genome.fa.s9427.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009427.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113405_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  146478

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273--299	14	1.9	14	100	0	54	7	22	3	66	1.33
3801--3885	8	12.0	8	74	22	84	77	0	11	10	0.99
3797--3898	20	5.1	20	80	9	100	77	0	12	9	0.99
3805--3898	28	3.5	27	84	12	122	79	0	11	8	0.92
4807--5499	105	6.6	105	95	0	1161	36	18	22	22	1.95
15971--16089	48	2.5	48	88	2	186	24	15	20	40	1.90
15948--16089	72	2.0	71	84	4	187	23	14	19	42	1.87
15975--16089	24	4.8	24	86	4	160	24	15	20	39	1.92
16205--16299	43	2.2	43	96	0	172	15	10	35	37	1.82
18667--18837	20	8.6	20	84	2	175	18	19	25	36	1.95
18642--18837	60	3.2	60	79	2	196	18	18	24	38	1.93
18824--18941	21	5.7	21	69	10	82	22	16	25	35	1.95
18804--18902	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
21425--21543	24	5.0	24	87	4	168	24	15	19	41	1.89
21659--21753	43	2.2	43	96	0	172	16	10	35	36	1.84
25810--25857	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
26332--26404	23	3.2	23	88	0	110	36	21	5	35	1.77
26776--26834	23	2.6	23	88	0	82	40	16	5	37	1.71
26165--27041	430	2.0	430	96	1	1616	39	12	7	40	1.71
27250--27322	23	3.2	23	86	0	101	38	24	5	31	1.78
26596--28637	488	4.2	490	97	0	3854	40	11	7	40	1.70
27737--27809	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26596--28637	487	4.2	490	97	0	3854	40	11	7	40	1.70
28226--28298	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
28640--28704	25	2.6	25	92	0	112	36	10	10	41	1.75
31163--32102	183	5.1	183	95	1	1672	33	16	14	35	1.90
33304--33393	9	10.0	9	79	0	81	23	34	6	35	1.81
33308--33397	12	7.2	12	81	7	99	22	34	7	35	1.83
33339--33405	12	5.6	12	87	0	80	17	35	10	35	1.85
33309--33410	18	5.7	18	76	0	60	21	34	7	36	1.83
33304--33393	6	15.0	6	79	0	81	23	34	6	35	1.81
34874--35649	200	3.9	200	98	0	1473	31	17	14	36	1.90
35768--35812	19	2.4	19	92	0	72	57	11	2	28	1.45
37606--37671	33	2.0	33	87	0	96	24	46	0	28	1.52
37707--37772	21	3.1	21	89	4	96	18	30	10	40	1.84
39787--39839	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
39987--40041	20	2.8	20	100	0	110	20	16	14	49	1.80
40027--40364	161	2.1	162	89	0	507	28	16	13	41	1.86
51183--51240	28	2.0	29	96	3	109	22	17	20	39	1.92
51863--52020	76	2.1	76	97	0	298	23	17	9	50	1.75
55221--55362	52	2.7	53	85	9	191	28	14	28	28	1.96
57415--57452	12	3.0	13	84	7	51	47	7	10	34	1.67
57888--57942	21	2.7	21	91	2	85	32	16	18	32	1.93
59128--59157	13	2.2	14	94	5	53	20	20	0	60	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61526--61560	16	2.1	17	89	5	54	34	0	25	40	1.56
68642--68764	55	2.2	54	85	4	165	29	13	24	32	1.94
69591--69640	23	2.1	24	81	3	57	48	4	12	36	1.59
70046--70235	88	2.2	88	82	7	233	33	16	22	27	1.96
70046--70233	44	4.3	44	74	8	193	32	17	22	27	1.96
70407--70578	44	3.9	44	70	4	132	34	16	21	27	1.94
69902--70746	354	2.4	350	83	5	1062	31	19	17	31	1.95
70605--70958	116	3.1	115	85	3	442	25	22	15	36	1.94
71718--71776	6	9.8	6	81	7	57	37	16	1	44	1.59
71712--71775	12	5.3	12	76	0	65	39	18	1	40	1.60
79441--79478	7	5.6	7	81	6	51	60	13	13	13	1.59
83561--83608	13	3.8	13	86	13	73	77	4	16	2	1.03
83556--83609	26	2.1	25	96	3	99	75	3	14	5	1.12
85259--85333	37	2.0	38	84	2	98	29	22	14	33	1.94
85340--85531	36	5.5	37	74	17	128	30	19	12	38	1.88
85264--85529	102	2.6	101	90	0	397	31	19	12	35	1.90
85253--85610	102	3.5	99	84	4	376	29	18	13	38	1.89
85483--85706	123	1.8	123	88	0	340	28	19	12	39	1.88
85610--85772	65	2.4	67	85	5	206	31	22	9	36	1.85
85610--85782	67	2.6	67	83	5	192	32	21	9	35	1.86
86239--86265	14	1.9	14	100	0	54	51	14	3	29	1.60
86511--86768	110	2.4	110	85	5	330	32	25	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88006--88070	2	33.0	2	90	3	105	47	0	1	50	1.10
88018--88168	37	4.1	36	71	16	103	37	1	1	58	1.18
88165--88222	18	3.2	19	80	11	68	18	5	1	74	1.10
88135--88214	24	3.4	23	70	16	65	23	3	1	71	1.10
88238--88288	27	1.9	26	84	4	66	17	5	1	74	1.11
90216--90290	21	3.6	21	100	0	150	18	24	29	28	1.98
90227--90287	13	5.5	13	65	34	52	19	22	29	27	1.98
90337--90420	21	4.0	21	85	3	116	26	28	23	21	1.99
90337--90420	41	2.0	42	86	2	116	26	28	23	21	1.99
90441--90496	21	2.7	21	94	0	94	23	19	35	21	1.96
90576--90633	30	2.0	29	86	10	82	44	15	5	34	1.69
90576--90635	29	2.0	30	90	6	95	43	15	6	35	1.72
93929--94005	21	3.7	21	98	0	145	22	15	37	24	1.93
94074--94136	30	2.1	29	85	11	83	49	11	6	33	1.64
94085--94144	30	2.0	30	90	6	95	43	15	6	35	1.72
95696--95770	20	3.5	20	79	13	87	56	21	14	8	1.64
95699--95828	24	5.8	24	78	13	118	57	20	12	9	1.62
95719--95783	14	5.2	13	69	27	52	55	23	15	6	1.62
95699--95787	34	2.6	34	78	7	117	57	21	13	7	1.61
95696--95769	10	7.0	10	77	11	76	56	21	13	8	1.63
96092--96161	10	7.2	10	79	12	74	68	12	2	15	1.32
96101--96143	14	3.1	14	89	0	68	67	16	4	11	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96092--96193	24	4.2	24	83	7	109	65	11	4	17	1.42
99004--99094	39	2.3	39	98	0	173	42	27	8	20	1.82
108613--108672	30	2.0	30	90	0	93	25	26	3	45	1.69
110486--110527	18	2.3	19	91	4	68	69	0	30	0	0.89
113156--113374	116	1.9	116	83	5	291	24	21	13	40	1.90
113505--114008	139	3.6	139	86	5	770	24	22	18	35	1.96
114745--114913	54	3.2	54	80	9	161	44	18	9	27	1.80
114940--114990	24	2.1	24	96	0	93	52	13	15	17	1.74
114983--115232	54	4.6	54	84	3	304	42	17	10	30	1.82
117140--117193	7	7.9	7	93	4	83	7	18	0	74	1.05
117140--117212	20	3.8	20	87	8	98	5	16	0	78	0.94
117139--117238	7	14.1	7	81	11	64	5	16	2	77	1.04
117151--117246	24	3.9	25	74	17	69	5	15	2	77	1.05
117139--117244	11	9.3	11	72	15	65	4	16	1	77	1.03
120119--120150	10	3.1	11	91	8	50	78	0	0	21	0.76
120335--120364	11	2.7	11	94	0	51	40	0	20	40	1.52
131482--131527	14	3.4	14	80	20	53	58	0	0	41	0.98
131454--131527	27	2.9	27	73	13	66	56	2	0	40	1.13
131492--131529	12	3.0	13	85	14	53	60	0	0	39	0.97
132661--132708	25	1.9	25	86	0	69	31	22	18	27	1.97
132882--132934	26	1.9	28	85	11	74	32	0	1	66	1.03
132889--132960	29	2.4	31	81	9	87	33	0	2	63	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142954--143053	27	3.7	27	93	0	155	42	15	3	40	1.62
146098--146159	27	2.4	25	82	15	81	46	0	4	48	1.23

Tables:   1

The End!