genome.fa.s9430.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009430.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113413_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  336544

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1276--1301	13	2.0	13	100	0	52	15	30	7	46	1.74
11033--11092	10	6.2	9	73	19	50	3	13	3	80	0.97
11044--11093	17	2.8	18	80	14	59	4	12	6	78	1.08
11703--11727	13	1.9	13	100	0	50	40	24	16	20	1.91
14831--14897	19	3.4	19	76	15	57	74	2	17	4	1.11
22561--22616	8	7.0	8	84	15	80	85	10	3	0	0.71
22563--22615	15	3.4	15	89	5	79	86	9	3	0	0.68
22563--22596	7	4.9	7	92	7	52	91	8	0	0	0.43
22561--22627	20	3.3	20	78	10	66	82	11	5	0	0.84
34405--34469	21	3.0	20	76	10	67	3	16	3	76	1.03
34407--34466	31	1.9	31	83	6	77	3	16	3	76	1.05
39686--39718	15	2.1	16	94	5	59	39	6	6	48	1.53
48929--48969	15	2.8	15	79	17	50	78	4	17	0	0.93
49173--49221	16	2.9	16	84	6	53	16	22	0	61	1.34
56746--56894	74	2.0	74	97	2	282	36	13	17	32	1.89
59577--59627	14	3.5	14	91	5	75	0	11	9	78	0.97
59588--59637	14	3.4	14	79	15	55	0	8	8	84	0.79
65758--65789	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
67586--67634	24	2.0	24	100	0	98	20	16	32	30	1.94
69419--69484	14	4.5	14	76	14	62	0	24	0	75	0.80
69434--69472	8	4.9	8	100	0	78	0	23	0	76	0.78
69419--69481	11	5.6	11	75	20	51	0	25	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69432--69483	8	6.6	7	89	10	50	0	23	0	76	0.78
72703--72759	23	2.4	23	77	8	62	14	19	14	52	1.74
89649--89722	5	15.8	5	69	18	52	1	21	2	74	1.02
89642--89724	18	4.6	18	76	20	68	1	22	3	72	1.08
91625--91709	11	7.2	11	72	22	66	31	36	3	28	1.74
91622--91723	36	2.9	36	94	1	170	32	36	4	26	1.78
91623--91739	36	3.4	34	85	11	130	30	36	3	29	1.74
91623--91762	36	4.1	33	84	9	88	30	36	2	30	1.72
95670--95729	13	4.8	13	73	19	56	30	36	3	30	1.74
95644--95745	36	2.9	36	91	1	161	31	36	4	27	1.78
95716--95780	33	2.0	33	81	6	78	32	35	1	30	1.67
102310--102373	19	3.3	20	82	10	64	4	17	3	75	1.11
108127--108178	20	2.7	20	87	3	79	40	13	28	17	1.87
108845--108899	23	2.3	25	84	6	78	61	12	16	9	1.55
117821--117877	21	2.8	20	92	5	96	40	12	5	42	1.65
120820--120851	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
122952--123025	5	15.8	5	71	18	61	1	20	2	75	1.00
122949--123020	11	6.5	11	73	13	58	1	20	2	75	1.01
122949--122984	16	2.2	17	85	14	58	0	22	0	77	0.76
122959--123025	8	7.9	8	74	22	57	1	20	2	74	1.03
122960--123025	16	3.8	17	79	16	66	1	21	3	74	1.04
122945--123018	27	2.7	27	83	12	80	1	22	2	72	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122976--123027	17	2.9	18	81	18	65	1	19	5	73	1.14
124433--124464	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
124833--124936	36	2.9	36	94	1	174	29	4	35	29	1.78
149025--149076	24	2.1	25	86	10	72	67	0	21	11	1.22
149702--149787	11	7.2	12	74	22	67	29	2	37	31	1.70
149684--149788	36	2.9	36	94	1	176	28	3	36	31	1.75
154035--154066	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
156114--156175	5	12.8	5	77	16	60	0	22	0	77	0.77
156111--156175	16	4.1	16	72	21	64	0	23	0	76	0.78
156107--156164	8	7.0	8	86	13	82	0	24	0	75	0.80
156124--156175	8	6.6	7	89	10	50	0	23	0	76	0.78
157525--157556	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
159993--160445	226	2.0	227	99	0	899	34	19	15	30	1.93
160477--160523	11	4.7	10	80	17	53	80	0	19	0	0.70
160477--160524	8	6.4	7	80	20	53	81	0	18	0	0.70
160479--160519	14	2.9	14	92	0	64	80	0	19	0	0.71
160482--160524	22	2.0	21	90	4	68	81	0	18	0	0.69
167157--167209	14	3.9	14	83	16	67	83	9	7	0	0.83
167158--167212	22	2.5	22	79	2	67	85	7	7	0	0.74
167184--167224	18	2.2	20	87	12	61	80	9	9	0	0.91
167188--167231	10	4.4	10	80	11	54	75	13	11	0	1.06
171451--171696	136	1.8	136	93	1	431	23	32	13	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171892--171948	11	5.5	11	87	12	93	77	8	14	0	0.99
171876--171948	11	7.8	9	85	11	62	78	10	10	0	0.98
176192--176237	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
177800--177859	19	3.2	19	88	6	79	75	3	18	3	1.09
180743--180787	23	2.0	24	86	8	67	33	6	8	51	1.59
180747--180792	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
185987--186033	6	8.2	6	77	17	55	0	14	2	82	0.75
185989--186033	17	2.7	16	83	16	56	0	13	2	84	0.72
185987--186033	23	2.0	24	88	8	71	0	14	2	82	0.75
187601--187626	8	3.2	8	100	0	52	61	0	0	38	0.96
189678--189762	11	7.2	11	72	22	66	31	36	4	27	1.77
189675--189779	36	2.9	36	97	1	194	30	36	5	27	1.80
190144--190192	23	2.2	23	82	13	59	79	6	12	2	0.99
193845--193876	16	2.0	16	100	0	64	31	18	6	43	1.75
195284--195345	8	7.2	8	79	13	52	77	0	20	1	0.85
195284--195345	16	4.2	15	76	23	69	77	0	20	1	0.85
195296--195353	11	5.1	11	80	15	55	75	0	22	1	0.89
195285--195353	35	1.9	36	88	8	106	76	0	21	1	0.86
195285--195350	27	2.5	26	80	20	84	77	0	21	1	0.85
197450--197481	16	2.0	16	100	0	64	31	18	6	43	1.75
199378--199462	11	7.2	11	72	22	66	31	36	3	28	1.74
199375--199479	36	2.9	36	95	1	185	30	36	4	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203393--203424	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
204247--204292	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
222107--222158	17	2.9	18	81	18	65	73	5	19	1	1.14
222114--222185	11	6.5	11	75	12	58	75	2	20	1	1.01
222109--222182	5	15.8	5	71	18	61	75	2	20	1	1.00
222109--222175	8	7.9	8	74	22	57	74	2	20	1	1.03
222109--222174	16	3.8	17	79	16	66	74	3	21	1	1.04
222109--222182	13	5.3	15	70	16	61	75	2	20	1	1.00
222150--222182	16	2.1	16	94	5	59	78	0	21	0	0.75
232436--232477	20	2.1	19	83	16	50	59	0	16	23	1.37
240832--241008	36	4.9	36	92	0	284	29	36	3	29	1.76
240854--240991	11	11.5	11	70	23	93	31	35	3	29	1.75
240855--240991	23	5.7	22	68	25	66	30	35	3	29	1.75
242877--243058	90	2.0	91	88	1	267	21	26	24	26	1.99
247075--247256	90	2.0	91	88	1	267	20	26	23	28	1.99
249172--249205	15	2.3	15	94	0	59	44	23	23	8	1.81
253334--253364	15	2.0	16	93	6	55	58	12	19	9	1.62
254987--255152	76	2.2	76	86	4	237	30	2	10	56	1.47
255878--255913	10	3.5	10	92	3	54	36	0	0	63	0.94
265081--265142	33	1.9	33	93	3	108	16	12	17	53	1.73
265082--265154	33	2.2	33	82	7	94	17	12	20	49	1.79
266080--266129	21	2.4	21	100	0	100	38	20	10	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271058--271100	21	2.0	21	83	16	54	25	20	0	53	1.46
271992--272034	20	2.2	20	87	4	61	34	9	6	48	1.62
279716--279806	40	2.4	39	83	9	107	28	25	24	21	1.99
279886--280066	45	4.0	45	91	0	290	39	8	21	30	1.83
279931--280004	25	3.2	25	62	25	61	43	9	17	29	1.81
282881--282912	16	2.0	16	93	0	55	71	6	21	0	1.07
290271--293785	815	4.3	817	83	7	4036	30	17	14	37	1.90
292931--292986	11	5.1	11	97	0	103	19	26	0	53	1.45
290271--293836	810	4.4	796	81	9	3897	30	17	14	36	1.90
294549--294599	19	2.6	20	93	3	86	45	5	11	37	1.65

Tables:   1   2