genome.fa.s9169.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009169.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112717_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  345057

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3657--3696	2	19.5	2	94	5	71	50	2	0	47	1.14
6759--6800	21	2.0	21	86	9	59	28	14	0	57	1.38
13079--13129	15	3.4	15	68	10	50	49	9	15	25	1.75
13063--13129	30	2.2	31	91	2	109	47	10	17	23	1.79
15638--15987	177	2.0	177	88	0	520	25	13	19	41	1.88
18701--19094	79	5.1	79	87	3	550	37	10	22	29	1.87
18701--19067	157	2.4	157	90	4	566	37	10	23	29	1.87
23044--23106	30	2.1	30	100	0	126	36	7	22	33	1.83
23778--23808	15	2.1	15	100	0	62	32	19	32	16	1.94
25918--26317	79	5.1	79	91	1	622	36	11	23	28	1.90
27439--27566	62	2.1	62	90	0	202	30	21	17	29	1.97
29461--29919	59	7.8	59	88	1	656	33	18	11	36	1.86
30252--30303	22	2.5	20	84	6	59	28	25	15	30	1.96
30250--30474	95	2.4	95	82	3	256	28	23	15	32	1.95
33982--34011	10	3.0	10	100	0	60	40	0	30	30	1.57
38252--38309	27	2.2	26	90	6	98	43	24	6	25	1.79
40799--40871	29	2.5	29	73	8	69	30	17	9	42	1.81
44948--44996	15	3.5	15	74	25	61	59	2	10	28	1.41
44952--44997	14	3.4	14	72	27	53	58	2	10	28	1.43
44946--44997	27	1.9	27	100	0	104	55	3	9	30	1.50
54749--54789	20	2.0	20	86	9	57	78	2	17	2	0.98
79872--79952	25	3.2	25	69	19	78	20	3	20	54	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79986--80062	25	3.0	26	70	21	70	19	6	22	51	1.69
79869--80075	106	2.0	103	86	7	292	21	4	20	53	1.62
79869--80090	52	4.2	51	85	10	259	21	4	21	52	1.63
80085--80164	26	3.2	26	75	13	94	30	3	25	41	1.73
80074--80200	50	2.6	49	85	10	156	32	2	22	43	1.66
83830--83899	20	3.5	20	96	0	122	41	12	41	4	1.63
85509--85550	13	3.2	13	96	0	75	47	9	14	28	1.75
87798--87828	8	3.8	8	91	8	53	12	3	0	83	0.75
89038--89080	17	2.5	17	84	0	59	41	6	16	34	1.75
97172--97338	90	1.9	90	92	5	284	44	4	12	37	1.64
106651--106747	34	2.7	35	84	6	115	31	13	16	38	1.87
114168--114216	21	2.3	22	79	10	57	53	28	0	18	1.45
121810--121879	29	2.4	30	80	7	90	30	20	7	42	1.78
126020--126116	50	1.9	50	83	8	126	29	8	15	46	1.75
126302--126332	11	2.8	11	95	0	53	38	0	0	61	0.96
126387--126439	23	2.5	22	77	20	58	39	3	5	50	1.44
126852--126902	15	3.4	15	72	20	52	43	11	1	43	1.52
126853--126921	30	2.3	30	85	9	97	39	13	4	43	1.63
128104--128202	49	2.1	49	84	7	132	60	2	2	35	1.20
132427--132475	17	2.9	17	81	0	62	14	28	16	40	1.87
132605--132646	3	14.3	3	80	5	50	40	2	0	57	1.12
135050--135232	91	2.0	91	90	0	285	21	27	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138866--138927	22	2.8	22	80	2	70	32	25	19	22	1.97
139797--139848	20	2.6	20	75	9	61	25	25	13	36	1.92
144584--144638	23	2.4	23	78	0	65	32	27	21	18	1.96
151313--151376	23	2.8	23	82	0	92	34	26	21	17	1.95
152511--152563	15	3.7	15	90	10	92	11	32	0	56	1.35
152509--152563	28	2.0	27	96	3	101	10	32	0	56	1.34
157513--157558	23	2.1	22	84	8	58	32	23	26	17	1.97
159661--159778	23	5.3	23	71	16	72	32	21	21	25	1.98
164005--164053	7	6.4	7	82	13	53	32	2	2	63	1.17
167082--167126	3	14.7	3	86	4	63	62	0	2	35	1.08
167199--167249	27	2.0	25	84	7	66	37	5	7	49	1.56
167253--167397	22	6.3	24	78	13	112	43	7	2	46	1.46
167149--167369	69	3.2	68	80	10	236	44	8	2	44	1.48
167298--167374	20	3.7	19	76	19	73	40	9	1	49	1.43
167243--167388	69	2.2	69	82	3	172	45	8	2	42	1.49
167740--168271	223	2.4	225	81	4	628	30	18	22	28	1.97
167862--168160	113	2.7	109	73	10	264	30	17	23	28	1.97
174913--175540	314	2.0	314	99	0	1229	36	15	12	35	1.86
177732--177769	16	2.2	17	81	13	51	26	7	5	60	1.46
177736--177769	16	2.1	17	88	5	52	26	5	5	61	1.42
178893--178941	21	2.5	20	78	18	57	38	22	2	36	1.66
189648--189935	59	4.9	57	73	11	197	29	21	11	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189648--189876	118	1.9	116	82	6	282	28	20	12	37	1.90
201401--201935	261	2.0	267	91	7	883	50	12	16	20	1.78
242502--242556	26	2.2	26	83	6	69	54	18	0	27	1.44
248309--248342	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
259218--259260	1	43.0	1	80	0	50	90	0	4	4	0.54
259212--259260	9	5.4	9	83	9	55	87	2	4	6	0.72
259218--259260	17	2.5	17	88	3	59	90	0	4	4	0.54
269151--269203	27	1.9	28	84	3	72	24	30	18	26	1.98
276731--276794	16	4.0	16	93	0	110	26	18	34	20	1.96
281994--282033	13	3.2	13	89	3	55	60	0	20	20	1.37
284307--284352	18	2.7	17	86	6	67	34	6	30	28	1.82
284956--285505	257	2.2	253	90	2	870	37	26	12	23	1.90
285412--285504	38	2.5	39	84	8	140	38	37	11	11	1.79
287580--287652	24	3.0	24	79	0	83	23	10	15	50	1.75
290011--290039	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
290946--291014	29	2.4	30	85	7	97	43	20	4	31	1.71
300907--300981	29	2.6	30	87	6	109	44	18	4	33	1.69
300982--301034	25	2.2	24	86	3	70	16	20	39	22	1.92
300982--301034	12	4.3	12	83	4	70	16	20	39	22	1.92
307039--307081	5	8.4	5	82	12	52	0	16	2	81	0.79
307031--307081	15	3.4	15	86	8	68	0	19	1	78	0.85
307031--307073	19	2.2	20	91	4	70	0	20	0	79	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307549--307625	3	25.3	3	84	2	73	55	0	0	44	0.99
307550--307641	9	9.7	10	72	19	65	56	1	0	42	1.06
307870--308635	113	6.8	113	93	0	1164	29	19	14	36	1.92
308431--308475	23	1.9	23	82	13	56	15	26	6	51	1.68
312278--312302	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
322600--322645	20	2.3	20	88	3	67	41	19	0	39	1.52
327059--327311	117	2.2	117	84	5	316	35	20	15	27	1.93
327302--327402	45	2.3	45	82	1	123	39	20	11	27	1.88

Tables:   1

The End!