genome.fa.s930.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000930.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001855_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  196410

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2979--3017	20	2.0	20	89	0	60	35	33	10	20	1.86
3045--3095	19	2.8	17	82	8	57	29	29	19	21	1.98
11534--11624	45	2.0	46	82	2	112	29	20	18	30	1.97
16943--16986	23	2.0	22	82	13	54	47	6	0	45	1.29
18889--18934	11	4.5	11	76	13	53	65	0	15	19	1.28
20666--20710	22	2.0	22	100	0	90	17	28	13	40	1.88
22793--22823	12	2.6	12	94	0	53	0	6	9	83	0.79
23245--23322	3	26.0	3	94	5	140	66	0	0	33	0.92
23619--24088	40	10.9	45	73	19	239	21	19	35	24	1.96
23534--24041	174	2.9	174	94	2	853	22	19	33	25	1.97
24108--24203	28	3.3	28	83	12	106	44	13	15	26	1.83
24205--24387	66	2.8	63	72	8	152	38	14	19	26	1.91
25127--25342	67	3.3	66	89	3	294	44	12	12	30	1.80
25180--25306	37	3.6	38	68	22	114	44	11	12	31	1.77
25223--25353	30	4.1	30	72	21	115	41	12	12	33	1.81
25169--25336	67	2.5	67	97	0	311	45	11	13	30	1.78
25285--25362	30	2.7	29	81	15	90	43	15	8	32	1.78
25341--25444	52	2.0	53	90	3	165	36	15	14	33	1.88
25441--25596	29	5.4	29	88	6	210	46	14	9	29	1.76
25836--25939	36	3.0	36	80	4	124	35	11	19	33	1.88
25837--25955	36	3.4	36	78	6	111	36	12	20	31	1.90
25907--26139	105	2.3	101	85	8	301	37	12	19	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27789--27880	16	5.6	16	80	14	75	0	11	10	77	1.00
27801--27864	12	5.2	12	74	22	62	0	7	12	79	0.92
27815--27872	19	3.1	19	72	18	50	0	8	10	81	0.89
28488--28581	46	2.1	45	83	2	116	38	9	25	26	1.87
29772--29833	32	2.0	32	96	3	117	61	9	14	14	1.57
33124--33176	3	18.0	3	92	3	90	64	1	0	33	1.05
33124--33191	9	7.0	10	83	12	65	66	1	0	32	1.01
37556--37607	9	6.1	9	76	13	56	34	0	1	63	1.06
37555--37604	17	3.0	17	91	2	75	36	0	4	60	1.16
38506--38539	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
39601--39660	25	2.4	25	80	5	68	20	3	11	65	1.39
45015--45170	31	5.0	31	87	3	217	36	21	20	21	1.95
45015--45168	62	2.5	62	91	4	249	36	21	20	21	1.95
45348--45394	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
45995--46039	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
53825--54007	91	2.0	91	100	0	366	37	17	9	36	1.82
58600--58652	16	3.4	16	75	12	56	45	3	0	50	1.19
58605--58651	16	2.9	16	78	12	60	44	2	0	53	1.12
58794--58845	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
60667--60717	3	18.3	3	80	15	56	66	1	0	31	1.03
60667--60722	19	3.1	17	82	12	67	67	1	0	30	1.01
60684--60728	23	2.0	22	95	4	81	68	4	0	26	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61060--61694	112	5.7	111	88	5	949	28	20	13	37	1.91
61066--61722	336	2.0	336	98	0	1278	28	20	14	37	1.91
62131--62204	22	3.4	22	90	0	112	39	12	12	36	1.80
64674--65169	83	6.0	83	94	2	847	35	22	14	27	1.92
70717--70770	14	3.8	14	82	9	56	50	9	14	25	1.73
72877--72929	16	3.4	16	75	12	56	45	3	0	50	1.19
72882--72928	16	2.9	16	78	12	60	44	2	0	53	1.12
73072--73107	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
74929--74976	3	17.3	3	79	16	50	66	2	0	31	1.03
74929--74981	19	2.8	18	81	13	63	67	1	0	30	1.01
74956--75005	23	2.2	23	81	0	55	78	6	2	14	1.03
76812--76877	22	2.9	23	80	8	64	50	1	3	45	1.26
76894--76952	19	3.3	18	71	28	54	40	1	1	55	1.20
77073--77150	34	2.2	37	84	6	99	51	2	1	44	1.23
77093--77147	23	2.4	23	77	16	62	47	1	1	49	1.23
82087--82129	22	1.9	23	81	13	54	53	6	0	39	1.28
92240--92360	54	2.2	56	82	5	149	31	16	28	23	1.96
94683--94734	3	17.3	3	81	15	63	34	1	1	61	1.18
100252--100378	63	2.0	64	95	1	229	25	21	16	37	1.94
100736--100975	125	1.9	122	94	4	419	30	9	3	57	1.48
112472--113141	105	6.4	105	98	0	1277	31	24	19	23	1.98
114751--114789	15	2.4	16	83	12	53	12	5	5	76	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114867--115120	120	2.0	125	92	5	428	30	8	3	57	1.47
117346--117449	29	3.6	29	86	2	147	35	1	21	41	1.64
117358--117550	106	1.8	107	84	3	264	36	2	18	43	1.62
117462--117555	29	3.2	28	82	7	107	35	1	15	47	1.53
121879--121932	28	1.9	28	92	0	90	20	12	33	33	1.91
124883--125067	29	6.4	29	75	13	139	34	3	17	44	1.65
126804--126856	21	2.5	21	87	0	79	28	32	22	16	1.96
126852--126918	21	3.3	19	72	13	62	22	20	19	37	1.95
126868--126986	21	5.8	21	78	11	147	21	21	25	31	1.98
126860--126987	40	3.2	40	89	2	193	23	21	23	32	1.98
126860--126992	21	6.5	21	77	11	125	23	21	23	31	1.98
127856--127967	19	5.4	21	78	14	92	36	21	21	20	1.95
127849--127987	61	2.2	62	89	2	208	34	23	20	21	1.97
127849--128013	21	8.0	21	80	9	162	33	23	21	21	1.97
128028--128074	21	2.2	21	96	0	85	21	19	31	27	1.97
128224--128269	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
132400--132463	23	2.7	24	82	4	85	48	9	4	37	1.56
139719--139767	21	2.3	21	96	0	89	18	22	16	42	1.88
139770--139845	20	3.8	20	79	6	91	35	19	19	25	1.95
139792--139897	20	5.2	20	74	10	99	31	25	18	24	1.98
139772--139927	40	3.9	42	86	4	180	33	22	18	25	1.96
140071--140165	22	4.3	22	90	0	145	26	43	10	20	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142520--142568	20	2.5	20	86	6	64	34	26	20	18	1.95
142606--142663	18	3.2	18	87	4	80	12	15	24	48	1.79
142607--142663	19	3.1	18	85	7	78	10	15	24	49	1.76
142670--142747	20	3.9	20	84	0	84	20	17	20	41	1.91
142675--142752	40	2.0	40	89	0	120	20	16	21	41	1.91
142690--142756	20	3.3	20	85	0	98	17	14	23	43	1.87
143206--143292	21	4.1	21	73	5	77	20	33	18	27	1.96
144623--144661	14	2.8	14	92	0	69	35	0	17	46	1.49
144623--144677	14	4.1	13	79	9	65	36	0	18	45	1.49
144622--144682	28	2.2	29	82	8	81	36	0	16	47	1.47
144798--145180	20	19.9	20	75	7	254	28	20	20	30	1.98
144764--145119	133	2.7	133	84	2	358	27	21	21	30	1.98
144818--145118	113	2.7	113	86	0	422	28	20	21	29	1.98
145151--145433	140	2.0	140	95	0	503	44	14	12	28	1.81
147794--147845	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
148652--148699	20	2.4	20	96	0	87	25	18	31	25	1.98
148687--148742	21	2.7	21	88	0	85	23	17	19	39	1.92
148729--148802	21	3.6	20	72	5	67	32	18	20	28	1.96
148828--148864	19	1.9	19	88	0	56	21	13	29	35	1.92
149148--149405	138	1.9	138	95	0	471	38	5	19	36	1.74
151811--151906	19	5.1	19	88	2	122	42	10	18	28	1.83
167404--167434	2	15.5	2	93	0	53	0	51	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167739--167778	20	2.0	20	100	0	80	25	25	25	25	2.00
169396--169462	32	2.0	33	88	11	102	61	14	5	17	1.53
170244--170504	32	7.8	32	70	13	112	41	5	16	36	1.72
170132--170470	139	2.5	137	83	4	414	39	5	19	36	1.74
170369--170509	32	4.2	33	78	13	137	38	6	14	40	1.72
175521--175552	12	2.6	13	85	14	50	50	18	9	21	1.75
176888--176956	24	2.6	27	91	8	108	43	18	14	23	1.87
177831--177856	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
178032--178066	18	1.9	18	94	0	61	54	0	2	42	1.15
180840--180931	48	1.9	48	93	0	157	34	10	11	42	1.77

Tables:   1   2