genome.fa.s9152.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009152.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112678_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  885575

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1570--1622	28	1.9	28	84	3	72	39	18	7	33	1.79
5180--5218	20	2.0	20	84	0	51	23	17	12	46	1.83
7283--7474	74	2.6	75	84	4	237	20	25	30	23	1.99
18732--18761	14	2.1	14	100	0	60	33	13	33	20	1.91
18756--18828	28	2.5	29	82	4	85	27	16	31	24	1.96
20325--20376	10	4.9	11	81	6	63	50	0	5	44	1.26
20323--20376	21	2.6	21	96	0	99	51	0	5	42	1.25
22823--24073	627	2.0	622	89	2	1925	38	11	10	39	1.76
39804--40056	138	1.8	137	83	4	330	29	12	17	39	1.87
41804--42161	59	6.1	59	89	2	533	31	22	12	33	1.91
41804--42161	117	3.0	117	91	1	538	31	22	12	33	1.91
41825--42161	176	1.9	177	90	1	534	32	21	11	34	1.90
50419--50459	13	3.2	13	100	0	82	56	0	21	21	1.43
59045--59420	59	6.4	59	81	5	271	32	22	11	32	1.90
59046--59436	118	3.3	116	85	2	489	32	22	10	33	1.89
59104--59437	59	5.7	59	89	0	488	32	22	11	34	1.89
67381--67439	30	2.0	30	93	0	100	28	25	20	25	1.99
68041--68172	59	2.2	59	86	0	174	29	25	17	28	1.97
69272--69305	14	2.5	14	90	4	52	41	17	0	41	1.50
70231--70567	59	5.7	59	92	1	534	30	22	11	35	1.90
71033--71106	21	3.5	21	98	0	139	32	12	18	36	1.88
73535--73583	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75532--75620	46	2.0	45	84	2	115	29	14	7	48	1.72
76040--76214	59	3.0	59	93	0	296	29	23	12	35	1.91
76040--76234	59	3.3	57	85	5	255	28	22	12	36	1.91
76677--76732	21	2.7	21	94	0	94	28	12	21	37	1.90
84162--84421	137	1.9	137	84	3	344	27	16	16	39	1.90
86225--86283	28	2.1	28	96	0	109	35	10	25	28	1.89
86424--86565	23	6.1	23	78	6	103	18	22	25	33	1.96
86416--86482	24	2.8	24	77	2	73	20	22	25	31	1.98
86416--86505	47	1.9	47	88	0	135	18	23	24	33	1.97
86426--86564	70	2.0	70	80	10	160	18	23	23	34	1.96
86509--86567	24	2.5	24	86	2	93	16	23	25	33	1.96
87488--87538	15	3.4	15	72	20	52	25	0	13	60	1.33
87488--87550	30	2.1	30	93	0	108	23	0	12	63	1.29
87501--87550	15	3.3	15	72	10	57	22	0	12	66	1.24
94014--95125	562	2.0	550	96	2	2073	30	17	19	32	1.95
95598--95678	23	3.6	23	69	17	71	20	23	23	32	1.98
96643--96692	23	2.2	23	81	0	55	40	2	2	56	1.22
96907--97020	56	2.0	56	85	6	151	29	16	16	36	1.91
98218--98263	18	2.7	17	93	6	76	32	6	32	28	1.83
98857--98950	31	2.9	31	75	14	82	41	31	12	13	1.83
99038--99130	38	2.5	37	89	5	143	37	39	11	10	1.77
98821--99318	257	1.9	256	88	5	754	35	28	12	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99081--99205	66	1.9	66	82	9	157	38	32	13	16	1.87
99297--99328	5	6.2	5	96	3	55	25	56	18	0	1.42
99452--99513	24	2.5	24	78	7	61	25	14	17	41	1.88
99864--99918	24	2.3	24	84	3	67	16	21	14	47	1.82
99857--99918	24	2.7	23	75	7	65	16	22	12	48	1.80
100236--100288	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
100278--100364	20	4.3	20	79	5	104	37	20	19	21	1.94
100278--100364	41	2.2	40	89	2	129	37	20	19	21	1.94
101213--101266	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
103667--103755	20	4.4	21	80	5	105	38	24	19	17	1.93
103667--103755	40	2.2	40	88	4	135	38	24	19	17	1.93
103738--103822	33	2.5	33	92	1	134	43	18	23	14	1.87
103839--103932	33	2.8	34	87	6	129	13	22	20	43	1.87
103836--103898	19	3.6	19	70	26	66	15	22	17	44	1.86
105786--105869	33	2.5	33	80	1	96	46	20	20	13	1.83
105945--106067	20	6.5	20	80	12	143	20	18	21	39	1.93
105924--106067	73	2.0	74	88	1	218	19	19	20	40	1.92
107912--107952	21	2.0	21	100	0	82	56	19	14	9	1.66
107914--107982	20	3.4	20	87	2	84	43	24	15	15	1.87
108032--108074	20	2.2	20	86	0	59	23	18	23	34	1.96
108406--108467	18	3.0	22	69	26	62	17	16	38	27	1.91
108663--108739	20	3.7	21	71	13	70	24	19	16	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108726--108778	21	2.5	21	84	0	70	33	18	26	20	1.96
112634--112668	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
112826--112941	21	5.6	21	69	10	60	32	27	18	21	1.96
112929--113121	20	9.6	20	84	5	246	34	28	19	17	1.94
113498--113568	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
113648--113754	21	5.6	20	71	17	93	46	17	21	14	1.83
113709--113765	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
113702--113781	33	2.4	33	95	0	142	47	22	21	8	1.78
113777--113837	19	3.5	19	72	21	69	9	24	21	44	1.82
113799--113855	14	3.7	14	70	20	51	8	24	21	45	1.80
113782--113863	33	2.5	33	97	0	155	9	23	18	48	1.77
113840--113904	21	3.1	21	77	4	87	10	26	13	49	1.75
115581--115896	93	3.4	93	97	1	607	22	13	18	44	1.85
116012--116068	14	3.7	14	72	20	51	43	24	22	8	1.81
116010--116117	33	3.3	33	94	0	180	47	26	18	7	1.75
116026--116117	19	5.4	18	72	24	65	46	28	17	7	1.75
116043--116101	14	3.9	14	76	20	64	47	28	16	6	1.72
116113--116285	19	9.6	19	76	12	159	10	20	23	45	1.81
116135--116191	14	3.7	14	75	20	51	10	22	22	43	1.84
116113--116285	33	4.8	38	80	8	168	10	20	23	45	1.81
118207--118242	13	2.6	14	82	8	56	33	0	22	44	1.53
118349--118447	20	5.4	19	82	12	127	46	16	22	15	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118349--118466	54	2.2	52	94	4	209	44	16	23	14	1.85
118456--118698	19	13.7	19	77	18	274	14	22	17	45	1.85
118533--118712	86	2.1	84	86	12	242	13	22	18	46	1.83
118462--118698	105	2.2	106	96	2	433	13	22	17	45	1.84
118462--118712	33	7.2	34	72	18	205	13	22	17	45	1.84
118462--118698	53	4.5	53	96	2	433	13	22	17	45	1.84
121955--122010	3	18.3	3	85	10	78	66	1	0	32	1.03
122252--122543	51	5.5	51	83	5	332	27	26	14	31	1.95
122261--122672	55	7.7	55	82	7	404	28	24	14	32	1.95
122201--122556	158	2.2	158	83	7	443	29	25	14	30	1.95
122175--122672	106	4.6	108	78	9	384	28	24	14	32	1.95
123948--123991	23	1.9	24	90	9	74	2	18	0	79	0.83
133517--133592	2	38.0	2	100	0	152	50	0	0	50	1.00
135536--135568	3	11.3	3	87	6	50	60	0	0	39	0.97
135523--135582	6	10.2	6	78	8	52	53	1	1	43	1.20
137165--137189	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
137963--138012	22	2.4	21	76	6	57	24	14	40	22	1.90
138103--138331	20	11.4	20	83	1	217	20	17	24	37	1.94
138299--138396	21	4.7	21	73	15	78	22	19	21	36	1.95
140177--140348	87	2.0	88	94	1	301	43	17	6	32	1.76
141806--141886	24	3.4	24	85	0	99	45	19	17	17	1.85
144162--144229	11	5.9	11	83	8	82	26	25	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144160--144231	34	2.1	34	89	7	110	25	25	31	18	1.97
144173--144229	23	2.4	23	91	2	87	26	24	29	19	1.98
162288--162332	19	2.4	19	84	0	54	20	35	26	17	1.95
164638--164691	5	11.2	5	80	4	58	24	51	20	3	1.63
164646--164689	13	3.1	14	83	9	54	25	52	18	4	1.64
167727--167771	20	2.1	21	84	12	56	35	2	4	57	1.31
171946--172047	31	3.2	31	66	15	80	37	21	21	19	1.95
171946--172073	66	1.9	66	87	0	184	35	23	21	19	1.96
178094--178129	18	2.0	18	88	0	54	8	38	27	25	1.84
180088--180170	32	2.6	32	96	0	148	30	31	24	14	1.94

Tables:   1   2   3   4