genome.fa.s9355.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009355.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113159_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99507

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2967--3009	21	2.0	21	82	8	52	18	0	20	60	1.36
16125--16217	21	4.6	20	79	4	105	39	18	23	18	1.92
16122--16217	41	2.3	41	96	0	174	40	17	22	18	1.91
16144--16278	41	3.3	41	81	6	123	38	20	20	20	1.94
16206--16300	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
16484--16526	22	2.0	22	95	0	77	20	44	16	18	1.87
18121--18165	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
18644--18699	20	2.8	20	81	2	69	39	21	23	16	1.92
18688--18745	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
18672--18762	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
18652--18767	19	6.6	19	70	21	83	43	23	21	12	1.86
18779--18855	14	4.8	15	82	14	59	9	18	24	48	1.77
18774--18909	18	7.9	18	74	17	112	11	20	22	44	1.84
18774--18889	51	2.3	52	90	3	182	11	20	23	44	1.83
20749--20784	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
20901--20968	19	3.8	19	83	14	92	47	16	22	14	1.82
20986--21042	20	2.8	20	94	0	96	21	22	17	38	1.93
21407--21440	14	2.4	14	85	0	50	32	0	20	47	1.51
21006--22981	581	3.4	590	97	2	3742	32	12	19	36	1.89
21988--22023	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
22573--22607	13	2.6	14	90	4	54	28	0	22	48	1.51
23842--23900	24	2.5	24	82	0	73	28	16	18	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26371--26468	19	5.7	19	69	22	90	43	19	24	12	1.85
26371--26464	33	2.8	33	98	0	179	43	19	24	12	1.85
26468--26505	18	2.1	18	90	0	58	18	18	18	44	1.87
26612--26648	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
27998--28064	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
27998--28120	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
30102--30261	19	8.8	19	73	15	115	43	19	23	13	1.86
30127--30261	33	3.9	33	87	5	144	42	20	24	12	1.87
30197--30266	19	3.7	19	98	0	131	45	21	21	11	1.83
30833--30880	20	2.4	20	96	0	87	25	18	27	29	1.98
30866--30945	21	3.9	21	75	6	65	18	18	20	42	1.89
30829--30922	20	4.7	20	80	2	80	23	18	23	35	1.96
30853--30984	41	3.2	41	80	4	124	20	20	20	38	1.94
30911--31003	21	4.6	20	79	4	105	18	23	18	39	1.92
30911--31006	41	2.3	41	96	0	174	18	22	17	40	1.91
44781--44805	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
49510--49597	29	3.0	29	88	1	131	42	11	13	32	1.80
54275--54357	29	2.8	29	90	1	130	42	10	14	32	1.80
55139--55185	21	2.2	21	92	0	76	31	25	21	21	1.98
55146--55287	62	2.3	62	81	7	173	29	21	20	28	1.98
55231--55332	41	2.5	41	91	3	125	24	20	19	35	1.96
55234--55332	21	4.9	20	75	17	98	24	20	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55937--55977	5	7.6	5	97	2	55	0	19	53	26	1.45
55940--55999	6	10.5	6	94	1	72	5	16	48	30	1.67
56134--56659	42	12.6	42	91	0	849	36	23	19	21	1.95
57572--57632	16	3.8	16	88	0	95	57	21	11	9	1.62
58706--58780	24	3.1	24	92	0	114	54	21	12	12	1.69
58726--58781	14	4.3	14	82	17	75	51	25	14	8	1.70
58719--58766	10	4.4	10	78	19	51	54	22	12	10	1.68
59392--59456	33	2.1	33	85	8	91	47	1	1	49	1.20
59446--59522	38	2.0	38	82	9	95	46	2	1	49	1.23
59464--59522	19	3.2	19	74	11	59	52	3	0	44	1.17
60623--60667	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
60635--60955	149	2.1	152	93	4	551	34	21	16	27	1.95
62662--62706	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
63829--64221	188	2.1	186	90	2	612	43	2	8	45	1.48
66098--66154	30	1.9	29	89	3	87	61	10	7	21	1.52
70225--70268	13	3.3	13	82	14	54	68	4	4	22	1.27
72562--72622	16	3.8	16	74	8	61	19	18	16	45	1.85
72532--72612	32	2.5	32	79	0	90	22	18	16	43	1.88
72554--72622	32	2.2	32	83	0	84	18	18	17	44	1.86
73804--73852	25	2.0	24	84	4	62	61	2	0	36	1.08
77014--77515	138	3.6	137	90	1	781	23	20	20	35	1.96
77557--77680	63	2.0	63	90	0	194	39	1	23	35	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77872--77944	34	2.1	34	89	0	110	36	5	6	50	1.52
78469--78518	21	2.4	20	87	9	73	28	18	32	22	1.97
78481--78521	21	2.0	21	100	0	82	26	19	34	19	1.96
78500--78590	42	2.2	42	79	0	101	25	17	34	23	1.96
78517--78596	42	1.9	42	84	0	106	22	20	33	23	1.97
80044--80110	28	2.3	30	77	15	77	56	2	1	38	1.24
80239--80305	15	4.6	15	79	7	84	67	0	0	32	0.91
80247--80272	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
80239--80305	28	2.3	29	87	10	93	67	0	0	32	0.91
81967--82348	185	2.1	186	89	5	585	46	7	3	42	1.47
82329--82397	28	2.5	25	76	19	59	47	1	2	47	1.25
82787--82826	21	1.9	21	84	0	53	32	5	7	55	1.50
83148--83250	41	2.5	41	85	10	138	39	11	0	47	1.47
83605--83647	22	2.0	21	90	4	68	65	0	4	30	1.13
86571--86612	7	6.0	7	100	0	84	14	28	28	28	1.95
87202--87238	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
87390--87464	38	2.0	37	84	5	98	49	2	1	46	1.24
88517--88557	21	2.0	21	85	9	57	46	0	4	48	1.23
89665--89749	29	2.9	29	91	3	136	12	34	30	22	1.92
89753--89816	23	2.8	23	85	4	76	7	37	26	28	1.84
89804--89860	10	5.7	10	78	15	64	12	24	38	24	1.90
89804--89861	20	2.9	20	92	0	98	12	25	37	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90761--90795	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
90823--90938	35	3.3	33	79	11	115	46	2	5	45	1.39
90850--91224	38	9.9	38	88	4	478	43	1	6	48	1.38
91227--91267	18	2.2	19	95	4	75	17	7	0	75	1.02
92597--92654	23	2.5	23	94	0	107	25	18	22	32	1.97
93865--93920	20	2.8	20	84	15	80	21	0	35	42	1.53
93866--93973	21	5.2	20	75	8	76	22	0	31	46	1.52
93875--93973	7	14.4	7	76	4	58	22	0	31	46	1.52
94154--94219	24	2.8	24	85	0	87	54	22	13	9	1.67
94175--94206	14	2.3	14	100	0	64	50	28	15	6	1.68
94226--94267	21	2.0	21	90	9	68	11	16	14	57	1.66

Tables:   1

The End!