Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01009250.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112893_pilon, whole genome shotgun sequence
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2454 TTAAGGGTCA
*
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*
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*
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*
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195 AATG
*
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*
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195 AATG
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*
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3240 AA--
195 AATG
* *
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1 TGTCGACACTAATATAGTTTGTGTCG-ATATTTTTTTCCAGAATGAATTAAAAACAAGGTGCATC
*
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65 AATAAAGTGTCGATCCATATAT-AAAAAGTGTCGATCCCAAAATCATCGAACCCAAAAGTATAAT
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129 GTAATATGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAATTATACCGGTTTTATGAGAGAATAAGTCTAAA
3437 TAATG
194 TAATG
* *
3442 TGTCGACACTAATAT-TTTTGTGTCGATATTTTTTTCCCAGAATGAATTAAAAACAAGGTGCAAC
1 TGTCGACACTAATATAGTTTGTGTCGATATTTTTTT-CCAGAATGAATTAAAAACAAGGTGCATC
* *
3506 CATAAAGTGTCGATCCATATAAAAAAAGTGTCGATCCCAAAATCATCGAACCCAAAAGTATAATG
65 AATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCAAAATCATCGAACCCAAAAGTATAATG
*
3571 T-A-ATGTAATTTTTTAATCTAACCGGTACAATTATACCGGTTTTATGAGA-AATAAGTCTAAAT
130 TAATATGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAATTATACCGGTTTTATGAGAGAATAAGTCTAAAT
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195 AATG
*
3637 TGTCGACACTAATATAGTTTGTGTCGATATTTTTTTCCCAGAATGAATTAAAAACAAGGTGCACC
1 TGTCGACACTAATATAGTTTGTGTCGATATTTTTTT-CCAGAATGAATTAAAAACAAGGTGCATC
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65 AATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCAAAATCATCGAACCCAAAAGTATAATG
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130 TAATATGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAATTATACCGGTTTTATGAGAGAATAAGTCTAAAT
3829 AAGTG
195 AA-TG
*
3834 TGTCGACACTAATATAGTTTGTGTCGATATTTTTTTCCCAGAATGAATTAAAAACAAGGTGCACC
1 TGTCGACACTAATATAGTTTGTGTCGATATTTTTTT-CCAGAATGAATTAAAAACAAGGTGCATC
* *
3899 CATAAAGTGTCGATCCATATATAAAACGTGTCGATCCCAAAATCATCGAACCCAAAAGTATAATG
65 AATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCAAAATCATCGAACCCAAAAGTATAATG
* *
3964 TAATATGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAATAATACCGG-TTTATGAGAGAATATGTCT-AAT
130 TAATATGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAATTATACCGGTTTTATGAGAGAATAAGTCTAAAT
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195 AATG
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1 TGTCGACACTAATATAGTTTGTGTCGATA
4059 CTAATTTAAA
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190 29 0.02
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TGTCGACACTAATATAGTTTGTGTCGATATTTTTTTCCAGAATGAATTAAAAACAAGGTGCATCA
ATAAAGTGTCGATCCATATATAAAAAGTGTCGATCCCAAAATCATCGAACCCAAAAGTATAATGT
AATATGTAATTTTTCAATCTAACCGGTACAATTATACCGGTTTTATGAGAGAATAAGTCTAAATA
ATG
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5503 ATCAGTCGCA
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1 GAAGATGAAGCTGACGAT
* *
5531 GAAGATGACGATGATGATGAT
1 GAAGATGA--A-GCTGACGAT
*
5552 GATGACGATGAAGCTGGCGAT
1 GA--A-GATGAAGCTGACGAT
5573 GAAGATGA
1 GAAGATGA
5581 TGACGATGAT
Statistics
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GAAGATGAAGCTGACGAT
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5503 ATCAGTCGCA
* * * * * *
5513 GAAGAT GAAGCT GACGAT GAAGAT GACGAT GATGAT GATGAT GACGAT
1 GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT
* ** * * * * *
5561 GAAGCT GGCGAT GAAGAT GATGAC GATGAT GATGAT GATGAT GAAGAT
1 GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT GAAGAT
5609 GA
1 GA
5611 TGATCCAAAC
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Matches are distributed among these distances:
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GAAGAT
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5518 TGAAGCTGAC
* * * * * ** *
5528 GAT GAA GAT GAC GAT GAT GAT GAT GAT GAC GAT GAA GCT GGC GAT GAA
1 GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT
* *
5576 GAT GAT GAC GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAA GAT GAT GAT
1 GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT
5615 CCAAACAAGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GAT
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5506 AGTCGCAGAA
*
5516 GATGAAGCTGACGATGAAGATGACGATGATGATGATGATGAC
1 GATGAAGCTGACGATGAAGATGACGACGATGATGATGATGAC
* * *
5558 GATGAAGCTGGCGATGAAGATGATGACGATGATGATGATGAT
1 GATGAAGCTGACGATGAAGATGACGACGATGATGATGATGAC
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1 GATGAAG
5607 ATGATGATCC
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GATGAAGCTGACGATGAAGATGACGACGATGATGATGATGAC
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5503 ATCAGTCGCA
* *
5513 GAAGATGAAGCTGACGAT
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*
5531 GAAGATGACGATGATGAT
1 GAAGATGAAGATGATGAT
* * * *
5549 GATGATGACGATGAAGCT
1 GAAGATGAAGATGATGAT
** *
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1 GAAGATGAAGATGATGAT
* *
5585 GATGATGATGATGATGAT
1 GAAGATGAAGATGATGAT
5603 GAAGATGA
1 GAAGATGA
5611 TGATCCAAAC
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GAAGATGAAGATGATGAT
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7073 CTTTCAACAT
**
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*
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* * * *
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131 AATGTGTCGATACGATTTAAAAAAGTGTCGACATTTTACACATCGGAACCCATA
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* *
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*
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7933 CCATTTAAAA
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10494 TAGGTAGCCC
*
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*
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* **
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1 ATATAATGTAATAGGTA
10977 ATGGTTATAT
Statistics
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ATATAATGTAATAGGTAGCCCTT
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10904 ATAGGTAAAC
* * **
10914 ATATGATGTAATAGGTAGCCCTT
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*
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1 ATATAATGTAATAGGTATCGGTT
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1 ATAT
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Statistics
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11122 GTTACGGTAT
* *
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1 ATATT-TTATAAAATATAAAACAATC-AAATA
11162 ATATTTTATAAAATATAAAACAATCAAATA
1 ATATTTTATAAAATATAAAACAATCAAATA
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1 ATATTTT
11198 GTGCAAATGA
Statistics
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*
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* **
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1 ATATAATGTAATAGGTAGCCCTT
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1 ATATAATGTAATAGGTA
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Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ATATAATGTAATAGGTAGCCCTT
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11332 ATAGGTAAAC
* * **
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*
11365 ATATAATGTAATAGGTATCGTTT
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1 ATATAATGTAATAGGT-ATCGGTT
11411 ATAT
1 ATAT
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Statistics
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*
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* **
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1 ATATAATGTAATAGGTA
11831 ATGGTTATAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
23 36 1.00
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ATATAATGTAATAGGTAGCCCTT
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* * **
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*
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1 ATATAATGTAATAGGT-ATCGGTT
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1 ATAT
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Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 2
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* * **
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*
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* **
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*
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Consensus pattern (10 bp):
AATAAATAAT
Found at i:37902 original size:4 final size:4
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Indices: 37852--37883 Score: 50
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37842 CCCTGAAACA
37852 AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT --AT AAAT AAAT AA
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37884 TAATAATAAT
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AAAT
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38020 ATTATAAGTT
*
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*
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* *
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1 AA
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AAAAATGTTTTTTAAAATATATATTATATAATTTTTCAAAA
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38038 TTTTTTAAAT
*
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* * * *
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** * *
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* *
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* *
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* * *
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*
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TATATTATATAATTTTCAAAATGTTTTAAAAACTA
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38235 TATAATATAT
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1 AAATGTTTTCA
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1 AAA
38270 CTATATATTA
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AAATGTTTTCA
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Indices: 38048--38359 Score: 257
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38038 TTTTTTAAAT
* * ** * *
38048 TATATTATATAATTTTTCAAAAATGTTTTTAAAACTATATGTTATATAATTTTTCAAAAAAAAAC
1 TATATTATATAA-TTTT-AAAAATATTTTAAAAACTATATAATATATAAATTTTC-----AAAAT
* *
38113 GTTTTTTAAAATTA
59 G-TTTTCAAAACTA
* * * * *
38127 TATATTATATAATTTTCCAAAAA-ATTTAAAAAACTTTATACTATATAAGTTTTCAAAATGTGTT
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*
38191 AAAAACTA
64 CAAAACTA
* *
38199 TATATTATATAAGTTTTCAAAATGTTTTAAAAACTATATAATATATAAATGTTTTCAAAATGTTT
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* * * *
38273 TATATTATATATATTTTAAAAATATTTTCAAAAACCATATAATATACAAACTTTCAAAAATCATT
1 TATATTATATA-ATTTTAAAAATATTTT-AAAAACTATATAATATATAAATTTTC-AAAAT-GTT
*
38338 TTCTGAAAATTA
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TATATTATATAATTTTAAAAATATTTTAAAAACTATATAATATATAAATTTTCAAAATGTTTTCA
AAACTA
Found at i:42101 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 42038--42139 Score: 152
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42028 TTTATTTTCG
42038 TTTTTGAATAAGCATGCGAACTAGATATCATGCGATCAGG-TTTAT
1 TTTTTGAATAAGCATGCGAACTAGATAT-ATGCGATCAGGATTTAT
* * *
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TTTTTGAATAAGCATGCGAACTAGATATATGCGATCAGGATTTAT
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Alignment explanation
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46270 GAGTCGAGGG
*
46280 TCTACGCGGTCCTTCAGGATATATATATATATTCTGTGGAACATGTGTGAAGTCTTGTAAGACAC
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*
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*
46431 TCTACGTGGTCCTTCGGGATATATATATATTCTGTGGAACATGTGTGAAGTCTTGTAAGACACAT
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66 ACTTGATCCCTAGTATATGTTTATGATTCTTAAGGAATAATATGTGGTCCTTATGGACATTATTA
*
46561 CATGGCACTACGGTGCAAT
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46645 ACTTGATCCCTAGTATATG--TATGATTCTTAAGGAATAATATGTGGTCCTTATGGACATTATTA
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*
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131 TATGGCACTACGGTGCAAT
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66 ACTTGATCCCTAGTATATGTTTATGATTCTTAAGGAATAATATGTGGTCCTTATGGACATTATTA
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131 TATGGCACTACGGTGCAAT
46868 TCT
1 TCT
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Statistics
Matches: 430, Mismatches: 8, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
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TCTACGCGGTCCTTCGGGATATATATATATTCTGTGGAACATGTGTGAAGTCTTGTAAGACACAT
ACTTGATCCCTAGTATATGTTTATGATTCTTAAGGAATAATATGTGGTCCTTATGGACATTATTA
TATGGCACTACGGTGCAAT
Done.