 7 0.29
28 17 0.71
ACGTcount: A:0.20, C:0.02, G:0.00, T:0.78
Consensus pattern (27 bp):
TTTTTATATTATTATTATTTTATTTTA
Found at i:1077535 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 1077489--1077542 Score: 60
Period size: 6 Copynumber: 9.3 Consensus size: 6
1077479 AGTTTTTATA
* *
1077489 TTATTA TTA-TT TTA-TT TTATTT TTATCT TTATTT TTA-TT TTATTTT
1 TTATTT TTATTT TTATTT TTATTT TTATTT TTATTT TTATTT TTA-TTT
1077535 TTATTT TT
1 TTATTT TT
1077543 TAGGTTTAAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 3, Indels: 6
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
5 14 0.33
6 23 0.55
7 5 0.12
ACGTcount: A:0.19, C:0.02, G:0.00, T:0.80
Consensus pattern (6 bp):
TTATTT
Found at i:1077541 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 1077482--1077534 Score: 61
Period size: 5 Copynumber: 9.8 Consensus size: 5
1077472 TTATAGTAGT
*
1077482 TTTTA TATTA TTATTA TTTTA TTTTA TTTTTA TCTTTA TTTTTA TTTTA
1 TTTTA TTTTA TT-TTA TTTTA TTTTA -TTTTA T-TTTA -TTTTA TTTTA
1077531 TTTT
1 TTTT
1077535 TTATTTTTTA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 8
0.81 0.04 0.15
Matches are distributed among these distances:
5 23 0.55
6 18 0.43
7 1 0.02
ACGTcount: A:0.21, C:0.02, G:0.00, T:0.77
Consensus pattern (5 bp):
TTTTA
Found at i:1078672 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 1078662--1078700 Score: 51
Period size: 5 Copynumber: 7.4 Consensus size: 5
1078652 ATTTTCATTT
*
1078662 TTTTA TTTTA TTTTA TTTCA TTTTCA TTATTA TTTTA TT
1 TTTTA TTTTA TTTTA TTTTA TTTT-A TT-TTA TTTTA TT
1078701 ATCCCTTTTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 4
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
5 22 0.73
6 6 0.20
7 2 0.07
ACGTcount: A:0.21, C:0.05, G:0.00, T:0.74
Consensus pattern (5 bp):
TTTTA
Found at i:1085342 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 1085322--1085353 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
1085312 TATGTTTTAT
*
1085322 TTTTTCGTAGTGGAC
1 TTTTTCCTAGTGGAC
1085337 TTTTTCCTAGTGGAC
1 TTTTTCCTAGTGGAC
1085352 TT
1 TT
1085354 GATTTAAATT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 16 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.16, G:0.22, T:0.50
Consensus pattern (15 bp):
TTTTTCCTAGTGGAC
Found at i:1090088 original size:24 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1090047--1090138 Score: 148
Period size: 20 Copynumber: 4.6 Consensus size: 20
1090037 CATATGAAAT
* *
1090047 TGTCCCAAAGGCCCTATGTA
1 TGTCCCGAAGGACCTATGTA
1090067 TGTCCCGAAGGACCTATGTA
1 TGTCCCGAAGGACCTATGTA
1090087 TGTCCCGAAGGACCTATGTA
1 TGTCCCGAAGGACCTATGTA
*
1090107 TGTCCCGAAGGACCTCTGTA
1 TGTCCCGAAGGACCTATGTA
*
1090127 TATCCCGAAGGA
1 TGTCCCGAAGGA
1090139 TCGCGTAGAC
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 4, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 68 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.27, G:0.24, T:0.24
Consensus pattern (20 bp):
TGTCCCGAAGGACCTATGTA
Found at i:1093888 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1093869--1093904 Score: 72
Period size: 14 Copynumber: 2.6 Consensus size: 14
1093859 TTTCTCCGAT
1093869 TTTTGCCAGCAAAA
1 TTTTGCCAGCAAAA
1093883 TTTTGCCAGCAAAA
1 TTTTGCCAGCAAAA
1093897 TTTTGCCA
1 TTTTGCCA
1093905 TTATACTTTC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 22 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.22, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (14 bp):
TTTTGCCAGCAAAA
Found at i:1113226 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1113180--1113235 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 3.0 Consensus size: 20
1113170 AAAATTAAGA
1113180 AAAC-TAAAACAAA-AAAAT
1 AAACATAAAACAAATAAAAT
1113198 -AA-ATAAAACAAATAAGAAT
1 AAACATAAAACAAATAA-AAT
*
1113217 AAACATAAAAAAAATAAAA
1 AAACATAAAACAAATAAAA
1113236 ACAAATACAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 8
0.78 0.02 0.20
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.34
18 2 0.06
19 3 0.09
20 4 0.12
21 12 0.38
ACGTcount: A:0.79, C:0.07, G:0.02, T:0.12
Consensus pattern (20 bp):
AAACATAAAACAAATAAAAT
Found at i:1113601 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 1113581--1113620 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.7 Consensus size: 15
1113571 ATAAAAAGAA
*
1113581 AATAATAATTGGAAT
1 AATAATAATAGGAAT
*
1113596 AATAATAATAGTAAT
1 AATAATAATAGGAAT
*
1113611 AATAAAAATA
1 AATAATAATA
1113621 AAAATAAATA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 22 1.00
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.07, T:0.30
Consensus pattern (15 bp):
AATAATAATAGGAAT
Found at i:1113626 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 1113611--1113811 Score: 66
Period size: 12 Copynumber: 16.6 Consensus size: 12
1113601 TAATAGTAAT
1113611 AATAAAAATAAA
1 AATAAAAATAAA
1113623 AATAAATAA-ATAA
1 AATAAA-AATA-AA
*
1113636 AATATATAATAAGA
1 AATA-AAAATAA-A
1113650 AAT-AAAATAAA
1 AATAAAAATAAA
* *
1113661 AACATAAATAAA
1 AATAAAAATAAA
*
1113673 AAGAAATAAT-AA
1 AATAAA-AATAAA
1113685 AATAATAAA-AAA
1 AATAA-AAATAAA
*
1113697 AATTAAAAA-AATC
1 AA-TAAAAATAA-A
* *
1113710 TATAATAACATATA
1 AATAA-AA-ATAAA
* **
1113724 AA-CAAAATATT
1 AATAAAAATAAA
1113735 AA-AAAAATAAGA
1 AATAAAAATAA-A
*
1113747 AAT-AAAATGAA
1 AATAAAAATAAA
*
1113758 AATAGAAAA-AAT
1 AATA-AAAATAAA
1113770 AATAAATAA-ATAA
1 AATAAA-AATA-AA
1113783 AAT-AAAAT-AA
1 AATAAAAATAAA
* *
1113793 AATAAAAAGAAT
1 AATAAAAATAAA
1113805 AATAAAA
1 AATAAAA
1113812 GGATTAAATT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 23, Indels: 46
0.67 0.11 0.22
Matches are distributed among these distances:
10 5 0.03
11 27 0.19
12 72 0.50
13 30 0.21
14 8 0.06
15 1 0.01
ACGTcount: A:0.75, C:0.02, G:0.03, T:0.20
Consensus pattern (12 bp):
AATAAAAATAAA
Found at i:1113652 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 1113611--1113693 Score: 91
Period size: 27 Copynumber: 3.2 Consensus size: 26
1113601 TAATAGTAAT
1113611 AATAAA-AATAA-AAATAAATAAATAA
1 AATAAATAATAAGAAATAAATAAA-AA
*
1113636 AATATATAATAAGAAATAAAATAAAAA
1 AATAAATAATAAGAAAT-AAATAAAAA
* * *
1113663 CATAAATAAAAAGAAAT-AATAAAAT
1 AATAAATAATAAGAAATAAATAAAAA
1113688 AATAAA
1 AATAAA
1113694 AAAAATTAAA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 6, Indels: 6
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
25 17 0.35
26 5 0.10
27 20 0.41
28 7 0.14
ACGTcount: A:0.76, C:0.01, G:0.02, T:0.20
Consensus pattern (26 bp):
AATAAATAATAAGAAATAAATAAAAA
Found at i:1113739 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 1113678--1113742 Score: 96
Period size: 33 Copynumber: 1.9 Consensus size: 33
1113668 ATAAAAAGAA
1113678 ATAATAAAATAATAAAAAAAATTAAAAAAATCT
1 ATAATAAAATAATAAAAAAAATTAAAAAAATCT
*
1113711 ATAATAACAT-ATAAACAAAATATTAAAAAAAT
1 ATAATAAAATAATAAA-AAAA-ATTAAAAAAAT
1113743 AAGAAATAAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 3
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 5 0.17
33 13 0.45
34 11 0.38
ACGTcount: A:0.71, C:0.05, G:0.00, T:0.25
Consensus pattern (33 bp):
ATAATAAAATAATAAAAAAAATTAAAAAAATCT
Found at i:1113747 original size:70 final size:69
Alignment explanation
Indices: 1113608--1113800 Score: 170
Period size: 70 Copynumber: 2.8 Consensus size: 69
1113598 TAATAATAGT
* *
1113608 AATAATAAAAATAAAAATAAATAAATAAAATATATAATAAGAAATAAAATAAAAACATAAATAAA
1 AATAATAAAAATAAAAATAAATAAATAAAATATATAATAACAAATAAAATAAAAACATAAAAAAA
1113673 AAGA
66 AAGA
* * * *
1113677 AATAATAAAATAATAAAAA-AAATTAAA-AAAATCTATAATAACATATAAACA-AAATA-TTAAA
1 AATAAT-AAA-AATAAAAATAAA-TAAATAAAATATATAATAACAAATAAA-ATAAAAACATAAA
1113738 AAAATAAGA
62 AAAA-AAGA
* *
1113747 AATAAAATGAAAATAGAAAAAATAATAAAT-AAATA-A-AAT-A-AAATAAAATAAAAA
1 AAT--AATAAAAATA-AAAATA-AATAAATAAAATATATAATAACAAATAAAATAAAAA
1113801 GAATAATAAA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 10, Indels: 25
0.74 0.07 0.18
Matches are distributed among these distances:
67 1 0.01
68 10 0.10
69 14 0.14
70 43 0.42
71 20 0.20
72 12 0.12
73 2 0.02
ACGTcount: A:0.75, C:0.02, G:0.03, T:0.21
Consensus pattern (69 bp):
AATAATAAAAATAAAAATAAATAAATAAAATATATAATAACAAATAAAATAAAAACATAAAAAAA
AAGA
Found at i:1113751 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 1113721--1113786 Score: 64
Period size: 27 Copynumber: 2.4 Consensus size: 26
1113711 ATAATAACAT
1113721 ATAAACAAAATATTA-AAAAAATAAGAA
1 ATAAA-AAAATA-TAGAAAAAATAAGAA
*
1113748 ATAAAATGAAA-ATAGAAAAAATAATAA
1 ATAAAA--AAATATAGAAAAAATAAGAA
1113775 ATAAATAAAATA
1 ATAAA-AAAATA
1113787 AAATAAAATA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 10
0.75 0.02 0.23
Matches are distributed among these distances:
26 6 0.18
27 23 0.70
28 4 0.12
ACGTcount: A:0.74, C:0.02, G:0.05, T:0.20
Consensus pattern (26 bp):
ATAAAAAAATATAGAAAAAATAAGAA
Found at i:1113751 original size:34 final size:33
Alignment explanation
Indices: 1113611--1113754 Score: 90
Period size: 34 Copynumber: 4.4 Consensus size: 33
1113601 TAATAGTAAT
*
1113611 AATAAAAATAAAA-ATAAA-TAAATA--AAATATA
1 AATAAAAATAAAATATAAACAAAATATTAAA-A-A
* *
1113642 TAATAAGAAATAAAATAAAAACATAA-A-TAAAAA
1 -AATAA-AAATAAAATATAAACAAAATATTAAAAA
* *
1113675 GA-AATAATAAAATAATAAA-AAAA-ATTAAAAA
1 AATAAAAATAAAAT-ATAAACAAAATATTAAAAA
* * *
1113706 AATCTATAATAACATATAAACAAAATATTAAAAA
1 AAT-AAAAATAAAATATAAACAAAATATTAAAAA
1113740 AATAAGAAATAAAAT
1 AATAA-AAATAAAAT
1113755 GAAAATAGAA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 13, Indels: 20
0.73 0.11 0.17
Matches are distributed among these distances:
30 12 0.14
31 13 0.15
32 11 0.12
33 23 0.26
34 24 0.27
35 5 0.06
ACGTcount: A:0.74, C:0.03, G:0.02, T:0.22
Consensus pattern (33 bp):
AATAAAAATAAAATATAAACAAAATATTAAAAA
Found at i:1113794 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1113612--1113794 Score: 63
Period size: 34 Copynumber: 6.2 Consensus size: 27
1113602 AATAGTAATA
1113612 ATAAAAATAA-AAATAAAT-AAATAAA
1 ATAAAAATAATAAATAAATAAAATAAA
* *
1113637 ATATATAATAAGAAATAAAATAAAAACATAAATA
1 ATA-AAAATAATAAAT-AAAT--AAA-AT-AA-A
*
1113671 AAAAGAAATAATAAA-ATAATAAAA-AAA
1 ATAA-AAATAATAAATA-AATAAAATAAA
** *
1113698 ATTAAAAA-AATCTAT-AATAACATATAA
1 A-TAAAAATAATAAATAAATAAAATA-AA
* *
1113725 ACAAAATATTAAAAAAATAAGAAATAAAATGAAA
1 ATAAAA-A-T-AATAAAT---AAATAAAAT-AAA
1113759 ATAGAAAAAATAATAAATAAATAAAATAAA
1 AT---AAAAATAATAAATAAATAAAATAAA
1113789 ATAAAA
1 ATAAAA
1113795 TAAAAAGAAT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 15, Indels: 52
0.63 0.08 0.28
Matches are distributed among these distances:
25 9 0.08
26 15 0.13
27 17 0.15
28 8 0.07
30 10 0.09
31 14 0.12
32 3 0.03
33 6 0.05
34 27 0.23
35 2 0.02
36 1 0.01
37 4 0.03
ACGTcount: A:0.74, C:0.02, G:0.03, T:0.21
Consensus pattern (27 bp):
ATAAAAATAATAAATAAATAAAATAAA
Found at i:1114982 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1114975--1115011 Score: 65
Period size: 2 Copynumber: 18.5 Consensus size: 2
1114965 AAATGAAGTG
*
1114975 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TG TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1115012 TATGTAATAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 33 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.03, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:1115704 original size:84 final size:84
Alignment explanation
Indices: 1115561--1141143 Score: 27885
Period size: 84 Copynumber: 307.7 Consensus size: 84
1115551 ATTTTATTAA
* * * *
1115561 CAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATACTGTAAATTTGATGTGCCTTTGAGATGAGTGTAATCG
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAA--TGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCG
*
1115626 AACTAGAAGGTCTTTTGTTGG
64 AACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1115647 CAGATAGCCCATCTCGCCTTGATCTATGCTACAAATGATGTCCCTTTGAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1115712 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * * **
1115731 CAGATAGTCCTTCTTGCCTTGAGCTATACCGCAAATGATGTGCCTTTAAATTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1115796 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1115815 CAGATAACCCTTCTTTCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGAGTCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1115880 CTCGAAGGTCTTTTATTTG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** *
1115899 CAGATAACCTTTCTTACCTTGAGCTATGCTGCAAATGATAAGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1115964 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1115983 CAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGTTATGCTGTAAATGATGTGCATTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1116048 CCCGAAGGGCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** * * *
1116067 CAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATGTTATAAA-GAATGTGCCTATAAGATGAGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATG-ATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1116131 ACTCGAAGGTCTTTTGATGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * * * * *
1116151 CAGATAGTCCTTATTGTCTTGAGCTATACTGCAAATGATGTGCCTCTAAGGCT-AGTGCAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGA-GCTGAGTGTAATCGA
* *
1116215 ACTCGAAGGTTTTTTATTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1116235 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGATATGCTGTAAATGATGTGCCTTTGAGCTGTGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1116300 CTCGAAGGTCTTTTGTCGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * *
1116319 CAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAATTATGCTGCAAATTATATGCCTTTAAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1116384 CTCGAAGGTCTTTTCTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1116403 CAGATATCCTTTCTTGCCTTGAGCTATACTGTAAATGATTTGCCTCTT-AGCAGAGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCT-TTGAGCTGAGTGTAATCGA
1116467 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** ** * * * * * **
1116487 TAGATAGCCCTTCTTTTCTTGAGCTATATTGCAAATGATGTGCCTCTAAGTTGAATGCAATAAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1116552 CTCGAAGGTGTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
1116571 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTG-CTTATGAGCTGAGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTT-TGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1116635 ACTCGAAGGTCTTTTATTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * *
1116655 CATATAGCCCTTCTTGCCTTAAGCTATACTGTAAATGATATGCCTTTGAGGTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1116720 CTCGAAGGTCTTTTGTTGA
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1116739 CAGATAATCTTTCTTGCCTTAAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCTAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1116804 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* *
1116823 CAGATAACCCTTCTTTCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATATGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1116888 CTCGAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1116907 AAAATATCCCTTCTTGCGTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1116972 ATCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1116991 CAGATAACTCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTCCAAATGATATTCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1117056 CTCGAAGGTCTTTTGTTAG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * * *
1117075 CAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTCCAAATGATATTCCTTTGAGTTAAGTGTAATAGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1117140 CTCGAAGGGCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * **
1117159 TAGATAGCCCTTCTTGCTTTGAGCTATACTACAAATGATGTGCCTCAGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1117224 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * * *
1117243 CAGATAACCCTTCCCGCCTTGATCTATTCTACAAATGATGTGCTTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1117308 ATCGAAGATCTATTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1117327 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATACTACAAATGATGTGCCTTTGAGATGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1117392 CTTGAAGGTCTTTTCTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * ** * *
1117411 CAGATAACCCTTCTTGCCTTCAGCTATGCTACAAATAATGTGCCTTTTTGCTGAGTCTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1117476 CTCAAAGGT-TTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * * *
1117494 CAGGTAGTCCTTCTTGCCTTGAGCTTTGCTGCAAATAATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCTAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1117559 CTCGAAGGTCTTTTGTCGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1117578 CAGATAGCCCTTCTTTCCTTGAGCTATACTACAAATGATGTG-CTTCTGAGCTGAGTGTAATCAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTT-TGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1117642 ACTCGAAGGTATTTTGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * * * *
1117662 AATATAGCCCTTTTTTCCTTGAGTTATTCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTGAGTATAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1117727 CTCGAAGGTCTTTTGTTGA
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1117746 CAGATAATCCTTCTTGCCTTAAGCTATGCTACAAGTGATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1117811 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1117830 CAGATAACCCATCTTTCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATATGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1117895 CTCGAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1117914 TAGATAACCTTTCTTGGCTTGAGCTATGCTGCAAATAATGTGCCTTTCAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1117979 CTCGAAGGTATTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1117998 CAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTCCAAATGATATTCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1118063 CTCGAAGGGCTTTTGTAGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1118082 TAGATAGCCCTTCCTGCATTGAGCTATGCTGCAAATAATGTACCTCTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1118147 CTCGAAGGTCTTTAGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * ** *
1118166 CAGATAACTCTTCTTGCCTTAAGCTATAC-GATAAATGATGTGCCTCAGAGCTGAGAGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTG-CAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1118230 ACTCGAAGGTCTTTTGTAGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1118250 CAGATAGCCCTTCTCGCCTTGATCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAATGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1118315 CTCGAAGATCTATTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1118334 TAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCAATGCTGCAAATGACGTGCCTTTGAGATGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1118399 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1118418 CAGATAACCCTTTTTGCCTTGAGCTATACTGCAAATAATGTGCCTTTGATCTGAGTCTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1118483 CTTGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * *
1118502 CAGATAGTCCTTCTTGCCTTGAGCTTTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1118567 CTCGAAAGTCTTTTTTTCGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTT-GG
* * *** *
1118587 -AGATAACCCTTCTTTCCTTGAGCTGTGCAAAAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1118651 CTCGAAGGTCTTTGGTTAG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1118670 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCGTTTGAGCTAAGTGCAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1118735 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1118754 TAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATATG-CTACTGAGCTGAGTATAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCT-TTGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1118818 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGA
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1118838 CATATAGCCCTTCTTTCCTTGAGCTATACTTCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1118903 CGCGAAGGGCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * * *
1118922 TAGATAGTCCTTCTTGCATTGAGCTATGCTGCAAATAATGTGCCTCTGAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * * *
1118987 ATTGAATGTCTTTTGTTGA
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** * * * * *
1119006 TAGATAGCCCTTCTTG-CTGTGAGCTATATTGCAAATGATGTGCCTTAGAGCTAAATGTATTCAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCT-TGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1119070 ACTAGAAGGTCTTTTGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * * *
1119090 AAGATATCCCTTCTCGCCTTGATCTATTCTGCAAATGTTTTGCCTTTAAGCCGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1119155 CTCGAAGGTCTATTGTTAG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** * *
1119174 CAGATAAACCTTCTTGCGTTGAGCTATGCTATAAATAATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAAACGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1119239 ATCGAACGTATTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1119258 CAGCTAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATAATGTGCCTTTGAGCTGATTGTATTTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1119323 CTCGAAGGTCATTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** * * * * * *
1119342 TAAAT-AGTCTATCTTTCCTTGAGCTTTGCTGTAAATGATGTGCCTTGGAGTTGAGTGTAATGGA
1 CAGATAACCCT-TCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1119406 ACTCGAAGGTATTTTGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * ** * *
1119426 CAGATAATCCTTCTTGCCTTGAGATATACCACAAATGATGTGCCTTTGAGTTAAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* **
1119491 CTCGAAGGTCTTTCGACGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1119510 CAGATAACCCTTCTTTCCTTGAGCTATGCTGTAAATGATGAGTCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1119575 CTTGAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * **
1119594 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGCTGCAAATGATGTGCATTTCAGCTGAGTGTAATTAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1119659 CTCGAAGAG-CTTTTGTTGG
66 CTCGAAG-GTCTTTTGTTGG
* * ** ** * * * *
1119678 CAGATAGCCGTTCTTTTCTTGAGCTAT-CTTATAAATGTTGTGCCTCTAAGCTGAGTGTAATCAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGC-TGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1119742 ACTCGAAGGTCTTTTGATGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * ** * * *
1119762 CAGATAACCCTTATTGTCTTGAGCTATTCTGCAAATGATGTGCCGCTAAGCTGAGTGCAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1119827 CTCGAAGGTTTTTTGATGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1119846 CATATATCCCTTCTTGCTTTGAGATATGCTGTAAAAGATGTGCCTTTGAGCT-ATGTGTAATC-A
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGA-GTGTAATCGA
* * *
1119909 ACCTCGAAAGTCTTTTCTTTG
65 A-CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * **
1119930 CAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGTTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTAAGTGTAATTAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1119995 CTCAAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1120014 CAGATAGCCCTTCTTACCTTGAGTTATACTGCAAATTATGAT-CCTCTT-AGCAGAGTGTAATCA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATG-TGCCT-TTGAGCTGAGTGTAATCG
*
1120077 AACTTGAAGGTCTTTTGTTGG
64 AACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1120098 CAGATAGCCCTTCTTGTCTTGAGCTATACTGTAAATGATGTG-CTTATGAGCTAAGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTT-TGAGCTGAGTGTAATCGA
1120162 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * * * *
1120182 CATATTGCCCTTCTTGCCTTGAACTATACTGTAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTATAATAGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1120247 CACGAAGGTCTTTAGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * **
1120266 CAGATAACCCTTCTTGGCTTAAGCTATACTACAAATGATGTGCCTCAGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1120331 CTCGAAGGTCATTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1120350 AAGATAGCCCTTCTCT-CCTTGATCTGTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCCGAGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCT-TGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1120414 ACTCGAAGGTCTATTGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1120434 AAGATAACCCTTATTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGATGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1120499 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1120518 CAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATAATGTTCCTTTGAGCTGAGTCTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1120583 CTCGAAGATCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * *
1120602 CGGATAGTCCTTCTTGTCTTGAGCTTTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1120667 ATCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1120686 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATACTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTAAGTTTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1120751 CTCGAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * *
1120770 TAGAAAACGCTTATTTCCTTGAGCTATACTGTAAATGATATGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1120835 CTGGAAGGTCTTTTATTGA
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * *
1120854 CAGATAACCCTTCTTGAATTGAGATATGCTACAAATGATGTACCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1120919 CTCGAAGGTCTTTTGTCGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1120938 CACATATCCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTGCAAATGATGTGCCTTTGAGATGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
** *
1121003 CTCGAAGGGATTTTTTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * * * *
1121022 TAGATAGTCCTTCTTGCATTGAGCTATGCTGTAAATAATGTGCCTCTGAGCCGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1121087 CTCGAAGGTCTTTTGTAGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * *
1121106 TAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGTTATTCTGCAAATGATATG-CTTCAGCGCTAAGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTT-TGAGCTGAGTGTAATCGA
* * *
1121170 ATTCCAAGGTCTTTTGTTAG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * *
1121190 CAGATAACCCTTCTCGCCTTGATATATACTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCCGAGTCTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1121255 CTTGAAGGTCTATTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1121274 CAGATAACCCTTATTGCGTTAAGCTATGCTGCAAATAATGTGCCTTTGAGTTAAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1121339 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1121358 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATAATGTGCCGTTAAACTGAGTGTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1121423 CTCGAAGGTCTTATATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** * * * * *
1121442 AAAATAGTCATTCTTGCCTTGAGCTTTGCAGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1121507 CTTGAAGGTCTGTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** *
1121526 CAGATAACCCCTCTTTCCTTGAGCTATTTTGCAAATGATTTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1121591 CTTGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1121610 AAAATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTAAGCCGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1121675 CTCAAAGGACTTTTGTTTG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1121694 TAGATAGCGCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1121759 CTCGAAGGGCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * *
1121778 CAGATAACACTTATTTCTTTGAGCTATTCTGCAAATAATGTGCCTTTAAGCTGAGTGTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1121843 CTCGATGGTCTTTTATTAG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * * * *
1121862 CAAATAGTCATTCTTCCCCTGAGCTTTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1121927 CTTGAAGGTCTGTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * ** * *
1121946 CAGATATCCCTTCTTTCCATGAGCTATTATGCAAATGATTTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1122011 CTCGGAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1122030 AAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGATGCAAATGATGTACCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1122095 CTCAAAGGACTTTTGATGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * *
1122114 TAGATAGCGCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTGCAAATGATATGCCTTTGAGCTGAGGGCAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1122179 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1122198 AAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATACTGCAAATGATGTGCCATTGAGCAGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1122263 CTTGAAGGTCTTTTTTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * *
1122282 CAGATAACCCTTCTTGCCTTTAGTTATGTTCCAAATGATATTCTTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1122347 CTCGAAGGGCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1122366 TAGATAGCCCTTCTTGCATTGAGCTATACTGCAAATAATGTACCTCTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1122431 CTCGAAGGTCTTTAGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * ** ** *
1122450 CAGATAACTCTTCTTGCCTTGAGCTATACTACAAATTATGTTCCTCAGAGCTGAAAGTAATAGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1122515 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * * *
1122534 CAGATAGCCCTTCTCACCTTGATCTATGCTGGAAAGGATGTGCCCTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1122599 CTCGAAGATCTATTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * ** *
1122618 TAGCTAACCCTTGTTGCATTGAGCTATGGTGCAAATGACATGCCTTTGAGATGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1122683 CTTGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * *
1122702 CAGATAACCCTTATTGCCTTTAGCTATACTACAAATAATGTGCCTTTGTGCTGAGTCTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1122767 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * * *
1122786 AAGATAGTCCTTCTTGCCTTAAGCTTTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTAAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1122851 CTCGAAGGTCTTTTGTCGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1122870 CAGATAGCCCTTCTTTCCTTGAGCTATTCTGCAAATGATGTG-CTTCTCAGTTAAGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTT-TGAGCTGAGTGTAATCGA
* **
1122934 ACTCGAAGGTATTTTGTTAA
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1122954 CAAATAGCCCTTTTTTCCATGAGCTATACTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTAAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1123019 CTCGAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * * *
1123038 CAGATAGTCCTTCTTGCCTTGAGCTATGTTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTAAGTGTAATAGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1123103 CTCAAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * *
1123122 CAGAAAACAATTCTTTCCTTGAGCTATGCTGTAAATGATATGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1123187 CTGGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* *
1123206 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTACAAATGATGTACCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1123271 CTCGAAGGTCTTTTATCGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * *
1123290 CATATATCCCTTGTAGCCTTGAGTTATGTTGTAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAT
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1123355 CTCGAAGGGCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * * *
1123374 TATATAATCCTTCTTGCATTGAGCTATACTGCAAATAATATGCCTCTGAGCCGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1123439 CTCGAAGGTTTTTTGTAGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * ** *
1123458 CAGATAGCGCTTCTTGCCTTGAGCTATTCTGTAAATGATATGCCTCAGAGCTAAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1123523 CTCCAAGGTCTTTTGTTAG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * *
1123542 CAGATAACCCTTCTCGCCTTGATATATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTCTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1123607 CTTGAAGGTCTATTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1123626 CAGATAACCCTTCATGCGTTGAGCTATGCTGCAAATAATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1123691 CTCGAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1123710 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATCCTGCAAATAATATGCCGTTAAGCTGAGTGTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1123775 CTCGAAGGTCTTATATTAG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** * * * * * ** * *
1123794 AAAATAGTCATTCTTTCCTTGAGCTTTGTTAC-AATGATGTGCGATTGAGTTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1123858 CTTGAAGGTCTGTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1123877 CAGATAGCCCCGTT-TT-CCTTGAGCTATTCTGCAAATGATTTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCA
1 CAGATA-ACCC-TTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCG
1123940 AACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
64 AACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1123961 -A-A-GA----TCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTTCCTTTGAGCTGAGAGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1124019 CTCAAAGGACTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * **
1124038 CAGATAGCGCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTGCAAACAATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* **
1124103 CTCGTAGGGATTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1124122 CAGATAACCCTTCTTTCTTTGAGCTATGCTGCAAATAATGTGCCTTTAAGCTGAGTGTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1124187 CTCGAAGGTCATATATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** * * * *
1124206 AAAATAGTCATTCTTGCCTTGAGCTTTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1124271 CTTGAAGGTCTATTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** *
1124290 CAGATAACCCCGTT-TT-CCTTGAGCTATTCTATAAATGATTTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCG
1 CAGATAA-CCC-TTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCG
1124353 AACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
64 AACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1124374 AAGATAAACCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGTCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1124439 CTCAAAGGACTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * *
1124458 CAGATAGCCCTTCTTTCCATGAGCTATGTTCCAAATGATATTCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1124523 CTCAAAGGGT-TTTTGTTGG
66 CTCGAA-GGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * *
1124542 TAGATAACCTTTCTTGCATTGAGCTATGCTACAAATAATATACCTCTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1124607 CTCAAAGGTCTTTAGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * ** * *
1124626 CAGATAACTCTTCTTGCCTTGAGATATACTACAAATTATGTGCCTCAGAGCTAAGAGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1124691 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1124710 CAGATAGCCCTT-TTCGCCTTGATCTATGCTGCAAATGATGTGCCCTTGAGCTGAGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTT-GCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
* *
1124774 ACTCGAAGATCTATTGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1124794 CATATAACCCTTGTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGACGTGCCTTTGAGATTAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1124859 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * *
1124878 CAGATAGCCCTTCTTGGCTTGAGTTATGCTGCAAATAATGTGCCTTTGTGCTGAATTTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1124943 CTCGAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * * *
1124962 CAGATAGTCCTTCTTGCCTTGAGCTTTGTTGCAAATGATGTGCCTTTTAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1125027 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** * * * *
1125046 TAGATAACCCGTCTTTG-CTTTTGCTATGCTGTAAATAATATGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCAA
1 CAGATAACCCTTC-TTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1125110 ACTCGAAGGTCTTTTATTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1125130 CATATAGCCCTTCTTACCTTGAGCTATGCTACAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1125195 CTCGAAGGT-GTTTGATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTG-TTGG
* * * * * * *
1125214 CATATAGCCCTTCTCGCCTTGATCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTAAGTGTAATAGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1125279 CTCGAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1125298 CAGAAAACCCTTTTTTCCTTGAGCTATGCTGTAAATGATATGCCTTTGAGCTGAGTGTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1125363 CTGGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1125382 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTACAAATGATGTGCCTTTGATCTAAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1125447 CTTGAAGGTATTTTGTCGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1125466 CACATATCCCTTCTTTCCTTGAGTTATGTTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1125531 CTCGAAGGGT-TTTTATTGG
66 CTCGAA-GGTCTTTTGTTGG
* ** * * * * *
1125550 TAGATAGTCCTTCTTGCATTGAGTTATGCTGCAAATAATGTGCCTCTGAGCCGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1125615 CTCGAATGTCTTTTGTAGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * ** *
1125634 CAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATTCTGCAAATGATATGCCTCAGAGCTAAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1125699 CTCCAAGGTCTTTTGTTAG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * ** * * *
1125718 CATATAATCCTTCTCGCCTTTATATATGCTGCAAATGATGTGTCTTTGAGCCGAGTCTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1125783 CTTGAAGGTCTATTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1125802 CAGATAACCCTTCATGCGTTGAGCTATGCTGCAAATAATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1125867 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1125886 CAGATAACCCTTCTTCCCTTGAGCCATACTGCAAATAATGTGCCTTTAAGCTGAGTGTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1125951 CTCGAAGGTCATATATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** * * * *
1125970 AAAATAGTCATTCTTGCCTTGAGCTTTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1126035 CTTGAAGGTCTATTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** *
1126054 CAGATAACCCCGTT-TT-CCTTGAGCTATTCTATAAATGATTTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCG
1 CAGATAA-CCC-TTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCG
1126117 AACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
64 AACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1126138 AATATAACCCTTCTTGTCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCTAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1126203 CTCAAAGGACTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * ** * *
1126222 CAGATAGCGCTTCTTGCCTTGAGTTATATTGCAAATGATGTG-ATTTCGAGCTGAGTGTAATTGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTT-GAGCTGAGTGTAATCGA
*
1126286 ACTCGAAGGGCTTTTGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1126306 CAGATAACCCTTCTTTG-TTTGAGCTATGCTACAAAT-ATTGTGCCTTTAAGCTGAGTGTAATTG
1 CAGATAACCCTTC-TTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGA-TGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCG
* *
1126369 AACTCGAAAGTCTTTTATTGG
64 AACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* **** * * * * * * *
1126390 CAAATAGTTATTCTTCCCTTTAGCTTTGCTGTAAATGATGTGCCTTTAAGTTGTGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1126455 CTTGATGGTCTGTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1126474 CATATAACCCTTCTTTCCTTGAGCTATTCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1126539 CTTGAAGGTCATTTGTTGA
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * **
1126558 AAGATAACCCTTCTTGCCTTTAGCTATGCTGCAAATGACGTTTCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1126623 CTCAAAGGACTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1126642 TAGATAACGCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTGCAAATGATGTGCCATTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1126707 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * * * *
1126726 CAGATAGCCCTTCTTACCATGAGCTATGTTTCAAATGATATTCCTTTGAGTTTAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1126791 CTCAAAGGGT-TTTTATTGG
66 CTCGAA-GGTCTTTTGTTGG
* *** * * * * * *
1126810 TAGATAACCCTTCTTTTATTGAGCTATGTTGTAAATAATGTACCTCTGAACTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1126875 CTCGAAGGTCTTTAGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * ** * *
1126894 CAGAT-ACCTCTTCTTCCCTTGAGCTATACTACAAATTATGTGCCTCAGAGCTAAGAGTAATCGA
1 CAGATAACC-CTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
1126958 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1126978 CAGATAACCCTTCTCGCCTTGATCTATGCTGCAAATGATGTGCCCTTGAGGTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1127043 CTCAAAGATCTATTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** *
1127062 CAGATAACCCTTGTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGACATGCCTTTGAGATGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1127127 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1127146 CAGATAGCCCTTCTTGCCTTCAGCTATGCTGCAAATAATGTGGCTTTGTGCTGAGTTTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1127211 CTCGAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * * * *
1127230 CAGATAGTCCTTCTTGCCTTGAGCTTTGTTGCAAATGATATGCCTTTTAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1127295 CTCGATGGTCTTTTGTTGA
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1127314 CAAATAACCCTTCTTTG-CTTGAGATATGTTGCAAATAATATGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCAA
1 CAGATAACCCTTC-TTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1127378 ACTCGAAGGTCTTTTATTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* *
1127398 CAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1127463 CTCGAAGTTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * *
1127482 CACATAGCCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTCCAAATGATATTCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1127547 CTCAAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1127566 CAGATAGCCCTTCTCGCCTTGATCTATGCTGCAAATGATGTGCCCTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1127631 CTAGAAGATCTATTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1127650 CAGATAACCCTTGTTACCTTGAGCTATGATACAAATGACGTGCCTTTGAGATGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1127715 CTCGAAGATCTATTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1127734 CAGATAACCCTTGTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGACGTGCCTTTGAGATGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1127799 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * **
1127818 CAGATAGCCCTTCTTGCCTTCAACTATGCTGCAAATAATGTGCCTTTGTGCTGAGTTTAATTAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1127883 CTCGAAAGACTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * * *
1127902 CAGATAGTCCTTCTTGCCTTGAGCTTTGTTGCAAATGATGTGCCTTTTAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1127967 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * * *
1127986 CAGATAACCCGTCTTTG-CTTTTGCTATGCTGCAAATAATATGCCTTTGAGCTGATTGTAATCAA
1 CAGATAACCCTTC-TTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1128050 ACTCGAAGGTCTTTTATTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1128070 CAGATAGCCTTTCTTGCCTTGAGCTATGCTACAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
** *
1128135 CTCGAAGGTGGTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1128154 CAGATAGA-CCTTCTCGCCTTGATCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTAAGTGTAATAGA
1 CAGATA-ACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1128218 ACTCGAAGGTCTTTTATTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1128238 CAGAAAACCCTTTTTTCCTTGAGCTATGCTGTAAATGATATGCCTTTGAGCTGAGTGGAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1128303 CTGGAAGTTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1128322 CAGATAACCCTTCCTT-CCTTGAGCTATGCTACAAATGATGTGCCTTTGATCTAAGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTT-CTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
* *
1128386 ACTCGAATGTCTTTTGTAGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * ** * *
1128406 CAGATAACCCTTTTTGCCTTGAGCTATTCTGCAGATGATATGCCTCAGAGCTAAGTGTAATAGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1128471 CTCCAAGATCTTTTGTTAG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1128490 CATATAACCCTTCTTTG-TTTGAGCTATGCTACAAAT-ATTGTGCCTTTAAGCTGAGTGTAATTG
1 CAGATAACCCTTC-TTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGA-TGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCG
*
1128553 AACTCGAAGGTCTTTTATTGG
64 AACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * **** * * *
1128574 TAAATAGTTATTCTTCCCTTGAGCTTTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAG-TTATGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGA-GTGTAATCGA
* *
1128638 ACTTGAAGGTCTGTTGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1128658 CATATACCCCTTCTTTCCTTGAGCTATTCTACAACTGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1128723 CTTGAAGGTCTTTTCTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1128742 AAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCAATGCTGCAAATGACGT--CTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1128805 CTCAAAGGACTCTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1128824 CAGATAACGCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTGCTAATGATGTGCCATTGAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1128889 CTCGAAAGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1128908 CAGATAGCCCTTCTTGCCATGAGCTATGTTCCAAATGATAT-TCTTGTGAGTTGAGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTT-TGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1128972 ACTCAAAGGGT-TTTTGTTGG
65 ACTCGAA-GGTCTTTTGTTGG
* *** * * * * ** *
1128992 TAGATAACCCTTCTTTTATTGAGCTGTGCTGCAAATAATGTACCTCTGAATTGAGTGTAATCTAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1129057 CTCGAAGGTCTTTAGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * ** * * *
1129076 CAGATAACTCTTCTTCCCTTGAGCTATACTACAAATTATGTGCCTCAGAGCTAAGAGTAATCTAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1129141 CTCGAATGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1129160 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGATCTATGCTGCAAATGATGTGCCCTCGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1129225 CTCGAAGATCTATTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** *
1129244 CAGATAACCCTTGTTGCCTTGAGCTATACTGCAAATGACATGCCTTTGAGATGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1129309 CTCAAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1129328 CAGATAGCCCTTCTTGCCTTCAGCTATGCTGCAAATAATGTGGCTTTGTGCTGAGTTTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1129393 CTCGAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * * * * *
1129412 CAGATAGTCCTTATTGCCTTGAGCTTTGTTGCAAATGATATGCCTTTTAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1129477 CTCGAAGGTCTTTTGTTGA
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * * * * *
1129496 CAGATAACCCTTCTTTTCTTGAGCTATGTTGCAAATAATATGCCATTGAGTTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1129561 CTCGAAGGTCTATTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1129580 AAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1129645 CTCGAAGTTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * *
1129664 CACATAGCCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTCCAAATGATATTCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1129729 CTCGAAGGTCTTTTGTTAG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * *
1129748 CAGATAGCCCTT-TATGCCTTGAGTTATG-TTCTAAATGATATTCCTTTAAGTTAAGTGTAATCG
1 CAGATAACCCTTCT-TGCCTTGAGCTATGCTGC-AAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCG
* *
1129811 AACTTGAAGGGCTTTTGTTGG
64 AACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1129832 TAGATAGCCCTTCTTGCATTGAGCTATGCTGCAAATAATGTACCTCTGAGCCT-AGTGTAATCAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAG-CTGAGTGTAATCGA
* *
1129896 ACTCGAAGGTCCTTTATTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** * *
1129916 CAGATAACCCTTCTTACCTTGAGCTATACAACAAATGATGTGCCTTAGAGCTAAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1129981 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1130000 CAGATAGCCCTTCTCGCCTTGATCTATGCTGTAAATGATATGCCTTTGAGCCGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* ** *
1130065 CTCAAAGCCCTATTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* *
1130084 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTCCAAATGATGTGCCTTTGAGATGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1130149 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1130168 CAGATATCCCTTCCTGCCTTGAGCTATGCTACAAATGATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1130233 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1130252 CAGATAGCCCTTCTCT-CCTTGAGTTATGCTGCAAATGATGTACCTTTGAGCTGAGTGTAATTGA
1 CAGATAACCCTTCT-TGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1130316 ACTCGAAGGTCTTTTGTTAG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* *
1130336 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTAAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1130401 CTAGAAGGTTTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1130420 TAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCATATGATGTGCATATGAGCTGAGTATAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
**
1130485 CTCGAAGGTCTTTTGTTAA
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1130504 CATATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATACAT-CAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGC-TGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
* *
1130568 ACTCGAAGGGCTTTTTTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * * * * *
1130588 TAGATAGTCCTTCTTGCTTTGAGCTATGCTGCAATTAATGTGCCTCTAAGCCGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1130653 ATCGAATGTCTTTTGTTGA
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * * * * *
1130672 TAGATAGCCCTTATTACCATGAGCTATACTGCAAATGATATGCCGTAGAGCTAAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1130737 CTCGAAGGTCTTTTGTTAG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1130756 AAGATAACCCTTCTCGCCTTGATCTACGCTCCAAATGATGTTCCTTTGAGCCGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
**
1130821 CTCGAAGGTCTATTT-TTAA
66 CTCGAAGGTCT-TTTGTTGG
* * * * * *
1130840 CAGATAACCCTTCTTGCGTTGAACTATGCTACAAATAATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTATTTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1130905 CTCGAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * * * * * *
1130924 CAAATAGTCCTTCTTTCCTTGAGCTTTGCTGCAAATGATGTGCCGTGGAGTTGAGTGTATTGGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1130989 CTCGAAGGTATTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * ** *
1131008 CAGATAGTCCTTCTTGCCATGAGCTATACCACAAATGATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * **
1131073 CTCGAAGGACTTTCGACGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1131092 CAGATAACCCTTCTTTCCTTGAGCTATGCTGTAAATGATGAGTCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* **
1131157 CTTGAAGGTCTTTTAATGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1131176 CAGATAACCCTTTTTGCCTTGAGTTATGCTACAAATGATGTGCATTTCAACTGAGTGTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1131241 CTCGAAGAG-CTTTTGTTGG
66 CTCGAAG-GTCTTTTGTTGG
** * * * *
1131260 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTAT-CTTATAAATGATGTGCCTCTGAGCTGAGTGAAACCAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGC-TGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1131324 ACTCGAAGGT-TTTTGATGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1131343 CATATAGCCCTTCTTGCCTTGAGATATGCTGTAAATGATGTGCCTTTGAGCT-ATGTGTAATC-A
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGA-GTGTAATCGA
*
1131406 ACCTCGAAGGTCTTTTGATGG
65 A-CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * * * * *
1131427 CAGATAGTCCTTATTGTCTTGAGCTATACTGCAAATGATGTGCCTCTAAGGCT-AGTGCAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGA-GCTGAGTGTAATCGA
* *
1131491 ACTCGAAGGTTTTTTATTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1131511 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGATATGCTGTAAATGATGTTCCTTTGAGCTGTGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1131576 CTCGAAGGTCTTTTGTCGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * *
1131595 CAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAATTATGCTGCAAATTATATGCCTTTAAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1131660 CTCGAAGGTCTTTTCTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1131679 CAGATATCCTTTCTTGCCTTGAGCTATACTGTAAATGATTTGCCTCTT-AGCAGAGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCT-TTGAGCTGAGTGTAATCGA
1131743 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * ** * * * * * *
1131763 TAGATAGCCCTTCTTGTCTTGAGCTATATTGCAAATGATGTGCCTCTAAGTTGAATGCAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1131828 CTCGAAGGTGTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
1131847 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTG-CTTATGAGCTGAGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTT-TGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1131911 ACTCGAAGGTCTTTTATTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1131931 CATATAGCCCTTCTTGCCTTAAGCTATACTGTAAATGATATGCCTTTGAGGTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1131996 CTCGAAGGTCTTTTGTTGA
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1132015 CAGATAATCTTTCTTGCCTTAAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCTAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1132080 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* *
1132099 CAGATAACCCTTCTTTCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATATGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1132164 CTCGAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1132183 -AAATATCCCTTCTTGCGTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1132247 ATCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * * *
1132266 CAGATAACTCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTCCATATGATATTCCTTTGAGTTAAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1132331 CTCGAAGGGCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * **
1132350 TAGATAACCCTTCTTGCTTTGAGCTATACTACAAATGATGTGCCTCAGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1132415 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * * *
1132434 CAGATAACCCTTCCCGCCTTGATCTATTCTACAAATGATGTGCTTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1132499 ATCGAAGATCTATTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1132518 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATACTACAAATGATGTGCCTTTGAGATGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1132583 CTTGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * ** * *
1132602 CAGATAACCCTTCTTGCCTTCAGCTATGCTACAAATAATGTGCCTTTTTGCTGAGTCTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1132667 CTCAAAGGT-TTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * *
1132685 CAGGTAGTCCTTCTTGCCTTGAGCTTTGCTGCAAATAATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1132750 CTCGAAGGTCTTTTGTCGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1132769 CAGATAGCCCTTCTTTCCTTGAGCTATACTACAAATGATGTG-CTTCTGAGCTGAGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTT-TGAGCTGAGTGTAATCGA
1132833 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * * * *
1132853 AAAATAGCCCTTTTTTCCTTGAGTTATTCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTGAGTATAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1132918 CTCGAAGGTCTTTTGTTGA
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1132937 CAGATAATCCTTCTTGCCTTAAGCTATACTGCAAGTGATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1133002 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1133021 CAGATAACCCATCTTTCCTTGAGCTATACTGCAAATGATATGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1133086 CTCGAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1133105 TAGATAACCCTTCTTGGCTTGAGCTATGCTGCAAATAATGTGCCTTTCAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1133170 CTCGAAGGTATTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1133189 CAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTCCAAATGATATTCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1133254 CTCGAAGGGCTTTTGTAGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * ** * * *
1133273 TAGATAGCCCTTCCTGTATTGAGCTATGCTGCAAATAATGTACCTCTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1133338 CTCGAAGGTCTTTAGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * ** ** *
1133357 CAGATAACTCTTCTTGCCTTAAGCTATACTAAAAATGATGTGCCTCAGAGCTGAGAGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1133422 CTCGAAGGTCTTTTGTAGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1133441 CAGATAACCCTTCTCGCCTTGATCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAATGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1133506 CTCGAAGATCTATTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1133525 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCAATGCTGCAAATGACGTGCCTTTGAGATGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1133590 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * **
1133609 CAGATAGCCCATCTTGCCTTGAGCTATGCTGTAAATAATGTGCGTTTGTGCTGAGTCTAATTTAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1133674 CTCGAAGGTCTTTTGTTGA
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * * *
1133693 CAGATAGTCCTTCTTGCCTTGAGCTTTGCTGCAGATGATGTGCCTTTGAGTTGTGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * * *
1133758 CTCAAAGTTCTTTAGTCGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1133777 TAGATAGCTCTTCTTTCC-T-AGCTATGTTGCAAATGA--TG-CTTCTAAGCTGAGTGTAATTGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTT-TGAGCTGAGTGTAATCGA
1133837 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1133857 CATATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATACAGCAAATGATGTGCCTTTCAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1133922 CTCGAAGGTCTTTTATTGA
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * * * *
1133941 CAGATAGTCCTTCTTGCCTTAAGCTATTCTGCAAGTGATGTGCCTTTGAGTTGAGTATAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1134006 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1134025 CAGATAACCCGTCTTTG-CTTGAGCTATGCTGCAAATAATGTGCCTTTCAGCTGAGTGTAATCAA
1 CAGATAACCCTTC-TTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1134089 ACTCGAAGGTATTTTGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1134109 CAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTCCAAATGATATTCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1134174 CTCGAAGGGCTTTTGTAGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * ** * * *
1134193 TAGATAGCCCTTCCTGTATTGAGCTATGCTGCAAATAATGTACCTCTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1134258 CTCGAAGGTCTTTAGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * ** ** *
1134277 CAGATAACTCTTCTTGCCTTAAGCTATACTAAAAATGATGTGCCTCAGAGCTGAGAGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1134342 CTCGAAGGTCTTTTGTAGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1134361 CAGATAACCCTTCTCGCCTTGATCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAATGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1134426 CTCGAAGATCTATTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1134445 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCAATGCTGCAAATGACGTGCCTTTGAGATGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1134510 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * **
1134529 CAGAT-AGCC--CTTGCCTTGAGCTATGCTGTAAATAATGTGCGTTTGTGCTGAGTCTAATTTAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1134591 CTCGAAGGTCTTTTGTTGA
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * * *
1134610 CAGATAGTCCTTCTTGCCTTGAGCTTTGCTGCAGATGATGTGCCTTTGAGTTGTGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * * *
1134675 CTCAAAGTTCTTTAGTCGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * *
1134694 TAGATAGCTCTTCTTTCCTAGAGCTATGTTGCAAATGATGTG-CTTCTAAGCTGAGTGTAATTGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTT-TGAGCTGAGTGTAATCGA
1134758 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1134778 CATATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATACAGCAAATGATGTGCCTTTCAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1134843 CTCGAAGGTCTTTTATTGA
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * * * *
1134862 CAGATAGTCCTTCTTGCCTTAAGCTATTCTGCAAGTGATGTGCCTTTGAGTTGAGTATAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1134927 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* *
1134946 CAGATAACCCGTCTTTG-CTTGAGCTATGCTGCAAATAATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTC-TTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
* *
1135010 ACTCGAAGGTATTTTGTTGA
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * * * *
1135030 CAGATAGCCCTTCTTACCTTGAGTTATGTTCCAAATGATATTCCTTTGAGTTGAGTATAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1135095 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * * * *
1135114 CAGATAGCCCATCTTGTCTTAAGTTATGTTCCAAATGATATTCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1135179 CTCGAAGGGT-TTTTGTTGG
66 CTCGAA-GGTCTTTTGTTGG
* * ** * * * * * *
1135198 TAGATAGCCCTTCTTGTATTGAGCTATACTGCAAATAATGTACCTCTAAGCCGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1135263 CTAGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * ** *
1135282 CAGATAACCCTTCTTACCTTGAGCTATACTACAAATGATGTGCCTCAGAGCTAAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1135347 CTCGAAGGTCTTTTGTTTG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1135366 CAGGTAGCCCTTCTCGCCTTGATCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAACCGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1135431 CTCGAAGATCTATTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1135450 CAGATAACCCTCCTTGCCTTGAGCTATGCTCCAAATGATGTGCCTTTGAGATGAGTGTAATCGGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1135515 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1135534 CAGATAACCCTTTTTTCCTTGAGCTATACTGCAAATAATGTGCCTTTGATCTGAGTCTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1135599 CTTGAAGGTATTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * *
1135618 CAGATAGTCCTTCTTGCCTTGAGCTTTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1135683 CTCGAAAGTCTTTTTTTCGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTT-GG
* *
1135703 -AGATAACCCTTCTTTCCTTGAGC--TG-TGCAAAATGATGTGCC-TTGAGCTGAGTGTAATTGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGC-AAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
* *
1135763 ACTCGAAGGTCTTTGGTTAG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1135783 C--ATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCGTTTGAGCTAAGTGCAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1135846 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1135865 TAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATATG-CTACTGAGCTGAGTATAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCT-TTGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1135929 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGA
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1135949 CATATAGCCCTTCTTTCCTTGAGCTATACTTCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1136014 CGCGAAGGGCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * *
1136033 --TATAGTCCTTCTTGCATTGAGCTATGCTGCAAATAATGTGCC-TTGAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * * *
1136095 ATTGAATGTCTTTTGTTGA
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** * * * * *
1136114 TAGATAGCCCTTCTTG-CTGTGAGCTATATTGCAAATGATGTGCCTTAGAGCTAAATGTATTCAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCT-TGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1136178 ACTAGAAGGTCTTTTGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * *
1136198 AAGATATCCCTTCTCGCCTTGATCTATTCTGCAAATG-TTTGCCTTT-AAC-CAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1136260 CTCGAAGGTCTATTGTTAG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** * *
1136279 CAGATAAACCTTCTTGCGTTGAGCTATGCTATAAATAATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAAACGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1136344 ATCGAAGGTATTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* *
1136363 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGC-AA--A--TGCCTTTGAGCTGATTGT-ATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1136422 CTCGAAGG--TTTT-ATGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * *
1136438 TA-A-AA-GTTATCTT-CCTTGAGCTTTGCTGTAAATGATGTGCC-TT----TGAGTGTAATGGA
1 CAGATAACCCT-TCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
*
1136494 ACTCGAAGGTATTTTG-TGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * ** * *
1136513 CAGATAATCCTTCTTGCCTTGAGATATACCACAAATGA--TGCCTTTGAGTTAAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* **
1136576 CTCGAAGGTCTTTCGACGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1136595 C--ATAACCCTTCTTTCC-TGAGCTATGCTGTAAATGATGAGTCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1136657 CTTGAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1136676 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGCTGCAAATGATGTG-C-TTCAGCTGAGTGTAAT-TAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1136738 CTCGAAGAG-CTTTTGTTGG
66 CTCGAAG-GTCTTTTGTTGG
* * ** * * * *
1136757 CAGATAGCCGTTCTTTTCTTGAGCTA---T-C-AATGTTGTGCCTCTAAGCTGAGTGTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1136817 CTCGAAGGTCTTTTGATGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1136836 CAGATAACCCTTATTG-CTTGAGCTATTCTGCAAATGATGTGCGC--TAAGCTGAGTGCAATCAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGC-CTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
* *
1136898 ACTCGAAGGTTTTTTGATGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1136918 C--ATATCCCTTCTTGCTTTGAGATATGCTG--TA-GATGTGCCTTTGAGC----TGTAATC-AA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1136973 CTCGAAGGTCTTTTCTTTG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * **
1136992 CAGACAGCCCTTCTTGCCTTGAGTTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTAAGTGTAATTAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1137057 CTCAAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1137076 CAGATAGCCCTTCTTACCTTGAGTTATACTGCAAA-AATGAT-CCTCTT-AGCAGAGTGTAATCA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATG-TGCCT-TTGAGCTGAGTGTAATCG
1137138 AACT-GAAGGTCTTTTGTTGG
64 AACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1137158 CAGATAGCCCTTCTTGTCTTGAGCTATACTG-TAATGATGTG-CTTTGAGCTAAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1137221 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** * *
1137240 GATATTGCCCTTTTTGCCTT-A--TA--CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCT--GTATAAT-GAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1137297 CACGAAGGTCTTTAGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1137316 TAGATAACCCTTCTTGGCTTAAGCTATACTAC-AATGATGTGCC--T---CAGAGTG--ATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1137373 CTCGAAGGTCATTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1137392 AAGAT-AGCCTTCTCT-CCTTGATCTGTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCCGAGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCT-TGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
* *
1137455 ACTCGAAGGTCTATCGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1137475 CAGATAACCCTTATTTCCTTGAGCTATGGTTCAAATGATGTTCCTTTGAGGTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1137540 CTCGAAGGTC-TTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1137558 TA-ATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCT-TGCTGCAAAT-ATGTTCCTTTGAGCTGA--GTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1137618 -ACG-A--TCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* ** * * * *
1137633 CGGATAGTCC-T-TTGTCTTGAGCTTTGCTGCAAATAATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1137696 CTCGAAGG--TTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1137713 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATACTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTAAGTTTAATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1137778 CTCGAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1137797 TAGAAAACCC-T-TT-CC-TGAGCTATG-T--AAATGATATGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1137855 ---GAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1137871 CAGATAACCCTTCTTG-ATTGAGATATGCTACAAATGATGTG-CTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1137934 CTCGAAGGTCTTTTG-TGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1137952 CACATATCCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTGCAAATGATGTGCCTTTGAGATGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1138017 CTCGAAGG-ATTTT-TTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1138034 TATAT-AGCCTTCTTGCATTGAGCTATG-T--AAATAATGTGCC-TTG-GC---GTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1138090 CTCGAAGGTCTTTTGTAGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1138109 TAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGTTATTCTGCAAATGATATG-CTTCAGAGCTAAGTGT-ATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTT-TGAGCTGAGTGTAATCGA
* *
1138172 ATTCCAAGG--TTTTGTT-G
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1138189 CAGATAACCCTTC-T-CCTTGA--TATAACTGCAAATGA--TGCCTTTGAGCCGAGTCTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTAT-GCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
1138248 ACT-GAAGGTC-TTT-TTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * *
1138265 CAGATAACCCTTCTTGAGTTAAGCTATGCTGCAAATAATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1138330 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1138349 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATAATGTGCCGTT-AACTGAGTGTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1138413 CTCGAAGGTCTTATATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * ** * * * * * *
1138432 AAAATAGTCATTCTTTCCTTGAGCTTTGCAGTAAATGATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATC-AA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1138496 CTTGAAGGTCTGTT-TTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* *
1138514 CAGATAACCC-TCTTTCCTTGAGCTAT-TTGCAAATGAT-TGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1138576 CTTGAAGGTCTTTTGTT-A
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* *
1138594 AAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGC-----ATGTGCCTAT-AGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1138653 CTCAAAGGACTTTTGTTTTG
66 CTCGAAGGTCTTTTG-TTGG
* * * * *
1138673 TA-ATAGCGCTTCTTGCCTTGA--T-T-ATGCAAATGATGTGCCTTTGTGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1138733 CTCGAAGGGCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1138752 CAGATAACACTTATT-TCTTGAGCTATGCTGCAAATAATGTGCCTTT-AGCTGAGTGTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1138815 CTC-AAGGTCTTTTATTAG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * *
1138833 C--ATAGTCCTTCTT-CCTTGAGCTTTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1138895 CTTGAAGGTC--TTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * ** * *
1138912 CAGATATCCCTTCTTTCCATGACCTATTATGCAAATGAT-TTCCTTTGAGCTGAGTGT-ATCAAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1138975 CTCGGAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1138994 AAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGATGCAAATGATGTACCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1139059 CTC-AAGGACTTTTG-TGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1139076 TAGATAGCGCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTGCAAATGATATGCCTTTGAGCTGAGTGCAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1139141 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1139160 -AAATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATACTACAAATGATGTGCCTTTGA---GAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1139221 CTCGAAGGTCTTTT-TTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1139239 C--AT-ACCCTTCTTGCCTTGAGTTATGTTCCAAATGATAT-TCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1139300 CTCGAAGGGCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1139319 TAGATAGCCCTTCTTGCATTGAGCTATGCTGCAAAT-ATGT-CCTCTGAGCTGAGTGTAATC-AA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1139381 CTCGAAGGTCTTTAGTTAG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * ** ** *
1139400 CAGATAACTCTTCTTGCCTTGAGCTATACTACAAATTATGTTCCTCAGAGCTGACAGTAATAGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1139465 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * * *
1139484 CAGATAGCCCTTCTCGCCTTCATCTATGCTGGAAAGGATATGCCCTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1139549 CTCGAAGATCTATTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1139568 CAGCTAACCCTTGTTGCCTTGAGCTATGGTGCAAATGACGT-CCTTTGAGATGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1139632 CTTGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1139651 CAGATAACCCTTATTGCCTTGAGCTATACTAC-AA--ATGTGCCTTTGTGCTGAGTCTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1139713 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1139732 CAGAT-ACCCTTCTTGCCTTAATCT-TGCTGCAAATGA-GTGCCTTTGAG-TAAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
**
1139793 CTCGAAGGTCTTTTGTCAG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1139812 CAGATAGCCCTTCTTTCCTTGAGCTATTCTGC-AATGATGTG-CTTTGAG-TTAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1139874 CTCGAAGGTATTTTGTTGA
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1139893 CA-ATAGCCCTT-TTGCCTTGAGCTATACTGCAAATGATGTGCC-TTGAGCT-AATGTAATC-AA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1139953 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * * * *
1139972 CAGATAGTCCTTCTTGCCTTGAGCTATGTTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTAAGTGTAATAGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1140037 CTCGAAGGTCTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * *
1140056 CAGA-AAACATTCTTTCCTTGAGCTATGCTGTAAATGATATGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1140120 CTGGAAGGTCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
*
1140139 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAG-TAATGCT--AAATGATGTACCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCT-ATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
* * *
1140201 ACTCGAAGGACTTTTATCGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1140221 CATATATCCCTTGTAGCCTTGAGTTATGTTGTAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCG-A
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1140285 -TCGAAGG-CTTTTATTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * *
1140302 TATAT-ATCCTTCTTGCATTGAGCTATGCTGC-AAT-ATATGCC-TTGAGCCGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* * *
1140363 CTAGAAGGTTTTTTGTAGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * ** *
1140382 CAGATAGCGCTTCTTGCCTTGAGCTATTCTGTAAATGAT-TGCCTCAGAGAT-AGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1140445 CTCCAAGGTC-TTTGTTAG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* *
1140463 CAGATAACCCTTCTCTGCCTTGA-TTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGA---GA--GTAATCAA
1 CAGATAACCCTTCT-TGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGA
1140522 ACTCGAAGGTC-TTTGTTGG
65 ACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* *
1140541 CAGATAACCCTTCATTGCGTTGAGCTATGCTGCAAATAATGTGCCTTTGAGCTTGAGTGTAATCG
1 CAGATAACCCTTC-TTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGC-TGAGTGTAATCG
*
1140606 AACTCGAAGGTCTTTTATTGG
64 AACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* *
1140627 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTAT-CTGCAAAT-A--TGCCGTT-AGCTGAGTGTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1140687 CTCGAAGGTC--TT-TTAG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * * * * *
1140703 -AAATAGCCATTCTTTCCATGAGC--TGTTGC-AATGATGTGCCTTTGAG-TGAGTGTAATCTAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1140763 CT-TAA-GTCTGTT-TTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * *
1140779 CAGATAGCCCCCGTT-TT-CCTTGAGCTATTCTG--TATGAT-TGCCTTTGAGCTGAGTGTAATC
1 CAGATA--ACCC-TTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATC
1140839 -AACTCGAAGGTC-TTTGTT-G
63 GAACTCGAAGGTCTTTTGTTGG
*
1140858 -AGAT-A------TTGCCTTGAGCTATGCTGC-AATGATGTTCC-TTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1140913 CTCAAAGGACTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1140932 CAGAT-AGCCTTC-TGACTTGAGTTATG-T--AAA--CTGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
*
1140990 CTCG-AGGGCTTTTGTTGG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
* * * *
1141008 CATAT-ACCCTTCTT-TCTTGAGCTATGCTGCAAATAATG-GCCTTT-AGCTGAGTGTAATTGAA
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
* *
1141069 CTCGAAGGT-ATTT-TTAG
66 CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
** * *
1141086 C--ATAGTCATTCTTGCCTTGAGCT-TGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAAT
1 CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAAT
1141144 AAATTTTTTG
Statistics
Matches: 21252, Mismatches: 3825, Indels: 847
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
69 2 0.00
70 14 0.00
71 22 0.00
72 34 0.00
73 50 0.00
74 70 0.00
75 109 0.01
76 261 0.01
77 272 0.01
78 234 0.01
79 437 0.02
80 437 0.02
81 758 0.04
82 773 0.04
83 1002 0.05
84 16557 0.78
85 167 0.01
86 53 0.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.22, T:0.35
Consensus pattern (84 bp):
CAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAA
CTCGAAGGTCTTTTGTTGG
Found at i:1141267 original size:209 final size:209
Alignment explanation
Indices: 1140963--1141353 Score: 580
Period size: 209 Copynumber: 1.9 Consensus size: 209
1140953 TTATGTAAAC
*
1140963 TGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAGGGCTTTTGTTGGCATATACCCTTCTTTCTTGA
1 TGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAGGGCTTTTGTTGGCAGATACCCTTCTTTCTTGA
* *
1141028 GCTATGCTGCAAATAATGGCCTTTAGCTGAGTGTAATTGAACTCGAAGGTATTTT-TAG-CATAG
66 GCTATGCTACAAAT-ATGGCCTTTAGCTGAGTGTAATTGAACTCGAAGGTATTTTGTAGAAATAG
*
1141091 TCATTCTTGCCTTGAG-CTTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTGA-GTGTAATAAATTTTTTG
130 TC---CTTCCCTTGAGACTTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTT-ATGTGTAATAAATTTTTTG
1141154 CCTTGATTTCTGCAAATGA
191 CCTTGATTTCTGCAAATGA
*
1141173 TGTG-CTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGGCTTTTGTTGGCAGATACCCTT-TTTGTTG
1 TGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCG-AGGGCTTTTGTTGGCAGATACCCTTCTTTCTTG
* *
1141236 AGCTATGCTACAAAT-TGTGCCTTTAAGCTGAGTGTAATTGAACTCGAAGGTCTTTTGTGGTAAA
65 AGCTATGCTACAAATATG-GCCTTT-AGCTGAGTGTAATTGAACTCGAAGGTATTTTGTAG-AAA
*
1141300 TAGTCCTTCCCTTGAGATTTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTATGTGTAAT
127 TAGTCCTTCCCTTGAGACTTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTATGTGTAAT
1141354 CGAACTTTAG
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 8, Indels: 16
0.87 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
207 2 0.01
208 6 0.04
209 87 0.53
210 64 0.39
212 6 0.04
ACGTcount: A:0.22, C:0.16, G:0.24, T:0.38
Consensus pattern (209 bp):
TGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAGGGCTTTTGTTGGCAGATACCCTTCTTTCTTGA
GCTATGCTACAAATATGGCCTTTAGCTGAGTGTAATTGAACTCGAAGGTATTTTGTAGAAATAGT
CCTTCCCTTGAGACTTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTATGTGTAATAAATTTTTTGCCTTG
ATTTCTGCAAATGA
Found at i:1141756 original size:319 final size:323
Alignment explanation
Indices: 1141163--1143513 Score: 1983
Period size: 319 Copynumber: 7.3 Consensus size: 323
1141153 GCCTTGATTT
*
1141163 CTGCAAATGATGTG-CTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGGCTTTTGTTGGCAGATA-CC
1 CTGCAAATGAT-TGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCC
* * *
1141226 CTT-TTT-GTTGAGCTATGCTACAAAT--TGTGCCTTTAAGCTGAGTGTAATTGAACTCGAAGGT
65 CTTCTTTCCTTGAGC--TGCTACAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGT
* * * * * *
1141287 CTTTTG-TGGTAAATAGTCCTTC---CCTTGAGATTTGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGTTATG
128 CTTTTGTTGGCAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCT-CAAATGAT-T-CC-TTGAGCTA-G
** * * *
1141348 TGTAATCGAACT-TTAGGTC-TGTTTGGCATATAACCCTTCTTTCCTTGAGCTATTCTGCAAATG
188 TGTAATCGAACTCGAAGGTCTTG-TTGGCAGAT-AGCC--CTTTCCTTGAGCTATGCTGCAAATG
* * * *
1141411 ATGTGCC-TTGAGCTGAGTGTAATCAAACTTGAAGGTCTTTTATTGGCAGATAACCCTTCTTG-C
249 ATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCCCTTCTTGCC
1141474 TTGAGCTATG
314 TTGAGCTATG
*
1141484 CTGCAAAT-A-TGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGACTTTTGTTGGCAGATAGCCC
1 CTGCAAATGATTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCCC
* * * *
1141547 TTCTTTCCTT-AGCTGTTCCAAATGAT-TGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAACTCAAAGGTCTT
66 TTCTTTCCTTGAGCTGCTACAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTT
* * * *
1141610 TTGTTGGTAGATAACCCTTTCTTGCCTTGAGCTATGCTACAAATAATACCTTGAGCT-GTGTAAT
131 TTGTTGGCAGATAGCCC-TTCTTGCCTTGAGCTATGCT-CAAATGATTCCTTGAGCTAGTGTAAT
*
1141674 CGAACTCGAAGGTCTTGTTGGCAGATAGCCCTTTCCTTGAGCTATTCTGCAAATGATGTGCCTTT
194 CGAACTCGAAGGTCTTGTTGGCAGATAGCCCTTTCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTT
* * * *
1141739 GAGCTGAGTGTAATCAAACTCGAA-GTCTTTTGTTGGAAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTAAG
259 GAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * * * **
1141803 ATGCAAATGATGTACCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTC-AAGGACTTTTGTTGGTAGATAGTG
1 CTGCAAATGAT-TGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCC
* * * * *
1141867 CTTCTTGCCTTGAGTTATGTTGCAAATGA-ATG-CTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGT
65 CTTCTTTCCTTGAG--CTGCTACAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGT
** * * *
1141930 C-GGTGTT-GCAGATAGCCC-CCTTTCCTTGAGCTATTCTGCAAATGA-TCCTTTGAGCTGAGTG
128 CTTTTGTTGGCAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCT-CAAATGATTCC-TTGAGCT-AGTG
* * *
1141991 TAATC-AACTCGAA-GTCTTTTGTTGGAAGAT--CCCTTCTTGCCTTGAGCTAAGATGCAAATGA
190 TAATCGAACTCGAAGGTC--TTGTTGGCAGATAGCCC-T-TT-CCTTGAGCTATGCTGCAAATGA
* *
1142052 --TGCC-TTGAGCTGAGTGTAATCGAACTC-AAGGACTTTTGTTGGTAGATAGCCCTTCTTGCCT
250 TGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCCCTTCTTGCCT
1142113 TGAG-T-T-
315 TGAGCTATG
*
1142119 ATGCAAATGATTGGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCG-AGGTCTTTTGTTGGCAGATAG-C
1 CTGCAAATGATT-GCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCC
*
1142182 CTTCTTGCCTTGAGCTATGCT-C-AATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAA-GT
65 CTTCTTTCCTTGAGC--TGCTACAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGT
* * *
1142244 CTTTT-TTGGCAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGTTATG--CAAATGATTCTTTTGAGTTGAGTGT
128 CTTTTGTTGGCAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTCAAATGATTC-CTTGAGCT-AGTGT
* * * * * *
1142306 AATCGAACTCGAAGGGCTTTTGTTGGTA-ATAG-CC-TTCTTTTA-CTATGCTGTAAAT-ATGTA
191 AATCGAACTCGAA-GG-TCTTGTTGGCAGATAGCCCTTTCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTG
* * * *
1142366 CCTCTGAGTTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTC-TTT-TTGG--TATA-CTCTTCTTGCCTTGAG
254 CCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAG
*
1142426 CTATA
319 CTATG
* ** *
1142431 CTAC-AATG--TGCCTCAGAGCTGAGAGTAATC-AACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCCC
1 CTGCAAATGATTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCCC
* ** * *
1142492 TTCTTTGCTAAT-ATATGCT-GAAATGATGTGCCCTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTC
66 TTCTTTCCT--TGAGCTGCTACAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTC
* * * * * *
1142555 TATTGTTGGCAGATAACCCTTGTTGCCTTGAGCTATGGTGCAAATGAGTGCCATTTGAGATGAGT
129 TTTTGTTGGCAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCT-CAAATGA-TTCC--TTGAGCT-AGT
* * * *
1142620 GTAATCGAACT-TAAGATCATTTGTTGGCAGATAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATACT-C-AAT-
189 GTAATCGAACTCGAAGGTC--TTGTTGGCAGATAGCCC-T-TT-CCTTGAGCTATGCTGCAAATG
* * * *
1142681 ATGTGCCTTTGTGCTGAGT-TAATTGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGTCCTTATTGCC
249 ATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCCCTTCTTGCC
*
1142745 TTGAGCTTTG
314 TTGAGCTATG
* * * * *
1142755 CTACAAAT-ATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCAAACTCGAA-GTCTTTTGTCGGCAGATAACC
1 CTGCAAATGAT-TGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCC
1142818 CTTCTTTCCTTGAGCTATGCTACAAATGATGTTGTAACAAATATTTTGCCTGAGCCTGTAAATGA
65 CTTCTTTCCTTGAGC--TGCTAC-AA--A---TG--------A---TG--T--GCC---------
* *
1142883 TTTGCCTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGAAGATA-ACCTTCTTGCCTT
98 --T---TTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCCCTTCTTGCCTT
* *
1142947 GAGCTATGCTCAAATGATGTCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTC-AAGGTTTTGTTGGCAGATA
158 GAGCTATGCTCAAATGAT-TCCTTGAGCT-AGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTGTTGGCAGATA
* * *
1143011 GCGCTTTTCTTGAG-TATG-T--TAAT--T-TGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGT
221 GCCCTTTCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGT
1143069 CTTTTGTTGGCAGATAGCCCTTC--G-CTTGAGCTATG
286 CTTTTGTTGGCAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATG
*
1143104 CTGCAAAT-ATGTGCCTTTAAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTT-TTGGCA-ATAGCC
1 CTGCAAATGAT-TGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCC
* *
1143166 ATTC-TTCCTTGAGCTTGCTACAAATGATGTGCCTTTGAG-TGAGTGTAATC-AACTTGAAGGTC
65 CTTCTTTCCTTGAGC-TGCTACAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTC
* *
1143228 -TTTGTTGGCAGATAGCCCTTCTT-CCTTGA-CT-TTCTCAAATGATGTCCTCTGAGCT-GAGTA
129 TTTTGTTGGCAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTCAAATGAT-TCCT-TGAGCTAGTGTA
* *** * * * *
1143288 A--AAACTCGAAGGTCTT-TTGTTGGATATCCCTCTGCCTTGAGCTATGAT-AAAATGATGTGCC
192 ATCGAACTCGAAGGTCTTGTTGGCAGATAGCCCT-TTCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCC
* * * * * *
1143349 TTTGAGCT-AGTGTAATCG-ACTCAAAGGACTTTTTTTGGTAGATAGCGCTTCTTGCCTTGAGTT
256 TTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCT
1143412 ATG
321 ATG
* *
1143415 -T--AAATGATGTGGCTTTGAGCTTAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCC
1 CTGCAAATGAT-TGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCC
* * *
1143477 ATTC-TGCCTTGAGCTATGCTGC-AATGATGTGCCTTTG
65 CTTCTTTCCTTGAGC--TGCTACAAATGATGTGCCTTTG
Statistics
Matches: 1696, Mismatches: 186, Indels: 306
0.78 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
303 15 0.01
304 14 0.01
305 9 0.01
306 16 0.01
307 17 0.01
308 94 0.06
309 130 0.08
310 43 0.03
311 94 0.06
312 18 0.01
313 39 0.02
314 40 0.02
315 80 0.05
316 103 0.06
317 3 0.00
318 66 0.04
319 202 0.12
320 95 0.06
321 107 0.06
322 71 0.04
323 35 0.02
324 33 0.02
325 26 0.02
326 1 0.00
327 47 0.03
328 12 0.01
329 2 0.00
330 2 0.00
332 2 0.00
335 2 0.00
340 2 0.00
343 2 0.00
345 2 0.00
346 8 0.00
347 10 0.01
348 9 0.01
349 53 0.03
350 11 0.01
351 15 0.01
352 38 0.02
353 4 0.00
354 3 0.00
355 6 0.00
356 2 0.00
357 1 0.00
358 15 0.01
360 25 0.01
361 1 0.00
362 8 0.00
363 20 0.01
364 43 0.03
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.23, T:0.35
Consensus pattern (323 bp):
CTGCAAATGATTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCCC
TTCTTTCCTTGAGCTGCTACAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTT
TTGTTGGCAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATGCTCAAATGATTCCTTGAGCTAGTGTAATCG
AACTCGAAGGTCTTGTTGGCAGATAGCCCTTTCCTTGAGCTATGCTGCAAATGATGTGCCTTTGA
GCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCCCTTCTTGCCTTGAGCTATG
Found at i:1141810 original size:83 final size:84
Alignment explanation
Indices: 1141163--1143513 Score: 1782
Period size: 80 Copynumber: 29.2 Consensus size: 84
1141153 GCCTTGATTT
*
1141163 CTGCAAATGATGTG-CTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGGCTTTTGTTGGCAGAT-ACC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
*
1141226 CTTTTTG--TTGAGCTATG
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * * * * **
1141243 CTACAAAT--TGTGCCTTTAAGCTGAGTGTAATTGAACTCGAAGGTCTTTTG-TGGTAAATAGTC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
* *
1141305 CTTC---CCTTGAGATTTG
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* ** * *
1141321 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAG-TTATGTGTAATCGAACT-TTAGGTC-TGT-TTGGCATATAAC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGA-GTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAAC
* *
1141382 CCTTCTTTCCTTGAGCTATT
65 CCTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * *
1141402 CTGCAAATGATGTGCC-TTGAGCTGAGTGTAATCAAACTTGAAGGTCTTTTATTGGCAGATAACC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
1141466 CTTCTTG-CTTGAGCTATG
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* *
1141484 CTGCAAAT-A--TGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGACTTTTGTTGGCAGATAGCC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
*
1141546 CTTCTTTCCTT-AGC--TG
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * * * *
1141562 TTCCAAATGAT-TGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCGAACTCAAAGGTCTTTTGTTGGTAGATAACC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
1141626 CTTTCTTGCCTTGAGCTATG
66 C-TTCTTGCCTTGAGCTATG
* * * *
1141646 CTACAAAT-A-ATACC-TTGAGCT--GTGTAATCGAACTCGAAGGTC--TTGTTGGCAGATAGCC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
*
1141704 C-T-TT-CCTTGAGCTATT
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* *
1141720 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCAAACTCGAA-GTCTTTTGTTGGAAGATAACC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
*
1141784 CTTCTTGCCTTGAGCTAAG
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * * * ***
1141803 ATGCAAATGATGTACCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTC-AAGGACTTTTGTTGGTAGATAGTG
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
*
1141867 CTTCTTGCCTTGAGTTATG
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * ** *
1141886 TTGCAAATGA-ATG-CTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTC-GGTGTT-GCAGATAGCC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
* * *
1141947 C-CCTTTCCTTGAGCTATT
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
*
1141965 CTGCAAATGA--T-CCTTTGAGCTGAGTGTAATC-AACTCGAA-GTCTTTTGTTGGAAGAT--CC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
*
1142023 CTTCTTGCCTTGAGCTAAG
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * * *
1142042 ATGCAAATGA--TGCC-TTGAGCTGAGTGTAATCGAACTC-AAGGACTTTTGTTGGTAGATAGCC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
1142103 CTTCTTGCCTTGAG-T-T-
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* *
1142119 ATGCAAATGAT-TGGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCG-AGGTCTTTTGTTGGCAGAT-AG
1 CTGCAAATGATGT-GCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAAC
1142181 CCTTCTTGCCTTGAGCTATG
65 CCTTCTTGCCTTGAGCTATG
*
1142201 CT-C-AATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAA-GTCTTTT-TTGGCAGATAGCC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
1142262 CTTCTTGCCTTGAG-T-T-
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * * * * *
1142278 ATGCAAATGAT-T-CTTTTGAGTTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGGCTTTTGTTGGTA-AT-AGC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
1142339 CTTCTT---TT-A-CTATG
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * * * * *
1142353 CTGTAAAT-ATGTACCTCTGAGTTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTC-TTT-TTGG--TAT-ACT
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
*
1142412 CTTCTTGCCTTGAGCTATA
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* ** * *
1142431 CT--ACA--ATGTGCCTCAGAGCTGAGAGTAATC-AACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
* **
1142491 CTTCTTTG-C-TAATATATG
66 CTTC-TTGCCTTGAGCTATG
* *
1142509 CTG-AAATGATGTGCCCTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTATTGTTGGCAGATAACC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
*
1142573 CTTGTTGCCTTGAGCTATG
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * * * *
1142592 GTGCAAATGA-GTGCCATTTGAGATGAGTGTAATCGAACT-TAAGATCATTTGTTGGCAGATAAC
1 CTGCAAATGATGTGCC-TTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAAC
*
1142655 CCTTCTTGCCTTGAGCTATA
65 CCTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * **
1142675 CT-C-AAT-ATGTGCCTTTGTGCTGAGT-TAATTGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGTC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
* *
1142736 CTTATTGCCTTGAGCTTTG
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * * *
1142755 CTACAAAT-ATGTGCCTTTGAGTTGAGTGTAATCAAACTCGAA-GTCTTTTGTCGGCAGATAACC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
*
1142818 CTTCTTTCCTTGAGCTATG
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * ** ** *** **
1142837 CTACAAATGATGTTGTAACAAATATTTTGCCTGAGCCTGTAAAT-GATTTGCCTTGAG-CTGAGT
1 CTGCAAATGATG-TG---C--CT-TTGAG-CTGAG--TGT-AATCGAACT-CGAAG-GTCT-TTT
* ** *
1142900 GTAATCG-A-ACTCGAAGGTCTT-TTG--TTG-G--AAG
52 GT--TGGCAGA-T--AA-CCCTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * ** * * * * * *
1142931 AT--AACCTTCT-TGCC-TTGAGCT-A-TG--CTC-AAAT-G-ATGTCTTTGAGCTGAG-TGTAA
1 CTGCAA-ATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTT-TGTTG-GCAG--A
* * * * * * *
1142984 TCGAACTCAAGGTTTTGTTGGCAGATAGCGCTTTT
61 T--AAC-C-----CTTCTT-GC--CTTGAGCTATG
* *
1143019 CTTG-AGTATGTTAATTTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGA
1 C-TGCA-AATG---ATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGA
*
1143083 TAGCCCTTC--G-CTTGAGCTATG
61 TAACCCTTCTTGCCTTGAGCTATG
* *
1143104 CTGCAAAT-ATGTGCCTTTAAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTT-TTGGCA-ATAGCC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
*
1143166 ATTCTT-CCTTGAGCT-TG
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * *
1143183 CTACAAATGATGTGCCTTTGAG-TGAGTGTAATC-AACTTGAAGGTC-TTTGTTGGCAGATAGCC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
*
1143245 CTTCTT-CCTTGA-CT-TT
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * *
1143261 CT-CAAATGATGT-CCTCTGAGCTGA--GTAA--AAACTCGAAGGTCTTTTGTT-G--GATATCC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
1143317 C-TC-TGCCTTGAGCTATG
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * * * * * * *
1143334 AT-AAAATGATGTGCCTTTGAGCT-AGTGTAATCG-ACTCAAAGGACTTTTTTTGGTAGATAGCG
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
*
1143396 CTTCTTGCCTTGAGTTATG
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
* * *
1143415 -T--AAATGATGTGGCTTTGAGCTTAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAGCC
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
*
1143477 ATTC-TGCCTTGAGCTATG
66 CTTCTTGCCTTGAGCTATG
1143495 CTGC-AATGATGTGCCTTTG
1 CTGCAAATGATGTGCCTTTG
Statistics
Matches: 1824, Mismatches: 269, Indels: 354
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
70 1 0.00
71 9 0.00
72 11 0.01
73 26 0.01
74 65 0.04
75 52 0.03
76 73 0.04
77 124 0.07
78 170 0.09
79 217 0.12
80 444 0.24
81 154 0.08
82 150 0.08
83 180 0.10
84 44 0.02
85 10 0.01
86 1 0.00
87 1 0.00
88 2 0.00
89 2 0.00
90 5 0.00
91 8 0.00
92 2 0.00
93 8 0.00
94 11 0.01
95 9 0.00
96 8 0.00
97 9 0.00
98 1 0.00
99 8 0.00
100 7 0.00
101 5 0.00
102 7 0.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.23, T:0.35
Consensus pattern (84 bp):
CTGCAAATGATGTGCCTTTGAGCTGAGTGTAATCGAACTCGAAGGTCTTTTGTTGGCAGATAACC
CTTCTTGCCTTGAGCTATG
Done.