genome.fa.s9222.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009222.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112813_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  295974

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1138--1191	16	3.3	16	84	7	65	0	7	7	85	0.75
1147--1191	17	2.6	17	96	3	81	0	8	6	84	0.78
1138--1192	17	3.6	15	83	11	67	0	7	9	83	0.81
1128--1185	25	2.2	26	82	11	66	0	10	10	79	0.94
6171--6195	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7409--7443	15	2.3	15	90	0	52	34	2	5	57	1.37
12955--12990	17	2.1	18	89	5	56	55	2	0	41	1.14
21013--21054	21	2.0	21	86	9	59	50	19	23	7	1.72
27451--27495	8	5.6	8	91	0	54	40	0	11	48	1.39
27451--27495	12	3.8	12	87	0	54	40	0	11	48	1.39
29449--29477	8	3.8	8	95	4	51	41	0	6	51	1.28
33184--33227	20	2.1	21	87	4	63	9	38	0	52	1.33
37432--37475	16	2.6	17	75	7	54	43	0	0	56	0.99
37632--37671	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
46661--46698	16	2.4	16	86	8	51	42	0	0	57	0.98
49142--49505	182	2.0	181	95	1	658	32	12	17	37	1.87
50997--51042	19	2.3	20	81	7	58	32	28	15	23	1.95
51045--51110	21	3.2	21	71	4	71	24	18	22	34	1.96
51130--51198	21	3.3	21	71	18	72	14	20	27	37	1.91
51066--51179	20	5.6	20	67	12	61	16	21	21	40	1.91
51044--51183	41	3.4	41	85	4	185	18	19	22	39	1.93
51252--51276	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51772--51803	6	5.5	6	96	3	57	0	15	53	31	1.43
52493--52567	35	2.1	35	90	0	114	33	28	28	10	1.90
52645--52719	24	3.2	24	84	1	107	37	20	17	25	1.94
52649--52725	23	3.3	23	81	3	100	37	19	18	24	1.94
52628--52752	47	2.6	47	80	10	139	42	17	15	24	1.88
53879--53914	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
55211--55249	7	5.3	7	88	11	60	28	25	33	12	1.93
55210--55249	15	2.7	15	96	0	71	27	25	35	12	1.92
55210--55282	8	9.6	8	73	16	66	21	24	38	15	1.92
55253--55287	13	2.7	13	95	0	61	14	22	45	17	1.84
56093--56359	41	6.4	41	84	7	331	38	22	20	17	1.93
56170--56340	89	1.9	89	90	0	270	39	22	21	16	1.92
56269--56338	20	3.5	20	69	18	63	41	24	21	12	1.88
56289--56380	21	4.4	21	76	13	109	36	26	19	17	1.94
60285--60367	41	2.0	41	97	0	157	42	0	8	49	1.33
60285--60346	18	3.2	18	71	20	61	40	0	8	51	1.31
69671--69710	21	1.9	21	89	0	62	35	0	15	50	1.44
71432--71460	4	7.2	4	100	0	58	24	27	0	48	1.51
76028--76086	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
78299--78422	61	2.0	62	98	1	241	41	22	19	16	1.89
80581--80638	28	2.0	29	96	3	109	24	13	13	48	1.79
82060--82111	26	2.0	26	100	0	104	15	26	19	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82364--82401	20	2.0	20	89	5	60	50	21	5	23	1.69
86843--86880	20	2.0	20	89	5	60	50	21	5	23	1.69
91734--91786	22	2.4	22	96	0	97	45	0	13	41	1.43
92702--92766	15	4.1	16	76	11	62	18	24	33	23	1.96
92714--92766	15	3.4	15	80	10	70	16	24	35	22	1.95
92702--92766	32	2.0	32	93	0	112	18	24	33	23	1.96
94525--94599	15	4.7	17	88	8	72	26	34	22	16	1.95
94538--94600	15	4.2	15	97	0	108	30	33	22	14	1.93
94745--94779	12	2.9	12	91	0	52	37	25	5	31	1.80
95838--95904	22	3.0	22	95	2	116	25	28	26	19	1.99
97522--97566	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
100697--100763	22	3.0	22	95	2	116	25	28	26	19	1.99
102447--102490	20	2.1	21	87	4	63	15	22	29	31	1.95
103187--103331	64	2.3	64	80	4	168	28	19	17	33	1.95
107157--107226	30	2.3	30	100	0	140	44	20	5	30	1.74
107097--107288	102	1.9	102	98	0	375	40	20	12	27	1.88
108058--108226	60	2.8	59	84	3	212	38	15	14	31	1.88
109454--110292	341	2.5	342	91	3	1363	44	6	4	44	1.51
111282--111326	16	2.8	16	93	0	81	55	22	13	8	1.65
119324--119394	18	3.8	19	73	14	60	33	30	15	19	1.93
119968--120101	64	2.1	62	80	11	148	26	21	18	33	1.96
121103--121154	24	2.2	24	82	0	59	50	25	13	11	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124316--124463	60	2.5	60	81	4	165	33	10	19	36	1.87
137088--137114	14	1.9	14	100	0	54	51	3	44	0	1.19
162569--162641	30	2.4	30	97	0	137	31	16	9	42	1.80
178347--178375	12	2.4	12	100	0	58	31	6	27	34	1.83
187661--187687	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
190856--190888	16	2.1	16	94	0	57	36	15	6	42	1.71
191635--192431	289	2.7	294	79	6	779	39	11	9	39	1.74
192513--192604	38	2.5	36	82	7	103	41	14	11	32	1.82
196669--196756	33	2.8	32	78	3	97	28	14	20	36	1.92
200616--200705	22	4.1	22	94	2	155	51	10	28	10	1.68
200616--200705	43	2.1	44	95	2	164	51	10	28	10	1.68
203432--203500	23	3.0	23	84	0	66	30	24	23	21	1.99
203516--203733	103	2.1	103	97	0	409	36	22	13	26	1.92
206910--207009	33	3.1	33	86	2	141	28	13	23	36	1.92
212420--212647	64	3.6	63	76	7	201	32	19	19	28	1.96
213815--213932	32	3.8	32	79	11	145	33	18	16	31	1.94
213795--213960	63	2.7	63	93	0	280	33	18	16	31	1.94
213795--213984	31	6.1	31	77	9	179	31	18	18	31	1.95
213972--214043	30	2.4	30	88	0	99	23	19	23	33	1.97
222093--222137	20	2.2	20	96	0	81	44	4	8	42	1.56
230302--230328	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
230357--230397	15	2.7	15	84	3	55	51	2	0	46	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233306--233531	117	1.9	117	90	0	362	35	13	11	39	1.80
238140--238576	69	6.3	69	85	3	481	22	25	21	29	1.99
238203--238576	207	1.8	207	86	2	545	22	26	21	30	1.99
249001--249045	16	2.8	16	100	0	90	6	13	24	55	1.62
253078--253799	125	5.8	126	96	3	1279	22	26	19	31	1.98
253078--253799	249	2.9	252	95	3	1288	22	26	19	31	1.98
254796--254863	21	3.3	20	88	8	100	19	26	35	19	1.95
255291--255707	207	2.0	210	97	2	797	40	17	7	34	1.77
256478--256554	34	2.4	30	81	14	84	61	1	0	37	1.05
256481--256553	32	2.4	29	80	15	85	60	1	0	38	1.06
265806--265832	13	2.1	13	100	0	54	37	14	25	22	1.93
266225--266251	10	2.7	10	100	0	54	0	11	29	59	1.32
267565--267613	18	2.7	18	100	0	98	24	14	34	26	1.94
271020--271695	8	89.5	8	66	21	176	40	3	5	50	1.43
271062--271533	37	12.7	37	83	10	368	40	3	5	50	1.43
271111--271541	23	18.3	22	69	20	85	40	3	6	50	1.43
271299--271706	37	11.0	37	83	9	494	40	3	5	49	1.44
271044--271360	23	13.3	23	70	19	83	40	3	5	50	1.43
271020--271737	14	55.9	13	68	21	344	40	3	5	50	1.44
273946--274302	171	2.1	172	89	2	549	36	19	5	39	1.73
274759--274802	23	1.9	23	100	0	88	25	40	25	9	1.84
274831--274884	22	2.5	22	96	0	99	12	33	18	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274906--274990	34	2.5	34	94	0	143	36	24	23	15	1.93
275111--275288	88	2.0	89	96	1	331	33	20	17	28	1.95
276588--276619	5	6.6	5	96	3	57	37	21	40	0	1.54
276683--276739	24	2.3	25	90	3	89	31	19	7	42	1.78
277225--277301	22	3.6	22	82	6	88	42	22	20	14	1.88
277269--277317	20	2.5	20	100	0	98	44	20	24	10	1.82
278946--278973	3	9.3	3	100	0	56	0	35	0	64	0.94
288380--288437	24	2.4	24	85	8	73	51	0	1	46	1.11

Tables:   1

The End!