genome.fa.s9447.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009447.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113547_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  304327

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8810--8834	12	2.1	12	100	0	50	40	24	16	20	1.91
11802--11946	68	2.1	68	92	1	238	22	21	17	38	1.93
15012--15037	12	2.2	12	100	0	52	7	11	30	50	1.67
26999--27025	14	1.9	14	100	0	54	37	14	14	33	1.88
28296--28388	32	2.9	31	84	7	116	46	2	5	46	1.37
28751--28813	21	2.9	22	73	4	74	20	23	19	36	1.95
28802--28893	20	4.6	20	90	2	132	38	15	20	26	1.92
28797--28913	20	5.8	20	86	4	96	34	17	21	26	1.96
28863--28929	20	3.3	20	91	0	89	23	25	22	28	1.99
30108--30152	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
31191--31219	14	2.1	14	93	6	51	37	0	31	31	1.58
31319--31623	149	2.0	149	98	0	592	27	16	21	34	1.95
31602--31646	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
32656--32709	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
32909--32935	14	1.9	14	100	0	54	44	29	18	7	1.77
34972--35006	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
35066--35331	140	1.9	140	95	0	478	29	12	15	42	1.84
35414--35548	34	3.8	34	74	12	128	34	20	20	24	1.96
35306--35556	74	3.3	74	84	5	299	32	21	19	27	1.97
35306--35516	20	10.9	20	80	8	238	31	21	18	27	1.97
35522--35565	20	2.2	20	84	4	54	29	22	20	27	1.99
35691--35752	14	4.3	14	77	6	61	46	14	0	38	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37161--37271	42	2.6	42	78	7	125	23	18	37	19	1.94
37755--37821	20	3.5	18	87	4	62	40	25	17	16	1.90
37770--37821	20	2.6	20	96	0	95	38	25	19	17	1.93
37871--37931	20	3.0	20	95	0	113	18	19	22	39	1.92
38079--38128	18	2.8	18	100	0	100	42	6	20	32	1.76
39863--39969	20	5.4	20	79	7	103	48	22	14	14	1.80
40337--40386	22	2.4	20	84	12	73	20	12	44	24	1.85
40343--40391	22	2.2	22	92	0	89	18	14	44	22	1.85
40564--40657	20	4.7	20	87	0	125	25	22	26	25	2.00
40646--40737	20	4.6	20	98	0	175	22	20	17	39	1.93
40631--40737	40	2.7	40	91	2	135	25	19	17	37	1.94
50262--50293	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
50465--50605	71	2.0	70	91	1	228	33	6	21	39	1.79
52041--52072	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
58530--58593	33	1.9	33	100	0	128	21	20	29	28	1.98
72145--72208	30	2.1	30	91	0	101	56	23	7	12	1.62
72571--72628	27	2.1	27	87	6	82	29	1	22	46	1.62
74633--74694	11	5.9	10	83	9	70	67	3	4	24	1.25
74633--74693	21	2.9	21	82	7	61	68	3	4	22	1.23
82028--82448	108	3.9	110	90	2	613	27	27	15	29	1.96
82028--82455	55	7.9	55	88	2	587	27	27	15	29	1.96
86941--86968	8	3.5	8	100	0	56	50	10	0	39	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103144--103355	47	4.4	47	84	4	239	23	14	19	43	1.87
104408--104437	10	3.0	10	95	0	51	40	3	10	46	1.54
105584--105618	3	12.0	3	87	6	54	28	0	0	71	0.86
108949--109629	128	5.3	127	95	1	1202	21	23	20	33	1.97
108949--109629	255	2.7	256	94	0	1222	21	23	20	33	1.97
109957--110020	28	2.3	28	88	0	92	40	1	3	54	1.25
110513--110624	21	5.3	21	72	15	88	20	25	34	19	1.96
113018--113065	21	2.3	21	88	0	69	25	41	12	20	1.87
113069--113183	21	5.5	21	82	4	142	21	32	22	23	1.98
113706--113772	34	2.0	34	90	0	107	58	4	2	34	1.34
113842--113871	14	2.1	14	93	0	51	60	10	0	30	1.30
114432--114472	8	5.2	8	88	5	66	36	26	0	36	1.57
114432--114472	15	2.6	16	84	7	57	36	26	0	36	1.57
117707--117795	34	2.7	31	79	6	88	58	2	0	39	1.11
117707--117786	34	2.4	33	81	8	92	60	1	0	38	1.05
117740--117817	35	2.3	34	80	10	88	64	5	0	30	1.15
121884--121940	22	2.6	22	94	0	96	17	21	15	45	1.85
127646--127753	55	2.0	55	90	0	171	40	8	25	25	1.83
131522--131600	39	2.1	37	84	11	99	51	11	15	21	1.74
135135--135196	26	2.4	26	89	2	90	70	8	3	17	1.25
135135--135179	15	3.3	14	76	23	51	71	11	0	17	1.14
143369--143393	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143466--143523	26	2.3	26	84	3	73	53	17	12	17	1.73
147931--147969	18	2.1	19	85	4	53	53	2	2	41	1.28
148499--148576	14	5.6	14	71	11	54	50	23	0	26	1.50
149929--150039	58	1.9	58	83	7	145	27	26	19	26	1.99
150271--150374	39	2.7	41	80	14	107	46	0	12	40	1.48
150305--150398	39	2.4	39	77	10	102	44	1	13	40	1.51
151408--151474	35	1.9	34	96	3	125	49	8	7	34	1.62
151455--151497	20	2.1	21	95	4	79	37	9	9	44	1.69
165781--165846	20	3.3	19	79	12	60	51	1	7	39	1.40
166216--166241	13	2.0	13	100	0	52	61	15	7	15	1.55
168899--169014	57	2.0	57	88	0	169	35	16	21	26	1.94
173886--173920	12	2.9	12	100	0	70	8	8	51	31	1.63
173886--173940	24	2.3	24	83	0	65	12	14	47	25	1.80
174130--174154	6	4.2	6	100	0	50	0	64	16	20	1.30
180195--180222	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
180397--180494	2	49.0	2	100	0	196	50	0	0	50	1.00
192850--192885	13	2.8	13	100	0	72	8	52	13	25	1.68
193665--193710	16	2.9	16	78	9	58	28	2	21	47	1.62
193665--193729	32	2.0	32	82	5	78	29	4	21	44	1.72
194906--194949	23	1.9	23	81	9	54	43	15	0	40	1.47
194931--194970	17	2.3	16	87	12	53	47	20	0	32	1.50
196042--196104	18	3.2	20	68	19	60	38	12	14	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196018--196116	22	4.8	21	75	15	89	39	12	12	36	1.80
196040--196116	39	2.0	39	97	0	145	37	12	12	36	1.83
196101--196178	27	2.8	28	94	1	131	33	15	16	34	1.90
196101--196185	28	3.1	27	86	5	109	38	14	15	31	1.87
197899--197940	15	2.8	15	85	7	50	14	11	4	69	1.34
197914--197959	24	2.0	23	86	4	65	15	10	4	69	1.32
199037--199486	237	1.9	234	92	2	749	39	18	14	27	1.89
200055--200097	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
203814--203842	13	2.1	14	93	6	51	65	0	0	34	0.93
206865--206913	22	2.2	22	92	0	80	36	22	10	30	1.87
210860--210885	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
215579--215616	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
216053--216094	22	2.0	22	85	4	59	45	9	14	30	1.77
217841--217887	24	2.0	24	86	0	67	38	14	40	6	1.72
217855--217902	21	2.3	21	82	7	62	37	12	39	10	1.77
234158--234206	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
242791--242815	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
243670--243781	29	3.8	29	82	6	127	46	8	3	41	1.50
255825--255855	16	2.0	15	93	6	53	32	3	6	58	1.40
257717--257782	33	2.0	33	100	0	132	57	9	15	18	1.63
260368--260404	19	1.9	19	94	0	65	54	0	0	45	1.00
265401--265430	13	2.3	13	100	0	60	40	13	6	40	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272419--272458	19	2.2	18	95	4	71	52	0	0	47	1.00
275826--275874	14	3.5	14	97	0	89	57	16	12	14	1.66
275826--275882	28	2.0	28	89	0	87	56	17	12	14	1.68
276701--276737	2	18.5	2	100	0	74	0	51	0	48	1.00
278868--278964	48	2.0	48	95	0	176	28	14	4	52	1.60
283352--283395	20	2.2	20	83	0	52	59	6	0	34	1.24
290258--290282	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
290270--290647	188	2.0	188	98	0	729	32	15	10	41	1.81
298418--298492	27	2.7	27	76	12	71	28	10	6	54	1.60

Tables:   1

The End!