genome.fa.s9423.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009423.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113397_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  112690

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10--146	21	6.8	20	70	9	80	35	24	17	21	1.95
114--498	20	19.5	20	83	6	453	34	25	18	20	1.96
1169--1214	24	2.0	23	87	12	67	26	15	21	36	1.93
3674--3945	19	15.4	19	80	16	336	46	18	21	13	1.83
3674--3967	33	8.5	33	72	18	136	45	18	21	14	1.84
3705--3967	52	5.0	52	93	5	447	46	17	22	14	1.84
3974--4056	20	4.6	19	81	15	113	14	24	18	43	1.87
4163--4199	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
6147--6203	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
6128--6220	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
6091--6225	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
6221--6335	19	6.3	19	81	10	141	8	16	28	46	1.77
6379--6757	92	4.1	93	98	0	735	46	18	12	22	1.83
6379--6757	185	2.0	185	98	1	733	46	18	12	22	1.83
8473--8570	19	5.7	18	73	22	86	42	22	24	10	1.84
8452--8565	33	3.5	33	93	1	203	44	21	24	9	1.82
8460--8548	14	5.7	14	73	24	72	41	23	25	8	1.83
8582--8636	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
8566--8636	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
8577--8658	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
8589--8677	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
8760--8828	32	2.2	32	91	0	111	46	20	21	11	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8779--8828	16	3.0	18	69	22	54	44	22	22	12	1.85
9007--9061	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
9207--9399	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
9207--9399	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
11747--11772	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
12056--12098	17	2.5	17	92	0	68	25	18	32	23	1.97
12071--12119	24	2.1	23	88	3	71	22	26	26	24	2.00
20727--20779	9	5.8	9	78	17	56	22	1	1	73	1.03
20716--20782	25	2.7	24	81	6	80	23	2	1	71	1.08
24578--24625	23	2.1	23	88	0	69	35	6	18	39	1.76
25260--25551	112	2.6	112	91	0	476	25	14	13	46	1.80
28153--28197	21	2.1	22	84	12	58	31	4	0	64	1.13
30422--30472	21	2.4	21	96	0	93	39	1	0	58	1.09
30701--30725	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
33101--33151	20	2.5	20	90	6	77	43	25	15	15	1.86
33162--33452	20	14.4	20	76	6	230	39	23	17	19	1.93
33101--33452	121	2.9	121	80	5	327	39	23	17	19	1.92
33182--33452	40	6.7	40	82	7	316	39	22	17	20	1.92
33182--33439	101	2.6	101	77	9	256	39	22	17	20	1.92
33139--33394	121	2.1	122	87	2	363	38	23	17	20	1.93
33182--33452	121	2.2	121	84	2	348	39	22	17	20	1.92
34262--34315	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36846--36944	14	6.4	14	68	21	54	45	18	23	13	1.84
36827--36900	33	2.2	34	82	2	87	45	18	21	13	1.84
36889--36968	33	2.4	33	95	0	142	45	17	22	15	1.85
36846--37039	47	4.2	47	74	16	163	44	18	21	15	1.87
36907--37093	19	10.5	19	71	18	125	44	18	21	15	1.87
37004--37126	33	3.7	33	94	0	201	45	18	21	14	1.85
37136--37201	19	3.7	19	69	19	61	13	21	18	46	1.83
39239--39337	33	2.8	35	87	7	130	47	24	19	9	1.78
39215--39342	19	6.9	19	82	10	140	48	22	18	10	1.78
39352--39415	33	1.9	33	87	0	92	10	15	21	51	1.74
39390--39490	19	5.2	19	77	8	96	13	16	20	48	1.81
39390--39490	38	2.6	39	82	4	123	13	16	20	48	1.81
39538--39823	93	3.1	93	92	3	475	47	18	12	20	1.81
41518--41580	20	3.2	20	75	8	74	49	17	20	12	1.79
41516--41604	40	2.4	37	85	14	123	48	19	21	11	1.79
41616--41666	21	2.5	20	84	6	66	9	21	19	49	1.77
42226--42419	41	4.7	41	88	2	203	15	18	26	39	1.91
42224--42419	61	3.2	61	88	2	259	15	18	26	38	1.91
43809--43859	19	2.8	18	82	5	66	41	11	15	31	1.83
43807--43864	18	3.2	18	76	13	64	37	10	13	37	1.79
56493--56535	20	2.1	21	91	4	70	60	0	0	39	0.97
59724--59804	42	1.9	43	89	2	128	20	18	8	51	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59724--59817	42	2.3	41	79	15	113	19	19	8	53	1.70
63415--63466	26	2.0	26	100	0	104	30	3	19	46	1.68
70554--70622	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
70563--70622	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
70761--70813	19	2.8	18	77	8	61	24	30	18	26	1.98
72076--72123	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
73262--73319	19	3.0	19	80	12	73	27	10	12	50	1.72
73431--73490	29	2.0	30	90	6	95	35	6	15	43	1.72
73647--73676	15	2.0	15	93	0	51	20	36	23	20	1.95
73778--73817	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
81194--81226	16	2.1	16	100	0	66	57	18	12	12	1.64
81166--81297	71	1.9	71	93	0	228	42	15	11	30	1.83
81265--81325	16	3.8	16	91	0	95	52	24	14	8	1.69
82379--82424	14	3.3	14	93	0	74	52	23	15	8	1.70
82372--82423	24	2.2	24	82	6	61	53	23	13	9	1.68
82379--82434	28	2.0	28	85	0	76	50	25	14	10	1.75
84343--84425	42	2.0	42	100	0	166	26	40	1	31	1.64
90966--91058	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
91047--91160	20	5.7	20	81	0	111	31	25	17	25	1.97
90966--91058	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
91044--91174	40	3.2	40	76	1	136	35	24	16	24	1.95
91348--91391	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91670--91712	20	2.2	20	95	0	77	9	18	18	53	1.70
93030--93074	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
93567--93643	20	3.9	20	84	3	102	41	19	23	15	1.89
93631--93688	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
93615--93705	32	2.8	33	94	3	166	47	21	18	12	1.81
93722--93779	14	3.9	14	77	16	62	10	17	24	48	1.78
93736--93816	19	4.6	18	73	17	89	12	19	23	44	1.85
93717--93795	32	2.4	32	93	2	131	11	18	22	46	1.81
95673--95708	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
95811--95863	14	3.5	14	76	18	61	47	20	20	11	1.81
95822--95868	14	2.9	16	74	22	53	46	19	21	12	1.82
95792--95868	32	2.4	33	91	2	120	41	22	23	12	1.88
95888--95943	20	2.8	20	94	0	94	16	23	23	37	1.93
96997--97050	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
97225--97249	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
99494--99549	19	2.9	19	78	2	58	37	23	19	19	1.94
99524--99620	32	3.0	32	83	8	142	41	18	22	17	1.90
99613--99655	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
99641--99674	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
99794--99830	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
103244--103304	20	3.1	19	77	9	59	45	18	22	13	1.83
103272--103350	33	2.5	30	83	8	95	39	27	21	11	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103336--103422	19	4.7	19	90	7	126	48	22	19	9	1.77
103336--103422	36	2.3	38	90	7	135	48	22	19	9	1.77
103424--103454	16	1.9	16	93	0	53	6	12	16	64	1.47
104039--104088	20	2.5	20	96	0	91	26	18	26	30	1.98
104675--104714	19	2.1	19	86	9	55	60	0	2	37	1.11
104700--104730	13	2.3	13	94	5	53	77	0	3	19	0.90
105403--105436	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
109034--109083	26	1.9	26	87	0	73	26	24	22	28	1.99
110384--110425	17	2.4	18	92	4	68	16	47	23	11	1.80
110425--110614	29	6.6	29	80	7	208	36	4	19	39	1.71

Tables:   1   2