genome.fa.s9388.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009388.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113282_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  266421

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8188--8443	128	2.0	127	94	2	451	34	16	20	28	1.95
12621--12671	19	2.7	19	93	0	84	25	21	31	21	1.98
18292--18450	76	2.1	77	92	2	268	49	7	6	37	1.57
18416--18513	31	3.2	31	77	7	110	42	3	5	48	1.40
23354--23439	29	3.0	29	79	6	75	34	3	23	38	1.72
24482--24523	13	3.1	14	83	6	52	47	4	2	45	1.36
28311--28379	19	3.5	20	81	13	90	17	24	26	31	1.97
28315--28384	10	7.3	9	73	10	59	17	27	27	28	1.97
35645--35723	9	8.3	9	72	9	59	17	27	26	27	1.98
35629--35717	29	3.1	29	79	9	92	17	23	25	32	1.97
35682--35721	19	2.1	19	95	0	71	20	25	30	25	1.99
35719--35791	17	4.3	17	100	0	146	17	46	23	12	1.82
45742--46051	154	2.0	154	97	0	584	20	16	31	31	1.94
48157--48622	258	1.8	258	96	0	860	25	21	18	34	1.96
50779--50823	19	2.3	19	88	7	63	75	0	2	22	0.91
52097--52138	19	2.2	19	100	0	84	11	21	14	52	1.73
60796--60821	12	2.2	12	100	0	52	23	0	53	23	1.46
69002--69083	20	4.0	20	75	9	65	26	30	23	19	1.98
84630--84659	16	1.9	15	93	6	51	46	0	3	50	1.18
89230--89372	41	3.5	41	70	15	125	30	19	21	27	1.98
89263--89459	41	4.8	40	69	13	123	28	17	23	29	1.97
89232--89526	83	3.6	83	84	2	355	29	17	22	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92528--92592	32	2.0	32	96	0	121	15	26	7	50	1.70
97653--98065	206	2.0	207	97	0	783	31	13	20	34	1.91
98905--99031	45	2.9	43	83	5	164	29	22	15	32	1.95
98895--99036	44	3.2	44	82	7	171	30	23	15	29	1.95
100654--100680	14	1.9	14	100	0	54	74	18	0	7	1.05
102310--102960	136	4.8	136	89	0	919	25	20	19	34	1.96
102333--102960	271	2.3	272	89	0	943	26	20	19	34	1.96
106776--106811	19	1.9	19	88	5	56	25	0	0	75	0.81
106899--106945	22	2.2	20	82	10	58	76	2	0	21	0.89
107651--107699	22	2.2	22	89	7	73	40	12	14	32	1.83
109224--109403	43	4.1	43	86	7	270	9	40	21	28	1.84
109224--109403	91	2.0	91	96	0	333	9	40	21	28	1.84
109386--109411	13	2.0	13	100	0	52	0	30	30	38	1.58
110931--110961	16	1.9	16	100	0	62	22	25	6	45	1.76
120753--120803	15	3.5	14	83	5	57	66	0	5	27	1.14
122100--122158	25	2.3	26	91	5	93	71	0	1	27	0.96
122102--122160	3	20.3	3	79	19	63	69	0	1	28	0.98
122145--122205	27	2.3	26	83	13	72	54	3	0	42	1.17
122177--122227	20	2.6	19	82	14	59	47	3	1	47	1.32
122204--122390	22	8.2	22	75	14	148	42	10	3	43	1.56
122178--122390	46	4.7	45	79	12	188	43	9	3	43	1.53
123811--124091	97	2.9	97	94	0	474	23	14	22	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126582--126615	17	2.0	17	100	0	68	29	0	5	64	1.17
133358--134053	135	5.2	136	77	8	662	27	20	17	34	1.95
133792--134010	120	1.8	120	86	0	321	27	22	19	31	1.98
135083--135124	10	4.6	9	82	14	50	0	16	2	80	0.81
135086--135124	9	4.5	8	84	15	51	0	15	2	82	0.79
144409--144481	25	2.9	25	89	0	110	21	43	17	16	1.87
144401--144487	25	3.6	24	82	8	106	21	43	17	17	1.88
157490--157826	160	2.1	170	92	6	581	51	11	10	25	1.71
159027--159076	3	16.7	3	91	8	84	64	0	0	36	0.94
159355--159689	55	6.1	55	89	2	487	29	22	14	32	1.94
168632--168736	50	2.1	50	100	0	210	18	25	7	48	1.74
169828--170540	55	13.6	55	81	9	655	29	24	14	31	1.95
170303--170489	45	4.2	45	94	0	320	29	24	15	31	1.95
170451--170794	112	3.1	110	83	6	378	24	25	17	33	1.96
170451--170823	56	6.8	54	85	4	333	24	24	17	32	1.97
170487--170823	112	3.1	110	86	4	396	23	24	18	33	1.97
170825--170905	37	2.2	37	84	8	103	20	18	17	43	1.88
171219--171297	36	2.2	36	86	6	106	26	20	16	36	1.93
171203--171348	37	4.0	36	75	11	120	28	17	18	35	1.94
172621--172848	125	1.8	125	90	0	366	24	27	15	32	1.95
182218--182280	3	21.3	3	77	9	58	55	0	4	39	1.21
182218--182293	39	2.0	38	85	7	102	53	0	3	42	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188948--189023	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
189400--189436	17	2.2	17	100	0	74	29	0	5	64	1.15
194459--195146	136	5.1	136	87	1	860	26	20	18	34	1.96
194459--195145	271	2.5	272	87	2	959	26	20	18	34	1.96
215278--215415	30	4.8	29	84	7	165	36	18	7	37	1.79
215278--215428	28	5.4	28	84	9	166	35	19	7	37	1.81
222394--222554	29	5.6	29	82	4	182	36	21	3	37	1.72
222394--222554	57	2.8	58	83	3	191	36	21	3	37	1.72
222556--222599	17	2.6	17	88	0	70	13	22	45	18	1.84
223557--223951	139	2.8	139	80	6	390	45	12	12	29	1.79
226101--226141	20	2.0	20	100	0	82	39	17	14	29	1.89
227600--227988	136	2.8	136	78	5	363	42	14	13	29	1.84
228782--228863	29	2.8	29	94	0	146	35	6	21	36	1.79
228780--228881	29	3.6	29	88	4	136	36	6	22	34	1.81
232649--235059	710	3.4	709	92	1	3920	33	14	21	30	1.93
237654--237726	36	2.0	36	97	0	137	42	8	20	28	1.81
239506--239575	12	5.8	12	75	6	61	15	12	18	52	1.74
239507--239579	24	3.0	24	81	0	101	17	10	17	53	1.72
239469--239579	48	2.3	48	84	6	136	20	13	16	49	1.79
239512--239563	17	2.8	19	70	21	56	15	13	19	51	1.75
239735--239777	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
241023--241410	138	2.8	139	76	6	351	42	13	13	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242175--242229	22	2.5	22	93	0	92	23	50	20	5	1.68
242230--242338	29	3.8	29	95	0	191	34	6	22	36	1.80
242230--242359	29	4.5	29	90	1	172	36	6	22	34	1.79
242229--242359	58	2.3	58	87	2	201	37	6	22	34	1.79
243239--243362	63	2.0	63	82	6	153	17	28	28	25	1.98
243222--243323	31	3.3	31	76	4	89	17	30	27	24	1.97
243379--243432	26	2.1	26	89	0	81	27	7	16	48	1.73
254353--254507	44	3.6	42	83	8	204	21	19	14	45	1.85
258415--258461	22	2.1	22	84	7	60	27	2	0	70	0.99
260044--260585	139	3.9	138	79	7	494	43	14	12	29	1.82
260899--260940	22	2.0	21	90	4	66	69	2	0	28	1.01
262090--262134	21	2.1	21	83	0	54	17	20	17	44	1.87
262132--262239	20	5.3	20	78	4	119	38	19	18	23	1.93
263099--263152	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
265575--265661	20	4.3	20	88	2	122	35	22	21	19	1.96
265668--265728	19	3.2	19	97	0	113	45	16	21	16	1.85

Tables:   1

The End!