genome.fa.s9269.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009269.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112928_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  362859

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
322--350	15	1.9	15	100	0	58	13	6	6	72	1.26
10859--10945	35	2.5	34	78	12	88	56	9	6	27	1.56
11540--11577	18	2.1	18	100	0	76	21	15	31	31	1.94
13084--13310	111	2.0	113	91	4	368	45	10	7	35	1.68
14373--14428	26	2.2	26	84	9	71	35	0	7	57	1.26
14381--14435	26	2.2	26	83	3	67	40	0	1	58	1.09
18604--18803	64	3.1	61	76	14	190	26	18	23	32	1.97
19163--19192	15	2.0	15	100	0	60	26	33	0	40	1.57
27162--27318	65	2.4	65	82	7	187	29	16	21	33	1.95
33723--33747	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
38306--38404	31	3.2	31	88	0	144	36	15	13	35	1.86
40049--40112	20	3.1	22	76	17	64	42	12	26	18	1.86
40568--40642	38	2.0	38	86	5	107	29	10	13	46	1.76
50444--50486	22	2.0	21	86	8	61	25	0	0	74	0.82
51819--51923	53	2.0	52	81	9	124	42	11	25	20	1.85
57572--57616	3	15.0	3	95	0	81	64	0	35	0	0.94
70337--70370	10	3.4	10	87	0	50	20	5	0	73	1.04
73016--73093	39	2.0	39	82	5	95	29	26	25	17	1.98
80561--81639	105	10.4	105	94	2	1849	33	26	18	21	1.96
81259--81551	93	3.0	93	84	11	415	34	24	18	22	1.96
83677--83707	13	2.5	13	94	5	55	32	0	0	67	0.91
83677--83707	6	5.0	6	92	7	53	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84577--84614	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
87794--87855	28	2.2	29	80	13	76	29	0	19	51	1.47
88570--88597	14	2.0	14	100	0	56	21	21	14	42	1.88
89838--90092	66	3.9	66	80	9	270	30	23	17	28	1.97
89803--90175	69	5.4	67	77	12	332	31	24	16	26	1.96
89772--90175	135	3.0	136	77	12	366	31	24	17	27	1.97
92850--92887	3	12.3	3	94	5	67	34	0	0	65	0.93
104164--104432	152	1.8	150	86	8	397	46	7	7	38	1.61
106056--106352	123	2.5	120	85	5	386	25	18	14	41	1.88
106267--107157	112	8.0	109	83	6	875	29	18	14	37	1.90
106504--106548	23	1.9	23	82	13	56	15	24	6	53	1.66
106267--107130	336	2.6	335	84	4	1098	29	18	14	37	1.90
106267--107141	224	3.9	224	86	2	1147	29	18	14	37	1.90
107557--107611	22	2.5	22	90	0	83	38	14	12	34	1.84
110001--110476	83	5.7	83	93	1	740	37	22	12	27	1.90
112601--112635	9	4.0	9	88	7	54	0	11	0	88	0.51
112602--112635	13	2.6	14	86	13	54	0	11	0	88	0.52
112601--112635	17	2.1	17	88	0	52	0	11	0	88	0.51
114577--114632	27	2.1	27	86	0	76	60	8	10	19	1.55
114671--114723	14	3.7	14	87	2	70	54	9	13	22	1.67
119090--119289	109	1.8	109	93	2	348	39	16	21	23	1.92
124020--124153	60	2.2	60	80	2	144	35	12	14	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124373--124501	60	2.2	59	80	5	143	36	9	15	38	1.80
130300--130332	16	2.1	16	100	0	66	45	12	0	42	1.41
136890--136915	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
142339--142363	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
142920--142968	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
144701--144748	20	2.4	20	89	0	78	43	20	20	14	1.87
144604--144730	57	2.2	57	90	0	200	40	20	18	20	1.91
145060--145113	20	2.7	20	88	0	81	11	22	20	46	1.82
146795--147256	112	4.1	112	92	0	737	45	13	15	26	1.83
146795--147265	223	2.1	224	89	0	737	45	13	14	26	1.82
147127--147581	182	2.5	181	87	1	626	44	12	14	28	1.82
148015--148062	23	2.1	23	88	0	69	39	18	6	35	1.76
151191--151225	17	2.0	18	88	5	54	71	5	5	17	1.25
152955--153944	106	9.4	106	94	0	1680	23	18	24	33	1.97
152955--153944	211	4.7	211	96	0	1728	23	18	24	33	1.97
152955--153944	317	3.1	318	94	0	1698	23	18	24	33	1.97
157596--157639	10	4.2	11	82	8	56	70	0	2	27	0.99
160664--161040	186	2.0	184	90	3	587	47	7	3	41	1.49
161980--162038	30	2.0	30	89	0	91	35	25	28	10	1.89
162816--162840	8	3.1	8	100	0	50	36	24	24	16	1.94
166359--166428	30	2.4	30	95	2	124	37	17	22	22	1.94
174063--174150	38	2.3	39	77	13	101	28	3	4	63	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176479--176528	26	1.9	26	95	0	91	44	10	10	36	1.72
179286--179317	16	2.0	16	100	0	64	43	6	25	25	1.77
179697--179749	16	3.2	16	79	12	63	52	1	0	45	1.11
179723--179781	14	4.4	14	79	16	61	64	0	0	35	0.94
179723--179781	8	7.6	8	74	14	61	64	0	0	35	0.94
179744--179781	14	2.6	15	91	8	69	71	0	0	28	0.87
197105--197136	17	1.9	16	93	6	55	40	0	0	59	0.97
209190--209673	241	2.0	240	97	2	927	31	25	11	31	1.92
212411--212444	18	1.9	17	94	5	59	47	0	44	8	1.34
217533--217566	17	2.0	17	100	0	68	29	23	17	29	1.97
220805--220955	75	2.0	74	98	1	293	38	17	13	30	1.88
221378--221416	20	2.0	19	85	5	51	53	15	10	20	1.70
234104--234152	22	2.2	22	92	0	80	18	14	28	38	1.90
234261--234291	15	2.1	15	100	0	62	29	51	19	0	1.47
234429--234530	42	2.5	42	93	1	170	36	21	20	21	1.95
234429--234534	21	5.1	21	65	6	72	36	22	19	20	1.95
237699--238098	198	2.0	201	98	1	770	29	20	17	33	1.95
239839--239879	17	2.4	17	95	0	73	26	29	34	9	1.88
242417--242451	18	1.9	19	88	11	56	71	5	8	14	1.29
247365--247408	17	2.5	17	77	3	52	47	6	13	31	1.69
250120--250152	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
250733--250898	73	2.3	73	87	5	221	24	12	21	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261015--261536	51	10.1	51	92	3	767	28	26	15	29	1.96
262664--262783	27	4.6	26	70	23	92	5	20	0	73	1.09
262670--262783	18	6.6	16	73	22	63	5	20	0	73	1.07
262670--262783	43	2.6	43	80	12	126	5	20	0	73	1.07
262728--262790	18	3.4	18	84	10	74	6	17	1	74	1.10
262670--262790	36	3.5	34	73	21	99	5	19	0	73	1.08
262670--262793	17	7.1	18	74	19	86	5	20	0	73	1.08
272426--272522	44	2.1	47	86	7	137	41	21	10	26	1.85
276324--276364	21	2.0	21	90	9	66	51	4	7	36	1.51
276783--276833	20	2.5	20	71	6	50	33	3	1	60	1.26
277595--277620	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
279480--279531	8	6.5	8	77	16	54	0	63	1	34	1.06
279494--279525	6	5.3	6	100	0	64	0	65	0	34	0.93
284726--284790	24	2.8	24	92	2	105	61	18	10	9	1.54
289656--289703	18	2.7	18	90	0	78	25	16	35	22	1.95
290176--290219	22	2.0	22	100	0	88	22	31	22	22	1.98
290730--290768	15	2.6	15	87	0	60	41	2	10	46	1.51
291824--291983	79	2.0	81	97	2	306	32	20	22	25	1.98
293139--293192	18	2.9	19	71	15	51	3	12	29	53	1.56
295777--295809	14	2.2	16	89	10	52	54	0	3	42	1.15
302651--302679	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
312413--312448	18	2.0	18	100	0	72	22	11	33	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313785--313865	22	3.6	22	96	1	144	24	29	27	18	1.98
313799--313861	10	5.5	13	65	27	52	26	26	26	19	1.99
315550--315594	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
329350--329378	6	4.8	6	100	0	58	0	0	86	13	0.58
330870--330916	14	3.5	14	80	11	62	0	63	0	36	0.94
330866--330914	6	7.8	6	80	8	53	0	63	0	36	0.95
330866--330916	26	2.0	26	96	0	93	0	62	0	37	0.95
337647--337775	29	4.5	28	86	3	159	33	2	21	42	1.66
337647--337795	29	5.1	29	81	6	117	32	2	21	42	1.67
337647--337795	58	2.6	57	77	10	158	32	2	21	42	1.67

Tables:   1   2