Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01009191.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112773_pilon, whole genome shotgun sequence
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*
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* *
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1 GTTTACTAGG
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1 GTTTACTAGG
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1 GTTTACTAGG
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1 GTTTACTAGG
* *
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1 GTTTACTAGG
* *
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1 GTTTACTAGG
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** *
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1 GTTTACTAGG
** *
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1 GTTTACTAGG
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1 GTTTACTAGG
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* *
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1 GTTTACT-AGG
*
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1 GT-T-TACTAGG
*
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1 GTTTACTAGG
*
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1 GTTTACTAGG
*
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* *
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1 GTTTACTAGG
**
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1 GTTTACTAGG
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1 GTTTACTAGG
*
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1 GTTTACTAGG
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* *
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1 GTTTACTAGG
* *
6821 ATTTATTAGG
1 GTTTACTAGG
*
6831 TTTTA-TAAGG
1 GTTTACT-AGG
*
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1 GTTTACTAGG
** *
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1 GTTTACTAGG
6861 GTTTACTAGG
1 GTTTACTAGG
6871 GTTTA-TACGG
1 GTTTACTA-GG
* ***
6881 ATTTACTCTA
1 GTTTACTAGG
* *
6891 GTTTACAAAG
1 GTTTACTAGG
*
6901 GTTTACTGGG
1 GTTTACTAGG
*
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1 GTTTACT-AGG
*
6941 GTTTATTAGG
1 GTTTACTAGG
* *
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1 GTTTACT-AGG
* *
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1 GTTTACTAGG
*
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1 GTTTACTAGG
* *
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1 GTTTACT-AGG
*
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1 GTTTACT-AGG
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* *
7011 GTTTACAAAG
1 GTTTACTAGG
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*
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1 GTTTACTAGG
*
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1 GTTTACTAGG
* *
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1 GTTTACTAGG
* *
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1 GTTTACTAGG
*
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1 GTTTACTAGG
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1 GTTTACT-AGG
* *
7090 GTTT-GTAAGA
1 GTTTACT-AGG
* *
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* *
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1 GTTTACTAGG
* *
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1 ----GTTTACTAGG
*
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1 GTTTACTAGG
* *
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1 GTTTACTAGG
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1 GTTTACTAGG
* *
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1 GTTTACTAGG
* *
7184 ATTTATTAGG
1 GTTTACTAGG
*
7194 GTTTACTATG
1 GTTTACTAGG
7204 GTTTA-TAAGG
1 GTTTACT-AGG
7214 GTTTACTAGG
1 GTTTACTAGG
* *
7224 ATTTATTAGG
1 GTTTACTAGG
* *
7234 GTTTGCCAGG
1 GTTTACTAGG
* *
7244 GTTTATTAAG
1 GTTTACTAGG
7254 GTTTACT
1 GTTTACT
7261 TGGGGCTTGG
Statistics
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0.72 0.18 0.10
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8 12 0.02
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12 2 0.00
13 16 0.02
14 6 0.01
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Consensus pattern (10 bp):
GTTTACTAGG
Found at i:7271 original size:7 final size:7
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7252 AGGTTTACTT
*
7262 GGGGCTT
1 GGGGCTC
*
7269 GGGGCTT
1 GGGGCTC
*
7276 GGGGCTT
1 GGGGCTC
*
7283 GGGGCTT
1 GGGGCTC
7290 GGGGCT-
1 GGGGCTC
* *
7296 TGGGCTT
1 GGGGCTC
*
7303 GGGGCTT
1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
7317 GGGGCTC
1 GGGGCTC
***
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
7345 GGGGCTC
1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
7359 -GGGCTC
1 GGGGCTC
7365 GGGGCTC
1 GGGGCTC
7372 GGGGCTC
1 GGGGCTC
7379 GGGGCTC
1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
7393 GGGGCTC
1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
7497 GGGGCTC
1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
7511 GGGGCTC
1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
7531 -GGGCTC
1 GGGGCTC
7537 -GGGCTC
1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
7550 GGGGCTC
1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
7673 GGGGCTC
1 GGGGCTC
7680 -GGGCTC
1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
7937 GGGGCTC
1 GGGGCTC
7944 GGGGCTC
1 GGGGCTC
7951 -GGGCTC
1 GGGGCTC
7957 GGGGCTC
1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
7978 GGGGCTC
1 GGGGCTC
7985 GGGGCTC
1 GGGGCTC
7992 -GGGCTC
1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
8339 -GGGCTC
1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
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1 GGGGCTC
8359 -GGGCTC
1 GGGGCTC
8365 GGGGCTC
1 GGGGCTC
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*
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*
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*
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**
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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**
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* *
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*
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*
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* *
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*
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*
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*
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*
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**
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*
10824 TCGGGT TCGGGT TCGGGT TCGGGT TCGGGT TCGGGT TCGGGGTT TAGGGT
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10874 TCGGGT TCGGGGT TCGGGGT TCGGGT TCGGGGT TCGGGGT TCGGGT TCGGGGT
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* *
10977 TCGGGGT TCGGG- -GGGGT T-TGGT TCGGGT TCGGGGT TCGGGGT TCGGGGT
1 TC-GGGT TCGGGT TCGGGT TCGGGT TCGGGT TC-GGGT TC-GGGT TC-GGGT
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11078 TCGGGT TCGGGTT TCGGGGT TCGGGT TCGGGGTT TCGGGGT TCGGGT TCGGGT
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*
11131 TAGGGT TCGGGT TCGGGGT TCGGGT TCGGGT TCGGGT TCGGGGT TCGGGT
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11181 TCGGGGT TCGGGGT TCGGGGT TCGGGGT TCGGGGT TCGGGT TCGGGGT
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*
11332 TCGGGG TCGGGGT TCGGGT TCGGGGT TCGGGT TCGGGGT TCGGGT TCGGGT
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* *
11383 TCGGGGT TCGGGT TCGGGGTT TCGGGGT TAGGGTT TAGGGT T-GGGT T-GGGTT
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* * * *
11435 TAGGGTT TAGGGGT TCGGGT TCGGGT TCGGTT TAGGGTT TCGGGT T
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11481 TAGGTTCGGT
Statistics
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Consensus pattern (6 bp):
TCGGGT
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*
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*
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11430 GGGTTTA
1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
* *
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*
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*
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*
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*
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1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
11513 GGGTTTA
1 GGGTTTA
11520 GGGTTTA
1 GGGTTTA
11527 GGGTTTA
1 GGGTTTA
11534 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
11541 GGGTTTC
1 GGGTTTA
*
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1 GGGTTTA
*
11555 GGGTTTC
1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
11576 GGGTTTA
1 GGGTTTA
11583 GGGTTTA
1 GGGTTTA
11590 GGGTTTA
1 GGGTTTA
11597 GGGTTTA
1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
11611 GGGTTTA
1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
11624 GGGTTTA
1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
11702 -GGTTTA
1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
11735 GGGTTTA
1 GGGTTTA
11742 GGGTTTA
1 GGGTTTA
11749 GGGTTTA
1 GGGTTTA
11756 GGGTTTA
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11763 GGGTTTA
1 GGGTTTA
11770 GGGTTTA
1 GGGTTTA
11777 GGGTTTA
1 GGGTTTA
11784 GGGTTTA
1 GGGTTTA
11791 GGGTTTA
1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
*
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1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
11878 GGGTTTA
1 GGGTTTA
11885 GGGTTTA
1 GGGTTTA
11892 GGGTTTA
1 GGGTTTA
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11906 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
11962 GGGTTTA
1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
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1 GGGTTTA
12424 GGGTTT
1 GGGTTT
Statistics
Matches: 976, Mismatches: 14, Indels: 68
0.92 0.01 0.06
Matches are distributed among these distances:
5 24 0.02
6 116 0.12
7 801 0.82
8 21 0.02
9 14 0.01
ACGTcount: A:0.13, C:0.01, G:0.44, T:0.43
Consensus pattern (7 bp):
GGGTTTA
Done.